hdiff output

r28130/commons.f90 2017-01-21 10:34:07.382250000 +0000 r28129/commons.f90 2017-01-21 10:34:08.766250000 +0000
 25:       LOGICAL REDOPATH, REDOPATHXYZ, RATIOS, REDOPATHNEB, MPIT, DEBUG 25:       LOGICAL REDOPATH, REDOPATHXYZ, RATIOS, REDOPATHNEB, MPIT, DEBUG
 26:  26: 
 27:       INTEGER, ALLOCATABLE, DIMENSION(:) :: NR, IATNUM      !   MXATMS 27:       INTEGER, ALLOCATABLE, DIMENSION(:) :: NR, IATNUM      !   MXATMS
 28:       DOUBLE PRECISION, ALLOCATABLE, DIMENSION(:) :: ATMASS !   MXATMS 28:       DOUBLE PRECISION, ALLOCATABLE, DIMENSION(:) :: ATMASS !   MXATMS
 29:       DOUBLE PRECISION, ALLOCATABLE, DIMENSION(:) :: STPMAX ! 3*MXATMS 29:       DOUBLE PRECISION, ALLOCATABLE, DIMENSION(:) :: STPMAX ! 3*MXATMS
 30:       CHARACTER(LEN=5), ALLOCATABLE, DIMENSION(:) :: ZSYM   !   MXATMS 30:       CHARACTER(LEN=5), ALLOCATABLE, DIMENSION(:) :: ZSYM   !   MXATMS
 31:       DOUBLE PRECISION, ALLOCATABLE :: TAGFAC(:) 31:       DOUBLE PRECISION, ALLOCATABLE :: TAGFAC(:)
 32:       DOUBLE PRECISION, ALLOCATABLE :: RBSITE(:,:), RBSTLA(:,:), STCHRG(:), DPMU(:) 32:       DOUBLE PRECISION, ALLOCATABLE :: RBSITE(:,:), RBSTLA(:,:), STCHRG(:), DPMU(:)
 33:       INTEGER, ALLOCATABLE :: TAGNUM(:) 33:       INTEGER, ALLOCATABLE :: TAGNUM(:)
 34:       INTEGER NTAG 34:       INTEGER NTAG
 35:       LOGICAL TAGT, CHANGE_TEMP 35:       LOGICAL TAGT, CHANGE_TEMP, RESETLBFGS
 36:       DOUBLE PRECISION, PARAMETER :: numberPI=3.141592653589793115997963468544185162d0 !DACOS(-1.D0) 36:       DOUBLE PRECISION, PARAMETER :: numberPI=3.141592653589793115997963468544185162d0 !DACOS(-1.D0)
 37:       integer, parameter :: rk = kind(1.d0) ! read kind 37:       integer, parameter :: rk = kind(1.d0) ! read kind
 38: END MODULE COMMONS 38: END MODULE COMMONS


r28130/heurist.src 2017-01-21 10:34:06.662250000 +0000 r28129/heurist.src 2017-01-21 10:34:08.062250000 +0000
 55: C 55: C
 56: C Passed variables 56: C Passed variables
 57:       INTEGER ISTEP 57:       INTEGER ISTEP
 58:       REAL*8 X(*),Y(*),Z(*),WMAIN(*) 58:       REAL*8 X(*),Y(*),Z(*),WMAIN(*)
 59:       INTEGER LDYNAM 59:       INTEGER LDYNAM
 60:       REAL*8 XOLD(*),YOLD(*),ZOLD(*),VX(*),VY(*),VZ(*) 60:       REAL*8 XOLD(*),YOLD(*),ZOLD(*),VX(*),VY(*),VZ(*)
 61: C 61: C
 62: C Local variables : 62: C Local variables :
 63:       INTEGER  I,ISLCT,NEEDED,TRANSF 63:       INTEGER  I,ISLCT,NEEDED,TRANSF
 64: C Update-decision variables : 64: C Update-decision variables :
 65:       LOGICAL  QEURIS,QDONB,QDOHB,QDOIM,QDOXT,RESETLBFGS 65:       LOGICAL  QEURIS,QDONB,QDOHB,QDOIM,QDOXT
 66:       COMMON /CONTRL/ RESETLBFGS 
 67: C Heuristic update-testing variables : 66: C Heuristic update-testing variables :
 68:       REAL*8   SQRBUF,REURIS 67:       REAL*8   SQRBUF,REURIS
 69:       REAL*8   DDUMY1,DDUMY2,DDUMY3 68:       REAL*8   DDUMY1,DDUMY2,DDUMY3
 70: ##IF MBOND 69: ##IF MBOND
 71:       REAL*8 MBEURIS 70:       REAL*8 MBEURIS
 72: ##ENDIF 71: ##ENDIF
 73: C 72: C
 74: C Don't update anything if just starting (avoid duplicate updates). 73: C Don't update anything if just starting (avoid duplicate updates).
 75:       IF(ISTEP.LE.0) RETURN 74:       IF(ISTEP.LE.0) RETURN
 76: C 75: C
248: ##ENDIF247: ##ENDIF
249: C248: C
250: C JG 5/02249: C JG 5/02
251:        IF (RCENT) THEN250:        IF (RCENT) THEN
252:           CALL CRDMOV(NATOM,X,Y,Z,XOLD,YOLD,ZOLD,251:           CALL CRDMOV(NATOM,X,Y,Z,XOLD,YOLD,ZOLD,
253:      &   NRES,IBASE)252:      &   NRES,IBASE)
254:        ENDIF                      253:        ENDIF                      
255: C254: C
256:         IF(PRNLEV.GE.4) WRITE(OUTU,100) 'Nonbond',ISTEP255:         IF(PRNLEV.GE.4) WRITE(OUTU,100) 'Nonbond',ISTEP
257:         CALL NBONDS(X,Y,Z,BNBND,LNBND,BIMAG,LIMAG)256:         CALL NBONDS(X,Y,Z,BNBND,LNBND,BIMAG,LIMAG)
258:         RESETLBFGS=.TRUE. 
259: C QC:UW_031205257: C QC:UW_031205
260: ##IF PARALLEL258: ##IF PARALLEL
261:         IF(MYNOD.EQ.0) THEN259:         IF(MYNOD.EQ.0) THEN
262: ##ENDIF260: ##ENDIF
263:         if(qsccnb) call mkmmlst         !##SCCDFTB261:         if(qsccnb) call mkmmlst         !##SCCDFTB
264: ##IF PARALLEL262: ##IF PARALLEL
265:         ENDIF263:         ENDIF
266: ##ENDIF264: ##ENDIF
267: C QC:UW_031205_END265: C QC:UW_031205_END
268:         TOTUPD = TOTUPD + 1266:         TOTUPD = TOTUPD + 1


r28130/mylbfgs.f 2017-01-21 10:34:07.726250000 +0000 r28129/mylbfgs.f 2017-01-21 10:34:09.182250000 +0000
109: C  SGI appears to need this SAVE statement!109: C  SGI appears to need this SAVE statement!
110: C  ifort and pgi need the second SAVE statement110: C  ifort and pgi need the second SAVE statement
111: C111: C
112: C     SAVE 112: C     SAVE 
113:       SAVE W, DIAG, ITER, POINT, ISPT, IYPT, NPT113:       SAVE W, DIAG, ITER, POINT, ISPT, IYPT, NPT
114: !}}}114: !}}}
115:       DOUBLE PRECISION deltacart_vstat(6)115:       DOUBLE PRECISION deltacart_vstat(6)
116:       LOGICAL DOINTERNALSTRANSFORM116:       LOGICAL DOINTERNALSTRANSFORM
117: ! hk286 - local rigid body                                                      117: ! hk286 - local rigid body                                                      
118:       DOUBLE PRECISION :: XCOORDS(3*NATOMS), XRIGIDCOORDS(DEGFREEDOMS)118:       DOUBLE PRECISION :: XCOORDS(3*NATOMS), XRIGIDCOORDS(DEGFREEDOMS)
119: ! cs778 reset lbfgs when charmm updating nonbond list119:       
120:       LOGICAL RESETLBFGS 
121:       COMMON /CONTRL/ RESETLBFGS 
122:  
123:       DOINTERNALSTRANSFORM = intwrap_useinternals()120:       DOINTERNALSTRANSFORM = intwrap_useinternals()
124:       if(DOINTERNALSTRANSFORM) print *, "Doing optimization in internals"121:       if(DOINTERNALSTRANSFORM) print *, "Doing optimization in internals"
125: 122: 
126:       IF (.NOT.ALLOCATED(DIAG)) ALLOCATE(DIAG(N))       ! SAVE doesn't work otherwise for pgi and ifort123:       IF (.NOT.ALLOCATED(DIAG)) ALLOCATE(DIAG(N))       ! SAVE doesn't work otherwise for pgi and ifort
127:       IF (.NOT.ALLOCATED(W)) ALLOCATE(W(N*(2*M+1)+2*M)) ! SAVE doesn't work otherwise for pgi and ifort124:       IF (.NOT.ALLOCATED(W)) ALLOCATE(W(N*(2*M+1)+2*M)) ! SAVE doesn't work otherwise for pgi and ifort
128:       IF (SIZE(W,1).NE.N*(2*M+1)+2*M) THEN ! mustn't call mylbfgs with changing number of variables!!!125:       IF (SIZE(W,1).NE.N*(2*M+1)+2*M) THEN ! mustn't call mylbfgs with changing number of variables!!!
129:          PRINT '(A,I10,A,I10,A)', ' mylbfgs> ERROR, dimension of W=',SIZE(W,1),' but N*(2*M+1)+2*M=',N*(2*M+1)+2*M126:          PRINT '(A,I10,A,I10,A)', ' mylbfgs> ERROR, dimension of W=',SIZE(W,1),' but N*(2*M+1)+2*M=',N*(2*M+1)+2*M
130:          STOP127:          STOP
131:       ENDIF128:       ENDIF
132: 129: 


r28130/ocharmm.src 2017-01-21 10:34:07.050250000 +0000 r28129/ocharmm.src 2017-01-21 10:34:08.410250000 +0000
 42: C      DOUBLE PRECISION X(MXATMS),Y(MXATMS),Z(MXATMS),WMAIN(MXATMS),DX(MXATMS),DY(MXATMS),DZ(MXATMS) 42: C      DOUBLE PRECISION X(MXATMS),Y(MXATMS),Z(MXATMS),WMAIN(MXATMS),DX(MXATMS),DY(MXATMS),DZ(MXATMS)
 43:       DOUBLE PRECISION DD1(9*MXATMS*MXATMS) 43:       DOUBLE PRECISION DD1(9*MXATMS*MXATMS)
 44:       LOGICAL GRADT, SECT, VALFAIL 44:       LOGICAL GRADT, SECT, VALFAIL
 45:       INTEGER J1, J2,I1, NDUMMY 45:       INTEGER J1, J2,I1, NDUMMY
 46:       INTEGER IPT(3*MXATMS) 46:       INTEGER IPT(3*MXATMS)
 47:       INTEGER I,IP,IDD1,NDD1,ICALL,NCALLS 47:       INTEGER I,IP,IDD1,NDD1,ICALL,NCALLS
 48:       INTEGER DDM, DDTROT, ISPACE, NTOT 48:       INTEGER DDM, DDTROT, ISPACE, NTOT
 49:       INTEGER ATOMNOS(4), IMPNO  49:       INTEGER ATOMNOS(4), IMPNO 
 50:       REAL*8 N 50:       REAL*8 N
 51:       CHARACTER*8 VALRESNAME 51:       CHARACTER*8 VALRESNAME
 52:       LOGICAL RESETLBFGS 
 53:       COMMON /CONTRL/ RESETLBFGS       
 54:       NCHENCALLS=NCHENCALLS+1 52:       NCHENCALLS=NCHENCALLS+1
 55: C 53: C
 56: C dae NDD1 is dimension of second derivative matrix for charmm 54: C dae NDD1 is dimension of second derivative matrix for charmm
 57: C     print *,'charmm NATOMS NOPT',NATOMS,NOPT 55: C     print *,'charmm NATOMS NOPT',NATOMS,NOPT
 58:       NDD1=3*NATOMS 56:       NDD1=3*NATOMS
 59:         DO J1=1,NATOMS 57:         DO J1=1,NATOMS
 60:            X(J1)=CART(3*(J1-1)+1) 58:            X(J1)=CART(3*(J1-1)+1)
 61:            Y(J1)=CART(3*(J1-1)+2) 59:            Y(J1)=CART(3*(J1-1)+2)
 62:            Z(J1)=CART(3*(J1-1)+3) 60:            Z(J1)=CART(3*(J1-1)+3)
 63: C          print *,'X Y Z', J1,X(J1), Y(J1), Z(J1) 61: C          print *,'X Y Z', J1,X(J1), Y(J1), Z(J1)
293:       USE key, ONLY: CHARMMDFTBT291:       USE key, ONLY: CHARMMDFTBT
294:       IMPLICIT NONE292:       IMPLICIT NONE
295: ##INCLUDE '~/charmmcode/fcm/dimens.fcm'293: ##INCLUDE '~/charmmcode/fcm/dimens.fcm'
296: C##INCLUDE '~/charmmcode/fcm/coord.fcm'294: C##INCLUDE '~/charmmcode/fcm/coord.fcm'
297: ##INCLUDE '~/charmmcode/fcm/bases.fcm'295: ##INCLUDE '~/charmmcode/fcm/bases.fcm'
298: ##INCLUDE '~/charmmcode/fcm/exfunc.fcm'296: ##INCLUDE '~/charmmcode/fcm/exfunc.fcm'
299: ##INCLUDE '~/charmmcode/fcm/heap.fcm'297: ##INCLUDE '~/charmmcode/fcm/heap.fcm'
300:       DOUBLE PRECISION CART(3*NATOMS)298:       DOUBLE PRECISION CART(3*NATOMS)
301:       DOUBLE PRECISION X(MXATMS),Y(MXATMS),Z(MXATMS)299:       DOUBLE PRECISION X(MXATMS),Y(MXATMS),Z(MXATMS)
302:       INTEGER J1300:       INTEGER J1
303:       LOGICAL RESETLBFGS 
304:       COMMON /CONTRL/ RESETLBFGS 
305:  
306: C csw34> If running SCC-DFTB potential with entirely QM atoms, skip the nonbonded list update 301: C csw34> If running SCC-DFTB potential with entirely QM atoms, skip the nonbonded list update 
307: C        as we're not using it!302: C        as we're not using it!
308:       IF (.NOT.CHARMMDFTBT) THEN303:       IF (.NOT.CHARMMDFTBT) THEN
309: C        IF(DEBUG) WRITE(*,'(A,I5)')'UPDATENBONDS> nonbonded-list update, NCHENCALLS=', NCHENCALLS304: C        IF(DEBUG) WRITE(*,'(A,I5)')'UPDATENBONDS> nonbonded-list update, NCHENCALLS=', NCHENCALLS
310: 305: 
311:          DO J1=1,NATOMS306:          DO J1=1,NATOMS
312:             X(J1)=CART(3*(J1-1)+1)307:             X(J1)=CART(3*(J1-1)+1)
313:             Y(J1)=CART(3*(J1-1)+2)308:             Y(J1)=CART(3*(J1-1)+2)
314:             Z(J1)=CART(3*(J1-1)+3)309:             Z(J1)=CART(3*(J1-1)+3)
315:          ENDDO310:          ENDDO


legend
Lines Added 
Lines changed
 Lines Removed

hdiff - version: 2.1.0