hdiff output

r29995/GMIN.tex 2017-01-21 10:42:06.828829635 +0000 r29994/GMIN.tex 2017-01-21 10:42:07.300846848 +0000
286: coded by Dr Mihai-Cosmin Marinica.286: coded by Dr Mihai-Cosmin Marinica.
287: {\it id} specifies the particular metal: 1 is ?, 2 is ?, 3 is ?, 4 is ?, 5 is iron, 6 is a different iron,287: {\it id} specifies the particular metal: 1 is ?, 2 is ?, 3 is ?, 4 is ?, 5 is iron, 6 is a different iron,
288: 7 is tunsten.288: 7 is tunsten.
289: Positive values for {\it id} specify periodic boundary conditions, where box lengths must be289: Positive values for {\it id} specify periodic boundary conditions, where box lengths must be
290: specified by the {\it PERIODIC\/} keyword. 290: specified by the {\it PERIODIC\/} keyword. 
291: Negative values for {\it id\/} specify a cluster calculation. A {\it CUTOFF\/} value can also291: Negative values for {\it id\/} specify a cluster calculation. A {\it CUTOFF\/} value can also
292: be used for clusters.292: be used for clusters.
293: 293: 
294: \item {\it ALGLUE\/}: specifies a glue potential for aluminium.294: \item {\it ALGLUE\/}: specifies a glue potential for aluminium.
295: 295: 
296: \item {\it AMBER12\/}: specifies calculation with the interfaced version of the AMBER 12  
297: \tt{pmemd} program. AMBER 12 requires an additional input file, \tt{min.in}, which specifies 
298: keywords for the AMBER 12 potential. It also requires appropriate topology and coordinates, in files 
299: named \tt{coords.prmtop} and \tt{coords.inpcrd} respectively. For details, see the AMBER 12 manual. 
300: As with the AMBER 9 interface, cutoffs are smoothed, using the \tt{min.in} keyword \tt{ifswitch=1}. 
301: Additional keywords are as AMBER9, with the exception of {\it AMBERMDSTEPS}, which is not implemented. 
302:  
303: \item {\it AMBER9 inpcrd inpcrdformat\/}: specifies a calculation with the interfaced296: \item {\it AMBER9 inpcrd inpcrdformat\/}: specifies a calculation with the interfaced
304: version of the Amber 9 program package. From this package the Amber force fields297: version of the Amber 9 program package. From this package the Amber force fields
305: are being used, with small modifications ({\it e.g.} smooth cut-offs).298: are being used, with small modifications ({\it e.g.} smooth cut-offs).
306: Starting coordinates do not need to be specified in the {\it odata} file, they299: Starting coordinates do not need to be specified in the {\it odata} file, they
307: are read from {\it inpcrd} instead (default {\it coords.inpcrd}), in Amber inpcrd300: are read from {\it inpcrd} instead (default {\it coords.inpcrd}), in Amber inpcrd
308: file format specified by the second optional argument {\it inpcrdformat}.301: file format specified by the second optional argument {\it inpcrdformat}.
309: If the second argument is missing, it is assumed that {\it inpcrd} contains302: If the second argument is missing, it is assumed that {\it inpcrd} contains
310: only three columns with the xyz coordinates of all atoms, in the same order303: only three columns with the xyz coordinates of all atoms, in the same order
311: as in the topology file. To start a run with this interface,304: as in the topology file. To start a run with this interface,
312: several auxiliary files are required in the same directory: input coordinate file305: several auxiliary files are required in the same directory: input coordinate file


r29995/OPTIM.tex 2017-01-21 10:42:07.064838252 +0000 r29994/OPTIM.tex 2017-01-21 10:42:07.540855589 +0000
180: 180: 
181: \item {\it ALPHA}: sets exponent value for averaged Gaussian and Morse potentials,181: \item {\it ALPHA}: sets exponent value for averaged Gaussian and Morse potentials,
182: default value is 6.182: default value is 6.
183: 183: 
184: \item {\it ALLPOINTS}: turns on printing of coordinates to file {\tt points} for184: \item {\it ALLPOINTS}: turns on printing of coordinates to file {\tt points} for
185: all intermediate configurations. Default is false.185: all intermediate configurations. Default is false.
186: 186: 
187: %\item {\it AMBER}: specifies a calculation with the AMBER potential. This requires187: %\item {\it AMBER}: specifies a calculation with the AMBER potential. This requires
188: %      auxiliary files {\tt amber.dat} and {\tt coords.amber} in the same directory.188: %      auxiliary files {\tt amber.dat} and {\tt coords.amber} in the same directory.
189: 189: 
190: \item {\it AMBER12 inpcrd inpcrdformat\/}: specifies calculation with the interfaced version of the AMBER 12  
191: \tt{pmemd} program. AMBER 12 requires an additional input file, \tt{min.in}, which specifies 
192: keywords for the AMBER 12 potential. It also requires appropriate topology and coordinates, in files 
193: named \tt{coords.prmtop} and \tt{coords.inpcrd} respectively. For details, see the AMBER 12 manual. 
194: As with the AMBER 9 interface, cutoffs are smoothed, using the \tt{min.in} keyword \tt{ifswitch=1}. 
195: Additional keywords are as AMBER 9, though it should be noted that analytical second derivatives are not 
196: available through use of the {\it NAB} keyword. 
197: Users of \tt{GMIN} should note that, unlike in \tt{GMIN}, specifying {\it AMBER12} without {\it inpcrdformat} 
198: assumes that input coordinates are provided in xyz, rather than AMBER restart format. 
199:  
200: \item {\it AMBER9 inpcrd inpcrdformat\/}: specifies a calculation with the interfaced 190: \item {\it AMBER9 inpcrd inpcrdformat\/}: specifies a calculation with the interfaced 
201: version of the Amber 9 program package. From this package the Amber force fields 191: version of the Amber 9 program package. From this package the Amber force fields 
202: are being used, with small modifications ({\it e.g.} smooth cut-offs). 192: are being used, with small modifications ({\it e.g.} smooth cut-offs). 
203: Starting coordinates do not need to be specified in the {\tt odata} file, they193: Starting coordinates do not need to be specified in the {\tt odata} file, they
204: are read from {\it inpcrd} instead (default {\it coords.inpcrd}), in Amber inpcrd 194: are read from {\it inpcrd} instead (default {\it coords.inpcrd}), in Amber inpcrd 
205: file format specified by the second optional argument {\it inpcrdformat}.195: file format specified by the second optional argument {\it inpcrdformat}.
206: If the second argument is missing, it is assumed that {\it inpcrd} contains196: If the second argument is missing, it is assumed that {\it inpcrd} contains
207: only three columns with the xyz coordinates of all atoms, in the same order 197: only three columns with the xyz coordinates of all atoms, in the same order 
208: as in the topology file. To start a run with this interface, 198: as in the topology file. To start a run with this interface, 
209: several auxiliary files are required in the same directory: input coordinate file199: several auxiliary files are required in the same directory: input coordinate file


legend
Lines Added 
Lines changed
 Lines Removed

hdiff - version: 2.1.0