hdiff output

r29012/GMIN.tex 2016-03-16 18:37:31.665508916 +0000 r29011/GMIN.tex 2016-03-16 18:37:31.893511260 +0000
423: 423: 
424: \item {\it BLNGO $k_r$ $k_\theta$ $\lambda$}: specifies a G\=o potential424: \item {\it BLNGO $k_r$ $k_\theta$ $\lambda$}: specifies a G\=o potential
425: with the same form as the {\it BLN} potential. The parameters $k_r$425: with the same form as the {\it BLN} potential. The parameters $k_r$
426: and $k_\theta$ are the same as those used for the {\it BLN} keword and a {\tt426: and $k_\theta$ are the same as those used for the {\it BLN} keword and a {\tt
427: BLNsequence} file is required. Also needed is an auxiliary file, {\tt427: BLNsequence} file is required. Also needed is an auxiliary file, {\tt
428: contactmap}, containing the pairs of residues in contact in the native state of the protein428: contactmap}, containing the pairs of residues in contact in the native state of the protein
429: with one pair of residue numbers in each line of the file. An optional429: with one pair of residue numbers in each line of the file. An optional
430: parameter, $\lambda$, specifies the strength of the non-native interactions in a430: parameter, $\lambda$, specifies the strength of the non-native interactions in a
431: scaled {\it BLN} potential \cite{KimKS09}.431: scaled {\it BLN} potential \cite{KimKS09}.
432: 432: 
433: \item {\it BOXCENTROID x y z dx dy dz (ix iy iz)}: confine the system centroid to region {\it (x$\pm$dx, y$\pm$dy, z$\pm$dz)}. Intended for systems interacting with an external field, e.g. a cluster supported on a substrate modelled using keyword {\it MIE\_FIELD}. The cluster centroid will be checked after each random perturbation (before quenching!), and on each step of the {\it QALCS\_SURF} procedure (if used, and also before quenching). When a centroid coordinate (say {\it x\_c}) ventures outside the corresponding range ({\it x$\pm$dx}), that centroid coordinate is translated back to {\it x}. If any of the optional integer parameters {\it (ix, iy, iz)} are set to unity (default value is zero), then the translation vector(s) in the corresponding direction(s) will be restricted to integer multiples of {\it dx} and/or {\it dy} and/or {\it dz}. This additional feature is intended for periodic external fields, e.g. a periodic substrate, in which case {\it dx/dy/dz} ought to match the period. 
434:  
435: \item {\it BSMIN\/}: specifies a Bulirsch-Stoer minimisation scheme. 433: \item {\it BSMIN\/}: specifies a Bulirsch-Stoer minimisation scheme. 
436: Very inefficient compared to LBFGS.434: Very inefficient compared to LBFGS.
437: 435: 
438: \item {\it BSPT histmin histmax ptemin ptemax pttmin pttmax exchprob nequil ptsteps nquench nenrper hbins qfrq\/}: 436: \item {\it BSPT histmin histmax ptemin ptemax pttmin pttmax exchprob nequil ptsteps nquench nenrper hbins qfrq\/}: 
439: requests a basin-sampling run to accumulate the quench probability for local minima 437: requests a basin-sampling run to accumulate the quench probability for local minima 
440: as a function of potential energy using 438: as a function of potential energy using 
441: a parallel-tempering algorithm. 439: a parallel-tempering algorithm. 
442: This keyword also specifies the energy range for the histogram of quench energies,440: This keyword also specifies the energy range for the histogram of quench energies,
443: {\it histmin\/} to {\it histmax\/},441: {\it histmin\/} to {\it histmax\/},
444: the energy range for the histogram of instantaneous configurations, {\it ptemin} to {\it ptemax}, 442: the energy range for the histogram of instantaneous configurations, {\it ptemin} to {\it ptemax}, 


legend
Lines Added 
Lines changed
 Lines Removed

hdiff - version: 2.1.0