hdiff output

r33144/GMIN.tex 2017-08-08 14:30:15.398804636 +0100 r33143/GMIN.tex 2017-08-08 14:30:15.674808336 +0100
363: C$_{60}$.\cite{pachecor97} 363: C$_{60}$.\cite{pachecor97} 
364: {\it zstar\/} is the coefficient multiplying this term.364: {\it zstar\/} is the coefficient multiplying this term.
365: 365: 
366: \item {\it BASIN bgmax\/}: specifies a basin-hopping run (as opposed to standard MC366: \item {\it BASIN bgmax\/}: specifies a basin-hopping run (as opposed to standard MC
367: on the untransformed surface). {\it bgmax\/} is the convergence threshold367: on the untransformed surface). {\it bgmax\/} is the convergence threshold
368: on the RMS force in the basin-hopping368: on the RMS force in the basin-hopping
369: quenches. If this criterion is too strict then the run time will be greatly increased.369: quenches. If this criterion is too strict then the run time will be greatly increased.
370: If it is too sloppy then the performance of the algorithm is impaired. Different values370: If it is too sloppy then the performance of the algorithm is impaired. Different values
371: are needed for different potentials. {\it SLOPPYCONV} can be used instead.371: are needed for different potentials. {\it SLOPPYCONV} can be used instead.
372: 372: 
373: \item{\it BENZRIGIDEWALD ewaldrealc ewaldrecipc\/}: calls anisotropic potential developed by \cite{TottonMK10} 
374: for periodic systems of rigid benzene molecules and uses Ewald summation to compute the long-range electrostatics. 
375: {\it ewaldrealc\/} and {\it ewaldrecipc\/} specify the real-space and reciprocal-space cutoff values for 
376: the Ewald summation. The cell dimensions should be specified using the {\it PERIODIC\/} keyword. This potential 
377: works for both orthorhombic and triclinic cells. Also, the {\it RIGIDINIT\/} keyword must be specified. Also, the  
378: energy gradient with respect to cell parameters is computed if the {\it BOXDERIV\/} keyword is used. 
380: \item {\it BFGS}: specifies that the full BFGS minimiser should be used. Inefficient compared to LBFGS.373: \item {\it BFGS}: specifies that the full BFGS minimiser should be used. Inefficient compared to LBFGS.
381: 374: 
382: \item {\it BGUPTAT NTYPEA AAA PAA QAA ZAA R0AA}: One of the required keywords to specify a Binary Gupta run. 375: \item {\it BGUPTAT NTYPEA AAA PAA QAA ZAA R0AA}: One of the required keywords to specify a Binary Gupta run. 
383: NTYPEA is specified, followed by the potential parameters for the A-A interactions. See also BGUPTATAB and BGUPTATBB.376: NTYPEA is specified, followed by the potential parameters for the A-A interactions. See also BGUPTATAB and BGUPTATBB.
384: [NB: Per-atom energies will be stored.]377: [NB: Per-atom energies will be stored.]
385: 378: 
386: \item {\it BGUPTATAB AAB PAB QAB ZAB R0AB}: The line to specify the potential parameters for the A-B interactions 379: \item {\it BGUPTATAB AAB PAB QAB ZAB R0AB}: The line to specify the potential parameters for the A-B interactions 
387: for a Binary Gupta run.380: for a Binary Gupta run.
388: 381: 
389: \item {\it BGUPTATBB ABB PBB QBB ZBB R0BB}: Specifies the B-B interaction parameters.382: \item {\it BGUPTATBB ABB PBB QBB ZBB R0BB}: Specifies the B-B interaction parameters.
435: with the same form as the {\it BLN} potential. The parameters $k_r$428: with the same form as the {\it BLN} potential. The parameters $k_r$
436: and $k_\theta$ are the same as those used for the {\it BLN} keword and a {\tt429: and $k_\theta$ are the same as those used for the {\it BLN} keword and a {\tt
437: BLNsequence} file is required. Also needed is an auxiliary file, {\tt430: BLNsequence} file is required. Also needed is an auxiliary file, {\tt
438: contactmap}, containing the pairs of residues in contact in the native state of the protein431: contactmap}, containing the pairs of residues in contact in the native state of the protein
439: with one pair of residue numbers in each line of the file. An optional432: with one pair of residue numbers in each line of the file. An optional
440: parameter, $\lambda$, specifies the strength of the non-native interactions in a433: parameter, $\lambda$, specifies the strength of the non-native interactions in a
441: scaled {\it BLN} potential \cite{KimKS09}.434: scaled {\it BLN} potential \cite{KimKS09}.
442: 435: 
443: \item {\it BOXCENTROID x y z dx dy dz (ix iy iz)}: confine the system centroid to region {\it (x$\pm$dx, y$\pm$dy, z$\pm$dz)}. Intended for systems interacting with an external field, e.g. a cluster supported on a substrate modelled using keyword {\it MIE\_FIELD}. The cluster centroid will be checked after each random perturbation (before quenching!), and on each step of the {\it QALCS\_SURF} procedure (if used, and also before quenching). When a centroid coordinate (say {\it x\_c}) ventures outside the corresponding range ({\it x$\pm$dx}), that centroid coordinate is translated back to {\it x}. If any of the optional integer parameters {\it (ix, iy, iz)} are set to unity (default value is zero), then the translation vector(s) in the corresponding direction(s) will be restricted to integer multiples of {\it dx} and/or {\it dy} and/or {\it dz}. This additional feature is intended for periodic external fields, e.g. a periodic substrate, in which case {\it dx/dy/dz} ought to match the period.436: \item {\it BOXCENTROID x y z dx dy dz (ix iy iz)}: confine the system centroid to region {\it (x$\pm$dx, y$\pm$dy, z$\pm$dz)}. Intended for systems interacting with an external field, e.g. a cluster supported on a substrate modelled using keyword {\it MIE\_FIELD}. The cluster centroid will be checked after each random perturbation (before quenching!), and on each step of the {\it QALCS\_SURF} procedure (if used, and also before quenching). When a centroid coordinate (say {\it x\_c}) ventures outside the corresponding range ({\it x$\pm$dx}), that centroid coordinate is translated back to {\it x}. If any of the optional integer parameters {\it (ix, iy, iz)} are set to unity (default value is zero), then the translation vector(s) in the corresponding direction(s) will be restricted to integer multiples of {\it dx} and/or {\it dy} and/or {\it dz}. This additional feature is intended for periodic external fields, e.g. a periodic substrate, in which case {\it dx/dy/dz} ought to match the period.
444: 437: 
445: \item{\it BOXDERIV boxlx boxly boxlz alpha beta gamma\/}: computes the energy gradient with respect to cell lengths and angles 
446: for periodic systems where the unit cell parameters are also optimized. {\it boxlx, boxly, boxlz, alpha, beta, gamma\/} are the 
447: box lengths and angles, in radians, of the initial structure. If only the box lengths are given, the cell will be taken as  
448: orthorhombic, and only the cell lengths will be optimized. The cell lengths and angles of the initial structure should also 
449: be specified using the {\it PERIODIC\/} keyword. If the gradients wrt cell parameters are being calculated for a system 
450: using atomic, Cartesian coordinates, the initial coordinates in the {\tt coords} file should be in fractional coordinates. If 
451: the gradients wrt cell parameters are being calculated for a system using rigid body coordinates, the initial coordinates 
452: coordinates should be given in the usual way for GENRIGID, and the {\it RIGIDINIT\/} keyword should be used. 
454: \item{\it BOXSTEP boxstepfreq\/}: for use with the framework for optimizing cell parameters using the {\it BOXDERIV\/} keyword. 
455: Randomly changes the cell lengths and angles every {\it boxstepfreq\/} basin-hopping stes. 
457: \item {\it BSMIN\/}: specifies a Bulirsch-Stoer minimisation scheme. 438: \item {\it BSMIN\/}: specifies a Bulirsch-Stoer minimisation scheme. 
458: Very inefficient compared to LBFGS.439: Very inefficient compared to LBFGS.
459: 440: 
460: \item {\it BSPT histmin histmax ptemin ptemax pttmin pttmax exchprob nequil ptsteps nquench nenrper hbins qfrq\/}: 441: \item {\it BSPT histmin histmax ptemin ptemax pttmin pttmax exchprob nequil ptsteps nquench nenrper hbins qfrq\/}: 
461: requests a basin-sampling run to accumulate the quench probability for local minima 442: requests a basin-sampling run to accumulate the quench probability for local minima 
462: as a function of potential energy using 443: as a function of potential energy using 
463: a parallel-tempering algorithm. 444: a parallel-tempering algorithm. 
464: This keyword also specifies the energy range for the histogram of quench energies,445: This keyword also specifies the energy range for the histogram of quench energies,
465: {\it histmin\/} to {\it histmax\/},446: {\it histmin\/} to {\it histmax\/},
466: the energy range for the histogram of instantaneous configurations, {\it ptemin} to {\it ptemax}, 447: the energy range for the histogram of instantaneous configurations, {\it ptemin} to {\it ptemax}, 
722: The default is $0.02$ but different values are appropriate for different potentials.703: The default is $0.02$ but different values are appropriate for different potentials.
723: 704: 
724: \item {\it ENPERMS\/}: Enumerate all distinct permutations of a binary system (0 \textless NTYPEA \textless NATOMS) using Lehmer's algorithm. Instead of a traditional geometry-perturbing step, Lehmer's algorithm will generate a new permutationl isomer by swapping the coordinates of two deterministically-picked unlike atoms. The procedure terminates once all the distinct permutations have been enumerated. 705: \item {\it ENPERMS\/}: Enumerate all distinct permutations of a binary system (0 \textless NTYPEA \textless NATOMS) using Lehmer's algorithm. Instead of a traditional geometry-perturbing step, Lehmer's algorithm will generate a new permutationl isomer by swapping the coordinates of two deterministically-picked unlike atoms. The procedure terminates once all the distinct permutations have been enumerated. 
725:  706:  
726: \item {\it EQUILIBRATION equil DumpEveryNthQuench\/}: {\it equil} is the number of 707: \item {\it EQUILIBRATION equil DumpEveryNthQuench\/}: {\it equil} is the number of 
727: MC steps preceding the accumulation of the708: MC steps preceding the accumulation of the
728: density of states histogram in a Wang-Landau709: density of states histogram in a Wang-Landau
729: basin-sampling run. The default is 0. {\it DumpEveryNthQuench} specifies how often the710: basin-sampling run. The default is 0. {\it DumpEveryNthQuench} specifies how often the
730: statistics are recorded into the output files.711: statistics are recorded into the output files.
731: 712: 
732: \item{\it EWALD N ewaldrealc ewaldrecipc \/}: computes long-range potentials (such as electrostatics) 
733: using Ewald summation. {\it N\/} specificies the order of the potential (use 1 for electrostatics). 
734: {\it ewaldrealc\/} and {\it ewaldrecipc\/} are the real-space and reciprocal-space cutoffs. This 
735: should only be used with periodic systems, so the {\it PERIODIC\/} keyword must be specified. 
737: \item {\it EXEQ n}: for use with the {\it RESERVOIR\/} keyword. After a configuration is713: \item {\it EXEQ n}: for use with the {\it RESERVOIR\/} keyword. After a configuration is
738: taken from the reservoir by the lowest temperature non-reservoir replica we do not714: taken from the reservoir by the lowest temperature non-reservoir replica we do not
739: record visits statistics for {\it n} steps. This allows some local equilibration if715: record visits statistics for {\it n} steps. This allows some local equilibration if
740: the configuration is not truely equilibrium.716: the configuration is not truely equilibrium.
741: 717: 
742: \item {\it EXPANDRIGID freq factor (NORMALISE)}: for use with the generalised rigid body framework, 718: \item {\it EXPANDRIGID freq factor (NORMALISE)}: for use with the generalised rigid body framework, 
743: {\it RIGIDINIT}. Expands the system by a factor of {\it factor} by scaling the distance719: {\it RIGIDINIT}. Expands the system by a factor of {\it factor} by scaling the distance
744: of each rigid body from the centre of mass of the system every {\it freq} steps. If the third argument {\it NORMALISE}720: of each rigid body from the centre of mass of the system every {\it freq} steps. If the third argument {\it NORMALISE}
745: is used, all rigid bodies are simply translated by {\it factor} from the system centre of mass.721: is used, all rigid bodies are simply translated by {\it factor} from the system centre of mass.
746: 722: 
1456: The Axilrod-Teller contribution, specified with the {\it AXTELL\/} keyword, is included1432: The Axilrod-Teller contribution, specified with the {\it AXTELL\/} keyword, is included
1457: when the RMS force falls below the value entered with {\it GUIDECUT\/}.1433: when the RMS force falls below the value entered with {\it GUIDECUT\/}.
1458: 1434: 
1459: \item{\it PAH}: specifies a polycyclic aromatic hydrocarbon potential.1435: \item{\it PAH}: specifies a polycyclic aromatic hydrocarbon potential.
1460: 1436: 
1461: \item {\it PAHA n\/}: calls a finite system of polycyclic aromatic hydrocarbons (PAH) interacting 1437: \item {\it PAHA n\/}: calls a finite system of polycyclic aromatic hydrocarbons (PAH) interacting 
1462: via a general anisotropic potential developed from first principles \cite{TottonMK10}. The PAH ID  1438: via a general anisotropic potential developed from first principles \cite{TottonMK10}. The PAH ID  
1463: {\it n} defines the PAH molecule: 1 for benzene, 2 for naphthalene, 3 for anthracene, and 4 for1439: {\it n} defines the PAH molecule: 1 for benzene, 2 for naphthalene, 3 for anthracene, and 4 for
1464: pyrene.1440: pyrene.
1465: 1441: 
1466: \item{\it PAHAGENRIGID n\/}: calls a finite system of polycyclic aromatic hydrocarbons (PAH) interacting 
1467: via a general anisotropic potential developed from first principles \cite{TottonMK10}. This potential has 
1468: been adapted to the GENRIGID framework for rigid bodies (also use the {\it RIGIDINIT\/} keyword). The PAH ID 
1469: {\it n} defines the PAH molecule: 1 for benzene, 2 for napthalene, 3 for anthracene, and 4 for pyrene.  
1471: \item{\it PAIRDIST pair1a pair1b pair2a pair2b...}: enables tracking of the distances between pairs of atoms during a GMIN run. Atom pairs may1442: \item{\it PAIRDIST pair1a pair1b pair2a pair2b...}: enables tracking of the distances between pairs of atoms during a GMIN run. Atom pairs may
1472: be specified in the keyword definition as shown, or in the file {\tt pairdist} with a pair of atoms on each line. The pair distances are1443: be specified in the keyword definition as shown, or in the file {\tt pairdist} with a pair of atoms on each line. The pair distances are
1473: calculated after each quench and printed in {\tt pairdists}.1444: calculated after each quench and printed in {\tt pairdists}.
1474: 1445: 
1475: \item {\it PAP npatch alpha s cosdel epsilon\/}: specifies a patch anti-patch potential. Each body consists of a Lennard-Jones core, range parameter {\it alpha\/}, with {\it npatch\/} patches and {\it npatch\/} anti-patches. The patch anti-patch attraction has a range specified by {\it s\/}, a width specified by {\it cosdel\/} and a strength specified by {\it epsilon\/}. If {\it npatch\/} is set to zero, site information will be read in from the file {\tt papsites.xyz\/}.1446: \item {\it PAP npatch alpha s cosdel epsilon\/}: specifies a patch anti-patch potential. Each body consists of a Lennard-Jones core, range parameter {\it alpha\/}, with {\it npatch\/} patches and {\it npatch\/} anti-patches. The patch anti-patch attraction has a range specified by {\it s\/}, a width specified by {\it cosdel\/} and a strength specified by {\it epsilon\/}. If {\it npatch\/} is set to zero, site information will be read in from the file {\tt papsites.xyz\/}.
1476: 1447: 
1477: \item {\it PARALLEL npar GMIN\/}: {\it npar\/} is the number of parallel runs within GMIN.1448: \item {\it PARALLEL npar GMIN\/}: {\it npar\/} is the number of parallel runs within GMIN.
1478: If the word "GMIN" is present as the second argument, the calculation will proceed until the1449: If the word "GMIN" is present as the second argument, the calculation will proceed until the
1479: same lowest energy is recorded in each trajectory.1450: same lowest energy is recorded in each trajectory.
1480: 1451: 
1481: \item {\it PBGLUE\/}: specifies a glue potential for lead.1452: \item {\it PBGLUE\/}: specifies a glue potential for lead.
1482: 1453: 
1483: \item {\it PERCOLATE dist comp cutoff\/}: specifies that particles are prevented from evaporating using a system based on maintaining a percolating graph of particles, rather than using a container, with {\it dist\/} as the maximum distance at which particles are considered to be connected. An optional harmonic compression potential can be specified with force constant {\it comp\/}, to be turned off below RMS force {\it cutoff\/}. Currently, the step size is limited to {\it dist\/} squared.1454: \item {\it PERCOLATE dist comp cutoff\/}: specifies that particles are prevented from evaporating using a system based on maintaining a percolating graph of particles, rather than using a container, with {\it dist\/} as the maximum distance at which particles are considered to be connected. An optional harmonic compression potential can be specified with force constant {\it comp\/}, to be turned off below RMS force {\it cutoff\/}. Currently, the step size is limited to {\it dist\/} squared.
1484: 1455: 
1485: \item {\it PERIODIC boxlx boxly boxlz alpha beta gamma\/}: specifies periodic boundary conditions for1456: \item {\it PERIODIC boxlx boxly boxlz\/}: specifies periodic boundary conditions for
1486: potentials which understand such a directive. The three variables {\it boxlx, boxly, boxlz\/} are the1457: potentials which understand such a directive (such as tight-binding silicon). The three
1487: box lengths. If only one box length is given, the others are set to the same value to give a cube.1458: double precision variables are the box lengths. If only one box length is given the
1488: The three variables {\it alpha, beta, gamma\/} are the box angles in radians. If the box angles are1459: others are set to the same value to give a cube.
1489: not given, the box is taken to be orthorhombic.  
1490: 1460: 
1491: \item {\it PERMDIST x\/}: minimise distances between 1461: \item {\it PERMDIST x\/}: minimise distances between 
1492: the coordinates in files {\tt coords} and the1462: the coordinates in files {\tt coords} and the
1493: fixed coordinates in file {\tt finish} with respect to permutational isomerisation.1463: fixed coordinates in file {\tt finish} with respect to permutational isomerisation.
1494: Requires the auxiliary file {\tt perm.allow} to specify permutable atoms, otherwise1464: Requires the auxiliary file {\tt perm.allow} to specify permutable atoms, otherwise
1495: all atoms are assumed to be permutable. The absence of a {\tt perm.allow}1465: all atoms are assumed to be permutable. The absence of a {\tt perm.allow}
1496: file is considered a mistake for {\it CHARMM\/} runs.1466: file is considered a mistake for {\it CHARMM\/} runs.
1497: The parameter {\it x} is the distance tolerance for assigning atoms to orbits1467: The parameter {\it x} is the distance tolerance for assigning atoms to orbits
1498: in the {\bf myorient} standard orientation routine, default value 0.001. 1468: in the {\bf myorient} standard orientation routine, default value 0.001. 
1499: If {\it x} is too small it is possible for permutational isomers to be missed,1469: If {\it x} is too small it is possible for permutational isomers to be missed,

Lines Added 
Lines changed
 Lines Removed

hdiff - version: 2.1.0