hdiff output

r29160/PATHSAMPLE.tex 2016-03-16 18:37:35.065543869 +0000 r29159/PATHSAMPLE.tex 2016-03-16 18:37:35.293546212 +0000
1108: Should be used with the {\it PERMDIST\/} keyword in {\tt OPTIM}.1108: Should be used with the {\it PERMDIST\/} keyword in {\tt OPTIM}.
1109: The auxiliary file {\tt perm.allow} specifies which atoms may be permuted; see1109: The auxiliary file {\tt perm.allow} specifies which atoms may be permuted; see
1110: {\it PERMDIST\/} above.1110: {\it PERMDIST\/} above.
1111: Note that the {\it NATOMS\/} keyword must precede {\it PERMISOMER\/} in the1111: Note that the {\it NATOMS\/} keyword must precede {\it PERMISOMER\/} in the
1112: {\tt pathdata} file.1112: {\tt pathdata} file.
1113: 1113: 
1114: \item {\it PERSIST einc pethresh peqthresh perthresh \/}: 1114: \item {\it PERSIST einc pethresh peqthresh perthresh \/}: 
1115: Persistence analysis along the lines of Cazals et al.1115: Persistence analysis along the lines of Cazals et al.
1116: We perform a persistence analysis using superbasins at energy increments of {\it einc}1116: We perform a persistence analysis using superbasins at energy increments of {\it einc}
1117: up to a maximum energy range of {\it pethresh}.1117: up to a maximum energy range of {\it pethresh}.
1118: This analysis uses the persistence for each minimum, defined as the barrier to the transition state1118: This analysis uses the culminance for each minimum, defined as the barrier to the transition state
1119: where that minimum can access a lower-energy minimum.1119: where that minimum can access a lower-energy minimum.
1120: Output files are {\tt min.persist}, {\tt min.persist.select} and {\tt min.include}. The latter two 1120: Output files are {\tt min.persist}, {\tt min.persist.select} and {\tt min.include}. The latter two 
1121: include only some of the most persistent minima, selected based on a lower bound 1121: include only some of the most persistent minima, selected based on a lower bound 
1122: equilibrium occupation probability {\it peqthresh} and a lower bound, {\it perthresh}, on the barrier 1122: equilibrium occupation probability {\it peqthresh} and a lower bound, {\it perthresh}, on the barrier 
1123: height defined by the persistence (actually the deviation from the diagonal in a1123: height defined by the culminance (actually the deviation from the diagonal in a
1124: persistence diagram, which is the same aside from a factor of $\sqrt{2}$). The usual criteria for transition 1124: persistence diagram, which is the same aside from a factor of $\sqrt{2}$). The usual criteria for transition 
1125: states and the connectivity of minima also apply.1125: states and the connectivity of minima also apply.
1126: The file {\tt min.include} has a format suitable for reading via the1126: The file {\tt min.include} has a format suitable for reading via the
1127: {\it PICK} and {\it IDMINFILE} keywords in {\tt disconnectionDPS}. The format of the {\tt min.persist*} files 1127: {\it PICK} and {\it IDMINFILE} keywords in {\tt disconnectionDPS}. The format of the {\tt min.persist*} files 
1128: is: {\it rank (ordered by persistence), energy, energy+barrier, barrier(=persistence), index of the minimum, 1128: is: {\it rank (ordered by culminance), energy, energy+barrier, barrier(=culminance), index of the minimum, 
1129: deviation from the diagonal}. See also {\it PERSISTEXACT\/}1129: deviation from the diagonal}.
1131: \item {\it PERSISTEXACT ALL\/}:  
1132: For use with {\it PERSIST\/}; specifies that the barrier heights used to define the persistences  
1133: should be obtained via an efficient exact method, rather than the approximate method using  
1134: a superbasin analysis. Note that the values of {\it einc} and {\it pethresh} from {\it PERSIST\/} are not  
1135: used here, but must still be present if you want to specify values for {\it peqthresh} and {\it perthresh}.  
1136: The optional argument {\it ALL} instructs the program to report persistences for  
1137: all the valid minima in the network; the default is to report values only for the minima in the same connected  
1138: component as the global minimum (which matches the situation for the approximate method). 
1139: 1130: 
1140: \item {\it PERTURB x\/}: initial maximum perturbation of the Cartesian coordinates of a minimum, 1131: \item {\it PERTURB x\/}: initial maximum perturbation of the Cartesian coordinates of a minimum, 
1141: when looking for a new connected minimum via a single-ended transition state search.1132: when looking for a new connected minimum via a single-ended transition state search.
1142: 1133: 
1143: \item {\it PFOLD n1 n2 x PFOLDCONV\/}: provides control parameters for the calculation1134: \item {\it PFOLD n1 n2 x PFOLDCONV\/}: provides control parameters for the calculation
1144: of committor probabilities for local minima.  The calculation1135: of committor probabilities for local minima.  The calculation
1145: may be performed on-the-fly during the construction of a stationary point database (if used together 1136: may be performed on-the-fly during the construction of a stationary point database (if used together 
1146: with CYCLES <non-zero value>) or as a post-processing analysis (CYCLES 0).1137: with CYCLES <non-zero value>) or as a post-processing analysis (CYCLES 0).
1147: All new local minima are assigned an initial value of zero.1138: All new local minima are assigned an initial value of zero.
1148: If a file commit.data exists in the working directory then initial values at the start of the run 1139: If a file commit.data exists in the working directory then initial values at the start of the run 

Lines Added 
Lines changed
 Lines Removed

hdiff - version: 2.1.0