hdiff output

r30858/PATHSAMPLE.tex 2017-01-21 10:41:54.608373903 +0000 r30857/PATHSAMPLE.tex 2017-01-21 10:41:54.832382440 +0000
458: potential when {\it INTCONSTRAINT\/} is specified.458: potential when {\it INTCONSTRAINT\/} is specified.
459: 459: 
460: \item {\it CONNECTREGION min1 min2 dist\/}: grows the stationary point database by running460: \item {\it CONNECTREGION min1 min2 dist\/}: grows the stationary point database by running
461: double-ended transition state searches between minima whose minimum separation is less then461: double-ended transition state searches between minima whose minimum separation is less then
462: {\it dist}. {\it min1} and {\it min2} specify the starting minima in the double loop over462: {\it dist}. {\it min1} and {\it min2} specify the starting minima in the double loop over
463: pairs, so that restarted runs need not consider pairs that have previously been searched.463: pairs, so that restarted runs need not consider pairs that have previously been searched.
464: Minima that already have a direct connection are ignored.464: Minima that already have a direct connection are ignored.
465: The maximum number of candidate pairs calculated per call to {\bf connectd.f90} is 10000.465: The maximum number of candidate pairs calculated per call to {\bf connectd.f90} is 10000.
466: This parameter may be useful for exhaustive searches for small systems.466: This parameter may be useful for exhaustive searches for small systems.
467: 467: 
468: \item {\it CONNECTUNC option (refmin)\/}: attempt to connect minima not connected to the AB region. 
469: {\it option} specifies one of three options (no default set): {\it LOWEST} attempts connections of the lowest  
470: energy minima with the closest minima in the AB set, {\it EREF refmin} attempts connections 
471: of the minimum {\it refmin} with the minima closest in energy, {\it DISTREF refmin} does the same using  
472: the closest minima in distance to {\it refmin}. 
473:  
474: \item {\it COPYFILES a1 a2 a3 $\ldots$\/}: specify additional files that need to be468: \item {\it COPYFILES a1 a2 a3 $\ldots$\/}: specify additional files that need to be
475: copied to distributed nodes. Only files {\tt odata.<pid>} and {\tt finish.<pid>} are469: copied to distributed nodes. Only files {\tt odata.<pid>} and {\tt finish.<pid>} are
476: copied by default. For example, the BLN potential requires file {\tt BLN sequence}, while470: copied by default. For example, the BLN potential requires file {\tt BLN sequence}, while
477: CHARMM runs may need one or more {\tt crd} files. Each string must be less than or equal to471: CHARMM runs may need one or more {\tt crd} files. Each string must be less than or equal to
478: twenty characters in length, and the total, including separating blanks, must not exceed472: twenty characters in length, and the total, including separating blanks, must not exceed
479: 80 characters. If the {\it CHARMM\/} keyword is set and the {\it COPYFILES\/} 473: 80 characters. If the {\it CHARMM\/} keyword is set and the {\it COPYFILES\/} 
480: arguments do not include {\tt input.crd} then the program will stop.474: arguments do not include {\tt input.crd} then the program will stop.
481: 475: 
482: \item {\it COPYOPTIM\/}: if present, some of the {\tt OPTIM} output files will be copied to476: \item {\it COPYOPTIM\/}: if present, some of the {\tt OPTIM} output files will be copied to
483: the mother superior node and not deleted. This behaviour also occurs if the {\it DEBUG\/}477: the mother superior node and not deleted. This behaviour also occurs if the {\it DEBUG\/}


legend
Lines Added 
Lines changed
 Lines Removed

hdiff - version: 2.1.0