hdiff output

r30587/OPTIM.tex 2017-01-21 10:42:19.553284028 +0000 r30586/OPTIM.tex 2017-01-21 10:42:19.801292697 +0000
2114: \item {\it REDOPATH\/}: instructs {\tt OPTIM} to read transition state coordinates2114: \item {\it REDOPATH\/}: instructs {\tt OPTIM} to read transition state coordinates
2115: successively from the file {\tt redopoints} during a {\it NEWCONNECT\/} run.2115: successively from the file {\tt redopoints} during a {\it NEWCONNECT\/} run.
2116: Can be used to generate movie files from stationary point sequences calculated2116: Can be used to generate movie files from stationary point sequences calculated
2117: by PATHSAMPLE. The correct start and finish coordinates for the minima2117: by PATHSAMPLE. The correct start and finish coordinates for the minima
2118: must be present in the {\tt odata} and {\tt finish} files.2118: must be present in the {\tt odata} and {\tt finish} files.
2119: 2119: 
2120: \item {\it REDOPATHXYZ\/}: as for {\it REDOPATH\/} above, except that existing2120: \item {\it REDOPATHXYZ\/}: as for {\it REDOPATH\/} above, except that existing
2121: {\tt path.n.xyz\/} files are read instead of actually calculating pathways for the2121: {\tt path.n.xyz\/} files are read instead of actually calculating pathways for the
2122: transition states.2122: transition states.
2123: 2123: 
2124: \item {\it REDOTS n\/}: The CONNECT algorithms often find the same refined TS multiple times. This keyword specifies that the first {\it n } times a TS is found, the pushoff path is calculated as normal. Subsequent times that the TS is found, the path is not calculated and the TS simply ignored. { \it n } has default value 2 (i.e. one re-try of the path run).2124: \item {\it REDOTS n\/}: The CONNECT algorithms often find the same refined TS multiple times. This keyword specifies that the first \it{n} times a TS is found, the pushoff path is calculated as normal. Subsequent times that the TS is found, the path is not calculated and the TS simply ignored. \it{n} has default value 2 (i.e. one re-try of the path run).
2125: 2125: 
2126: \item {\it REDUCEDBONDLENGTH blfactor CB\/}: rescales the bond lengths by a factor2126: \item {\it REDUCEDBONDLENGTH blfactor CB\/}: rescales the bond lengths by a factor
2127: of {\it blfactor} in the side chains of proteins, if modelled by one of the CHARMM2127: of {\it blfactor} in the side chains of proteins, if modelled by one of the CHARMM
2128: potentials. {\it blfactor} has to be specified, and its default value is one.2128: potentials. {\it blfactor} has to be specified, and its default value is one.
2129: {\it CB} is an optional argument. When set, the bond length between the C$_{\alpha}$2129: {\it CB} is an optional argument. When set, the bond length between the C$_{\alpha}$
2130: and C$_{\beta}$ atoms is rescaled by {\it blfactor} as well, otherwise not.2130: and C$_{\beta}$ atoms is rescaled by {\it blfactor} as well, otherwise not.
2131: 2131: 
2132: \item {\it REOPT\/}: specifies that the eigenvector to be followed should be reoptimised2132: \item {\it REOPT\/}: specifies that the eigenvector to be followed should be reoptimised
2133:       in a BFGSTS search after the EF step and before the tangent space minimisation.2133:       in a BFGSTS search after the EF step and before the tangent space minimisation.
2134: This is probably not a good idea. Default is false.2134: This is probably not a good idea. Default is false.


legend
Lines Added 
Lines changed
 Lines Removed

hdiff - version: 2.1.0