hdiff output

r29773/PATHSAMPLE.tex 2016-07-06 15:44:00.310046792 +0100 r29772/PATHSAMPLE.tex 2016-07-06 15:44:00.658051490 +0100
1192: The {\it PFOLD} keyword may be given in addition to {\it NGT}, in which case a commmittor probability 1192: The {\it PFOLD} keyword may be given in addition to {\it NGT}, in which case a commmittor probability 
1193: calculation using the specified control parameters will immediately follow the NGT calculation, and 1193: calculation using the specified control parameters will immediately follow the NGT calculation, and 
1194: will be seeded with the known (and fixed) committor probabilities from NGT for the end point minima.1194: will be seeded with the known (and fixed) committor probabilities from NGT for the end point minima.
1195: 1195: 
1196: \item {\it PLANCK h\/}: specifies the value of Planck's constant in units of the1196: \item {\it PLANCK h\/}: specifies the value of Planck's constant in units of the
1197: prevailing energy unit times seconds. This numerical value is required for 1197: prevailing energy unit times seconds. This numerical value is required for 
1198: regrouping free energies. For example, for the {\it CHARMM} potential $h$ needs1198: regrouping free energies. For example, for the {\it CHARMM} potential $h$ needs
1199: to be $9.546\times10^{-14}\,$s\,kcal/mol1199: to be $9.546\times10^{-14}\,$s\,kcal/mol
1200: See \S \ref{sec:units} for more details.1200: See \S \ref{sec:units} for more details.
1201: 1201: 
1202: \item {\it PRINTSUMMARY}: prints (to standard out) some information about the kinetic transition  
1203: network, including the number of minima and transition states satisfying the various thresholds, the highest  
1204: and lowest TSs, and some information about the connected components present. The analysis is performed  
1205: after the SETUP routine has been passed through. 
1206: 1202: 
1207: \item {\it PULL \/}: add this keyword if the system has a non-zero static force 1203: \item {\it PULL \/}: add this keyword if the system has a non-zero static force 
1208: added to the potential. {\tt PATHSAMPLE.2.1} only uses this keyword to determine the1204: added to the potential. {\tt PATHSAMPLE.2.1} only uses this keyword to determine the
1209: number of zero Hessian eigenvalues (four). The attached atoms and force magnitude1205: number of zero Hessian eigenvalues (four). The attached atoms and force magnitude
1210: are not required.1206: are not required.
1211: 1207: 
1212: \item {\it PSCALE x\/}: determines how the difference in committor probabilities,1208: \item {\it PSCALE x\/}: determines how the difference in committor probabilities,
1213: $p$, is used to select the pair of minima used in the next attempted connection. If1209: $p$, is used to select the pair of minima used in the next attempted connection. If
1214: $p/x > $ a random number drawn from $[0,1]$ then the distance criterion is accepted.1210: $p/x > $ a random number drawn from $[0,1]$ then the distance criterion is accepted.
1215: There is also a criterion for the minimum distance (see {\it DSCALE}).1211: There is also a criterion for the minimum distance (see {\it DSCALE}).


legend
Lines Added 
Lines changed
 Lines Removed

hdiff - version: 2.1.0