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r29042/keywords.f 2015-11-17 23:33:05.360576639 +0000 r29041/keywords.f 2015-11-17 23:33:05.944584472 +0000
 39:       USE GLJYMOD 39:       USE GLJYMOD
 40:       USE CHIRO_MODULE, ONLY: CHIRO_SIGMA, CHIRO_MU, CHIRO_GAMMA, CHIRO_L 40:       USE CHIRO_MODULE, ONLY: CHIRO_SIGMA, CHIRO_MU, CHIRO_GAMMA, CHIRO_L
 41:       USE MBPOLMOD, ONLY: MBPOLINIT 41:       USE MBPOLMOD, ONLY: MBPOLINIT
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 43:       USE AMBER12_INTERFACE_MOD, ONLY : AMBER12_SETUP, AMBER12_GET_COORDS, AMBER12_ATOMS, 43:       USE AMBER12_INTERFACE_MOD, ONLY : AMBER12_SETUP, AMBER12_GET_COORDS, AMBER12_ATOMS,
 44:      &                                  AMBER12_RESIDUES, POPULATE_ATOM_DATA 44:      &                                  AMBER12_RESIDUES, POPULATE_ATOM_DATA
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 48:      &     PARSE_MLJ_PARAMS 48:      &     PARSE_MLJ_PARAMS
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 50:       IMPLICIT NONE 49:       IMPLICIT NONE
 51:  50: 
 52:       INTEGER ITEM, NITEMS, LOC, LINE, NCR, NERROR, LAST, IX, J1, JP, NPCOUNT, NDUMMY, INDEX, J2, J3, J4 51:       INTEGER ITEM, NITEMS, LOC, LINE, NCR, NERROR, LAST, IX, J1, JP, NPCOUNT, NDUMMY, INDEX, J2, J3, J4
 53:       INTEGER DATA_UNIT 52:       INTEGER DATA_UNIT
 54:       INTEGER MOVABLEATOMINDEX 53:       INTEGER MOVABLEATOMINDEX
 55:       LOGICAL CAT, YESNO, PERMFILE, CONFILE 54:       LOGICAL CAT, YESNO, PERMFILE, CONFILE
 56:       COMMON /BUFINF/ ITEM, NITEMS, LOC(80), LINE, SKIPBL, CLEAR, NCR, 55:       COMMON /BUFINF/ ITEM, NITEMS, LOC(80), LINE, SKIPBL, CLEAR, NCR,
 57:      &                NERROR, ECHO, LAST, CAT 56:      &                NERROR, ECHO, LAST, CAT
 58:        DOUBLE PRECISION XX, ROH, ROM, WTHETA  57:        DOUBLE PRECISION XX, ROH, ROM, WTHETA 
 59:       LOGICAL END, SKIPBL, CLEAR, ECHO 58:       LOGICAL END, SKIPBL, CLEAR, ECHO
1049:       FEBHT = .FALSE.1048:       FEBHT = .FALSE.
1050:       FETEMP = 0.0D01049:       FETEMP = 0.0D0
1051: ! khs26> This requires a minimum separation between the zero and non-zero1050: ! khs26> This requires a minimum separation between the zero and non-zero
1052: ! eigenvalues for runs using free energy basin-hopping. This is based on 1051: ! eigenvalues for runs using free energy basin-hopping. This is based on 
1053: ! the minimum found in quench zero.1052: ! the minimum found in quench zero.
1054:       MIN_ZERO_SEP = 0.0D01053:       MIN_ZERO_SEP = 0.0D0
1055:       MAX_ATTEMPTS = 51054:       MAX_ATTEMPTS = 5
1056: ! Use sparse hessian methods1055: ! Use sparse hessian methods
1057:       SPARSET = .FALSE.1056:       SPARSET = .FALSE.
1058:       ZERO_THRESH = 0.0D01057:       ZERO_THRESH = 0.0D0
1059: ! khs26> Rotamer move stuff 
1060:       ROTAMER_MOVET = .FALSE. 
1061:  
1062:         1058:         
1063:       CUDAT=.FALSE.1059:       CUDAT=.FALSE.
1064:       CUDAPOT=' '1060:       CUDAPOT=' '
1065:       CUDATIMET=.FALSE.1061:       CUDATIMET=.FALSE.
1066:       GCBHT=.FALSE.1062:       GCBHT=.FALSE.
1067:       SEMIGRAND_MUT=.FALSE.1063:       SEMIGRAND_MUT=.FALSE.
1068:       USEROT=.FALSE.1064:       USEROT=.FALSE.
1069:       GCMU=0.0D01065:       GCMU=0.0D0
1070:       GCNATOMS=11066:       GCNATOMS=1
1071:       GCINT=1001067:       GCINT=100
3728:             WRITE(MYUNIT,'(A,4I5)') 'Atoms defining dihedral: ',DIHEDRALGROUPAXIS(J1,1),DIHEDRALGROUPAXIS(J1,2),3724:             WRITE(MYUNIT,'(A,4I5)') 'Atoms defining dihedral: ',DIHEDRALGROUPAXIS(J1,1),DIHEDRALGROUPAXIS(J1,2),
3729:      &       DIHEDRALGROUPAXIS(J1,2),DIHEDRALGROUPAXIS(J1,2)3725:      &       DIHEDRALGROUPAXIS(J1,2),DIHEDRALGROUPAXIS(J1,2)
3730:             WRITE(MYUNIT,'(A,F5.2)') 'Rotation scaling: ',DIHEDRALGROUPSCALING(J1)3726:             WRITE(MYUNIT,'(A,F5.2)') 'Rotation scaling: ',DIHEDRALGROUPSCALING(J1)
3731:             WRITE(MYUNIT,'(A,F5.2)') 'Selection probablity: ',DIHEDRALGROUPPSELECT(J1)3727:             WRITE(MYUNIT,'(A,F5.2)') 'Selection probablity: ',DIHEDRALGROUPPSELECT(J1)
3732:             WRITE(MYUNIT,'(A)') 'Members:'3728:             WRITE(MYUNIT,'(A)') 'Members:'
3733:             DO J2=1,NATOMSALLOC3729:             DO J2=1,NATOMSALLOC
3734:                IF(DIHEDRALGROUPS(J1,J2)) WRITE(MYUNIT,*) J23730:                IF(DIHEDRALGROUPS(J1,J2)) WRITE(MYUNIT,*) J2
3735:             ENDDO3731:             ENDDO
3736:          ENDDO3732:          ENDDO
3737:          CLOSE(223)3733:          CLOSE(223)
3738:       3734: 
3739:       ELSE IF (WORD.EQ.'BGSMOVE') THEN3735:       ELSE IF (WORD.EQ.'BGSMOVE') THEN
3740:             BGSMOVE=.TRUE. 3736:             BGSMOVE=.TRUE. 
3741:             ! check that DIHEDRALROTATION is turned on3737:             ! check that DIHEDRALROTATION is turned on
3742:             IF (DIHEDRALROTT.EQV..FALSE.) THEN3738:             IF (DIHEDRALROTT.EQV..FALSE.) THEN
3743:                WRITE(MYUNIT,*) "DIHEDRALROTATION must be turned on for BGSMOVE"3739:                WRITE(MYUNIT,*) "DIHEDRALROTATION must be turned on for BGSMOVE"
3744:                STOP3740:                STOP
3745:             ENDIF3741:             ENDIF
3746:          IF (NITEMS.GT.1) THEN3742:          IF (NITEMS.GT.1) THEN
3747:                CALL READF(bgsb1)3743:                CALL READF(bgsb1)
3748:                CALL READF(bgsb2)3744:                CALL READF(bgsb2)
3749:                CALL READF(pselectBGS)3745:                CALL READF(pselectBGS)
3750:          ENDIF3746:          ENDIF
3751:          IF (NITEMS.GT.4) THEN3747:          IF (NITEMS.GT.4) THEN
3752:                CALL READI(NDIHEDRAL_BB_GROUPS)3748:                CALL READI(NDIHEDRAL_BB_GROUPS)
3753:             ELSE3749:             ELSE
3754:                NDIHEDRAL_BB_GROUPS = NDIHEDRALGROUPS3750:                NDIHEDRAL_BB_GROUPS = NDIHEDRALGROUPS
3755:             ENDIF3751:             ENDIF
3756:             !WRITE(MYUNIT,*) "HELIX MOVES turned on, with (Phi0, Psi0)=",PHI0,PSI0,"*pi rad; (PHIk,PSIk)=",PHIk,PSIk3752:             !WRITE(MYUNIT,*) "HELIX MOVES turned on, with (Phi0, Psi0)=",PHI0,PSI0,"*pi rad; (PHIk,PSIk)=",PHIk,PSIk
3757: 3753: 
3758:       ELSE IF (WORD.EQ.'ROTAMERMOVE') THEN 
3759:          STOP 'Rotamer moves not implemented yet.' 
3760:          ROTAMER_MOVET = .TRUE. 
3761:          IF (NITEMS .GT. 1) THEN 
3762:             CALL READA(ROTAMER_SCRIPT) 
3763:          END IF 
3764:  
3765:       ELSE IF (WORD.EQ.'GUIDE') THEN3754:       ELSE IF (WORD.EQ.'GUIDE') THEN
3766:          CALL READF(GUIDECUT)3755:          CALL READF(GUIDECUT)
3767: 3756: 
3768:       ELSE IF (WORD.EQ.'GUPTA') THEN3757:       ELSE IF (WORD.EQ.'GUPTA') THEN
3769:          GUPTAT=.TRUE.3758:          GUPTAT=.TRUE.
3770:          CALL READI(GATOM)3759:          CALL READI(GATOM)
3771: 3760: 
3772: !3761: !
3773: ! js850> Add a harmonic field to the given particles so they dont stray very far3762: ! js850> Add a harmonic field to the given particles so they dont stray very far
3774: !        from their initial conditions.3763: !        from their initial conditions.


r29042/Makefile 2015-11-17 23:33:05.160573958 +0000 r29041/Makefile 2015-11-17 23:33:05.752581897 +0000
 40:  40: 
 41: GPROG =        ../bin/GMIN 41: GPROG =        ../bin/GMIN
 42: CPROG = ../bin/CGMIN 42: CPROG = ../bin/CGMIN
 43: AMHPROG = ../bin/AMHGMIN 43: AMHPROG = ../bin/AMHGMIN
 44: AMBPROG = ../bin/AMBGMIN 44: AMBPROG = ../bin/AMBGMIN
 45: CUDAPROG = ../bin/CUDAGMIN 45: CUDAPROG = ../bin/CUDAGMIN
 46: #QUIPPROG = ../bin/QUIPGMIN 46: #QUIPPROG = ../bin/QUIPGMIN
 47: AMB12PROG = ../bin/AMB12GMIN 47: AMB12PROG = ../bin/AMB12GMIN
 48:  48: 
 49: OBJS1 = porfuncs.o commons.o countatoms.o modamb.o modcharmm.o modmxatms.o modhess.o modamber9.o grouprotation.o dampedmove.o moves.o sanity.o pot_params.o \ 49: OBJS1 = porfuncs.o commons.o countatoms.o modamb.o modcharmm.o modmxatms.o modhess.o modamber9.o grouprotation.o dampedmove.o moves.o sanity.o pot_params.o \
 50:         operations.o overlap.o polirmod.o ps_intra_polir_b.o swmod.o chirality.o grafpack.o mbpol.o precision.o libmbpol.a gauss.o rad.o dihedral.o twist.o \ 50:         operations.o overlap.o polirmod.o ps_intra_polir_b.o swmod.o chirality.o grafpack.o mbpol.o precision.o libmbpol.a gauss.o rad.o dihedral.o twist.o
 51:         rotamer_move.o 
 52: OBJS2 =        centre.o genrigid.o rotations.o finalio.o modconsts_trans_97.o modconsts.o dist.o tryexchange.o \ 51: OBJS2 =        centre.o genrigid.o rotations.o finalio.o modconsts_trans_97.o modconsts.o dist.o tryexchange.o \
 53:         io1.o keywords.o  main.o mc.o mcruns.o morse.o \ 52:         io1.o keywords.o  main.o mc.o mcruns.o morse.o \
 54:         potential.o quench.o dprand.o saveit.o seed.o \ 53:         potential.o quench.o dprand.o saveit.o seed.o \
 55:         sort.o sort2.o sort3.o sort4.o takestep.o mycpu_time.o trans.o \ 54:         sort.o sort2.o sort3.o sort4.o takestep.o mycpu_time.o trans.o \
 56:         finalq.o symmetry.o symmetrycsm.o ptgrp.o eigsrt.o SiSW.o taboo.o reseed.o newinertia.o supermc.o pgsym.o pgsym_mod.o\ 55:         finalq.o symmetry.o symmetrycsm.o ptgrp.o eigsrt.o SiSW.o taboo.o reseed.o newinertia.o supermc.o pgsym.o pgsym_mod.o\
 57:         tosifumi.o ortho.o compress.o mylbfgs.o mymylbfgs.o input.o ddfpmin.o dlnsrch.o cgmin.o linmin.o \ 56:         tosifumi.o ortho.o compress.o mylbfgs.o mymylbfgs.o input.o ddfpmin.o dlnsrch.o cgmin.o linmin.o \
 58:         brent.o mnbrak.o dbrent.o f1dim.o zwischen.o hsmove.o PachecoC60.o AT.o EAMLJ_sub.o \ 57:         brent.o mnbrak.o dbrent.o f1dim.o zwischen.o hsmove.o PachecoC60.o AT.o EAMLJ_sub.o \
 59:         Pbglue.o wenzel.o odesd.o capsid.o rigidfuncs.o tip.o pah.o strand.o \ 58:         Pbglue.o wenzel.o odesd.o capsid.o rigidfuncs.o tip.o pah.o strand.o \
 60:         SW.o qmod.o ljpbin.o fdm.o dftb.o ljpshift.o dzugutov.o ljcoulomb.o \ 59:         SW.o qmod.o ljpbin.o fdm.o dftb.o ljpshift.o dzugutov.o ljcoulomb.o \
 61:         binary_id_swaps.o homoref.o homoref_addons.o enperms.o multiperm.o mie_field.o boxcentroid.o \ 60:         binary_id_swaps.o homoref.o homoref_addons.o enperms.o multiperm.o mie_field.o boxcentroid.o \
568: gbcalamitic.o: commons.o567: gbcalamitic.o: commons.o
569: gbdiscotic.o:  commons.o568: gbdiscotic.o:  commons.o
570: gbddp.o:       commons.o569: gbddp.o:       commons.o
571: gem.o:         commons.o570: gem.o:         commons.o
572: grnd.o:        commons.o571: grnd.o:        commons.o
573: harmonic.o:    commons.o572: harmonic.o:    commons.o
574: hmat1n.o:      commons.o573: hmat1n.o:      commons.o
575: hmatd_.o:      commons.o574: hmatd_.o:      commons.o
576: hsmove.o:      commons.o575: hsmove.o:      commons.o
577: io1.o:         commons.o modamb.o modperm.o qmod.o modcharmm.o porfuncs.o BGupta.o sandbox.o py.o576: io1.o:         commons.o modamb.o modperm.o qmod.o modcharmm.o porfuncs.o BGupta.o sandbox.o py.o
578: keywords.o:    commons.o modamb.o modcharmm.o porfuncs.o ga_modules.o BGupta.o glj_yukawa.o chiro.o sandbox.o restraindistance.o polirmod.o swmod.o chirality.o mbpol.o parse_pot_params.o ${AMB12DUM} twist.o rotamer_move.o577: keywords.o:    commons.o modamb.o modcharmm.o porfuncs.o ga_modules.o BGupta.o glj_yukawa.o chiro.o sandbox.o restraindistance.o polirmod.o swmod.o chirality.o mbpol.o parse_pot_params.o ${AMB12DUM} twist.o
579: linmin.o:      commons.o modf1com.o578: linmin.o:      commons.o modf1com.o
580: linrod.o:      commons.o579: linrod.o:      commons.o
581: ljcoulomb.o:   commons.o580: ljcoulomb.o:   commons.o
582: lj.o:          commons.o 581: lj.o:          commons.o 
583: ljgh.o:        commons.o modhess.o582: ljgh.o:        commons.o modhess.o
584: ljpbin.o:      commons.o583: ljpbin.o:      commons.o
585: ljpshift.o:    commons.o neighbor_list.o neighbor_list_bin.o cell_lists.o cell_lists_binary.o neighbor_list_moveone.o584: ljpshift.o:    commons.o neighbor_list.o neighbor_list_bin.o cell_lists.o cell_lists_binary.o neighbor_list_moveone.o
586: #gmin_quip_wrapper.o: commons.o585: #gmin_quip_wrapper.o: commons.o
587: lwotp.o:       commons.o rbperm.o586: lwotp.o:       commons.o rbperm.o
588: newpah.o:      commons.o587: newpah.o:      commons.o


r29042/rotamer_move.F90 2015-11-17 23:33:05.548579160 +0000 r29041/rotamer_move.F90 2015-11-17 23:33:06.132586993 +0000
  1: MODULE ROTAMER  1: svn: E195012: Unable to find repository location for 'svn+ssh://svn.ch.private.cam.ac.uk/groups/wales/trunk/GMIN/source/rotamer_move.F90' in revision 29041
  2:    IMPLICIT NONE 
  3:    LOGICAL                 :: ROTAMER_MOVET 
  4:    CHARACTER(LEN=100)      :: ROTAMER_SCRIPT 
  5:  
  6: CONTAINS 
  7:  
  8: SUBROUTINE ROTAMER_INITIALISE() 
  9:    IMPLICIT NONE 
 10:  
 11: ! If the Makefile/CMake have defined _SVN_ROOT_, we can use that to show where the 
 12: ! rotamer python script should be. If not, rely on the user-defined location. 
 13: #ifdef _SVN_ROOT_ 
 14:    CALL SYSTEM(_SVN_ROOT_ // '/SCRIPTS/AMBER/rotamer/rotamer.py' // ' coords.prmtop') 
 15: #else 
 16:    CALL SYSTEM(TRIM(ADJUSTL(ROTAMER_SCRIPT)) // ' coords.prmtop') 
 17: #endif  
 18: END SUBROUTINE ROTAMER_INITIALISE 
 19:  
 20: END MODULE ROTAMER 


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