hdiff output

r29555/OPTIM.tex 2016-07-06 15:43:55.857986644 +0100 r29554/OPTIM.tex 2016-07-06 15:43:56.645997299 +0100
844: by progressively increasing a spring potential that attracts the system to the844: by progressively increasing a spring potential that attracts the system to the
845: final geometry.845: final geometry.
846: 846: 
847: \item {\it DUMPALLPATHS\/}: prints a summary of every min-sad-min path 847: \item {\it DUMPALLPATHS\/}: prints a summary of every min-sad-min path 
848: found during a {\it CONNECT} or {\it NEWCONNECT\/} run to848: found during a {\it CONNECT} or {\it NEWCONNECT\/} run to
849: file {\tt path.info}. For each stationary point the energy, point group order and symbol, 849: file {\tt path.info}. For each stationary point the energy, point group order and symbol, 
850: Hessian eigenvalues and coordinates are given. Hessian eigenvalues are computed850: Hessian eigenvalues and coordinates are given. Hessian eigenvalues are computed
851: for all stationary points. This min-sad-min format corresponds to the {\it TRIPLES\/}851: for all stationary points. This min-sad-min format corresponds to the {\it TRIPLES\/}
852: keyword in the PATHSAMPLE program.852: keyword in the PATHSAMPLE program.
853: 853: 
854: \item {\it DUMPFRQS\/}: if the frequency of a stationary point is calculated, it is written to a file 
855: {\tt frqs.dump}. The keyword is mainly meant for the {\it GETMINFRQS} and {\it GETTSFRQS} options in PATHSAMPLE. It requires 
856: that {\it ENDHESS} or {\tt ENDNUMHESS} are used. 
857:  
858: \item {\it DUMPDATA\/}: creates a file in PATHSAMPLE {\tt min.data} format for the minimum found854: \item {\it DUMPDATA\/}: creates a file in PATHSAMPLE {\tt min.data} format for the minimum found
859: following a minimisation. Useful for a discrete path sampling initial path run to855: following a minimisation. Useful for a discrete path sampling initial path run to
860: create entries for the two endpoints.856: create entries for the two endpoints.
861: 857: 
862: \item {\it DUMPINTEOS n\/}: creates the file {\tt EofS.int} for QCI runs. 858: \item {\it DUMPINTEOS n\/}: creates the file {\tt EofS.int} for QCI runs. 
863: {\it n\/} is the dump frequency.859: {\it n\/} is the dump frequency.
864: 860: 
865: \item {\it DUMPINTXYZ n\/}: creates the file {\tt int.xyz} for DNEB runs. 861: \item {\it DUMPINTXYZ n\/}: creates the file {\tt int.xyz} for DNEB runs. 
866: {\it n\/} is the dump frequency.862: {\it n\/} is the dump frequency.
867: 863: 


r29555/PATHSAMPLE.tex 2016-07-06 15:43:56.249991941 +0100 r29554/PATHSAMPLE.tex 2016-07-06 15:43:56.998002047 +0100
744: contain a ninth column corresponding to the unique negative Hessian eigenvalue.744: contain a ninth column corresponding to the unique negative Hessian eigenvalue.
745: For the {\it CHARMM\/} and {\it AMBER\/} force fields this eigenvalue is the745: For the {\it CHARMM\/} and {\it AMBER\/} force fields this eigenvalue is the
746: angular frequency squared in SI units, while for all other potentials it will746: angular frequency squared in SI units, while for all other potentials it will
747: be in reduced units. Such databases can be extended without using the `friction'747: be in reduced units. Such databases can be extended without using the `friction'
748: formulation by setting the {\it IMFRQ\/} keyword (or by using $\gamma=0$).748: formulation by setting the {\it IMFRQ\/} keyword (or by using $\gamma=0$).
749: 749: 
750: \item {\it GEOMDIFFTOL x\/}: two stationary points will only be identified as the750: \item {\it GEOMDIFFTOL x\/}: two stationary points will only be identified as the
751: same structure if their minimum separation is less than {\it x} and their energy751: same structure if their minimum separation is less than {\it x} and their energy
752: difference is less than the threshold specified by {\it EDIFFTOL\/}.752: difference is less than the threshold specified by {\it EDIFFTOL\/}.
753: 753: 
754: \item {\it GETMINFRQS \/}: used with {\it CHECKMIN}. For all checked minima the {\tt frqs.dump} file 
755: is created and then all frequencies are written to a new file {\tt frqs.min}.  
756: Every frequency is paired with the minimum id, and it can then be used to create a {\tt min.data} file  
757: with frequencies, if OPTIM and PATHSAMPLE were run with {\it NOFRQS}. 
758: Frequencies are only written, if the {\it CHECKMIN} routine converged. The {\tt odata.checksp} file 
759: needs to contain {\it DUMPFRQS}. 
760:  
761: \item {\it GETTSFRQS \/}: used with {\it CHECKTS}. For all checked minima the {\tt frqs.dump} file 
762: is created and then all frequencies are written to a new file {\tt frqs.ts}.  
763: Every frequency is paired with the minimum id, and it can then be used to create a {\tt ts.data} file  
764: with frequencies, if OPTIM and PATHSAMPLE were run with {\it NOFRQS}. 
765: Frequencies are only written, if the {\it CHECKTS} routine converged. The {\tt odata.checksp} file     
766: needs to contain {\it DUMPFRQS}.   
767:  
768: \item {\it GT n1 n2\/}: specifies that the graph transformation approach\cite{TrygubenkoW06}754: \item {\it GT n1 n2\/}: specifies that the graph transformation approach\cite{TrygubenkoW06}
769: should be used to calculate rate constants. 755: should be used to calculate rate constants. 
770: Minima with {\it n1} connections or fewer are iteratively removed before the rate756: Minima with {\it n1} connections or fewer are iteratively removed before the rate
771: calculation. {\it n2} specifies that the rates should be calculated every {\it n2} cycles757: calculation. {\it n2} specifies that the rates should be calculated every {\it n2} cycles
772: during the refinement of the stationary point database. For large databases making {\it n2} equal to one758: during the refinement of the stationary point database. For large databases making {\it n2} equal to one
773: could slow the sampling down significantly.759: could slow the sampling down significantly.
774: To run a GT calculation without changing the stationary point database set {\it CYCLES 0}.760: To run a GT calculation without changing the stationary point database set {\it CYCLES 0}.
775: See keyword {\it GT2\/} for a more general implementation of graph transformation.761: See keyword {\it GT2\/} for a more general implementation of graph transformation.
776: The rates produced from the {\it GT} keyword correspond approximately to the762: The rates produced from the {\it GT} keyword correspond approximately to the
777: $k^{\rm NSS}$ rate constants \cite{TrygubenkoW06,Wales06}.763: $k^{\rm NSS}$ rate constants \cite{TrygubenkoW06,Wales06}.


legend
Lines Added 
Lines changed
 Lines Removed

hdiff - version: 2.1.0