hdiff output

r29882/GMIN.tex 2016-07-06 15:43:57.386007288 +0100 r29881/GMIN.tex 2016-07-06 15:43:58.498022298 +0100
1148: \begin{displaymath}1148: \begin{displaymath}
1149: \phi(r) \mapsto \tilde{\phi}(r) = \phi(r) - \phi(Rc) - (r-Rc)\phi'(Rc).1149: \phi(r) \mapsto \tilde{\phi}(r) = \phi(r) - \phi(Rc) - (r-Rc)\phi'(Rc).
1150: \end{displaymath}1150: \end{displaymath}
1151: Periodic boundary conditions with the nearest image convention can be imposed on the field sites using the optional parameters \emph{Bx}, \emph{By} and \emph{Bz}, which specify the periodic box dimensions.1151: Periodic boundary conditions with the nearest image convention can be imposed on the field sites using the optional parameters \emph{Bx}, \emph{By} and \emph{Bz}, which specify the periodic box dimensions.
1152: 1152: 
1153: \item {\it MIN\_ZERO\_SEP separation attempts\/}: when used in combination with the {\it FEBH\/} keyword, this will tighten the rms force convergence thresholds until $\frac{\min(\lambda_\text{nonzero})}{\max(\lambda_\text{zero})} > k$ where $k$ is the value given by {\it separation\/}. If {\it attempts\/} is specified, the GMIN run will1153: \item {\it MIN\_ZERO\_SEP separation attempts\/}: when used in combination with the {\it FEBH\/} keyword, this will tighten the rms force convergence thresholds until $\frac{\min(\lambda_\text{nonzero})}{\max(\lambda_\text{zero})} > k$ where $k$ is the value given by {\it separation\/}. If {\it attempts\/} is specified, the GMIN run will
1154: terminate if the separation is not achieved within the specified number of attempts. This is usually indicative of a problem with the potential or eigenvalue calculation.1154: terminate if the separation is not achieved within the specified number of attempts. This is usually indicative of a problem with the potential or eigenvalue calculation.
1155: 1155: 
1156: \item {\it MLJ nspecs eps\_11 sig\_11\/}: specifies a multicomponent Lennard-Jones potential for {\it nspecs} distinct species. If {\it nspecs = 1\/} then this single line is sufficient, and it ought to yield the same results as the standard Lennard-Jones. Extension to {\it nspecs $>$ 1\/} is analogous to the {\it MGUPTA\/} keyword, and it differs from the input format expected by the {\it GLJ\/} keyword. Note that, although {\it GLJ\/} and {\it MLJ\/} link to different implementations of the general multicomponent Lennard-Jones, they ought to yield the same results.1156: \item {\it MLJ nspecs eps\_11 sig\_11\/}: specifies a multicomponent Lennard-Jones potential for {\it nspecs} distinct species. If {\it nspecs = 1\/} then this single line is sufficient, and it ought to yield the same results as the standard Lennard-Jones. Extension to {\it nspecs $>$ 1\/} is analogous to the {\it MGUPTA\/} keyword, and it differs from the input format expected by the {\it GLJ\/} keyword. Note that, although {\it GLJ\/} and {\it MLJ\/} link to different implementations of the general multicomponent Lennard-Jones, they ought to yield the same results.
1157: 1157: 
1158: \item {\it MLPB3 inhidden out data $\lambda$} specifies a multi-layer perceptron neural network 
1159: with {\it in} input nodes, {\it hidden} hidden nodes, {\it out} output nodes, regularisation constant 
1160: $\lambda$ and bias nodes for the hidden and output sums. 
1161: The activation function for the hidden layer is hyperbolic tan. 
1162: The activation function for the output layer is just the sum, so the 
1163: bias potential here does nothing. 
1164: The outputs are normalised softmax probabilities and the 
1165: L2 regularisation term (to prevent overfitting) is: 
1166: \begin{equation} 
1167: E({\bf X};{\bf Z}) = -\sum_{d=1}^{N_{\rm data}} \ln p_{c(d)}({\bf X}) + \lambda {\bf X}^2, 
1168: \end{equation} 
1169: where $c(d)$ is the class label for data point $d$ specified by the training set, 
1170: and $\lambda$ is a constant. 
1171: The regularization is performed on all parameter degrees of freedom except for the bias nodes. 
1172: The number of variables is {\it hidden$\times$(in+out)+1. There is another keyword 
1173: {\it MLP3}, which is exactly the same without the bias nodes. 
1175: \item {\it MSC nspecs nn11 mm11 sig11 sceps11 scc1\/}: specifies a multicomponent Sutton-Chen potential for {\it nspecs} distinct metallic species. If {\it nspecs = 1\/} then this single line is sufficient, and it can be used in conjunction with keywords {\it PERIODIC\/} and {\it CUTOFF\/}. The parameters {\it nn11\/}, {\it mm11\/}, {\it sig11\/}, {\it sceps11\/} and {\it scc11\/} have the same meaning as for the keyword {\it SC\/}. If a cutoff has been specified, then the potential will be smoothly truncated by a generalised Stoddard and Ford procedure, which ensures the energy and its first derivatives remain continuous. If {\it nspecs $>$ 1\/}, then $ nspecs \times (nspecs + 1)/2 - 1$ more subsequent lines of the form {\it MSC (ntypeI) nnIJ mmIJ sigIJ scepsIJ (sccI)\/} must be supplied for all the remaining {\it I,J $\in$ [1,nspecs] \/} in ascending order with $J \geq I$. The parameters {\it ntypeI\/} and {\it sccI\/} are expected only when $J = I$, with {\it ntypeI\/} specifying the number of atoms for each species {\it I $\neq$ 1\/}. The value for {\it ntype1 (= ntypeA)\/} is inferred from the knowledge of the total number of atoms ({\it NATOMS\/}). For example, a ternary system A$_{N-k-l}$B$_{k}$C$_{l}$  ({\it N = NATOMS\/}) should be specified in six consecutive lines: \\1158: \item {\it MSC nspecs nn11 mm11 sig11 sceps11 scc1\/}: specifies a multicomponent Sutton-Chen potential for {\it nspecs} distinct metallic species. If {\it nspecs = 1\/} then this single line is sufficient, and it can be used in conjunction with keywords {\it PERIODIC\/} and {\it CUTOFF\/}. The parameters {\it nn11\/}, {\it mm11\/}, {\it sig11\/}, {\it sceps11\/} and {\it scc11\/} have the same meaning as for the keyword {\it SC\/}. If a cutoff has been specified, then the potential will be smoothly truncated by a generalised Stoddard and Ford procedure, which ensures the energy and its first derivatives remain continuous. If {\it nspecs $>$ 1\/}, then $ nspecs \times (nspecs + 1)/2 - 1$ more subsequent lines of the form {\it MSC (ntypeI) nnIJ mmIJ sigIJ scepsIJ (sccI)\/} must be supplied for all the remaining {\it I,J $\in$ [1,nspecs] \/} in ascending order with $J \geq I$. The parameters {\it ntypeI\/} and {\it sccI\/} are expected only when $J = I$, with {\it ntypeI\/} specifying the number of atoms for each species {\it I $\neq$ 1\/}. The value for {\it ntype1 (= ntypeA)\/} is inferred from the knowledge of the total number of atoms ({\it NATOMS\/}). For example, a ternary system A$_{N-k-l}$B$_{k}$C$_{l}$  ({\it N = NATOMS\/}) should be specified in six consecutive lines: \\
1176: \begin{tabular}{lllllll}1159: \begin{tabular}{lllllll}
1177: {\it MSC} & 3 & {\it nnAA} & {\it mmAA} & {\it sigAA} & {\it scepsAA} & {\it sccA} \\1160: {\it MSC} & 3 & {\it nnAA} & {\it mmAA} & {\it sigAA} & {\it scepsAA} & {\it sccA} \\
1178: {\it MSC} &   & {\it nnAB} & {\it mmAB} & {\it sigAB} & {\it scepsAB} & \\1161: {\it MSC} &   & {\it nnAB} & {\it mmAB} & {\it sigAB} & {\it scepsAB} & \\
1179: {\it MSC} &   & {\it nnAC} & {\it mmAC} & {\it sigAC} & {\it scepsAC} & \\1162: {\it MSC} &   & {\it nnAC} & {\it mmAC} & {\it sigAC} & {\it scepsAC} & \\
1180: {\it MSC} & {\it k} & {\it nnBB} & {\it mmBB} & {\it sigBB} & {\it scepsBB} & {\it sccB} \\1163: {\it MSC} & {\it k} & {\it nnBB} & {\it mmBB} & {\it sigBB} & {\it scepsBB} & {\it sccB} \\
1181: {\it MSC} &   & {\it nnBC} & {\it mmBC} & {\it sigBC} & {\it scepsBC} & \\1164: {\it MSC} &   & {\it nnBC} & {\it mmBC} & {\it sigBC} & {\it scepsBC} & \\
1182: {\it MSC} & {\it l} & {\it nnCC} & {\it mmCC} & {\it sigCC} & {\it scepsCC} & {\it sccC}1165: {\it MSC} & {\it l} & {\it nnCC} & {\it mmCC} & {\it sigCC} & {\it scepsCC} & {\it sccC}
1183: \end{tabular}1166: \end{tabular}
1184: 1167: 

r29882/OPTIM.tex 2016-07-06 15:43:57.778012578 +0100 r29881/OPTIM.tex 2016-07-06 15:43:58.870027339 +0100
1519: \end{displaymath}1519: \end{displaymath}
1520: Periodic boundary conditions with the nearest image convention can be imposed on the field sites using the optional parameters \emph{Bx}, \emph{By} and \emph{Bz}, which specify the periodic box dimensions.1520: Periodic boundary conditions with the nearest image convention can be imposed on the field sites using the optional parameters \emph{Bx}, \emph{By} and \emph{Bz}, which specify the periodic box dimensions.
1521: 1521: 
1522: \item {\it MINBACKTCUT c\/}: The internal coordinate back-transformation1522: \item {\it MINBACKTCUT c\/}: The internal coordinate back-transformation
1523:   convergence cutoff used in all cases except for interpolations. Default1523:   convergence cutoff used in all cases except for interpolations. Default
1524:   value is $1.0\times10^{-4}$1524:   value is $1.0\times10^{-4}$
1525: 1525: 
1526: \item {\it MINMAX x\/}: specifies the minimum value that the maximum step size 1526: \item {\it MINMAX x\/}: specifies the minimum value that the maximum step size 
1527: is allowed to fall to. The default value is $0.01$.1527: is allowed to fall to. The default value is $0.01$.
1528: 1528: 
1530: \item {\it MLPB3 inhidden out data $\lambda$} specifies a multi-layer perceptron neural network 
1531: with {\it in} input nodes, {\it hidden} hidden nodes, {\it out} output nodes, regularisation constant 
1532: $\lambda$ and bias nodes for the hidden and output sums. 
1533: The activation function for the hidden layer is hyperbolic tan. 
1534: The activation function for the output layer is just the sum, so the 
1535: bias potential here does nothing. 
1536: The outputs are normalised softmax probabilities and the 
1537: L2 regularisation term (to prevent overfitting) is: 
1538: \begin{equation} 
1539: E({\bf X};{\bf Z}) = -\sum_{d=1}^{N_{\rm data}} \ln p_{c(d)}({\bf X}) + \lambda {\bf X}^2, 
1540: \end{equation} 
1541: where $c(d)$ is the class label for data point $d$ specified by the training set, 
1542: and $\lambda$ is a constant. 
1543: The regularization is performed on all parameter degrees of freedom except for the bias nodes. 
1544: The number of variables is {\it hidden$\times$(in+out)+1. There is another keyword 
1545: {\it MLP3}, which is exactly the same without the bias nodes. 
1547: \item {\it MODE n1 n2\/}: specifies the eigenvector to be followed uphill in an eigenvector-following 1529: \item {\it MODE n1 n2\/}: specifies the eigenvector to be followed uphill in an eigenvector-following 
1548: transition state search,1530: transition state search,
1549: where 1 means the softest mode, 2 means the next softest, and so on.1531: where 1 means the softest mode, 2 means the next softest, and so on.
1550: Setting {\it n1\/} to 0 means that the softest mode is followed uphill at every step,1532: Setting {\it n1\/} to 0 means that the softest mode is followed uphill at every step,
1551: otherwise a maximum overlap criterion is used to determine the mode followed after the1533: otherwise a maximum overlap criterion is used to determine the mode followed after the
1552: first step. The sign of {\it n1\/} is used to determine the direction in which we1534: first step. The sign of {\it n1\/} is used to determine the direction in which we
1553: step along the eigenvector if we are starting from a stationary point. This provides a way1535: step along the eigenvector if we are starting from a stationary point. This provides a way
1554: to start transition state searches from minima along any of the eigendirections in1536: to start transition state searches from minima along any of the eigendirections in
1555: either sense. If a minimisation is started from a converged transition state then setting1537: either sense. If a minimisation is started from a converged transition state then setting
1556: {\it n1\/} to $\pm1$ enables the program to walk down the two sides of the pathway. This is true for1538: {\it n1\/} to $\pm1$ enables the program to walk down the two sides of the pathway. This is true for

r29882/PATHSAMPLE.tex 2016-07-06 15:43:58.126017290 +0100 r29881/PATHSAMPLE.tex 2016-07-06 15:43:59.218032037 +0100
973: state if the barrier in either direction is lower than {\it x\/}. Designed to allow exclusion of TSs 973: state if the barrier in either direction is lower than {\it x\/}. Designed to allow exclusion of TSs 
974: present in the database that lie lower in potential energy than the connected minima, by setting {\it x\/} to zero. 974: present in the database that lie lower in potential energy than the connected minima, by setting {\it x\/} to zero. 
975: The default value is (basically) minus infinity. Note that a transition state may legitimately lie lower 975: The default value is (basically) minus infinity. Note that a transition state may legitimately lie lower 
976: than the connected minima in free energy.976: than the connected minima in free energy.
977: 977: 
978: \item {\it MINGAP x RATIO\/}: sets a cut off for what connections should be tried in a Dijinit run.978: \item {\it MINGAP x RATIO\/}: sets a cut off for what connections should be tried in a Dijinit run.
979: Either {\it x} is the minimum distance between two minima for a connection run to be started, or if RATIO979: Either {\it x} is the minimum distance between two minima for a connection run to be started, or if RATIO
980: is used, x is the fraction of the maximum pair distance that is then used as minimum. Should be used to 980: is used, x is the fraction of the maximum pair distance that is then used as minimum. Should be used to 
981: focus searches on large gaps in the database and ignore small connections entirely.981: focus searches on large gaps in the database and ignore small connections entirely.
982: 982: 
984: \item {\it MLPB3} specifies a multi-layer perceptron neural network 
985: with {\it in} input nodes, {\it hidden} hidden nodes, {\it out} output nodes, regularisation constant 
986: $\lambda$ and bias nodes for the hidden and output sums. 
987: The number of variables is {\it hidden$\times$(in+out)+1, 
988: and {\tt PATHSAMPLE} needs this keyword to deal with input/output 
989: for the {\tt OPTIM} {\it VARIABLES} format. There is another keyword 
990: {\it MLP3}, which is exactly the same without the bias nodes. 
992: \item {\it NATOMS n\/}: the number of atoms in the system; must be present.983: \item {\it NATOMS n\/}: the number of atoms in the system; must be present.
993: 984: 
994: \item {\it NCONNMIN n\/}: specifies that minima with {\it n} connections or fewer985: \item {\it NCONNMIN n\/}: specifies that minima with {\it n} connections or fewer
995: should be disregarded in regrouping and rate calculations. This parameter986: should be disregarded in regrouping and rate calculations. This parameter
996: can be set via other keywords, but {\it NCONNMIN} is provided for use with987: can be set via other keywords, but {\it NCONNMIN} is provided for use with
997: {\it SGT}, {\it DGT}, {\it SDGT} and also {\it PFOLD}. The connection condition is evaluated recursively.988: {\it SGT}, {\it DGT}, {\it SDGT} and also {\it PFOLD}. The connection condition is evaluated recursively.
998: 989: 
999: \item {\it NEWCONNECTIONS n maxattempts firstmin\/}: 990: \item {\it NEWCONNECTIONS n maxattempts firstmin\/}: 
1000: this keyword provides a fully parallelised way to grow a database using single-ended991: this keyword provides a fully parallelised way to grow a database using single-ended
1001: transition state searches.992: transition state searches.

Lines Added 
Lines changed
 Lines Removed

hdiff - version: 2.1.0