hdiff output

r29106/OPTIM.tex 2016-03-16 18:37:27.025461214 +0000 r29105/OPTIM.tex 2016-03-16 18:37:27.261463642 +0000
2009: \item {\it REDOPATH\/}: instructs {\tt OPTIM} to read transition state coordinates2009: \item {\it REDOPATH\/}: instructs {\tt OPTIM} to read transition state coordinates
2010: successively from the file {\tt redopoints} during a {\it NEWCONNECT\/} run.2010: successively from the file {\tt redopoints} during a {\it NEWCONNECT\/} run.
2011: Can be used to generate movie files from stationary point sequences calculated2011: Can be used to generate movie files from stationary point sequences calculated
2012: by PATHSAMPLE. The correct start and finish coordinates for the minima2012: by PATHSAMPLE. The correct start and finish coordinates for the minima
2013: must be present in the {\tt odata} and {\tt finish} files.2013: must be present in the {\tt odata} and {\tt finish} files.
2014: 2014: 
2015: \item {\it REDOPATHXYZ\/}: as for {\it REDOPATH\/} above, except that existing2015: \item {\it REDOPATHXYZ\/}: as for {\it REDOPATH\/} above, except that existing
2016: {\tt path.n.xyz\/} files are read instead of actually calculating pathways for the2016: {\tt path.n.xyz\/} files are read instead of actually calculating pathways for the
2017: transition states.2017: transition states.
2018: 2018: 
2019: \item {\it REDOTS n\/}: The CONNECT algorithms often find the same refined TS multiple times. This keyword specifies that the first \it{n} times a TS is found, the pushoff path is calculated as normal. Subsequent times that the TS is found, the path is not calculated and the TS simply ignored. \it{n} has default value 2 (i.e. one re-try of the path run). 
2020:  
2021: \item {\it REDUCEDBONDLENGTH blfactor CB\/}: rescales the bond lengths by a factor2019: \item {\it REDUCEDBONDLENGTH blfactor CB\/}: rescales the bond lengths by a factor
2022: of {\it blfactor} in the side chains of proteins, if modelled by one of the CHARMM2020: of {\it blfactor} in the side chains of proteins, if modelled by one of the CHARMM
2023: potentials. {\it blfactor} has to be specified, and its default value is one.2021: potentials. {\it blfactor} has to be specified, and its default value is one.
2024: {\it CB} is an optional argument. When set, the bond length between the C$_{\alpha}$2022: {\it CB} is an optional argument. When set, the bond length between the C$_{\alpha}$
2025: and C$_{\beta}$ atoms is rescaled by {\it blfactor} as well, otherwise not.2023: and C$_{\beta}$ atoms is rescaled by {\it blfactor} as well, otherwise not.
2026: 2024: 
2027: \item {\it REOPT\/}: specifies that the eigenvector to be followed should be reoptimised2025: \item {\it REOPT\/}: specifies that the eigenvector to be followed should be reoptimised
2028:       in a BFGSTS search after the EF step and before the tangent space minimisation.2026:       in a BFGSTS search after the EF step and before the tangent space minimisation.
2029: This is probably not a good idea. Default is false.2027: This is probably not a good idea. Default is false.
2030: 2028: 


legend
Lines Added 
Lines changed
 Lines Removed

hdiff - version: 2.1.0