hdiff output

r28900/PATHSAMPLE.tex 2015-11-17 23:37:05.327794632 +0000 r28899/PATHSAMPLE.tex 2015-11-17 23:37:05.527797314 +0000
1346: and the temperature range is {\it Tlow\/} to {\it Thigh\/} in {\it steps\/}1346: and the temperature range is {\it Tlow\/} to {\it Thigh\/} in {\it steps\/}
1347: steps.1347: steps.
1348: A fixed shift for the natural log of the partition functions can be specified1348: A fixed shift for the natural log of the partition functions can be specified
1349: by the parameter {\it pfshift\/}, which may be needed to prevent underflow or overflow.1349: by the parameter {\it pfshift\/}, which may be needed to prevent underflow or overflow.
1350: 1350: 
1351: \item {\it RIGIDBODIES n\/}: specifies the number of rigid bodies; only one1351: \item {\it RIGIDBODIES n\/}: specifies the number of rigid bodies; only one
1352: of {\it NATOMS\/} and {\it RIGIDBODIES} should be present.1352: of {\it NATOMS\/} and {\it RIGIDBODIES} should be present.
1353: 1353: 
1354: \item {\it RIGIDINIT n\/}: specifies the use of the generalised rigid body framework. You must also specify1354: \item {\it RIGIDINIT n\/}: specifies the use of the generalised rigid body framework. You must also specify
1355: the number of degrees of freedom in the rigidified system, {\it n}, so that {\tt PATHSAMPLE} knows how many 1355: the number of degrees of freedom in the rigidified system, {\it n}, so that {\tt PATHSAMPLE} knows how many 
1356: eigenvalues to expect in {\tt OPTIM} output.1356: frequencies to expect in {\tt OPTIM} output.
1357: 1357: 
1358: \item {\it SDGT DisconnectSources AltPbb Rescale Normalise\/}: 1358: \item {\it SDGT DisconnectSources AltPbb Rescale Normalise\/}: 
1359: graph transformation rate calculation, which switches from sparse optimised to1359: graph transformation rate calculation, which switches from sparse optimised to
1360: dense optimised algorithms when the average number of connections1360: dense optimised algorithms when the average number of connections
1361: exceeds a certain threshold \cite{TrygubenkoW06}.1361: exceeds a certain threshold \cite{TrygubenkoW06}.
1362: The four arguments are all logicals, so an example input line might look1362: The four arguments are all logicals, so an example input line might look
1363: \vbox{SDGT T T F F}. If true (the default) {\it DisconnectSources} specifies that1363: \vbox{SDGT T T F F}. If true (the default) {\it DisconnectSources} specifies that
1364: a full transformation should be performed for each source, disconnecting the 1364: a full transformation should be performed for each source, disconnecting the 
1365: other sources. The resulting rate constants correspond to the KMC result and1365: other sources. The resulting rate constants correspond to the KMC result and
1366: $k^{\rm KMC}$ \cite{Wales06}.1366: $k^{\rm KMC}$ \cite{Wales06}.


legend
Lines Added 
Lines changed
 Lines Removed

hdiff - version: 2.1.0