hdiff output

r28029/eef1-related 2017-01-21 10:34:25.486250000 +0000 r28028/eef1-related 2017-01-21 10:34:28.186250000 +0000
  1: svn: warning: W195007: URL 'svn+ssh://svn.ch.private.cam.ac.uk/groups/wales/trunk/CHARMM35/toppar/eef1-related' refers to a directory  1: svn: E195012: Unable to find repository location for 'svn+ssh://svn.ch.private.cam.ac.uk/groups/wales/trunk/CHARMM35/toppar/eef1-related' in revision 28028
  2: svn: E200009: Could not cat all targets because some targets are directories 
  3: svn: E200009: Illegal target for the requested operation 


r28029/param19_eef1.1.inp 2017-01-21 10:34:26.034250000 +0000 r28028/param19_eef1.1.inp 2017-01-21 10:34:28.886250000 +0000
  1: * - parameter file PARAM19 -  1: svn: E195012: Unable to find repository location for 'svn+ssh://svn.ch.private.cam.ac.uk/groups/wales/trunk/CHARMM35/toppar/eef1-related/param19_eef1.1.inp' in revision 28028
  2: * PEPTIDE GEOMETRY FROM RAMACHANDRAN ET AL BBA 359:298 (1974) 
  3: * TORSIONS FROM HAGLER ET AL JACS 98:4600 (1976) 
  4: * JORGENSEN NONBOND PARAMETERS JACS 103:3976-3985 WITH 1-4 RC=1.80/0.1 
  5: * 
  6:  
  7: !* - PEPTIDE GEOMETRY TO GIVE RAMACHANDRAN ET AL BBA 359:298 (1974) 
  8: !* - PEPTIDE TORSIONS FROM HAGLER ET AL JACS 98:4600 (1976) 
  9: !* - NONBONDED TERMS JORGENSEN JACS 103:3976 W/ RC1-4 = 1.80 EC1-4 = 0.1 
 10: !*  The default h-bond exponents are now 6-repul 4-attr 
 11: !* ++++++++ ATOMTYPE OS (IN METHYL ESTER) ADDED FOR CHARMM COURSE /LN ++++ 
 12: !* SOLVENT PARAMETERS: SUPPORTING ST2 AND MODIFIED TIP3P MODEL 
 13: !* Switched from Slater-Kirkwood to simple mixing rules - AB 
 14: !* Hbond parameters based on comparisons of dimer results with 
 15: !*   ab initio calculations. - WER  12/19/84 
 16: !* Grouping of atom types for VDW parameters - BRB 1/3/85 
 17: !* 
 18: ! T.Lazaridis: added CR type (same as C for all purposes other than solvation) 
 19: ! Jun00: adding various parameters 
 20: ! Sep02: adding for change C->CR in Tyr 
 21:  
 22:  
 23: BOND 
 24: C    C      450.0       1.38!  FROM B. R. GELIN THESIS AMIDE AND DIPEPTIDES 
 25: C    CH1E   405.0       1.52!  EXCEPT WHERE NOTED.  CH1E,CH2E,CH3E, AND CT 
 26: C    CH2E   405.0       1.52!  ALL TREATED THE SAME. UREY BRADLEY TERMS ADDED 
 27: C    CH3E   405.0       1.52 
 28: C    CR1E   450.0       1.38 
 29: C    CT     405.0       1.53 
 30: C    N      471.0       1.33 
 31: C    NC2    400.0       1.33!  BOND LENGTH FROM PARMFIX9 FORCE K APROXIMATE 
 32: C    NH1    471.0       1.33 
 33: C    NH2    471.0       1.33 
 34: C    NP     471.0       1.33 
 35: C    NR     471.0       1.33 
 36: C    O      580.0       1.23 
 37: C    OC     580.0       1.23!  FORCE DECREASE AND LENGTH INCREASE FROM C O 
 38: C    OH1    450.0       1.38!  FROM PARMFIX9 (NO VALUE IN GELIN THESIS) 
 39: C    OS     292.0       1.43!  FROM DEP NORMAL MODE FIT 
 40: CR   CR     450.0       1.38!  FROM B. R. GELIN THESIS AMIDE AND DIPEPTIDES 
 41: CR   C      450.0       1.38!  FROM B. R. GELIN THESIS AMIDE AND DIPEPTIDES 
 42: CR   CH1E   405.0       1.52!  EXCEPT WHERE NOTED.  CH1E,CH2E,CH3E, AND CT 
 43: CR   CH2E   405.0       1.52!  ALL TREATED THE SAME. UREY BRADLEY TERMS ADDED 
 44: CR   CH3E   405.0       1.52 
 45: CR   CR1E   450.0       1.38 
 46: CR   CT     405.0       1.53 
 47: CR   N      471.0       1.33 
 48: CR   NC2    400.0       1.33!  BOND LENGTH FROM PARMFIX9 FORCE K APROXIMATE 
 49: CR   NH1    471.0       1.33 
 50: CR   NH2    471.0       1.33 
 51: CR   NP     471.0       1.33 
 52: CR   NR     471.0       1.33 
 53: CR   O      580.0       1.23 
 54: CR   OC     580.0       1.23!  FORCE DECREASE AND LENGTH INCREASE FROM C O 
 55: CR   OH1    450.0       1.38!  FROM PARMFIX9 (NO VALUE IN GELIN THESIS) 
 56: CR   OS     292.0       1.43!  FROM DEP NORMAL MODE FIT 
 57: CH1E CH1E   225.0       1.53 
 58: CH1E CH2E   225.0       1.52 
 59: CH1E CH3E   225.0       1.52 
 60: CT   CH3E   225.0       1.52! for AIB TL 
 61: CH1E N      422.0       1.45 
 62: CH1E NH1    422.0       1.45 
 63: CH1E NH2    422.0       1.45 
 64: CH1E NH3    422.0       1.45 
 65: CH1E OH1    400.0       1.42!  FROM PARMFIX9 (NO VALUE IN GELIN THESIS) 
 66: CH2E CH2E   225.0       1.52 
 67: CH2E CH3E   225.0       1.54 
 68: CH2E CR1E   250.0       1.45!  FROM WARSHEL AND KARPLUS 1972 JACS 96:5612 
 69: CH2E N      422.0       1.45 
 70: CH2E NH1    422.0       1.45 
 71: CH2E NH2    422.0       1.45 
 72: CH2E NH3    422.0       1.45 
 73: CH2E OH1    400.0       1.42 
 74: CH2E S      450.0       1.81!  FROM PARMFIX9 
 75: CH2E SH1E   450.0       1.81 
 76: CH3E NH1    422.0       1.49 
 77: CH3E NR     422.0       1.49 ! FOR NETROPSIN 
 78: CH3E S      450.0       1.77!  FROM PARMFIX9 
 79: CH3E OS     292.0       1.38!  FROM DEP NORMAL MODE FIT 
 80: CH2E OS     292.0       1.43!  TL 
 81: CM   OM    1115.0       1.128!  FROM CAUGHEY ET AL(1978),CARBON MONOXIDE 
 82: CR1E CR1E   450.0       1.38 
 83: CR1E NH1    450.0       1.305 
 84: CR1E NR     450.0       1.305 
 85: CT   CT     200.0       1.53 
 86: CT   N      422.0       1.45 
 87: CT   NC2    422.0       1.45 
 88: CT   NH1    422.0       1.45 
 89: CT   NH2    422.0       1.45 
 90: CT   NH3    422.0       1.45 
 91: CT   OH1    400.0       1.42 
 92: CT   S      450.0       1.81 
 93: FE   CM     258.0       1.79!   FROM KROEKER ET AL(JCP:72:4846) 
 94: FE   NP     500.0       2.09 
 95: FE   NR      65.0       1.98!   FROM NAGAI ET AL(1980) 
 96: FE   OM     250.0       1.8!    JUST A GUESS. 
 97: H    NH1    405.0       0.98!  GELIN AND IR STRETCH 3200 CM 1 
 98: H    NH2    405.0       0.98 
 99: H    OH1    450.0       0.96!  FROM IR STRETCH 3400 CM 1 
100: H    OH2    450.0       1.00 ! from ST2 geometry 
101: LP   OH2    450.0       0.80 ! ditto 
102: H    H        0.0       1.6329931 ! from ST2 geometry (for SHAKE w/PARAM) 
103: HT   OT     450.0       0.9572 ! from TIPS3P geometry 
104: HT   HT       0.0       1.5139 ! from TIPS3P geometry (for SHAKE w/PARAM) 
105: HA   C      350.0       1.08 
106: HA   CT     300.0       1.08 
107: HC   NC2    405.0       1.00 
108: HC   NH1    405.0       0.98 
109: HC   NH3    405.0       1.04 
110: OC   S      400.0       1.43 
111: OM   OM     600.0       1.23!   STRETCHING CONSTANT JUST A GUESS. 
112: S    S      500.0       2.02 
113: THETAS 
114: C    C    C       70.0     106.5!  FROM B. R. GELIN THESIS WITH HARMONIC 
115: CR   CR   CR      70.0     106.5!  FROM B. R. GELIN THESIS WITH HARMONIC 
116: C    C    CH2E    65.0     126.5!  PART OF F TERMS INCORPORATED. ATOMS 
117: CR   CR   CH2E    65.0     126.5!  PART OF F TERMS INCORPORATED. ATOMS 
118: C    C    CH3E    65.0     126.5!  WITH EXTENDED H COMPENSATED FOR LACK 
119: C    C    CR1E    70.0     122.5!  OF H ANGLES. 
120: CR   CR   CR1E    70.0     122.5!  OF H ANGLES. 
121: C    C    CT      70.0     126.5 
122: C    C    HA      40.0     120.0!  AMIDE PARAMETERS FIT BY LEAST SQUARES 
123: C    C    NH1     65.0     109.0!  TO N-METHYL ACETAMIDE VIBRATIONS. 
124: CR   CR   NH1     65.0     109.0!  TO N-METHYL ACETAMIDE VIBRATIONS. 
125: C    C    NP      65.0     112.5!  MINIMIZATION OF N-METHYL ACETAMIDE. 
126: C    C    NR      65.0     112.5 
127: C    C    OH1     65.0     119.0 
128: C    C    O       65.0     119.0 ! FOR NETROPSIN 
129: CH1E C    N       20.0     117.5 
130: CH1E C    NH1     20.0     117.5 
131: CH1E C    O       85.0     121.5 
132: CH1E C    OC      85.0     117.5 
133: CH1E C    OH1     85.0     120.0 
134: CH2E C    CR1E    70.0     121.5 
135: CH2E CR   CR1E    70.0     121.5 
136: CH2E C    N       20.0     117.5 
137: CH2E C    NH1     20.0     117.5 
138: CH2E CR   NH1     20.0     117.5 
139: CH2E C    NH2     20.0     117.5 
140: CH1E C    NH2     20.0     117.5 !      for resi NH2 
141: CH2E C    NC2     20.0     117.5 ! FOR NETROPSIN 
142: CH2E C    NR      60.0     116.0 
143: CH2E CR   NR      60.0     116.0 
144: CH2E C    O       85.0     121.6 
145: CH2E C    OC      85.0     118.5 
146: CH2E C    OH1     85.0     120.0 
147: CH3E C    N       20.0     117.5 
148: CH3E C    NH1     20.0     117.5 
149: CH3E C    O       85.0     121.5 
150: CR1E C    CR1E    65.0     120.5 
151: CR1E CR   CR1E    65.0     120.5 
152: CR1E C    NH1     65.0     110.5! USED ONLY IN HIS, NOT IT TRP 
153: CR1E CR   NH1     65.0     110.5! USED ONLY IN HIS, NOT IT TRP 
154: CR1E C    NP      65.0     122.5 
155: CR1E C    NR      65.0     122.5 
156: CR1E CR   NR      65.0     122.5 
157: CR1E C    OH1     65.0     119.0 
158: CR1E CR   OH1     65.0     119.0 
159: CT   C    N       20.0     117.5 
160: CT   C    NH1     20.0     117.5 
161: CT   C    NH2     20.0     117.5 
162: CT   C    O       85.0     121.5 
163: CT   C    OC      85.0     118.5 
164: CT   C    OH1     85.0     120.0 
165: HA   C    NH1     40.0     120.0 
166: HA   C    NH2     40.0     120.0 
167: HA   C    NR      40.0     120.0 
168: HA   C    O       85.0     121.5 
169: N    C    O       85.0     121.0 
170: NC2  C    NC2     70.0     120.0 
171: NC2  CR   NC2     70.0     120.0 
172: NC2  C    NH1     70.0     120.0 
173: NC2  CR   NH1     70.0     120.0 
174: NH1  C    NR      70.0     120.0 
175: NH1  C    O       65.0     121.0 
176: NH2  C    O       65.0     121.0 
177: O    C    OH1     85.0     120.0 
178: OC   C    OC      85.0     122.5 
179: OS   CH2E CH1E    70.0     125.3! TL 
180: OS   C    CH1E    70.0     125.3! FROM PARDNA10 
181: OS   C    CH2E    70.0     125.3!   - " - 
182: OS   C    O       70.0     120.0!   - " - 
183: C    CH1E CH1E    70.0     110.0 
184: C    CH1E CH2E    70.0     109.5 
185: CH2E CH1E CH2E    70.0     109.5 !for PHL, TL 
186: C    CH1E CH3E    70.0     106.5 
187: C    CT   CH3E    70.0     106.5  !for AIB  TL 
188: C    CH1E N       45.0     111.6 
189: C    CH1E NH1     45.0     111.6 
190: C    CH1E NH2     45.0     111.6 
191: C    CH1E NH3     45.0     111.6 
192: CH1E CH1E CH2E    45.0     112.5 
193: CH1E CH1E CH3E    45.0     111.0 
194: CH1E CH1E NH1     50.0     110.0 
195: CH1E CH1E NH2     50.0     109.5 
196: CH1E CH1E NH3     50.0     107.5 
197: CH1E CH1E OH1     50.0     104.5 
198: CH2E CH1E CH3E    50.0     111.5 
199: CH2E CH1E N       65.0     104.0 
200: CH2E CH1E NH1     65.0     110.0 
201: CH2E CH1E NH2     65.0     110.0 
202: CH2E CH1E NH3     65.0     110.0 
203: CH3E CH1E CH3E    50.0     111.0 
204: CH3E CT   CH3E    50.0     111.0 !for AIB TL 
205: CH3E CH1E NH1     65.0     108.5 
206: CH3E CT   NH1     65.0     108.5 !for AIB  TL 
207: CH3E CH1E NH2     65.0     109.5 
208: CH3E CH1E NH3     65.0     109.5 
209: CH3E CH1E OH1     60.0     110.5 
210: C    CH2E CH1E    70.0     112.5 
211: CR   CH2E CH1E    70.0     112.5 
212: C    CH2E CH2E    70.0     113.0 
213: C    CH2E NH1     70.0     111.6 
214: C    CH2E NH2     70.0     111.6 
215: C    CH2E NH3     70.0     111.6 
216: CH1E CH2E CH1E    45.0     117.0 
217: CH1E CH2E CH2E    45.0     112.5 
218: CH1E CH2E CH3E    45.0     113.0 
219: CH1E CH2E OH1     45.0     111.0 
220: CH3E CH2E OH1     45.0     111.0 
221: CH1E CH2E S       50.0     112.5 
222: CH1E CH2E SH1E    50.0     112.5 
223: CH2E CH2E CH2E    45.0     110.0 
224: CH2E CH2E CH3E    45.0     111.0 
225: CH2E CH2E N       65.0     105.0 
226: CH2E CH2E NH1     65.0     111.0 
227: CH2E CH2E NH2     65.0     109.5 
228: CH2E CH2E NH3     65.0     110.5 
229: CH2E CH2E S       50.0     112.5 
230: C    CR1E C       90.0     126.5 
231: C    CR1E CH2E    90.0     122.0 
232: C    CR1E CR1E    90.0     119.0 
233: CR   CR1E CR1E    90.0     119.0 
234: C    CR1E NH1     90.0     109.5 
235: CR   CR1E NH1     90.0     109.5 
236: C    CR1E NR      90.0     106.5 
237: CR   CR1E NR      90.0     106.5 
238: CR1E CR1E CR1E    90.0     120.5 
239: NH1  CR1E NH1     70.0     109.0 
240: NH1  CR1E NR      70.0     109.0 
241: C    CT   CT      70.0     109.5 
242: C    CT   HA      70.0     109.5 
243: C    CT   N       70.0     111.6 
244: C    CT   NH1     70.0     111.6 
245: C    CT   NH2     70.0     111.6 
246: C    CT   NH3     70.0     111.6 
247: CT   CT   CT      45.0     111.00 
248: CT   CT   HA      40.0     109.50 
249: CT   CT   N       65.0     105.00 
250: CT   CT   NC2     65.0     110.00 
251: CT   CT   NH1     65.0     110.00 
252: CT   CT   NH2     65.0     110.00 
253: CT   CT   NH3     65.0     110.00 
254: CT   CT   OH1     50.0     109.50 
255: CT   CT   S       50.0     112.50 
256: HA   CT   HA      40.0     109.5 
257: HA   CT   N       50.0     109.5 
258: HA   CT   NC2     50.0     109.5 
259: HA   CT   NH1     50.0     109.5 
260: HA   CT   NH3     50.0     109.5 
261: HA   CT   OH1     50.0     109.5 
262: HA   CT   S       40.0     109.5 
263: FE   CM   OM       5.0      90.0!       FROM KROEKER ET AL(1980) 
264: C    N    CH1E    80.0     120.0 
265: C    N    CH2E    80.0     120.0 
266: C    N    CT      80.0     120.0 
267: CH1E N    CH2E    60.0     110.0 
268: CH1E N    CH3E    60.0     110.0 
269: CH2E N    CH3E    60.0     109.5 
270: CT   N    CT      60.0     110.0 
271: C    NC2  CT      80.0     120.0 
272: C    NC2  HC      35.0     120.0 
273: CR   NC2  HC      35.0     120.0 
274: CT   NC2  HC      35.0     120.0 
275: HC   NC2  HC      40.0     120.0 
276: C    NH1  C       60.0     102.5  ! UNUSED (AND PROBABLY WRONG) 
277: C    NH1  CH1E    77.5     120.0 
278: C    NH1  CH2E    77.5     120.0 
279: CR   NH1  CH2E    77.5     120.0 
280: C    NH1  CH3E    77.5     120.0 
281: C    NH1  CR1E    60.0     108.0 
282: CR   NH1  CR1E    60.0     108.0 
283: C    NH1  CT      80.0     120.0 
284: C    NH1  H       30.0     120.0 
285: CR   NH1  H       30.0     120.0 
286: CH1E NH1  CH3E    60.0     120.0 
287: CH1E NH1  H       35.0     120.0 
288: CH2E NH1  CH3E    60.0     120.0 
289: CH2E NH1  H       35.0     120.0 
290: CH3E NH1  H       35.0     120.0 
291: CR1E NH1  CR1E    65.0     110.0 
292: CR1E NH1  H       35.0     120.0 
293: CT   NH1  H       35.0     120.0 
294: C    NH2  H       30.0     120.0 
295: CH1E NH2  CH2E    60.0     120.0 
296: CH1E NH2  H       35.0     120.0 
297: CH2E NH2  H       35.0     120.0 
298: CT   NH2  H       35.0     120.0 
299: H    NH2  H       40.0     125.0 
300: C    NP   C       70.0     102.5 
301: C    NP   FE      50.0     128.0!  FORCE CONSTANT FROM PARMFIX9 
302: C    NR   C       70.0     102.5 
303: C    NR   CR1E    70.0     109.5 
304: CR   NR   CR1E    70.0     109.5 
305: CH3E NR   CR1E    70.0     109.5 ! FOR NETROPSIN 
306: CH3E NR   C       70.0     109.5 ! FOR NETROPSIN 
307: CR1E NR   CR1E    65.0     110.0 
308: CR1E NR   FE      30.0     124.8!  FORCE CONSTANT FROM PARMFIX9 
309: CH1E NH3  HC      35.0     109.5 
310: CH1E NH3  CH2E    35.0     109.5 
311: CH2E NH3  HC      35.0     109.5 
312: CT   NH3  HC      35.0     109.5 
313: HC   NH3  HC      40.0     109.5 
314: C    OH1  H       50.0     109.5 
315: CR   OH1  H       50.0     109.5 
316: CH1E OH1  H       35.0     109.5 
317: CH2E OH1  H       35.0     109.5 
318: CT   OH1  H       35.0     109.5 
319: H    OH2  H       55.0     109.47122 ! TETRAHEDRAL FOR ST2'S 
320: H    OH2  LP      55.0     109.47122 ! TETRAHEDRAL FOR ST2'S 
321: LP   OH2  LP      55.0     109.47122 ! TETRAHEDRAL FOR ST2'S 
322: FE   OM   OM       0.0     180.0!  DUMMY PARAMETER FOR PATCH AND ANALYSIS. 
323: C    OS   CH3E    46.5     120.5!   FROM PARDNA10 
324: C    OS   CH2E    46.5     120.5!   TL 
325: HT   OT   HT      55.0     104.52    ! FROM TIPS3P GEOMETRY 
326: CH2E S    CH3E    50.0      99.5! FROM PARMFIX9, CHECK WITH IR 
327: CH2E S    S       50.0     104.2 
328: CT   S    CT      50.0      99.5!  FORCE CONSTANTS FROM PARMFIX9 
329: CT   S    S       50.0     104.2 
330: OC   S    OC      85.0     109.5! FORCE CONSTANT JST A GUESS. 
331: NP   FE   CM      5.0       90.0 
332: NP   FE   NP      50.0      90.0 
333: NP   FE   NR      5.0      115.0 
334: NP   FE   OM      5.0       90.0! JUST A GUESS FROM EXISTING FE CM DATA 
335: !NR   FE   CM      5.0      180.0 
336: !NR   FE   OM      5.0      180.0! JUST A GUESS FROM EXISTING FE CM DATA 
337: PHI 
338: CH1E C    N    CH1E    10.0       2     180.0! PRO ISOM. BARRIER 20 KCAL/MOL. 
339: CH2E C    N    CH1E    10.0       2     180.0 
340: CR1E C    C    CR1E     5.0       2     180.0! => TRP OOP. VIB 170CM 1 
341: CR1E CR   CR   CR1E     5.0       2     180.0! => TRP OOP. VIB 170CM 1 
342: CR1E C    C    C        2.5       2     180.0! SEE BEHLEN ET AL JCP 75:5685 81 
343: CR1E CR   CR   CR       2.5       2     180.0! SEE BEHLEN ET AL JCP 75:5685 81 
344: CR1E C    C    NH1      2.5       2     180.0 
345: CR1E CR   CR   NH1      2.5       2     180.0 
346: X    C    CH1E X        0.0       3       0.0! FROM GELIN THESIS AMIDES 
347: X    C    CH2E X        0.0       3       0.0! USING A SINGLE 
348: X    CR   CH2E X        0.0       3       0.0! USING A SINGLE 
349: X    C    CR1E X       10.0       2     180.0! DIHEDRAL PER BOND RATHER 
350: X    C    CT   X        0.0       3       0.0! THAN MULTIPLE TORSIONS. 
351: X    C    N    X        8.2       2     180.0! ALKANE TORSION REDUCED TO 
352: X    C    NC2  X        8.2       2     180.0! 1.6 FROM 1.8 TO COINCIDE WITH 
353: X    CR   NC2  X        8.2       2     180.0! 1.6 FROM 1.8 TO COINCIDE WITH 
354: X    C    NH1  X        8.2       2     180.0! THE EXPERIMENTAL BARRIER. 
355: X    CR   NH1  X        8.2       2     180.0! THE EXPERIMENTAL BARRIER. 
356: X    C    NH2  X        8.2       2     180.0 
357: X    C    OH1  X        1.8       2     180.0 
358: X    CR   OH1  X        1.8       2     180.0 
359: X    C    OS   X        1.8       2     180.0 ! INFERRED FROM C-OH1 
360: X    CH2E OS   X       -0.1       3       0.0 ! from p22 
361: X    CH1E CH1E X        1.6       3       0.0 
362: X    CH1E CH2E X        1.6       3       0.0 
363: X    CH1E N    X        0.3       3       0.0! FROM HAGLER ET AL TABULATION OF 
364: X    CH1E NH1  X        0.3       3       0.0! EXP. DATA AND 6 31G CALC. 
365: X    CH1E NH2  X        1.8       3       0.0! PROTONATED SECONDARY AMINE 
366: X    CH1E NH3  X        0.6       3       0.0! 1/PROTON SO 3 FOR THE BOND 
367: X    CH1E OH1  X        0.5       3       0.0! CHANGED TO ROUGHLY MEOH 
368: X    CH2E CH2E X        1.6       3       0.0 
369: X    CH2E N    X        0.3       3       0.0! SEE CH1E COMMENTS 
370: X    CH2E NH1  X        0.3       3       0.0 
371: X    CH2E NH2  X        0.6       3       0.0 
372: X    CH2E NH3  X        0.6       3       0.0 
373: X    CH2E OH1  X        0.5       3       0.0 
374: X    CH2E S    X        1.2       2       0.0 
375: X    CT   CT   X        1.6       3       0.0 
376: X    CT   N    X        0.3       3       0.0! SEE CH1E COMMENTS 
377: X    CT   NC2  X        0.3       3       0.0 
378: X    CT   NH1  X        0.3       3       0.0 
379: X    CT   NH2  X        0.6       3       0.0 
380: X    CT   NH3  X        0.6       3       0.0 
381: X    CT   OH1  X        0.5       3       0.0 
382: X    CT   S    X        1.2       2       0.0 
383: X    FE   NR   X        0.05      4       0.0 
384: X    FE   CM   X        0.05      4       0.0 
385: X    FE   OM   X        0.00      4       0.0 
386: X    S    S    X        4.0       2       0.0! FROM EXP. NMR BARRIER 
387: IMPHI 
388: C    C    CR1E CH2E    90.0    0     0.0! GIVE 220 CM 1 METHYL OOP FOR TOLUENE. 
389: C    CR1E C    CH2E    90.0    0     0.0! USED HERE FOR TRP CG OUT OF PLANE 
390: CR   CR1E CR   CH2E    90.0    0     0.0! USED HERE FOR TRP CG OUT OF PLANE 
391: C    CR1E CR1E CH2E    90.0    0     0.0!               PHE, AND TYR CG OOP 
392: C    CR1E NH1  CH2E    90.0    0     0.0!               HIS CG RING OOP 
393: C    NH1  CR1E CH2E    90.0    0     0.0! 
394: C    CR1E CR1E OH1    150.0    0     0.0! GIVE 249 CM 1 PHENOL OH OOP. 
395: CR   CR1E CR1E OH1    150.0    0     0.0! GIVE 249 CM 1 PHENOL OH OOP. 
396: C    H    H    NH2     45.0    0     0.0! PRIMARY AMIDES (ASN AND GLN) OOP 
397: C    OC   OC   CH1E   100.0    0     0.0! CARBOXYL OUT OF PLANE. 
398: C    OC   OC   CH2E   100.0    0     0.0! 
399: C    X    X    C       25.0    0     0.0! FROM BENZENE NORMAL MODE ANALYSIS 
400: CR   X    X    CR      25.0    0     0.0! FROM BENZENE NORMAL MODE ANALYSIS 
401: CR   X    X    C       25.0    0     0.0! FROM BENZENE NORMAL MODE ANALYSIS 
402: C    X    X    CH2E    90.0    0     0.0! FROM TOLUENE METHYL OOP. 217 CM 1 
403: CR   X    X    CH2E    90.0    0     0.0! FROM TOLUENE METHYL OOP. 217 CM 1 
404: C    X    X    CH3E    90.0    0     0.0 
405: C    X    X    CR1E    25.0    0     0.0 
406: CR   X    X    CR1E    25.0    0     0.0 
407: C    X    X    H       75.0    0     0.0! FROM BENZENE NORMAL MODE ANALYSIS 
408: C    X    X    HA      75.0    0     0.0! 
409: C    X    X    NH1    100.0    0     0.0! AMIDES FIT TO N METHYL ACETAMIDE. 
410: CR   X    X    NH1    100.0    0     0.0! AMIDES FIT TO N METHYL ACETAMIDE. 
411: C    X    X    O      100.0    0     0.0 
412: C    X    X    OC     100.0    0     0.0 
413: C    X    X    OH1    150.0    0     0.0! USED FOR TYR HYDROXYL OOP 
414: CH1E X    X    CH1E    55.0    0   35.26439! CALCULATED TO  BE THE SAME AS THE 3 
415: CH1E X    X    CH2E    55.0    0   35.26439! H CH1E X ANGLES WITH K=40 
416: CH1E X    X    CH3E    55.0    0   35.26439 
417: CR1E X    X    CR1E    25.0    0     0.0! EXTENDED ATOM VERSION OF BENZENE 
418: CR1E X    X    NH1     25.0    0     0.0! SAME AS ABOVE FOR LACK OF VALUES 
419: FE   X    X    NP      20.0    0     0.0! FROM PARMFIX9 
420: H    X    X    O       45.0    0     0.0 
421: N    CH1E CH2E C       45.0    0     0.0! PROLINE NITROGENS 
422: N    X    X    CH2E    45.0    0     0.0 
423: N    X    X    CT      45.0    0     0.0 
424: NC2  X    X    CT      45.0    0     0.0 
425: NC2  X    X    HC      45.0    0     0.0 
426: NH1  X    X    CH1E    45.0    0     0.0 
427: NH1  X    X    CH2E    45.0    0     0.0 
428: NH1  X    X    CH3E    45.0    0     0.0 
429: NH1  X    X    CT      45.0    0     0.0 
430: NH1  X    X    H       45.0    0     0.0! AMIDES PROTON OOP 
431: NH1  X    X    NH1     25.0    0     0.0!  
432: NH1  X    X    NR      25.0    0     0.0 
433: NH2  X    X    H       45.0    0     0.0 
434: NR   X    X    C       25.0    0     0.0 
435: NR   X    X    CR      25.0    0     0.0 
436: NR   X    X    CR1E    25.0    0     0.0 
437: NR   X    X    CT      25.0    0     0.0 
438: NR   X    X    CH3E    25.0    0     0.0 ! FOR NETROPSIN 
439: ! 
440: NONBONDED  NBXMOD 5  ATOM CDIEL SWITCH VATOM VDISTANCE VSWITCH - 
441:      CUTNB 16.0  CTOFNB 15.0  CTONNB 11.  EPS 1.0  E14FAC 0.4  WMIN 1.5 
442: ! 
443: !                  Emin       Rmin 
444: !                  (kcal/mol) (A) 
445: H        0.0440    -0.0498    0.8000  
446: HC       0.0440    -0.0498    0.6000 ! charged group. Reduced vdw radius 
447: HA       0.1000    -0.0450    1.4680 
448: HT       0.0440    -0.0498    0.8000 !TIP3P water hydrogen, see NBFIX below 
449: ! 
450: C        1.65    -0.1200       2.100 1.65 -0.1 1.9 ! carbonyl carbon 
451: CH1E     1.35    -0.0486       2.365 1.35 -0.1 1.9 ! \ 
452: CH2E     1.77    -0.1142       2.235 1.77 -0.1 1.9 !  extended carbons 
453: CH3E     2.17    -0.1811       2.165 1.77 -0.1 1.9 ! / 
454: CR1E     1.35    -0.1200       2.100 1.35 -0.1 1.9 !  ring carbons 
455: C%       1.65    -0.0262       2.490 1.65 -0.1 1.9 ! includes CT and CM 
456: CR       1.65    -0.1200       2.100 1.65 -0.1 1.9 ! aromatic carbon,no Hs 
457: ! 
458: N*       1.1000    -0.2384    1.6000   ! includes N,NC2,NH1,NH2,NH3,NP,and NR 
459: ! 
460: O*       0.8400    -0.1591    1.6000   ! includes O, OH1, OM, and OS 
461: OC       2.1400    -0.6469    1.6000   
462: OT       0.8400    -0.1591    1.6000 !TIP3P water oxygen,   see NBFIX below 
463: OH2      0.0000    -0.0758    1.7398 !ST2   water oxygen 
464: ! 
465: LP       0.0000    -0.04598   0.2245 !ST2   lone pair 
466: FE       0.0100    0.000    0.6500 
467: S*       0.3400    -0.0430       1.890 ! includes S and SH1E 
468: ! 
469: !CM     0.000000  -0.0262     2.150  ! CO 3-point model. 
470: !OM     0.000000  -0.1591     1.750  ! CO 3-point model. 
471:  
472: NBFIX 
473: !                  Emin       Rmin 
474: !                  (kcal/mol) (A) 
475: ! 
476: !        We're gonna NBFIX the TIP3P water-water interactions 
477: !        here to make them more like Jorgensen's.  The vdW parameters 
478: !        specified above will be in effect, therefore, for ONLY 
479: !        protein (read, protein OR nucleic acid)-water interactions. 
480: !        OT-OT is exactly Jorgensen's; HT interactions are added 
481: !        here. 
482: ! 
483: OT   OT      -0.152073  3.5365  ! TIPS3P VDW INTERACTION 
484: HT   HT      -0.04598   0.4490 
485: HT   OT      -0.08363   1.9927 
486: ! 
487: !        All protein-protein NBFIXes removed 
488:  
489: ! 
490: HBOND AEXP 4 REXP 6 HAEX 0 AAEX 0   NOACCEPTORS  HBNOEXCLUSIONS  ALL  - 
491:    CUTHB 0.5 CTOFHB 5.0 CTONHB 4.0  CUTHA 90.0  CTOFHA 90.0  CTONHA 90.0 
492: ! 
493: N*+* N%      -0.0 3.0   ! dummy parameters 
494: N*+* O*      -0.00 2.9  !   
495: OH*  N%      -0.00 2.85 
496: OH*  O*      -0.00 2.75 
497: END 


r28029/param19_eef1.inp 2017-01-21 10:34:26.318250000 +0000 r28028/param19_eef1.inp 2017-01-21 10:34:29.322250000 +0000
  1: * - parameter file PARAM19 -  1: svn: E195012: Unable to find repository location for 'svn+ssh://svn.ch.private.cam.ac.uk/groups/wales/trunk/CHARMM35/toppar/eef1-related/param19_eef1.inp' in revision 28028
  2: * PEPTIDE GEOMETRY FROM RAMACHANDRAN ET AL BBA 359:298 (1974) 
  3: * TORSIONS FROM HAGLER ET AL JACS 98:4600 (1976) 
  4: * JORGENSEN NONBOND PARAMETERS JACS 103:3976-3985 WITH 1-4 RC=1.80/0.1 
  5: * 
  6:  
  7: !* - PEPTIDE GEOMETRY TO GIVE RAMACHANDRAN ET AL BBA 359:298 (1974) 
  8: !* - PEPTIDE TORSIONS FROM HAGLER ET AL JACS 98:4600 (1976) 
  9: !* - NONBONDED TERMS JORGENSEN JACS 103:3976 W/ RC1-4 = 1.80 EC1-4 = 0.1 
 10: !*  The default h-bond exponents are now 6-repul 4-attr 
 11: !* ++++++++ ATOMTYPE OS (IN METHYL ESTER) ADDED FOR CHARMM COURSE /LN ++++ 
 12: !* SOLVENT PARAMETERS: SUPPORTING ST2 AND MODIFIED TIP3P MODEL 
 13: !* Switched from Slater-Kirkwood to simple mixing rules - AB 
 14: !* Hbond parameters based on comparisons of dimer results with 
 15: !*   ab initio calculations. - WER  12/19/84 
 16: !* Grouping of atom types for VDW parameters - BRB 1/3/85 
 17: !* 
 18: ! T.Lazaridis: added CR type (same as C for all purposes other than solvation) 
 19:  
 20:  
 21: BOND 
 22: C    C      450.0       1.38!  FROM B. R. GELIN THESIS AMIDE AND DIPEPTIDES 
 23: C    CH1E   405.0       1.52!  EXCEPT WHERE NOTED.  CH1E,CH2E,CH3E, AND CT 
 24: C    CH2E   405.0       1.52!  ALL TREATED THE SAME. UREY BRADLEY TERMS ADDED 
 25: C    CH3E   405.0       1.52 
 26: C    CR1E   450.0       1.38 
 27: C    CT     405.0       1.53 
 28: C    N      471.0       1.33 
 29: C    NC2    400.0       1.33!  BOND LENGTH FROM PARMFIX9 FORCE K APROXIMATE 
 30: C    NH1    471.0       1.33 
 31: C    NH2    471.0       1.33 
 32: C    NP     471.0       1.33 
 33: C    NR     471.0       1.33 
 34: C    O      580.0       1.23 
 35: C    OC     580.0       1.23!  FORCE DECREASE AND LENGTH INCREASE FROM C O 
 36: C    OH1    450.0       1.38!  FROM PARMFIX9 (NO VALUE IN GELIN THESIS) 
 37: C    OS     292.0       1.43!  FROM DEP NORMAL MODE FIT 
 38: CR   CR     450.0       1.38!  FROM B. R. GELIN THESIS AMIDE AND DIPEPTIDES 
 39: CR   C      450.0       1.38!  FROM B. R. GELIN THESIS AMIDE AND DIPEPTIDES 
 40: CR   CH1E   405.0       1.52!  EXCEPT WHERE NOTED.  CH1E,CH2E,CH3E, AND CT 
 41: CR   CH2E   405.0       1.52!  ALL TREATED THE SAME. UREY BRADLEY TERMS ADDED 
 42: CR   CH3E   405.0       1.52 
 43: CR   CR1E   450.0       1.38 
 44: CR   CT     405.0       1.53 
 45: CR   N      471.0       1.33 
 46: CR   NC2    400.0       1.33!  BOND LENGTH FROM PARMFIX9 FORCE K APROXIMATE 
 47: CR   NH1    471.0       1.33 
 48: CR   NH2    471.0       1.33 
 49: CR   NP     471.0       1.33 
 50: CR   NR     471.0       1.33 
 51: CR   O      580.0       1.23 
 52: CR   OC     580.0       1.23!  FORCE DECREASE AND LENGTH INCREASE FROM C O 
 53: CR   OH1    450.0       1.38!  FROM PARMFIX9 (NO VALUE IN GELIN THESIS) 
 54: CR   OS     292.0       1.43!  FROM DEP NORMAL MODE FIT 
 55: CH1E CH1E   225.0       1.53 
 56: CH1E CH2E   225.0       1.52 
 57: CH1E CH3E   225.0       1.52 
 58: CH1E N      422.0       1.45 
 59: CH1E NH1    422.0       1.45 
 60: CH1E NH2    422.0       1.45 
 61: CH1E NH3    422.0       1.45 
 62: CH1E OH1    400.0       1.42!  FROM PARMFIX9 (NO VALUE IN GELIN THESIS) 
 63: CH2E CH2E   225.0       1.52 
 64: CH2E CH3E   225.0       1.54 
 65: CH2E CR1E   250.0       1.45!  FROM WARSHEL AND KARPLUS 1972 JACS 96:5612 
 66: CH2E N      422.0       1.45 
 67: CH2E NH1    422.0       1.45 
 68: CH2E NH2    422.0       1.45 
 69: CH2E NH3    422.0       1.45 
 70: CH2E OH1    400.0       1.42 
 71: CH2E S      450.0       1.81!  FROM PARMFIX9 
 72: CH2E SH1E   450.0       1.81 
 73: CH3E NH1    422.0       1.49 
 74: CH3E NR     422.0       1.49 ! FOR NETROPSIN 
 75: CH3E S      450.0       1.77!  FROM PARMFIX9 
 76: CH3E OS     292.0       1.38!  FROM DEP NORMAL MODE FIT 
 77: CM   OM    1115.0       1.128!  FROM CAUGHEY ET AL(1978),CARBON MONOXIDE 
 78: CR1E CR1E   450.0       1.38 
 79: CR1E NH1    450.0       1.305 
 80: CR1E NR     450.0       1.305 
 81: CT   CT     200.0       1.53 
 82: CT   N      422.0       1.45 
 83: CT   NC2    422.0       1.45 
 84: CT   NH1    422.0       1.45 
 85: CT   NH2    422.0       1.45 
 86: CT   NH3    422.0       1.45 
 87: CT   OH1    400.0       1.42 
 88: CT   S      450.0       1.81 
 89: FE   CM     258.0       1.79!   FROM KROEKER ET AL(JCP:72:4846) 
 90: FE   NP     500.0       2.09 
 91: FE   NR      65.0       1.98!   FROM NAGAI ET AL(1980) 
 92: FE   OM     250.0       1.8!    JUST A GUESS. 
 93: H    NH1    405.0       0.98!  GELIN AND IR STRETCH 3200 CM 1 
 94: H    NH2    405.0       0.98 
 95: H    OH1    450.0       0.96!  FROM IR STRETCH 3400 CM 1 
 96: H    OH2    450.0       1.00 ! from ST2 geometry 
 97: LP   OH2    450.0       0.80 ! ditto 
 98: H    H        0.0       1.6329931 ! from ST2 geometry (for SHAKE w/PARAM) 
 99: HT   OT     450.0       0.9572 ! from TIPS3P geometry 
100: HT   HT       0.0       1.5139 ! from TIPS3P geometry (for SHAKE w/PARAM) 
101: HA   C      350.0       1.08 
102: HA   CT     300.0       1.08 
103: HC   NC2    405.0       1.00 
104: HC   NH1    405.0       0.98 
105: HC   NH3    405.0       1.04 
106: OC   S      400.0       1.43 
107: OM   OM     600.0       1.23!   STRETCHING CONSTANT JUST A GUESS. 
108: S    S      500.0       2.02 
109: THETAS 
110: C    C    C       70.0     106.5!  FROM B. R. GELIN THESIS WITH HARMONIC 
111: CR   CR   CR      70.0     106.5!  FROM B. R. GELIN THESIS WITH HARMONIC 
112: C    C    CH2E    65.0     126.5!  PART OF F TERMS INCORPORATED. ATOMS 
113: CR   CR   CH2E    65.0     126.5!  PART OF F TERMS INCORPORATED. ATOMS 
114: C    C    CH3E    65.0     126.5!  WITH EXTENDED H COMPENSATED FOR LACK 
115: C    C    CR1E    70.0     122.5!  OF H ANGLES. 
116: CR   CR   CR1E    70.0     122.5!  OF H ANGLES. 
117: C    C    CT      70.0     126.5 
118: C    C    HA      40.0     120.0!  AMIDE PARAMETERS FIT BY LEAST SQUARES 
119: C    C    NH1     65.0     109.0!  TO N-METHYL ACETAMIDE VIBRATIONS. 
120: CR   CR   NH1     65.0     109.0!  TO N-METHYL ACETAMIDE VIBRATIONS. 
121: C    C    NP      65.0     112.5!  MINIMIZATION OF N-METHYL ACETAMIDE. 
122: C    C    NR      65.0     112.5 
123: C    C    OH1     65.0     119.0 
124: C    C    O       65.0     119.0 ! FOR NETROPSIN 
125: CH1E C    N       20.0     117.5 
126: CH1E C    NH1     20.0     117.5 
127: CH1E C    O       85.0     121.5 
128: CH1E C    OC      85.0     117.5 
129: CH1E C    OH1     85.0     120.0 
130: CH2E C    CR1E    70.0     121.5 
131: CH2E CR   CR1E    70.0     121.5 
132: CH2E C    N       20.0     117.5 
133: CH2E C    NH1     20.0     117.5 
134: CH2E CR   NH1     20.0     117.5 
135: CH2E C    NH2     20.0     117.5 
136: CH2E C    NC2     20.0     117.5 ! FOR NETROPSIN 
137: CH2E C    NR      60.0     116.0 
138: CH2E CR   NR      60.0     116.0 
139: CH2E C    O       85.0     121.6 
140: CH2E C    OC      85.0     118.5 
141: CH2E C    OH1     85.0     120.0 
142: CH3E C    N       20.0     117.5 
143: CH3E C    NH1     20.0     117.5 
144: CH3E C    O       85.0     121.5 
145: CR1E C    CR1E    65.0     120.5 
146: CR1E CR   CR1E    65.0     120.5 
147: CR1E C    NH1     65.0     110.5! USED ONLY IN HIS, NOT IT TRP 
148: CR1E CR   NH1     65.0     110.5! USED ONLY IN HIS, NOT IT TRP 
149: CR1E C    NP      65.0     122.5 
150: CR1E C    NR      65.0     122.5 
151: CR1E CR   NR      65.0     122.5 
152: CR1E C    OH1     65.0     119.0 
153: CT   C    N       20.0     117.5 
154: CT   C    NH1     20.0     117.5 
155: CT   C    NH2     20.0     117.5 
156: CT   C    O       85.0     121.5 
157: CT   C    OC      85.0     118.5 
158: CT   C    OH1     85.0     120.0 
159: HA   C    NH1     40.0     120.0 
160: HA   C    NH2     40.0     120.0 
161: HA   C    NR      40.0     120.0 
162: HA   C    O       85.0     121.5 
163: N    C    O       85.0     121.0 
164: NC2  C    NC2     70.0     120.0 
165: NC2  CR   NC2     70.0     120.0 
166: NC2  C    NH1     70.0     120.0 
167: NC2  CR   NH1     70.0     120.0 
168: NH1  C    NR      70.0     120.0 
169: NH1  C    O       65.0     121.0 
170: NH2  C    O       65.0     121.0 
171: O    C    OH1     85.0     120.0 
172: OC   C    OC      85.0     122.5 
173: OS   C    CH1E    70.0     125.3! FROM PARDNA10 
174: OS   C    CH2E    70.0     125.3!   - " - 
175: OS   C    O       70.0     120.0!   - " - 
176: C    CH1E CH1E    70.0     110.0 
177: C    CH1E CH2E    70.0     109.5 
178: C    CH1E CH3E    70.0     106.5 
179: C    CH1E N       45.0     111.6 
180: C    CH1E NH1     45.0     111.6 
181: C    CH1E NH2     45.0     111.6 
182: C    CH1E NH3     45.0     111.6 
183: CH1E CH1E CH2E    45.0     112.5 
184: CH1E CH1E CH3E    45.0     111.0 
185: CH1E CH1E NH1     50.0     110.0 
186: CH1E CH1E NH2     50.0     109.5 
187: CH1E CH1E NH3     50.0     107.5 
188: CH1E CH1E OH1     50.0     104.5 
189: CH2E CH1E CH3E    50.0     111.5 
190: CH2E CH1E N       65.0     104.0 
191: CH2E CH1E NH1     65.0     110.0 
192: CH2E CH1E NH2     65.0     110.0 
193: CH2E CH1E NH3     65.0     110.0 
194: CH3E CH1E CH3E    50.0     111.0 
195: CH3E CH1E NH1     65.0     108.5 
196: CH3E CH1E NH2     65.0     109.5 
197: CH3E CH1E NH3     65.0     109.5 
198: CH3E CH1E OH1     60.0     110.5 
199: C    CH2E CH1E    70.0     112.5 
200: CR   CH2E CH1E    70.0     112.5 
201: C    CH2E CH2E    70.0     113.0 
202: C    CH2E NH1     70.0     111.6 
203: C    CH2E NH2     70.0     111.6 
204: C    CH2E NH3     70.0     111.6 
205: CH1E CH2E CH1E    45.0     117.0 
206: CH1E CH2E CH2E    45.0     112.5 
207: CH1E CH2E CH3E    45.0     113.0 
208: CH1E CH2E OH1     45.0     111.0 
209: CH3E CH2E OH1     45.0     111.0 
210: CH1E CH2E S       50.0     112.5 
211: CH1E CH2E SH1E    50.0     112.5 
212: CH2E CH2E CH2E    45.0     110.0 
213: CH2E CH2E CH3E    45.0     111.0 
214: CH2E CH2E N       65.0     105.0 
215: CH2E CH2E NH1     65.0     111.0 
216: CH2E CH2E NH2     65.0     109.5 
217: CH2E CH2E NH3     65.0     110.5 
218: CH2E CH2E S       50.0     112.5 
219: C    CR1E C       90.0     126.5 
220: C    CR1E CH2E    90.0     122.0 
221: C    CR1E CR1E    90.0     119.0 
222: CR   CR1E CR1E    90.0     119.0 
223: C    CR1E NH1     90.0     109.5 
224: CR   CR1E NH1     90.0     109.5 
225: C    CR1E NR      90.0     106.5 
226: CR   CR1E NR      90.0     106.5 
227: CR1E CR1E CR1E    90.0     120.5 
228: NH1  CR1E NH1     70.0     109.0 
229: NH1  CR1E NR      70.0     109.0 
230: C    CT   CT      70.0     109.5 
231: C    CT   HA      70.0     109.5 
232: C    CT   N       70.0     111.6 
233: C    CT   NH1     70.0     111.6 
234: C    CT   NH2     70.0     111.6 
235: C    CT   NH3     70.0     111.6 
236: CT   CT   CT      45.0     111.00 
237: CT   CT   HA      40.0     109.50 
238: CT   CT   N       65.0     105.00 
239: CT   CT   NC2     65.0     110.00 
240: CT   CT   NH1     65.0     110.00 
241: CT   CT   NH2     65.0     110.00 
242: CT   CT   NH3     65.0     110.00 
243: CT   CT   OH1     50.0     109.50 
244: CT   CT   S       50.0     112.50 
245: HA   CT   HA      40.0     109.5 
246: HA   CT   N       50.0     109.5 
247: HA   CT   NC2     50.0     109.5 
248: HA   CT   NH1     50.0     109.5 
249: HA   CT   NH3     50.0     109.5 
250: HA   CT   OH1     50.0     109.5 
251: HA   CT   S       40.0     109.5 
252: FE   CM   OM       5.0      90.0!       FROM KROEKER ET AL(1980) 
253: C    N    CH1E    80.0     120.0 
254: C    N    CH2E    80.0     120.0 
255: C    N    CT      80.0     120.0 
256: CH1E N    CH2E    60.0     110.0 
257: CH1E N    CH3E    60.0     110.0 
258: CH2E N    CH3E    60.0     109.5 
259: CT   N    CT      60.0     110.0 
260: C    NC2  CT      80.0     120.0 
261: C    NC2  HC      35.0     120.0 
262: CR   NC2  HC      35.0     120.0 
263: CT   NC2  HC      35.0     120.0 
264: HC   NC2  HC      40.0     120.0 
265: C    NH1  C       60.0     102.5  ! UNUSED (AND PROBABLY WRONG) 
266: C    NH1  CH1E    77.5     120.0 
267: C    NH1  CH2E    77.5     120.0 
268: CR   NH1  CH2E    77.5     120.0 
269: C    NH1  CH3E    77.5     120.0 
270: C    NH1  CR1E    60.0     108.0 
271: CR   NH1  CR1E    60.0     108.0 
272: C    NH1  CT      80.0     120.0 
273: C    NH1  H       30.0     120.0 
274: CR   NH1  H       30.0     120.0 
275: CH1E NH1  CH3E    60.0     120.0 
276: CH1E NH1  H       35.0     120.0 
277: CH2E NH1  CH3E    60.0     120.0 
278: CH2E NH1  H       35.0     120.0 
279: CH3E NH1  H       35.0     120.0 
280: CR1E NH1  CR1E    65.0     110.0 
281: CR1E NH1  H       35.0     120.0 
282: CT   NH1  H       35.0     120.0 
283: C    NH2  H       30.0     120.0 
284: CH1E NH2  CH2E    60.0     120.0 
285: CH1E NH2  H       35.0     120.0 
286: CH2E NH2  H       35.0     120.0 
287: CT   NH2  H       35.0     120.0 
288: H    NH2  H       40.0     125.0 
289: C    NP   C       70.0     102.5 
290: C    NP   FE      50.0     128.0!  FORCE CONSTANT FROM PARMFIX9 
291: C    NR   C       70.0     102.5 
292: C    NR   CR1E    70.0     109.5 
293: CR   NR   CR1E    70.0     109.5 
294: CH3E NR   CR1E    70.0     109.5 ! FOR NETROPSIN 
295: CH3E NR   C       70.0     109.5 ! FOR NETROPSIN 
296: CR1E NR   CR1E    65.0     110.0 
297: CR1E NR   FE      30.0     124.8!  FORCE CONSTANT FROM PARMFIX9 
298: CH1E NH3  HC      35.0     109.5 
299: CH1E NH3  CH2E    35.0     109.5 
300: CH2E NH3  HC      35.0     109.5 
301: CT   NH3  HC      35.0     109.5 
302: HC   NH3  HC      40.0     109.5 
303: C    OH1  H       50.0     109.5 
304: CH1E OH1  H       35.0     109.5 
305: CH2E OH1  H       35.0     109.5 
306: CT   OH1  H       35.0     109.5 
307: H    OH2  H       55.0     109.47122 ! TETRAHEDRAL FOR ST2'S 
308: H    OH2  LP      55.0     109.47122 ! TETRAHEDRAL FOR ST2'S 
309: LP   OH2  LP      55.0     109.47122 ! TETRAHEDRAL FOR ST2'S 
310: FE   OM   OM       0.0     180.0!  DUMMY PARAMETER FOR PATCH AND ANALYSIS. 
311: C    OS   CH3E    46.5     120.5!   FROM PARDNA10 
312: HT   OT   HT      55.0     104.52    ! FROM TIPS3P GEOMETRY 
313: CH2E S    CH3E    50.0      99.5! FROM PARMFIX9, CHECK WITH IR 
314: CH2E S    S       50.0     104.2 
315: CT   S    CT      50.0      99.5!  FORCE CONSTANTS FROM PARMFIX9 
316: CT   S    S       50.0     104.2 
317: OC   S    OC      85.0     109.5! FORCE CONSTANT JST A GUESS. 
318: NP   FE   CM      5.0       90.0 
319: NP   FE   NP      50.0      90.0 
320: NP   FE   NR      5.0      115.0 
321: NP   FE   OM      5.0       90.0! JUST A GUESS FROM EXISTING FE CM DATA 
322: !NR   FE   CM      5.0      180.0 
323: !NR   FE   OM      5.0      180.0! JUST A GUESS FROM EXISTING FE CM DATA 
324: PHI 
325: CH1E C    N    CH1E    10.0       2     180.0! PRO ISOM. BARRIER 20 KCAL/MOL. 
326: CH2E C    N    CH1E    10.0       2     180.0 
327: CR1E C    C    CR1E     5.0       2     180.0! => TRP OOP. VIB 170CM 1 
328: CR1E CR   CR   CR1E     5.0       2     180.0! => TRP OOP. VIB 170CM 1 
329: CR1E C    C    C        2.5       2     180.0! SEE BEHLEN ET AL JCP 75:5685 81 
330: CR1E CR   CR   CR       2.5       2     180.0! SEE BEHLEN ET AL JCP 75:5685 81 
331: CR1E C    C    NH1      2.5       2     180.0 
332: CR1E CR   CR   NH1      2.5       2     180.0 
333: X    C    CH1E X        0.0       3       0.0! FROM GELIN THESIS AMIDES 
334: X    C    CH2E X        0.0       3       0.0! USING A SINGLE 
335: X    CR   CH2E X        0.0       3       0.0! USING A SINGLE 
336: X    C    CR1E X       10.0       2     180.0! DIHEDRAL PER BOND RATHER 
337: X    C    CT   X        0.0       3       0.0! THAN MULTIPLE TORSIONS. 
338: X    C    N    X        8.2       2     180.0! ALKANE TORSION REDUCED TO 
339: X    C    NC2  X        8.2       2     180.0! 1.6 FROM 1.8 TO COINCIDE WITH 
340: X    CR   NC2  X        8.2       2     180.0! 1.6 FROM 1.8 TO COINCIDE WITH 
341: X    C    NH1  X        8.2       2     180.0! THE EXPERIMENTAL BARRIER. 
342: X    CR   NH1  X        8.2       2     180.0! THE EXPERIMENTAL BARRIER. 
343: X    C    NH2  X        8.2       2     180.0 
344: X    C    OH1  X        1.8       2     180.0 
345: X    C    OS   X        1.8       2     180.0 ! INFERRED FROM C-OH1 
346: X    CH1E CH1E X        1.6       3       0.0 
347: X    CH1E CH2E X        1.6       3       0.0 
348: X    CH1E N    X        0.3       3       0.0! FROM HAGLER ET AL TABULATION OF 
349: X    CH1E NH1  X        0.3       3       0.0! EXP. DATA AND 6 31G CALC. 
350: X    CH1E NH2  X        1.8       3       0.0! PROTONATED SECONDARY AMINE 
351: X    CH1E NH3  X        0.6       3       0.0! 1/PROTON SO 3 FOR THE BOND 
352: X    CH1E OH1  X        0.5       3       0.0! CHANGED TO ROUGHLY MEOH 
353: X    CH2E CH2E X        1.6       3       0.0 
354: X    CH2E N    X        0.3       3       0.0! SEE CH1E COMMENTS 
355: X    CH2E NH1  X        0.3       3       0.0 
356: X    CH2E NH2  X        0.6       3       0.0 
357: X    CH2E NH3  X        0.6       3       0.0 
358: X    CH2E OH1  X        0.5       3       0.0 
359: X    CH2E S    X        1.2       2       0.0 
360: X    CT   CT   X        1.6       3       0.0 
361: X    CT   N    X        0.3       3       0.0! SEE CH1E COMMENTS 
362: X    CT   NC2  X        0.3       3       0.0 
363: X    CT   NH1  X        0.3       3       0.0 
364: X    CT   NH2  X        0.6       3       0.0 
365: X    CT   NH3  X        0.6       3       0.0 
366: X    CT   OH1  X        0.5       3       0.0 
367: X    CT   S    X        1.2       2       0.0 
368: X    FE   NR   X        0.05      4       0.0 
369: X    FE   CM   X        0.05      4       0.0 
370: X    FE   OM   X        0.00      4       0.0 
371: X    S    S    X        4.0       2       0.0! FROM EXP. NMR BARRIER 
372: IMPHI 
373: C    C    CR1E CH2E    90.0    0     0.0! GIVE 220 CM 1 METHYL OOP FOR TOLUENE. 
374: C    CR1E C    CH2E    90.0    0     0.0! USED HERE FOR TRP CG OUT OF PLANE 
375: CR   CR1E CR   CH2E    90.0    0     0.0! USED HERE FOR TRP CG OUT OF PLANE 
376: C    CR1E CR1E CH2E    90.0    0     0.0!               PHE, AND TYR CG OOP 
377: C    CR1E NH1  CH2E    90.0    0     0.0!               HIS CG RING OOP 
378: C    NH1  CR1E CH2E    90.0    0     0.0! 
379: C    CR1E CR1E OH1    150.0    0     0.0! GIVE 249 CM 1 PHENOL OH OOP. 
380: C    H    H    NH2     45.0    0     0.0! PRIMARY AMIDES (ASN AND GLN) OOP 
381: C    OC   OC   CH1E   100.0    0     0.0! CARBOXYL OUT OF PLANE. 
382: C    OC   OC   CH2E   100.0    0     0.0! 
383: C    X    X    C       25.0    0     0.0! FROM BENZENE NORMAL MODE ANALYSIS 
384: CR   X    X    CR      25.0    0     0.0! FROM BENZENE NORMAL MODE ANALYSIS 
385: CR   X    X    C       25.0    0     0.0! FROM BENZENE NORMAL MODE ANALYSIS 
386: C    X    X    CH2E    90.0    0     0.0! FROM TOLUENE METHYL OOP. 217 CM 1 
387: CR   X    X    CH2E    90.0    0     0.0! FROM TOLUENE METHYL OOP. 217 CM 1 
388: C    X    X    CH3E    90.0    0     0.0 
389: C    X    X    CR1E    25.0    0     0.0 
390: CR   X    X    CR1E    25.0    0     0.0 
391: C    X    X    H       75.0    0     0.0! FROM BENZENE NORMAL MODE ANALYSIS 
392: C    X    X    HA      75.0    0     0.0! 
393: C    X    X    NH1    100.0    0     0.0! AMIDES FIT TO N METHYL ACETAMIDE. 
394: CR   X    X    NH1    100.0    0     0.0! AMIDES FIT TO N METHYL ACETAMIDE. 
395: C    X    X    O      100.0    0     0.0 
396: C    X    X    OC     100.0    0     0.0 
397: C    X    X    OH1    150.0    0     0.0! USED FOR TYR HYDROXYL OOP 
398: CH1E X    X    CH1E    55.0    0   35.26439! CALCULATED TO  BE THE SAME AS THE 3 
399: CH1E X    X    CH2E    55.0    0   35.26439! H CH1E X ANGLES WITH K=40 
400: CH1E X    X    CH3E    55.0    0   35.26439 
401: CR1E X    X    CR1E    25.0    0     0.0! EXTENDED ATOM VERSION OF BENZENE 
402: CR1E X    X    NH1     25.0    0     0.0! SAME AS ABOVE FOR LACK OF VALUES 
403: FE   X    X    NP      20.0    0     0.0! FROM PARMFIX9 
404: H    X    X    O       45.0    0     0.0 
405: N    CH1E CH2E C       45.0    0     0.0! PROLINE NITROGENS 
406: N    X    X    CH2E    45.0    0     0.0 
407: N    X    X    CT      45.0    0     0.0 
408: NC2  X    X    CT      45.0    0     0.0 
409: NC2  X    X    HC      45.0    0     0.0 
410: NH1  X    X    CH1E    45.0    0     0.0 
411: NH1  X    X    CH2E    45.0    0     0.0 
412: NH1  X    X    CH3E    45.0    0     0.0 
413: NH1  X    X    CT      45.0    0     0.0 
414: NH1  X    X    H       45.0    0     0.0! AMIDES PROTON OOP 
415: NH1  X    X    NH1     25.0    0     0.0!  
416: NH1  X    X    NR      25.0    0     0.0 
417: NH2  X    X    H       45.0    0     0.0 
418: NR   X    X    C       25.0    0     0.0 
419: NR   X    X    CR      25.0    0     0.0 
420: NR   X    X    CR1E    25.0    0     0.0 
421: NR   X    X    CT      25.0    0     0.0 
422: NR   X    X    CH3E    25.0    0     0.0 ! FOR NETROPSIN 
423: ! 
424: NONBONDED  NBXMOD 5  ATOM CDIEL SWITCH VATOM VDISTANCE VSWITCH - 
425:      CUTNB 16.0  CTOFNB 15.0  CTONNB 11.  EPS 1.0  E14FAC 0.4  WMIN 1.5 
426: ! 
427: !                  Emin       Rmin 
428: !                  (kcal/mol) (A) 
429: H        0.0440    -0.0498    0.8000  
430: HC       0.0440    -0.0498    0.6000 ! charged group. Reduced vdw radius 
431: HA       0.1000    -0.0450    1.4680 
432: HT       0.0440    -0.0498    0.8000 !TIP3P water hydrogen, see NBFIX below 
433: ! 
434: C        1.65    -0.1200       2.100 1.65 -0.1 1.9 ! carbonyl carbon 
435: CH1E     1.35    -0.0486       2.365 1.35 -0.1 1.9 ! \ 
436: CH2E     1.77    -0.1142       2.235 1.77 -0.1 1.9 !  extended carbons 
437: CH3E     2.17    -0.1811       2.165 1.77 -0.1 1.9 ! / 
438: CR1E     1.35    -0.1200       2.100 1.35 -0.1 1.9 !  ring carbons 
439: C%       1.65    -0.0262       2.490 1.65 -0.1 1.9 ! includes CT and CM 
440: CR       1.65    -0.1200       2.100 1.65 -0.1 1.9 ! aromatic carbon,no Hs 
441: ! 
442: N*       1.1000    -0.2384    1.6000   ! includes N,NC2,NH1,NH2,NH3,NP,and NR 
443: ! 
444: O*       0.8400    -0.1591    1.6000   ! includes O, OH1, OM, and OS 
445: OC       2.1400    -0.6469    1.6000   
446: OT       0.8400    -0.1591    1.6000 !TIP3P water oxygen,   see NBFIX below 
447: OH2      0.0000    -0.0758    1.7398 !ST2   water oxygen 
448: ! 
449: LP       0.0000    -0.04598   0.2245 !ST2   lone pair 
450: FE       0.0100    0.000    0.6500 
451: S*       0.3400    -0.0430       1.890 ! includes S and SH1E 
452: ! 
453: !CM     0.000000  -0.0262     2.150  ! CO 3-point model. 
454: !OM     0.000000  -0.1591     1.750  ! CO 3-point model. 
455:  
456: NBFIX 
457: !                  Emin       Rmin 
458: !                  (kcal/mol) (A) 
459: ! 
460: !        We're gonna NBFIX the TIP3P water-water interactions 
461: !        here to make them more like Jorgensen's.  The vdW parameters 
462: !        specified above will be in effect, therefore, for ONLY 
463: !        protein (read, protein OR nucleic acid)-water interactions. 
464: !        OT-OT is exactly Jorgensen's; HT interactions are added 
465: !        here. 
466: ! 
467: OT   OT      -0.152073  3.5365  ! TIPS3P VDW INTERACTION 
468: HT   HT      -0.04598   0.4490 
469: HT   OT      -0.08363   1.9927 
470: ! 
471: !        All protein-protein NBFIXes removed 
472:  
473: ! 
474: HBOND AEXP 4 REXP 6 HAEX 0 AAEX 0   NOACCEPTORS  HBNOEXCLUSIONS  ALL  - 
475:    CUTHB 0.5 CTOFHB 5.0 CTONHB 4.0  CUTHA 90.0  CTOFHA 90.0  CTONHA 90.0 
476: ! 
477: N*+* N%      -0.0 3.0   ! dummy parameters 
478: N*+* O*      -0.00 2.9  !   
479: OH*  N%      -0.00 2.85 
480: OH*  O*      -0.00 2.75 
481: END 


r28029/param19_eef1+nh2.inp 2017-01-21 10:34:25.738250000 +0000 r28028/param19_eef1+nh2.inp 2017-01-21 10:34:28.538250000 +0000
  1: * - parameter file PARAM19 -  1: svn: E195012: Unable to find repository location for 'svn+ssh://svn.ch.private.cam.ac.uk/groups/wales/trunk/CHARMM35/toppar/eef1-related/param19_eef1+nh2.inp' in revision 28028
  2: * PEPTIDE GEOMETRY FROM RAMACHANDRAN ET AL BBA 359:298 (1974) 
  3: * TORSIONS FROM HAGLER ET AL JACS 98:4600 (1976) 
  4: * JORGENSEN NONBOND PARAMETERS JACS 103:3976-3985 WITH 1-4 RC=1.80/0.1 
  5: * 
  6:  
  7: !* - PEPTIDE GEOMETRY TO GIVE RAMACHANDRAN ET AL BBA 359:298 (1974) 
  8: !* - PEPTIDE TORSIONS FROM HAGLER ET AL JACS 98:4600 (1976) 
  9: !* - NONBONDED TERMS JORGENSEN JACS 103:3976 W/ RC1-4 = 1.80 EC1-4 = 0.1 
 10: !*  The default h-bond exponents are now 6-repul 4-attr 
 11: !* ++++++++ ATOMTYPE OS (IN METHYL ESTER) ADDED FOR CHARMM COURSE /LN ++++ 
 12: !* SOLVENT PARAMETERS: SUPPORTING ST2 AND MODIFIED TIP3P MODEL 
 13: !* Switched from Slater-Kirkwood to simple mixing rules - AB 
 14: !* Hbond parameters based on comparisons of dimer results with 
 15: !*   ab initio calculations. - WER  12/19/84 
 16: !* Grouping of atom types for VDW parameters - BRB 1/3/85 
 17: !* 
 18: ! T.Lazaridis: added CR type (same as C for all purposes other than solvation) 
 19:  
 20:  
 21: BOND 
 22: C    C      450.0       1.38!  FROM B. R. GELIN THESIS AMIDE AND DIPEPTIDES 
 23: C    CH1E   405.0       1.52!  EXCEPT WHERE NOTED.  CH1E,CH2E,CH3E, AND CT 
 24: C    CH2E   405.0       1.52!  ALL TREATED THE SAME. UREY BRADLEY TERMS ADDED 
 25: C    CH3E   405.0       1.52 
 26: C    CR1E   450.0       1.38 
 27: C    CT     405.0       1.53 
 28: C    N      471.0       1.33 
 29: C    NC2    400.0       1.33!  BOND LENGTH FROM PARMFIX9 FORCE K APROXIMATE 
 30: C    NH1    471.0       1.33 
 31: C    NH2    471.0       1.33 
 32: C    NP     471.0       1.33 
 33: C    NR     471.0       1.33 
 34: C    O      580.0       1.23 
 35: C    OC     580.0       1.23!  FORCE DECREASE AND LENGTH INCREASE FROM C O 
 36: C    OH1    450.0       1.38!  FROM PARMFIX9 (NO VALUE IN GELIN THESIS) 
 37: C    OS     292.0       1.43!  FROM DEP NORMAL MODE FIT 
 38: CR   CR     450.0       1.38!  FROM B. R. GELIN THESIS AMIDE AND DIPEPTIDES 
 39: CR   C      450.0       1.38!  FROM B. R. GELIN THESIS AMIDE AND DIPEPTIDES 
 40: CR   CH1E   405.0       1.52!  EXCEPT WHERE NOTED.  CH1E,CH2E,CH3E, AND CT 
 41: CR   CH2E   405.0       1.52!  ALL TREATED THE SAME. UREY BRADLEY TERMS ADDED 
 42: CR   CH3E   405.0       1.52 
 43: CR   CR1E   450.0       1.38 
 44: CR   CT     405.0       1.53 
 45: CR   N      471.0       1.33 
 46: CR   NC2    400.0       1.33!  BOND LENGTH FROM PARMFIX9 FORCE K APROXIMATE 
 47: CR   NH1    471.0       1.33 
 48: CR   NH2    471.0       1.33 
 49: CR   NP     471.0       1.33 
 50: CR   NR     471.0       1.33 
 51: CR   O      580.0       1.23 
 52: CR   OC     580.0       1.23!  FORCE DECREASE AND LENGTH INCREASE FROM C O 
 53: CR   OH1    450.0       1.38!  FROM PARMFIX9 (NO VALUE IN GELIN THESIS) 
 54: CR   OS     292.0       1.43!  FROM DEP NORMAL MODE FIT 
 55: CH1E CH1E   225.0       1.53 
 56: CH1E CH2E   225.0       1.52 
 57: CH1E CH3E   225.0       1.52 
 58: CH1E N      422.0       1.45 
 59: CH1E NH1    422.0       1.45 
 60: CH1E NH2    422.0       1.45 
 61: CH1E NH3    422.0       1.45 
 62: CH1E OH1    400.0       1.42!  FROM PARMFIX9 (NO VALUE IN GELIN THESIS) 
 63: CH2E CH2E   225.0       1.52 
 64: CH2E CH3E   225.0       1.54 
 65: CH2E CR1E   250.0       1.45!  FROM WARSHEL AND KARPLUS 1972 JACS 96:5612 
 66: CH2E N      422.0       1.45 
 67: CH2E NH1    422.0       1.45 
 68: CH2E NH2    422.0       1.45 
 69: CH2E NH3    422.0       1.45 
 70: CH2E OH1    400.0       1.42 
 71: CH2E S      450.0       1.81!  FROM PARMFIX9 
 72: CH2E SH1E   450.0       1.81 
 73: CH3E NH1    422.0       1.49 
 74: CH3E NR     422.0       1.49 ! FOR NETROPSIN 
 75: CH3E S      450.0       1.77!  FROM PARMFIX9 
 76: CH3E OS     292.0       1.38!  FROM DEP NORMAL MODE FIT 
 77: CM   OM    1115.0       1.128!  FROM CAUGHEY ET AL(1978),CARBON MONOXIDE 
 78: CR1E CR1E   450.0       1.38 
 79: CR1E NH1    450.0       1.305 
 80: CR1E NR     450.0       1.305 
 81: CT   CT     200.0       1.53 
 82: CT   N      422.0       1.45 
 83: CT   NC2    422.0       1.45 
 84: CT   NH1    422.0       1.45 
 85: CT   NH2    422.0       1.45 
 86: CT   NH3    422.0       1.45 
 87: CT   OH1    400.0       1.42 
 88: CT   S      450.0       1.81 
 89: FE   CM     258.0       1.79!   FROM KROEKER ET AL(JCP:72:4846) 
 90: FE   NP     500.0       2.09 
 91: FE   NR      65.0       1.98!   FROM NAGAI ET AL(1980) 
 92: FE   OM     250.0       1.8!    JUST A GUESS. 
 93: H    NH1    405.0       0.98!  GELIN AND IR STRETCH 3200 CM 1 
 94: H    NH2    405.0       0.98 
 95: H    OH1    450.0       0.96!  FROM IR STRETCH 3400 CM 1 
 96: H    OH2    450.0       1.00 ! from ST2 geometry 
 97: LP   OH2    450.0       0.80 ! ditto 
 98: H    H        0.0       1.6329931 ! from ST2 geometry (for SHAKE w/PARAM) 
 99: HT   OT     450.0       0.9572 ! from TIPS3P geometry 
100: HT   HT       0.0       1.5139 ! from TIPS3P geometry (for SHAKE w/PARAM) 
101: HA   C      350.0       1.08 
102: HA   CT     300.0       1.08 
103: HC   NC2    405.0       1.00 
104: HC   NH1    405.0       0.98 
105: HC   NH3    405.0       1.04 
106: OC   S      400.0       1.43 
107: OM   OM     600.0       1.23!   STRETCHING CONSTANT JUST A GUESS. 
108: S    S      500.0       2.02 
109: THETAS 
110: C    C    C       70.0     106.5!  FROM B. R. GELIN THESIS WITH HARMONIC 
111: CR   CR   CR      70.0     106.5!  FROM B. R. GELIN THESIS WITH HARMONIC 
112: C    C    CH2E    65.0     126.5!  PART OF F TERMS INCORPORATED. ATOMS 
113: CR   CR   CH2E    65.0     126.5!  PART OF F TERMS INCORPORATED. ATOMS 
114: C    C    CH3E    65.0     126.5!  WITH EXTENDED H COMPENSATED FOR LACK 
115: C    C    CR1E    70.0     122.5!  OF H ANGLES. 
116: CR   CR   CR1E    70.0     122.5!  OF H ANGLES. 
117: C    C    CT      70.0     126.5 
118: C    C    HA      40.0     120.0!  AMIDE PARAMETERS FIT BY LEAST SQUARES 
119: C    C    NH1     65.0     109.0!  TO N-METHYL ACETAMIDE VIBRATIONS. 
120: CR   CR   NH1     65.0     109.0!  TO N-METHYL ACETAMIDE VIBRATIONS. 
121: C    C    NP      65.0     112.5!  MINIMIZATION OF N-METHYL ACETAMIDE. 
122: C    C    NR      65.0     112.5 
123: C    C    OH1     65.0     119.0 
124: C    C    O       65.0     119.0 ! FOR NETROPSIN 
125: CH1E C    N       20.0     117.5 
126: CH1E C    NH1     20.0     117.5 
127: CH1E C    NH2     20.0     117.5 ! DAE added for CT2 group 
128: CH1E C    O       85.0     121.5 
129: CH1E C    OC      85.0     117.5 
130: CH1E C    OH1     85.0     120.0 
131: CH2E C    CR1E    70.0     121.5 
132: CH2E CR   CR1E    70.0     121.5 
133: CH2E C    N       20.0     117.5 
134: CH2E C    NH1     20.0     117.5 
135: CH2E CR   NH1     20.0     117.5 
136: CH2E C    NH2     20.0     117.5 
137: CH2E C    NC2     20.0     117.5 ! FOR NETROPSIN 
138: CH2E C    NR      60.0     116.0 
139: CH2E CR   NR      60.0     116.0 
140: CH2E C    O       85.0     121.6 
141: CH2E C    OC      85.0     118.5 
142: CH2E C    OH1     85.0     120.0 
143: CH3E C    N       20.0     117.5 
144: CH3E C    NH1     20.0     117.5 
145: CH3E C    O       85.0     121.5 
146: CR1E C    CR1E    65.0     120.5 
147: CR1E CR   CR1E    65.0     120.5 
148: CR1E C    NH1     65.0     110.5! USED ONLY IN HIS, NOT IT TRP 
149: CR1E CR   NH1     65.0     110.5! USED ONLY IN HIS, NOT IT TRP 
150: CR1E C    NP      65.0     122.5 
151: CR1E C    NR      65.0     122.5 
152: CR1E CR   NR      65.0     122.5 
153: CR1E C    OH1     65.0     119.0 
154: CT   C    N       20.0     117.5 
155: CT   C    NH1     20.0     117.5 
156: CT   C    NH2     20.0     117.5 
157: CT   C    O       85.0     121.5 
158: CT   C    OC      85.0     118.5 
159: CT   C    OH1     85.0     120.0 
160: HA   C    NH1     40.0     120.0 
161: HA   C    NH2     40.0     120.0 
162: HA   C    NR      40.0     120.0 
163: HA   C    O       85.0     121.5 
164: N    C    O       85.0     121.0 
165: NC2  C    NC2     70.0     120.0 
166: NC2  CR   NC2     70.0     120.0 
167: NC2  C    NH1     70.0     120.0 
168: NC2  CR   NH1     70.0     120.0 
169: NH1  C    NR      70.0     120.0 
170: NH1  C    O       65.0     121.0 
171: NH2  C    O       65.0     121.0 
172: O    C    OH1     85.0     120.0 
173: OC   C    OC      85.0     122.5 
174: OS   C    CH1E    70.0     125.3! FROM PARDNA10 
175: OS   C    CH2E    70.0     125.3!   - " - 
176: OS   C    O       70.0     120.0!   - " - 
177: C    CH1E CH1E    70.0     110.0 
178: C    CH1E CH2E    70.0     109.5 
179: C    CH1E CH3E    70.0     106.5 
180: C    CH1E N       45.0     111.6 
181: C    CH1E NH1     45.0     111.6 
182: C    CH1E NH2     45.0     111.6 
183: C    CH1E NH3     45.0     111.6 
184: CH1E CH1E CH2E    45.0     112.5 
185: CH1E CH1E CH3E    45.0     111.0 
186: CH1E CH1E NH1     50.0     110.0 
187: CH1E CH1E NH2     50.0     109.5 
188: CH1E CH1E NH3     50.0     107.5 
189: CH1E CH1E OH1     50.0     104.5 
190: CH2E CH1E CH3E    50.0     111.5 
191: CH2E CH1E N       65.0     104.0 
192: CH2E CH1E NH1     65.0     110.0 
193: CH2E CH1E NH2     65.0     110.0 
194: CH2E CH1E NH3     65.0     110.0 
195: CH3E CH1E CH3E    50.0     111.0 
196: CH3E CH1E NH1     65.0     108.5 
197: CH3E CH1E NH2     65.0     109.5 
198: CH3E CH1E NH3     65.0     109.5 
199: CH3E CH1E OH1     60.0     110.5 
200: C    CH2E CH1E    70.0     112.5 
201: CR   CH2E CH1E    70.0     112.5 
202: C    CH2E CH2E    70.0     113.0 
203: C    CH2E NH1     70.0     111.6 
204: C    CH2E NH2     70.0     111.6 
205: C    CH2E NH3     70.0     111.6 
206: CH1E CH2E CH1E    45.0     117.0 
207: CH1E CH2E CH2E    45.0     112.5 
208: CH1E CH2E CH3E    45.0     113.0 
209: CH1E CH2E OH1     45.0     111.0 
210: CH3E CH2E OH1     45.0     111.0 
211: CH1E CH2E S       50.0     112.5 
212: CH1E CH2E SH1E    50.0     112.5 
213: CH2E CH2E CH2E    45.0     110.0 
214: CH2E CH2E CH3E    45.0     111.0 
215: CH2E CH2E N       65.0     105.0 
216: CH2E CH2E NH1     65.0     111.0 
217: CH2E CH2E NH2     65.0     109.5 
218: CH2E CH2E NH3     65.0     110.5 
219: CH2E CH2E S       50.0     112.5 
220: C    CR1E C       90.0     126.5 
221: C    CR1E CH2E    90.0     122.0 
222: C    CR1E CR1E    90.0     119.0 
223: CR   CR1E CR1E    90.0     119.0 
224: C    CR1E NH1     90.0     109.5 
225: CR   CR1E NH1     90.0     109.5 
226: C    CR1E NR      90.0     106.5 
227: CR   CR1E NR      90.0     106.5 
228: CR1E CR1E CR1E    90.0     120.5 
229: NH1  CR1E NH1     70.0     109.0 
230: NH1  CR1E NR      70.0     109.0 
231: C    CT   CT      70.0     109.5 
232: C    CT   HA      70.0     109.5 
233: C    CT   N       70.0     111.6 
234: C    CT   NH1     70.0     111.6 
235: C    CT   NH2     70.0     111.6 
236: C    CT   NH3     70.0     111.6 
237: CT   CT   CT      45.0     111.00 
238: CT   CT   HA      40.0     109.50 
239: CT   CT   N       65.0     105.00 
240: CT   CT   NC2     65.0     110.00 
241: CT   CT   NH1     65.0     110.00 
242: CT   CT   NH2     65.0     110.00 
243: CT   CT   NH3     65.0     110.00 
244: CT   CT   OH1     50.0     109.50 
245: CT   CT   S       50.0     112.50 
246: HA   CT   HA      40.0     109.5 
247: HA   CT   N       50.0     109.5 
248: HA   CT   NC2     50.0     109.5 
249: HA   CT   NH1     50.0     109.5 
250: HA   CT   NH3     50.0     109.5 
251: HA   CT   OH1     50.0     109.5 
252: HA   CT   S       40.0     109.5 
253: FE   CM   OM       5.0      90.0!       FROM KROEKER ET AL(1980) 
254: C    N    CH1E    80.0     120.0 
255: C    N    CH2E    80.0     120.0 
256: C    N    CT      80.0     120.0 
257: CH1E N    CH2E    60.0     110.0 
258: CH1E N    CH3E    60.0     110.0 
259: CH2E N    CH3E    60.0     109.5 
260: CT   N    CT      60.0     110.0 
261: C    NC2  CT      80.0     120.0 
262: C    NC2  HC      35.0     120.0 
263: CR   NC2  HC      35.0     120.0 
264: CT   NC2  HC      35.0     120.0 
265: HC   NC2  HC      40.0     120.0 
266: C    NH1  C       60.0     102.5  ! UNUSED (AND PROBABLY WRONG) 
267: C    NH1  CH1E    77.5     120.0 
268: C    NH1  CH2E    77.5     120.0 
269: CR   NH1  CH2E    77.5     120.0 
270: C    NH1  CH3E    77.5     120.0 
271: C    NH1  CR1E    60.0     108.0 
272: CR   NH1  CR1E    60.0     108.0 
273: C    NH1  CT      80.0     120.0 
274: C    NH1  H       30.0     120.0 
275: CR   NH1  H       30.0     120.0 
276: CH1E NH1  CH3E    60.0     120.0 
277: CH1E NH1  H       35.0     120.0 
278: CH2E NH1  CH3E    60.0     120.0 
279: CH2E NH1  H       35.0     120.0 
280: CH3E NH1  H       35.0     120.0 
281: CR1E NH1  CR1E    65.0     110.0 
282: CR1E NH1  H       35.0     120.0 
283: CT   NH1  H       35.0     120.0 
284: C    NH2  H       30.0     120.0 
285: CH1E NH2  CH2E    60.0     120.0 
286: CH1E NH2  H       35.0     120.0 
287: CH2E NH2  H       35.0     120.0 
288: CT   NH2  H       35.0     120.0 
289: H    NH2  H       40.0     125.0 
290: C    NP   C       70.0     102.5 
291: C    NP   FE      50.0     128.0!  FORCE CONSTANT FROM PARMFIX9 
292: C    NR   C       70.0     102.5 
293: C    NR   CR1E    70.0     109.5 
294: CR   NR   CR1E    70.0     109.5 
295: CH3E NR   CR1E    70.0     109.5 ! FOR NETROPSIN 
296: CH3E NR   C       70.0     109.5 ! FOR NETROPSIN 
297: CR1E NR   CR1E    65.0     110.0 
298: CR1E NR   FE      30.0     124.8!  FORCE CONSTANT FROM PARMFIX9 
299: CH1E NH3  HC      35.0     109.5 
300: CH1E NH3  CH2E    35.0     109.5 
301: CH2E NH3  HC      35.0     109.5 
302: CT   NH3  HC      35.0     109.5 
303: HC   NH3  HC      40.0     109.5 
304: C    OH1  H       50.0     109.5 
305: CH1E OH1  H       35.0     109.5 
306: CH2E OH1  H       35.0     109.5 
307: CT   OH1  H       35.0     109.5 
308: H    OH2  H       55.0     109.47122 ! TETRAHEDRAL FOR ST2'S 
309: H    OH2  LP      55.0     109.47122 ! TETRAHEDRAL FOR ST2'S 
310: LP   OH2  LP      55.0     109.47122 ! TETRAHEDRAL FOR ST2'S 
311: FE   OM   OM       0.0     180.0!  DUMMY PARAMETER FOR PATCH AND ANALYSIS. 
312: C    OS   CH3E    46.5     120.5!   FROM PARDNA10 
313: HT   OT   HT      55.0     104.52    ! FROM TIPS3P GEOMETRY 
314: CH2E S    CH3E    50.0      99.5! FROM PARMFIX9, CHECK WITH IR 
315: CH2E S    S       50.0     104.2 
316: CT   S    CT      50.0      99.5!  FORCE CONSTANTS FROM PARMFIX9 
317: CT   S    S       50.0     104.2 
318: OC   S    OC      85.0     109.5! FORCE CONSTANT JST A GUESS. 
319: NP   FE   CM      5.0       90.0 
320: NP   FE   NP      50.0      90.0 
321: NP   FE   NR      5.0      115.0 
322: NP   FE   OM      5.0       90.0! JUST A GUESS FROM EXISTING FE CM DATA 
323: !NR   FE   CM      5.0      180.0 
324: !NR   FE   OM      5.0      180.0! JUST A GUESS FROM EXISTING FE CM DATA 
325: PHI 
326: CH1E C    N    CH1E    10.0       2     180.0! PRO ISOM. BARRIER 20 KCAL/MOL. 
327: CH2E C    N    CH1E    10.0       2     180.0 
328: CR1E C    C    CR1E     5.0       2     180.0! => TRP OOP. VIB 170CM 1 
329: CR1E CR   CR   CR1E     5.0       2     180.0! => TRP OOP. VIB 170CM 1 
330: CR1E C    C    C        2.5       2     180.0! SEE BEHLEN ET AL JCP 75:5685 81 
331: CR1E CR   CR   CR       2.5       2     180.0! SEE BEHLEN ET AL JCP 75:5685 81 
332: CR1E C    C    NH1      2.5       2     180.0 
333: CR1E CR   CR   NH1      2.5       2     180.0 
334: X    C    CH1E X        0.0       3       0.0! FROM GELIN THESIS AMIDES 
335: X    C    CH2E X        0.0       3       0.0! USING A SINGLE 
336: X    CR   CH2E X        0.0       3       0.0! USING A SINGLE 
337: X    C    CR1E X       10.0       2     180.0! DIHEDRAL PER BOND RATHER 
338: X    C    CT   X        0.0       3       0.0! THAN MULTIPLE TORSIONS. 
339: X    C    N    X        8.2       2     180.0! ALKANE TORSION REDUCED TO 
340: X    C    NC2  X        8.2       2     180.0! 1.6 FROM 1.8 TO COINCIDE WITH 
341: X    CR   NC2  X        8.2       2     180.0! 1.6 FROM 1.8 TO COINCIDE WITH 
342: X    C    NH1  X        8.2       2     180.0! THE EXPERIMENTAL BARRIER. 
343: X    CR   NH1  X        8.2       2     180.0! THE EXPERIMENTAL BARRIER. 
344: X    C    NH2  X        8.2       2     180.0 
345: X    C    OH1  X        1.8       2     180.0 
346: X    C    OS   X        1.8       2     180.0 ! INFERRED FROM C-OH1 
347: X    CH1E CH1E X        1.6       3       0.0 
348: X    CH1E CH2E X        1.6       3       0.0 
349: X    CH1E N    X        0.3       3       0.0! FROM HAGLER ET AL TABULATION OF 
350: X    CH1E NH1  X        0.3       3       0.0! EXP. DATA AND 6 31G CALC. 
351: X    CH1E NH2  X        1.8       3       0.0! PROTONATED SECONDARY AMINE 
352: X    CH1E NH3  X        0.6       3       0.0! 1/PROTON SO 3 FOR THE BOND 
353: X    CH1E OH1  X        0.5       3       0.0! CHANGED TO ROUGHLY MEOH 
354: X    CH2E CH2E X        1.6       3       0.0 
355: X    CH2E N    X        0.3       3       0.0! SEE CH1E COMMENTS 
356: X    CH2E NH1  X        0.3       3       0.0 
357: X    CH2E NH2  X        0.6       3       0.0 
358: X    CH2E NH3  X        0.6       3       0.0 
359: X    CH2E OH1  X        0.5       3       0.0 
360: X    CH2E S    X        1.2       2       0.0 
361: X    CT   CT   X        1.6       3       0.0 
362: X    CT   N    X        0.3       3       0.0! SEE CH1E COMMENTS 
363: X    CT   NC2  X        0.3       3       0.0 
364: X    CT   NH1  X        0.3       3       0.0 
365: X    CT   NH2  X        0.6       3       0.0 
366: X    CT   NH3  X        0.6       3       0.0 
367: X    CT   OH1  X        0.5       3       0.0 
368: X    CT   S    X        1.2       2       0.0 
369: X    FE   NR   X        0.05      4       0.0 
370: X    FE   CM   X        0.05      4       0.0 
371: X    FE   OM   X        0.00      4       0.0 
372: X    S    S    X        4.0       2       0.0! FROM EXP. NMR BARRIER 
373: IMPHI 
374: C    C    CR1E CH2E    90.0    0     0.0! GIVE 220 CM 1 METHYL OOP FOR TOLUENE. 
375: C    CR1E C    CH2E    90.0    0     0.0! USED HERE FOR TRP CG OUT OF PLANE 
376: CR   CR1E CR   CH2E    90.0    0     0.0! USED HERE FOR TRP CG OUT OF PLANE 
377: C    CR1E CR1E CH2E    90.0    0     0.0!               PHE, AND TYR CG OOP 
378: C    CR1E NH1  CH2E    90.0    0     0.0!               HIS CG RING OOP 
379: C    NH1  CR1E CH2E    90.0    0     0.0! 
380: C    CR1E CR1E OH1    150.0    0     0.0! GIVE 249 CM 1 PHENOL OH OOP. 
381: C    H    H    NH2     45.0    0     0.0! PRIMARY AMIDES (ASN AND GLN) OOP 
382: C    OC   OC   CH1E   100.0    0     0.0! CARBOXYL OUT OF PLANE. 
383: C    OC   OC   CH2E   100.0    0     0.0! 
384: C    X    X    C       25.0    0     0.0! FROM BENZENE NORMAL MODE ANALYSIS 
385: CR   X    X    CR      25.0    0     0.0! FROM BENZENE NORMAL MODE ANALYSIS 
386: CR   X    X    C       25.0    0     0.0! FROM BENZENE NORMAL MODE ANALYSIS 
387: C    X    X    CH2E    90.0    0     0.0! FROM TOLUENE METHYL OOP. 217 CM 1 
388: CR   X    X    CH2E    90.0    0     0.0! FROM TOLUENE METHYL OOP. 217 CM 1 
389: C    X    X    CH3E    90.0    0     0.0 
390: C    X    X    CR1E    25.0    0     0.0 
391: CR   X    X    CR1E    25.0    0     0.0 
392: C    X    X    H       75.0    0     0.0! FROM BENZENE NORMAL MODE ANALYSIS 
393: C    X    X    HA      75.0    0     0.0! 
394: C    X    X    NH1    100.0    0     0.0! AMIDES FIT TO N METHYL ACETAMIDE. 
395: CR   X    X    NH1    100.0    0     0.0! AMIDES FIT TO N METHYL ACETAMIDE. 
396: C    X    X    O      100.0    0     0.0 
397: C    X    X    OC     100.0    0     0.0 
398: C    X    X    OH1    150.0    0     0.0! USED FOR TYR HYDROXYL OOP 
399: CH1E X    X    CH1E    55.0    0   35.26439! CALCULATED TO  BE THE SAME AS THE 3 
400: CH1E X    X    CH2E    55.0    0   35.26439! H CH1E X ANGLES WITH K=40 
401: CH1E X    X    CH3E    55.0    0   35.26439 
402: CR1E X    X    CR1E    25.0    0     0.0! EXTENDED ATOM VERSION OF BENZENE 
403: CR1E X    X    NH1     25.0    0     0.0! SAME AS ABOVE FOR LACK OF VALUES 
404: FE   X    X    NP      20.0    0     0.0! FROM PARMFIX9 
405: H    X    X    O       45.0    0     0.0 
406: N    CH1E CH2E C       45.0    0     0.0! PROLINE NITROGENS 
407: N    X    X    CH2E    45.0    0     0.0 
408: N    X    X    CT      45.0    0     0.0 
409: NC2  X    X    CT      45.0    0     0.0 
410: NC2  X    X    HC      45.0    0     0.0 
411: NH1  X    X    CH1E    45.0    0     0.0 
412: NH1  X    X    CH2E    45.0    0     0.0 
413: NH1  X    X    CH3E    45.0    0     0.0 
414: NH1  X    X    CT      45.0    0     0.0 
415: NH1  X    X    H       45.0    0     0.0! AMIDES PROTON OOP 
416: NH1  X    X    NH1     25.0    0     0.0!  
417: NH1  X    X    NR      25.0    0     0.0 
418: NH2  X    X    H       45.0    0     0.0 
419: NR   X    X    C       25.0    0     0.0 
420: NR   X    X    CR      25.0    0     0.0 
421: NR   X    X    CR1E    25.0    0     0.0 
422: NR   X    X    CT      25.0    0     0.0 
423: NR   X    X    CH3E    25.0    0     0.0 ! FOR NETROPSIN 
424: ! 
425: NONBONDED  NBXMOD 5  ATOM CDIEL SWITCH VATOM VDISTANCE VSWITCH - 
426:      CUTNB 16.0  CTOFNB 15.0  CTONNB 11.  EPS 1.0  E14FAC 0.4  WMIN 1.5 
427: ! 
428: !                  Emin       Rmin 
429: !                  (kcal/mol) (A) 
430: H        0.0440    -0.0498    0.8000  
431: HC       0.0440    -0.0498    0.6000 ! charged group. Reduced vdw radius 
432: HA       0.1000    -0.0450    1.4680 
433: HT       0.0440    -0.0498    0.8000 !TIP3P water hydrogen, see NBFIX below 
434: ! 
435: C        1.65    -0.1200       2.100 1.65 -0.1 1.9 ! carbonyl carbon 
436: CH1E     1.35    -0.0486       2.365 1.35 -0.1 1.9 ! \ 
437: CH2E     1.77    -0.1142       2.235 1.77 -0.1 1.9 !  extended carbons 
438: CH3E     2.17    -0.1811       2.165 1.77 -0.1 1.9 ! / 
439: CR1E     1.35    -0.1200       2.100 1.35 -0.1 1.9 !  ring carbons 
440: C%       1.65    -0.0262       2.490 1.65 -0.1 1.9 ! includes CT and CM 
441: CR       1.65    -0.1200       2.100 1.65 -0.1 1.9 ! aromatic carbon,no Hs 
442: ! 
443: N*       1.1000    -0.2384    1.6000   ! includes N,NC2,NH1,NH2,NH3,NP,and NR 
444: ! 
445: O*       0.8400    -0.1591    1.6000   ! includes O, OH1, OM, and OS 
446: OC       2.1400    -0.6469    1.6000   
447: OT       0.8400    -0.1591    1.6000 !TIP3P water oxygen,   see NBFIX below 
448: OH2      0.0000    -0.0758    1.7398 !ST2   water oxygen 
449: ! 
450: LP       0.0000    -0.04598   0.2245 !ST2   lone pair 
451: FE       0.0100    0.000    0.6500 
452: S*       0.3400    -0.0430       1.890 ! includes S and SH1E 
453: ! 
454: !CM     0.000000  -0.0262     2.150  ! CO 3-point model. 
455: !OM     0.000000  -0.1591     1.750  ! CO 3-point model. 
456:  
457: NBFIX 
458: !                  Emin       Rmin 
459: !                  (kcal/mol) (A) 
460: ! 
461: !        We're gonna NBFIX the TIP3P water-water interactions 
462: !        here to make them more like Jorgensen's.  The vdW parameters 
463: !        specified above will be in effect, therefore, for ONLY 
464: !        protein (read, protein OR nucleic acid)-water interactions. 
465: !        OT-OT is exactly Jorgensen's; HT interactions are added 
466: !        here. 
467: ! 
468: OT   OT      -0.152073  3.5365  ! TIPS3P VDW INTERACTION 
469: HT   HT      -0.04598   0.4490 
470: HT   OT      -0.08363   1.9927 
471: ! 
472: !        All protein-protein NBFIXes removed 
473:  
474: ! 
475: HBOND AEXP 4 REXP 6 HAEX 0 AAEX 0   NOACCEPTORS  HBNOEXCLUSIONS  ALL  - 
476:    CUTHB 0.5 CTOFHB 5.0 CTONHB 4.0  CUTHA 90.0  CTOFHA 90.0  CTONHA 90.0 
477: ! 
478: N*+* N%      -0.0 3.0   ! dummy parameters 
479: N*+* O*      -0.00 2.9  !   
480: OH*  N%      -0.00 2.85 
481: OH*  O*      -0.00 2.75 
482: END 


r28029/param19_eef1_perm.inp 2017-01-21 10:34:26.646250000 +0000 r28028/param19_eef1_perm.inp 2017-01-21 10:34:29.646250000 +0000
  1: * - parameter file PARAM19 -  1: svn: E195012: Unable to find repository location for 'svn+ssh://svn.ch.private.cam.ac.uk/groups/wales/trunk/CHARMM35/toppar/eef1-related/param19_eef1_perm.inp' in revision 28028
  2: * S Trygubenko: ASN, GLN and TYR dihedrals and CTER improper were  
  3: * symmetrized to ensure that rotamers of these residues have the same  
  4: * energies and geometries. Visit http://www.trygub.com/charmm/rotamers/  
  5: * for more information. Unsupported. Use this file at your own risk.  
  6: * Modifications are marked with SAT and DAE. 
  7: * - 
  8: * PEPTIDE GEOMETRY FROM RAMACHANDRAN ET AL BBA 359:298 (1974) 
  9: * TORSIONS FROM HAGLER ET AL JACS 98:4600 (1976) 
 10: * JORGENSEN NONBOND PARAMETERS JACS 103:3976-3985 WITH 1-4 RC=1.80/0.1 
 11: * 
 12:  
 13: !* - PEPTIDE GEOMETRY TO GIVE RAMACHANDRAN ET AL BBA 359:298 (1974) 
 14: !* - PEPTIDE TORSIONS FROM HAGLER ET AL JACS 98:4600 (1976) 
 15: !* - NONBONDED TERMS JORGENSEN JACS 103:3976 W/ RC1-4 = 1.80 EC1-4 = 0.1 
 16: !*  The default h-bond exponents are now 6-repul 4-attr 
 17: !* ++++++++ ATOMTYPE OS (IN METHYL ESTER) ADDED FOR CHARMM COURSE /LN ++++ 
 18: !* SOLVENT PARAMETERS: SUPPORTING ST2 AND MODIFIED TIP3P MODEL 
 19: !* Switched from Slater-Kirkwood to simple mixing rules - AB 
 20: !* Hbond parameters based on comparisons of dimer results with 
 21: !*   ab initio calculations. - WER  12/19/84 
 22: !* Grouping of atom types for VDW parameters - BRB 1/3/85 
 23: !* 
 24: ! T.Lazaridis: added CR type (same as C for all purposes other than solvation) 
 25:  
 26:  
 27: BOND 
 28: C    C      450.0       1.38!  FROM B. R. GELIN THESIS AMIDE AND DIPEPTIDES 
 29: C    CH1E   405.0       1.52!  EXCEPT WHERE NOTED.  CH1E,CH2E,CH3E, AND CT 
 30: C    CH2E   405.0       1.52!  ALL TREATED THE SAME. UREY BRADLEY TERMS ADDED 
 31: C    CH3E   405.0       1.52 
 32: C    CR1E   450.0       1.38 
 33: C    CT     405.0       1.53 
 34: C    N      471.0       1.33 
 35: C    NC2    400.0       1.33!  BOND LENGTH FROM PARMFIX9 FORCE K APROXIMATE 
 36: C    NH1    471.0       1.33 
 37: C    NH2    471.0       1.33 
 38: C    NP     471.0       1.33 
 39: C    NR     471.0       1.33 
 40: C    O      580.0       1.23 
 41: C    OC     580.0       1.23!  FORCE DECREASE AND LENGTH INCREASE FROM C O 
 42: C    OH1    450.0       1.38!  FROM PARMFIX9 (NO VALUE IN GELIN THESIS) 
 43: C    OS     292.0       1.43!  FROM DEP NORMAL MODE FIT 
 44: CR   CR     450.0       1.38!  FROM B. R. GELIN THESIS AMIDE AND DIPEPTIDES 
 45: CR   C      450.0       1.38!  FROM B. R. GELIN THESIS AMIDE AND DIPEPTIDES 
 46: CR   CH1E   405.0       1.52!  EXCEPT WHERE NOTED.  CH1E,CH2E,CH3E, AND CT 
 47: CR   CH2E   405.0       1.52!  ALL TREATED THE SAME. UREY BRADLEY TERMS ADDED 
 48: CR   CH3E   405.0       1.52 
 49: CR   CR1E   450.0       1.38 
 50: CRN  CR1E   450.0       1.38! CRN=ring C-atom bound to amine-N 
 51: CR   CT     405.0       1.53 
 52: CR   N      471.0       1.33 
 53: CR   NC2    400.0       1.33!  BOND LENGTH FROM PARMFIX9 FORCE K APROXIMATE 
 54: CR   NH1    471.0       1.33 
 55: CRN  NH1    400.0       1.36! bs360: added for NIT, parameters estimated 
 56: CR   NH2    471.0       1.33 
 57: CR   NP     471.0       1.33 
 58: CR   NR     471.0       1.33 
 59: CR   O      580.0       1.23 
 60: CR   OC     580.0       1.23!  FORCE DECREASE AND LENGTH INCREASE FROM C O 
 61: CR   OH1    450.0       1.38!  FROM PARMFIX9 (NO VALUE IN GELIN THESIS) 
 62: CR   OS     292.0       1.43!  FROM DEP NORMAL MODE FIT 
 63: CH1E CH1E   225.0       1.53 
 64: CH1E CH2E   225.0       1.52 
 65: CH1E CH3E   225.0       1.52 
 66: CH1E N      422.0       1.45 
 67: CH1E NH1    422.0       1.45 
 68: CH1E NH2    422.0       1.45 
 69: CH1E NH3    422.0       1.45 
 70: CH1E OH1    400.0       1.42!  FROM PARMFIX9 (NO VALUE IN GELIN THESIS) 
 71: CH2E CH2E   225.0       1.52 
 72: CH2E CH3E   225.0       1.54 
 73: CH2E CR1E   250.0       1.45!  FROM WARSHEL AND KARPLUS 1972 JACS 96:5612 
 74: CH2E N      422.0       1.45 
 75: CH2E NH1    422.0       1.45 
 76: CH2E NH2    422.0       1.45 
 77: CH2E NH3    422.0       1.45 
 78: CH2E OH1    400.0       1.42 
 79: CH2E S      450.0       1.81!  FROM PARMFIX9 
 80: CH2E SH1E   450.0       1.81 
 81: CH3E NH1    422.0       1.49 
 82: CH3E NR     422.0       1.49 ! FOR NETROPSIN 
 83: CH3E S      450.0       1.77!  FROM PARMFIX9 
 84: CH3E OS     292.0       1.38!  FROM DEP NORMAL MODE FIT 
 85: CM   OM    1115.0       1.128!  FROM CAUGHEY ET AL(1978),CARBON MONOXIDE 
 86: CR1E CR1E   450.0       1.38 
 87: CR1E NH1    450.0       1.305 
 88: CR1E NR     450.0       1.305 
 89: CT   CT     200.0       1.53 
 90: CT   N      422.0       1.45 
 91: CT   NC2    422.0       1.45 
 92: CT   NH1    422.0       1.45 
 93: CT   NH2    422.0       1.45 
 94: CT   NH3    422.0       1.45 
 95: CT   OH1    400.0       1.42 
 96: CT   S      450.0       1.81 
 97: FE   CM     258.0       1.79!   FROM KROEKER ET AL(JCP:72:4846) 
 98: FE   NP     500.0       2.09 
 99: FE   NR      65.0       1.98!   FROM NAGAI ET AL(1980) 
100: FE   OM     250.0       1.8!    JUST A GUESS. 
101: H    NH1    405.0       0.98!  GELIN AND IR STRETCH 3200 CM 1 
102: H    NH2    405.0       0.98 
103: H    OH1    450.0       0.96!  FROM IR STRETCH 3400 CM 1 
104: H    OH2    450.0       1.00 ! from ST2 geometry 
105: LP   OH2    450.0       0.80 ! ditto 
106: H    H        0.0       1.6329931 ! from ST2 geometry (for SHAKE w/PARAM) 
107: HT   OT     450.0       0.9572 ! from TIPS3P geometry 
108: HT   HT       0.0       1.5139 ! from TIPS3P geometry (for SHAKE w/PARAM) 
109: HA   C      350.0       1.08 
110: HA   CT     300.0       1.08 
111: HC   NC2    405.0       1.00 
112: HC   NH1    405.0       0.98 
113: HC   NH3    405.0       1.04 
114: OC   S      400.0       1.43 
115: OM   OM     600.0       1.23!   STRETCHING CONSTANT JUST A GUESS. 
116: S    S      500.0       2.02 
117: CR   NO2    400.0       1.460! bs360: added for NIT (J.Comp.Chem.22,1340(2001)) 
118: NO2  OC     550.0       1.225! bs360: added for NIT (J.Comp.Chem.22,1340(2001)) 
119:  
120: THETAS 
121: C    C    C       70.0     106.5!  FROM B. R. GELIN THESIS WITH HARMONIC 
122: CR   CR   CR      70.0     106.5!  FROM B. R. GELIN THESIS WITH HARMONIC 
123: C    C    CH2E    65.0     126.5!  PART OF F TERMS INCORPORATED. ATOMS 
124: CR   CR   CH2E    65.0     126.5!  PART OF F TERMS INCORPORATED. ATOMS 
125: C    C    CH3E    65.0     126.5!  WITH EXTENDED H COMPENSATED FOR LACK 
126: C    C    CR1E    70.0     122.5!  OF H ANGLES. 
127: CR   CR   CR1E    70.0     122.5!  OF H ANGLES. 
128: C    C    CT      70.0     126.5 
129: C    C    HA      40.0     120.0!  AMIDE PARAMETERS FIT BY LEAST SQUARES 
130: C    C    NH1     65.0     109.0!  TO N-METHYL ACETAMIDE VIBRATIONS. 
131: CR   CR   NH1     65.0     109.0!  TO N-METHYL ACETAMIDE VIBRATIONS. 
132: C    C    NP      65.0     112.5!  MINIMIZATION OF N-METHYL ACETAMIDE. 
133: C    C    NR      65.0     112.5 
134: C    C    OH1     65.0     119.0 
135: C    C    O       65.0     119.0 ! FOR NETROPSIN 
136: CH1E C    N       20.0     117.5 
137: CH1E C    NH1     20.0     117.5 
138: CH1E C    NH2     20.0     117.5 
139: CH1E C    O       85.0     121.5 
140: CH1E C    OC      85.0     117.5 
141: CH1E C    OH1     85.0     120.0 
142: CH2E C    CR1E    70.0     121.5 
143: CH2E CR   CR1E    70.0     121.5 
144: NH1  CRN  CR1E    70.0     121.5! bs360: added for NIT 
145: CH2E C    N       20.0     117.5 
146: CH2E C    NH1     20.0     117.5 
147: CH2E CR   NH1     20.0     117.5 
148: CH2E C    NH2     20.0     117.5 
149: CH2E C    NC2     20.0     117.5 ! FOR NETROPSIN 
150: CH2E C    NR      60.0     116.0 
151: CH2E CR   NR      60.0     116.0 
152: CH2E C    O       85.0     121.6 
153: CH2E C    OC      85.0     118.5 
154: CH2E C    OH1     85.0     120.0 
155: CH3E C    N       20.0     117.5 
156: CH3E C    NH1     20.0     117.5 
157: CH3E C    O       85.0     121.5 
158: CR1E C    CR1E    65.0     120.5 
159: CR1E CR   CR1E    65.0     120.5 
160: CR1E CRN  CR1E    65.0     120.5 
161: CR1E C    NH1     65.0     110.5! USED ONLY IN HIS, NOT IN TRP 
162: CR1E CR   NH1     65.0     110.5! USED ONLY IN HIS, NOT IN TRP 
163: CR1E C    NP      65.0     122.5 
164: CR1E C    NR      65.0     122.5 
165: CR1E CR   NR      65.0     122.5 
166: CR1E C    OH1     65.0     119.0 
167: CT   C    N       20.0     117.5 
168: CT   C    NH1     20.0     117.5 
169: CT   C    NH2     20.0     117.5 
170: CT   C    O       85.0     121.5 
171: CT   C    OC      85.0     118.5 
172: CT   C    OH1     85.0     120.0 
173: HA   C    NH1     40.0     120.0 
174: HA   C    NH2     40.0     120.0 
175: HA   C    NR      40.0     120.0 
176: HA   C    O       85.0     121.5 
177: N    C    O       85.0     121.0 
178: NC2  C    NC2     70.0     120.0 
179: NC2  CR   NC2     70.0     120.0 
180: NC2  C    NH1     70.0     120.0 
181: NC2  CR   NH1     70.0     120.0 
182: NH1  C    NR      70.0     120.0 
183: NH1  C    O       65.0     121.0 
184: NH2  C    O       65.0     121.0 
185: O    C    OH1     85.0     120.0 
186: OC   C    OC      85.0     122.5 
187: OS   C    CH1E    70.0     125.3! FROM PARDNA10 
188: OS   C    CH2E    70.0     125.3!   - " - 
189: OS   C    O       70.0     120.0!   - " - 
190: C    CH1E CH1E    70.0     110.0 
191: C    CH1E CH2E    70.0     109.5 
192: C    CH1E CH3E    70.0     106.5 
193: C    CH1E N       45.0     111.6 
194: C    CH1E NH1     45.0     111.6 
195: C    CH1E NH2     45.0     111.6 
196: C    CH1E NH3     45.0     111.6 
197: CH1E CH1E CH2E    45.0     112.5 
198: CH1E CH1E CH3E    45.0     111.0 
199: CH1E CH1E NH1     50.0     110.0 
200: CH1E CH1E NH2     50.0     109.5 
201: CH1E CH1E NH3     50.0     107.5 
202: CH1E CH1E OH1     50.0     104.5 
203: CH2E CH1E CH3E    50.0     111.5 
204: CH2E CH1E N       65.0     104.0 
205: CH2E CH1E NH1     65.0     110.0 
206: CH2E CH1E NH2     65.0     110.0 
207: CH2E CH1E NH3     65.0     110.0 
208: CH3E CH1E CH3E    50.0     111.0 
209: CH3E CH1E NH1     65.0     108.5 
210: CH3E CH1E NH2     65.0     109.5 
211: CH3E CH1E NH3     65.0     109.5 
212: CH3E CH1E OH1     60.0     110.5 
213: C    CH2E CH1E    70.0     112.5 
214: CR   CH2E CH1E    70.0     112.5 
215: C    CH2E CH2E    70.0     113.0 
216: C    CH2E NH1     70.0     111.6 
217: C    CH2E NH2     70.0     111.6 
218: C    CH2E NH3     70.0     111.6 
219: CH1E CH2E CH1E    45.0     117.0 
220: CH1E CH2E CH2E    45.0     112.5 
221: CH1E CH2E CH3E    45.0     113.0 
222: CH1E CH2E OH1     45.0     111.0 
223: CH3E CH2E OH1     45.0     111.0 
224: CH1E CH2E S       50.0     112.5 
225: CH1E CH2E SH1E    50.0     112.5 
226: CH2E CH2E CH2E    45.0     110.0 
227: CH2E CH2E CH3E    45.0     111.0 
228: CH2E CH2E N       65.0     105.0 
229: CH2E CH2E NH1     65.0     111.0 
230: CH2E CH2E NH2     65.0     109.5 
231: CH2E CH2E NH3     65.0     110.5 
232: CH2E CH2E S       50.0     112.5 
233: C    CR1E C       90.0     126.5 
234: C    CR1E CH2E    90.0     122.0 
235: C    CR1E CR1E    90.0     119.0 
236: CR   CR1E CR1E    90.0     119.0 
237: CRN  CR1E CR1E    90.0     119.0 
238: C    CR1E NH1     90.0     109.5 
239: CR   CR1E NH1     90.0     109.5 
240: C    CR1E NR      90.0     106.5 
241: CR   CR1E NR      90.0     106.5 
242: CR1E CR1E CR1E    90.0     120.5 
243: NH1  CR1E NH1     70.0     109.0 
244: NH1  CR1E NR      70.0     109.0 
245: C    CT   CT      70.0     109.5 
246: C    CT   HA      70.0     109.5 
247: C    CT   N       70.0     111.6 
248: C    CT   NH1     70.0     111.6 
249: C    CT   NH2     70.0     111.6 
250: C    CT   NH3     70.0     111.6 
251: CT   CT   CT      45.0     111.00 
252: CT   CT   HA      40.0     109.50 
253: CT   CT   N       65.0     105.00 
254: CT   CT   NC2     65.0     110.00 
255: CT   CT   NH1     65.0     110.00 
256: CT   CT   NH2     65.0     110.00 
257: CT   CT   NH3     65.0     110.00 
258: CT   CT   OH1     50.0     109.50 
259: CT   CT   S       50.0     112.50 
260: HA   CT   HA      40.0     109.5 
261: HA   CT   N       50.0     109.5 
262: HA   CT   NC2     50.0     109.5 
263: HA   CT   NH1     50.0     109.5 
264: HA   CT   NH3     50.0     109.5 
265: HA   CT   OH1     50.0     109.5 
266: HA   CT   S       40.0     109.5 
267: FE   CM   OM       5.0      90.0!       FROM KROEKER ET AL(1980) 
268: C    N    CH1E    80.0     120.0 
269: C    N    CH2E    80.0     120.0 
270: C    N    CT      80.0     120.0 
271: CH1E N    CH2E    60.0     110.0 
272: CH1E N    CH3E    60.0     110.0 
273: CH2E N    CH3E    60.0     109.5 
274: CT   N    CT      60.0     110.0 
275: C    NC2  CT      80.0     120.0 
276: C    NC2  HC      35.0     120.0 
277: CR   NC2  HC      35.0     120.0 
278: CT   NC2  HC      35.0     120.0 
279: HC   NC2  HC      40.0     120.0 
280: C    NH1  C       60.0     102.5  ! UNUSED (AND PROBABLY WRONG) 
281: C    NH1  CH1E    77.5     120.0 
282: C    NH1  CRN     77.5     120.0 ! bs360: added for NIT 
283: C    NH1  CH2E    77.5     120.0 
284: CR   NH1  CH2E    77.5     120.0 
285: C    NH1  CH3E    77.5     120.0 
286: C    NH1  CR1E    60.0     108.0 
287: CR   NH1  CR1E    60.0     108.0 
288: C    NH1  CT      80.0     120.0 
289: C    NH1  H       30.0     120.0 
290: CR   NH1  H       30.0     120.0 
291: CH1E NH1  CH3E    60.0     120.0 
292: CH1E NH1  H       35.0     120.0 
293: CRN  NH1  H       35.0     120.0 ! bs360: added for NIT 
294: CH2E NH1  CH3E    60.0     120.0 
295: CH2E NH1  H       35.0     120.0 
296: CH3E NH1  H       35.0     120.0 
297: CR1E NH1  CR1E    65.0     110.0 
298: CR1E NH1  H       35.0     120.0 
299: CT   NH1  H       35.0     120.0 
300: C    NH2  H       30.0     120.0 
301: CH1E NH2  CH2E    60.0     120.0 
302: CH1E NH2  H       35.0     120.0 
303: CH2E NH2  H       35.0     120.0 
304: CT   NH2  H       35.0     120.0 
305: H    NH2  H       40.0     125.0 
306: C    NP   C       70.0     102.5 
307: C    NP   FE      50.0     128.0!  FORCE CONSTANT FROM PARMFIX9 
308: C    NR   C       70.0     102.5 
309: C    NR   CR1E    70.0     109.5 
310: CR   NR   CR1E    70.0     109.5 
311: CH3E NR   CR1E    70.0     109.5 ! FOR NETROPSIN 
312: CH3E NR   C       70.0     109.5 ! FOR NETROPSIN 
313: CR1E NR   CR1E    65.0     110.0 
314: CR1E NR   FE      30.0     124.8!  FORCE CONSTANT FROM PARMFIX9 
315: CH1E NH3  HC      35.0     109.5 
316: CH1E NH3  CH2E    35.0     109.5 
317: CH2E NH3  HC      35.0     109.5 
318: CT   NH3  HC      35.0     109.5 
319: HC   NH3  HC      40.0     109.5 
320: C    OH1  H       50.0     109.5 
321: CH1E OH1  H       35.0     109.5 
322: CH2E OH1  H       35.0     109.5 
323: CT   OH1  H       35.0     109.5 
324: H    OH2  H       55.0     109.47122 ! TETRAHEDRAL FOR ST2'S 
325: H    OH2  LP      55.0     109.47122 ! TETRAHEDRAL FOR ST2'S 
326: LP   OH2  LP      55.0     109.47122 ! TETRAHEDRAL FOR ST2'S 
327: FE   OM   OM       0.0     180.0!  DUMMY PARAMETER FOR PATCH AND ANALYSIS. 
328: C    OS   CH3E    46.5     120.5!   FROM PARDNA10 
329: HT   OT   HT      55.0     104.52    ! FROM TIPS3P GEOMETRY 
330: CH2E S    CH3E    50.0      99.5! FROM PARMFIX9, CHECK WITH IR 
331: CH2E S    S       50.0     104.2 
332: CT   S    CT      50.0      99.5!  FORCE CONSTANTS FROM PARMFIX9 
333: CT   S    S       50.0     104.2 
334: OC   S    OC      85.0     109.5! FORCE CONSTANT JST A GUESS. 
335: NP   FE   CM      5.0       90.0 
336: NP   FE   NP      50.0      90.0 
337: NP   FE   NR      5.0      115.0 
338: NP   FE   OM      5.0       90.0! JUST A GUESS FROM EXISTING FE CM DATA 
339: !NR   FE   CM      5.0      180.0 
340: !NR   FE   OM      5.0      180.0! JUST A GUESS FROM EXISTING FE CM DATA 
341: CR   NO2  OC      80.0     117.5! bs360: added for NIT (J.Comp.Chem.22,1340(2001)) 
342: OC   NO2  OC      80.0     125.0! bs360: added for NIT (J.Comp.Chem.22,1340(2001)) 
343: CR1E CR   NO2     85.0     120.0! bs360: added for NIT (J.Comp.Chem.22,1340(2001)) 
344: ! 
345: PHI 
346: CH1E C    N    CH1E    10.0       2     180.0! PRO ISOM. BARRIER 20 KCAL/MOL. 
347: CH2E C    N    CH1E    10.0       2     180.0 
348: CR1E C    C    CR1E     5.0       2     180.0! => TRP OOP. VIB 170CM 1 
349: CR1E CR   CR   CR1E     5.0       2     180.0! => TRP OOP. VIB 170CM 1 
350: CR1E C    C    C        2.5       2     180.0! SEE BEHLEN ET AL JCP 75:5685 81 
351: CR1E CR   CR   CR       2.5       2     180.0! SEE BEHLEN ET AL JCP 75:5685 81 
352: CR1E C    C    NH1      2.5       2     180.0 
353: CR1E CR   CR   NH1      2.5       2     180.0 
354: X    C    CH1E X        0.0       3       0.0! FROM GELIN THESIS AMIDES 
355: X    C    CH2E X        0.0       3       0.0! USING A SINGLE 
356: X    CR   CH2E X        0.0       3       0.0! USING A SINGLE 
357: X    C    CR1E X       10.0       2     180.0! DIHEDRAL PER BOND RATHER 
358: X    C    CT   X        0.0       3       0.0! THAN MULTIPLE TORSIONS. 
359: X    C    N    X        8.2       2     180.0! ALKANE TORSION REDUCED TO 
360: X    C    NC2  X        8.2       2     180.0! 1.6 FROM 1.8 TO COINCIDE WITH 
361: X    CR   NC2  X        8.2       2     180.0! 1.6 FROM 1.8 TO COINCIDE WITH 
362: NH1  CR   NC2  HC       4.1       2     180.0 ! SAT for arginine 
363: X    C    NH1  X        8.2       2     180.0! THE EXPERIMENTAL BARRIER. 
364: X    CR   NH1  X        8.2       2     180.0! THE EXPERIMENTAL BARRIER. 
365: X    CRN  NH1  X        8.2       2     180.0! THE EXPERIMENTAL BARRIER. 
366: X    C    NH2  X        8.2       2     180.0 
367: CH2E C    NH2  H        4.1       2     180.0 ! SAT for asparagine and glutamine 
368: CH2E NH1  CR   NC2      4.1       2     180.0 ! bs360: for ARG 
369: X    C    OH1  X        1.8       2     180.0 
370: CR1E C    OH1  H        0.9       2     180.0! DAE FOR TYR 
371: X    C    OS   X        1.8       2     180.0 ! INFERRED FROM C-OH1 
372: X    CH1E CH1E X        1.6       3       0.0 
373: X    CH1E CH2E X        1.6       3       0.0 
374: NH1  CH1E CH1E CH3E     0.8       3       0.0 ! SAT for valine 
375: CH1E CH2E CH1E CH3E     0.8       3       0.0 ! SAT for leucine 
376: X    CH1E N    X        0.3       3       0.0! FROM HAGLER ET AL TABULATION OF 
377: X    CH1E NH1  X        0.3       3       0.0! EXP. DATA AND 6 31G CALC. 
378: X    CH1E NH2  X        1.8       3       0.0! PROTONATED SECONDARY AMINE 
379: X    CH1E NH3  X        0.6       3       0.0! 1/PROTON SO 3 FOR THE BOND 
380: X    CH1E OH1  X        0.5       3       0.0! CHANGED TO ROUGHLY MEOH 
381: X    CH2E CH2E X        1.6       3       0.0 
382: X    CH2E N    X        0.3       3       0.0! SEE CH1E COMMENTS 
383: X    CH2E NH1  X        0.3       3       0.0 
384: X    CH2E NH2  X        0.6       3       0.0 
385: X    CH2E NH3  X        0.6       3       0.0 
386: X    CH2E OH1  X        0.5       3       0.0 
387: X    CH2E S    X        1.2       2       0.0 
388: X    CT   CT   X        1.6       3       0.0 
389: X    CT   N    X        0.3       3       0.0! SEE CH1E COMMENTS 
390: X    CT   NC2  X        0.3       3       0.0 
391: X    CT   NH1  X        0.3       3       0.0 
392: X    CT   NH2  X        0.6       3       0.0 
393: X    CT   NH3  X        0.6       3       0.0 
394: X    CT   OH1  X        0.5       3       0.0 
395: X    CT   S    X        1.2       2       0.0 
396: X    FE   NR   X        0.05      4       0.0 
397: X    FE   CM   X        0.05      4       0.0 
398: X    FE   OM   X        0.00      4       0.0 
399: X    S    S    X        4.0       2       0.0! FROM EXP. NMR BARRIER 
400: X    CR   NO2  X        1.1       2     180.0! bs360: added for NIT (JCTC 4,107 (2008)) 
401: ! 
402: IMPHI 
403: C    C    CR1E CH2E    90.0    0     0.0! GIVE 220 CM 1 METHYL OOP FOR TOLUENE. 
404: C    CR1E C    CH2E    90.0    0     0.0! USED HERE FOR TRP CG OUT OF PLANE 
405: CR   CR1E CR   CH2E    90.0    0     0.0! USED HERE FOR TRP CG OUT OF PLANE 
406: C    CR1E CR1E CH2E    90.0    0     0.0!               PHE, AND TYR CG OOP 
407: C    CR1E NH1  CH2E    90.0    0     0.0!               HIS CG RING OOP 
408: C    NH1  CR1E CH2E    90.0    0     0.0! 
409: C    CR1E CR1E OH1    150.0    0     0.0! GIVE 249 CM 1 PHENOL OH OOP. 
410: C    H    H    NH2     45.0    0     0.0! PRIMARY AMIDES (ASN AND GLN) OOP 
411: C    OC   OC   CH1E   100.0    0     0.0! CARBOXYL OUT OF PLANE. 
412: C    OC   OC   CH2E   100.0    0     0.0! 
413: C    X    X    C       25.0    0     0.0! FROM BENZENE NORMAL MODE ANALYSIS 
414: CR   X    X    CR      25.0    0     0.0! FROM BENZENE NORMAL MODE ANALYSIS 
415: CRN  CR1E CR1E CR      25.0    0     0.0! FROM BENZENE NORMAL MODE ANALYSIS 
416: CR   X    X    C       25.0    0     0.0! FROM BENZENE NORMAL MODE ANALYSIS 
417: C    X    X    CH1E    90.0    0     0.0! FROM TOLUENE METHYL OOP. 217 CM 1 
418: C    X    X    CH2E    90.0    0     0.0! FROM TOLUENE METHYL OOP. 217 CM 1 
419: CR   X    X    CH2E    90.0    0     0.0! FROM TOLUENE METHYL OOP. 217 CM 1 
420: CRN  CR1E CR1E NH1     90.0    0     0.0! bs360: added for NIT 
421: C    X    X    CH3E    90.0    0     0.0 
422: C    X    X    CR1E    25.0    0     0.0 
423: CR   X    X    CR1E    25.0    0     0.0 
424: C    X    X    H       75.0    0     0.0! FROM BENZENE NORMAL MODE ANALYSIS 
425: C    X    X    HA      75.0    0     0.0! 
426: C    X    X    NH1    100.0    0     0.0! AMIDES FIT TO N METHYL ACETAMIDE. 
427: CR   X    X    NH1    100.0    0     0.0! AMIDES FIT TO N METHYL ACETAMIDE. 
428: C    X    X    O      100.0    0     0.0 
429: C    X    X    OC     100.0    0     0.0 
430: C    X    X    OH1    150.0    0     0.0! USED FOR TYR HYDROXYL OOP 
431: CH1E X    X    CH1E    55.0    0   35.26439! CALCULATED TO  BE THE SAME AS THE 3 
432: CH1E X    X    CH2E    55.0    0   35.26439! H CH1E X ANGLES WITH K=40 
433: CH1E X    X    CH3E    55.0    0   35.26439 
434: CR1E X    X    CR1E    25.0    0     0.0! EXTENDED ATOM VERSION OF BENZENE 
435: CR1E X    X    NH1     25.0    0     0.0! SAME AS ABOVE FOR LACK OF VALUES 
436: FE   X    X    NP      20.0    0     0.0! FROM PARMFIX9 
437: H    X    X    O       45.0    0     0.0 
438: N    CH1E CH2E C       45.0    0     0.0! PROLINE NITROGENS 
439: N    X    X    CH2E    45.0    0     0.0 
440: N    X    X    CT      45.0    0     0.0 
441: NC2  X    X    CT      45.0    0     0.0 
442: NC2  X    X    HC      45.0    0     0.0 
443: NH1  X    X    CH1E    45.0    0     0.0 
444: NH1  X    X    CH2E    45.0    0     0.0 
445: NH1  X    X    CH3E    45.0    0     0.0 
446: NH1  X    X    CT      45.0    0     0.0 
447: NH1  X    X    H       45.0    0     0.0! AMIDES PROTON OOP 
448: NH1  X    X    NH1     25.0    0     0.0!  
449: NH1  X    X    NR      25.0    0     0.0 
450: NH2  X    X    H       45.0    0     0.0 
451: NR   X    X    C       25.0    0     0.0 
452: NR   X    X    CR      25.0    0     0.0 
453: NR   X    X    CR1E    25.0    0     0.0 
454: NR   X    X    CT      25.0    0     0.0 
455: NR   X    X    CH3E    25.0    0     0.0 ! FOR NETROPSIN 
456: NO2  X    X    CR      90.0    0     0.0! bs360: added for NIT (nitro out of plane; 
457:                                         ! includes NO2 OC OC CR and CR CR1E CR1E NH1) 
458: ! 
459: NONBONDED  NBXMOD 5  ATOM CDIEL SWITCH VATOM VDISTANCE VSWITCH - 
460:      CUTNB 16.0  CTOFNB 15.0  CTONNB 11.  EPS 1.0  E14FAC 0.4  WMIN 1.5 
461: ! 
462: !                  Emin       Rmin 
463: !                  (kcal/mol) (A) 
464: H        0.0440    -0.0498    0.8000  
465: HC       0.0440    -0.0498    0.6000 ! charged group. Reduced vdw radius 
466: HA       0.1000    -0.0450    1.4680 
467: HT       0.0440    -0.0498    0.8000 !TIP3P water hydrogen, see NBFIX below 
468: ! 
469: C        1.65    -0.1200       2.100 1.65 -0.1 1.9 ! carbonyl carbon 
470: CH1E     1.35    -0.0486       2.365 1.35 -0.1 1.9 ! \ 
471: CH2E     1.77    -0.1142       2.235 1.77 -0.1 1.9 !  extended carbons 
472: CH3E     2.17    -0.1811       2.165 1.77 -0.1 1.9 ! / 
473: CR1E     1.35    -0.1200       2.100 1.35 -0.1 1.9 !  ring carbons 
474: C%       1.65    -0.0262       2.490 1.65 -0.1 1.9 ! includes CT and CM 
475: CR       1.65    -0.1200       2.100 1.65 -0.1 1.9 ! aromatic carbon,no Hs 
476: CRN      1.65    -0.1200       2.100 1.65 -0.1 1.9 ! aromatic carbon in NIT 
477: ! 
478: N*       1.1000    -0.2384    1.6000   ! includes N,NC2,NH1,NH2,NH3,NP,and NR 
479: ! 
480: O*       0.8400    -0.1591    1.6000   ! includes O, OH1, OM, and OS 
481: OC       2.1400    -0.6469    1.6000   
482: OT       0.8400    -0.1591    1.6000 !TIP3P water oxygen,   see NBFIX below 
483: OH2      0.0000    -0.0758    1.7398 !ST2   water oxygen 
484: ! 
485: LP       0.0000    -0.04598   0.2245 !ST2   lone pair 
486: FE       0.0100    0.000    0.6500 
487: S*       0.3400    -0.0430       1.890 ! includes S and SH1E 
488: ! 
489: !CM     0.000000  -0.0262     2.150  ! CO 3-point model. 
490: !OM     0.000000  -0.1591     1.750  ! CO 3-point model. 
491:  
492: NBFIX 
493: !                  Emin       Rmin 
494: !                  (kcal/mol) (A) 
495: ! 
496: !        We're gonna NBFIX the TIP3P water-water interactions 
497: !        here to make them more like Jorgensen's.  The vdW parameters 
498: !        specified above will be in effect, therefore, for ONLY 
499: !        protein (read, protein OR nucleic acid)-water interactions. 
500: !        OT-OT is exactly Jorgensen's; HT interactions are added 
501: !        here. 
502: ! 
503: OT   OT      -0.152073  3.5365  ! TIPS3P VDW INTERACTION 
504: HT   HT      -0.04598   0.4490 
505: HT   OT      -0.08363   1.9927 
506: ! 
507: !        All protein-protein NBFIXes removed 
508:  
509: ! 
510: HBOND AEXP 4 REXP 6 HAEX 0 AAEX 0   NOACCEPTORS  HBNOEXCLUSIONS  ALL  - 
511:    CUTHB 0.5 CTOFHB 5.0 CTONHB 4.0  CUTHA 90.0  CTOFHA 90.0  CTONHA 90.0 
512: ! 
513: N*+* N%      -0.0 3.0   ! dummy parameters 
514: N*+* O*      -0.00 2.9  !   
515: OH*  N%      -0.00 2.85 
516: OH*  O*      -0.00 2.75 
517: END 


r28029/toph19_eef1.1.inp 2017-01-21 10:34:27.278250000 +0000 r28028/toph19_eef1.1.inp 2017-01-21 10:34:30.326250000 +0000
  1: * TOPOLOGY FILE FOR PROTEINS USING EXPLICIT HYDROGEN ATOMS: VERSION 19  1: svn: E195012: Unable to find repository location for 'svn+ssh://svn.ch.private.cam.ac.uk/groups/wales/trunk/CHARMM35/toppar/eef1-related/toph19_eef1.1.inp' in revision 28028
  2: * T. Lazaridis: here the ionic sidechains and termini are neutralized 
  3: * Also, a new atom type has been added, CR, for 4-bonded carbon in  
  4: * aromatics and Arginine. Modifications are marked by TL 
  5: * This differs from toph19_eef1.inp in:  
  6: *        Scaled down partial charge distributions of pseudo-ionic and 
  7: *          polar sidechains, CTER, NTER 
  8: *        Includes (de-)protonated ionic sidechains, pseudo-ionic HIS and AIB 
  9: *        In Tyr CZ is now type CR 
 10: * This is work in progress. No extensive tests have been made. 
 11: * 
 12:    20    1                ! Version number 
 13: MASS     1 H      1.00800 ! hydrogen which can h-bond to neutral atom 
 14: MASS     2 HC     1.00800 !   -    "     -               charged atom 
 15: MASS     3 HA     1.00800 ! aliphatic hydrogen 
 16: MASS     4 HT     1.00800 ! TIPS3P WATER HYDROGEN 
 17: MASS     5 LP     0.0     ! ST2 LONE PAIR 
 18: MASS    10 CT    12.01100 ! aliphatic carbon 
 19: MASS    11 C     12.01100 ! carbonyl carbon 
 20: MASS    12 CH1E  13.01900 ! extended atom carbon w/ one hydrogen 
 21: MASS    13 CH2E  14.02700 !   -    "    -           two 
 22: MASS    14 CH3E  15.03500 !   -    "    -           three 
 23: MASS    15 CR1E  13.01900 !   -    "    -        in aromatic ring w/ one H 
 24: MASS    16 CM    12.01100 ! carbon in carbonmonoxide 
 25: MASS    31 N     14.00670 ! peptide nitrogen with no hydrogens attached 
 26: MASS    32 NR    14.00670 ! nitrogen in aromatic ring with no hydrogens 
 27: MASS    33 NP    14.00670 ! pyrole nitrogen 
 28: !MASS    34 NH1E  15.01470 ! extended atom peptide nitrogen with one hydrogen 
 29: !MASS    35 NH2E  16.02270 !  -       "        -                 two   -"- 
 30: !MASS    36 NH3E  17.03070 !  -       "        -                 three -"- 
 31: !MASS    37 NC2E  16.02270 ! extended atom charged guanidinium nitrogen w/ 2 H 
 32: MASS    38 NH1   14.00670 ! peptide nitrogen bound to one hydrogen 
 33: MASS    39 NH2   14.00670 !  -       "        -       two -"- 
 34: MASS    40 NH3   14.00670 ! nitrogen bound to three hydrogens 
 35: MASS    41 NC2   14.00670 ! charged guanidinuim nitrogen bound to two hydrogens 
 36: MASS    51 O     15.99940 ! carbonyl oxygen 
 37: MASS    52 OC    15.99940 ! carboxy oxygen 
 38: !MASS    53 OH1E  17.00740 ! extended atom hydroxy oxygen 
 39: !MASS    54 OH2E  18.01540 ! extended atom water 
 40: MASS    55 OH1   15.99940 ! hydroxy oxygen 
 41: MASS    56 OH2   15.99940 ! ST2 water oxygen 
 42: MASS    57 OM    15.99940 ! oxygen in carbonmonoxide 
 43: MASS    58 OT    15.99940 ! TIPS3P WATER OXYGEN 
 44: MASS    59 OS    15.99940 ! ester oxygen 
 45: MASS    81 S     32.06000 ! sulphur 
 46: MASS    82 SH1E  33.06800 ! extended atom sulphur with one hydrogen 
 47: MASS    91 FE    55.84700 ! iron 
 48: MASS    92 CR    12.01100 ! 4-bonded carbon in aromatics and Arginine 
 49:  
 50: DECL -C 
 51: DECL -O 
 52: DECL +N 
 53: DECL +H 
 54: DECL +CA 
 55:  
 56: AUTOGENERATE ANGLES 
 57: DEFA FIRS NTER LAST CTER 
 58:  
 59: RESI ALA     0.00000 
 60: GROU 
 61: ATOM N    NH1    -0.35 
 62: ATOM H    H       0.25 
 63: ATOM CA   CH1E    0.10 
 64: GROU 
 65: ATOM CB   CH3E    0.00 
 66: GROU 
 67: ATOM C    C       0.55 
 68: ATOM O    O      -0.55 
 69: BOND N    CA        CA   C         C    +N        C    O         N    H 
 70: BOND CA   CB 
 71: DIHE -C   N    CA   C         N    CA   C    +N        CA   C    +N   +CA 
 72: IMPH N    -C   CA   H         C    CA   +N   O         CA   N    C    CB 
 73: DONO  H  N 
 74: ACCE O  C 
 75: IC   -C   CA   *N   H      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
 76: IC   -C   N    CA   C      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
 77: IC   N    CA   C    +N     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
 78: IC   +N   CA   *C   O      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
 79: IC   CA   C    +N   +CA    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
 80: IC   N    C    *CA  CB     0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
 81:  
 82: RESI AIB     0.00000      !TL   alpha-amino-isobutyric acid 
 83: GROU 
 84: ATOM N    NH1    -0.35 
 85: ATOM H    H       0.25 
 86: ATOM CA   CT      0.10 
 87: GROU 
 88: ATOM CB1  CH3E    0.00 
 89: GROU 
 90: ATOM CB2  CH3E    0.00 
 91: GROU 
 92: ATOM C    C       0.55 
 93: ATOM O    O      -0.55 
 94: BOND N    CA        CA   C         C    +N        C    O         N    H 
 95: BOND CA   CB1       CA   CB2 
 96: DIHE -C   N    CA   C         N    CA   C    +N        CA   C    +N   +CA 
 97: IMPH N    -C   CA   H         C    CA   +N   O          
 98: DONO  H  N 
 99: ACCE O  C 
100: IC   -C   CA   *N   H      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
101: IC   -C   N    CA   C      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
102: IC   N    CA   C    +N     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
103: IC   +N   CA   *C   O      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
104: IC   CA   C    +N   +CA    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
105: IC   N    C    *CA  CB1    0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
106: IC   N    C    *CA  CB2    0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
107:  
108: RESI ARG     0.00000        !TL      small change in NC2 charge 
109: GROU 
110: ATOM N    NH1    -0.35 
111: ATOM H    H       0.25 
112: ATOM CA   CH1E    0.10 
113: GROU 
114: ATOM CB   CH2E   -0.04 
115: ATOM CG   CH2E   -0.04 
116: GROU 
117: ATOM CD   CH2E   -0.20 
118: ATOM NE   NH1    -0.20 
119: ATOM HE   H       0.12 
120: ATOM CZ   CR     -0.20 
121: GROU 
122: ATOM NH1  NC2    -0.121 
123: ATOM HH11 HC      0.2005 
124: ATOM HH12 HC      0.2005 
125: GROU 
126: ATOM NH2  NC2    -0.121 
127: ATOM HH21 HC      0.2005 
128: ATOM HH22 HC      0.2005 
129: GROU 
130: ATOM C    C       0.55 
131: ATOM O    O      -0.55 
132: BOND N    CA        CA   C         C    +N        C    O         N    H 
133: BOND CA   CB        CB   CG        CG   CD        CD   NE        NE   HE 
134: BOND NE   CZ        CZ   NH1       CZ   NH2       NH1  HH11      NH1  HH12 
135: BOND NH2  HH21      NH2  HH22 
136: DIHE -C   N    CA   C         N    CA   C    +N        CA   C    +N   +CA 
137: DIHE N    CA   CB   CG        CA   CB   CG   CD        CB   CG   CD   NE 
138: DIHE CG   CD   NE   CZ        CD   NE   CZ   NH1       NE   CZ   NH1  HH11 
139: DIHE NE   CZ   NH2  HH21      NE   CZ   NH1  HH12      NE   CZ   NH2  HH22 
140: IMPH N    -C   CA   H         C    CA   +N   O         CA   N    C    CB 
141: IMPH NE   CD   CZ   HE        CZ   NH1  NH2  NE 
142: DONO  H N 
143: DONO  HE NE 
144: DONO  HH11 NH1 
145: DONO  HH12 NH1 
146: DONO  HH21 NH2 
147: DONO  HH22 NH2 
148: ACCE O C 
149: IC   -C   CA   *N   H      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
150: IC   -C   N    CA   C      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
151: IC   N    CA   C    +N     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
152: IC   +N   CA   *C   O      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
153: IC   CA   C    +N   +CA    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
154: IC   N    C    *CA  CB     0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
155: IC   N    CA   CB   CG     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
156: IC   CA   CB   CG   CD     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
157: IC   CB   CG   CD   NE     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
158: IC   CG   CD   NE   CZ     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
159: IC   CD   NE   CZ   NH1    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
160: IC   NH1  NE   *CZ  NH2    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
161: IC   CD   CZ   *NE  HE     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
162: IC   NE   CZ   NH1  HH11   0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
163: IC   HH11 CZ   *NH1 HH12   0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
164: IC   NE   CZ   NH2  HH21   0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
165: IC   HH21 CZ   *NH2 HH22   0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
166:  
167: RESI ARH     0.00000        !TL, deprotonated ARG 
168: GROU 
169: ATOM N    NH1    -0.35 
170: ATOM H    H       0.25 
171: ATOM CA   CH1E    0.10 
172: GROU 
173: ATOM CB   CH2E    0.00 
174: ATOM CG   CH2E    0.00 
175: GROU 
176: ATOM CD   CH2E    0.00 
177: ATOM NE   NH1    -0.35 
178: ATOM HE   H       0.25 
179: ATOM CZ   CR      0.20 
180: GROU 
181: ATOM NH1  NH2    -0.60 
182: ATOM HH11 H       0.30 
183: ATOM HH12 H       0.30 
184: GROU 
185: ATOM NH2  NH1    -0.35 
186: ATOM HH21 H       0.25 
187: GROU 
188: ATOM C    C       0.55 
189: ATOM O    O      -0.55 
190: BOND N    CA        CA   C         C    +N        C    O         N    H 
191: BOND CA   CB        CB   CG        CG   CD        CD   NE        NE   HE 
192: BOND NE   CZ        CZ   NH1       CZ   NH2       NH1  HH11      NH1  HH12 
193: BOND NH2  HH21       
194: DIHE -C   N    CA   C         N    CA   C    +N        CA   C    +N   +CA 
195: DIHE N    CA   CB   CG        CA   CB   CG   CD        CB   CG   CD   NE 
196: DIHE CG   CD   NE   CZ        CD   NE   CZ   NH1       NE   CZ   NH1  HH11 
197: DIHE NE   CZ   NH2  HH21      NE   CZ   NH1  HH12       
198: IMPH N    -C   CA   H         C    CA   +N   O         CA   N    C    CB 
199: IMPH NE   CD   CZ   HE        CZ   NH1  NH2  NE 
200: DONO  H N 
201: DONO  HE NE 
202: DONO  HH11 NH1 
203: DONO  HH12 NH1 
204: DONO  HH21 NH2 
205: ACCE O C 
206: IC   -C   CA   *N   H      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
207: IC   -C   N    CA   C      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
208: IC   N    CA   C    +N     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
209: IC   +N   CA   *C   O      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
210: IC   CA   C    +N   +CA    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
211: IC   N    C    *CA  CB     0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
212: IC   N    CA   CB   CG     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
213: IC   CA   CB   CG   CD     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
214: IC   CB   CG   CD   NE     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
215: IC   CG   CD   NE   CZ     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
216: IC   CD   NE   CZ   NH1    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
217: IC   NH1  NE   *CZ  NH2    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
218: IC   CD   CZ   *NE  HE     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
219: IC   NE   CZ   NH1  HH11   0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
220: IC   HH11 CZ   *NH1 HH12   0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
221: IC   NE   CZ   NH2  HH21   0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
222:  
223: RESI ASN     0.00000 
224: GROU 
225: ATOM N    NH1    -0.35 
226: ATOM H    H       0.25 
227: ATOM CA   CH1E    0.10 
228: GROU 
229: ATOM CB   CH2E    0.00 
230: GROU 
231: ATOM CG   C       0.55 
232: ATOM OD1  O      -0.55 
233: GROU 
234: ATOM ND2  NH2    -0.50 
235: ATOM HD21 H       0.25 
236: ATOM HD22 H       0.25 
237: GROU 
238: ATOM C    C       0.55 
239: ATOM O    O      -0.55 
240: BOND N    CA        CA   C         C    +N        C    O         N    H 
241: BOND CA   CB        CB   CG        CG   OD1       CG   ND2       ND2  HD21 
242: BOND ND2  HD22 
243: DIHE -C   N    CA   C         N    CA   C    +N        CA   C    +N   +CA 
244: DIHE N    CA   CB   CG        CA   CB   CG   OD1       CB   CG   ND2  HD21 
245: IMPH N    -C   CA   H         C    CA   +N   O         CA   N    C    CB 
246: IMPH CG   OD1  ND2  CB        ND2  HD21 HD22 CG 
247: DONO  H N 
248: DONO  HD21 ND2 
249: DONO  HD22 ND2 
250: ACCE OD1 CG 
251: ACCE O C 
252: IC   -C   CA   *N   H      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
253: IC   -C   N    CA   C      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
254: IC   N    CA   C    +N     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
255: IC   +N   CA   *C   O      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
256: IC   CA   C    +N   +CA    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
257: IC   N    C    *CA  CB     0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
258: IC   N    CA   CB   CG     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
259: IC   CA   CB   CG   OD1    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
260: IC   OD1  CB   *CG  ND2    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
261: IC   OD1  CG   ND2  HD21   0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
262: IC   HD21 CG   *ND2 HD22   0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
263:  
264: RESI ASP     0.00000   ! TL 
265: GROU 
266: ATOM N    NH1    -0.35 
267: ATOM H    H       0.25 
268: ATOM CA   CH1E    0.10 
269: GROU 
270: ATOM CB   CH2E    0.00 
271: ATOM CG   C       1.00 
272: ATOM OD1  OC     -0.50 
273: ATOM OD2  OC     -0.50 
274: GROU 
275: ATOM C    C       0.55 
276: ATOM O    O      -0.55 
277: BOND N    CA        CA   C         C    +N        C    O         N    H 
278: BOND CA   CB        CB   CG        CG   OD1       CG   OD2 
279: DIHE -C   N    CA   C         N    CA   C    +N        CA   C    +N   +CA 
280: DIHE N    CA   CB   CG        CA   CB   CG   OD1 
281: IMPH N    -C   CA   H         C    CA   +N   O         CA   N    C    CB 
282: IMPH CG   OD1  OD2  CB 
283: DONO  H     N 
284: ACCE OD1  CG 
285: ACCE OD2  CG 
286: ACCE O  C 
287: IC   -C   CA   *N   H      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
288: IC   -C   N    CA   C      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
289: IC   N    CA   C    +N     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
290: IC   +N   CA   *C   O      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
291: IC   CA   C    +N   +CA    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
292: IC   N    C    *CA  CB     0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
293: IC   N    CA   CB   CG     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
294: IC   CA   CB   CG   OD1    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
295: IC   OD1  CB   *CG  OD2    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
296:  
297: RESI ASH     0.00000   ! TL , this is protonated ASP 
298: GROU 
299: ATOM N    NH1    -0.35 
300: ATOM H    H       0.25 
301: ATOM CA   CH1E    0.10 
302: GROU 
303: ATOM CB   CH2E    0.25 
304: ATOM CG   C       0.55 
305: ATOM OD1  O      -0.55 
306: ATOM OD2  OH1    -0.50 
307: ATOM HD2  H       0.25 
308: GROU 
309: ATOM C    C       0.55 
310: ATOM O    O      -0.55 
311: BOND N    CA        CA   C         C    +N        C    O         N    H 
312: BOND CA   CB        CB   CG        CG   OD1       CG   OD2       OD2  HD2 
313: DIHE -C   N    CA   C         N    CA   C    +N        CA   C    +N   +CA 
314: DIHE N    CA   CB   CG        CA   CB   CG   OD1       CB   CG   OD2  HD2 
315: IMPH N    -C   CA   H         C    CA   +N   O         CA   N    C    CB 
316: IMPH CG   OD1  OD2  CB 
317: DONO  H     N 
318: DONO HD2  OD2 
319: ACCE OD1  CG 
320: ACCE O  C 
321: IC   -C   CA   *N   H      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
322: IC   -C   N    CA   C      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
323: IC   N    CA   C    +N     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
324: IC   +N   CA   *C   O      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
325: IC   CA   C    +N   +CA    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
326: IC   N    C    *CA  CB     0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
327: IC   N    CA   CB   CG     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
328: IC   CA   CB   CG   OD1    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
329: IC   OD1  CB   *CG  OD2    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
330: IC   CB   CG   OD2  HD2    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
331:  
332: RESI CYS     0.00000 
333: GROU 
334: ATOM N    NH1    -0.35 
335: ATOM H    H       0.25 
336: ATOM CA   CH1E    0.10 
337: GROU 
338: ATOM CB   CH2E    0.19 
339: ATOM SG   SH1E   -0.19 
340: GROU 
341: ATOM C    C       0.55 
342: ATOM O    O      -0.55 
343: BOND N    CA        CA   C         C    +N        C    O         N    H 
344: BOND CA   CB        CB   SG 
345: DIHE -C   N    CA   C         N    CA   C    +N        CA   C    +N   +CA 
346: DIHE N    CA   CB   SG 
347: IMPH N    -C   CA   H         C    CA   +N   O         CA   N    C    CB 
348: DONO  H     N 
349: ACCE O  C 
350: IC   -C   CA   *N   H      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
351: IC   -C   N    CA   C      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
352: IC   N    CA   C    +N     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
353: IC   +N   CA   *C   O      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
354: IC   CA   C    +N   +CA    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
355: IC   N    C    *CA  CB     0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
356: IC   N    CA   CB   SG     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
357:  
358: RESI GLN     0.00000 
359: GROU 
360: ATOM N    NH1    -0.35 
361: ATOM H    H       0.25 
362: ATOM CA   CH1E    0.10 
363: GROU 
364: ATOM CB   CH2E    0.00 
365: ATOM CG   CH2E    0.00 
366: GROU 
367: ATOM CD   C       0.55 
368: ATOM OE1  O      -0.55 
369: GROU 
370: ATOM NE2  NH2    -0.50 
371: ATOM HE21 H       0.25 
372: ATOM HE22 H       0.25 
373: GROU 
374: ATOM C    C       0.55 
375: ATOM O    O      -0.55 
376: BOND N    CA        CA   C         C    +N        C    O         N    H 
377: BOND CA   CB        CB   CG        CG   CD        CD   OE1       CD   NE2 
378: BOND NE2  HE21      NE2  HE22 
379: DIHE -C   N    CA   C         N    CA   C    +N        CA   C    +N   +CA 
380: DIHE N    CA   CB   CG        CA   CB   CG   CD        CB   CG   CD   OE1 
381: DIHE CG   CD   NE2  HE21 
382: IMPH N    -C   CA   H         C    CA   +N   O         CA   N    C    CB 
383: IMPH CD   OE1  NE2  CG        NE2  HE21 HE22 CD 
384: DONO  H     N 
385: DONO  HE21  NE2 
386: DONO  HE22  NE2 
387: ACCE OE1  CD 
388: ACCE O  C 
389: IC   -C   CA   *N   H      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
390: IC   -C   N    CA   C      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
391: IC   N    CA   C    +N     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
392: IC   +N   CA   *C   O      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
393: IC   CA   C    +N   +CA    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
394: IC   N    C    *CA  CB     0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
395: IC   N    CA   CB   CG     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
396: IC   CA   CB   CG   CD     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
397: IC   CB   CG   CD   OE1    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
398: IC   OE1  CG   *CD  NE2    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
399: IC   OE1  CD   NE2  HE21   0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
400: IC   HE21 CD   *NE2 HE22   0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
401:  
402: RESI GLU     0.00000 ! TL: as ASP 
403: GROU 
404: ATOM N    NH1    -0.35 
405: ATOM H    H       0.25 
406: ATOM CA   CH1E    0.10 
407: GROU 
408: ATOM CB   CH2E    0.00 
409: GROU 
410: ATOM CG   CH2E    0.00 
411: ATOM CD   C       1.00 
412: ATOM OE1  OC     -0.50 
413: ATOM OE2  OC     -0.50 
414: GROU 
415: ATOM C    C       0.55 
416: ATOM O    O      -0.55 
417: BOND N    CA        CA   C         C    +N        C    O         N    H 
418: BOND CA   CB        CB   CG        CG   CD        CD   OE1       CD   OE2 
419: DIHE -C   N    CA   C         N    CA   C    +N        CA   C    +N   +CA 
420: DIHE N    CA   CB   CG        CA   CB   CG   CD        CB   CG   CD   OE1 
421: IMPH N    -C   CA   H         C    CA   +N   O         CA   N    C    CB 
422: IMPH CD   OE1  OE2  CG 
423: DONO  H     N 
424: ACCE OE1  CD 
425: ACCE OE2  CD 
426: ACCE O  C 
427: IC   -C   CA   *N   H      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
428: IC   -C   N    CA   C      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
429: IC   N    CA   C    +N     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
430: IC   +N   CA   *C   O      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
431: IC   CA   C    +N   +CA    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
432: IC   N    C    *CA  CB     0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
433: IC   N    CA   CB   CG     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
434: IC   CA   CB   CG   CD     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
435: IC   CB   CG   CD   OE1    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
436: IC   OE1  CG   *CD  OE2    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
437:  
438: RESI GLH     0.00000 ! TL: as ASH, protonated glu 
439: GROU 
440: ATOM N    NH1    -0.35 
441: ATOM H    H       0.25 
442: ATOM CA   CH1E    0.10 
443: GROU 
444: ATOM CB   CH2E    0.00 
445: GROU 
446: ATOM CG   CH2E    0.25 
447: ATOM CD   C       0.55 
448: ATOM OE1  O      -0.55 
449: ATOM OE2  OH1    -0.50 
450: ATOM HE2  H       0.25 
451: GROU 
452: ATOM C    C       0.55 
453: ATOM O    O      -0.55 
454: BOND N    CA        CA   C         C    +N        C    O         N    H 
455: BOND CA   CB        CB   CG        CG   CD        CD   OE1       CD   OE2 
456: BOND OE2  HE2 
457: DIHE -C   N    CA   C         N    CA   C    +N        CA   C    +N   +CA 
458: DIHE N    CA   CB   CG        CA   CB   CG   CD        CB   CG   CD   OE1 
459: DIHE CG   CD   OE2  HE2 
460: IMPH N    -C   CA   H         C    CA   +N   O         CA   N    C    CB 
461: IMPH CD   OE1  OE2  CG 
462: DONO  H     N 
463: DONO HE2  OE2 
464: ACCE OE1  CD 
465: ACCE O  C 
466: IC   -C   CA   *N   H      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
467: IC   -C   N    CA   C      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
468: IC   N    CA   C    +N     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
469: IC   +N   CA   *C   O      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
470: IC   CA   C    +N   +CA    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
471: IC   N    C    *CA  CB     0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
472: IC   N    CA   CB   CG     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
473: IC   CA   CB   CG   CD     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
474: IC   CB   CG   CD   OE1    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
475: IC   OE1  CG   *CD  OE2    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
476: IC   CG   CD   OE2  HE2    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
477:  
478: RESI GLY     0.00000 
479: GROU 
480: ATOM N    NH1    -0.35 
481: ATOM H    H       0.25 
482: ATOM CA   CH2E    0.10 
483: GROU 
484: ATOM C    C       0.55 
485: ATOM O    O      -0.55 
486: BOND N    CA        CA   C         C    +N        C    O         N    H 
487: DIHE -C   N    CA   C         N    CA   C    +N        CA   C    +N   +CA 
488: IMPH N    -C   CA   H         C    CA   +N   O 
489: DONO  H     N 
490: ACCE O  C 
491: IC   -C   CA   *N   H      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
492: IC   -C   N    CA   C      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
493: IC   N    CA   C    +N     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
494: IC   +N   CA   *C   O      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
495: IC   CA   C    +N   +CA    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
496: PATC FIRS GLYP 
497:  
498: RESI HIS     0.00000                ! Rings charges from Del Bene and Cohen 
499: GROU                                 ! JACS 100:5285 (1978) Imidazole sto-3g calc. 
500: ATOM N    NH1    -0.35                ! Note that this residue has non-neutral groups. 
501: ATOM H    H       0.25 
502: ATOM CA   CH1E    0.10 
503: GROU 
504: ATOM CB   CH2E    0.00 
505: GROUP 
506: ATOM CG   CR      0.10 
507: ATOM ND1  NH1    -0.40 
508: ATOM HD1  H       0.30 
509: GROU 
510: ATOM CD2  CR1E    0.10 
511: ATOM NE2  NR     -0.30 
512: ATOM CE1  CR1E    0.20 
513: GROU 
514: ATOM C    C       0.55 
515: ATOM O    O      -0.55 
516: BOND N    CA        CA   C         C    +N        C    O         N    H 
517: BOND CA   CB        CB   CG        CG   ND1       CG   CD2       ND1  HD1 
518: BOND ND1  CE1       CD2  NE2       CE1  NE2 
519: DIHE -C   N    CA   C         N    CA   C    +N        CA   C    +N   +CA 
520: DIHE N    CA   CB   CG        CA   CB   CG   ND1 
521: IMPH N    -C   CA   H         C    CA   +N   O         CA   N    C    CB 
522: IMPH CG   ND1  CD2  CB        ND1  CG   CE1  HD1       CG   ND1  CE1  NE2 
523: IMPH ND1  CE1  NE2  CD2       CE1  NE2  CD2  CG        NE2  CD2  CG   ND1 
524: IMPH CD2  CG   ND1  CE1 
525: DONO  H     N 
526: DONO  HD1   ND1 
527: ACCE NE2 
528: ACCE O  C 
529: IC   -C   CA   *N   H      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
530: IC   -C   N    CA   C      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
531: IC   N    CA   C    +N     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
532: IC   +N   CA   *C   O      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
533: IC   CA   C    +N   +CA    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
534: IC   N    C    *CA  CB     0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
535: IC   N    CA   CB   CG     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
536: IC   CA   CB   CG   CD2    0.0000    0.00   90.00    0.00   0.0000 
537: IC   CD2  CB   *CG  ND1    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
538: IC   CD2  CG   ND1  CE1    0.0000    0.00    0.00    0.00   0.0000 
539: IC   ND1  CG   CD2  NE2    0.0000    0.00    0.00    0.00   0.0000 
540: IC   CE1  CG   *ND1 HD1    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
541:  
542: RESI HSD     0.00000                ! see HIS above. 
543: GROUP 
544: ATOM N    NH1    -0.35 
545: ATOM H    H       0.25 
546: ATOM CA   CH1E    0.10 
547: GROU 
548: ATOM CB   CH2E    0.00 
549: GROUP 
550: ATOM CG   CR      0.10 
551: ATOM ND1  NR     -0.10 
552: ATOM CE1  CR1E    0.00 
553: GROU 
554: ATOM CD2  CR1E    0.10 
555: ATOM NE2  NH1    -0.30 
556: ATOM HE2  H       0.20 
557: GROU 
558: ATOM C    C       0.55 
559: ATOM O    O      -0.55 
560: BOND N    CA        CA   C         C    +N        C    O         N    H 
561: BOND CA   CB        CB   CG        CG   ND1       CG   CD2       ND1  CE1 
562: BOND CD2  NE2       CE1  NE2       NE2  HE2 
563: DIHE -C   N    CA   C         N    CA   C    +N        CA   C    +N   +CA 
564: DIHE N    CA   CB   CG        CA   CB   CG   ND1 
565: IMPH N    -C   CA   H         C    CA   +N   O         CA   N    C    CB 
566: IMPH CG   ND1  CD2  CB        NE2  CE1  CD2  HE2       CG   ND1  CE1  NE2 
567: IMPH ND1  CE1  NE2  CD2       CE1  NE2  CD2  CG        NE2  CD2  CG   ND1 
568: IMPH CD2  CG   ND1  CE1 
569: DONO  H     N 
570: DONO  HE2   NE2 
571: ACCE ND1 
572: ACCE O  C 
573: IC   -C   CA   *N   H      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
574: IC   -C   N    CA   C      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
575: IC   N    CA   C    +N     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
576: IC   +N   CA   *C   O      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
577: IC   CA   C    +N   +CA    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
578: IC   N    C    *CA  CB     0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
579: IC   N    CA   CB   CG     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
580: IC   CA   CB   CG   CD2    0.0000    0.00   90.00    0.00   0.0000 
581: IC   CD2  CB   *CG  ND1    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
582: IC   CD2  CG   ND1  CE1    0.0000    0.00    0.00    0.00   0.0000 
583: IC   ND1  CG   CD2  NE2    0.0000    0.00    0.00    0.00   0.0000 
584: IC   CE1  CD2  *NE2 HE2    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
585:  
586: RESI HSC     0.00000                ! Doubly protonated histidine.  Ring charges 
587: GROU                                 
588: ATOM N    NH1    -0.35                ! Hayes and Kollman jacs 98:3335 (1976). 
589: ATOM H    H       0.25                !  TL modif: neutralize 
590: ATOM CA   CH1E    0.10 
591: GROU 
592: ATOM CB   CH2E    0.00 
593: ATOM CG   CR      0.05 
594: ATOM CD2  CR1E    0.05 
595: GROU 
596: !bs360: changed back to NH1 
597: !ATOM ND1  NC2    -0.55 
598: ATOM ND1  NH1    -0.55 
599: ATOM HD1  H       0.45 
600: GROU 
601: ATOM CE1  CR1E    0.10 
602: GROU 
603: !ATOM NE2  NC2    -0.55 
604: ATOM NE2  NH1    -0.55 
605: ATOM HE2  H       0.45 
606: GROU 
607: ATOM C    C       0.55 
608: ATOM O    O      -0.55 
609: BOND N    CA        CA   C         C    +N        C    O         N    H 
610: BOND CA   CB        CB   CG        CG   ND1       CG   CD2       ND1  HD1 
611: BOND ND1  CE1       CD2  NE2       CE1  NE2          NE2        HE2 
612: DIHE -C   N    CA   C         N    CA   C    +N        CA   C    +N   +CA 
613: DIHE N    CA   CB   CG        CA   CB   CG   ND1 
614: IMPH N    -C   CA   H         C    CA   +N   O         CA   N    C    CB 
615: IMPH CG   ND1  CD2  CB        ND1  CG   CE1  HD1       CG   ND1  CE1  NE2 
616: IMPH ND1  CE1  NE2  CD2       CE1  NE2  CD2  CG        NE2  CD2  CG   ND1 
617: IMPH CD2  CG   ND1  CE1       NE2  CD2  CE1  HE2 
618: DONO  H     N 
619: DONO  HD1   ND1 
620: DONO  HE2   NE2 
621: ACCE O  C 
622: IC   -C   CA   *N   H      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
623: IC   -C   N    CA   C      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
624: IC   N    CA   C    +N     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
625: IC   +N   CA   *C   O      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
626: IC   CA   C    +N   +CA    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
627: IC   N    C    *CA  CB     0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
628: IC   N    CA   CB   CG     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
629: IC   CA   CB   CG   CD2    0.0000    0.00   90.00    0.00   0.0000 
630: IC   CD2  CB   *CG  ND1    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
631: IC   CD2  CG   ND1  CE1    0.0000    0.00    0.00    0.00   0.0000 
632: IC   ND1  CG   CD2  NE2    0.0000    0.00    0.00    0.00   0.0000 
633: IC   CE1  CG   *ND1 HD1    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
634: IC   CE1  CD2  *NE2 HE2    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
635:  
636: RESI ILE     0.00000 
637: GROU 
638: ATOM N    NH1    -0.35 
639: ATOM H    H       0.25 
640: ATOM CA   CH1E    0.10 
641: GROU 
642: ATOM CB   CH1E    0.00 
643: ATOM CG2  CH3E    0.00 
644: GROU 
645: ATOM CG1  CH2E    0.00 
646: ATOM CD   CH3E    0.00 
647: GROU 
648: ATOM C    C       0.55 
649: ATOM O    O      -0.55 
650: BOND N    CA        CA   C         C    +N        C    O         N    H 
651: BOND CA   CB        CB   CG1       CB   CG2       CG1  CD 
652: DIHE -C   N    CA   C         N    CA   C    +N        CA   C    +N   +CA 
653: DIHE N    CA   CB   CG1       CA   CB   CG1  CD 
654: IMPH N    -C   CA   H         C    CA   +N   O         CA   N    C    CB 
655: IMPH CB   CG1  CG2  CA 
656: DONO  H     N 
657: ACCE O  C 
658: IC   -C   CA   *N   H      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
659: IC   -C   N    CA   C      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
660: IC   N    CA   C    +N     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
661: IC   +N   CA   *C   O      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
662: IC   CA   C    +N   +CA    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
663: IC   N    C    *CA  CB     0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
664: IC   N    CA   CB   CG1    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
665: IC   CA   CB   CG1  CD     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
666: IC   CG1  CA   *CB  CG2    0.0000    0.00 -120.00    0.00   0.0000 
667:  
668: RESI LEU     0.00000 
669: GROU 
670: ATOM N    NH1    -0.35 
671: ATOM H    H       0.25 
672: ATOM CA   CH1E    0.10 
673: GROU 
674: ATOM CB   CH2E    0.00 
675: ATOM CG   CH1E    0.00 
676: ATOM CD1  CH3E    0.00 
677: ATOM CD2  CH3E    0.00 
678: GROU 
679: ATOM C    C       0.55 
680: ATOM O    O      -0.55 
681: BOND N    CA        CA   C         C    +N        C    O         N    H 
682: BOND CA   CB        CB   CG        CG   CD1       CG   CD2 
683: DIHE -C   N    CA   C         N    CA   C    +N        CA   C    +N   +CA 
684: DIHE N    CA   CB   CG        CA   CB   CG   CD2 
685: IMPH N    -C   CA   H         C    CA   +N   O         CA   N    C    CB 
686: IMPH CG   CD2  CD1  CB 
687: DONO  H     N 
688: ACCE O  C 
689: IC   -C   CA   *N   H      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
690: IC   -C   N    CA   C      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
691: IC   N    CA   C    +N     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
692: IC   +N   CA   *C   O      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
693: IC   CA   C    +N   +CA    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
694: IC   N    C    *CA  CB     0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
695: IC   N    CA   CB   CG     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
696: IC   CA   CB   CG   CD1    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
697: IC   CD1  CB   *CG  CD2    0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
698:  
699: RESI LYS     0.00000   !TL 
700: GROU 
701: ATOM N    NH1    -0.35 
702: ATOM H    H       0.25 
703: ATOM CA   CH1E    0.10 
704: GROU 
705: ATOM CB   CH2E    0.00 
706: ATOM CG   CH2E    0.00 
707: ATOM CD   CH2E    0.00 
708: GROU 
709: ATOM CE   CH2E    0.00 
710: ATOM NZ   NH3    -0.90 
711: ATOM HZ1  HC      0.30 
712: ATOM HZ2  HC      0.30 
713: ATOM HZ3  HC      0.30 
714: GROU 
715: ATOM C    C       0.55 
716: ATOM O    O      -0.55 
717: BOND N    CA        CA   C         C    +N        C    O         N    H 
718: BOND CA   CB        CB   CG        CG   CD        CD   CE        CE   NZ 
719: BOND NZ   HZ1       NZ   HZ2       NZ   HZ3 
720: DIHE -C   N    CA   C         N    CA   C    +N        CA   C    +N   +CA 
721: DIHE N    CA   CB   CG        CA   CB   CG   CD        CB   CG   CD   CE 
722: DIHE CG   CD   CE   NZ        CD   CE   NZ   HZ1       CD   CE   NZ   HZ2 
723: DIHE CD   CE   NZ   HZ3 
724: IMPH N    -C   CA   H         C    CA   +N   O         CA   N    C    CB 
725: DONO  H     N 
726: DONO  HZ1   NZ 
727: DONO  HZ2   NZ 
728: DONO  HZ3   NZ 
729: ACCE O  C 
730: IC   -C   CA   *N   H      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
731: IC   -C   N    CA   C      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
732: IC   N    CA   C    +N     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
733: IC   +N   CA   *C   O      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
734: IC   CA   C    +N   +CA    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
735: IC   N    C    *CA  CB     0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
736: IC   N    CA   CB   CG     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
737: IC   CA   CB   CG   CD     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
738: IC   CB   CG   CD   CE     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
739: IC   CG   CD   CE   NZ     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
740: IC   CD   CE   NZ   HZ1    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
741: IC   HZ1  CE   *NZ  HZ2    0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
742: IC   HZ2  CE   *NZ  HZ3    0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
743:  
744: RESI LYH     0.00000   !TL, deprotonated Lys 
745: GROU 
746: ATOM N    NH1    -0.35 
747: ATOM H    H       0.25 
748: ATOM CA   CH1E    0.10 
749: GROU 
750: ATOM CB   CH2E    0.00 
751: ATOM CG   CH2E    0.00 
752: ATOM CD   CH2E    0.00 
753: GROU 
754: ATOM CE   CH2E    0.00 
755: ATOM NZ   NH2    -0.60 
756: ATOM HZ1  H       0.30 
757: ATOM HZ2  H       0.30 
758: GROU 
759: ATOM C    C       0.55 
760: ATOM O    O      -0.55 
761: BOND N    CA        CA   C         C    +N        C    O         N    H 
762: BOND CA   CB        CB   CG        CG   CD        CD   CE        CE   NZ 
763: BOND NZ   HZ1       NZ   HZ2        
764: DIHE -C   N    CA   C         N    CA   C    +N        CA   C    +N   +CA 
765: DIHE N    CA   CB   CG        CA   CB   CG   CD        CB   CG   CD   CE 
766: DIHE CG   CD   CE   NZ        CD   CE   NZ   HZ1       CD   CE   NZ   HZ2 
767: IMPH N    -C   CA   H         C    CA   +N   O         CA   N    C    CB 
768: DONO  H     N 
769: DONO  HZ1   NZ 
770: DONO  HZ2   NZ 
771: ACCE O  C 
772: IC   -C   CA   *N   H      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
773: IC   -C   N    CA   C      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
774: IC   N    CA   C    +N     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
775: IC   +N   CA   *C   O      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
776: IC   CA   C    +N   +CA    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
777: IC   N    C    *CA  CB     0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
778: IC   N    CA   CB   CG     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
779: IC   CA   CB   CG   CD     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
780: IC   CB   CG   CD   CE     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
781: IC   CG   CD   CE   NZ     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
782: IC   CD   CE   NZ   HZ1    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
783: IC   HZ1  CE   *NZ  HZ2    0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
784:  
785: RESI MET     0.00000 
786: GROU 
787: ATOM N    NH1    -0.35 
788: ATOM H    H       0.25 
789: ATOM CA   CH1E    0.10 
790: GROU 
791: ATOM CB   CH2E    0.00 
792: GROU 
793: ATOM CG   CH2E    0.06 
794: ATOM SD   S      -0.12 
795: ATOM CE   CH3E    0.06 
796: GROU 
797: ATOM C    C       0.55 
798: ATOM O    O      -0.55 
799: BOND N    CA        CA   C         C    +N        C    O         N    H 
800: BOND CA   CB        CB   CG        CG   SD        SD   CE 
801: DIHE -C   N    CA   C         N    CA   C    +N        CA   C    +N   +CA 
802: DIHE N    CA   CB   CG        CA   CB   CG   SD        CB   CG   SD   CE 
803: IMPH N    -C   CA   H         C    CA   +N   O         CA   N    C    CB 
804: DONO  H     N 
805: ACCE O  C 
806: IC   -C   CA   *N   H      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
807: IC   -C   N    CA   C      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
808: IC   N    CA   C    +N     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
809: IC   +N   CA   *C   O      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
810: IC   CA   C    +N   +CA    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
811: IC   N    C    *CA  CB     0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
812: IC   N    CA   CB   CG     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
813: IC   CA   CB   CG   SD     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
814: IC   CB   CG   SD   CE     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
815:  
816: ! Penicillamine 
817: RESI PEN     0.00000 
818: GROU 
819: ATOM N    NH1    -0.35 
820: ATOM H    H       0.25 
821: ATOM CA   CH1E    0.10 
822: GROU 
823: ATOM CB   CT      0.19 
824: ATOM CG1  CH3E    0.0 
825: ATOM CG2  CH3E    0.0 
826: ATOM SG   SH1E   -0.19 
827: GROU 
828: ATOM C    C       0.55 
829: ATOM O    O      -0.55 
830: BOND N    CA        CA   C         C    +N        C    O         N    H 
831: BOND CA   CB        CB   SG        CB   CG1       CB   CG2 
832: DIHE -C   N    CA   C         N    CA   C    +N        CA   C    +N   +CA 
833: DIHE N    CA   CB   SG 
834: IMPH N    -C   CA   H         C    CA   +N   O         CA   N    C    CB 
835: DONO  H     N 
836: ACCE O  C 
837: IC   -C   CA   *N   H      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
838: IC   -C   N    CA   C      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
839: IC   N    CA   C    +N     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
840: IC   +N   CA   *C   O      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
841: IC   CA   C    +N   +CA    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
842: IC   N    C    *CA  CB     0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
843: IC   N    CA   CB   SG     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
844: IC   SG   CA   *CB  CG1    0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
845: IC   SG   CA   *CB  CG2    0.0000    0.00 -120.00    0.00   0.0000 
846:  
847: RESI PHE     0.00000 
848: GROU 
849: ATOM N    NH1    -0.35 
850: ATOM H    H       0.25 
851: ATOM CA   CH1E    0.10 
852: GROU 
853: ATOM CB   CH2E    0.00 
854: ATOM CG   CR      0.00    CZ 
855: ATOM CD1  CR1E    0.00    CE2 
856: ATOM CD2  CR1E    0.00    CE1 
857: GROU 
858: ATOM CE1  CR1E    0.00 
859: ATOM CE2  CR1E    0.00 
860: ATOM CZ   CR1E    0.00 
861: GROU 
862: ATOM C    C       0.55 
863: ATOM O    O      -0.55 
864: BOND N    CA        CA   C         C    +N        C    O         N    H 
865: BOND CA   CB        CB   CG        CG   CD1       CG   CD2       CD1  CE1 
866: BOND CD2  CE2       CE1  CZ        CE2  CZ 
867: DIHE -C   N    CA   C         N    CA   C    +N        CA   C    +N   +CA 
868: DIHE N    CA   CB   CG        CA   CB   CG   CD1 
869: IMPH N    -C   CA   H         C    CA   +N   O         CA   N    C    CB 
870: IMPH CG   CD1  CE1  CZ        CD1  CE1  CZ   CE2       CE1  CZ   CE2  CD2 
871: IMPH CZ   CE2  CD2  CG        CE2  CD2  CG   CD1       CD2  CG   CD1  CE1 
872: IMPH CG   CD1  CD2  CB 
873: DONO  H     N 
874: ACCE O  C 
875: IC   -C   CA   *N   H      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
876: IC   -C   N    CA   C      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
877: IC   N    CA   C    +N     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
878: IC   +N   CA   *C   O      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
879: IC   CA   C    +N   +CA    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
880: IC   N    C    *CA  CB     0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
881: IC   N    CA   CB   CG     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
882: IC   CA   CB   CG   CD1    0.0000    0.00   90.00    0.00   0.0000 
883: IC   CD1  CB   *CG  CD2    0.0000  120.00  180.00  120.00   0.0000 
884: IC   CD1  CG   CD2  CE2    0.0000  120.00    0.00  120.00   0.0000 
885: IC   CD2  CG   CD1  CE1    0.0000  120.00    0.00  120.00   0.0000 
886: IC   CG   CD1  CE1  CZ     0.0000  120.00    0.00  120.00   0.0000 
887:  
888: RESI PHL     0.00000        !TL phenylalaninol 
889: GROU 
890: ATOM N    NH1    -0.35 
891: ATOM H    H       0.25 
892: ATOM CA   CH1E    0.10 
893: GROU 
894: ATOM CB   CH2E    0.00 
895: ATOM CG   CR      0.00    CZ 
896: ATOM CD1  CR1E    0.00    CE2 
897: ATOM CD2  CR1E    0.00    CE1 
898: GROU 
899: ATOM CE1  CR1E    0.00 
900: ATOM CE2  CR1E    0.00 
901: ATOM CZ   CR1E    0.00 
902: GROU 
903: ATOM C    CH2E    0.25          !like serine 
904: ATOM O    OH1    -0.55 
905: ATOM HH   H       0.30 
906: BOND N    CA        CA   C         C    O         N    H 
907: BOND CA   CB        CB   CG        CG   CD1       CG   CD2       CD1  CE1 
908: BOND CD2  CE2       CE1  CZ        CE2  CZ        O    HH 
909: DIHE -C   N    CA   C         CA   C    O    HH 
910: DIHE N    CA   CB   CG        CA   CB   CG   CD1 
911: IMPH N    -C   CA   H         CA   N    C    CB 
912: IMPH CG   CD1  CE1  CZ        CD1  CE1  CZ   CE2       CE1  CZ   CE2  CD2 
913: IMPH CZ   CE2  CD2  CG        CE2  CD2  CG   CD1       CD2  CG   CD1  CE1 
914: IMPH CG   CD1  CD2  CB 
915: DONO  H     N 
916: DONO  HH    O 
917: ACCE  O     C 
918: IC   -C   CA   *N   H      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
919: IC   -C   N    CA   C      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
920: IC   N    C    *CA  CB     0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
921: IC   N    CA   CB   CG     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
922: IC   CA   CB   CG   CD1    0.0000    0.00   90.00    0.00   0.0000 
923: IC   CD1  CB   *CG  CD2    0.0000  120.00  180.00  120.00   0.0000 
924: IC   CD1  CG   CD2  CE2    0.0000  120.00    0.00  120.00   0.0000 
925: IC   CD2  CG   CD1  CE1    0.0000  120.00    0.00  120.00   0.0000 
926: IC   CG   CD1  CE1  CZ     0.0000  120.00    0.00  120.00   0.0000 
927: IC   N    CA   C    O      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
928: IC   CA   C    O    HH     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
929: PATC  LAST NONE 
930:  
931: RESI PRO     0.00000 
932: GROU 
933: ATOM N    N      -0.20 
934: ATOM CD   CH2E    0.10 
935: ATOM CA   CH1E    0.10 
936: GROU 
937: ATOM CB   CH2E    0.00 
938: ATOM CG   CH2E    0.00 
939: GROU 
940: ATOM C    C       0.55 
941: ATOM O    O      -0.55 
942: BOND N    CA        CA   C         C    +N        C    O         N    CD 
943: BOND CA   CB        CB   CG        CG   CD 
944: DIHE -C   N    CA   C         N    CA   C    +N        CA   C    +N   +CA 
945: DIHE N    CA   CB   CG        CA   CB   CG   CD        CB   CG   CD   N 
946: DIHE CG   CD   N    CA 
947: IMPH N    CA   CD   -C        C    CA   +N   O         CA   N    C    CB 
948: ACCE O  C 
949: IC   -C   CA   *N   CD     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
950: IC   -C   N    CA   C      0.0000    0.00  -60.00    0.00   0.0000 
951: IC   N    CA   C    +N     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
952: IC   +N   CA   *C   O      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
953: IC   CA   C    +N   +CA    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
954: IC   C    N    *CA  CB     0.0000    0.00 -120.00    0.00   0.0000 
955: IC   N    CA   CB   CG     0.0000    0.00    0.00  108.00   0.0000 
956: PATC FIRS PROP 
957:  
958: RESI SER     0.00000 
959: GROU 
960: ATOM N    NH1    -0.35 
961: ATOM H    H       0.25 
962: ATOM CA   CH1E    0.10 
963: GROU 
964: ATOM CB   CH2E    0.25 
965: ATOM OG   OH1    -0.55 
966: ATOM HG   H       0.30 
967: GROU 
968: ATOM C    C       0.55 
969: ATOM O    O      -0.55 
970: BOND N    CA        CA   C         C    +N        C    O         N    H 
971: BOND CA   CB        CB   OG        OG   HG 
972: DIHE -C   N    CA   C         N    CA   C    +N        CA   C    +N   +CA 
973: DIHE N    CA   CB   OG        CA   CB   OG   HG 
974: IMPH N    -C   CA   H         C    CA   +N   O         CA   N    C    CB 
975: DONO  H     N 
976: DONO  HG    OG 
977: ACCE OG 
978: ACCE O  C 
979: IC   -C   CA   *N   H      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
980: IC   -C   N    CA   C      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
981: IC   N    CA   C    +N     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
982: IC   +N   CA   *C   O      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
983: IC   CA   C    +N   +CA    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
984: IC   N    C    *CA  CB     0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
985: IC   N    CA   CB   OG     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
986: IC   CA   CB   OG   HG     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
987:  
988: RESI THR     0.00000 
989: GROU 
990: ATOM N    NH1    -0.35 
991: ATOM H    H       0.25 
992: ATOM CA   CH1E    0.10 
993: GROU 
994: ATOM CB   CH1E    0.25 
995: ATOM OG1  OH1    -0.55 
996: ATOM HG1  H       0.30 
997: GROU 
998: ATOM CG2  CH3E    0.00 
999: GROU 
1000: ATOM C    C       0.55 
1001: ATOM O    O      -0.55 
1002: BOND N    CA        CA   C         C    +N        C    O         N    H 
1003: BOND CA   CB        CB   OG1       CB   CG2       OG1  HG1 
1004: DIHE -C   N    CA   C         N    CA   C    +N        CA   C    +N   +CA 
1005: DIHE N    CA   CB   OG1       CA   CB   OG1  HG1 
1006: IMPH N    -C   CA   H         C    CA   +N   O         CA   N    C    CB 
1007: IMPH CB   OG1  CG2  CA 
1008: DONO  H     N 
1009: DONO  HG1  OG1 
1010: ACCE OG1 
1011: ACCE O  C 
1012: IC   -C   CA   *N   H      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
1013: IC   -C   N    CA   C      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
1014: IC   N    CA   C    +N     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
1015: IC   +N   CA   *C   O      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
1016: IC   CA   C    +N   +CA    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
1017: IC   N    C    *CA  CB     0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
1018: IC   N    CA   CB   OG1    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
1019: IC   OG1  CA   *CB  CG2    0.0000    0.00 -120.00    0.00   0.0000 
1020: IC   CA   CB   OG1  HG1    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
1021:  
1022: RESI TRP     0.00000 
1023: GROU 
1024: ATOM N    NH1    -0.35 
1025: ATOM H    H       0.25 
1026: ATOM CA   CH1E    0.10 
1027: GROU 
1028: ATOM CB   CH2E    0.00 
1029: GROU 
1030: ATOM CG   CR     -0.03     CD1  CD2  NE1  CE2  CE3  CZ2  CZ3  CH2 
1031: ATOM CD2  CR      0.10     NE1  CE2  CE3  CZ2  CZ3  CH2 
1032: ATOM CE2  CR     -0.04     CE3  CZ2  CZ3  CH2 
1033: ATOM CE3  CR1E   -0.03     CZ2  CZ3  CH2 
1034: GROU 
1035: ATOM CD1  CR1E    0.06     CD2  NE1  CE2  CE3  CZ2  CZ3  CH2 
1036: ATOM NE1  NH1    -0.36     CE2  CE3  CZ2  CZ3  CH2 
1037: ATOM HE1  H       0.30 
1038: GROU 
1039: ATOM CZ2  CR1E    0.00     CZ3  CH2 
1040: ATOM CZ3  CR1E    0.00     CH2 
1041: ATOM CH2  CR1E    0.00 
1042: GROU 
1043: ATOM C    C       0.55 
1044: ATOM O    O      -0.55 
1045: BOND N    CA        CA   C         C    +N        C    O         N    H 
1046: BOND CA   CB        CB   CG        CG   CD1       CG   CD2       CD1  NE1 
1047: BOND CD2  CE2       NE1  HE1       NE1  CE2       CD2  CE3       CE2  CZ2 
1048: BOND CE3  CZ3       CZ2  CH2       CZ3  CH2 
1049: ! The ring angles are only assigned for the five and six member rings. 
1050: ! The angles CG CD2 CE3  and NE1 CE2 CZ2 are left out to avoid conflicts 
1051: ! with the histidine angle parameters and to preserve symmetry. 
1052: DIHE -C   N    CA   C         N    CA   C    +N        CA   C    +N   +CA 
1053: DIHE N    CA   CB   CG        CA   CB   CG   CD1 
1054: ! The following dihedrals span the rings and keep them parallel. 
1055: DIHE CD1  CE2  CD2  CZ3       CD1  CD2  CE2  CH2 
1056: DIHE CZ2  CE2  CD2  CG        CE3  CD2  CE2  NE1 
1057: IMPH N    -C   CA   H         C    CA   +N   O         CA   N    C    CB 
1058: IMPH CG   CD1  CD2  CB        NE1  CD1  CE2  HE1       CD2  CE2  CZ2  CH2 
1059: IMPH CE2  CZ2  CH2  CZ3       CZ2  CH2  CZ3  CE3       CH2  CZ3  CE3  CD2 
1060: IMPH CZ3  CE3  CD2  CE2       CE3  CD2  CE2  CZ2       CG   CD1  NE1  CE2 
1061: IMPH CD1  NE1  CE2  CD2       NE1  CE2  CD2  CG        CE2  CD2  CG   CD1 
1062: IMPH CD2  CG   CD1  NE1 
1063: ! These impropers are skipped IMPH CD2  CG   CE3  CE2       CE2  CZ2  NE1  CD2 
1064: ! because the rings are kept flat by the proper dihedrals noted above. 
1065: DONO  H     N 
1066: DONO  HE1   NE1 
1067: ACCE O  C 
1068: IC   -C   CA   *N   H      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
1069: IC   -C   N    CA   C      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
1070: IC   N    CA   C    +N     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
1071: IC   +N   CA   *C   O      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
1072: IC   CA   C    +N   +CA    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
1073: IC   N    C    *CA  CB     0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
1074: IC   N    CA   CB   CG     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
1075: IC   CA   CB   CG   CD2    0.0000    0.00   90.00  127.45   1.3673 
1076: IC   CD2  CB   *CG  CD1    1.3673  127.45  180.00  121.78   1.3815 
1077: IC   CD1  CG   CD2  CE2    1.3815  110.77    0.00  102.51   1.3551 
1078: IC   CD2  CG   CD1  NE1    1.3673  110.77    0.00  106.30   1.3203 
1079: IC   CE2  CD1  *NE1 HE1    1.3374  108.05  180.00  125.46   0.9802 
1080: IC   CE2  CG   *CD2 CE3    1.3551  102.51  180.00  134.73   1.3728 
1081: IC   CE2  CD2  CE3  CZ3    1.3551  122.76    0.00  115.22   1.3882 
1082: IC   CE3  CD2  CE2  CZ2    1.3728  122.76    0.00  123.56   1.3712 
1083: IC   CD2  CE2  CZ2  CH2    1.3551  123.56    0.00  114.96   1.3877 
1084:  
1085: RESI TYR     0.00000 
1086: GROU 
1087: ATOM N    NH1    -0.35 
1088: ATOM H    H       0.25 
1089: ATOM CA   CH1E    0.10 
1090: GROU 
1091: ATOM CB   CH2E    0.00 
1092: ATOM CG   CR      0.00    CZ 
1093: GROU 
1094: ATOM CD1  CR1E    0.00    CE2 
1095: ATOM CE1  CR1E    0.00    CD2 
1096: GROU 
1097: ATOM CD2  CR1E    0.00 
1098: ATOM CE2  CR1E    0.00 
1099: GROU 
1100: ATOM CZ   CR      0.25 
1101: ATOM OH   OH1    -0.55 
1102: ATOM HH   H       0.30 
1103: GROU 
1104: ATOM C    C       0.55 
1105: ATOM O    O      -0.55 
1106: BOND N    CA        CA   C         C    +N        C    O         N    H 
1107: BOND CA   CB        CB   CG        CG   CD1       CG   CD2       CD1  CE1 
1108: BOND CD2  CE2       CE1  CZ        CE2  CZ        CZ   OH        OH   HH 
1109: DIHE -C   N    CA   C         N    CA   C    +N        CA   C    +N   +CA 
1110: DIHE N    CA   CB   CG        CA   CB   CG   CD1       CE2  CZ   OH   HH 
1111: IMPH N    -C   CA   H         C    CA   +N   O         CA   N    C    CB 
1112: IMPH CG   CD1  CD2  CB        CZ   CE1  CE2  OH        CG   CD1  CE1  CZ 
1113: IMPH CD1  CE1  CZ   CE2       CE1  CZ   CE2  CD2       CZ   CE2  CD2  CG 
1114: IMPH CE2  CD2  CG   CD1       CD2  CG   CD1  CE1 
1115: DONO  H     N 
1116: DONO  HH    OH 
1117: ACCE OH 
1118: ACCE O  C 
1119: IC   -C   CA   *N   H      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
1120: IC   -C   N    CA   C      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
1121: IC   N    CA   C    +N     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
1122: IC   +N   CA   *C   O      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
1123: IC   CA   C    +N   +CA    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
1124: IC   N    C    *CA  CB     0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
1125: IC   N    CA   CB   CG     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
1126: IC   CA   CB   CG   CD1    0.0000    0.00   90.00    0.00   0.0000 
1127: IC   CD1  CB   *CG  CD2    0.0000  120.00  180.00  120.00   0.0000 
1128: IC   CD2  CG   CD1  CE1    0.0000  120.00    0.00  120.00   0.0000 
1129: IC   CD1  CG   CD2  CE2    0.0000  120.00    0.00  120.00   0.0000 
1130: IC   CG   CD1  CE1  CZ     0.0000  120.00    0.00  120.00   0.0000 
1131: IC   CE2  CE1  *CZ  OH     0.0000  120.00  180.00  120.00   0.0000 
1132: IC   CE1  CZ   OH   HH     0.0000  120.00  180.00    0.00   0.0000 
1133:  
1134: RESI VAL     0.00000 
1135: GROU 
1136: ATOM N    NH1    -0.35 
1137: ATOM H    H       0.25 
1138: ATOM CA   CH1E    0.10 
1139: GROU 
1140: ATOM CB   CH1E    0.00 
1141: ATOM CG1  CH3E    0.00 
1142: ATOM CG2  CH3E    0.00 
1143: GROU 
1144: ATOM C    C       0.55 
1145: ATOM O    O      -0.55 
1146: BOND N    CA        CA   C         C    +N        C    O         N    H 
1147: BOND CA   CB        CB   CG1       CB   CG2 
1148: DIHE -C   N    CA   C         N    CA   C    +N        CA   C    +N   +CA 
1149: DIHE N    CA   CB   CG1 
1150: IMPH N    -C   CA   H         C    CA   +N   O         CA   N    C    CB 
1151: IMPH CB   CG2  CG1  CA 
1152: DONO  H     N 
1153: ACCE O C 
1154: IC   -C   CA   *N   H      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
1155: IC   -C   N    CA   C      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
1156: IC   N    CA   C    +N     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
1157: IC   +N   CA   *C   O      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
1158: IC   CA   C    +N   +CA    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
1159: IC   N    C    *CA  CB     0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
1160: IC   N    CA   CB   CG1    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
1161: IC   CG1  CA   *CB  CG2    0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
1162:  
1163:  
1164: RESI HEME   -2.00000 
1165: GROU 
1166: ATOM FE   FE      0.24 
1167: ATOM NA   NP     -0.18 
1168: ATOM NB   NP     -0.18 
1169: ATOM NC   NP     -0.18 
1170: ATOM ND   NP     -0.18 
1171: GROU 
1172: ATOM C1A  C       0.03 
1173: ATOM CHA  CR1E    0.04 
1174: ATOM C4D  C       0.02 
1175: GROU 
1176: ATOM C1B  C       0.03 
1177: ATOM CHB  CR1E    0.04 
1178: ATOM C4A  C       0.02 
1179: GROU 
1180: ATOM C1C  C       0.03 
1181: ATOM CHC  CR1E    0.04 
1182: ATOM C4B  C       0.02 
1183: GROU 
1184: ATOM C1D  C       0.03 
1185: ATOM CHD  CR1E    0.04 
1186: ATOM C4C  C       0.02 
1187: GROU 
1188: ATOM C2A  C      -0.02 
1189: ATOM CAA  CH2E    0.04 
1190: GROU 
1191: ATOM C3A  C       0.02 
1192: ATOM CMA  CH3E   -0.04 
1193: GROU 
1194: ATOM CBA  CH2E   -0.10 
1195: ATOM CGA  C       0.30 
1196: ATOM O1A  OC     -0.50 
1197: ATOM O2A  OC     -0.50 
1198: GROU 
1199: ATOM C2B  C       0.02 
1200: ATOM CMB  CH3E   -0.04 
1201: GROU 
1202: ATOM C3B  C      -0.05 
1203: ATOM CAB  CR1E    0.03 
1204: ATOM CBB  CH2E   -0.10 
1205: GROU 
1206: ATOM C2C  C       0.02 
1207: ATOM CMC  CH3E   -0.04 
1208: GROU 
1209: ATOM C3C  C      -0.05 
1210: ATOM CAC  CR1E    0.03 
1211: ATOM CBC  CH2E   -0.10 
1212: GROU 
1213: ATOM C2D  C       0.02 
1214: ATOM CMD  CH3E   -0.04 
1215: GROU 
1216: ATOM C3D  C      -0.02 
1217: ATOM CAD  CH2E    0.04 
1218: GROU 
1219: ATOM CBD  CH2E   -0.10 
1220: ATOM CGD  C       0.30 
1221: ATOM O1D  OC     -0.50 
1222: ATOM O2D  OC     -0.50 
1223: BOND FE   NA        FE   NB        FE   NC        FE   ND        NA   C1A 
1224: BOND C1A  C2A       C2A  C3A       C3A  C4A       NA   C4A       C2A  CAA 
1225: BOND CAA  CBA       CBA  CGA       CGA  O1A       CGA  O2A       C3A  CMA 
1226: BOND CHB  C4A       CHB  C1B       NB   C1B       C1B  C2B       C2B  C3B 
1227: BOND C3B  C4B       NB   C4B       C2B  CMB       C3B  CAB       CAB  CBB 
1228: BOND CHC  C4B       CHC  C1C       NC   C1C       C1C  C2C       C2C  C3C 
1229: BOND C3C  C4C       NC   C4C       C2C  CMC       C3C  CAC       CAC  CBC 
1230: BOND CHD  C4C       CHD  C1D       ND   C1D       C1D  C2D       C2D  C3D 
1231: BOND C3D  C4D       ND   C4D       C2D  CMD       C3D  CAD       CAD  CBD 
1232: BOND CBD  CGD       CGD  O1D       CGD  O2D       CHA  C4D       CHA  C1A 
1233: DIHE NA   C4A  CHB  C1B       C4A  CHB  C1B  NB        NB   C4B  CHC  C1C 
1234: DIHE C4B  CHC  C1C  NC        NC   C4C  CHD  C1D       C4C  CHD  C1D  ND 
1235: DIHE ND   C4D  CHA  C1A       C4D  CHA  C1A  NA        C1A  C2A  CAA  CBA 
1236: DIHE C2A  CAA  CBA  CGA       CAA  CBA  CGA  O1A       C2B  C3B  CAB  CBB 
1237: DIHE C2C  C3C  CAC  CBC       C2D  C3D  CAD  CBD       C3D  CAD  CBD  CGD 
1238: DIHE CAD  CBD  CGD  O1D 
1239: IMPH FE   C1A  C4A  NA        FE   C1B  C4B  NB        FE   C1C  C4C  NC 
1240: IMPH FE   C1D  C4D  ND        CHA  NA   C2A  C1A       CHB  NA   C3A  C4A 
1241: IMPH CHB  NB   C2B  C1B       CHC  NB   C3B  C4B       CHC  NC   C2C  C1C 
1242: IMPH CHD  NC   C3C  C4C       CHD  ND   C2D  C1D       CHA  ND   C3D  C4D 
1243: IMPH C2A  C1A  C3A  CAA       C3A  C2A  C4A  CMA       C2B  C1B  C3B  CMB 
1244: IMPH C3B  C2B  C4B  CAB       C2C  C1C  C3C  CMC       C3C  C2C  C4C  CAC 
1245: IMPH C2D  C1D  C3D  CMD       C3D  C2D  C4D  CAD       CBA  O1A  O2A  CGA 
1246: IMPH CBD  O1D  O2D  CGD 
1247: ACCE NA 
1248: ACCE O1A CGA 
1249: ACCE O2A CGA 
1250: ACCE NB 
1251: ACCE NC 
1252: ACCE ND 
1253: ACCE O1D CGD 
1254: ACCE O2D CGD 
1255: PATC  FIRS NONE LAST NONE 
1256:  
1257: RESI ACE     0.00000 ! Acetyl blocking group with standard naming. 
1258: GROU 
1259: ATOM CH3  CH3E    0.00 
1260: GROU 
1261: ATOM C    C       0.55 
1262: ATOM O    O      -0.55 
1263: BOND CH3  C         C    +N        C    O 
1264: DIHE CH3  C    +N   +CA 
1265: IMPH C    CH3  +N   O 
1266: ACCE O C 
1267: IC   +N   CH3  *C   O      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
1268: IC   CH3  C    +N   +CA    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
1269: PATC  FIRS NONE LAST NONE 
1270:  
1271: ! 
1272: ! formamide. Charges according to Reiher (from States?) 
1273: RESI FORM    0.00000 
1274: GROU 
1275: ATOM HA   HA      0.00 
1276: GROU 
1277: ATOM C    C       0.55 
1278: ATOM O    O      -0.55 
1279: GROU 
1280: ATOM N    NH2    -0.60 
1281: ATOM H1   H       0.30 
1282: ATOM H2   H       0.30 
1283: BOND HA   C         C     N        C    O 
1284: BOND N    H2        N    H1 
1285: DIHE HA   C     N    H2 
1286: IMPH C    HA    N   O 
1287: IMPH N     C   H2   H1 
1288: ACCE O  C 
1289: DONO  H1   N 
1290: IC    N   HA   *C   O      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
1291: IC   HA   C     N    H2    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
1292: IC    C   H2   *N   H1     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
1293: PATC  FIRS NONE LAST NONE 
1294:  
1295: RESI AMN     0.00000 
1296: GROU 
1297: ATOM CL   CH3E    0.00 
1298: GROU 
1299: ATOM C    C       0.55 
1300: ATOM O    O      -0.55 
1301: BOND CL   C         C    +N        C    O 
1302: DIHE CL   C    +N   +CA 
1303: IMPH C    CL   +N   O 
1304: ACCE O C 
1305: IC   +N   CL   *C   O      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
1306: IC   CL   C    +N   +CA    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
1307: PATC  FIRS NONE LAST NONE 
1308:  
1309: RESI CBX     0.00000 
1310: GROU 
1311: ATOM N    NH1    -0.35 
1312: ATOM H    H       0.25 
1313: ATOM CA   CH3E    0.10 
1314: BOND N    CA        N    H 
1315: IMPH N    -C   CA   H 
1316: DONO  H    N 
1317: IC   -C   CA   *N   H      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
1318: PATC  FIRS NONE LAST NONE 
1319:  
1320: RESI NH2     0.00000 
1321: GROU 
1322: ATOM N    NH2    -0.60 
1323: ATOM H1   H       0.30 
1324: ATOM H2   H       0.30 
1325: BOND N    H1        N    H2 
1326: DONO  H1    N  
1327: DONO  H2    N   
1328: IC   -O  -C   N   H1      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
1329: IC   H1  -C  *N   H2      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
1330: PATC  FIRS NONE LAST NONE 
1331:  
1332: PRES NTER    0.00000          !TL  
1333: GROU 
1334: ATOM HT1  HC      0.30 
1335: ATOM HT2  HC      0.30 
1336: ATOM N    NH3    -0.90 
1337: ATOM HT3  HC      0.30 
1338: DELETE ATOM H 
1339: ATOM CA   CH1E    0.00 
1340: BOND HT1  N         HT2  N    HT3  N 
1341: DIHE HT2  N    CA   C         HT1  N    CA   C         HT3  N    CA   C 
1342: DONO  HT1   N 
1343: DONO  HT2   N 
1344: DONO  HT3   N 
1345: IC   HT1  N    CA   C      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
1346: IC   HT2  CA   *N   HT1    0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
1347: IC   HT3  CA   *N   HT2    0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
1348:  
1349: PRES NTEH    0.00000          !TL  , deprotonated 
1350: GROU 
1351: ATOM HT1  H       0.30 
1352: ATOM HT2  H       0.30 
1353: ATOM N    NH2    -0.60 
1354: DELETE ATOM H 
1355: ATOM CA   CH1E    0.00 
1356: BOND HT1  N         HT2  N     
1357: DIHE HT2  N    CA   C         HT1  N    CA   C          
1358: DONO  HT1   N 
1359: DONO  HT2   N 
1360: IC   HT1  N    CA   C      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
1361: IC   HT2  CA   *N   HT1    0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
1362:  
1363: PRES GLYP    0.00000          !TL  
1364: GROUP 
1365: ATOM HT1  HC      0.45 
1366: ATOM HT2  HC      0.45 
1367: ATOM N    NH3    -1.34 
1368: ATOM HT3  HC      0.44 
1369: DELETE ATOM H 
1370: ATOM CA   CH2E    0.00 
1371: BOND HT1  N         HT2  N    HT3  N 
1372: DIHE HT2  N    CA   C         HT1  N    CA   C         HT3  N    CA   C 
1373: DONO  HT1   N 
1374: DONO  HT2   N 
1375: DONO  HT3   N 
1376: IC   HT1  N    CA   C      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
1377: IC   HT2  CA   *N   HT1    0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
1378: IC   HT3  CA   *N   HT2    0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
1379:  
1380: PRES PROP    0.00000          !TL  
1381: GROUP 
1382: ATOM HT1  HC      0.45 
1383: ATOM HT2  HC      0.45 
1384: ATOM N    NH3    -1.40 
1385: ATOM CD   CH2E    0.25 
1386: ATOM CA   CH1E    0.25 
1387: BOND HT1  N         HT2  N 
1388: DIHE HT2  N    CA   C         HT1  N    CA   C 
1389: DONO  HT1   N 
1390: DONO  HT2   N 
1391: IC   HT1  CA   *N   CD     0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
1392: IC   HT2  CA   *N   HT1    0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
1393:  
1394: PRES CTER   0.00000           !TL  
1395: GROU 
1396: ATOM C    C       1.00 
1397: ATOM OT1  OC     -0.50 
1398: ATOM OT2  OC     -0.50 
1399: DELETE ATOM O 
1400: BOND C    OT1       C    OT2 
1401: DIHE N    CA    C    OT2 
1402: IMPH C    CA    OT2  OT1 
1403: ACCE OT1 C 
1404: ACCE OT2 C 
1405: IC   N    CA    C    OT2    0.0  0.0  180.0  0.0  0.0 
1406: IC   OT2  CA    *C   OT1    0.0  0.0  180.0  0.0  0.0 
1407:  
1408: PRES CTEH   0.00000           !TL, protonated 
1409: GROU 
1410: ATOM C    C       0.80 
1411: ATOM OT1  O      -0.55 
1412: ATOM OT2  OH1    -0.45 
1413: ATOM HH   H       0.20 
1414: DELETE ATOM O 
1415: BOND C    OT1       C    OT2    OT2   HH 
1416: DIHE N    CA    C    OT2    CA C OT2 HH 
1417: IMPH C    CA    OT2  OT1 
1418: ACCE OT1 C 
1419: DONO HH  OT2 
1420: IC   N    CA    C    OT2    0.0  0.0  180.0  0.0  0.0 
1421: IC   OT2  CA    *C   OT1    0.0  0.0  180.0  0.0  0.0 
1422: IC   CA    C    OT2   HH    0.0  0.0  180.0  0.0  0.0 
1423:  
1424: PRES TBUT   0.00000           !TL  tert-butyl, after CT1 of top22 
1425: GROU 
1426: ATOM C    C       0.70 
1427: ATOM OT1  O      -0.55 
1428: ATOM OT2  OS     -0.30 
1429: ATOM CT1  CH2E    0.15 
1430: GROU 
1431: ATOM CT2  CH1E    0.00 
1432: ATOM CT3  CH3E    0.00 
1433: ATOM CT4  CH3E    0.00 
1434: DELETE ATOM O 
1435: BOND C    OT1   C    OT2      OT2   CT1      CT1  CT2      CT2  CT3    CT2  CT4 
1436: DIHE N    CA    C    OT2        CA    C    OT2   CT1       C    OT2   CT1  CT2 
1437: DIHE OT2   CT1  CT2   CT3 
1438: IMPH C    CA    OT2  OT1     CT2   CT1  CT3  CT4 
1439: ACCE OT1 C 
1440: ACCE OT2 C 
1441: IC   N    CA    C    OT2    0.0  0.0  180.0  0.0  0.0 
1442: IC   OT2  CA    *C   OT1    0.0  0.0  180.0  0.0  0.0 
1443: IC   CA    C    OT2  CT1    0.0  0.0  180.0  0.0  0.0 
1444: IC   C    OT2   CT1  CT2    0.0  0.0  180.0  0.0  0.0 
1445: IC   OT2  CT1   CT2  CT3    0.0  0.0  180.0  0.0  0.0 
1446: IC   CT1  CT3   *CT2 CT4    0.0  0.0  120.0  0.0  0.0 
1447:  
1448: PRES LINK  0.0  ! linkage for IMAGES or for joining segments 
1449: !       1 refers to previous (N terminal), 2 refers to next (C terminal) 
1450: BOND 1C   2N 
1451: THET 1C   2N   2CA            1CA  1C   2N 
1452: THET 1O   1C   2N             1C   2N   2H 
1453: DIHE 1C   2N   2CA  2C        1N   1CA  1C   2N        1CA  1C   2N   2CA 
1454: IMPH 2N   1C   2CA  2H        1C   1CA  2N   1O 
1455: IC   1N   1CA  1C   2N     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
1456: IC   2N   1CA  *1C  1O     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
1457: IC   1CA  1C   2N   2CA    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
1458: IC   1C   2N   2CA  2C     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
1459: IC   1C   2CA  *2N  2H     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
1460:  
1461: RESI O2      0.00000 
1462: GROUP 
1463: ATOM O1    OM      0.021 
1464: ATOM O2    OM     -0.021 
1465: BOND O1    O2 
1466: PATC  FIRS NONE LAST NONE 
1467:  
1468: RESI CO2P    0.00000 
1469: GROUP 
1470: ATOM C    CM      0.021 
1471: ATOM O    OM     -0.021 
1472: BOND C    O 
1473: PATC  FIRS NONE LAST NONE 
1474:  
1475: RESI CO      0.00000 
1476: GROUP 
1477: ATOM C    CM      0.021 
1478: ATOM O    OM     -0.021 
1479: BOND C    O 
1480: PATC  FIRS NONE LAST NONE 
1481:  
1482: RESI ETH     0.00000 
1483: GROU 
1484: ATOM C2   CH3E    0.00 
1485: GROU 
1486: ATOM C1   CH2E    0.25 
1487: ATOM O    OH1    -0.65 
1488: ATOM H    H       0.40 
1489: BOND C2   C1        C1   O         O    H 
1490: DIHE C2   C1   O    H 
1491: DONO  H     O 
1492: ACCE O 
1493: IC   C2   C1   O    H      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
1494: IC   C1   O    H    BLNK   0.0000    0.00    0.00    0.00   0.0000 
1495: PATC  FIRS NONE LAST NONE 
1496:  
1497: RESI ST2     .000   ! NOW INCLUDES THE LONE PAIRS GIVING 5 ATOMS FOR ST2 
1498: GROUP 
1499: ATOM OX2  OH2     .00 
1500: ATOM HX1  H       .24 
1501: ATOM HX2  H       .24 
1502: ATOM LX1  LP     -.24 
1503: ATOM LX2  LP     -.24 
1504: BOND OX2  HX1       OX2  HX2 
1505: BOND OX2  LX1       OX2  LX2 
1506: !                          NOTE: NO DONORS OR ACCEPTORS FOR ST2 
1507: PATC  FIRS NONE LAST NONE 
1508:  
1509: RESI TIP3    .000   ! TIPS3P WATER MODEL 
1510: GROUP 
1511: ATOM OH2  OT     -0.834 
1512: ATOM H1   HT      0.417 
1513: ATOM H2   HT      0.417 
1514: BOND OH2  H1        OH2  H2        H1   H2  ! THE LAST BOND IS NEEDED FOR SHAKE 
1515: ANGLE  H1 OH2 H2 
1516: ACCE OH2 
1517: PATC  FIRS NONE LAST NONE 
1518:  
1519: RESI OH2    .000   ! TIPS3P WATER MODEL 
1520: GROUP 
1521: ATOM OH2  OT     -0.834 
1522: ATOM H1   HT      0.417 
1523: ATOM H2   HT      0.417 
1524: BOND OH2  H1        OH2  H2        H1   H2  ! THE LAST BOND IS NEEDED FOR SHAKE 
1525: ANGLE  H1 OH2 H2 
1526: ACCE OH2 
1527: PATC  FIRS NONE LAST NONE 
1528:  
1529: RESI SO4  -2.0 
1530: GROUP 
1531: ATOM S    S     0.0 
1532: ATOM O1   OC   -0.5 
1533: ATOM O2   OC   -0.5 
1534: ATOM O3   OC   -0.5 
1535: ATOM O4   OC   -0.5 
1536: BOND S O1    S O2    S O3    S O4 
1537: ACCE O1  S 
1538: ACCE O2  S 
1539: ACCE O3  S 
1540: ACCE O4  S 
1541: PATC FIRS NONE LAST NONE 
1542:  
1543: RESI COH     0.00000 
1544: GROU 
1545: ATOM C    CH3E    0.25 
1546: ATOM O    OH1    -0.65 
1547: ATOM H    H       0.40 
1548: BOND  C    O         O    H 
1549: DONO  H    O 
1550: ACCE O 
1551: IC   C    O    H    BLNK   0.0000    0.00    0.00    0.00   0.0000 
1552: PATC  FIRS NONE LAST NONE 
1553:  
1554: PRES DISU 0.000  ! PATCH FOR DISULFIDES. Patch must be 1-CYS and 2-CYS. 
1555: GROUP 
1556: ATOM 1CB  CH2E  0.19 
1557: ATOM 1SG  S    -0.19 
1558: GROUP 
1559: ATOM 2SG  S    -0.19 
1560: ATOM 2CB  CH2E  0.19 
1561: BOND 1SG 2SG 
1562: ANGLE  1CB 1SG 2SG      1SG 2SG 2CB 
1563: DIHE   1CA 1CB 1SG 2SG      1CB 1SG 2SG 2CB    1SG 2SG 2CB 2CA 
1564: IC     1CA 1CB 1SG 2SG    0.0  0.0  180.0  0.0  0.0 
1565: IC     1CB 1SG 2SG 2CB    0.0  0.0  180.0  0.0  0.0 
1566: IC     1SG 2SG 2CB 2CA    0.0  0.0  180.0  0.0  0.0 
1567:  
1568: PRES FHEM 0.0   ! FIX UP THE HEME BY DELETING UNWANTED ANGLES 
1569: DELETE ANGLE 2NA 2FE 2NC  2NB 2FE 2ND 
1570:  
1571: PRES PHEM  0.0  ! Patch for HEME. Patch residues must be 1-HIS, and 2-HEME. 
1572: BOND 1NE2 2FE 
1573: ANGL 1CD2  1NE2  2FE    1CE1  1NE2  2FE    1NE2  2FE  2NA    1NE2  2FE  2NB 
1574: ANGL 1NE2  2FE   2NC    1NE2  2FE   2ND 
1575: DELETE ANGLE 2NA 2FE 2NC  2NB 2FE 2ND 
1576: DIHE 1CD2  1NE2  2FE  2NA 
1577:  
1578: PRES PLO2 0.0 ! Patch residue for Heme ligand.  Residues must be 
1579: ! 1-O2 , 2-HEME , and 3-HIS 
1580: ! O1 of the oxygen is bonded to the iron. 
1581: BOND 1O1  2FE 
1582: !ANGL 1O1  2FE  3NE2 
1583: ANGL 1O2  1O1  2FE    1O1  2FE  2NA    1O1  2FE  2NB 
1584: ANGL 1O1  2FE  2NC     1O1  2FE 2ND 
1585: DIHE 1O2  1O1  2FE  2NA 
1586:  
1587: PRES PLIG 0.0 ! Patch residue for Heme ligand. Residues must be, 
1588: !                           1-CO , 2-HEME , and 3-HIS 
1589: BOND 1C  2FE 
1590: !ANGL 1C  2FE  3NE2 
1591: ANGL 1O  1C  2FE    1C  2FE  2NA    1C  2FE  2NB 
1592: ANGL 1C  2FE  2NC     1C  2FE 2ND 
1593: DIHE 1O  1C  2FE  2NA 
1594:  
1595: PRES LTOD 0.0 
1596: DELE IMPR 1CA 1N 1C 1CB 
1597: IMPR 1CA 1C 1N 1CB 
1598:  
1599: PRES HS2          0.00 ! Patch for neutral His, move proton from ND1 to NE2 
1600: !                 
1601: !                  
1602: !          ND1--CE1 
1603: !         /      | 
1604: !  -CB--CG       | 
1605: !         \      | 
1606: !          CD2--NE2 
1607: !                 \ 
1608: !                 HE2 
1609: GROUP 
1610: ATOM CG   C       0.10 
1611: ATOM ND1  NR     -0.40 
1612: ATOM CE1  CR1E    0.30 
1613: GROU 
1614: ATOM CD2  CR1E    0.10 
1615: ATOM NE2  NH1    -0.40 
1616: ATOM HE2  H       0.30 
1617: DELETE ATOM HD1 
1618: DELETE ACCE NE2 
1619: BOND NE2 HE2 
1620: ANGLE  CE1 NE2 HE2 CD2 NE2 HE2 
1621: IMPR NE2 CE1 CD2 HE2 
1622: DONOR HE2 NE2 
1623: ACCEPTOR ND1 
1624: IC CE1  CD2  *NE2 HE2   0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000 
1625:  
1626:  
1627: END 


r28029/toph19_eef1.inp 2017-01-21 10:34:27.582250000 +0000 r28028/toph19_eef1.inp 2017-01-21 10:34:30.638250000 +0000
  1: * TOPOLOGY FILE FOR PROTEINS USING EXPLICIT HYDROGEN ATOMS: VERSION 19  1: svn: E195012: Unable to find repository location for 'svn+ssh://svn.ch.private.cam.ac.uk/groups/wales/trunk/CHARMM35/toppar/eef1-related/toph19_eef1.inp' in revision 28028
  2: * T. Lazaridis: here the ionic sidechains and termini are neutralized 
  3: * Also, a new atom type has been added, CR, for 4-bonded carbon in  
  4: * aromatics and Arginine. Modifications are marked by TL 
  5: * 
  6:    20    1                ! Version number 
  7: MASS     1 H      1.00800 ! hydrogen which can h-bond to neutral atom 
  8: MASS     2 HC     1.00800 !   -    "     -               charged atom 
  9: MASS     3 HA     1.00800 ! aliphatic hydrogen 
 10: MASS     4 HT     1.00800 ! TIPS3P WATER HYDROGEN 
 11: MASS     5 LP     0.0     ! ST2 LONE PAIR 
 12: MASS    10 CT    12.01100 ! aliphatic carbon 
 13: MASS    11 C     12.01100 ! carbonyl carbon 
 14: MASS    12 CH1E  13.01900 ! extended atom carbon w/ one hydrogen 
 15: MASS    13 CH2E  14.02700 !   -    "    -           two 
 16: MASS    14 CH3E  15.03500 !   -    "    -           three 
 17: MASS    15 CR1E  13.01900 !   -    "    -        in aromatic ring w/ one H 
 18: MASS    16 CM    12.01100 ! carbon in carbonmonoxide 
 19: MASS    31 N     14.00670 ! peptide nitrogen with no hydrogens attached 
 20: MASS    32 NR    14.00670 ! nitrogen in aromatic ring with no hydrogens 
 21: MASS    33 NP    14.00670 ! pyrole nitrogen 
 22: !MASS    34 NH1E  15.01470 ! extended atom peptide nitrogen with one hydrogen 
 23: !MASS    35 NH2E  16.02270 !  -       "        -                 two   -"- 
 24: !MASS    36 NH3E  17.03070 !  -       "        -                 three -"- 
 25: !MASS    37 NC2E  16.02270 ! extended atom charged guanidinium nitrogen w/ 2 H 
 26: MASS    38 NH1   14.00670 ! peptide nitrogen bound to one hydrogen 
 27: MASS    39 NH2   14.00670 !  -       "        -       two -"- 
 28: MASS    40 NH3   14.00670 ! nitrogen bound to three hydrogens 
 29: MASS    41 NC2   14.00670 ! charged guanidinuim nitrogen bound to two hydrogens 
 30: MASS    51 O     15.99940 ! carbonyl oxygen 
 31: MASS    52 OC    15.99940 ! carboxy oxygen 
 32: !MASS    53 OH1E  17.00740 ! extended atom hydroxy oxygen 
 33: !MASS    54 OH2E  18.01540 ! extended atom water 
 34: MASS    55 OH1   15.99940 ! hydroxy oxygen 
 35: MASS    56 OH2   15.99940 ! ST2 water oxygen 
 36: MASS    57 OM    15.99940 ! oxygen in carbonmonoxide 
 37: MASS    58 OT    15.99940 ! TIPS3P WATER OXYGEN 
 38: MASS    59 OS    15.99940 ! ester oxygen 
 39: MASS    81 S     32.06000 ! sulphur 
 40: MASS    82 SH1E  33.06800 ! extended atom sulphur with one hydrogen 
 41: MASS    91 FE    55.84700 ! iron 
 42: MASS    92 CR    12.01100 ! 4-bonded carbon in aromatics and Arginine 
 43:  
 44: DECL -C 
 45: DECL -O 
 46: DECL +N 
 47: DECL +H 
 48: DECL +CA 
 49:  
 50: AUTOGENERATE ANGLES 
 51: DEFA FIRS NTER LAST CTER 
 52:  
 53: RESI ALA     0.00000 
 54: GROU 
 55: ATOM N    NH1    -0.35 
 56: ATOM H    H       0.25 
 57: ATOM CA   CH1E    0.10 
 58: GROU 
 59: ATOM CB   CH3E    0.00 
 60: GROU 
 61: ATOM C    C       0.55 
 62: ATOM O    O      -0.55 
 63: BOND N    CA        CA   C         C    +N        C    O         N    H 
 64: BOND CA   CB 
 65: DIHE -C   N    CA   C         N    CA   C    +N        CA   C    +N   +CA 
 66: IMPH N    -C   CA   H         C    CA   +N   O         CA   N    C    CB 
 67: DONO  H  N 
 68: ACCE O  C 
 69: IC   -C   CA   *N   H      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
 70: IC   -C   N    CA   C      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
 71: IC   N    CA   C    +N     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
 72: IC   +N   CA   *C   O      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
 73: IC   CA   C    +N   +CA    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
 74: IC   N    C    *CA  CB     0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
 75:  
 76: RESI ARG     0.00000        !TL 
 77: GROU 
 78: ATOM N    NH1    -0.35 
 79: ATOM H    H       0.25 
 80: ATOM CA   CH1E    0.10 
 81: GROU 
 82: ATOM CB   CH2E    0.00 
 83: ATOM CG   CH2E    0.00 
 84: GROU 
 85: ATOM CD   CH2E    0.10 
 86: ATOM NE   NH1    -0.40 
 87: ATOM HE   H       0.15 
 88: ATOM CZ   CR      0.25 
 89: GROU 
 90: ATOM NH1  NC2    -0.85 
 91: ATOM HH11 HC      0.40 
 92: ATOM HH12 HC      0.40 
 93: GROU 
 94: ATOM NH2  NC2    -0.85 
 95: ATOM HH21 HC      0.40 
 96: ATOM HH22 HC      0.40 
 97: GROU 
 98: ATOM C    C       0.55 
 99: ATOM O    O      -0.55 
100: BOND N    CA        CA   C         C    +N        C    O         N    H 
101: BOND CA   CB        CB   CG        CG   CD        CD   NE        NE   HE 
102: BOND NE   CZ        CZ   NH1       CZ   NH2       NH1  HH11      NH1  HH12 
103: BOND NH2  HH21      NH2  HH22 
104: DIHE -C   N    CA   C         N    CA   C    +N        CA   C    +N   +CA 
105: DIHE N    CA   CB   CG        CA   CB   CG   CD        CB   CG   CD   NE 
106: DIHE CG   CD   NE   CZ        CD   NE   CZ   NH1       NE   CZ   NH1  HH11 
107: DIHE NE   CZ   NH2  HH21      NE   CZ   NH1  HH12      NE   CZ   NH2  HH22 
108: IMPH N    -C   CA   H         C    CA   +N   O         CA   N    C    CB 
109: IMPH NE   CD   CZ   HE        CZ   NH1  NH2  NE 
110: DONO  H N 
111: DONO  HE NE 
112: DONO  HH11 NH1 
113: DONO  HH12 NH1 
114: DONO  HH21 NH2 
115: DONO  HH22 NH2 
116: ACCE O C 
117: IC   -C   CA   *N   H      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
118: IC   -C   N    CA   C      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
119: IC   N    CA   C    +N     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
120: IC   +N   CA   *C   O      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
121: IC   CA   C    +N   +CA    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
122: IC   N    C    *CA  CB     0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
123: IC   N    CA   CB   CG     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
124: IC   CA   CB   CG   CD     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
125: IC   CB   CG   CD   NE     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
126: IC   CG   CD   NE   CZ     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
127: IC   CD   NE   CZ   NH1    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
128: IC   NH1  NE   *CZ  NH2    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
129: IC   CD   CZ   *NE  HE     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
130: IC   NE   CZ   NH1  HH11   0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
131: IC   HH11 CZ   *NH1 HH12   0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
132: IC   NE   CZ   NH2  HH21   0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
133: IC   HH21 CZ   *NH2 HH22   0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
134:  
135: RESI ASN     0.00000 
136: GROU 
137: ATOM N    NH1    -0.35 
138: ATOM H    H       0.25 
139: ATOM CA   CH1E    0.10 
140: GROU 
141: ATOM CB   CH2E    0.00 
142: GROU 
143: ATOM CG   C       0.55 
144: ATOM OD1  O      -0.55 
145: GROU 
146: ATOM ND2  NH2    -0.60 
147: ATOM HD21 H       0.30 
148: ATOM HD22 H       0.30 
149: GROU 
150: ATOM C    C       0.55 
151: ATOM O    O      -0.55 
152: BOND N    CA        CA   C         C    +N        C    O         N    H 
153: BOND CA   CB        CB   CG        CG   OD1       CG   ND2       ND2  HD21 
154: BOND ND2  HD22 
155: DIHE -C   N    CA   C         N    CA   C    +N        CA   C    +N   +CA 
156: DIHE N    CA   CB   CG        CA   CB   CG   OD1       CB   CG   ND2  HD21 
157: IMPH N    -C   CA   H         C    CA   +N   O         CA   N    C    CB 
158: IMPH CG   OD1  ND2  CB        ND2  HD21 HD22 CG 
159: DONO  H N 
160: DONO  HD21 ND2 
161: DONO  HD22 ND2 
162: ACCE OD1 CG 
163: ACCE O C 
164: IC   -C   CA   *N   H      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
165: IC   -C   N    CA   C      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
166: IC   N    CA   C    +N     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
167: IC   +N   CA   *C   O      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
168: IC   CA   C    +N   +CA    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
169: IC   N    C    *CA  CB     0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
170: IC   N    CA   CB   CG     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
171: IC   CA   CB   CG   OD1    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
172: IC   OD1  CB   *CG  ND2    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
173: IC   OD1  CG   ND2  HD21   0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
174: IC   HD21 CG   *ND2 HD22   0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
175:  
176: RESI ASP     0.00000   ! TL 
177: GROU 
178: ATOM N    NH1    -0.35 
179: ATOM H    H       0.25 
180: ATOM CA   CH1E    0.10 
181: GROU 
182: ATOM CB   CH2E   -0.15 
183: ATOM CG   C       1.35 
184: ATOM OD1  OC     -0.60 
185: ATOM OD2  OC     -0.60 
186: GROU 
187: ATOM C    C       0.55 
188: ATOM O    O      -0.55 
189: BOND N    CA        CA   C         C    +N        C    O         N    H 
190: BOND CA   CB        CB   CG        CG   OD1       CG   OD2 
191: DIHE -C   N    CA   C         N    CA   C    +N        CA   C    +N   +CA 
192: DIHE N    CA   CB   CG        CA   CB   CG   OD1 
193: IMPH N    -C   CA   H         C    CA   +N   O         CA   N    C    CB 
194: IMPH CG   OD1  OD2  CB 
195: DONO  H     N 
196: ACCE OD1  CG 
197: ACCE OD2  CG 
198: ACCE O  C 
199: IC   -C   CA   *N   H      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
200: IC   -C   N    CA   C      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
201: IC   N    CA   C    +N     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
202: IC   +N   CA   *C   O      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
203: IC   CA   C    +N   +CA    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
204: IC   N    C    *CA  CB     0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
205: IC   N    CA   CB   CG     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
206: IC   CA   CB   CG   OD1    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
207: IC   OD1  CB   *CG  OD2    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
208:  
209: RESI CYS     0.00000 
210: GROU 
211: ATOM N    NH1    -0.35 
212: ATOM H    H       0.25 
213: ATOM CA   CH1E    0.10 
214: GROU 
215: ATOM CB   CH2E    0.19 
216: ATOM SG   SH1E   -0.19 
217: GROU 
218: ATOM C    C       0.55 
219: ATOM O    O      -0.55 
220: BOND N    CA        CA   C         C    +N        C    O         N    H 
221: BOND CA   CB        CB   SG 
222: DIHE -C   N    CA   C         N    CA   C    +N        CA   C    +N   +CA 
223: DIHE N    CA   CB   SG 
224: IMPH N    -C   CA   H         C    CA   +N   O         CA   N    C    CB 
225: DONO  H     N 
226: ACCE O  C 
227: IC   -C   CA   *N   H      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
228: IC   -C   N    CA   C      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
229: IC   N    CA   C    +N     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
230: IC   +N   CA   *C   O      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
231: IC   CA   C    +N   +CA    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
232: IC   N    C    *CA  CB     0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
233: IC   N    CA   CB   SG     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
234:  
235: RESI GLN     0.00000 
236: GROU 
237: ATOM N    NH1    -0.35 
238: ATOM H    H       0.25 
239: ATOM CA   CH1E    0.10 
240: GROU 
241: ATOM CB   CH2E    0.00 
242: ATOM CG   CH2E    0.00 
243: GROU 
244: ATOM CD   C       0.55 
245: ATOM OE1  O      -0.55 
246: GROU 
247: ATOM NE2  NH2    -0.60 
248: ATOM HE21 H       0.30 
249: ATOM HE22 H       0.30 
250: GROU 
251: ATOM C    C       0.55 
252: ATOM O    O      -0.55 
253: BOND N    CA        CA   C         C    +N        C    O         N    H 
254: BOND CA   CB        CB   CG        CG   CD        CD   OE1       CD   NE2 
255: BOND NE2  HE21      NE2  HE22 
256: DIHE -C   N    CA   C         N    CA   C    +N        CA   C    +N   +CA 
257: DIHE N    CA   CB   CG        CA   CB   CG   CD        CB   CG   CD   OE1 
258: DIHE CG   CD   NE2  HE21 
259: IMPH N    -C   CA   H         C    CA   +N   O         CA   N    C    CB 
260: IMPH CD   OE1  NE2  CG        NE2  HE21 HE22 CD 
261: DONO  H     N 
262: DONO  HE21  NE2 
263: DONO  HE22  NE2 
264: ACCE OE1  CD 
265: ACCE O  C 
266: IC   -C   CA   *N   H      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
267: IC   -C   N    CA   C      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
268: IC   N    CA   C    +N     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
269: IC   +N   CA   *C   O      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
270: IC   CA   C    +N   +CA    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
271: IC   N    C    *CA  CB     0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
272: IC   N    CA   CB   CG     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
273: IC   CA   CB   CG   CD     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
274: IC   CB   CG   CD   OE1    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
275: IC   OE1  CG   *CD  NE2    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
276: IC   OE1  CD   NE2  HE21   0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
277: IC   HE21 CD   *NE2 HE22   0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
278:  
279: RESI GLU     0.00000 ! TL: as ASP 
280: GROU 
281: ATOM N    NH1    -0.35 
282: ATOM H    H       0.25 
283: ATOM CA   CH1E    0.10 
284: GROU 
285: ATOM CB   CH2E    0.00 
286: GROU 
287: ATOM CG   CH2E   -0.15 
288: ATOM CD   C       1.35 
289: ATOM OE1  OC     -0.60 
290: ATOM OE2  OC     -0.60 
291: GROU 
292: ATOM C    C       0.55 
293: ATOM O    O      -0.55 
294: BOND N    CA        CA   C         C    +N        C    O         N    H 
295: BOND CA   CB        CB   CG        CG   CD        CD   OE1       CD   OE2 
296: DIHE -C   N    CA   C         N    CA   C    +N        CA   C    +N   +CA 
297: DIHE N    CA   CB   CG        CA   CB   CG   CD        CB   CG   CD   OE1 
298: IMPH N    -C   CA   H         C    CA   +N   O         CA   N    C    CB 
299: IMPH CD   OE1  OE2  CG 
300: DONO  H     N 
301: ACCE OE1  CD 
302: ACCE OE2  CD 
303: ACCE O  C 
304: IC   -C   CA   *N   H      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
305: IC   -C   N    CA   C      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
306: IC   N    CA   C    +N     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
307: IC   +N   CA   *C   O      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
308: IC   CA   C    +N   +CA    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
309: IC   N    C    *CA  CB     0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
310: IC   N    CA   CB   CG     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
311: IC   CA   CB   CG   CD     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
312: IC   CB   CG   CD   OE1    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
313: IC   OE1  CG   *CD  OE2    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
314:  
315: RESI GLY     0.00000 
316: GROU 
317: ATOM N    NH1    -0.35 
318: ATOM H    H       0.25 
319: ATOM CA   CH2E    0.10 
320: GROU 
321: ATOM C    C       0.55 
322: ATOM O    O      -0.55 
323: BOND N    CA        CA   C         C    +N        C    O         N    H 
324: DIHE -C   N    CA   C         N    CA   C    +N        CA   C    +N   +CA 
325: IMPH N    -C   CA   H         C    CA   +N   O 
326: DONO  H     N 
327: ACCE O  C 
328: IC   -C   CA   *N   H      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
329: IC   -C   N    CA   C      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
330: IC   N    CA   C    +N     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
331: IC   +N   CA   *C   O      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
332: IC   CA   C    +N   +CA    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
333: PATC FIRS GLYP 
334:  
335: RESI HIS     0.00000                ! Rings charges from Del Bene and Cohen 
336: GROU                                 ! JACS 100:5285 (1978) Imidazole sto-3g calc. 
337: ATOM N    NH1    -0.35                ! Note that this residue has non-neutral groups. 
338: ATOM H    H       0.25 
339: ATOM CA   CH1E    0.10 
340: GROU 
341: ATOM CB   CH2E    0.00 
342: GROUP 
343: ATOM CG   CR      0.10 
344: ATOM ND1  NH1    -0.40 
345: ATOM HD1  H       0.30 
346: GROU 
347: ATOM CD2  CR1E    0.10 
348: ATOM NE2  NR     -0.40 
349: ATOM CE1  CR1E    0.30 
350: GROU 
351: ATOM C    C       0.55 
352: ATOM O    O      -0.55 
353: BOND N    CA        CA   C         C    +N        C    O         N    H 
354: BOND CA   CB        CB   CG        CG   ND1       CG   CD2       ND1  HD1 
355: BOND ND1  CE1       CD2  NE2       CE1  NE2 
356: DIHE -C   N    CA   C         N    CA   C    +N        CA   C    +N   +CA 
357: DIHE N    CA   CB   CG        CA   CB   CG   ND1 
358: IMPH N    -C   CA   H         C    CA   +N   O         CA   N    C    CB 
359: IMPH CG   ND1  CD2  CB        ND1  CG   CE1  HD1       CG   ND1  CE1  NE2 
360: IMPH ND1  CE1  NE2  CD2       CE1  NE2  CD2  CG        NE2  CD2  CG   ND1 
361: IMPH CD2  CG   ND1  CE1 
362: DONO  H     N 
363: DONO  HD1   ND1 
364: ACCE NE2 
365: ACCE O  C 
366: IC   -C   CA   *N   H      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
367: IC   -C   N    CA   C      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
368: IC   N    CA   C    +N     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
369: IC   +N   CA   *C   O      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
370: IC   CA   C    +N   +CA    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
371: IC   N    C    *CA  CB     0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
372: IC   N    CA   CB   CG     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
373: IC   CA   CB   CG   CD2    0.0000    0.00   90.00    0.00   0.0000 
374: IC   CD2  CB   *CG  ND1    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
375: IC   CD2  CG   ND1  CE1    0.0000    0.00    0.00    0.00   0.0000 
376: IC   ND1  CG   CD2  NE2    0.0000    0.00    0.00    0.00   0.0000 
377: IC   CE1  CG   *ND1 HD1    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
378:  
379: RESI HSD     0.00000                ! see HIS above. 
380: GROUP 
381: ATOM N    NH1    -0.35 
382: ATOM H    H       0.25 
383: ATOM CA   CH1E    0.10 
384: GROU 
385: ATOM CB   CH2E    0.00 
386: GROUP 
387: ATOM CG   CR      0.10 
388: ATOM ND1  NR     -0.40 
389: ATOM CE1  CR1E    0.30 
390: GROU 
391: ATOM CD2  CR1E    0.10 
392: ATOM NE2  NH1    -0.40 
393: ATOM HE2  H       0.30 
394: GROU 
395: ATOM C    C       0.55 
396: ATOM O    O      -0.55 
397: BOND N    CA        CA   C         C    +N        C    O         N    H 
398: BOND CA   CB        CB   CG        CG   ND1       CG   CD2       ND1  CE1 
399: BOND CD2  NE2       CE1  NE2       NE2  HE2 
400: DIHE -C   N    CA   C         N    CA   C    +N        CA   C    +N   +CA 
401: DIHE N    CA   CB   CG        CA   CB   CG   ND1 
402: IMPH N    -C   CA   H         C    CA   +N   O         CA   N    C    CB 
403: IMPH CG   ND1  CD2  CB        NE2  CE1  CD2  HE2       CG   ND1  CE1  NE2 
404: IMPH ND1  CE1  NE2  CD2       CE1  NE2  CD2  CG        NE2  CD2  CG   ND1 
405: IMPH CD2  CG   ND1  CE1 
406: DONO  H     N 
407: DONO  HE2   NE2 
408: ACCE ND1 
409: ACCE O  C 
410: IC   -C   CA   *N   H      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
411: IC   -C   N    CA   C      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
412: IC   N    CA   C    +N     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
413: IC   +N   CA   *C   O      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
414: IC   CA   C    +N   +CA    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
415: IC   N    C    *CA  CB     0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
416: IC   N    CA   CB   CG     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
417: IC   CA   CB   CG   CD2    0.0000    0.00   90.00    0.00   0.0000 
418: IC   CD2  CB   *CG  ND1    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
419: IC   CD2  CG   ND1  CE1    0.0000    0.00    0.00    0.00   0.0000 
420: IC   ND1  CG   CD2  NE2    0.0000    0.00    0.00    0.00   0.0000 
421: IC   CE1  CD2  *NE2 HE2    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
422:  
423: RESI HSC     1.00000                ! Doubly protonated histidine.  Ring charges 
424: GROU 
425: ATOM N    NH1    -0.35                ! Hayes and Kollman jacs 98:3335 (1976). 
426: ATOM H    H       0.25 
427: ATOM CA   CH1E    0.10 
428: GROU 
429: ATOM CB   CH2E    0.10 
430: ATOM CG   CR      0.15 
431: ATOM CD2  CR1E    0.20 
432: GROU 
433: ATOM ND1  NH1    -0.30 
434: ATOM HD1  H       0.35 
435: GROU 
436: ATOM CE1  CR1E    0.45 
437: GROU 
438: ATOM NE2  NH1    -0.30 
439: ATOM HE2  H       0.35 
440: GROU 
441: ATOM C    C       0.55 
442: ATOM O    O      -0.55 
443: BOND N    CA        CA   C         C    +N        C    O         N    H 
444: BOND CA   CB        CB   CG        CG   ND1       CG   CD2       ND1  HD1 
445: BOND ND1  CE1       CD2  NE2       CE1  NE2          NE2        HE2 
446: DIHE -C   N    CA   C         N    CA   C    +N        CA   C    +N   +CA 
447: DIHE N    CA   CB   CG        CA   CB   CG   ND1 
448: IMPH N    -C   CA   H         C    CA   +N   O         CA   N    C    CB 
449: IMPH CG   ND1  CD2  CB        ND1  CG   CE1  HD1       CG   ND1  CE1  NE2 
450: IMPH ND1  CE1  NE2  CD2       CE1  NE2  CD2  CG        NE2  CD2  CG   ND1 
451: IMPH CD2  CG   ND1  CE1       NE2  CD2  CE1  HE2 
452: DONO  H     N 
453: DONO  HD1   ND1 
454: DONO  HE2   NE2 
455: ACCE O  C 
456: IC   -C   CA   *N   H      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
457: IC   -C   N    CA   C      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
458: IC   N    CA   C    +N     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
459: IC   +N   CA   *C   O      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
460: IC   CA   C    +N   +CA    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
461: IC   N    C    *CA  CB     0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
462: IC   N    CA   CB   CG     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
463: IC   CA   CB   CG   CD2    0.0000    0.00   90.00    0.00   0.0000 
464: IC   CD2  CB   *CG  ND1    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
465: IC   CD2  CG   ND1  CE1    0.0000    0.00    0.00    0.00   0.0000 
466: IC   ND1  CG   CD2  NE2    0.0000    0.00    0.00    0.00   0.0000 
467: IC   CE1  CG   *ND1 HD1    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
468: IC   CE1  CD2  *NE2 HE2    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
469:  
470: RESI ILE     0.00000 
471: GROU 
472: ATOM N    NH1    -0.35 
473: ATOM H    H       0.25 
474: ATOM CA   CH1E    0.10 
475: GROU 
476: ATOM CB   CH1E    0.00 
477: ATOM CG2  CH3E    0.00 
478: GROU 
479: ATOM CG1  CH2E    0.00 
480: ATOM CD   CH3E    0.00 
481: GROU 
482: ATOM C    C       0.55 
483: ATOM O    O      -0.55 
484: BOND N    CA        CA   C         C    +N        C    O         N    H 
485: BOND CA   CB        CB   CG1       CB   CG2       CG1  CD 
486: DIHE -C   N    CA   C         N    CA   C    +N        CA   C    +N   +CA 
487: DIHE N    CA   CB   CG1       CA   CB   CG1  CD 
488: IMPH N    -C   CA   H         C    CA   +N   O         CA   N    C    CB 
489: IMPH CB   CG1  CG2  CA 
490: DONO  H     N 
491: ACCE O  C 
492: IC   -C   CA   *N   H      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
493: IC   -C   N    CA   C      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
494: IC   N    CA   C    +N     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
495: IC   +N   CA   *C   O      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
496: IC   CA   C    +N   +CA    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
497: IC   N    C    *CA  CB     0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
498: IC   N    CA   CB   CG1    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
499: IC   CA   CB   CG1  CD     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
500: IC   CG1  CA   *CB  CG2    0.0000    0.00 -120.00    0.00   0.0000 
501:  
502: RESI LEU     0.00000 
503: GROU 
504: ATOM N    NH1    -0.35 
505: ATOM H    H       0.25 
506: ATOM CA   CH1E    0.10 
507: GROU 
508: ATOM CB   CH2E    0.00 
509: ATOM CG   CH1E    0.00 
510: ATOM CD1  CH3E    0.00 
511: ATOM CD2  CH3E    0.00 
512: GROU 
513: ATOM C    C       0.55 
514: ATOM O    O      -0.55 
515: BOND N    CA        CA   C         C    +N        C    O         N    H 
516: BOND CA   CB        CB   CG        CG   CD1       CG   CD2 
517: DIHE -C   N    CA   C         N    CA   C    +N        CA   C    +N   +CA 
518: DIHE N    CA   CB   CG        CA   CB   CG   CD2 
519: IMPH N    -C   CA   H         C    CA   +N   O         CA   N    C    CB 
520: IMPH CG   CD2  CD1  CB 
521: DONO  H     N 
522: ACCE O  C 
523: IC   -C   CA   *N   H      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
524: IC   -C   N    CA   C      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
525: IC   N    CA   C    +N     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
526: IC   +N   CA   *C   O      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
527: IC   CA   C    +N   +CA    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
528: IC   N    C    *CA  CB     0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
529: IC   N    CA   CB   CG     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
530: IC   CA   CB   CG   CD1    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
531: IC   CD1  CB   *CG  CD2    0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
532:  
533: RESI LYS     0.00000   !TL 
534: GROU 
535: ATOM N    NH1    -0.35 
536: ATOM H    H       0.25 
537: ATOM CA   CH1E    0.10 
538: GROU 
539: ATOM CB   CH2E    0.00 
540: ATOM CG   CH2E    0.00 
541: ATOM CD   CH2E    0.00 
542: GROU 
543: ATOM CE   CH2E    0.00 
544: ATOM NZ   NH3    -1.35 
545: ATOM HZ1  HC      0.45 
546: ATOM HZ2  HC      0.45 
547: ATOM HZ3  HC      0.45 
548: GROU 
549: ATOM C    C       0.55 
550: ATOM O    O      -0.55 
551: BOND N    CA        CA   C         C    +N        C    O         N    H 
552: BOND CA   CB        CB   CG        CG   CD        CD   CE        CE   NZ 
553: BOND NZ   HZ1       NZ   HZ2       NZ   HZ3 
554: DIHE -C   N    CA   C         N    CA   C    +N        CA   C    +N   +CA 
555: DIHE N    CA   CB   CG        CA   CB   CG   CD        CB   CG   CD   CE 
556: DIHE CG   CD   CE   NZ        CD   CE   NZ   HZ1       CD   CE   NZ   HZ2 
557: DIHE CD   CE   NZ   HZ3 
558: IMPH N    -C   CA   H         C    CA   +N   O         CA   N    C    CB 
559: DONO  H     N 
560: DONO  HZ1   NZ 
561: DONO  HZ2   NZ 
562: DONO  HZ3   NZ 
563: ACCE O  C 
564: IC   -C   CA   *N   H      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
565: IC   -C   N    CA   C      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
566: IC   N    CA   C    +N     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
567: IC   +N   CA   *C   O      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
568: IC   CA   C    +N   +CA    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
569: IC   N    C    *CA  CB     0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
570: IC   N    CA   CB   CG     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
571: IC   CA   CB   CG   CD     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
572: IC   CB   CG   CD   CE     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
573: IC   CG   CD   CE   NZ     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
574: IC   CD   CE   NZ   HZ1    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
575: IC   HZ1  CE   *NZ  HZ2    0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
576: IC   HZ2  CE   *NZ  HZ3    0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
577:  
578: RESI MET     0.00000 
579: GROU 
580: ATOM N    NH1    -0.35 
581: ATOM H    H       0.25 
582: ATOM CA   CH1E    0.10 
583: GROU 
584: ATOM CB   CH2E    0.00 
585: GROU 
586: ATOM CG   CH2E    0.06 
587: ATOM SD   S      -0.12 
588: ATOM CE   CH3E    0.06 
589: GROU 
590: ATOM C    C       0.55 
591: ATOM O    O      -0.55 
592: BOND N    CA        CA   C         C    +N        C    O         N    H 
593: BOND CA   CB        CB   CG        CG   SD        SD   CE 
594: DIHE -C   N    CA   C         N    CA   C    +N        CA   C    +N   +CA 
595: DIHE N    CA   CB   CG        CA   CB   CG   SD        CB   CG   SD   CE 
596: IMPH N    -C   CA   H         C    CA   +N   O         CA   N    C    CB 
597: DONO  H     N 
598: ACCE O  C 
599: IC   -C   CA   *N   H      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
600: IC   -C   N    CA   C      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
601: IC   N    CA   C    +N     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
602: IC   +N   CA   *C   O      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
603: IC   CA   C    +N   +CA    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
604: IC   N    C    *CA  CB     0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
605: IC   N    CA   CB   CG     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
606: IC   CA   CB   CG   SD     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
607: IC   CB   CG   SD   CE     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
608:  
609: ! Penicillamine 
610: RESI PEN     0.00000 
611: GROU 
612: ATOM N    NH1    -0.35 
613: ATOM H    H       0.25 
614: ATOM CA   CH1E    0.10 
615: GROU 
616: ATOM CB   CT      0.19 
617: ATOM CG1  CH3E    0.0 
618: ATOM CG2  CH3E    0.0 
619: ATOM SG   SH1E   -0.19 
620: GROU 
621: ATOM C    C       0.55 
622: ATOM O    O      -0.55 
623: BOND N    CA        CA   C         C    +N        C    O         N    H 
624: BOND CA   CB        CB   SG        CB   CG1       CB   CG2 
625: DIHE -C   N    CA   C         N    CA   C    +N        CA   C    +N   +CA 
626: DIHE N    CA   CB   SG 
627: IMPH N    -C   CA   H         C    CA   +N   O         CA   N    C    CB 
628: DONO  H     N 
629: ACCE O  C 
630: IC   -C   CA   *N   H      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
631: IC   -C   N    CA   C      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
632: IC   N    CA   C    +N     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
633: IC   +N   CA   *C   O      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
634: IC   CA   C    +N   +CA    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
635: IC   N    C    *CA  CB     0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
636: IC   N    CA   CB   SG     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
637: IC   SG   CA   *CB  CG1    0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
638: IC   SG   CA   *CB  CG2    0.0000    0.00 -120.00    0.00   0.0000 
639:  
640: RESI PHE     0.00000 
641: GROU 
642: ATOM N    NH1    -0.35 
643: ATOM H    H       0.25 
644: ATOM CA   CH1E    0.10 
645: GROU 
646: ATOM CB   CH2E    0.00 
647: ATOM CG   CR      0.00    CZ 
648: ATOM CD1  CR1E    0.00    CE2 
649: ATOM CD2  CR1E    0.00    CE1 
650: GROU 
651: ATOM CE1  CR1E    0.00 
652: ATOM CE2  CR1E    0.00 
653: ATOM CZ   CR1E    0.00 
654: GROU 
655: ATOM C    C       0.55 
656: ATOM O    O      -0.55 
657: BOND N    CA        CA   C         C    +N        C    O         N    H 
658: BOND CA   CB        CB   CG        CG   CD1       CG   CD2       CD1  CE1 
659: BOND CD2  CE2       CE1  CZ        CE2  CZ 
660: DIHE -C   N    CA   C         N    CA   C    +N        CA   C    +N   +CA 
661: DIHE N    CA   CB   CG     CA   CB   CG   CD1 
662: IMPH N    -C   CA   H         C    CA   +N   O         CA   N    C    CB 
663: IMPH CG   CD1  CE1  CZ        CD1  CE1  CZ   CE2       CE1  CZ   CE2  CD2 
664: IMPH CZ   CE2  CD2  CG        CE2  CD2  CG   CD1       CD2  CG   CD1  CE1 
665: IMPH CG   CD1  CD2  CB 
666: DONO  H     N 
667: ACCE O  C 
668: IC   -C   CA   *N   H      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
669: IC   -C   N    CA   C      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
670: IC   N    CA   C    +N     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
671: IC   +N   CA   *C   O      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
672: IC   CA   C    +N   +CA    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
673: IC   N    C    *CA  CB     0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
674: IC   N    CA   CB   CG     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
675: IC   CA   CB   CG   CD1    0.0000    0.00   90.00    0.00   0.0000 
676: IC   CD1  CB   *CG  CD2    0.0000  120.00  180.00  120.00   0.0000 
677: IC   CD1  CG   CD2  CE2    0.0000  120.00    0.00  120.00   0.0000 
678: IC   CD2  CG   CD1  CE1    0.0000  120.00    0.00  120.00   0.0000 
679: IC   CG   CD1  CE1  CZ     0.0000  120.00    0.00  120.00   0.0000 
680:  
681: RESI PRO     0.00000 
682: GROU 
683: ATOM N    N      -0.20 
684: ATOM CD   CH2E    0.10 
685: ATOM CA   CH1E    0.10 
686: GROU 
687: ATOM CB   CH2E    0.00 
688: ATOM CG   CH2E    0.00 
689: GROU 
690: ATOM C    C       0.55 
691: ATOM O    O      -0.55 
692: BOND N    CA        CA   C         C    +N        C    O         N    CD 
693: BOND CA   CB        CB   CG        CG   CD 
694: DIHE -C   N    CA   C         N    CA   C    +N        CA   C    +N   +CA 
695: DIHE N    CA   CB   CG        CA   CB   CG   CD        CB   CG   CD   N 
696: DIHE CG   CD   N    CA 
697: IMPH N    CA   CD   -C        C    CA   +N   O         CA   N    C    CB 
698: ACCE O  C 
699: IC   -C   CA   *N   CD     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
700: IC   -C   N    CA   C      0.0000    0.00  -60.00    0.00   0.0000 
701: IC   N    CA   C    +N     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
702: IC   +N   CA   *C   O      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
703: IC   CA   C    +N   +CA    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
704: IC   C    N    *CA  CB     0.0000    0.00 -120.00    0.00   0.0000 
705: IC   N    CA   CB   CG     0.0000    0.00    0.00  108.00   0.0000 
706: PATC FIRS PROP 
707:  
708: RESI SER     0.00000 
709: GROU 
710: ATOM N    NH1    -0.35 
711: ATOM H    H       0.25 
712: ATOM CA   CH1E    0.10 
713: GROU 
714: ATOM CB   CH2E    0.25 
715: ATOM OG   OH1    -0.65 
716: ATOM HG   H       0.40 
717: GROU 
718: ATOM C    C       0.55 
719: ATOM O    O      -0.55 
720: BOND N    CA        CA   C         C    +N        C    O         N    H 
721: BOND CA   CB        CB   OG        OG   HG 
722: DIHE -C   N    CA   C         N    CA   C    +N        CA   C    +N   +CA 
723: DIHE N    CA   CB   OG        CA   CB   OG   HG 
724: IMPH N    -C   CA   H         C    CA   +N   O         CA   N    C    CB 
725: DONO  H     N 
726: DONO  HG    OG 
727: ACCE OG 
728: ACCE O  C 
729: IC   -C   CA   *N   H      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
730: IC   -C   N    CA   C      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
731: IC   N    CA   C    +N     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
732: IC   +N   CA   *C   O      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
733: IC   CA   C    +N   +CA    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
734: IC   N    C    *CA  CB     0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
735: IC   N    CA   CB   OG     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
736: IC   CA   CB   OG   HG     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
737:  
738: RESI THR     0.00000 
739: GROU 
740: ATOM N    NH1    -0.35 
741: ATOM H    H       0.25 
742: ATOM CA   CH1E    0.10 
743: GROU 
744: ATOM CB   CH1E    0.25 
745: ATOM OG1  OH1    -0.65 
746: ATOM HG1  H       0.40 
747: GROU 
748: ATOM CG2  CH3E    0.00 
749: GROU 
750: ATOM C    C       0.55 
751: ATOM O    O      -0.55 
752: BOND N    CA        CA   C         C    +N        C    O         N    H 
753: BOND CA   CB        CB   OG1       CB   CG2       OG1  HG1 
754: DIHE -C   N    CA   C         N    CA   C    +N        CA   C    +N   +CA 
755: DIHE N    CA   CB   OG1       CA   CB   OG1  HG1 
756: IMPH N    -C   CA   H         C    CA   +N   O         CA   N    C    CB 
757: IMPH CB   OG1  CG2  CA 
758: DONO  H     N 
759: DONO  HG1  OG1 
760: ACCE OG1 
761: ACCE O  C 
762: IC   -C   CA   *N   H      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
763: IC   -C   N    CA   C      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
764: IC   N    CA   C    +N     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
765: IC   +N   CA   *C   O      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
766: IC   CA   C    +N   +CA    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
767: IC   N    C    *CA  CB     0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
768: IC   N    CA   CB   OG1    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
769: IC   OG1  CA   *CB  CG2    0.0000    0.00 -120.00    0.00   0.0000 
770: IC   CA   CB   OG1  HG1    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
771:  
772: RESI TRP     0.00000 
773: GROU 
774: ATOM N    NH1    -0.35 
775: ATOM H    H       0.25 
776: ATOM CA   CH1E    0.10 
777: GROU 
778: ATOM CB   CH2E    0.00 
779: GROU 
780: ATOM CG   CR     -0.03     CD1  CD2  NE1  CE2  CE3  CZ2  CZ3  CH2 
781: ATOM CD2  CR      0.10     NE1  CE2  CE3  CZ2  CZ3  CH2 
782: ATOM CE2  CR     -0.04     CE3  CZ2  CZ3  CH2 
783: ATOM CE3  CR1E   -0.03     CZ2  CZ3  CH2 
784: GROU 
785: ATOM CD1  CR1E    0.06     CD2  NE1  CE2  CE3  CZ2  CZ3  CH2 
786: ATOM NE1  NH1    -0.36     CE2  CE3  CZ2  CZ3  CH2 
787: ATOM HE1  H       0.30 
788: GROU 
789: ATOM CZ2  CR1E    0.00     CZ3  CH2 
790: ATOM CZ3  CR1E    0.00     CH2 
791: ATOM CH2  CR1E    0.00 
792: GROU 
793: ATOM C    C       0.55 
794: ATOM O    O      -0.55 
795: BOND N    CA        CA   C         C    +N        C    O         N    H 
796: BOND CA   CB        CB   CG        CG   CD1       CG   CD2       CD1  NE1 
797: BOND CD2  CE2       NE1  HE1       NE1  CE2       CD2  CE3       CE2  CZ2 
798: BOND CE3  CZ3       CZ2  CH2       CZ3  CH2 
799: ! The ring angles are only assigned for the five and six member rings. 
800: ! The angles CG CD2 CE3  and NE1 CE2 CZ2 are left out to avoid conflicts 
801: ! with the histidine angle parameters and to preserve symmetry. 
802: DIHE -C   N    CA   C         N    CA   C    +N        CA   C    +N   +CA 
803: DIHE N    CA   CB   CG        CA   CB   CG   CD1 
804: ! The following dihedrals span the rings and keep them parallel. 
805: DIHE CD1  CE2  CD2  CZ3       CD1  CD2  CE2  CH2 
806: DIHE CZ2  CE2  CD2  CG        CE3  CD2  CE2  NE1 
807: IMPH N    -C   CA   H         C    CA   +N   O         CA   N    C    CB 
808: IMPH CG   CD1  CD2  CB        NE1  CD1  CE2  HE1       CD2  CE2  CZ2  CH2 
809: IMPH CE2  CZ2  CH2  CZ3       CZ2  CH2  CZ3  CE3       CH2  CZ3  CE3  CD2 
810: IMPH CZ3  CE3  CD2  CE2       CE3  CD2  CE2  CZ2       CG   CD1  NE1  CE2 
811: IMPH CD1  NE1  CE2  CD2       NE1  CE2  CD2  CG        CE2  CD2  CG   CD1 
812: IMPH CD2  CG   CD1  NE1 
813: ! These impropers are skipped IMPH CD2  CG   CE3  CE2       CE2  CZ2  NE1  CD2 
814: ! because the rings are kept flat by the proper dihedrals noted above. 
815: DONO  H     N 
816: DONO  HE1   NE1 
817: ACCE O  C 
818: IC   -C   CA   *N   H      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
819: IC   -C   N    CA   C      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
820: IC   N    CA   C    +N     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
821: IC   +N   CA   *C   O      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
822: IC   CA   C    +N   +CA    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
823: IC   N    C    *CA  CB     0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
824: IC   N    CA   CB   CG     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
825: IC   CA   CB   CG   CD2    0.0000    0.00   90.00  127.45   1.3673 
826: IC   CD2  CB   *CG  CD1    1.3673  127.45  180.00  121.78   1.3815 
827: IC   CD1  CG   CD2  CE2    1.3815  110.77    0.00  102.51   1.3551 
828: IC   CD2  CG   CD1  NE1    1.3673  110.77    0.00  106.30   1.3203 
829: IC   CE2  CD1  *NE1 HE1    1.3374  108.05  180.00  125.46   0.9802 
830: IC   CE2  CG   *CD2 CE3    1.3551  102.51  180.00  134.73   1.3728 
831: IC   CE2  CD2  CE3  CZ3    1.3551  122.76    0.00  115.22   1.3882 
832: IC   CE3  CD2  CE2  CZ2    1.3728  122.76    0.00  123.56   1.3712 
833: IC   CD2  CE2  CZ2  CH2    1.3551  123.56    0.00  114.96   1.3877 
834:  
835: RESI TYR     0.00000 
836: GROU 
837: ATOM N    NH1    -0.35 
838: ATOM H    H       0.25 
839: ATOM CA   CH1E    0.10 
840: GROU 
841: ATOM CB   CH2E    0.00 
842: ATOM CG   CR      0.00    CZ 
843: GROU 
844: ATOM CD1  CR1E    0.00    CE2 
845: ATOM CE1  CR1E    0.00    CD2 
846: GROU 
847: ATOM CD2  CR1E    0.00 
848: ATOM CE2  CR1E    0.00 
849: GROU 
850: ATOM CZ   C       0.25 
851: ATOM OH   OH1    -0.65 
852: ATOM HH   H       0.40 
853: GROU 
854: ATOM C    C       0.55 
855: ATOM O    O      -0.55 
856: BOND N    CA        CA   C         C    +N        C    O         N    H 
857: BOND CA   CB        CB   CG        CG   CD1       CG   CD2       CD1  CE1 
858: BOND CD2  CE2       CE1  CZ        CE2  CZ        CZ   OH        OH   HH 
859: DIHE -C   N    CA   C         N    CA   C    +N        CA   C    +N   +CA 
860: DIHE N    CA   CB   CG        CA   CB   CG   CD1       CE2  CZ   OH   HH 
861: IMPH N    -C   CA   H         C    CA   +N   O         CA   N    C    CB 
862: IMPH CG   CD1  CD2  CB        CZ   CE1  CE2  OH        CG   CD1  CE1  CZ 
863: IMPH CD1  CE1  CZ   CE2       CE1  CZ   CE2  CD2       CZ   CE2  CD2  CG 
864: IMPH CE2  CD2  CG   CD1       CD2  CG   CD1  CE1 
865: DONO  H     N 
866: DONO  HH    OH 
867: ACCE OH 
868: ACCE O  C 
869: IC   -C   CA   *N   H      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
870: IC   -C   N    CA   C      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
871: IC   N    CA   C    +N     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
872: IC   +N   CA   *C   O      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
873: IC   CA   C    +N   +CA    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
874: IC   N    C    *CA  CB     0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
875: IC   N    CA   CB   CG     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
876: IC   CA   CB   CG   CD1    0.0000    0.00   90.00    0.00   0.0000 
877: IC   CD1  CB   *CG  CD2    0.0000  120.00  180.00  120.00   0.0000 
878: IC   CD2  CG   CD1  CE1    0.0000  120.00    0.00  120.00   0.0000 
879: IC   CD1  CG   CD2  CE2    0.0000  120.00    0.00  120.00   0.0000 
880: IC   CG   CD1  CE1  CZ     0.0000  120.00    0.00  120.00   0.0000 
881: IC   CE2  CE1  *CZ  OH     0.0000  120.00  180.00  120.00   0.0000 
882: IC   CE1  CZ   OH   HH     0.0000  120.00  180.00    0.00   0.0000 
883:  
884: RESI VAL     0.00000 
885: GROU 
886: ATOM N    NH1    -0.35 
887: ATOM H    H       0.25 
888: ATOM CA   CH1E    0.10 
889: GROU 
890: ATOM CB   CH1E    0.00 
891: ATOM CG1  CH3E    0.00 
892: ATOM CG2  CH3E    0.00 
893: GROU 
894: ATOM C    C       0.55 
895: ATOM O    O      -0.55 
896: BOND N    CA        CA   C         C    +N        C    O         N    H 
897: BOND CA   CB        CB   CG1       CB   CG2 
898: DIHE -C   N    CA   C         N    CA   C    +N        CA   C    +N   +CA 
899: DIHE N    CA   CB   CG1 
900: IMPH N    -C   CA   H         C    CA   +N   O         CA   N    C    CB 
901: IMPH CB   CG2  CG1  CA 
902: DONO  H     N 
903: ACCE O C 
904: IC   -C   CA   *N   H      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
905: IC   -C   N    CA   C      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
906: IC   N    CA   C    +N     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
907: IC   +N   CA   *C   O      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
908: IC   CA   C    +N   +CA    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
909: IC   N    C    *CA  CB     0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
910: IC   N    CA   CB   CG1    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
911: IC   CG1  CA   *CB  CG2    0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
912:  
913:  
914: RESI HEME   -2.00000 
915: GROU 
916: ATOM FE   FE      0.24 
917: ATOM NA   NP     -0.18 
918: ATOM NB   NP     -0.18 
919: ATOM NC   NP     -0.18 
920: ATOM ND   NP     -0.18 
921: GROU 
922: ATOM C1A  C       0.03 
923: ATOM CHA  CR1E    0.04 
924: ATOM C4D  C       0.02 
925: GROU 
926: ATOM C1B  C       0.03 
927: ATOM CHB  CR1E    0.04 
928: ATOM C4A  C       0.02 
929: GROU 
930: ATOM C1C  C       0.03 
931: ATOM CHC  CR1E    0.04 
932: ATOM C4B  C       0.02 
933: GROU 
934: ATOM C1D  C       0.03 
935: ATOM CHD  CR1E    0.04 
936: ATOM C4C  C       0.02 
937: GROU 
938: ATOM C2A  C      -0.02 
939: ATOM CAA  CH2E    0.04 
940: GROU 
941: ATOM C3A  C       0.02 
942: ATOM CMA  CH3E   -0.04 
943: GROU 
944: ATOM CBA  CH2E   -0.10 
945: ATOM CGA  C       0.30 
946: ATOM O1A  OC     -0.50 
947: ATOM O2A  OC     -0.50 
948: GROU 
949: ATOM C2B  C       0.02 
950: ATOM CMB  CH3E   -0.04 
951: GROU 
952: ATOM C3B  C      -0.05 
953: ATOM CAB  CR1E    0.03 
954: ATOM CBB  CH2E   -0.10 
955: GROU 
956: ATOM C2C  C       0.02 
957: ATOM CMC  CH3E   -0.04 
958: GROU 
959: ATOM C3C  C      -0.05 
960: ATOM CAC  CR1E    0.03 
961: ATOM CBC  CH2E   -0.10 
962: GROU 
963: ATOM C2D  C       0.02 
964: ATOM CMD  CH3E   -0.04 
965: GROU 
966: ATOM C3D  C      -0.02 
967: ATOM CAD  CH2E    0.04 
968: GROU 
969: ATOM CBD  CH2E   -0.10 
970: ATOM CGD  C       0.30 
971: ATOM O1D  OC     -0.50 
972: ATOM O2D  OC     -0.50 
973: BOND FE   NA        FE   NB        FE   NC        FE   ND        NA   C1A 
974: BOND C1A  C2A       C2A  C3A       C3A  C4A       NA   C4A       C2A  CAA 
975: BOND CAA  CBA       CBA  CGA       CGA  O1A       CGA  O2A       C3A  CMA 
976: BOND CHB  C4A       CHB  C1B       NB   C1B       C1B  C2B       C2B  C3B 
977: BOND C3B  C4B       NB   C4B       C2B  CMB       C3B  CAB       CAB  CBB 
978: BOND CHC  C4B       CHC  C1C       NC   C1C       C1C  C2C       C2C  C3C 
979: BOND C3C  C4C       NC   C4C       C2C  CMC       C3C  CAC       CAC  CBC 
980: BOND CHD  C4C       CHD  C1D       ND   C1D       C1D  C2D       C2D  C3D 
981: BOND C3D  C4D       ND   C4D       C2D  CMD       C3D  CAD       CAD  CBD 
982: BOND CBD  CGD       CGD  O1D       CGD  O2D       CHA  C4D       CHA  C1A 
983: DIHE NA   C4A  CHB  C1B       C4A  CHB  C1B  NB        NB   C4B  CHC  C1C 
984: DIHE C4B  CHC  C1C  NC        NC   C4C  CHD  C1D       C4C  CHD  C1D  ND 
985: DIHE ND   C4D  CHA  C1A       C4D  CHA  C1A  NA        C1A  C2A  CAA  CBA 
986: DIHE C2A  CAA  CBA  CGA       CAA  CBA  CGA  O1A       C2B  C3B  CAB  CBB 
987: DIHE C2C  C3C  CAC  CBC       C2D  C3D  CAD  CBD       C3D  CAD  CBD  CGD 
988: DIHE CAD  CBD  CGD  O1D 
989: IMPH FE   C1A  C4A  NA        FE   C1B  C4B  NB        FE   C1C  C4C  NC 
990: IMPH FE   C1D  C4D  ND        CHA  NA   C2A  C1A       CHB  NA   C3A  C4A 
991: IMPH CHB  NB   C2B  C1B       CHC  NB   C3B  C4B       CHC  NC   C2C  C1C 
992: IMPH CHD  NC   C3C  C4C       CHD  ND   C2D  C1D       CHA  ND   C3D  C4D 
993: IMPH C2A  C1A  C3A  CAA       C3A  C2A  C4A  CMA       C2B  C1B  C3B  CMB 
994: IMPH C3B  C2B  C4B  CAB       C2C  C1C  C3C  CMC       C3C  C2C  C4C  CAC 
995: IMPH C2D  C1D  C3D  CMD       C3D  C2D  C4D  CAD       CBA  O1A  O2A  CGA 
996: IMPH CBD  O1D  O2D  CGD 
997: ACCE NA 
998: ACCE O1A CGA 
999: ACCE O2A CGA 
1000: ACCE NB 
1001: ACCE NC 
1002: ACCE ND 
1003: ACCE O1D CGD 
1004: ACCE O2D CGD 
1005: PATC  FIRS NONE LAST NONE 
1006:  
1007: RESI ACE     0.00000 ! Acetyl blocking group with standard naming. 
1008: GROU 
1009: ATOM CH3  CH3E    0.00 
1010: GROU 
1011: ATOM C    C       0.55 
1012: ATOM O    O      -0.55 
1013: BOND CH3  C         C    +N        C    O 
1014: DIHE CH3  C    +N   +CA 
1015: IMPH C    CH3  +N   O 
1016: ACCE O C 
1017: IC   +N   CH3  *C   O      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
1018: IC   CH3  C    +N   +CA    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
1019: PATC  FIRS NONE LAST NONE 
1020:  
1021: ! 
1022: ! formamide. Charges according to Reiher (from States?) 
1023: RESI FORM    0.00000 
1024: GROU 
1025: ATOM HA   HA      0.00 
1026: GROU 
1027: ATOM C    C       0.55 
1028: ATOM O    O      -0.55 
1029: GROU 
1030: ATOM N    NH2    -0.60 
1031: ATOM H1   H       0.30 
1032: ATOM H2   H       0.30 
1033: BOND HA   C         C     N        C    O 
1034: BOND N    H2        N    H1 
1035: DIHE HA   C     N    H2 
1036: IMPH C    HA    N   O 
1037: IMPH N     C   H2   H1 
1038: ACCE O  C 
1039: DONO  H1   N 
1040: IC    N   HA   *C   O      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
1041: IC   HA   C     N    H2    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
1042: IC    C   H2   *N   H1     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
1043: PATC  FIRS NONE LAST NONE 
1044:  
1045: RESI AMN     0.00000 
1046: GROU 
1047: ATOM CL   CH3E    0.00 
1048: GROU 
1049: ATOM C    C       0.55 
1050: ATOM O    O      -0.55 
1051: BOND CL   C         C    +N        C    O 
1052: DIHE CL   C    +N   +CA 
1053: IMPH C    CL   +N   O 
1054: ACCE O C 
1055: IC   +N   CL   *C   O      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
1056: IC   CL   C    +N   +CA    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
1057: PATC  FIRS NONE LAST NONE 
1058:  
1059: RESI CBX     0.00000 
1060: GROU 
1061: ATOM N    NH1    -0.35 
1062: ATOM H    H       0.25 
1063: ATOM CA   CH3E    0.10 
1064: BOND N    CA        N    H 
1065: IMPH N    -C   CA   H 
1066: DONO  H    N 
1067: IC   -C   CA   *N   H      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
1068: PATC  FIRS NONE LAST NONE 
1069:  
1070: PRES NTER    0.00000          !TL  
1071: GROU 
1072: ATOM HT1  HC      0.45 
1073: ATOM HT2  HC      0.45 
1074: ATOM N    NH3    -1.35 
1075: ATOM HT3  HC      0.45 
1076: DELETE ATOM H 
1077: ATOM CA   CH1E    0.00 
1078: BOND HT1  N         HT2  N    HT3  N 
1079: DIHE HT2  N    CA   C         HT1  N    CA   C         HT3  N    CA   C 
1080: DONO  HT1   N 
1081: DONO  HT2   N 
1082: DONO  HT3   N 
1083: IC   HT1  N    CA   C      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
1084: IC   HT2  CA   *N   HT1    0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
1085: IC   HT3  CA   *N   HT2    0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
1086:  
1087: PRES GLYP    0.00000          !TL  
1088: GROUP 
1089: ATOM HT1  HC      0.45 
1090: ATOM HT2  HC      0.45 
1091: ATOM N    NH3    -1.35 
1092: ATOM HT3  HC      0.45 
1093: DELETE ATOM H 
1094: ATOM CA   CH2E    0.00 
1095: BOND HT1  N         HT2  N    HT3  N 
1096: DIHE HT2  N    CA   C         HT1  N    CA   C         HT3  N    CA   C 
1097: DONO  HT1   N 
1098: DONO  HT2   N 
1099: DONO  HT3   N 
1100: IC   HT1  N    CA   C      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
1101: IC   HT2  CA   *N   HT1    0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
1102: IC   HT3  CA   *N   HT2    0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
1103:  
1104: PRES PROP    0.00000          !TL  
1105: GROUP 
1106: ATOM HT1  HC      0.45 
1107: ATOM HT2  HC      0.45 
1108: ATOM N    NH3    -1.40 
1109: ATOM CD   CH2E    0.25 
1110: ATOM CA   CH1E    0.25 
1111: BOND HT1  N         HT2  N 
1112: DIHE HT2  N    CA   C         HT1  N    CA   C 
1113: DONO  HT1   N 
1114: DONO  HT2   N 
1115: IC   HT1  CA   *N   CD     0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
1116: IC   HT2  CA   *N   HT1    0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
1117:  
1118: PRES CTER   0.00000           !TL  
1119: GROU 
1120: ATOM C    C       1.20 
1121: ATOM OT1  OC     -0.60 
1122: ATOM OT2  OC     -0.60 
1123: DELETE ATOM O 
1124: BOND C    OT1       C    OT2 
1125: DIHE N    CA    C    OT2 
1126: IMPH C    CA    OT2  OT1 
1127: ACCE OT1 C 
1128: ACCE OT2 C 
1129: IC   N    CA    C    OT2    0.0  0.0  180.0  0.0  0.0 
1130: IC   OT2  CA    *C   OT1    0.0  0.0  180.0  0.0  0.0 
1131:  
1132: PRES LINK  0.0  ! linkage for IMAGES or for joining segments 
1133: !       1 refers to previous (N terminal), 2 refers to next (C terminal) 
1134: BOND 1C   2N 
1135: THET 1C   2N   2CA            1CA  1C   2N 
1136: THET 1O   1C   2N             1C   2N   2H 
1137: DIHE 1C   2N   2CA  2C        1N   1CA  1C   2N        1CA  1C   2N   2CA 
1138: IMPH 2N   1C   2CA  2H        1C   1CA  2N   1O 
1139: IC   1N   1CA  1C   2N     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
1140: IC   2N   1CA  *1C  1O     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
1141: IC   1CA  1C   2N   2CA    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
1142: IC   1C   2N   2CA  2C     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
1143: IC   1C   2CA  *2N  2H     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
1144:  
1145: RESI O2      0.00000 
1146: GROUP 
1147: ATOM O1    OM      0.021 
1148: ATOM O2    OM     -0.021 
1149: BOND O1    O2 
1150: PATC  FIRS NONE LAST NONE 
1151:  
1152: RESI CO2P    0.00000 
1153: GROUP 
1154: ATOM C    CM      0.021 
1155: ATOM O    OM     -0.021 
1156: BOND C    O 
1157: PATC  FIRS NONE LAST NONE 
1158:  
1159: RESI CO      0.00000 
1160: GROUP 
1161: ATOM C    CM      0.021 
1162: ATOM O    OM     -0.021 
1163: BOND C    O 
1164: PATC  FIRS NONE LAST NONE 
1165:  
1166: RESI ETH     0.00000 
1167: GROU 
1168: ATOM C2   CH3E    0.00 
1169: GROU 
1170: ATOM C1   CH2E    0.25 
1171: ATOM O    OH1    -0.65 
1172: ATOM H    H       0.40 
1173: BOND C2   C1        C1   O         O    H 
1174: DIHE C2   C1   O    H 
1175: DONO  H     O 
1176: ACCE O 
1177: IC   C2   C1   O    H      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
1178: IC   C1   O    H    BLNK   0.0000    0.00    0.00    0.00   0.0000 
1179: PATC  FIRS NONE LAST NONE 
1180:  
1181: RESI ST2     .000   ! NOW INCLUDES THE LONE PAIRS GIVING 5 ATOMS FOR ST2 
1182: GROUP 
1183: ATOM OX2  OH2     .00 
1184: ATOM HX1  H       .24 
1185: ATOM HX2  H       .24 
1186: ATOM LX1  LP     -.24 
1187: ATOM LX2  LP     -.24 
1188: BOND OX2  HX1       OX2  HX2 
1189: BOND OX2  LX1       OX2  LX2 
1190: !                          NOTE: NO DONORS OR ACCEPTORS FOR ST2 
1191: PATC  FIRS NONE LAST NONE 
1192:  
1193: RESI TIP3    .000   ! TIPS3P WATER MODEL 
1194: GROUP 
1195: ATOM OH2  OT     -0.834 
1196: ATOM H1   HT      0.417 
1197: ATOM H2   HT      0.417 
1198: BOND OH2  H1        OH2  H2        H1   H2  ! THE LAST BOND IS NEEDED FOR SHAKE 
1199: ANGLE  H1 OH2 H2 
1200: ACCE OH2 
1201: PATC  FIRS NONE LAST NONE 
1202:  
1203: RESI OH2    .000   ! TIPS3P WATER MODEL 
1204: GROUP 
1205: ATOM OH2  OT     -0.834 
1206: ATOM H1   HT      0.417 
1207: ATOM H2   HT      0.417 
1208: BOND OH2  H1        OH2  H2        H1   H2  ! THE LAST BOND IS NEEDED FOR SHAKE 
1209: ANGLE  H1 OH2 H2 
1210: ACCE OH2 
1211: PATC  FIRS NONE LAST NONE 
1212:  
1213: RESI SO4  -2.0 
1214: GROUP 
1215: ATOM S    S     0.0 
1216: ATOM O1   OC   -0.5 
1217: ATOM O2   OC   -0.5 
1218: ATOM O3   OC   -0.5 
1219: ATOM O4   OC   -0.5 
1220: BOND S O1    S O2    S O3    S O4 
1221: ACCE O1  S 
1222: ACCE O2  S 
1223: ACCE O3  S 
1224: ACCE O4  S 
1225: PATC FIRS NONE LAST NONE 
1226:  
1227: RESI COH     0.00000 
1228: GROU 
1229: ATOM C    CH3E    0.25 
1230: ATOM O    OH1    -0.65 
1231: ATOM H    H       0.40 
1232: BOND  C    O         O    H 
1233: DONO  H    O 
1234: ACCE O 
1235: IC   C    O    H    BLNK   0.0000    0.00    0.00    0.00   0.0000 
1236: PATC  FIRS NONE LAST NONE 
1237:  
1238: PRES DISU 0.000  ! PATCH FOR DISULFIDES. Patch must be 1-CYS and 2-CYS. 
1239: GROUP 
1240: ATOM 1CB  CH2E  0.19 
1241: ATOM 1SG  S    -0.19 
1242: GROUP 
1243: ATOM 2SG  S    -0.19 
1244: ATOM 2CB  CH2E  0.19 
1245: BOND 1SG 2SG 
1246: ANGLE  1CB 1SG 2SG      1SG 2SG 2CB 
1247: DIHE   1CA 1CB 1SG 2SG      1CB 1SG 2SG 2CB    1SG 2SG 2CB 2CA 
1248: IC     1CA 1CB 1SG 2SG    0.0  0.0  180.0  0.0  0.0 
1249: IC     1CB 1SG 2SG 2CB    0.0  0.0  180.0  0.0  0.0 
1250: IC     1SG 2SG 2CB 2CA    0.0  0.0  180.0  0.0  0.0 
1251:  
1252: PRES FHEM 0.0   ! FIX UP THE HEME BY DELETING UNWANTED ANGLES 
1253: DELETE ANGLE 2NA 2FE 2NC  2NB 2FE 2ND 
1254:  
1255: PRES PHEM  0.0  ! Patch for HEME. Patch residues must be 1-HIS, and 2-HEME. 
1256: BOND 1NE2 2FE 
1257: ANGL 1CD2  1NE2  2FE    1CE1  1NE2  2FE    1NE2  2FE  2NA    1NE2  2FE  2NB 
1258: ANGL 1NE2  2FE   2NC    1NE2  2FE   2ND 
1259: DELETE ANGLE 2NA 2FE 2NC  2NB 2FE 2ND 
1260: DIHE 1CD2  1NE2  2FE  2NA 
1261:  
1262: PRES PLO2 0.0 ! Patch residue for Heme ligand.  Residues must be 
1263: ! 1-O2 , 2-HEME , and 3-HIS 
1264: ! O1 of the oxygen is bonded to the iron. 
1265: BOND 1O1  2FE 
1266: !ANGL 1O1  2FE  3NE2 
1267: ANGL 1O2  1O1  2FE    1O1  2FE  2NA    1O1  2FE  2NB 
1268: ANGL 1O1  2FE  2NC     1O1  2FE 2ND 
1269: DIHE 1O2  1O1  2FE  2NA 
1270:  
1271: PRES PLIG 0.0 ! Patch residue for Heme ligand. Residues must be, 
1272: !                           1-CO , 2-HEME , and 3-HIS 
1273: BOND 1C  2FE 
1274: !ANGL 1C  2FE  3NE2 
1275: ANGL 1O  1C  2FE    1C  2FE  2NA    1C  2FE  2NB 
1276: ANGL 1C  2FE  2NC     1C  2FE 2ND 
1277: DIHE 1O  1C  2FE  2NA 
1278:  
1279: PRES LTOD 0.0 
1280: DELE IMPR 1CA 1N 1C 1CB 
1281: IMPR 1CA 1C 1N 1CB 
1282:  
1283: PRES HS2          0.00 ! Patch for neutral His, move proton from ND1 to NE2 
1284: !                 
1285: !                  
1286: !          ND1--CE1 
1287: !         /      | 
1288: !  -CB--CG       | 
1289: !         \      | 
1290: !          CD2--NE2 
1291: !                 \ 
1292: !                 HE2 
1293: GROUP 
1294: ATOM CG   C       0.10 
1295: ATOM ND1  NR     -0.40 
1296: ATOM CE1  CR1E    0.30 
1297: GROU 
1298: ATOM CD2  CR1E    0.10 
1299: ATOM NE2  NH1    -0.40 
1300: ATOM HE2  H       0.30 
1301: DELETE ATOM HD1 
1302: DELETE ACCE NE2 
1303: BOND NE2 HE2 
1304: ANGLE  CE1 NE2 HE2 CD2 NE2 HE2 
1305: IMPR NE2 CE1 CD2 HE2 
1306: DONOR HE2 NE2 
1307: ACCEPTOR ND1 
1308: IC CE1  CD2  *NE2 HE2   0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000 
1309:  
1310:  
1311: END 


r28029/toph19_eef1+nh2.inp 2017-01-21 10:34:26.970250000 +0000 r28028/toph19_eef1+nh2.inp 2017-01-21 10:34:29.978250000 +0000
  1: * TOPOLOGY FILE FOR PROTEINS USING EXPLICIT HYDROGEN ATOMS: VERSION 19  1: svn: E195012: Unable to find repository location for 'svn+ssh://svn.ch.private.cam.ac.uk/groups/wales/trunk/CHARMM35/toppar/eef1-related/toph19_eef1+nh2.inp' in revision 28028
  2: * T. Lazaridis: here the ionic sidechains and termini are neutralized 
  3: * Also, a new atom type has been added, CR, for 4-bonded carbon in  
  4: * aromatics and Arginine. Modifications are marked by TL 
  5: * 
  6: ! DAE added CT2 C-terminal capping group -NH2. Parameters from MACSIMUS. 
  7: ! 
  8:    20    1                ! Version number 
  9: MASS     1 H      1.00800 ! hydrogen which can h-bond to neutral atom 
 10: MASS     2 HC     1.00800 !   -    "     -               charged atom 
 11: MASS     3 HA     1.00800 ! aliphatic hydrogen 
 12: MASS     4 HT     1.00800 ! TIPS3P WATER HYDROGEN 
 13: MASS     5 LP     0.0     ! ST2 LONE PAIR 
 14: MASS    10 CT    12.01100 ! aliphatic carbon 
 15: MASS    11 C     12.01100 ! carbonyl carbon 
 16: MASS    12 CH1E  13.01900 ! extended atom carbon w/ one hydrogen 
 17: MASS    13 CH2E  14.02700 !   -    "    -           two 
 18: MASS    14 CH3E  15.03500 !   -    "    -           three 
 19: MASS    15 CR1E  13.01900 !   -    "    -        in aromatic ring w/ one H 
 20: MASS    16 CM    12.01100 ! carbon in carbonmonoxide 
 21: MASS    31 N     14.00670 ! peptide nitrogen with no hydrogens attached 
 22: MASS    32 NR    14.00670 ! nitrogen in aromatic ring with no hydrogens 
 23: MASS    33 NP    14.00670 ! pyrole nitrogen 
 24: !MASS    34 NH1E  15.01470 ! extended atom peptide nitrogen with one hydrogen 
 25: !MASS    35 NH2E  16.02270 !  -       "        -                 two   -"- 
 26: !MASS    36 NH3E  17.03070 !  -       "        -                 three -"- 
 27: !MASS    37 NC2E  16.02270 ! extended atom charged guanidinium nitrogen w/ 2 H 
 28: MASS    38 NH1   14.00670 ! peptide nitrogen bound to one hydrogen 
 29: MASS    39 NH2   14.00670 !  -       "        -       two -"- 
 30: MASS    40 NH3   14.00670 ! nitrogen bound to three hydrogens 
 31: MASS    41 NC2   14.00670 ! charged guanidinuim nitrogen bound to two hydrogens 
 32: MASS    51 O     15.99940 ! carbonyl oxygen 
 33: MASS    52 OC    15.99940 ! carboxy oxygen 
 34: !MASS    53 OH1E  17.00740 ! extended atom hydroxy oxygen 
 35: !MASS    54 OH2E  18.01540 ! extended atom water 
 36: MASS    55 OH1   15.99940 ! hydroxy oxygen 
 37: MASS    56 OH2   15.99940 ! ST2 water oxygen 
 38: MASS    57 OM    15.99940 ! oxygen in carbonmonoxide 
 39: MASS    58 OT    15.99940 ! TIPS3P WATER OXYGEN 
 40: MASS    59 OS    15.99940 ! ester oxygen 
 41: MASS    81 S     32.06000 ! sulphur 
 42: MASS    82 SH1E  33.06800 ! extended atom sulphur with one hydrogen 
 43: MASS    91 FE    55.84700 ! iron 
 44: MASS    92 CR    12.01100 ! 4-bonded carbon in aromatics and Arginine 
 45:  
 46: DECL -C 
 47: DECL -O 
 48: DECL +N 
 49: DECL +H 
 50: DECL +CA 
 51:  
 52: AUTOGENERATE ANGLES 
 53: DEFA FIRS NTER LAST CTER 
 54:  
 55: RESI ALA     0.00000 
 56: GROU 
 57: ATOM N    NH1    -0.35 
 58: ATOM H    H       0.25 
 59: ATOM CA   CH1E    0.10 
 60: GROU 
 61: ATOM CB   CH3E    0.00 
 62: GROU 
 63: ATOM C    C       0.55 
 64: ATOM O    O      -0.55 
 65: BOND N    CA        CA   C         C    +N        C    O         N    H 
 66: BOND CA   CB 
 67: DIHE -C   N    CA   C         N    CA   C    +N        CA   C    +N   +CA 
 68: IMPH N    -C   CA   H         C    CA   +N   O         CA   N    C    CB 
 69: DONO  H  N 
 70: ACCE O  C 
 71: IC   -C   CA   *N   H      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
 72: IC   -C   N    CA   C      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
 73: IC   N    CA   C    +N     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
 74: IC   +N   CA   *C   O      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
 75: IC   CA   C    +N   +CA    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
 76: IC   N    C    *CA  CB     0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
 77:  
 78: RESI ARG     0.00000        !TL 
 79: GROU 
 80: ATOM N    NH1    -0.35 
 81: ATOM H    H       0.25 
 82: ATOM CA   CH1E    0.10 
 83: GROU 
 84: ATOM CB   CH2E    0.00 
 85: ATOM CG   CH2E    0.00 
 86: GROU 
 87: ATOM CD   CH2E    0.10 
 88: ATOM NE   NH1    -0.40 
 89: ATOM HE   H       0.15 
 90: ATOM CZ   CR      0.25 
 91: GROU 
 92: ATOM NH1  NC2    -0.85 
 93: ATOM HH11 HC      0.40 
 94: ATOM HH12 HC      0.40 
 95: GROU 
 96: ATOM NH2  NC2    -0.85 
 97: ATOM HH21 HC      0.40 
 98: ATOM HH22 HC      0.40 
 99: GROU 
100: ATOM C    C       0.55 
101: ATOM O    O      -0.55 
102: BOND N    CA        CA   C         C    +N        C    O         N    H 
103: BOND CA   CB        CB   CG        CG   CD        CD   NE        NE   HE 
104: BOND NE   CZ        CZ   NH1       CZ   NH2       NH1  HH11      NH1  HH12 
105: BOND NH2  HH21      NH2  HH22 
106: DIHE -C   N    CA   C         N    CA   C    +N        CA   C    +N   +CA 
107: DIHE N    CA   CB   CG        CA   CB   CG   CD        CB   CG   CD   NE 
108: DIHE CG   CD   NE   CZ        CD   NE   CZ   NH1       NE   CZ   NH1  HH11 
109: DIHE NE   CZ   NH2  HH21      NE   CZ   NH1  HH12      NE   CZ   NH2  HH22 
110: IMPH N    -C   CA   H         C    CA   +N   O         CA   N    C    CB 
111: IMPH NE   CD   CZ   HE        CZ   NH1  NH2  NE 
112: DONO  H N 
113: DONO  HE NE 
114: DONO  HH11 NH1 
115: DONO  HH12 NH1 
116: DONO  HH21 NH2 
117: DONO  HH22 NH2 
118: ACCE O C 
119: IC   -C   CA   *N   H      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
120: IC   -C   N    CA   C      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
121: IC   N    CA   C    +N     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
122: IC   +N   CA   *C   O      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
123: IC   CA   C    +N   +CA    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
124: IC   N    C    *CA  CB     0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
125: IC   N    CA   CB   CG     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
126: IC   CA   CB   CG   CD     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
127: IC   CB   CG   CD   NE     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
128: IC   CG   CD   NE   CZ     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
129: IC   CD   NE   CZ   NH1    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
130: IC   NH1  NE   *CZ  NH2    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
131: IC   CD   CZ   *NE  HE     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
132: IC   NE   CZ   NH1  HH11   0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
133: IC   HH11 CZ   *NH1 HH12   0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
134: IC   NE   CZ   NH2  HH21   0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
135: IC   HH21 CZ   *NH2 HH22   0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
136:  
137: RESI ASN     0.00000 
138: GROU 
139: ATOM N    NH1    -0.35 
140: ATOM H    H       0.25 
141: ATOM CA   CH1E    0.10 
142: GROU 
143: ATOM CB   CH2E    0.00 
144: GROU 
145: ATOM CG   C       0.55 
146: ATOM OD1  O      -0.55 
147: GROU 
148: ATOM ND2  NH2    -0.60 
149: ATOM HD21 H       0.30 
150: ATOM HD22 H       0.30 
151: GROU 
152: ATOM C    C       0.55 
153: ATOM O    O      -0.55 
154: BOND N    CA        CA   C         C    +N        C    O         N    H 
155: BOND CA   CB        CB   CG        CG   OD1       CG   ND2       ND2  HD21 
156: BOND ND2  HD22 
157: DIHE -C   N    CA   C         N    CA   C    +N        CA   C    +N   +CA 
158: DIHE N    CA   CB   CG        CA   CB   CG   OD1       CB   CG   ND2  HD21 
159: IMPH N    -C   CA   H         C    CA   +N   O         CA   N    C    CB 
160: IMPH CG   OD1  ND2  CB        ND2  HD21 HD22 CG 
161: DONO  H N 
162: DONO  HD21 ND2 
163: DONO  HD22 ND2 
164: ACCE OD1 CG 
165: ACCE O C 
166: IC   -C   CA   *N   H      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
167: IC   -C   N    CA   C      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
168: IC   N    CA   C    +N     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
169: IC   +N   CA   *C   O      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
170: IC   CA   C    +N   +CA    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
171: IC   N    C    *CA  CB     0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
172: IC   N    CA   CB   CG     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
173: IC   CA   CB   CG   OD1    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000