hdiff output

r28810/PATHSAMPLE.tex 2015-11-17 23:36:55.679665243 +0000 r28809/PATHSAMPLE.tex 2015-11-17 23:36:55.883667977 +0000
406: of connections specified by the {\it CONNECTIONS\/} keyword at the start of every run,406: of connections specified by the {\it CONNECTIONS\/} keyword at the start of every run,
407: before anything else is done. See {\it CONNECTIONS\/} below.407: before anything else is done. See {\it CONNECTIONS\/} below.
408: This keyword results in calls to the original single-ended transition state408: This keyword results in calls to the original single-ended transition state
409: searching subroutine, which is not efficiently parallelised.409: searching subroutine, which is not efficiently parallelised.
410: The {\it NEWCONNECTIONS\/} keyword should probably be used instead.410: The {\it NEWCONNECTIONS\/} keyword should probably be used instead.
411: 411: 
412: \item {\it CHECKMIN start finish\/}: will rerun {\tt OPTIM} for all the412: \item {\it CHECKMIN start finish\/}: will rerun {\tt OPTIM} for all the
413: minima from {\it start\/} to {\it finish\/} using the odata file413: minima from {\it start\/} to {\it finish\/} using the odata file
414: {\tt odata.checksp}, which must be present in the working directory. 414: {\tt odata.checksp}, which must be present in the working directory. 
415: {\tt PATHSAMPLE} will report whether or not the {\tt OPTIM} job converged, so the number 415: {\tt PATHSAMPLE} will report whether or not the {\tt OPTIM} job converged, so the number 
416: of minimization steps should be set accordingly (e.g. {\it BFGSSTEPS 0}).416: of minimization steps should be set accordingly (e.g. {\tt BFGSSTEPS 0}).
417: This option may be useful for finding any unconverged minima in a corrupted database,417: This option may be useful for finding any unconverged minima in a corrupted database,
418: which could then be removed using {\it REMOVESP}.418: which could then be removed using {\it REMOVESP}.
419: 419: 
420: \item {\it CHECKTS start finish\/}: will rerun {\tt OPTIM} for all the420: \item {\it CHECKTS start finish\/}: will rerun {\tt OPTIM} for all the
421: transition states from {\it start\/} to {\it finish\/} using the odata file421: transition states from {\it start\/} to {\it finish\/} using the odata file
422: {\tt odata.checksp}, which must be present in the working directory. 422: {\tt odata.checksp}, which must be present in the working directory. 
423: {\tt PATHSAMPLE} will report whether or not the {\tt OPTIM} job converged.423: {\tt PATHSAMPLE} will report whether or not the {\tt OPTIM} job converged.
424: {\tt odata.checksp} should probably be the same as for {\it CHECKMIN}, as in, a minimization  
425: with zero steps where only the initial energy and gradient are calculated to test for convergence  
426: and the Hessian index is NOT checked. 
427: This option may be useful for finding any unconverged transition states in a corrupted database,424: This option may be useful for finding any unconverged transition states in a corrupted database,
428: which could then be removed using {\it REMOVESP}.425: which could then be removed using {\it REMOVESP}.
429: 426: 
430: \item {\it CLOSEFILES\/}: open and close the {\tt min.data} and {\tt ts.data} files as needed.427: \item {\it CLOSEFILES\/}: open and close the {\tt min.data} and {\tt ts.data} files as needed.
431: By default these files stay open all the time. For small systems this inevitably seems to cause428: By default these files stay open all the time. For small systems this inevitably seems to cause
432: file corruption on nfs mounted file systems, which is apparently due to bugs in the interaction429: file corruption on nfs mounted file systems, which is apparently due to bugs in the interaction
433: of nfs with the Linux kernel. The symptom is that strings of control characters appear randomly in430: of nfs with the Linux kernel. The symptom is that strings of control characters appear randomly in
434: {\tt min.data} and/or {\tt ts.data}, which means that the run cannot continue without431: {\tt min.data} and/or {\tt ts.data}, which means that the run cannot continue without
435: manually fixing the file in question.432: manually fixing the file in question.
436: The {\tt CLOSEFILES} keyword has provided a successful workaround for this problem.433: The {\tt CLOSEFILES} keyword has provided a successful workaround for this problem.


legend
Lines Added 
Lines changed
 Lines Removed

hdiff - version: 2.1.0