hdiff output

r28965/GMIN.tex 2016-03-16 18:37:24.669436994 +0000 r28964/GMIN.tex 2016-03-16 18:37:24.913439502 +0000
1034: 1034: 
1035: \item {\it LB2} specifies the potential\cite{LB299a,LB299b,LB204}1035: \item {\it LB2} specifies the potential\cite{LB299a,LB299b,LB204}
1036: \begin{equation}1036: \begin{equation}
1037: V = \frac{\epsilon}{2} \sum_{i<j} \left[ \left(\frac{r_{ij}}{\sigma}\right)^2+1037: V = \frac{\epsilon}{2} \sum_{i<j} \left[ \left(\frac{r_{ij}}{\sigma}\right)^2+
1038: \left(\frac{\sigma}{r_{ij}}\right)^2 \right],1038: \left(\frac{\sigma}{r_{ij}}\right)^2 \right],
1039: \end{equation}1039: \end{equation}
1040: where $\epsilon$ and $\sigma$ are set to unity.1040: where $\epsilon$ and $\sigma$ are set to unity.
1041: 1041: 
1042: \item {\it LFLIPS n m kT (mfac)\/}: for every {\it n}th step in the main basin-hopping sequence perform a subsequence of {\it m} steps with flip moves only. This subsequence constitutes an independent block of semi-grand canonical basin-hopping at a given {\it kT}, with the total number of atoms fixed but the relative population of constituent species allowed to vary. In every instance the subsequence starts with the specified value of {\it kT}, which is then multiplied by the (optional) parameter {\it mfac} on each of the {\it m} successive steps. (Default: {\it mfac = 1}.) The keyword {\it SEMIGRAND\_MU} can be used to impose non-zero semi-grand chemical potentials (with respect to the first species). 1042: \item {\it LFLIPS n m kT (mfac)\/}: for every {\it n}th step in the main basin-hopping sequence perform a subsequence of {\it m} steps with flip moves only. This subsequence constitutes an independent block of semi-grand canonical basin-hopping at a given {\it kT}, with the total number of atoms fixed but the relative population of constituent species allowed to vary. In every instance the subsequence starts with the specified value of {\it kT}, which is then multiplied by the (optional) parameter {\it mfac} on each of the {\it m} successive steps. (Default: {\it mfac = 1}.) The keyword {\it SEMIGRAND\_MU} can be used to impose non-zero semi-grand chemical potentials (with respect to the first species). 
1043: 1043: 
1044: \item {\it LFLIPS\_RESET\/}: at the start of every subsequence of flips, the stoichiometry will be reset to the value inferred from the keyword specifying the multicomponent potential. The atomic labels will be reassigned randomly. 
1045:  
1046: \item {\it LIGMOVE ligrotscale ligcartstep ligtransstep ligmovefreq\/}: used with {\it AMBER9\/} and {\it MOVABLEATOMS}. Specifies ligand only rotation, cartesian perturbation and translation. The ligand is defined by atom index in the file 'movableatoms'. Setting {\it ligrotscale} less than 1.01044: \item {\it LIGMOVE ligrotscale ligcartstep ligtransstep ligmovefreq\/}: used with {\it AMBER9\/} and {\it MOVABLEATOMS}. Specifies ligand only rotation, cartesian perturbation and translation. The ligand is defined by atom index in the file 'movableatoms'. Setting {\it ligrotscale} less than 1.0
1047: limits the ammount of rotation possible - this may be required to prevent cold fusion with non-spherical ligands. {\it ligcartstep} and {\it ligtransstep} 1045: limits the ammount of rotation possible - this may be required to prevent cold fusion with non-spherical ligands. {\it ligcartstep} and {\it ligtransstep} 
1048: define the maximum size (in angstroms) of the random cartesian perturbations and rigid body translation applied to the ligand respectively. 1046: define the maximum size (in angstroms) of the random cartesian perturbations and rigid body translation applied to the ligand respectively. 
1049: {\it ligmovefreq} can be set to greater than 1 to prevent ligand moves being applied every step i.e. {\it ligmovefreq = 2} for every other step.1047: {\it ligmovefreq} can be set to greater than 1 to prevent ligand moves being applied every step i.e. {\it ligmovefreq = 2} for every other step.
1050: All ligand moves are applied AFTER any MD if {\it AMBERMDMOVES} is on to prevent the MD exploding.    1048: All ligand moves are applied AFTER any MD if {\it AMBERMDMOVES} is on to prevent the MD exploding.    
1051: 1049: 
1052: \item {\it LJAT $Z^*$ scale\/}: specifies the Lennard-Jones plus Axilrod-Teller 1050: \item {\it LJAT $Z^*$ scale\/}: specifies the Lennard-Jones plus Axilrod-Teller 
1053: potential for a reduced triple-dipole struength of $Z^*$.1051: potential for a reduced triple-dipole struength of $Z^*$.
1054: Provided mostly as a guiding function for {\it DFTBC\/}. 1052: Provided mostly as a guiding function for {\it DFTBC\/}. 
1055: {\it rescale\/} is the coordinate rescaling factor from the LJAT potential1053: {\it rescale\/} is the coordinate rescaling factor from the LJAT potential


legend
Lines Added 
Lines changed
 Lines Removed

hdiff - version: 2.1.0