hdiff output

r28927/PATHSAMPLE.tex 2015-11-17 23:37:08.379835562 +0000 r28926/PATHSAMPLE.tex 2015-11-17 23:37:08.567838085 +0000
296: is performed with {\it REGROUPFREE\/} and {\it RFMULTI\/}. 296: is performed with {\it REGROUPFREE\/} and {\it RFMULTI\/}. 
297: This may be useful for understanding how free energy groups merge as a function of297: This may be useful for understanding how free energy groups merge as a function of
298: observation time scale and temperature, when rate constants are not required.298: observation time scale and temperature, when rate constants are not required.
299: 299: 
300: \item {\it ALLTS \/}: specifies that transition states that are considered identical by energy 300: \item {\it ALLTS \/}: specifies that transition states that are considered identical by energy 
301: and geometry conditions to one already in the database, but which connect different minima are not discarded301: and geometry conditions to one already in the database, but which connect different minima are not discarded
302: and are treated as a new transition state. This is especially useful when starting PATHSAMPLE from an 302: and are treated as a new transition state. This is especially useful when starting PATHSAMPLE from an 
303: OPTIM path.info file using {\it STARTFROMPATH} and {\it STARTTRIPLES}, as the path.info file from 303: OPTIM path.info file using {\it STARTFROMPATH} and {\it STARTTRIPLES}, as the path.info file from 
304: OPTIM may contain such transition states, even if only one is involved in the connected path.304: OPTIM may contain such transition states, even if only one is involved in the connected path.
305: 305: 
306: \item {\it ANGLEAXIS \/}: specifies angle-axis coordinates for rigid bodies. NB: this is not part of the GENRIGID framework.306: \item {\it ANGLEAXIS \/}: specifies angle-axis coordinates for rigid bodies.
307: 307: 
308: \item {\it AMBER9 \/}: specifies the AMBER 9 potential.308: \item {\it AMBER9 \/}: specifies the AMBER 9 potential.
309: 309: 
310: \item {\it AMH \/}: specifies an AMH potential.310: \item {\it AMH \/}: specifies an AMH potential.
311: 311: 
312: \item {\it AMHQ whichmin \/}: Calculates Wolynes Q score based on the native state structure.312: \item {\it AMHQ whichmin \/}: Calculates Wolynes Q score based on the native state structure.
313: 313: 
314: \item {\it AMHRMSD whichmin \/}: Calculates RMSD based on the native state structure.314: \item {\it AMHRMSD whichmin \/}: Calculates RMSD based on the native state structure.
315: 315: 
316: \item {\it AMHQCONT whichmin rcut \/}: Calculates Q-cutoff score based on a native distance. 316: \item {\it AMHQCONT whichmin rcut \/}: Calculates Q-cutoff score based on a native distance. 
683: 683: 
684: \item {\it ENERGY x\/}: specifies that the microcanonical ensemble at energy {\it x\/} is to be used684: \item {\it ENERGY x\/}: specifies that the microcanonical ensemble at energy {\it x\/} is to be used
685: to calculate rate constants. Mutually exclusive with {\it TEMPERATURE\/}.685: to calculate rate constants. Mutually exclusive with {\it TEMPERATURE\/}.
686: 686: 
687: \item {\it ETOL x\/}: energy difference criterion for distinguishing stationary points. 687: \item {\it ETOL x\/}: energy difference criterion for distinguishing stationary points. 
688: Used with {\it ITOL\/} in {\tt PATHSAMPLE.2.0\/} and {\it GEOMDIFFTOL\/} in688: Used with {\it ITOL\/} in {\tt PATHSAMPLE.2.0\/} and {\it GEOMDIFFTOL\/} in
689: {\tt PATHSAMPLE.2.1\/}. {\it EDIFFTOL\/} specifies the same parameter.689: {\tt PATHSAMPLE.2.1\/}. {\it EDIFFTOL\/} specifies the same parameter.
690: 690: 
691: \item {\it EVCUT x\/}: tolerance for Hessian eigenvalues or frequencies read from691: \item {\it EVCUT x\/}: tolerance for Hessian eigenvalues or frequencies read from
692: a {\tt path.info} file by the {\bf getallpaths} subroutine.692: a {\tt path.info} file by the {\bf getallpaths} subroutine.
693: If an eigenvalue is detected that should belong to the positive set by lies below693: If an eigenvalue is detected that should belong to the positive set but lies below
694: {\it x\/} (default value $2\times10^{-6}$) the min-sad-min triple is skipped.694: {\it x\/} (default value $2\times10^{-6}$) the min-sad-min triple is skipped. The default 
 695: value for biological potentials (CHARMM, AMBER, NAB) with eigenvalues in SI units is $1.0\times10^{20}$.
695: 696: 
696: \item {\it EXEC a\/}: name of the {\tt OPTIM} executable to be called by {\tt PATHSAMPLE}.697: \item {\it EXEC a\/}: name of the {\tt OPTIM} executable to be called by {\tt PATHSAMPLE}.
697: 698: 
698: \item {\it EXTRACTMIN n\/}: extract the coordinates of minimum {\it n} from699: \item {\it EXTRACTMIN n\/}: extract the coordinates of minimum {\it n} from
699: {\tt points.min} and write them to file {\tt extractmin}. If the {\it CHARMM}700: {\tt points.min} and write them to file {\tt extractmin}. If the {\it CHARMM}
700: keyword is present then a pdb format {\tt extractedmin.pdb} will also be701: keyword is present then a pdb format {\tt extractedmin.pdb} will also be
701: produced. If $n\le0$ then all the minima are extracted to {\tt extractmin}.702: produced. If $n\le0$ then all the minima are extracted to {\tt extractmin}.
702: 703: 
703: \item {\it EXTRACTTS n\/}: extract the coordinates of minimum {\it n} from704: \item {\it EXTRACTTS n\/}: extract the coordinates of minimum {\it n} from
704: {\tt points.ts} and write them to file {\tt extractts}.705: {\tt points.ts} and write them to file {\tt extractts}.
908: \item {\it MACHINE\/}: if specified, certain files are written and read as909: \item {\it MACHINE\/}: if specified, certain files are written and read as
909: binary rather than plain text.910: binary rather than plain text.
910: 911: 
911: \item {\it MACROCYCLYE n\/}: sets up permutational isomers for a912: \item {\it MACROCYCLYE n\/}: sets up permutational isomers for a
912: macrocyclic system. The number of repeat units in the macrocycle is given by913: macrocyclic system. The number of repeat units in the macrocycle is given by
913: {\it n} (e.g. {\it n}=4 for cyclo-[Gly$_4$]). The order of the atoms in914: {\it n} (e.g. {\it n}=4 for cyclo-[Gly$_4$]). The order of the atoms in
914: each repeat unit must be the same and these permutations should not be added to915: each repeat unit must be the same and these permutations should not be added to
915: the {\tt perm.allow} file. This keyword has only been tested on cyclic peptides using916: the {\tt perm.allow} file. This keyword has only been tested on cyclic peptides using
916: the AMBER potential.917: the AMBER potential.
917: 918: 
918: \item {\it MAKEPAIRS pairfile\/}: use in conjunction with ADDMIN or READMIN to produce an {\tt Epath}-style pairfile which can then be used with USEPAIRS to connect a chain of minima together. The minima from the min.data.info are read into the PATHSAMPLE database as normal, but in addition the pairfile records the indices of the minima in the order in which they appeared in min.data.info. Running PATHSAMPLE with USEPAIRS then connects every pair of minima from the original min.data.info file, in the order they appeared. Minima may appear multiple times in the same pairfile if they appear multiple times in min.data.info. The exception is consecutive duplicate minima, which are omitted. 
920: \item {\it MAXDOWNBARRIER x\/}: specifies a maximum downhill barrier 919: \item {\it MAXDOWNBARRIER x\/}: specifies a maximum downhill barrier 
921: of {\it x\/} for {\it DIJKSTRA\/} analysis. 920: of {\it x\/} for {\it DIJKSTRA\/} analysis. 
922: The downhill barriers for the path with the largest contribution to the921: The downhill barriers for the path with the largest contribution to the
923: non-recrossing steady-state rate constant are sorted and those that exceed922: non-recrossing steady-state rate constant are sorted and those that exceed
924: {\it x\/} are analysed further. The transition state in question is removed923: {\it x\/} are analysed further. The transition state in question is removed
925: and the {\it DIJKSTRA\/} analysis performed again if a connected path is still possible.924: and the {\it DIJKSTRA\/} analysis performed again if a connected path is still possible.
926: If a connected path is no longer possible the transition state in question is925: If a connected path is no longer possible the transition state in question is
927: reinstated. A list of `shiftable' transition states is provided at the end.926: reinstated. A list of `shiftable' transition states is provided at the end.
928: Note that the order in which transition states are removed could affect this list,927: Note that the order in which transition states are removed could affect this list,
929: so that other combinations of `shiftable' transition states may be possible.928: so that other combinations of `shiftable' transition states may be possible.
1187: alignment of end points.1186: alignment of end points.
1188: 1187: 
1189: \item {\it RATESCYCLE t1 t2 $\cdots$ tn \/}: calculate rate constants1188: \item {\it RATESCYCLE t1 t2 $\cdots$ tn \/}: calculate rate constants
1190: at the end of every cycle for temperatures {\it t1}, {\it t2}, etc.1189: at the end of every cycle for temperatures {\it t1}, {\it t2}, etc.
1191: Each temperature and forward and backward rate constants are dumped to 1190: Each temperature and forward and backward rate constants are dumped to 
1192: file {\tt NGT.rates.new}.1191: file {\tt NGT.rates.new}.
1193: Any number of temperatures can be specified, so long as continuation 1192: Any number of temperatures can be specified, so long as continuation 
1194: lines are used if the line length exceeds 80 characters. 1193: lines are used if the line length exceeds 80 characters. 
1195: This keyword was introduced to make the LJ$_{38}$ demonstration cleaner.1194: This keyword was introduced to make the LJ$_{38}$ demonstration cleaner.
1196: 1195: 
1197: \item {\it RBAA\/}: specifies the number of rigid bodies being considered in the angle-axis. NB: this is not part of the GENRIGID framework.1196: \item {\it RBAA\/}: specifies the number of rigid bodies being considered in the angle-axis 
1198: 1197: 
1199: \item {\it RBSYM\/}: specifies that internal symmetry operations permuting equivalent sites for1198: \item {\it RBSYM\/}: specifies that internal symmetry operations permuting equivalent sites for
1200: rigid-body building blocks exist. The operations are read in from a file {\tt rbsymops}, which must1199: rigid-body building blocks exist. The operations are read in from a file {\tt rbsymops}, which must
1201: exist in the working directory. The first line of the file is an integer that specifies the number1200: exist in the working directory. The first line of the file is an integer that specifies the number
1202: of operations generated by proper axes of rotation including the identity operation; the operations1201: of operations generated by proper axes of rotation including the identity operation; the operations
1203: are then read in one at a time in a representation consisting of a unit vector, defining the1202: are then read in one at a time in a representation consisting of a unit vector, defining the
1204: axis in the reference frame, and an angle in degrees, describing the magnitude of rotation about1203: axis in the reference frame, and an angle in degrees, describing the magnitude of rotation about
1205: that axis. The first operation has to correspond to the identity operation.1204: that axis. The first operation has to correspond to the identity operation.
1206: 1205: 
1207: This keyword has to be combined with {\it PERMDIST\/} so that structures are aligned and1206: This keyword has to be combined with {\it PERMDIST\/} so that structures are aligned and
1208: a distance metric considered based on permutations of identical rigid1207: a distance metric considered based on permutations of identical rigid
1209: bodies and any internal symmetry operation of each rigid body that is a symmetry1208: bodies and any internal symmetry operation of each rigid body that is a symmetry
1210: of the potential energy function. NB: this is not part of the GENRIGID framework.1209: of the potential energy function.
1211: 1210: 
1212: \item {\it READMIN file\/}: reads in the data for one or more minima from {\it file}1211: \item {\it READMIN file\/}: reads in the data for one or more minima from {\it file}
1213: in {\tt OPTIM} min.data.info format and then stops. 1212: in {\tt OPTIM} min.data.info format and then stops. 
1214: Any number of min.data.info files can be concatenated into {\it file}.1213: Any number of min.data.info files can be concatenated into {\it file}.
1215: New entries will be created in {\tt min.data} and {\tt points.min}.1214: New entries will be created in {\tt min.data} and {\tt points.min}.
1216: If {\tt min.A} and {\tt min.B} do not exist they are not created.1215: If {\tt min.A} and {\tt min.B} do not exist they are not created.
1217: {\it READMIN} therefore provides an alternative way to start an initial1216: {\it READMIN} therefore provides an alternative way to start an initial
1218: path calculation by providing minima, so long as {\tt min.A} and {\tt min.B}1217: path calculation by providing minima, so long as {\tt min.A} and {\tt min.B}
1219: are created by hand.1218: are created by hand.
1220: It also provides a way to add additional minima to an existing database, since1219: It also provides a way to add additional minima to an existing database, since
1343: 1342: 
1344: \item {\it RFMULTI tau Tlow Thigh Tinc steps pfshift\/}: 1343: \item {\it RFMULTI tau Tlow Thigh Tinc steps pfshift\/}: 
1345: run the {\it REGROUPFREE\/} analysis as a function of temperature for a fixed1344: run the {\it REGROUPFREE\/} analysis as a function of temperature for a fixed
1346: regrouping threshold. The threshold is determined from the observation time scale, {\it tau\/}1345: regrouping threshold. The threshold is determined from the observation time scale, {\it tau\/}
1347: and the temperature range is {\it Tlow\/} to {\it Thigh\/} in {\it steps\/}1346: and the temperature range is {\it Tlow\/} to {\it Thigh\/} in {\it steps\/}
1348: steps.1347: steps.
1349: A fixed shift for the natural log of the partition functions can be specified1348: A fixed shift for the natural log of the partition functions can be specified
1350: by the parameter {\it pfshift\/}, which may be needed to prevent underflow or overflow.1349: by the parameter {\it pfshift\/}, which may be needed to prevent underflow or overflow.
1351: 1350: 
1352: \item {\it RIGIDBODIES n\/}: specifies the number of rigid bodies; only one1351: \item {\it RIGIDBODIES n\/}: specifies the number of rigid bodies; only one
1353: of {\it NATOMS\/} and {\it RIGIDBODIES} should be present. NB: this is not part of the GENRIGID framework.1352: of {\it NATOMS\/} and {\it RIGIDBODIES} should be present.
1354: 1353: 
1355: \item {\it RIGIDINIT n\/}: specifies the use of the generalised rigid body framework. You must also specify1354: \item {\it RIGIDINIT n\/}: specifies the use of the generalised rigid body framework. You must also specify
1356: the number of degrees of freedom in the rigidified system, {\it n}, so that {\tt PATHSAMPLE} knows how many 1355: the number of degrees of freedom in the rigidified system, {\it n}, so that {\tt PATHSAMPLE} knows how many 
1357: eigenvalues to expect in {\tt OPTIM} output.1356: eigenvalues to expect in {\tt OPTIM} output.
1358: 1357: 
1359: \item {\it SDGT DisconnectSources AltPbb Rescale Normalise\/}: 1358: \item {\it SDGT DisconnectSources AltPbb Rescale Normalise\/}: 
1360: graph transformation rate calculation, which switches from sparse optimised to1359: graph transformation rate calculation, which switches from sparse optimised to
1361: dense optimised algorithms when the average number of connections1360: dense optimised algorithms when the average number of connections
1362: exceeds a certain threshold \cite{TrygubenkoW06}.1361: exceeds a certain threshold \cite{TrygubenkoW06}.
1363: The four arguments are all logicals, so an example input line might look1362: The four arguments are all logicals, so an example input line might look
1394: steps on the best path, as calculated using Dijkstra's algorithm.1393: steps on the best path, as calculated using Dijkstra's algorithm.
1395: In the Dijkstra analysis minima with zero connections are removed. 1394: In the Dijkstra analysis minima with zero connections are removed. 
1396: This value can be changed using a {\it DIJKSTRA n} line in {\tt pathdata}.1395: This value can be changed using a {\it DIJKSTRA n} line in {\tt pathdata}.
1397: If the option argument {\it string\/} is set to {\it BARRIER\/} or {\it RATE\/} then1396: If the option argument {\it string\/} is set to {\it BARRIER\/} or {\it RATE\/} then
1398: the strategy is different. We now look for pairs of minima on either side of1397: the strategy is different. We now look for pairs of minima on either side of
1399: the highest barriers or minima linked by the smallest1398: the highest barriers or minima linked by the smallest
1400: rate constant on the best path, sorted according to the barrier height or the rate.1399: rate constant on the best path, sorted according to the barrier height or the rate.
1401: {\it minsep\/} is then used to define the largest number of steps away from 1400: {\it minsep\/} is then used to define the largest number of steps away from 
1402: the transition states for connection attempts.1401: the transition states for connection attempts.
1403: 1402: 
1404: \item {\it SKIPPAIRS \/}: do not attempt to connect a pair of minima if they are already connected. This is used only with USEPAIRS. Pairs which are rejected on these grounds DO count towards the total number of connections provided by the CYCLES keyword, however the debug printing doesn't recognise that at the present time. 
1406: \item {\it SLEEPTIME x \/}: set the time used in the system sleep calls1403: \item {\it SLEEPTIME x \/}: set the time used in the system sleep calls
1407: between submission of {\tt OPTIM} jobs. The default value is 1\,s. A nonzero1404: between submission of {\tt OPTIM} jobs. The default value is 1\,s. A nonzero
1408: value is needed for small systems on distributed memory machines to prevent1405: value is needed for small systems on distributed memory machines to prevent
1409: us from running out of ports. A value of zero on a shared memory system can1406: us from running out of ports. A value of zero on a shared memory system can
1410: speed up execution significantly for small systems.1407: speed up execution significantly for small systems.
1411: 1408: 
1412: \item {\it SSH \/}: OPTIM jobs are submitted to nodes using ssh rather than rsh (default)1409: \item {\it SSH \/}: OPTIM jobs are submitted to nodes using ssh rather than rsh (default)
1413: 1410: 
1414: \item {\it ST \/}: calls a finite system of Stockmayer particles.1411: \item {\it ST \/}: calls a finite system of Stockmayer particles.
1415: 1412: 
1502: 1499: 
1503: \item {\it USEPAIRS Epathfile\/}: pairs of minima are chosen for connection attempts based1500: \item {\it USEPAIRS Epathfile\/}: pairs of minima are chosen for connection attempts based
1504: on the order of local minima specified in file {\tt Epathfile}, which must have the format1501: on the order of local minima specified in file {\tt Epathfile}, which must have the format
1505: of a {\tt PATHSAMPLE} {\tt Epath} output file 9as generated by {\it DIJKSTRA\/}, etc.1502: of a {\tt PATHSAMPLE} {\tt Epath} output file 9as generated by {\it DIJKSTRA\/}, etc.
1506: This keyword is intended to follow a {\it DUMMYTS\/} run, where the stationary point1503: This keyword is intended to follow a {\it DUMMYTS\/} run, where the stationary point
1507: database has been refined using {\it BHINTERP\/} or {\it BISECT\/} runs in {\tt OPTIM}.1504: database has been refined using {\it BHINTERP\/} or {\it BISECT\/} runs in {\tt OPTIM}.
1508: The dummy {\tt ts.data} and {\tt pairs.data} files must be renamed or removed1505: The dummy {\tt ts.data} and {\tt pairs.data} files must be renamed or removed
1509: before the {\it USEPAIRS\/} run.1506: before the {\it USEPAIRS\/} run.
1510: The pairs of minima are first chosen to be the adjacent structures from the list, then1507: The pairs of minima are first chosen to be the adjacent structures from the list, then
1511: second-neighbours, until all possible pairs have been tried.1508: second-neighbours, until all possible pairs have been tried.
1512: This keyword can also be used to specify a list of pairs to attempt to connect. See the MAKEPAIRS keyword to help assemble {\tt Epathfile} in this case. 
1513: 1509: 
1514: \end{itemize}1510: \end{itemize}
1515: % </kwd>1511: % </kwd>
1516: \section{{\tt odata} files}1512: \section{{\tt odata} files}
1517: \label{sec:odatafiles}1513: \label{sec:odatafiles}
1518: 1514: 
1519: The following {\tt odata} template1515: The following {\tt odata} template
1520: files may be necessary, one for each type of {\tt OPTIM} job which can be launched by {\tt PATHSAMPLE}.1516: files may be necessary, one for each type of {\tt OPTIM} job which can be launched by {\tt PATHSAMPLE}.
1521: If {\it CONNECTIONS} is set to one or fewer then only an {\tt odata.connect} template is1517: If {\it CONNECTIONS} is set to one or fewer then only an {\tt odata.connect} template is
1522: needed.1518: needed.

Lines Added 
Lines changed
 Lines Removed

hdiff - version: 2.1.0