hdiff output

r29686/GMIN.tex 2016-07-06 15:44:11.478197678 +0100 r29685/GMIN.tex 2016-07-06 15:44:12.914217079 +0100
572: 572: 
573: \item {\it COMMENT \/}: the rest of the line is ignored.573: \item {\it COMMENT \/}: the rest of the line is ignored.
574: 574: 
575: \item {\it COOPMOVE n cut\/}: specifies cooperative moves in the step-taking routine. An atom is575: \item {\it COOPMOVE n cut\/}: specifies cooperative moves in the step-taking routine. An atom is
576: selected at random, and the {\it n} nearest neighbours (default 5) that lie within a cutoff576: selected at random, and the {\it n} nearest neighbours (default 5) that lie within a cutoff
577: distance of {\it cut} (default 1.0) are moved by the same amount.577: distance of {\it cut} (default 1.0) are moved by the same amount.
578: 578: 
579: \item {\it CPMD sys\/}: specifies that the CPMD program should be called for energies and gradients. Not579: \item {\it CPMD sys\/}: specifies that the CPMD program should be called for energies and gradients. Not
580: tested!580: tested!
581: 581: 
582: \item {\it CUDA potential\/}: specifies a GPU run. Setting {\it potential} to 'A' specifies the AMBER12 potential. See the group wiki for further information.  
583:  
584: \item {\it CUTOFF cutoff\/}: sets a cutoff beyond which the potential is truncated. This582: \item {\it CUTOFF cutoff\/}: sets a cutoff beyond which the potential is truncated. This
585: only has an effect for tight-binding silicon at present. Interaction cutoffs for other potentials583: only has an effect for tight-binding silicon at present. Interaction cutoffs for other potentials
586: should be specified in their input files e.g. {\textrm min.in} (and {\textrm min\_md.in} if used) 584: should be specified in their input files e.g. {\textrm min.in} (and {\textrm min\_md.in} if used) 
587: for AMBER9 or below the {\it CHARMM} line for CHARMM.585: for AMBER9 or below the {\it CHARMM} line for CHARMM.
588: 586: 
589: \item {\it DBP epsbb sigmabb muD E\/}: calls587: \item {\it DBP epsbb sigmabb muD E\/}: calls
590: a finite system of dipolar Lennard-Jones dumbbells \cite{ChakrabartiFW09}, where the electric field of stength $E$ can be588: a finite system of dipolar Lennard-Jones dumbbells \cite{ChakrabartiFW09}, where the electric field of stength $E$ can be
591: optionally present. The field, if present, is along the space-fixed z-direction. $\epsilon_{aa}$589: optionally present. The field, if present, is along the space-fixed z-direction. $\epsilon_{aa}$
592: and $\sigma_{aa}$ are both set to unity by default. $\mu_{D}$ is the dipole moment; $\epsilon$'s590: and $\sigma_{aa}$ are both set to unity by default. $\mu_{D}$ is the dipole moment; $\epsilon$'s
593: and $\sigma$'s correspond to the Lennard-Jones parameters.591: and $\sigma$'s correspond to the Lennard-Jones parameters.


r29686/OPTIM.tex 2016-07-06 15:44:11.950204054 +0100 r29685/OPTIM.tex 2016-07-06 15:44:13.406223727 +0100
751: \item {\it CPMDC system\/}: tells the program to use CPMD to calculate energies and751: \item {\it CPMDC system\/}: tells the program to use CPMD to calculate energies and
752: forces with input file {\it system\/}; cluster boundary conditions.752: forces with input file {\it system\/}; cluster boundary conditions.
753: 753: 
754: \item {\it CUBIC\/}: if the three box lengths are equal to start with in a {\it PV\/} run,754: \item {\it CUBIC\/}: if the three box lengths are equal to start with in a {\it PV\/} run,
755: and the keyword {\it CUBIC \/} is included, then a cubic box is maintained. 755: and the keyword {\it CUBIC \/} is included, then a cubic box is maintained. 
756: 756: 
757: \item {\it CUBSPL\/}: For the growing string or evolving string double-ended757: \item {\it CUBSPL\/}: For the growing string or evolving string double-ended
758:   transition state search methods, use a cubic spline interpolation between758:   transition state search methods, use a cubic spline interpolation between
759:   the image points.759:   the image points.
760: 760: 
761: \item {\it CUDA potential\/}: specifies a GPU run. Setting {\it potential} to 'A' specifies the AMBER12 potential. See the group wiki for further information. 
762:  
763: \item {\it CUTOFF rcut\/}: Specify that the potential should go be zero for761: \item {\it CUTOFF rcut\/}: Specify that the potential should go be zero for
764:   atom separations larger than rcut. This is not suppored for all potentials.762:   atom separations larger than rcut. This is not suppored for all potentials.
765:   (For some potentials rcut is passed using the PARAMS keyword.)763:   (For some potentials rcut is passed using the PARAMS keyword.)
766: 764: 
767: \item {\it D5H x\/}: add a decahedral field of strength {\it x} to the potential.765: \item {\it D5H x\/}: add a decahedral field of strength {\it x} to the potential.
768: 766: 
769: \item {\it DB epsbb epsab sigmabb sigmaab muD E\/}: calls767: \item {\it DB epsbb epsab sigmabb sigmaab muD E\/}: calls
770: a finite system of dipolar Lennard-Jones dumbbells \cite{ChakrabartiFW09}, where the electric field of strength $E$ can be768: a finite system of dipolar Lennard-Jones dumbbells \cite{ChakrabartiFW09}, where the electric field of strength $E$ can be
771: optionally present. The field, if present, is along the space-fixed z-direction. $\epsilon_{aa}$769: optionally present. The field, if present, is along the space-fixed z-direction. $\epsilon_{aa}$
772: and $\sigma_{aa}$ are both set to unity by default. $\mu_{D}$ is the dipole moment; $\epsilon$'s770: and $\sigma_{aa}$ are both set to unity by default. $\mu_{D}$ is the dipole moment; $\epsilon$'s


r29686/PATHSAMPLE.tex 2016-07-06 15:44:12.430210540 +0100 r29685/PATHSAMPLE.tex 2016-07-06 15:44:14.114233303 +0100
480: and the {\tt finish} file.480: and the {\tt finish} file.
481: 481: 
482: \item {\it CPUS ncpu}: specifies the number of cpu's (cores) available when running 482: \item {\it CPUS ncpu}: specifies the number of cpu's (cores) available when running 
483: {\tt PATHSAMPLE} interactively, without using a scheduler such as PBS to483: {\tt PATHSAMPLE} interactively, without using a scheduler such as PBS to
484: send jobs to distributed memory nodes. If used on484: send jobs to distributed memory nodes. If used on
485: a distributed memory cluster then {\it n} {\tt OPTIM} jobs will be run at any given485: a distributed memory cluster then {\it n} {\tt OPTIM} jobs will be run at any given
486: time, and they will all run on the interactive node in question.486: time, and they will all run on the interactive node in question.
487: Can be used to run multiple {\tt OPTIM} jobs on an interactive testing node of a distributed memory487: Can be used to run multiple {\tt OPTIM} jobs on an interactive testing node of a distributed memory
488: machine.488: machine.
489: 489: 
490: \item {\it CUDA \/}: should be used with keyword SLURM when running GPU jobs on pat.  
491:  
492: \item {\it CYCLES n}: the number of cycles of {\it ncpu} or490: \item {\it CYCLES n}: the number of cycles of {\it ncpu} or
493: {\it jpn}$\times$nodes {\tt OPTIM} jobs to run in sampling the stationary point491: {\it jpn}$\times$nodes {\tt OPTIM} jobs to run in sampling the stationary point
494: database.492: database.
495: 493: 
496: \item {\it CV Tmin Tmax Tinc}: calculate the heat capacity in the harmonic494: \item {\it CV Tmin Tmax Tinc}: calculate the heat capacity in the harmonic
497: superposition approximation from temperature {\it Tmin\/} to {\it Tmax} at495: superposition approximation from temperature {\it Tmin\/} to {\it Tmax} at
498: intervals of {\it Tinc}.496: intervals of {\it Tinc}.
499: 497: 
500: \item {\it DB sigmabb}: calls498: \item {\it DB sigmabb}: calls
501: a finite system of dipolar Lennard-Jones dumbbells \cite{ChakrabartiFW09}, where 499: a finite system of dipolar Lennard-Jones dumbbells \cite{ChakrabartiFW09}, where 
1436: the transition states for connection attempts.1434: the transition states for connection attempts.
1437: 1435: 
1438: \item {\it SKIPPAIRS \/}: do not attempt to connect a pair of minima if they are already connected. This is used only with USEPAIRS. Pairs which are rejected on these grounds DO count towards the total number of connections provided by the CYCLES keyword, however the debug printing doesn't recognise that at the present time.1436: \item {\it SKIPPAIRS \/}: do not attempt to connect a pair of minima if they are already connected. This is used only with USEPAIRS. Pairs which are rejected on these grounds DO count towards the total number of connections provided by the CYCLES keyword, however the debug printing doesn't recognise that at the present time.
1439: 1437: 
1440: \item {\it SLEEPTIME x \/}: set the time used in the system sleep calls1438: \item {\it SLEEPTIME x \/}: set the time used in the system sleep calls
1441: between submission of {\tt OPTIM} jobs. The default value is 1\,s. A nonzero1439: between submission of {\tt OPTIM} jobs. The default value is 1\,s. A nonzero
1442: value is needed for small systems on distributed memory machines to prevent1440: value is needed for small systems on distributed memory machines to prevent
1443: us from running out of ports. A value of zero on a shared memory system can1441: us from running out of ports. A value of zero on a shared memory system can
1444: speed up execution significantly for small systems.1442: speed up execution significantly for small systems.
1445: 1443: 
1446: \item {\it SLURM \/}: OPTIM jobs are submitted to nodes using srun when the queueing system is SLURM. This is intended to replace the use of keywords SSH and PBS on clusters using SLURM. Job submission using ssh causes problems with CUDAOPTIM jobs on pat, so keyword SLURM must be used alongside keyword CUDA.  
1447:  
1448: \item {\it SSH \/}: OPTIM jobs are submitted to nodes using ssh rather than rsh (default)1444: \item {\it SSH \/}: OPTIM jobs are submitted to nodes using ssh rather than rsh (default)
1449: 1445: 
1450: \item {\it ST \/}: calls a finite system of Stockmayer particles.1446: \item {\it ST \/}: calls a finite system of Stockmayer particles.
1451: 1447: 
1452: \item {\it STARTFROMPATH afile n1 n2 \/}: reads an initial path from file {\tt afile}. 1448: \item {\it STARTFROMPATH afile n1 n2 \/}: reads an initial path from file {\tt afile}. 
1453: % If this 1449: % If this 
1454: % file is in {\it DUMPALLPATHS} format then the keyword {\it STARTTRIPLES} is also needed.1450: % file is in {\it DUMPALLPATHS} format then the keyword {\it STARTTRIPLES} is also needed.
1455: The files {\tt min.A} and {\tt min.B} are created: {\tt min.A} contains the entries1451: The files {\tt min.A} and {\tt min.B} are created: {\tt min.A} contains the entries
1456: 1 and {\it n1} and {\tt min.B} contains the entries 1 and {\it n2}.1452: 1 and {\it n1} and {\tt min.B} contains the entries 1 and {\it n2}.
1457: If {\tt min.A} already exists then the run will terminate with a warning message1453: If {\tt min.A} already exists then the run will terminate with a warning message


legend
Lines Added 
Lines changed
 Lines Removed

hdiff - version: 2.1.0