hdiff output

r28743/GMIN.tex 2015-11-17 23:37:01.663745494 +0000 r28742/GMIN.tex 2015-11-17 23:37:01.887748496 +0000
611: 611: 
612: \item {\it DFTBC\/}: specifies a DFT-based tight-binding potential carbon.612: \item {\it DFTBC\/}: specifies a DFT-based tight-binding potential carbon.
613: Can be guided using {\it LJAT\/}.613: Can be guided using {\it LJAT\/}.
614: 614: 
615: \item {\it DGUESS dguess\/}: initial guess for diagonal elements of the inverse615: \item {\it DGUESS dguess\/}: initial guess for diagonal elements of the inverse
616:       Hessian, used whenever the LBFGS optimiser is reset. 616:       Hessian, used whenever the LBFGS optimiser is reset. 
617:       The default is dguess=0.1.617:       The default is dguess=0.1.
618: 618: 
619: %\item {\it DIELEC dparam\/}: specifies dielectric constant for {\it AMBER\/}.619: %\item {\it DIELEC dparam\/}: specifies dielectric constant for {\it AMBER\/}.
620: \item {\it DIHEDRALROTATION}: This keyword performes random rotations of groups about specified dihedral angles. Similar to {\it GROUPROTATION}, the dihedral groups must be defined in a file named {\it dihedralgroups}, with the following syntax:\\620: \item {\it DIHEDRALROTATION}: This keyword performes random rotations of groups about specified dihedral angles. Similar to {\it GROUPROTATION}, the dihedral groups must be defined in a file named {\it dihedralgroups}, with the following syntax:\\
621: GROUP name type at1 at2 at3 at4 $N$ maxrot pselect\\621: GROUP name at1 at2 at3 at4 $N$ maxrot
622: gat$_1$\\622: gat$_1$\\
623: gat$_2$\\623: gat$_2$\\
624: $\ldots$\\624: $\ldots$\\
625: gat$_N$\\625: gat$_N$\\
626: Here ``name'' is a string defining the group name; ``type" is a string defining the type of dihedral for backbone rotations (phi, psi etc.), used for printing purposes only; at1 to at4 are integers specifying the atom indices defining the dihedral angle, gat$_1 \ldots$ gat$_N$ define indices of the atoms which rotate, and $N$ the number of such atoms.\\626: Here ``name'' is a string defining the group name, at1 to at4 are integers specifying the atom indices defining the dihedral angle, gat$_1 \ldots$ gat$_N$ define indices of the atoms which rotate, and $N$ the number of such atoms.
627: Note: at4 should also be included in the list of atoms to rotate, as it is the final atom defining the dihedral! 
628: 627: 
629: \item {\it DIPOLES\/}: causes the first order induction energy to be included628: \item {\it DIPOLES\/}: causes the first order induction energy to be included
630: in a diatomics-in-molecules calculation for Ne$^+_n$ or Ar$^+_n$. By default this629: in a diatomics-in-molecules calculation for Ne$^+_n$ or Ar$^+_n$. By default this
631: term is neglected, although it may be significant.630: term is neglected, although it may be significant.
632: 631: 
633: \item {\it DONTMOVE n1 n2 $\ldots$ \/}: prevents atoms {\it n1, n2,$\ldots$} moving during MC step taking. They can still move during minimisation.632: \item {\it DONTMOVE n1 n2 $\ldots$ \/}: prevents atoms {\it n1, n2,$\ldots$} moving during MC step taking. They can still move during minimisation.
634: 633: 
635: \item {\it DONTMOVEGROUP centre radius type\/}: If {\it type} is set as default to {\textrm GT}, {\it DONTMOVEGROUP\/} prevent all atom greater than {\it radius} angstroms from the {\it centre} atom from moving during MC step taking. {\it type} can also be set to LT to not move all atoms within {\it radius} of {\it centre}.634: \item {\it DONTMOVEGROUP centre radius type\/}: If {\it type} is set as default to {\textrm GT}, {\it DONTMOVEGROUP\/} prevent all atom greater than {\it radius} angstroms from the {\it centre} atom from moving during MC step taking. {\it type} can also be set to LT to not move all atoms within {\it radius} of {\it centre}.
636: 635: 
637: \item {\it DONTMOVERES n1 n2 $\ldots$ \/}: prevents all atoms in residues {\it n1, n2,$\ldots$} from moving during MC step taking.636: \item {\it DONTMOVERES n1 n2 $\ldots$ \/}: prevents all atoms in residues {\it n1, n2,$\ldots$} from moving during MC step taking.


legend
Lines Added 
Lines changed
 Lines Removed

hdiff - version: 2.1.0