hdiff output

r27513/FindCHARMM35.cmake 2017-01-21 10:34:04.702250000 +0000 r27512/FindCHARMM35.cmake 2017-01-21 10:34:05.366250000 +0000
 80:  80: 
 81: message("${SVN_ROOT}/CMakeModules/FindCHARMM35.cmake: compiling CHARMM35 with arguments = ${CHARMM_COMPILE_ARGS}")                       81: message("${SVN_ROOT}/CMakeModules/FindCHARMM35.cmake: compiling CHARMM35 with arguments = ${CHARMM_COMPILE_ARGS}")                      
 82: message("${SVN_ROOT}/CMakeModules/FindCHARMM35.cmake: charmm libs = ${CHARMM_LIBS}") 82: message("${SVN_ROOT}/CMakeModules/FindCHARMM35.cmake: charmm libs = ${CHARMM_LIBS}")
 83:  83: 
 84: # Define the command that builds the CHARMM libraries.  If the build is 84: # Define the command that builds the CHARMM libraries.  If the build is
 85: # successful then file CHARM_WAS_BUILT_FILE is created.  This file is 85: # successful then file CHARM_WAS_BUILT_FILE is created.  This file is
 86: # persistant, so CHARMM need not be rebuild every time the makefile is called. 86: # persistant, so CHARMM need not be rebuild every time the makefile is called.
 87: # Do not make this file a dependency, use CHARMM_WAS_BUILT as defined below. 87: # Do not make this file a dependency, use CHARMM_WAS_BUILT as defined below.
 88: # We are building out-of-source, so copy the relevant source files to the build 88: # We are building out-of-source, so copy the relevant source files to the build
 89: # directory first. 89: # directory first.
 90: # jmc> Added "fcmdir ${CHARMM_SOURCE_ROOT}" to the end of the args of install.com to  
 91: # tell it to use the fcm (Fortran common) files there rather than the copies in the  
 92: # the build directory. This is to (hopefully) avoid the compilation failing because  
 93: # the directory path to the fcm files is longer than the hard-wired limit in the  
 94: # charmm pre-processor (prefx) of 60 characters! 
 95: add_custom_command( 90: add_custom_command(
 96:    OUTPUT ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/CHARMM_WAS_BUILT_FILE 91:    OUTPUT ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/CHARMM_WAS_BUILT_FILE
 97:    COMMAND rm -rf build tool source install.com clean.csh 92:    COMMAND rm -rf build tool source install.com clean.csh
 98:    COMMAND mkdir build 93:    COMMAND mkdir build
 99:    COMMAND cp -r ${CHARMM_SOURCE_ROOT}/build/UNX build/UNX 94:    COMMAND cp -r ${CHARMM_SOURCE_ROOT}/build/UNX build/UNX
100:    COMMAND cp -r ${CHARMM_SOURCE_ROOT}/tool tool 95:    COMMAND cp -r ${CHARMM_SOURCE_ROOT}/tool tool
101:    COMMAND cp -r ${CHARMM_SOURCE_ROOT}/source source 96:    COMMAND cp -r ${CHARMM_SOURCE_ROOT}/source source
102:    COMMAND cp ${CHARMM_SOURCE_ROOT}/install.com . 97:    COMMAND cp ${CHARMM_SOURCE_ROOT}/install.com .
103:    COMMAND cp ${CHARMM_SOURCE_ROOT}/clean.csh . 98:    COMMAND cp ${CHARMM_SOURCE_ROOT}/clean.csh .
104:    COMMAND ./clean.csh 99:    COMMAND ./clean.csh
105:    COMMAND ./install.com ${CHARMM_COMPILE_ARGS} fcmdir ${CHARMM_SOURCE_ROOT} > build.log && touch ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/CHARMM_WAS_BUILT_FILE100:    COMMAND ./install.com ${CHARMM_COMPILE_ARGS} > build.log && touch ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/CHARMM_WAS_BUILT_FILE
106:    WORKING_DIRECTORY ${CHARMM_BUILD_ROOT}101:    WORKING_DIRECTORY ${CHARMM_BUILD_ROOT}
107: )102: )
108: 103: 
109: 104: 
110: # NOTE: this doesn't work105: # NOTE: this doesn't work
111: #set(ALL_CHARMM_LIBS ${CHARMM_LIBS})106: #set(ALL_CHARMM_LIBS ${CHARMM_LIBS})
112: #add_custom_target( charmmlib107: #add_custom_target( charmmlib
113: #  COMMAND ar crsv libcharmm_merged.a ${ALL_CHARMM_LIBS}108: #  COMMAND ar crsv libcharmm_merged.a ${ALL_CHARMM_LIBS}
114: #  DEPENDS ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/CHARMM_WAS_BUILT_FILE109: #  DEPENDS ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/CHARMM_WAS_BUILT_FILE
115: #  )110: #  )


r27513/install.com 2017-01-21 10:34:04.358250000 +0000 r27512/install.com 2017-01-21 10:34:05.034250000 +0000
401: # set chmroot to point the current directory (~/charmm) and401: # set chmroot to point the current directory (~/charmm) and
402: # set up the CHARMM installation environments.402: # set up the CHARMM installation environments.
403: #403: #
404: setenv chmroot  `pwd`404: setenv chmroot  `pwd`
405: setenv chmbuild $chmroot/build/$chm_host405: setenv chmbuild $chmroot/build/$chm_host
406: setenv chmexec  $chmroot/exec/$chm_host406: setenv chmexec  $chmroot/exec/$chm_host
407: setenv chmlib   $chmroot/lib/$chm_host407: setenv chmlib   $chmroot/lib/$chm_host
408: setenv chmsrc   $chmroot/source408: setenv chmsrc   $chmroot/source
409: setenv chmtool  $chmroot/tool409: setenv chmtool  $chmroot/tool
410: setenv chmpar   serial410: setenv chmpar   serial
411: # jmc 
412: if ( $#argv >= 2 ) then 
413:    @ poo = $#argv - 1 
414:    set opt = $argv[$poo] 
415: else 
416:    set opt = ' ' 
417: endif 
418: if ($opt == 'fcmdir') then  
419:    setenv fcmdirpath $argv[$#argv]/source/fcm 
420: else 
421:    setenv fcmdirpath $chmsrc/fcm 
422: endif 
423: # jmc 
424: set path = ( $path $chmtool )411: set path = ( $path $chmtool )
425: #412: #
426: if (! -e $chmroot/exec ) mkdir $chmroot/exec413: if (! -e $chmroot/exec ) mkdir $chmroot/exec
427: if (! -e $chmexec      ) mkdir $chmexec414: if (! -e $chmexec      ) mkdir $chmexec
428: if (! -e $chmroot/lib  ) mkdir $chmroot/lib415: if (! -e $chmroot/lib  ) mkdir $chmroot/lib
429: if (! -e $chmlib       ) mkdir $chmlib416: if (! -e $chmlib       ) mkdir $chmlib
430: #417: #
431: if ($qmndo97 == 1) then418: if ($qmndo97 == 1) then
432: #  echo "Enter the absolute path to the modified MNDO makefile and machine specific makefiles"419: #  echo "Enter the absolute path to the modified MNDO makefile and machine specific makefiles"
433: #  echo "(Where are: Makefile_qmmm, irixx.mak, gnu.mak, aix4.mak, etc...?)"420: #  echo "(Where are: Makefile_qmmm, irixx.mak, gnu.mak, aix4.mak, etc...?)"
1545:     echo " "1532:     echo " "
1546:     echo " install.com> Unrecognized CHARMM size specified."1533:     echo " install.com> Unrecognized CHARMM size specified."
1547:     echo "              As default, MEDIUM will be used."1534:     echo "              As default, MEDIUM will be used."
1548:     echo "MEDIUM"   >> $chmbuild/pref$$.dat1535:     echo "MEDIUM"   >> $chmbuild/pref$$.dat
1549:     breaksw1536:     breaksw
1550: endsw1537: endsw
1551: #1538: #
1552: # generic preprocessing keys to build CHARMM1539: # generic preprocessing keys to build CHARMM
1553:   echo "EXPAND"     >> $chmbuild/pref$$.dat1540:   echo "EXPAND"     >> $chmbuild/pref$$.dat
1554:   echo "PUTFCM"     >> $chmbuild/pref$$.dat1541:   echo "PUTFCM"     >> $chmbuild/pref$$.dat
1555: # jmc  echo "FCMDIR=$chmsrc/fcm" >> $chmbuild/pref$$.dat1542:   echo "FCMDIR=$chmsrc/fcm" >> $chmbuild/pref$$.dat
1556:   echo "FCMDIR=$fcmdirpath" >> $chmbuild/pref$$.dat 
1557: #1543: #
1558: # specify parallel platform preprocessor keys1544: # specify parallel platform preprocessor keys
1559: # and supported features to non-parallel platforms1545: # and supported features to non-parallel platforms
1560: if ( $chm_host == alphamp ) then1546: if ( $chm_host == alphamp ) then
1561:   echo "NOCORREL"   >> $chmbuild/pref$$.dat1547:   echo "NOCORREL"   >> $chmbuild/pref$$.dat
1562:   echo "NOVIBRAN"   >> $chmbuild/pref$$.dat1548:   echo "NOVIBRAN"   >> $chmbuild/pref$$.dat
1563:   echo "NOST2"      >> $chmbuild/pref$$.dat1549:   echo "NOST2"      >> $chmbuild/pref$$.dat
1564: else if ( $chm_host == t3e ) then1550: else if ( $chm_host == t3e ) then
1565:   echo "NOCORREL"   >> $chmbuild/pref$$.dat1551:   echo "NOCORREL"   >> $chmbuild/pref$$.dat
1566:   echo "NOVIBRAN"   >> $chmbuild/pref$$.dat1552:   echo "NOVIBRAN"   >> $chmbuild/pref$$.dat


legend
Lines Added 
Lines changed
 Lines Removed

hdiff - version: 2.1.0