hdiff output

r32833/PATHSAMPLE.tex 2018-02-22 12:17:39.601833558 +0000 r32832/PATHSAMPLE.tex 2018-02-22 12:17:39.801836371 +0000
828: \item {\it IGNOREPAIRS value \/}: value is either TRUE or FALSE. If set to TRUE, previously828: \item {\it IGNOREPAIRS value \/}: value is either TRUE or FALSE. If set to TRUE, previously
829: searched pairs will be ignored in the Dijkstra analysis in the Dijinit subroutine.829: searched pairs will be ignored in the Dijkstra analysis in the Dijinit subroutine.
830: 830: 
831: \item {\it IMFRQ\/}: specifies that the {\tt ts.data} file should contain a ninth 831: \item {\it IMFRQ\/}: specifies that the {\tt ts.data} file should contain a ninth 
832: column containing the unique negative Hessian eigenvalue. This832: column containing the unique negative Hessian eigenvalue. This
833: is the eigenvalue corresponding to the imaginary normal mode frequency.833: is the eigenvalue corresponding to the imaginary normal mode frequency.
834: See also the {\it FRICTION\/} keyword, which implies the same format for834: See also the {\it FRICTION\/} keyword, which implies the same format for
835: {\tt ts.data} and calculates the rate constants using a phenomenological835: {\tt ts.data} and calculates the rate constants using a phenomenological
836: description of dynamical solvent friction.836: description of dynamical solvent friction.
837: 837: 
838: \item {\it INITIALDISTANCE disbound\/}: use a fictitious fixed distance {\it disbound} for pairs of minima 
839: in {\it DIJINITSTART\/} and {\it DIJINITCONT} runs. 
840: The true distance is only calculated when the connection appears in the Dijkstra missing connection 
841: best path, and the Dijkstra analysis is repeated until all the steps in the best path involve connected minima 
842: or pairs where the true distance is known. 
843: With a small {\it disbound}  we calculate all the true distances, because the small distance makes it into the best path.  
844: With a large {\it disbound}  we will accept larger true distances into the best path, so fewer distance calculations will be needed. 
845: The objective is to stop pair distance calculations from slowing down initial pathway attempts, 
846: where a large number of permutable groups can be a problem, especially for {\it LPERMDIST\/}. 
847: The current distance values are saved in file {\tt allpairs} and held in memory in vector ALLPAIRS. 
848: If a database grows very large without an initial connection being found, this vector may cease to 
849: fit in available memory. 
850: The algorithm is similar to the one presented by Noe et al.~JCTC, {\bf 2}, 840, 2006.  
852: \item{\it INTCONSTRAINT intconstrainttol intconstraintdel intconstraintrep intconstrainrepcut838: \item{\it INTCONSTRAINT intconstrainttol intconstraintdel intconstraintrep intconstrainrepcut
853: intconsep intrepsep \/} 839: intconsep intrepsep \/} 
854: specifies quasi-continuous interpolation via an auxiliary constraint potential, as840: specifies quasi-continuous interpolation via an auxiliary constraint potential, as
855: for {\tt OPTIM}. Note that some of the {\tt OPTIM} parameters are not needed841: for {\tt OPTIM}. Note that some of the {\tt OPTIM} parameters are not needed
856: for {\tt PATHSAMPLE}, and are omitted.842: for {\tt PATHSAMPLE}, and are omitted.
857: In {\tt PATHSAMPLE} this keyword is only used to define the QCI metric, which can843: In {\tt PATHSAMPLE} this keyword is only used to define the QCI metric, which can
858: be used in selecting minima for connection. It is never used with any intervening844: be used in selecting minima for connection. It is never used with any intervening
859: images. {\tt PATHSAMPLE} does not use {\tt congeom} or {\tt congeom.dat} files:845: images. {\tt PATHSAMPLE} does not use {\tt congeom} or {\tt congeom.dat} files:
860: it simply calculated the QCI metric based on pairs of local minima.846: it simply calculated the QCI metric based on pairs of local minima.
861: {\it intconstrainttol\/} is used to determine constrained distances. The deviation847: {\it intconstrainttol\/} is used to determine constrained distances. The deviation

Lines Added 
Lines changed
 Lines Removed

hdiff - version: 2.1.0