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r29409/GMIN.tex 2016-07-06 15:44:06.446129704 +0100 r29408/GMIN.tex 2016-07-06 15:44:06.946136488 +0100
1627: \item {\it SAVEMULTIMINONLY\/}: specifies that only multiminima are to be considered for the final dump to {\tt lowest}.1627: \item {\it SAVEMULTIMINONLY\/}: specifies that only multiminima are to be considered for the final dump to {\tt lowest}.
1628: 1628: 
1629: \item {\it SAVEINTE nsaveinte\/}: {\it nsaveinte\/} is an integer that specifies the number of lowest1629: \item {\it SAVEINTE nsaveinte\/}: {\it nsaveinte\/} is an integer that specifies the number of lowest
1630: interaction enthalpy geometries to save and summarise in the file {\tt intelowest}. See {\it A9INTE\/}. 1630: interaction enthalpy geometries to save and summarise in the file {\tt intelowest}. See {\it A9INTE\/}. 
1631: 1631: 
1632: \item {\it SEMIGRAND\_MU mu\_1 \dots mu\_M\/}: specifies the semi-grand chemical potentials, relative to the first species, for use in conjunction with the keyword {\it LFLIPS\/}. The number of values ought to match the number of different species minus one (i.e. {\it M=NSPECIES-1}).1632: \item {\it SEMIGRAND\_MU mu\_1 \dots mu\_M\/}: specifies the semi-grand chemical potentials, relative to the first species, for use in conjunction with the keyword {\it LFLIPS\/}. The number of values ought to match the number of different species minus one (i.e. {\it M=NSPECIES-1}).
1633: 1633: 
1634: \item {\it SETCENTRE x y z\/}: Sets the centre of mass/coordinates (before the initial quench) to ({\it x,y,z\/}). For example, {\it SETCENTRE 0.0 0.0 0.0\/}1634: \item {\it SETCENTRE x y z\/}: Sets the centre of mass/coordinates (before the initial quench) to ({\it x,y,z\/}). For example, {\it SETCENTRE 0.0 0.0 0.0\/}
1635: would translate the centre of mass to the origin.1635: would translate the centre of mass to the origin.
1636: 1636: 
1637: \item {\it SETCHIRAL}: For use with {\it AMBER9}, {\it NAB} and {\it AMBER12} keywords. Specifies that the expected chirality of each centre should be 
1638: maintained based on that in the initial quenched minimum, rather than the standard chiralities found in most proteins/nucleotides.  
1639: WARNING: Presently for {\it AMBER12}, without this keyword being included, no chirality checking is done at all! 
1640:  
1641: \item {\it SC nn mm sig sceps scc\/}: specifies a Sutton-Chen potential\cite{suttonc90} with1637: \item {\it SC nn mm sig sceps scc\/}: specifies a Sutton-Chen potential\cite{suttonc90} with
1642: parameters $n=${\it nn\/}, $m=${\it mm\/}, $a$={\it sig\/}, $\epsilon=${\it sceps\/} and 1638: parameters $n=${\it nn\/}, $m=${\it mm\/}, $a$={\it sig\/}, $\epsilon=${\it sceps\/} and 
1643: $c=${\it scc\/}.1639: $c=${\it scc\/}.
1644: 1640: 
1645: \item {\it SEED nsstop\/}: if the {\it SEED\/} keyword appears then the program1641: \item {\it SEED nsstop\/}: if the {\it SEED\/} keyword appears then the program
1646: looks for a file {\tt seed} containing coordinates, which are used to `seed' the new run.1642: looks for a file {\tt seed} containing coordinates, which are used to `seed' the new run.
1647: The number of coordinates given in this file should be no more than one less than the number1643: The number of coordinates given in this file should be no more than one less than the number
1648: given in {\tt coords}. The specified coordinates are frozen from the first step until 1644: given in {\tt coords}. The specified coordinates are frozen from the first step until 
1649: step {\it nsstop\/}.1645: step {\it nsstop\/}.
1650: 1646: 


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