hdiff output

r32793/OPTIM.tex 2017-06-14 12:30:24.103767942 +0100 r32792/OPTIM.tex 2017-06-14 12:30:24.683775601 +0100
1491: to lower the energy allowed in a minimisation before giving up.1491: to lower the energy allowed in a minimisation before giving up.
1492: 1492: 
1493: \item {\it MAXGAP \/}: specifies that in {\it NEWCONNECT\/} runs1493: \item {\it MAXGAP \/}: specifies that in {\it NEWCONNECT\/} runs
1494: only one connection attempt is made per cycle, corresponding to the1494: only one connection attempt is made per cycle, corresponding to the
1495: minima spearated by the largest gap.1495: minima spearated by the largest gap.
1496: 1496: 
1497: \item {\it MAXGROWSTEPS n\/}: For the growing string double-ended connection1497: \item {\it MAXGROWSTEPS n\/}: For the growing string double-ended connection
1498:   method, specify a maximum number of steps allowed before another image is1498:   method, specify a maximum number of steps allowed before another image is
1499:   added to the growing string. Default is 1000. 1499:   added to the growing string. Default is 1000. 
1500: 1500: 
1501: \item {\it MAXIMFACTOR x\/}: this is the factor used in {\tt output.f90} to identify local maxima for hybrid EF ts searches; 
1502: the default is $x=10$. It multiplies EDIFFTOL. 
1503:  
1504: \item {\it MAXLENPERIM x\/}: will stop the entire job if the total string1501: \item {\it MAXLENPERIM x\/}: will stop the entire job if the total string
1505:   length for the growing strings or evolving strings method goes above {\it x}1502:   length for the growing strings or evolving strings method goes above {\it x}
1506:   times the total number of images. This usually means that something is going1503:   times the total number of images. This usually means that something is going
1507:   wrong with the string. Default is 1000. 1504:   wrong with the string. Default is 1000. 
1508: 1505: 
1509: \item {\it MAXMAX x\/}: specifies the maximum value that the maximum step size 1506: \item {\it MAXMAX x\/}: specifies the maximum value that the maximum step size 
1510: is allowed to rise to. The default value is $0.5$.1507: is allowed to rise to. The default value is $0.5$.
1511: {\it MAXMAX\/} is also used as the uphill step size in hybrid eigenvector-following1508: {\it MAXMAX\/} is also used as the uphill step size in hybrid eigenvector-following
1512: transition state searches if the eigenvalue of the direction being followed is positive.1509: transition state searches if the eigenvalue of the direction being followed is positive.
1513: 1510: 


r32793/PATHSAMPLE.tex 2017-06-14 12:30:24.379771620 +0100 r32792/PATHSAMPLE.tex 2017-06-14 12:30:24.987779615 +0100
960: with the Hessian and mass-weighted Hessian should be read from {\tt min.data.info\/}960: with the Hessian and mass-weighted Hessian should be read from {\tt min.data.info\/}
961: files and recorded in {\tt min.data}.961: files and recorded in {\tt min.data}.
962: These eigenvalues can then be used in combination with {\it DUMMYTS\/}962: These eigenvalues can then be used in combination with {\it DUMMYTS\/}
963: to estimate the energy and frequency factor associated with dummy transition states.963: to estimate the energy and frequency factor associated with dummy transition states.
964: The {\it LOWESTFRQ\/} keyword must also appear in {\tt odata.bhinterp} or {\tt odata.bisect}.964: The {\it LOWESTFRQ\/} keyword must also appear in {\tt odata.bhinterp} or {\tt odata.bisect}.
965: The current estimate for dummy transition state parameters does not require these965: The current estimate for dummy transition state parameters does not require these
966: extra data.966: extra data.
967: 967: 
968: \item {\it LPERMDIST n thresh cut orbittol\/}: provides the preferred local968: \item {\it LPERMDIST n thresh cut orbittol\/}: provides the preferred local
969: permutational alignment procedure.969: permutational alignment procedure.
970: {\it PERMDIST\/} may be a better option for large biomolecules until the 
971: database actually contains a connection (see end of paragraph). 
972: {\it n\/} is the maximum number of extra atoms to include in running970: {\it n\/} is the maximum number of extra atoms to include in running
973: {\bf minperm\/} for each permutable group (default 4), rather than971: {\bf minperm\/} for each permutable group (default 4), rather than
974: treating the whole system at the same time, as for {\it PERMDIST}.972: treating the whole system at the same time, as for {\it PERMDIST}.
975: The extra atoms that define the neighbourhood of the permutable group are973: The extra atoms that define the neighbourhood of the permutable group are
976: added one at a time in order of their distance from the centre of coordinates of the974: added one at a time in order of their distance from the centre of coordinates of the
977: group, averaged over the start and finish geometries.975: group, averaged over the start and finish geometries.
978: If the optimal aligned distance is greater than {\it thresh\/} (default value 0.2)976: If the optimal aligned distance is greater than {\it thresh\/} (default value 0.2)
979: then the atom is not included in the neighbour list.977: then the atom is not included in the neighbour list.
980: This procedure continues until there are {\it n\/} atoms in the neighbour list,978: This procedure continues until there are {\it n\/} atoms in the neighbour list,
981: or no more atoms within the cutoff distance {\it cut\/}, default 10.0.979: or no more atoms within the cutoff distance {\it cut\/}, default 10.0.
982: The parameter {\it orbittol} is the distance tolerance for assigning atoms to orbits980: The parameter {\it orbittol} is the distance tolerance for assigning atoms to orbits
983: in the {\bf myorient} standard orientation routine, default value 0.001.981: in the {\bf myorient} standard orientation routine, default value 0.001.
984: This keyword requires the auxiliary file {\tt perm.allow} to specify permutable atoms, otherwise982: This keyword requires the auxiliary file {\tt perm.allow} to specify permutable atoms, otherwise
985: all atoms are assumed to be permutable. The absence of a {\tt perm.allow}983: all atoms are assumed to be permutable. The absence of a {\tt perm.allow}
986: file is considered a mistake for {\it CHARMM\/} runs.984: file is considered a mistake for {\it CHARMM\/} runs.
987: WARNING: {\it LPERMDIST\/} can slow down {\it DIJINITCONT\/} runs dramatically 
988: for large biomolecules with many permutable groups if the database grows beyond a 
989: thousand minima without finding an iniial connection. 
990: In fact, {\it PERMDIST\/} in the {\tt pathdata} file may be OK (and much faster) 
991: so long as {\it LPERMDIST\/} is used for {\tt OPTIM}, which would fix any 
992: bad permutational alignments before starting a transition state search. 
993: 985: 
994: \item {\it MACHINE\/}: if specified, certain files are written and read as986: \item {\it MACHINE\/}: if specified, certain files are written and read as
995: binary rather than plain text.987: binary rather than plain text.
996: 988: 
997: \item {\it MACROCYCLE n\/}: sets up permutational isomers for a989: \item {\it MACROCYCLE n\/}: sets up permutational isomers for a
998: macrocyclic system. The number of repeat units in the macrocycle is given by990: macrocyclic system. The number of repeat units in the macrocycle is given by
999: {\it n} (e.g. {\it n}=4 for cyclo-[Gly$_4$]). The order of the atoms in991: {\it n} (e.g. {\it n}=4 for cyclo-[Gly$_4$]). The order of the atoms in
1000: each repeat unit must be the same and these permutations should not be added to992: each repeat unit must be the same and these permutations should not be added to
1001: the {\tt perm.allow} file. This keyword has only been tested on cyclic peptides using993: the {\tt perm.allow} file. This keyword has only been tested on cyclic peptides using
1002: the AMBER potential.994: the AMBER potential.


legend
Lines Added 
Lines changed
 Lines Removed

hdiff - version: 2.1.0