hdiff output

r28931/GMIN.tex 2016-03-16 18:37:21.385403234 +0000 r28930/GMIN.tex 2016-03-16 18:37:21.609405536 +0000
1032: \item {\it JUMPMOVE np1 np2 int\/}: specify J-walking type attempts between parallel runs {\it np2\/}1032: \item {\it JUMPMOVE np1 np2 int\/}: specify J-walking type attempts between parallel runs {\it np2\/}
1033: and {\it np1\/} at intervals of {\it int\/} steps.1033: and {\it np1\/} at intervals of {\it int\/} steps.
1034: 1034: 
1035: \item {\it LB2} specifies the potential\cite{LB299a,LB299b,LB204}1035: \item {\it LB2} specifies the potential\cite{LB299a,LB299b,LB204}
1036: \begin{equation}1036: \begin{equation}
1037: V = \frac{\epsilon}{2} \sum_{i<j} \left[ \left(\frac{r_{ij}}{\sigma}\right)^2+1037: V = \frac{\epsilon}{2} \sum_{i<j} \left[ \left(\frac{r_{ij}}{\sigma}\right)^2+
1038: \left(\frac{\sigma}{r_{ij}}\right)^2 \right],1038: \left(\frac{\sigma}{r_{ij}}\right)^2 \right],
1039: \end{equation}1039: \end{equation}
1040: where $\epsilon$ and $\sigma$ are set to unity.1040: where $\epsilon$ and $\sigma$ are set to unity.
1041: 1041: 
1042: \item {\it LFLIPS n m kT (mfac)\/}: for every {\it n}th step in the main basin-hopping sequence perform a subsequence of {\it m} steps with flip moves only. This subsequence constitutes an independent block of semi-grand canonical basin-hopping at a given {\it kT}, with the total number of atoms fixed but the relative population of constituent species allowed to vary. In every instance the subsequence starts with the specified value of {\it kT}, which is then multiplied by the (optional) parameter {\it mfac} on each of the {\it m} successive steps. (Default: {\it mfac = 1}.) The keyword {\it SEMIGRAND\_MU} can be used to impose non-zero semi-grand chemical potentials (with respect to the first species).  
1044: \item {\it LIGMOVE ligrotscale ligcartstep ligtransstep ligmovefreq\/}: used with {\it AMBER9\/} and {\it MOVABLEATOMS}. Specifies ligand only rotation, cartesian perturbation and translation. The ligand is defined by atom index in the file 'movableatoms'. Setting {\it ligrotscale} less than 1.01042: \item {\it LIGMOVE ligrotscale ligcartstep ligtransstep ligmovefreq\/}: used with {\it AMBER9\/} and {\it MOVABLEATOMS}. Specifies ligand only rotation, cartesian perturbation and translation. The ligand is defined by atom index in the file 'movableatoms'. Setting {\it ligrotscale} less than 1.0
1045: limits the ammount of rotation possible - this may be required to prevent cold fusion with non-spherical ligands. {\it ligcartstep} and {\it ligtransstep} 1043: limits the ammount of rotation possible - this may be required to prevent cold fusion with non-spherical ligands. {\it ligcartstep} and {\it ligtransstep} 
1046: define the maximum size (in angstroms) of the random cartesian perturbations and rigid body translation applied to the ligand respectively. 1044: define the maximum size (in angstroms) of the random cartesian perturbations and rigid body translation applied to the ligand respectively. 
1047: {\it ligmovefreq} can be set to greater than 1 to prevent ligand moves being applied every step i.e. {\it ligmovefreq = 2} for every other step.1045: {\it ligmovefreq} can be set to greater than 1 to prevent ligand moves being applied every step i.e. {\it ligmovefreq = 2} for every other step.
1048: All ligand moves are applied AFTER any MD if {\it AMBERMDMOVES} is on to prevent the MD exploding.    1046: All ligand moves are applied AFTER any MD if {\it AMBERMDMOVES} is on to prevent the MD exploding.    
1049: 1047: 
1050: \item {\it LJAT $Z^*$ scale\/}: specifies the Lennard-Jones plus Axilrod-Teller 1048: \item {\it LJAT $Z^*$ scale\/}: specifies the Lennard-Jones plus Axilrod-Teller 
1051: potential for a reduced triple-dipole struength of $Z^*$.1049: potential for a reduced triple-dipole struength of $Z^*$.
1052: Provided mostly as a guiding function for {\it DFTBC\/}. 1050: Provided mostly as a guiding function for {\it DFTBC\/}. 
1053: {\it rescale\/} is the coordinate rescaling factor from the LJAT potential1051: {\it rescale\/} is the coordinate rescaling factor from the LJAT potential
1062: at finding the lowest-energy permutation of charges.  The default value of $T_{\rm swap}$ is zero.1060: at finding the lowest-energy permutation of charges.  The default value of $T_{\rm swap}$ is zero.
1063: The reduced charge $q'$ is related to the actual charge $q$ by $q'=q/(4\pi\epsilon_0\epsilon\sigma)^{1/2}$,1061: The reduced charge $q'$ is related to the actual charge $q$ by $q'=q/(4\pi\epsilon_0\epsilon\sigma)^{1/2}$,
1064: where $\epsilon$ and $\sigma$ are the Lennard-Jones well depth and length parameter respectively.1062: where $\epsilon$ and $\sigma$ are the Lennard-Jones well depth and length parameter respectively.
1065: This way, the reduced energy of two charges is $E'=q'^2/r'$, where $r'=r/\sigma$ is the reduced distance1063: This way, the reduced energy of two charges is $E'=q'^2/r'$, where $r'=r/\sigma$ is the reduced distance
1066: bdetween the charges.1064: bdetween the charges.
1067: 1065: 
1068: \item {\it LOCALSAMPLE abthresh acthresh\/}: Keyword currently under construction! For three groups of atoms defined in movableatoms1066: \item {\it LOCALSAMPLE abthresh acthresh\/}: Keyword currently under construction! For three groups of atoms defined in movableatoms
1069: (A,B,C), a step is quenched when the centre of coordinates of A->B is less than {\it abthresh} AND A->C is less than {\it acthresh}. 1067: (A,B,C), a step is quenched when the centre of coordinates of A->B is less than {\it abthresh} AND A->C is less than {\it acthresh}. 
1070: If this condition is broken AFTER the quench, it is automatically rejected.1068: If this condition is broken AFTER the quench, it is automatically rejected.
1071: 1069: 
1072: \item {\it LSWAPS n m kT (mfac)\/}: for every {\it n}th step in the main basin-hopping sequence perform a subsequence of {\it m} steps with exchange moves only. The keyword is intended for homotop optimisation at regular intervals for a given {\it kT}. In every instance the subsequence starts with the specified value of {\it kT}, and this value is multiplied by the (optional) parameter {\it mfac} on each of the {\it m} successive steps. (Default: {\it mfac = 1}.)1070: \item {\it LSWAPS n m kT (mfac)\/}: for every {\it n}th basin-hopping step in the main sequence perform a subsequence of {\it m} steps with exchange moves only. The keyword is intended for regular homotop optimisation at a given {\it kT} and, unlike {\it BASWAP}, it operates by swapping atom labels (not coordinates). Every subsequence starts with the specified value of {\it kT}, but this value is multiplied by the (optional) parameter {\it mfac} on each of the {\it m} successive steps. (Default: {\it mfac = 1}.)
1073: 1071: 
1074: %\item {\it MAKEOLIGO START nfix nmove afirst_1 alast_1 phimin_1 phimax_1 dmin dmax SCONLY\/}1072: %\item {\it MAKEOLIGO START nfix nmove afirst_1 alast_1 phimin_1 phimax_1 dmin dmax SCONLY\/}
1075: \item MAKEOLIGO START $nfix nmove afirst_1 alast_1 phimin_1 phimax_1$ dmin dmax SCONLY1073: \item MAKEOLIGO START $nfix nmove afirst_1 alast_1 phimin_1 phimax_1$ dmin dmax SCONLY
1076: specifies the oligomer generation procedure. Here, the sample input follows for the generation of a dimer.1074: specifies the oligomer generation procedure. Here, the sample input follows for the generation of a dimer.
1077: The argument \textit{START} specifies that a new oligomer is to be generated.1075: The argument \textit{START} specifies that a new oligomer is to be generated.
1078: The second and third arguments determine how many peptide chains are fixed ({\it nfix}) and relocatable ({\it nmove}), respectively.1076: The second and third arguments determine how many peptide chains are fixed ({\it nfix}) and relocatable ({\it nmove}), respectively.
1079: The input geometry has1077: The input geometry has
1080: to be provided in such a form that all fixed peptide chains come first, followed by the peptide chains,1078: to be provided in such a form that all fixed peptide chains come first, followed by the peptide chains,
1081: which are set to1079: which are set to
1082: new positions during the oligomer generation procedure. The secondary structures of the relocatable peptides are determined via the input1080: new positions during the oligomer generation procedure. The secondary structures of the relocatable peptides are determined via the input
1616: 1614: 
1617: \item {\it SAVE nsave\/}: {\it nsave\/} is an integer that specifies the number of lowest1615: \item {\it SAVE nsave\/}: {\it nsave\/} is an integer that specifies the number of lowest
1618: energy geometries to save and summarise in the file {\tt lowest}. 1616: energy geometries to save and summarise in the file {\tt lowest}. 
1619: Arrays are now dynamically allocated, so any positive integer can be specified. Note that if {\it nsave\/} is large, minima that are not in the Markov chain might also be written out which might be high energy non-physical conformations.  1617: Arrays are now dynamically allocated, so any positive integer can be specified. Note that if {\it nsave\/} is large, minima that are not in the Markov chain might also be written out which might be high energy non-physical conformations.  
1620: 1618: 
1621: \item {\it SAVEMULTIMINONLY\/}: specifies that only multiminima are to be considered for the final dump to {\tt lowest}.1619: \item {\it SAVEMULTIMINONLY\/}: specifies that only multiminima are to be considered for the final dump to {\tt lowest}.
1622: 1620: 
1623: \item {\it SAVEINTE nsaveinte\/}: {\it nsaveinte\/} is an integer that specifies the number of lowest1621: \item {\it SAVEINTE nsaveinte\/}: {\it nsaveinte\/} is an integer that specifies the number of lowest
1624: interaction enthalpy geometries to save and summarise in the file {\tt intelowest}. See {\it A9INTE\/}. 1622: interaction enthalpy geometries to save and summarise in the file {\tt intelowest}. See {\it A9INTE\/}. 
1625: 1623: 
1626: \item {\it SEMIGRAND\_MU mu\_1 \dots mu\_M\/}: specifies the semi-grand chemical potentials, relative to the first species, for use in conjunction with the keyword {\it LFLIPS\/}. The number of values ought to match the number of different species minus one (i.e. {\it M=NSPECIES-1}). 
1628: \item {\it SETCENTRE x y z\/}: Sets the centre of mass/coordinates (before the initial quench) to ({\it x,y,z\/}). For example, {\it SETCENTRE 0.0 0.0 0.0\/}1624: \item {\it SETCENTRE x y z\/}: Sets the centre of mass/coordinates (before the initial quench) to ({\it x,y,z\/}). For example, {\it SETCENTRE 0.0 0.0 0.0\/}
1629: would translate the centre of mass to the origin.1625: would translate the centre of mass to the origin.
1630: 1626: 
1631: \item {\it SC nn mm sig sceps scc\/}: specifies a Sutton-Chen potential\cite{suttonc90} with1627: \item {\it SC nn mm sig sceps scc\/}: specifies a Sutton-Chen potential\cite{suttonc90} with
1632: parameters $n=${\it nn\/}, $m=${\it mm\/}, $a$={\it sig\/}, $\epsilon=${\it sceps\/} and 1628: parameters $n=${\it nn\/}, $m=${\it mm\/}, $a$={\it sig\/}, $\epsilon=${\it sceps\/} and 
1633: $c=${\it scc\/}.1629: $c=${\it scc\/}.
1634: 1630: 
1635: \item {\it SEED nsstop\/}: if the {\it SEED\/} keyword appears then the program1631: \item {\it SEED nsstop\/}: if the {\it SEED\/} keyword appears then the program
1636: looks for a file {\tt seed} containing coordinates, which are used to `seed' the new run.1632: looks for a file {\tt seed} containing coordinates, which are used to `seed' the new run.
1637: The number of coordinates given in this file should be no more than one less than the number1633: The number of coordinates given in this file should be no more than one less than the number

Lines Added 
Lines changed
 Lines Removed

hdiff - version: 2.1.0