hdiff output

r31015/GMIN.tex 2017-01-21 10:42:05.568783531 +0000 r31014/GMIN.tex 2017-01-21 10:42:06.064801627 +0000
663: {\it DONTMOVEALL\/}663: {\it DONTMOVEALL\/}
664: 664: 
665: \item {\it DOMOVERES n1 n2 $\ldots$ \/}: allows all atoms in residues {\it n1, n2,$\ldots$} to move during MC step taking. Only functions in conjunction 665: \item {\it DOMOVERES n1 n2 $\ldots$ \/}: allows all atoms in residues {\it n1, n2,$\ldots$} to move during MC step taking. Only functions in conjunction 
666: with {\it DONTMOVEALL\/}666: with {\it DONTMOVEALL\/}
667: 667: 
668: \item {\it DUMP\/}: if present will cause the energy and quench geometry for every step668: \item {\it DUMP\/}: if present will cause the energy and quench geometry for every step
669: to be dumped into {\it dump.X.xyz\/} where X is an integer. The geometries are saved 669: to be dumped into {\it dump.X.xyz\/} where X is an integer. The geometries are saved 
670: in XMakemol xyz format. If {\it CHARMM\/} is also specified, {\it dump.pdb\/} and {\it dump.crd\/}670: in XMakemol xyz format. If {\it CHARMM\/} is also specified, {\it dump.pdb\/} and {\it dump.crd\/}
671: are produced containing each quench geometry in PDB and CHARMM CRD format.671: are produced containing each quench geometry in PDB and CHARMM CRD format.
672: 672: 
673: \item {\it DUMP\_MARKOV nwait nfreq\/}: dump the Markov geometry and 
674: energy (every {\it nfreq\/} trial steps and after the first {\it nwait\/}) to file {\it dump.X.xyz\/}, where X is an integer. Intended for use {\bf instead\/} of {\it DUMP\/} and in conjunction with {\it FIXBOTH\/} to facilitate the characterisation of equilibrium structure as part of post-processing. 
675:  
676: \item {\it DUMPINT int\/}: changes the default interval for dumping a restart 673: \item {\it DUMPINT int\/}: changes the default interval for dumping a restart 
677: {\tt GMIN.dump} file from 1000 basin-hopping steps to {\it int\/}.674: {\tt GMIN.dump} file from 1000 basin-hopping steps to {\it int\/}.
678: 675: 
679: \item {\it DUMPMIN\/}: When using more than one processor (e.g. {\it BHPT\/}), or in conjunction with {\it DUMPSTRUCTURES\/}, the SAVE lowest minima will be dumped every 676: \item {\it DUMPMIN\/}: When using more than one processor (e.g. {\it BHPT\/}), or in conjunction with {\it DUMPSTRUCTURES\/}, the SAVE lowest minima will be dumped every 
680: {\it DUMPINT\/} steps as dumpmin.x files. 677: {\it DUMPINT\/} steps as dumpmin.x files. 
681: 678: 
682: \item {\it DUMPQU\/}: when using {\it AMBER9\/}, dumps each quench geometry in rst format to quenchX.rst 679: \item {\it DUMPQU\/}: when using {\it AMBER9\/}, dumps each quench geometry in rst format to quenchX.rst 
683: and pdb format to quenchX.pdb. Dumping does not occur if a chirality check fails.680: and pdb format to quenchX.pdb. Dumping does not occur if a chirality check fails.
684: 681: 
685: \item {\it DUMPSTEPS\/}: when using {\it AMBER9\/}, dumps each geometry after the MC step has been taken in rst format to afterstepX.rst 682: \item {\it DUMPSTEPS\/}: when using {\it AMBER9\/}, dumps each geometry after the MC step has been taken in rst format to afterstepX.rst 


legend
Lines Added 
Lines changed
 Lines Removed

hdiff - version: 2.1.0