hdiff output

r28878/GMIN.tex 2015-11-17 23:37:02.099751341 +0000 r28877/GMIN.tex 2015-11-17 23:37:02.487756544 +0000
1116: \item {\it MGUPTA nspecs A\_11 p\_11 q\_11 xi\_11 r0\_11\/}: specifies a multicomponent Gupta potential for {\it nspecs} distinct metallic species. If {\it nspecs = 1\/} then this single line is sufficient. The model parameters {\it A\_11\/}, {\it p\_11\/}, {\it q\_11\/}, {\it xi\_11\/} and {\it r0\_11\/} have the same meaning as for the keyword {\it BGUPTAT\/}. If {\it nspecs $>$ 1\/}, then $ nspecs \times (nspecs + 1)/2 - 1$ more subsequent lines of the form {\it MGUPTA (n\_I) A\_IJ p\_IJ q\_IJ xi\_IJ r0\_IJ \/} must be supplied for all the remaining {\it I,J $\in$ [1,nspecs] \/} in ascending order with $J \geq I$. Note that {\it n\_I\/} is expected only when $J = I$, with {\it n\_I\/} specifying the number of atoms for each species {\it I $>$ 1\/}. The value for {\it n\_1 (= n\_A)\/} is inferred from the knowledge of the total number of atoms ({\it NATOMS\/}). For example, a ternary system A$_{N-k-l}$B$_{k}$C$_{l}$  ({\it N = NATOMS\/}) should be specified in six consecutive lines: \\1116: \item {\it MGUPTA nspecs A\_11 p\_11 q\_11 xi\_11 r0\_11\/}: specifies a multicomponent Gupta potential for {\it nspecs} distinct metallic species. If {\it nspecs = 1\/} then this single line is sufficient. The model parameters {\it A\_11\/}, {\it p\_11\/}, {\it q\_11\/}, {\it xi\_11\/} and {\it r0\_11\/} have the same meaning as for the keyword {\it BGUPTAT\/}. If {\it nspecs $>$ 1\/}, then $ nspecs \times (nspecs + 1)/2 - 1$ more subsequent lines of the form {\it MGUPTA (n\_I) A\_IJ p\_IJ q\_IJ xi\_IJ r0\_IJ \/} must be supplied for all the remaining {\it I,J $\in$ [1,nspecs] \/} in ascending order with $J \geq I$. Note that {\it n\_I\/} is expected only when $J = I$, with {\it n\_I\/} specifying the number of atoms for each species {\it I $>$ 1\/}. The value for {\it n\_1 (= n\_A)\/} is inferred from the knowledge of the total number of atoms ({\it NATOMS\/}). For example, a ternary system A$_{N-k-l}$B$_{k}$C$_{l}$  ({\it N = NATOMS\/}) should be specified in six consecutive lines: \\
1117: \begin{tabular}{lllllll}1117: \begin{tabular}{lllllll}
1118: {\it MGUPTA} & 3 & {\it A\_AA} & {\it p\_AA} & {\it q\_AA} & {\it xi\_AA} & {\it r0\_AA} \\1118: {\it MGUPTA} & 3 & {\it A\_AA} & {\it p\_AA} & {\it q\_AA} & {\it xi\_AA} & {\it r0\_AA} \\
1119: {\it MGUPTA} &   & {\it A\_AB} & {\it p\_AB} & {\it q\_AB} & {\it xi\_AB} & {\it r0\_AB} \\1119: {\it MGUPTA} &   & {\it A\_AB} & {\it p\_AB} & {\it q\_AB} & {\it xi\_AB} & {\it r0\_AB} \\
1120: {\it MGUPTA} &   & {\it A\_AC} & {\it p\_AC} & {\it q\_AC} & {\it xi\_AC} & {\it r0\_AC} \\1120: {\it MGUPTA} &   & {\it A\_AC} & {\it p\_AC} & {\it q\_AC} & {\it xi\_AC} & {\it r0\_AC} \\
1121: {\it MGUPTA} & {\it k} & {\it A\_BB} & {\it p\_BB} & {\it q\_BB} & {\it xi\_BB} & {\it r0\_BB} \\1121: {\it MGUPTA} & {\it k} & {\it A\_BB} & {\it p\_BB} & {\it q\_BB} & {\it xi\_BB} & {\it r0\_BB} \\
1122: {\it MGUPTA} &   & {\it A\_BC} & {\it p\_BC} & {\it q\_BC} & {\it xi\_BC} & {\it r0\_BC} \\1122: {\it MGUPTA} &   & {\it A\_BC} & {\it p\_BC} & {\it q\_BC} & {\it xi\_BC} & {\it r0\_BC} \\
1123: {\it MGUPTA} & {\it k} & {\it A\_CC} & {\it p\_CC} & {\it q\_CC} & {\it xi\_CC} & {\it r0\_CC} \\1123: {\it MGUPTA} & {\it k} & {\it A\_CC} & {\it p\_CC} & {\it q\_CC} & {\it xi\_CC} & {\it r0\_CC} \\
1124: \end{tabular}1124: \end{tabular}
1125: 1125: 
1126: \item {\it MIE\_FIELD filename Rc Bx By Bz\/}: specifies a fixed substrate from superposition of Mie-type central force fields, each defined by1126: \item {\it MIE\_FIELD filename\/}: specifies an external field from superposition of fixed point-sources, each interacting via the Mie potential:
1127: \begin{displaymath}1127: \begin{displaymath}
1128: \phi(r) = \left(\frac{n}{n-m}\right) \left(\frac{n}{m}\right)^{m/(n-m)} \epsilon \left[ \left(\frac{\sigma}{r}\right)^{n} - \left(\frac{\sigma}{r}\right)^{m}\right].1128: \phi(r) = \left(\frac{n}{n-m}\right) \left(\frac{n}{m}\right)^{m/(n-m)} \epsilon \left[ \left(\frac{\sigma}{r}\right)^{n} - \left(\frac{\sigma}{r}\right)^{m}\right],
1129: \end{displaymath}1129: \end{displaymath}
1130: The parameters $n$, $m$, $\epsilon$, $\sigma$ and coordinates of each Mie site must be provided in the file {\it filename}. The expected file format is: \\1130: with the parameters $n$, $m$, $\epsilon$, $\sigma$ and point-source coordinates given in additional file {\it filename}. The expected file format is: \\
 1131: \\
1131: $ N_{sites} \quad n \quad m \quad \epsilon_{1} \quad \dots \quad \epsilon_{N_{species}} \quad \sigma_{1} \quad \dots \quad \sigma_{N_{species}}$ \\ 1132: $ N_{sites} \quad n \quad m \quad \epsilon_{1} \quad \dots \quad \epsilon_{N_{species}} \quad \sigma_{1} \quad \dots \quad \sigma_{N_{species}}$ \\ 
1132: \begin{tabular}{ccc}1133: \begin{tabular}{ccc}
1133: $x_{1}$ & $y_{1}$ & $z_{1}$ \\1134: $x_{1}$ & $y_{1}$ & $z_{1}$ \\
1134: $\vdots$ & $\vdots$ & $\vdots$ \\1135: $\vdots$ & $\vdots$ & $\vdots$ \\
1135: $x_{N_{sites}}$ & $\quad y_{N_{sites}}$ & $z_{N_{sites}}$1136: $x_{N_{sites}}$ & $\quad y_{N_{sites}}$ & $z_{N_{sites}}$
1136: \end{tabular} \\1137: \end{tabular} \\
1137: where $\epsilon$ and $\sigma$ are given for each species (\emph{e.g.} for nanoalloys). Mie field(s) can be smoothly truncated using the optional cut-off parameter \emph{Rc}, which will trigger the usual Stoddard and Ford procedure:1138: \\
1138: \begin{displaymath}1139: \\
1139: \phi(r) \mapsto \tilde{\phi}(r) = \phi(r) - \phi(Rc) - (r-Rc)\phi'(Rc).1140: with $\epsilon$ and $\sigma$ values specified for each species (for nanoalloys).
1140: \end{displaymath} 
1141: Periodic boundary conditions with the nearest image convention can be imposed on the field sites using the optional parameters \emph{Bx}, \emph{By} and \emph{Bz}, which specify the periodic box dimensions. 
1142: 1141: 
1143: \item {\it MIN\_ZERO\_SEP separation attempts\/}: when used in combination with the {\it FEBH\/} keyword, this will tighten the rms force convergence thresholds until $\frac{\min(\lambda_\text{nonzero})}{\max(\lambda_\text{zero})} > k$ where $k$ is the value given by {\it separation\/}. If {\it attempts\/} is specified, the GMIN run will1142: \item {\it MIN\_ZERO\_SEP separation attempts\/}: when used in combination with the {\it FEBH\/} keyword, this will tighten the rms force convergence thresholds until $\frac{\min(\lambda_\text{nonzero})}{\max(\lambda_\text{zero})} > k$ where $k$ is the value given by {\it separation\/}. If {\it attempts\/} is specified, the GMIN run will
1144: terminate if the separation is not achieved within the specified number of attempts. This is usually indicative of a problem with the potential or eigenvalue calculation.1143: terminate if the separation is not achieved within the specified number of attempts. This is usually indicative of a problem with the potential or eigenvalue calculation.
1145: 1144: 
1146: \item {\it MLJ nspecs eps\_11 sig\_11\/}: specifies a multicomponent Lennard-Jones potential for {\it nspecs} distinct species. If {\it nspecs = 1\/} then this single line is sufficient, and it ought to yield the same results as the standard Lennard-Jones. Extension to {\it nspecs $>$ 1\/} is analogous to the {\it MGUPTA\/} keyword, and it differs from the input format expected by the {\it GLJ\/} keyword. Note that, although {\it GLJ\/} and {\it MLJ\/} link to different implementations of the general multicomponent Lennard-Jones, they ought to yield the same results.1145: \item {\it MLJ nspecs eps\_11 sig\_11\/}: specifies a multicomponent Lennard-Jones potential for {\it nspecs} distinct species. If {\it nspecs = 1\/} then this single line is sufficient, and it ought to yield the same results as the standard Lennard-Jones. Extension to {\it nspecs $>$ 1\/} is analogous to the {\it MGUPTA\/} keyword, and it differs from the input format expected by the {\it GLJ\/} keyword. Note that, although {\it GLJ\/} and {\it MLJ\/} link to different implementations of the general multicomponent Lennard-Jones, they ought to yield the same results.
1147: 1146: 
1148: \item {\it MSC nspecs nn11 mm11 sig11 sceps11 scc1\/}: specifies a multicomponent Sutton-Chen potential for {\it nspecs} distinct metallic species. If {\it nspecs = 1\/} then this single line is sufficient, and it can be used in conjunction with keywords {\it PERIODIC\/} and {\it CUTOFF\/}. The parameters {\it nn11\/}, {\it mm11\/}, {\it sig11\/}, {\it sceps11\/} and {\it scc11\/} have the same meaning as for the keyword {\it SC\/}. If a cutoff has been specified, then the potential will be smoothly truncated by a generalised Stoddard and Ford procedure, which ensures the energy and its first derivatives remain continuous. If {\it nspecs $>$ 1\/}, then $ nspecs \times (nspecs + 1)/2 - 1$ more subsequent lines of the form {\it MSC (ntypeI) nnIJ mmIJ sigIJ scepsIJ (sccI)\/} must be supplied for all the remaining {\it I,J $\in$ [1,nspecs] \/} in ascending order with $J \geq I$. The parameters {\it ntypeI\/} and {\it sccI\/} are expected only when $J = I$, with {\it ntypeI\/} specifying the number of atoms for each species {\it I $\neq$ 1\/}. The value for {\it ntype1 (= ntypeA)\/} is inferred from the knowledge of the total number of atoms ({\it NATOMS\/}). For example, a ternary system A$_{N-k-l}$B$_{k}$C$_{l}$  ({\it N = NATOMS\/}) should be specified in six consecutive lines: \\1147: \item {\it MSC nspecs nn11 mm11 sig11 sceps11 scc1\/}: specifies a multicomponent Sutton-Chen potential for {\it nspecs} distinct metallic species. If {\it nspecs = 1\/} then this single line is sufficient, and it can be used in conjunction with keywords {\it PERIODIC\/} and {\it CUTOFF\/}. The parameters {\it nn11\/}, {\it mm11\/}, {\it sig11\/}, {\it sceps11\/} and {\it scc11\/} have the same meaning as for the keyword {\it SC\/}. If a cutoff has been specified, then the potential will be smoothly truncated by a generalised Stoddard and Ford procedure, which ensures the energy and its first derivatives remain continuous. If {\it nspecs $>$ 1\/}, then $ nspecs \times (nspecs + 1)/2 - 1$ more subsequent lines of the form {\it MSC (ntypeI) nnIJ mmIJ sigIJ scepsIJ (sccI)\/} must be supplied for all the remaining {\it I,J $\in$ [1,nspecs] \/} in ascending order with $J \geq I$. The parameters {\it ntypeI\/} and {\it sccI\/} are expected only when $J = I$, with {\it ntypeI\/} specifying the number of atoms for each species {\it I $\neq$ 1\/}. The value for {\it ntype1 (= ntypeA)\/} is inferred from the knowledge of the total number of atoms ({\it NATOMS\/}). For example, a ternary system A$_{N-k-l}$B$_{k}$C$_{l}$  ({\it N = NATOMS\/}) should be specified in six consecutive lines: \\
1149: \begin{tabular}{lllllll}1148: \begin{tabular}{lllllll}
1150: {\it MSC} & 3 & {\it nnAA} & {\it mmAA} & {\it sigAA} & {\it scepsAA} & {\it sccA} \\1149: {\it MSC} & 3 & {\it nnAA} & {\it mmAA} & {\it sigAA} & {\it scepsAA} & {\it sccA} \\
1151: {\it MSC} &   & {\it nnAB} & {\it mmAB} & {\it sigAB} & {\it scepsAB} & \\1150: {\it MSC} &   & {\it nnAB} & {\it mmAB} & {\it sigAB} & {\it scepsAB} & \\


r28878/OPTIM.tex 2015-11-17 23:37:02.295753969 +0000 r28877/OPTIM.tex 2015-11-17 23:37:02.683759174 +0000
1484: {\it tol} RMS convergence condition for WHAM fitting.1484: {\it tol} RMS convergence condition for WHAM fitting.
1485: See also the {\it PBS} keyword for distributing jobs for sampling independent blocks over cores.1485: See also the {\it PBS} keyword for distributing jobs for sampling independent blocks over cores.
1486: 1486: 
1487: \item {\it MCPATHGW x1 x2\/}:  variance of Gaussians used to smooth the probability distributions in 1487: \item {\it MCPATHGW x1 x2\/}:  variance of Gaussians used to smooth the probability distributions in 
1488: path length and order parameter.1488: path length and order parameter.
1489: 1489: 
1490: \item {\it MECCANO mecimdens mecmaximages mecitdens mecmaxit meclambda mecdist mecrmstol 1490: \item {\it MECCANO mecimdens mecmaximages mecitdens mecmaxit meclambda mecdist mecrmstol 
1491: mecstep mecdguess mecupdate\/}: obsolete; an interpolation between 1491: mecstep mecdguess mecupdate\/}: obsolete; an interpolation between 
1492: end points via rigid rods of variable length.1492: end points via rigid rods of variable length.
1493: 1493: 
1494: \item {\it MIE\_FIELD filename Rc Bx By Bz\/}: specifies a fixed substrate from superposition of Mie-type central force fields, each defined by 
1495: \begin{displaymath} 
1496: \phi(r) = \left(\frac{n}{n-m}\right) \left(\frac{n}{m}\right)^{m/(n-m)} \epsilon \left[ \left(\frac{\sigma}{r}\right)^{n} - \left(\frac{\sigma}{r}\right)^{m}\right]. 
1497: \end{displaymath} 
1498: The parameters $n$, $m$, $\epsilon$, $\sigma$ and coordinates of each Mie site must be provided in the file {\it filename}. The expected file format is: \\ 
1499: $ N_{sites} \quad n \quad m \quad \epsilon_{1} \quad \dots \quad \epsilon_{N_{species}} \quad \sigma_{1} \quad \dots \quad \sigma_{N_{species}}$ \\  
1500: \begin{tabular}{ccc} 
1501: $x_{1}$ & $y_{1}$ & $z_{1}$ \\ 
1502: $\vdots$ & $\vdots$ & $\vdots$ \\ 
1503: $x_{N_{sites}}$ & $\quad y_{N_{sites}}$ & $z_{N_{sites}}$ 
1504: \end{tabular} \\ 
1505: where $\epsilon$ and $\sigma$ are given for each species (\emph{e.g.} for nanoalloys). Mie field(s) can be smoothly truncated using the optional cut-off parameter \emph{Rc}, which will trigger the usual Stoddard and Ford procedure: 
1506: \begin{displaymath} 
1507: \phi(r) \mapsto \tilde{\phi}(r) = \phi(r) - \phi(Rc) - (r-Rc)\phi'(Rc). 
1508: \end{displaymath} 
1509: Periodic boundary conditions with the nearest image convention can be imposed on the field sites using the optional parameters \emph{Bx}, \emph{By} and \emph{Bz}, which specify the periodic box dimensions. 
1510:  
1511: \item {\it MINBACKTCUT c\/}: The internal coordinate back-transformation1494: \item {\it MINBACKTCUT c\/}: The internal coordinate back-transformation
1512:   convergence cutoff used in all cases except for interpolations. Default1495:   convergence cutoff used in all cases except for interpolations. Default
1513:   value is $1.0\times10^{-4}$1496:   value is $1.0\times10^{-4}$
1514: 1497: 
1515: \item {\it MINMAX x\/}: specifies the minimum value that the maximum step size 1498: \item {\it MINMAX x\/}: specifies the minimum value that the maximum step size 
1516: is allowed to fall to. The default value is $0.01$.1499: is allowed to fall to. The default value is $0.01$.
1517: 1500: 
1518: \item {\it MODE n1 n2\/}: specifies the eigenvector to be followed uphill in an eigenvector-following 1501: \item {\it MODE n1 n2\/}: specifies the eigenvector to be followed uphill in an eigenvector-following 
1519: transition state search,1502: transition state search,
1520: where 1 means the softest mode, 2 means the next softest, and so on.1503: where 1 means the softest mode, 2 means the next softest, and so on.


legend
Lines Added 
Lines changed
 Lines Removed

hdiff - version: 2.1.0