hdiff output

r30226/GMIN.tex 2017-01-21 10:41:58.808532736 +0000 r30225/GMIN.tex 2017-01-21 10:41:59.040541447 +0000
1525: site 0.0 -0.5 0.0 shapes 1.0 1.0 0.5 0.5 0.2 0.5 0.5 0.2 orient 0.0 -0.2 0.01525: site 0.0 -0.5 0.0 shapes 1.0 1.0 0.5 0.5 0.2 0.5 0.5 0.2 orient 0.0 -0.2 0.0
1526: \end{verbatim}1526: \end{verbatim}
1527: 1527: 
1528: %\item {\it QCUTOFF qcut\/}: {\it qcut\/} is a distance cut-off for Coulomb interactions in {\it AMBER\/}.1528: %\item {\it QCUTOFF qcut\/}: {\it qcut\/} is a distance cut-off for Coulomb interactions in {\it AMBER\/}.
1529: 1529: 
1530: \item {\it QALCS qalcsmode cutoff\/}: perform Quench-Assisted Local Combinatorial Search to locate a biminimum for a multicomponent system. (More general than {\it HOMOREF\/}, which works only for binary systems.) The search comprises a sequence of quench-assisted atom swaps, where each step involves a sweep through the local neighbourhood structure induced by the ``interchange'' distance metric. There are many ways of doing this: {\it qalcsmode=0\/} specifies a slow steepest-descent-like search in permutation space; whereas modes 1 through 5 specify alternative schemes that are more efficient for larger systems. Modes 4 and 5 admit an additional (optional) integer parameter {\it cutoff}, which specifies that only the first {\it cutoff} entries in the sorted local neighbourhood are to be considered. The sorting is done by approximate swap gain. 1530: \item {\it QALCS qalcsmode cutoff\/}: perform Quench-Assisted Local Combinatorial Search to locate a biminimum for a multicomponent system. (More general than {\it HOMOREF\/}, which works only for binary systems.) The search comprises a sequence of quench-assisted atom swaps, where each step involves a sweep through the local neighbourhood structure induced by the ``interchange'' distance metric. There are many ways of doing this: {\it qalcsmode=0\/} specifies a slow steepest-descent-like search in permutation space; whereas modes 1 through 5 specify alternative schemes that are more efficient for larger systems. Modes 4 and 5 admit an additional (optional) integer parameter {\it cutoff}, which specifies that only the first {\it cutoff} entries in the sorted local neighbourhood are to be considered. The sorting is done by approximate swap gain. 
1531: 1531: 
1532: \item {\it QALCS\_SURF\/}: specifies that QALCS should include surface vacancies as a separate species, akin to dynamic-lattice-search-type methods but relies on a different construction of surface vacancies. The scheme constitutes a deterministic way of refining the surface of a cluster within the QALCS framework, and it can be used with or without the1532: \item {\it QALCS\_SURF\/}: specifies that QALCS should include surface vacancies as a separate species, akin to dynamic-lattice-search-type methods but relies on a different construction of surface vacancies. The scheme constitutes a deterministic way of refining the surface of a cluster within the QALCS framework, and it can be used with or without the
1533: {\it QALCS\/} keyword (for single- or multi-component clusters). Note that during the surface optimisation all particles are treated as being the same.1533: {\it QALCS\/} keyword (for single- or multi-component clusters). Note that during the surface optimisation all particles are treated as being the same.
1534: 1534: 
1535: \item {\it QCIAMBER}: sets that QCI uses the topology file information to build constraint and a percolating network (currently only for one chain of AMBER atoms, additional features in work) 
1536:  
1537: \item {\it QMAX cgmax\/}: {\it cgmax\/} is the tolerance for the 1535: \item {\it QMAX cgmax\/}: {\it cgmax\/} is the tolerance for the 
1538: RMS force in the final set of quenches that are used to produce1536: RMS force in the final set of quenches that are used to produce
1539: the output for file {\tt lowest}. The default is 1537: the output for file {\tt lowest}. The default is 
1540: {\it cgmax\/}$=10^{-3}$, but the appropriate value depends upon the system in question.1538: {\it cgmax\/}$=10^{-3}$, but the appropriate value depends upon the system in question.
1541: {\it TIGHTCONV} can be used instead.1539: {\it TIGHTCONV} can be used instead.
1542: 1540: 
1543: \item {\it QUAD\/}: requires documentation.1541: \item {\it QUAD\/}: requires documentation.
1544: 1542: 
1545: \item {\it QUCENTRE\/}: sets the centre of coordinates to the origin (0,0,0) before each MC step is taken (so after each quench), but not during the minimisation itself unlike {\it CENTRE}. 1543: \item {\it QUCENTRE\/}: sets the centre of coordinates to the origin (0,0,0) before each MC step is taken (so after each quench), but not during the minimisation itself unlike {\it CENTRE}. 
1546: 1544: 


legend
Lines Added 
Lines changed
 Lines Removed

hdiff - version: 2.1.0