hdiff output

r29451/PATHSAMPLE.tex 2016-07-06 15:43:39.073759874 +0100 r29450/PATHSAMPLE.tex 2016-07-06 15:43:39.437764797 +0100
901: files and recorded in {\tt min.data}.901: files and recorded in {\tt min.data}.
902: These eigenvalues can then be used in combination with {\it DUMMYTS\/}902: These eigenvalues can then be used in combination with {\it DUMMYTS\/}
903: to estimate the energy and frequency factor associated with dummy transition states.903: to estimate the energy and frequency factor associated with dummy transition states.
904: The {\it LOWESTFRQ\/} keyword must also appear in {\tt odata.bhinterp} or {\tt odata.bisect}.904: The {\it LOWESTFRQ\/} keyword must also appear in {\tt odata.bhinterp} or {\tt odata.bisect}.
905: The current estimate for dummy transition state parameters does not require these905: The current estimate for dummy transition state parameters does not require these
906: extra data.906: extra data.
907: 907: 
908: \item {\it MACHINE\/}: if specified, certain files are written and read as908: \item {\it MACHINE\/}: if specified, certain files are written and read as
909: binary rather than plain text.909: binary rather than plain text.
910: 910: 
911: \item {\it MACROCYCLE n\/}: sets up permutational isomers for a911: \item {\it MACROCYCLYE n\/}: sets up permutational isomers for a
912: macrocyclic system. The number of repeat units in the macrocycle is given by912: macrocyclic system. The number of repeat units in the macrocycle is given by
913: {\it n} (e.g. {\it n}=4 for cyclo-[Gly$_4$]). The order of the atoms in913: {\it n} (e.g. {\it n}=4 for cyclo-[Gly$_4$]). The order of the atoms in
914: each repeat unit must be the same and these permutations should not be added to914: each repeat unit must be the same and these permutations should not be added to
915: the {\tt perm.allow} file. This keyword has only been tested on cyclic peptides using915: the {\tt perm.allow} file. This keyword has only been tested on cyclic peptides using
916: the AMBER potential.916: the AMBER potential.
917: 917: 
918: \item {\it MAKEPAIRS pairfile\/}: use in conjunction with ADDMIN or READMIN to produce an {\tt Epath}-style pairfile which can then be used with USEPAIRS to connect a chain of minima together. The minima from the min.data.info are read into the PATHSAMPLE database as normal, but in addition the pairfile records the indices of the minima in the order in which they appeared in min.data.info. Running PATHSAMPLE with USEPAIRS then connects every pair of minima from the original min.data.info file, in the order they appeared. Minima may appear multiple times in the same pairfile if they appear multiple times in min.data.info. The exception is consecutive duplicate minima, which are omitted.918: \item {\it MAKEPAIRS pairfile\/}: use in conjunction with ADDMIN or READMIN to produce an {\tt Epath}-style pairfile which can then be used with USEPAIRS to connect a chain of minima together. The minima from the min.data.info are read into the PATHSAMPLE database as normal, but in addition the pairfile records the indices of the minima in the order in which they appeared in min.data.info. Running PATHSAMPLE with USEPAIRS then connects every pair of minima from the original min.data.info file, in the order they appeared. Minima may appear multiple times in the same pairfile if they appear multiple times in min.data.info. The exception is consecutive duplicate minima, which are omitted.
919: 919: 
920: \item {\it MAXBARRIER x\/}: use in the post-processing analyses to set a criterion for excluding transition  
921: states if the barriers from both connected minima exceed {\it x\/}. The threshold {\it x\/} is reset to infinity  
922: on converting potential energies to free energies during a run. 
923:  
924: \item {\it MAXDOWNBARRIER x\/}: specifies a maximum downhill barrier 920: \item {\it MAXDOWNBARRIER x\/}: specifies a maximum downhill barrier 
925: of {\it x\/} for {\it DIJKSTRA\/} analysis. 921: of {\it x\/} for {\it DIJKSTRA\/} analysis. 
926: The downhill barriers for the path with the largest contribution to the922: The downhill barriers for the path with the largest contribution to the
927: non-recrossing steady-state rate constant are sorted and those that exceed923: non-recrossing steady-state rate constant are sorted and those that exceed
928: {\it x\/} are analysed further. The transition state in question is removed924: {\it x\/} are analysed further. The transition state in question is removed
929: and the {\it DIJKSTRA\/} analysis performed again if a connected path is still possible.925: and the {\it DIJKSTRA\/} analysis performed again if a connected path is still possible.
930: If a connected path is no longer possible the transition state in question is926: If a connected path is no longer possible the transition state in question is
931: reinstated. A list of `shiftable' transition states is provided at the end.927: reinstated. A list of `shiftable' transition states is provided at the end.
932: Note that the order in which transition states are removed could affect this list,928: Note that the order in which transition states are removed could affect this list,
933: so that other combinations of `shiftable' transition states may be possible.929: so that other combinations of `shiftable' transition states may be possible.
939: not be included in the database. Probably most useful with CHARMM, where genuine 935: not be included in the database. Probably most useful with CHARMM, where genuine 
940: transition states with silly energies can certainly occur and give rise to underflow.936: transition states with silly energies can certainly occur and give rise to underflow.
941: This keyword performs the same function as {\it TSTHRESH\/}, and is provided because937: This keyword performs the same function as {\it TSTHRESH\/}, and is provided because
942: {\tt OPTIM} uses {\it MAXTSENERGY\/}.938: {\tt OPTIM} uses {\it MAXTSENERGY\/}.
943: 939: 
944: \item {\it MERGEDB dir\/}: merge the {\tt min.data}, {\tt min.ts}, {\tt points.min},940: \item {\it MERGEDB dir\/}: merge the {\tt min.data}, {\tt min.ts}, {\tt points.min},
945: {\tt points.ts}, {\tt min.A} and {\tt min.B} files from directory {\it dir} with941: {\tt points.ts}, {\tt min.A} and {\tt min.B} files from directory {\it dir} with
946: those in the current directory. Common stationary points are identified and942: those in the current directory. Common stationary points are identified and
947: not repeated. Merged results are created corresponding to all six of the above files.943: not repeated. Merged results are created corresponding to all six of the above files.
948: 944: 
949: \item {\it MINBARRIER x\/}: use in the post-processing analyses to set a criterion for excluding a transition  
950: state if the barrier in either direction is lower than {\it x\/}. Designed to allow exclusion of TSs  
951: present in the database that lie lower in potential energy than the connected minima, by setting {\it x\/} to zero.  
952: The default value is (basically) minus infinity. Note that a transition state may legitimately lie lower  
953: than the connected minima in free energy. 
954:  
955: \item {\it NATOMS n\/}: the number of atoms in the system; must be present.945: \item {\it NATOMS n\/}: the number of atoms in the system; must be present.
956: 946: 
957: \item {\it NCONNMIN n\/}: specifies that minima with {\it n} connections or fewer947: \item {\it NCONNMIN n\/}: specifies that minima with {\it n} connections or fewer
958: should be disregarded in regrouping and rate calculations. This parameter948: should be disregarded in regrouping and rate calculations. This parameter
959: can be set via other keywords, but {\it NCONNMIN} is provided for use with949: can be set via other keywords, but {\it NCONNMIN} is provided for use with
960: {\it SGT}, {\it DGT}, {\it SDGT} and also {\it PFOLD}. The connection condition is evaluated recursively.950: {\it SGT}, {\it DGT}, {\it SDGT} and also {\it PFOLD}. The connection condition is evaluated recursively.
961: 951: 
962: \item {\it NEWCONNECTIONS n maxattempts firstmin\/}: 952: \item {\it NEWCONNECTIONS n maxattempts firstmin\/}: 
963: this keyword provides a fully parallelised way to grow a database using single-ended953: this keyword provides a fully parallelised way to grow a database using single-ended
964: transition state searches.954: transition state searches.


legend
Lines Added 
Lines changed
 Lines Removed

hdiff - version: 2.1.0