hdiff output

r28803/OPTIM.tex 2015-11-17 23:36:57.095684234 +0000 r28802/OPTIM.tex 2015-11-17 23:36:57.483689437 +0000
710: generally needs to be augmented by other keywords to specify how the transition710: generally needs to be augmented by other keywords to specify how the transition
711: state geometries should be guessed ({\it NEB\/}, {\it NEWNEB\/}, {\it FIXD\/}711: state geometries should be guessed ({\it NEB\/}, {\it NEWNEB\/}, {\it FIXD\/}
712: or {\it GUESSTS\/}), how the transition712: or {\it GUESSTS\/}), how the transition
713: state searches should be performed ({\it SEARCH 2\/} or {\it BFGSTS\/}, with or713: state searches should be performed ({\it SEARCH 2\/} or {\it BFGSTS\/}, with or
714: without {\it NOHESS\/}, {\it NOIT\/} etc.), and how that pathways should be714: without {\it NOHESS\/}, {\it NOIT\/} etc.), and how that pathways should be
715: calculated ({\it SEARCH 0,\/} 6 or 7, {\it BFGSMIN\/}, {\it RKMIN} or {\it BSMIN\/}).715: calculated ({\it SEARCH 0,\/} 6 or 7, {\it BFGSMIN\/}, {\it RKMIN} or {\it BSMIN\/}).
716: A summary file will be produced if {\it DUMPPATH\/} or {\it DUMPALLPATHS\/} is specified. An xyz file716: A summary file will be produced if {\it DUMPPATH\/} or {\it DUMPALLPATHS\/} is specified. An xyz file
717: for the overall path will be printed to {\tt path.xyz} and the energy as a717: for the overall path will be printed to {\tt path.xyz} and the energy as a
718: function of the path length is printed to {\tt EofS}. The corresponding xyz and energy718: function of the path length is printed to {\tt EofS}. The corresponding xyz and energy
719: files for the individual steps in the path are numbered path.$n$.xyz and EofS.$n$ for719: files for the individual steps in the path are numbered path.$n$.xyz and EofS.$n$ for
720: transition state $n$. This keyword should NOT be used unless there's a really good reason - 720: transition state $n$.
721: use {\it NEWCONNECT\/} instead. 
722: 721: 
723: \item {\it CONSEC nstart nend nstart nend etc.\/}: construct linearly interpolated, internal coordinate722: \item {\it CONSEC nstart nend nstart nend etc.\/}: construct linearly interpolated, internal coordinate
724: transition state guesses and apply the stopping criterion in a {\it CONNECT\/} run over a chosen723: transition state guesses and apply the stopping criterion in a {\it CONNECT\/} run over a chosen
725: segment of protein specified by pairs of residue numbers724: segment of protein specified by pairs of residue numbers
726: ({\it nstart,nend\/}).  Up to ten distinct sections can be chosen.725: ({\it nstart,nend\/}).  Up to ten distinct sections can be chosen.
727: 726: 
728: \item{\it CONINT\/} specifies that terms for internal minimum distances727: \item{\it CONINT\/} specifies that terms for internal minimum distances
729: should be included in the energy and gradient for the auxiliary interpolation728: should be included in the energy and gradient for the auxiliary interpolation
730: potential when {\it INTCONSTRAINT\/} is specified. See also729: potential when {\it INTCONSTRAINT\/} is specified. See also
731: {\it CONCUTABS\/},730: {\it CONCUTABS\/},


r28803/PATHSAMPLE.tex 2015-11-17 23:36:57.283686755 +0000 r28802/PATHSAMPLE.tex 2015-11-17 23:36:57.679692065 +0000
405: \item {\it CHECKCONECTIONS\/}: instruction to check that each minimum has at least the number405: \item {\it CHECKCONECTIONS\/}: instruction to check that each minimum has at least the number
406: of connections specified by the {\it CONNECTIONS\/} keyword at the start of every run,406: of connections specified by the {\it CONNECTIONS\/} keyword at the start of every run,
407: before anything else is done. See {\it CONNECTIONS\/} below.407: before anything else is done. See {\it CONNECTIONS\/} below.
408: This keyword results in calls to the original single-ended transition state408: This keyword results in calls to the original single-ended transition state
409: searching subroutine, which is not efficiently parallelised.409: searching subroutine, which is not efficiently parallelised.
410: The {\it NEWCONNECTIONS\/} keyword should probably be used instead.410: The {\it NEWCONNECTIONS\/} keyword should probably be used instead.
411: 411: 
412: \item {\it CHECKMIN start finish\/}: will rerun {\tt OPTIM} for all the412: \item {\it CHECKMIN start finish\/}: will rerun {\tt OPTIM} for all the
413: minima from {\it start\/} to {\it finish\/} using the odata file413: minima from {\it start\/} to {\it finish\/} using the odata file
414: {\tt odata.checksp}, which must be present in the working directory. 414: {\tt odata.checksp}, which must be present in the working directory. 
415: {\tt PATHSAMPLE} will report whether or not the {\tt OPTIM} job converged, so the number 415: {\tt PATHSAMPLE} will report whether or not the {\tt OPTIM} job converged.
416: of minimization steps should be set accordingly (e.g. {\tt BFGSSTEPS 0}). 
417: This option may be useful for finding any unconverged minima in a corrupted database,416: This option may be useful for finding any unconverged minima in a corrupted database,
418: which could then be removed using {\it REMOVESP}.417: which could then be removed using {\it REMOVESP}.
419: 418: 
420: \item {\it CHECKTS start finish\/}: will rerun {\tt OPTIM} for all the419: \item {\it CHECKTS start finish\/}: will rerun {\tt OPTIM} for all the
421: transition states from {\it start\/} to {\it finish\/} using the odata file420: transition states from {\it start\/} to {\it finish\/} using the odata file
422: {\tt odata.checksp}, which must be present in the working directory. 421: {\tt odata.checksp}, which must be present in the working directory. 
423: {\tt PATHSAMPLE} will report whether or not the {\tt OPTIM} job converged.422: {\tt PATHSAMPLE} will report whether or not the {\tt OPTIM} job converged.
424: This option may be useful for finding any unconverged transition states in a corrupted database,423: This option may be useful for finding any unconverged transition states in a corrupted database,
425: which could then be removed using {\it REMOVESP}.424: which could then be removed using {\it REMOVESP}.
426: 425: 


legend
Lines Added 
Lines changed
 Lines Removed

hdiff - version: 2.1.0