hdiff output

r30231/GMIN.tex 2017-01-21 10:41:55.088392183 +0000 r30230/GMIN.tex 2017-01-21 10:41:55.328401297 +0000
287: {\it id} specifies the particular metal: 1 is ?, 2 is ?, 3 is ?, 4 is ?, 5 is iron, 6 is a different iron,287: {\it id} specifies the particular metal: 1 is ?, 2 is ?, 3 is ?, 4 is ?, 5 is iron, 6 is a different iron,
288: 7 is tunsten.288: 7 is tunsten.
289: Positive values for {\it id} specify periodic boundary conditions, where box lengths must be289: Positive values for {\it id} specify periodic boundary conditions, where box lengths must be
290: specified by the {\it PERIODIC\/} keyword. 290: specified by the {\it PERIODIC\/} keyword. 
291: Negative values for {\it id\/} specify a cluster calculation. A {\it CUTOFF\/} value can also291: Negative values for {\it id\/} specify a cluster calculation. A {\it CUTOFF\/} value can also
292: be used for clusters.292: be used for clusters.
293: 293: 
294: \item {\it ALGLUE\/}: specifies a glue potential for aluminium.294: \item {\it ALGLUE\/}: specifies a glue potential for aluminium.
295: 295: 
296: \item {\it AMBER12\/}: specifies calculation with the interfaced version of the AMBER 12 296: \item {\it AMBER12\/}: specifies calculation with the interfaced version of the AMBER 12 
297: {\tt pmemd} program. AMBER 12 requires an additional input file, {\tt min.in}, which specifies297: \tt{pmemd} program. AMBER 12 requires an additional input file, \tt{min.in}, which specifies
298: keywords for the AMBER 12 potential. It also requires appropriate topology and coordinates, in files298: keywords for the AMBER 12 potential. It also requires appropriate topology and coordinates, in files
299: named {\tt coords.prmtop} and {\tt coords.inpcrd} respectively. For details, see the AMBER 12 manual.299: named \tt{coords.prmtop} and \tt{coords.inpcrd} respectively. For details, see the AMBER 12 manual.
300: As with the AMBER 9 interface, cutoffs are smoothed, using the {\tt min\.in} keyword {\tt ifswitch=1}.300: As with the AMBER 9 interface, cutoffs are smoothed, using the \tt{min.in} keyword \tt{ifswitch=1}.
301: Additional keywords are as AMBER9, with the exception of {\it AMBERMDSTEPS}, which is not implemented.301: Additional keywords are as AMBER9, with the exception of {\it AMBERMDSTEPS}, which is not implemented.
302: 302: 
303: \item {\it AMBER9 inpcrd inpcrdformat\/}: specifies a calculation with the interfaced303: \item {\it AMBER9 inpcrd inpcrdformat\/}: specifies a calculation with the interfaced
304: version of the Amber 9 program package. From this package the Amber force fields304: version of the Amber 9 program package. From this package the Amber force fields
305: are being used, with small modifications ({\it e.g.} smooth cut-offs).305: are being used, with small modifications ({\it e.g.} smooth cut-offs).
306: Starting coordinates do not need to be specified in the {\it odata} file, they306: Starting coordinates do not need to be specified in the {\it odata} file, they
307: are read from {\it inpcrd} instead (default {\it coords.inpcrd}), in Amber inpcrd307: are read from {\it inpcrd} instead (default {\it coords.inpcrd}), in Amber inpcrd
308: file format specified by the second optional argument {\it inpcrdformat}.308: file format specified by the second optional argument {\it inpcrdformat}.
309: If the second argument is missing, it is assumed that {\it inpcrd} contains309: If the second argument is missing, it is assumed that {\it inpcrd} contains
310: only three columns with the xyz coordinates of all atoms, in the same order310: only three columns with the xyz coordinates of all atoms, in the same order


legend
Lines Added 
Lines changed
 Lines Removed

hdiff - version: 2.1.0