hdiff output

r29348/OPTIM.tex 2016-03-16 18:37:24.169431855 +0000 r29347/OPTIM.tex 2016-03-16 18:37:24.405434280 +0000
2049: {\it xn yn zn} \\2049: {\it xn yn zn} \\
2050: 2050: 
2051: The file {\it rbodyconfig\/} defines the rigid bodies, with the following format: \\2051: The file {\it rbodyconfig\/} defines the rigid bodies, with the following format: \\
2052: {\it GROUP NoAtomsInGroup} \\2052: {\it GROUP NoAtomsInGroup} \\
2053: {\it Atom 1} \\2053: {\it Atom 1} \\
2054: {\it Atom 2} \\2054: {\it Atom 2} \\
2055: {\it ldots} \\2055: {\it ldots} \\
2056: {\it ldots} \\2056: {\it ldots} \\
2057: {\it Atom N} \\2057: {\it Atom N} \\
2058: 2058: 
2059: This keyword takes an optional argument {\it AACONVERGENCE \/}. If present, this switches on the use of the more accurate distance measure and method of calculating the RMS force for angle-axis coordinates described in this paper: V. Ruhle, H. Kusumaatmaja, D. Chakrabarti and D. J. Wales, {\it J. Chem. Theory Comput.}, 2013, {\bf 9}, 4026-4034.2059: This keyword takes an optional argument {\it AACONVERGENCE \/}. If present, this switches on the use of the more accurate distance measure and method of calculating the RMS force for angle-axis coordinates described in this paper: V. Ruhle, H. Kusumaatmaja, D. Chakrabarti and D. J. Wales, {\it J. Chem. Theory Comput.}, 2013, {\bf 9}, 4026-4034. The {\it AACONVERGENCE \/} argument is suitable for use with minimisations and should give values for the RMS force consistent with those from GMIN. It is not suitable for use with the keyword {\it NEWNEB \/}. 
2060: 2060: 
2061: \item {\it RING a1 a2...}: When using natural internal coordinates, specifies2061: \item {\it RING a1 a2...}: When using natural internal coordinates, specifies
2062:   a ring that's not part of a PRO, PHE, TYR, TRP, or HIS residue. {\it a1,2062:   a ring that's not part of a PRO, PHE, TYR, TRP, or HIS residue. {\it a1,
2063:   a2}, etc. are the atom numbers for the ring in consecutive order. Only rings2063:   a2}, etc. are the atom numbers for the ring in consecutive order. Only rings
2064:   of size 5 or 6 are permitted.2064:   of size 5 or 6 are permitted.
2065: 2065: 
2066: \item {\it RINGPOLYMER rpsyst nrp rpbeta }: Specifies a ring polymer system with harmonic springs between2066: \item {\it RINGPOLYMER rpsyst nrp rpbeta }: Specifies a ring polymer system with harmonic springs between
2067:   nrp images of the same system that generally have different geometries.2067:   nrp images of the same system that generally have different geometries.
2068:    rpsyst is a string specifying the system: AECK (asymmetric Eckart barrier), SD (Stillinger-David flexible water potential), TT (Xantheas' TTM3-F water), MCY 2068:    rpsyst is a string specifying the system: AECK (asymmetric Eckart barrier), SD (Stillinger-David flexible water potential), TT (Xantheas' TTM3-F water), MCY 
2069:    (VRT(MCY-5f) water), JB (James Bowman's water).\\2069:    (VRT(MCY-5f) water), JB (James Bowman's water).\\


legend
Lines Added 
Lines changed
 Lines Removed

hdiff - version: 2.1.0