hdiff output

r31405/GMIN.tex 2017-01-21 10:42:07.792864767 +0000 r31404/GMIN.tex 2017-01-21 10:42:08.484889908 +0000
1076: \item {\it LFLIPS n m kT (mfac)\/}: for every {\it n}th step in the main basin-hopping sequence perform a subsequence of {\it m} steps with flip moves only. This subsequence constitutes an independent block of semi-grand canonical basin-hopping at a given {\it kT}, with the total number of atoms fixed but the relative population of constituent species allowed to vary. In every instance the subsequence starts with the specified value of {\it kT}, which is then multiplied by the (optional) parameter {\it mfac} on each of the {\it m} successive steps. (Default: {\it mfac = 1}.) The keyword {\it SEMIGRAND\_MU} can be used to impose non-zero semi-grand chemical potentials (with respect to the first species). 1076: \item {\it LFLIPS n m kT (mfac)\/}: for every {\it n}th step in the main basin-hopping sequence perform a subsequence of {\it m} steps with flip moves only. This subsequence constitutes an independent block of semi-grand canonical basin-hopping at a given {\it kT}, with the total number of atoms fixed but the relative population of constituent species allowed to vary. In every instance the subsequence starts with the specified value of {\it kT}, which is then multiplied by the (optional) parameter {\it mfac} on each of the {\it m} successive steps. (Default: {\it mfac = 1}.) The keyword {\it SEMIGRAND\_MU} can be used to impose non-zero semi-grand chemical potentials (with respect to the first species). 
1077: 1077: 
1078: \item {\it LFLIPS\_RESET\/}: at the start of every subsequence of flips, the stoichiometry will be reset to the value inferred from the keyword specifying the multicomponent potential. The atomic labels will be reassigned randomly.1078: \item {\it LFLIPS\_RESET\/}: at the start of every subsequence of flips, the stoichiometry will be reset to the value inferred from the keyword specifying the multicomponent potential. The atomic labels will be reassigned randomly.
1079: 1079: 
1080: \item {\it LIGMOVE ligrotscale ligcartstep ligtransstep ligmovefreq\/}: used with {\it AMBER9\/} and {\it MOVABLEATOMS}. Specifies ligand only rotation, cartesian perturbation and translation. The ligand is defined by atom index in the file 'movableatoms'. Setting {\it ligrotscale} less than 1.01080: \item {\it LIGMOVE ligrotscale ligcartstep ligtransstep ligmovefreq\/}: used with {\it AMBER9\/} and {\it MOVABLEATOMS}. Specifies ligand only rotation, cartesian perturbation and translation. The ligand is defined by atom index in the file 'movableatoms'. Setting {\it ligrotscale} less than 1.0
1081: limits the ammount of rotation possible - this may be required to prevent cold fusion with non-spherical ligands. {\it ligcartstep} and {\it ligtransstep} 1081: limits the ammount of rotation possible - this may be required to prevent cold fusion with non-spherical ligands. {\it ligcartstep} and {\it ligtransstep} 
1082: define the maximum size (in angstroms) of the random cartesian perturbations and rigid body translation applied to the ligand respectively. 1082: define the maximum size (in angstroms) of the random cartesian perturbations and rigid body translation applied to the ligand respectively. 
1083: {\it ligmovefreq} can be set to greater than 1 to prevent ligand moves being applied every step i.e. {\it ligmovefreq = 2} for every other step.1083: {\it ligmovefreq} can be set to greater than 1 to prevent ligand moves being applied every step i.e. {\it ligmovefreq = 2} for every other step.
1084: All ligand moves are applied AFTER any MD if {\it AMBERMDMOVES} is on to prevent the MD exploding.    1084: All ligand moves are applied AFTER any MD if {\it AMBERMDMOVES} is on to prevent the MD exploding.    
1085: 1085: 
1086: \item {\it LJADD\/}: specifies an addressable LJ potential. A data file {\tt epsilon} is required 
1087: specifying the well depth parameter $\epsilon$ for all pairs of atoms, one per line. 
1088: Choosing values according to nearest neighbours in a reference geometry can bias the 
1089: system towards that configuration. 
1090:  
1091: \item {\it LJADD2 n\/}: specifies an addressable LJ potential for multiple copies of an $n$-particle 
1092: cluster. The data file {\tt epsilon} is required 
1093: with $n\times n$ entries, one per line. These well depth parameters are then applied modulo $n$. 
1094: For particles with the same address, only the repulsive part of the LJ potential is used. 
1095:  
1096:  
1097: \item {\it LJAT $Z^*$ scale\/}: specifies the Lennard-Jones plus Axilrod-Teller 1086: \item {\it LJAT $Z^*$ scale\/}: specifies the Lennard-Jones plus Axilrod-Teller 
1098: potential for a reduced triple-dipole struength of $Z^*$.1087: potential for a reduced triple-dipole struength of $Z^*$.
1099: Provided mostly as a guiding function for {\it DFTBC\/}. 1088: Provided mostly as a guiding function for {\it DFTBC\/}. 
1100: {\it rescale\/} is the coordinate rescaling factor from the LJAT potential1089: {\it rescale\/} is the coordinate rescaling factor from the LJAT potential
1101: to DFTB, default value 2.424.1090: to DFTB, default value 2.424.
1102: 1091: 
1103: \item {\it LJCOUL nc $q'$ f $T_{\rm swap}$} specifies a cluster of Lennard-Jones particles in which the first {\it nc}1092: \item {\it LJCOUL nc $q'$ f $T_{\rm swap}$} specifies a cluster of Lennard-Jones particles in which the first {\it nc}
1104: particles carry identical reduced charges {\it $q'$} in addition to the Lennard-Jones interaction.1093: particles carry identical reduced charges {\it $q'$} in addition to the Lennard-Jones interaction.
1105: The parameter {\it f} specifies what fraction of the Monte Carlo steps should be swaps between the1094: The parameter {\it f} specifies what fraction of the Monte Carlo steps should be swaps between the
1106: positions of a charged and a neutral particle, rather than a conventional step.1095: positions of a charged and a neutral particle, rather than a conventional step.


r31405/OPTIM.tex 2017-01-21 10:42:08.028873358 +0000 r31404/OPTIM.tex 2017-01-21 10:42:08.716898330 +0000
1361: 1361: 
1362: \item {\it KEEPINDEX \/}: specifies that {\it INDEX\/} is set equal to1362: \item {\it KEEPINDEX \/}: specifies that {\it INDEX\/} is set equal to
1363:       the number of negative Hessian eigenvalues at the initial point.1363:       the number of negative Hessian eigenvalues at the initial point.
1364: 1364: 
1365: \item {\it KTWN x \/}: for use with {\it DUMPVECTOR ALLVECTORS MWVECTORS} - sets kT in cm$^{-1}$ to x. The default value is 207.11 cm$^{-1}$. If KTWN is specified, an additional output file, {\tt thermalmodes.pdb} is produced during a normal mode analysis containing per atom and per residue displacement information resulting from a Boltzmann weighted (by frequency) vector sum of all normal modes whose frequencies are less than kT. This information can be visualised as described for {\it DUMPMODE}.1365: \item {\it KTWN x \/}: for use with {\it DUMPVECTOR ALLVECTORS MWVECTORS} - sets kT in cm$^{-1}$ to x. The default value is 207.11 cm$^{-1}$. If KTWN is specified, an additional output file, {\tt thermalmodes.pdb} is produced during a normal mode analysis containing per atom and per residue displacement information resulting from a Boltzmann weighted (by frequency) vector sum of all normal modes whose frequencies are less than kT. This information can be visualised as described for {\it DUMPMODE}.
1366: 1366: 
1367: \item {\it LANCZOS \/}: obsolete; specifies that a Lanczos procedure should be used to1367: \item {\it LANCZOS \/}: obsolete; specifies that a Lanczos procedure should be used to
1368: find eigenvalues and eigenvectors. 1368: find eigenvalues and eigenvectors. 
1369: Lapack routine {\tt DSYEVR} is now used throughout instead.1369: Lapack routine {\tt DSYEVR} is now used throughout instead.
1370: 1370: 
1371: \item {\it LJADD\/}: specifies an addressable LJ potential. A data file {\tt epsilon} is required 
1372: specifying the well depth parameter $\epsilon$ for all pairs of atoms, one per line. 
1373: Choosing values according to nearest neighbours in a reference geometry can bias the 
1374: system towards that configuration. 
1375:  
1376: \item {\it LJADD2 n\/}: specifies an addressable LJ potential for multiple copies of an $n$-particle 
1377: cluster. The data file {\tt epsilon} is required 
1378: with $n\times n$ entries, one per line. These well depth parameters are then applied modulo $n$. 
1379: For particles with the same address, only the repulsive part of the LJ potential is used. 
1380: 1371: 
1381: \item {\it LOCALPERMDIST thresh cutoff orbittol\/}: minimise distances between end points1372: \item {\it LOCALPERMDIST thresh cutoff orbittol\/}: minimise distances between end points
1382: prior to DNEB interpolation using local alignment.1373: prior to DNEB interpolation using local alignment.
1383: {\it thresh} is used to define the tolerance for a `perfect' alignment1374: {\it thresh} is used to define the tolerance for a `perfect' alignment
1384: in routine {\bf minpermdist}, which is called for subsets of atoms1375: in routine {\bf minpermdist}, which is called for subsets of atoms
1385: rather than all at the same time for {\it PERMDIST}.1376: rather than all at the same time for {\it PERMDIST}.
1386: The threshold used is actually the number of atoms in the permutable1377: The threshold used is actually the number of atoms in the permutable
1387: group in question times {\it thresh\/}.1378: group in question times {\it thresh\/}.
1388: The routine {\bf minpermrb} cycles through the permutable groups,1379: The routine {\bf minpermrb} cycles through the permutable groups,
1389: calling {\bf minpermdist} for each one, augmented by any other permutable1380: calling {\bf minpermdist} for each one, augmented by any other permutable
1801: together with {\it TWISTTYPE\/}. Setting {\it randomcutoff\/} very large prevents random1792: together with {\it TWISTTYPE\/}. Setting {\it randomcutoff\/} very large prevents random
1802: steps, and is recommended.1793: steps, and is recommended.
1803: 1794: 
1804: \item {\it NORESET\/}: specifies that periodic images should not be returned to the1795: \item {\it NORESET\/}: specifies that periodic images should not be returned to the
1805: primary supercell for calculations involving periodic boundary conditions. (May be1796: primary supercell for calculations involving periodic boundary conditions. (May be
1806: useful for calculating transport properties with kinetic Monte Carlo).1797: useful for calculating transport properties with kinetic Monte Carlo).
1807: 1798: 
1808: \item {\it NOTE\/}: has the same effect as {\it COMMENT\/}, i.e.~the rest of the line1799: \item {\it NOTE\/}: has the same effect as {\it COMMENT\/}, i.e.~the rest of the line
1809: is ignored.1800: is ignored.
1810: 1801: 
1811: \item {\it NOTRANSROT\/}: forbid overall translation/rotation in alignment and distance 
1812: calculations. 
1813:  
1814: \item {\it NTIP  4\/}: calls the TIP4P model of water molecules.1802: \item {\it NTIP  4\/}: calls the TIP4P model of water molecules.
1815: 1803: 
1816: \item {\it ODIHE\/}: for use with {\it CHARMM\/}. Specifies calculation of1804: \item {\it ODIHE\/}: for use with {\it CHARMM\/}. Specifies calculation of
1817: a dihedral-angle order parameter using the reference structure supplied in {\tt ref.crd}.1805: a dihedral-angle order parameter using the reference structure supplied in {\tt ref.crd}.
1818: 1806: 
1819: \item {\it OH\/}: add an octahedral field of strength {\it x} to the potential.1807: \item {\it OH\/}: add an octahedral field of strength {\it x} to the potential.
1820: 1808: 
1821: \item {\it OHCELL \/}: allow point group operations for a cubic1809: \item {\it OHCELL \/}: allow point group operations for a cubic
1822: supercell in subroutine {\tt minpermdist.f90} permutational distance minimisation.1810: supercell in subroutine {\tt minpermdist.f90} permutational distance minimisation.
1823: 1811: 


r31405/PATHSAMPLE.tex 2017-01-21 10:42:08.260881779 +0000 r31404/PATHSAMPLE.tex 2017-01-21 10:42:08.952906895 +0000
1099: 1099: 
1100: \item {\it NOFRQS\/}: specifies that frequencies are not present in {\tt path.info} files.1100: \item {\it NOFRQS\/}: specifies that frequencies are not present in {\tt path.info} files.
1101: Used for very large systems where frequency calculations are not feasible in conjunction1101: Used for very large systems where frequency calculations are not feasible in conjunction
1102: with the same {\tt OPTIM} keyword.1102: with the same {\tt OPTIM} keyword.
1103: The log product of positive eigenvalues is set to unity where it is read in from1103: The log product of positive eigenvalues is set to unity where it is read in from
1104: {\tt ts.data} and {\tt min.data} in {\bf setup} and {\bf Dijsktra} for consistency.1104: {\tt ts.data} and {\tt min.data} in {\bf setup} and {\bf Dijsktra} for consistency.
1105: 1105: 
1106: \item {\it NOINVERSION\/}: turns off inversion of structures for distance1106: \item {\it NOINVERSION\/}: turns off inversion of structures for distance
1107: metric in {\bf minpermdist}.1107: metric in {\bf minpermdist}.
1108: 1108: 
1109: \item {\it NOTRANSROT\/}: forbid overall translation/rotation in alignment and distance 
1110: calculations. 
1111:  
1112: \item {\it NTIP  4\/}: calls the TIP4P model of water molecules.1109: \item {\it NTIP  4\/}: calls the TIP4P model of water molecules.
1113: 1110: 
1114: \item {\it OHCELL \/}: allow point group operations for a cubic1111: \item {\it OHCELL \/}: allow point group operations for a cubic
1115: supercell in subroutine {\tt minpermdist.f90} permutational distance minimisation.1112: supercell in subroutine {\tt minpermdist.f90} permutational distance minimisation.
1116: 1113: 
1117: \item {\it ORBITGEOMTOL x\/}: sets the cutoff value for assigning atoms to the1114: \item {\it ORBITGEOMTOL x\/}: sets the cutoff value for assigning atoms to the
1118: same orbit when analysing the standard orientation in routine {\bf myorient}1115: same orbit when analysing the standard orientation in routine {\bf myorient}
1119: when {\it LPERMDIST\/} is specified.1116: when {\it LPERMDIST\/} is specified.
1120: The default value for {\it x\/} is 0.3.1117: The default value for {\it x\/} is 0.3.
1121: If {\it x} is too small it is possible for permutational isomers to be missed.1118: If {\it x} is too small it is possible for permutational isomers to be missed.


legend
Lines Added 
Lines changed
 Lines Removed

hdiff - version: 2.1.0