hdiff output

r29406/GMIN.tex 2016-03-16 18:37:33.673529559 +0000 r29405/GMIN.tex 2016-03-16 18:37:33.897531861 +0000
 30: % </frontpage> 30: % </frontpage>
 31: % <intro> 31: % <intro>
 32: \section{Introduction} 32: \section{Introduction}
 33:  33: 
 34: GMIN is a program that attempts to find the global potential energy minimum 34: GMIN is a program that attempts to find the global potential energy minimum
 35: for a collection of atoms or molecules using the `basin-hopping' algorithm 35: for a collection of atoms or molecules using the `basin-hopping' algorithm
 36: described by Wales and Doye.\cite{walesd97a} 36: described by Wales and Doye.\cite{walesd97a}
 37: A constant temperature Monte Carlo (MC) run is performed on the transformed 37: A constant temperature Monte Carlo (MC) run is performed on the transformed
 38: potential energy surface (PES), and the configuration point may either be reset  38: potential energy surface (PES), and the configuration point may either be reset 
 39: to the latest minimum in the chain or vary freely. 39: to the latest minimum in the chain or vary freely.
 40: The program knows many different empirical potentials and it is straightforward to add new systems. 40: The program knows many different empirical potentials, and it is straightforward to add new systems.
 41: From version 2.2 basin-sampling thermodynamics has been added, and from  41: From version 2.2 basin-sampling thermodynamics has been added, and from 
 42: version 2.3 parallel tempering basin-sampling and basin-hopping have been 42: version 2.3 parallel tempering basin-sampling and basin-hopping have been
 43: implemented with MPI. 43: implemented with MPI.
 44:  44: 
 45: To start a calculation you need a file called {\tt data} in the current directory, 45: To start a calculation you need a file called {\tt data} in the current directory,
 46: along with a file called {\tt coords} containing the initial coordinates, 46: along with a file called {\tt coords} containing the initial coordinates,
 47: which can be random. If the {\it SEED} keyword is present in 47: which can be random. If the {\it SEED} keyword is present in
 48: {\tt data} you also need a file called {\tt seed} containing the seed coordinates. 48: {\tt data} you also need a file called {\tt seed} containing the seed coordinates.
 49: Most output is written to a file called {\tt output} (the filename can be changed by giving the  49: Most output is written to a file called {\tt output} (the filename can be changed by giving the 
 50: new name as an argument to the GMIN executable). The file {\tt lowest} is always created 50: new name as an argument to the GMIN executable). The file {\tt lowest} is always created


legend
Lines Added 
Lines changed
 Lines Removed

hdiff - version: 2.1.0