hdiff output

r29277/PATHSAMPLE.tex 2016-03-16 18:37:33.205524836 +0000 r29276/PATHSAMPLE.tex 2016-03-16 18:37:33.421526968 +0000
1031: \item {\it PBS jpn\/}: specifies the number of jobs to run on each core for a1031: \item {\it PBS jpn\/}: specifies the number of jobs to run on each core for a
1032: calculation using a scheduler such as PBS to run {\tt OPTIM} jobs on1032: calculation using a scheduler such as PBS to run {\tt OPTIM} jobs on
1033: distributed nodes. The cores 1033: distributed nodes. The cores 
1034: must be defined by the job submission script in the {\tt nodes.info} file.1034: must be defined by the job submission script in the {\tt nodes.info} file.
1035: Unless you really want to run more than one job per available core at a time then1035: Unless you really want to run more than one job per available core at a time then
1036: {\it jpn} can be omitted: the default value is one. 1036: {\it jpn} can be omitted: the default value is one. 
1037: 1037: 
1038: \item {\it PERMDIST x\/}: specifies that all distance metrics should include minimisation1038: \item {\it PERMDIST x\/}: specifies that all distance metrics should include minimisation
1039: with respect to permutational isomerisation, as well as optimal orientation.1039: with respect to permutational isomerisation, as well as optimal orientation.
1040: Should be used with the same keyword in {\tt OPTIM}.1040: Should be used with the same keyword in {\tt OPTIM}.
1041: Requires the auxiliary file {\tt perm.allow} to specify permutable atoms.1041: Requires the auxiliary file {\tt perm.allow} to specify permutable atoms, otherwise
 1042: all atoms are assumed to be permutable. 
1042: The first line of the {\tt perm.allow} file must contain an integer1043: The first line of the {\tt perm.allow} file must contain an integer
1043: that specifies the number of primary groups of interchangeable atoms.1044: that specifies the number of primary groups of interchangeable atoms.
1044: The groups then follow, each one introduced by a line with two integers $p$ and $s$1045: The groups then follow, each one introduced by a line with two integers $p$ and $s$
1045: that specify the number of permutable atoms in the primary group and the number of other sets1046: that specify the number of permutable atoms in the primary group and the number of other sets
1046: of permutable atoms associated with the primary set.1047: of permutable atoms associated with the primary set.
1047: $s$ may be zero.1048: $s$ may be zero.
1048: Each secondary set of permutable atoms has $p$ members.1049: Each secondary set of permutable atoms has $p$ members.
1049: The following line contains the indices of the $p$ permutable atoms 1050: The following line contains the indices of the $p$ permutable atoms 
1050: in the primary set and then1051: in the primary set and then
1051: the indices of the atoms in each of the $s$ secondary sets, one set at 1052: the indices of the atoms in each of the $s$ secondary sets, one set at 


legend
Lines Added 
Lines changed
 Lines Removed

hdiff - version: 2.1.0