hdiff output

r26745/CMakeLists.txt 2017-01-21 10:34:23.122250000 +0000 r26744/CMakeLists.txt 2017-01-21 10:34:23.978250000 +0000
  1: svn: E195012: Unable to find repository location for 'svn+ssh://svn.ch.private.cam.ac.uk/groups/wales/trunk/GMIN/source/CHARMMboth/CMakeLists.txt' in revision 26745  1: svn: E195012: Unable to find repository location for 'svn+ssh://svn.ch.private.cam.ac.uk/groups/wales/trunk/GMIN/source/CHARMMboth/CMakeLists.txt' in revision 26744


r26745/FindCHARMM35.cmake 2017-01-21 10:34:22.882250000 +0000 r26744/FindCHARMM35.cmake 2017-01-21 10:34:23.706250000 +0000
  1: # This file sets up the package CHARMM35.  1: # This file sets up the package CHARMM35.
  2: # Compile the charmm libraries and specify the list of CHARMM libraries that  2: # Compile the charmm libraries and specify the list of CHARMM libraries that
  3: # should be linked to in the CHARMM GMIN target.  3: # should be linked to in the CHARMM GMIN target.
  4: #  4: #
  5: #  5: #
  6: option(WITH_DFTB "Enable compilation with DFTB code" OFF)  6: option(WITH_DFTB "Enable compilation with DFTB code" OFF)
  7:   7: 
  8: # set the out-of-source directory where charmm will be built  8: set(LIBDIR35 ${SVN_ROOT}/CHARMM35/lib/gnu)
  9: unset(CHARMM_BUILD_ROOT CACHE) 
 10: set(CHARMM_BUILD_ROOT ${CMAKE_BINARY_DIR}/C35 CACHE TYPE STRING) 
 11: file(MAKE_DIRECTORY ${CHARMM_BUILD_ROOT}) 
 12:   9: 
 13: set(LIBDIR35 ${CHARMM_BUILD_ROOT}/lib/gnu) 10: #file(GLOB CHOBJS35 ${LIBDIR35}/help.o ${LIBDIR35}/iniall.o ${LIBDIR35}/miscom.o ${LIBDIR35}/usersb.o)
  11: #file(GLOB CHLIBS35 ${LIBDIR35}/*.a)
  12: # repeating CHLIBS35 to fix dependency problem 
  13: # set(CHARMM_LIBS ${CHOBJS35} ${CHLIBS35} ${CHLIBS35} CACHE TYPE STRING)
 14:  14: 
 15: # Set the CHARMM_LIBS variable. These need to be specified manually because 15: # Set the CHARMM_LIBS variable. These need to be specified manually because
 16: # only certain of them should be linked to in the CHARMM GMIN target. 16: # only certain of them should be linked to in the CHARMM GMIN target.
 17: unset(CHARMM_LIBS CACHE) 
 18: set(CHARMM_LIBS "${LIBDIR35}/help.o;${LIBDIR35}/iniall.o;${LIBDIR35}/miscom.o;${LIBDIR35}/usersb.o;${LIBDIR35}/squantm.a;${LIBDIR35}/io.a;${LIBDIR35}/cheq.a;${LIBDIR35}/moldyn.a;${LIBDIR35}/emap.a;${LIBDIR35}/solvation.a;${LIBDIR35}/dimb.a;${LIBDIR35}/graphics.a;${LIBDIR35}/pipf.a;${LIBDIR35}/correl.a;${LIBDIR35}/pert.a;${LIBDIR35}/mmff.a;${LIBDIR35}/machdep.a;${LIBDIR35}/shapes.a;${LIBDIR35}/energy.a;${LIBDIR35}/dynamc.a;${LIBDIR35}/util.a;${LIBDIR35}/gener.a;${LIBDIR35}/flucq.a;${LIBDIR35}/molvib.a;${LIBDIR35}/vibran.a;${LIBDIR35}/cadint.a;${LIBDIR35}/manip.a;${LIBDIR35}/minmiz.a;${LIBDIR35}/quantum.a;${LIBDIR35}/gamint.a;${LIBDIR35}/nbonds.a;${LIBDIR35}/zerom.a;${LIBDIR35}/mscale.a;${LIBDIR35}/prate.a;${LIBDIR35}/adumb.a;${LIBDIR35}/rxncor.a;${LIBDIR35}/image.a;${LIBDIR35}/mndint.a;${LIBDIR35}/mc.a;${LIBDIR35}/sccdftbint.a;${LIBDIR35}/misc.a;${LIBDIR35}/gukint.a;${LIBDIR35}/mbond.a;${LIBDIR35}/cff.a;${LIBDIR35}/squantm.a;${LIBDIR35}/io.a;${LIBDIR35}/cheq.a;${LIBDIR35}/moldyn.a;${LIBDIR35}/emap.a;${LIBDIR35}/solvation.a;${LIBDIR35}/dimb.a;${LIBDIR35}/graphics.a;${LIBDIR35}/pipf.a;${LIBDIR35}/correl.a;${LIBDIR35}/pert.a;${LIBDIR35}/mmff.a;${LIBDIR35}/machdep.a;${LIBDIR35}/shapes.a;${LIBDIR35}/energy.a;${LIBDIR35}/dynamc.a;${LIBDIR35}/util.a;${LIBDIR35}/gener.a;${LIBDIR35}/flucq.a;${LIBDIR35}/molvib.a;${LIBDIR35}/vibran.a;${LIBDIR35}/cadint.a;${LIBDIR35}/manip.a;${LIBDIR35}/minmiz.a;${LIBDIR35}/quantum.a;${LIBDIR35}/gamint.a;${LIBDIR35}/nbonds.a;${LIBDIR35}/zerom.a;${LIBDIR35}/mscale.a;${LIBDIR35}/prate.a;${LIBDIR35}/adumb.a;${LIBDIR35}/rxncor.a;${LIBDIR35}/image.a;${LIBDIR35}/mndint.a;${LIBDIR35}/mc.a;${LIBDIR35}/sccdftbint.a;${LIBDIR35}/misc.a;${LIBDIR35}/gukint.a;${LIBDIR35}/mbond.a;${LIBDIR35}/cff.a" CACHE TYPE STRING)  17: set(CHARMM_LIBS "${LIBDIR35}/help.o;${LIBDIR35}/iniall.o;${LIBDIR35}/miscom.o;${LIBDIR35}/usersb.o;${LIBDIR35}/squantm.a;${LIBDIR35}/io.a;${LIBDIR35}/cheq.a;${LIBDIR35}/moldyn.a;${LIBDIR35}/emap.a;${LIBDIR35}/solvation.a;${LIBDIR35}/dimb.a;${LIBDIR35}/graphics.a;${LIBDIR35}/pipf.a;${LIBDIR35}/correl.a;${LIBDIR35}/pert.a;${LIBDIR35}/mmff.a;${LIBDIR35}/machdep.a;${LIBDIR35}/shapes.a;${LIBDIR35}/energy.a;${LIBDIR35}/dynamc.a;${LIBDIR35}/util.a;${LIBDIR35}/gener.a;${LIBDIR35}/flucq.a;${LIBDIR35}/molvib.a;${LIBDIR35}/vibran.a;${LIBDIR35}/cadint.a;${LIBDIR35}/manip.a;${LIBDIR35}/minmiz.a;${LIBDIR35}/quantum.a;${LIBDIR35}/gamint.a;${LIBDIR35}/nbonds.a;${LIBDIR35}/zerom.a;${LIBDIR35}/mscale.a;${LIBDIR35}/prate.a;${LIBDIR35}/adumb.a;${LIBDIR35}/rxncor.a;${LIBDIR35}/image.a;${LIBDIR35}/mndint.a;${LIBDIR35}/mc.a;${LIBDIR35}/sccdftbint.a;${LIBDIR35}/misc.a;${LIBDIR35}/gukint.a;${LIBDIR35}/mbond.a;${LIBDIR35}/cff.a;${LIBDIR35}/squantm.a;${LIBDIR35}/io.a;${LIBDIR35}/cheq.a;${LIBDIR35}/moldyn.a;${LIBDIR35}/emap.a;${LIBDIR35}/solvation.a;${LIBDIR35}/dimb.a;${LIBDIR35}/graphics.a;${LIBDIR35}/pipf.a;${LIBDIR35}/correl.a;${LIBDIR35}/pert.a;${LIBDIR35}/mmff.a;${LIBDIR35}/machdep.a;${LIBDIR35}/shapes.a;${LIBDIR35}/energy.a;${LIBDIR35}/dynamc.a;${LIBDIR35}/util.a;${LIBDIR35}/gener.a;${LIBDIR35}/flucq.a;${LIBDIR35}/molvib.a;${LIBDIR35}/vibran.a;${LIBDIR35}/cadint.a;${LIBDIR35}/manip.a;${LIBDIR35}/minmiz.a;${LIBDIR35}/quantum.a;${LIBDIR35}/gamint.a;${LIBDIR35}/nbonds.a;${LIBDIR35}/zerom.a;${LIBDIR35}/mscale.a;${LIBDIR35}/prate.a;${LIBDIR35}/adumb.a;${LIBDIR35}/rxncor.a;${LIBDIR35}/image.a;${LIBDIR35}/mndint.a;${LIBDIR35}/mc.a;${LIBDIR35}/sccdftbint.a;${LIBDIR35}/misc.a;${LIBDIR35}/gukint.a;${LIBDIR35}/mbond.a;${LIBDIR35}/cff.a" CACHE TYPE STRING) 
 19:  18: 
 20: if(WITH_DFTB) 19: if(WITH_DFTB)
 21:   set(CHARMM_COMPILE_ARGS ${CHARMM_COMPILE_ARGS} T) 20:   set(CHARMM_COMPILE_ARGS ${CHARMM_COMPILE_ARGS} T)
 22:   unset(CHARMM_LIBS CACHE) 21:   unset(CHARMM_LIBS CACHE)
 23:   set(CHARMM_LIBS "${LIBDIR35}/help.o;${LIBDIR35}/iniall.o;${LIBDIR35}/miscom.o;${LIBDIR35}/usersb.o;${LIBDIR35}/squantm.a;${LIBDIR35}/io.a;${LIBDIR35}/cheq.a;${LIBDIR35}/moldyn.a;${LIBDIR35}/emap.a;${LIBDIR35}/solvation.a;${LIBDIR35}/dimb.a;${LIBDIR35}/graphics.a;${LIBDIR35}/pipf.a;${LIBDIR35}/correl.a;${LIBDIR35}/pert.a;${LIBDIR35}/mmff.a;${LIBDIR35}/machdep.a;${LIBDIR35}/shapes.a;${LIBDIR35}/energy.a;${LIBDIR35}/dynamc.a;${LIBDIR35}/util.a;${LIBDIR35}/gener.a;${LIBDIR35}/flucq.a;${LIBDIR35}/molvib.a;${LIBDIR35}/vibran.a;${LIBDIR35}/cadint.a;${LIBDIR35}/manip.a;${LIBDIR35}/minmiz.a;${LIBDIR35}/quantum.a;${LIBDIR35}/gamint.a;${LIBDIR35}/nbonds.a;${LIBDIR35}/zerom.a;${LIBDIR35}/mscale.a;${LIBDIR35}/prate.a;${LIBDIR35}/adumb.a;${LIBDIR35}/rxncor.a;${LIBDIR35}/image.a;${LIBDIR35}/mndint.a;${LIBDIR35}/mc.a;${LIBDIR35}/sccdftb.a;${LIBDIR35}/sccdftbint.a;${LIBDIR35}/misc.a;${LIBDIR35}/gukint.a;${LIBDIR35}/mbond.a;${LIBDIR35}/cff.a;${LIBDIR35}/squantm.a;${LIBDIR35}/io.a;${LIBDIR35}/cheq.a;${LIBDIR35}/moldyn.a;${LIBDIR35}/emap.a;${LIBDIR35}/solvation.a;${LIBDIR35}/dimb.a;${LIBDIR35}/graphics.a;${LIBDIR35}/pipf.a;${LIBDIR35}/correl.a;${LIBDIR35}/pert.a;${LIBDIR35}/mmff.a;${LIBDIR35}/machdep.a;${LIBDIR35}/shapes.a;${LIBDIR35}/energy.a;${LIBDIR35}/dynamc.a;${LIBDIR35}/util.a;${LIBDIR35}/gener.a;${LIBDIR35}/flucq.a;${LIBDIR35}/molvib.a;${LIBDIR35}/vibran.a;${LIBDIR35}/cadint.a;${LIBDIR35}/manip.a;${LIBDIR35}/minmiz.a;${LIBDIR35}/quantum.a;${LIBDIR35}/gamint.a;${LIBDIR35}/nbonds.a;${LIBDIR35}/zerom.a;${LIBDIR35}/mscale.a;${LIBDIR35}/prate.a;${LIBDIR35}/adumb.a;${LIBDIR35}/rxncor.a;${LIBDIR35}/image.a;${LIBDIR35}/mndint.a;${LIBDIR35}/mc.a;${LIBDIR35}/sccdftb.a;${LIBDIR35}/sccdftbint.a;${LIBDIR35}/misc.a;${LIBDIR35}/gukint.a;${LIBDIR35}/mbond.a;${LIBDIR35}/cff.a" CACHE TYPE STRING) 22:   set(CHARMM_LIBS "${LIBDIR35}/help.o;${LIBDIR35}/iniall.o;${LIBDIR35}/miscom.o;${LIBDIR35}/usersb.o;${LIBDIR35}/squantm.a;${LIBDIR35}/io.a;${LIBDIR35}/cheq.a;${LIBDIR35}/moldyn.a;${LIBDIR35}/emap.a;${LIBDIR35}/solvation.a;${LIBDIR35}/dimb.a;${LIBDIR35}/graphics.a;${LIBDIR35}/pipf.a;${LIBDIR35}/correl.a;${LIBDIR35}/pert.a;${LIBDIR35}/mmff.a;${LIBDIR35}/machdep.a;${LIBDIR35}/shapes.a;${LIBDIR35}/energy.a;${LIBDIR35}/dynamc.a;${LIBDIR35}/util.a;${LIBDIR35}/gener.a;${LIBDIR35}/flucq.a;${LIBDIR35}/molvib.a;${LIBDIR35}/vibran.a;${LIBDIR35}/cadint.a;${LIBDIR35}/manip.a;${LIBDIR35}/minmiz.a;${LIBDIR35}/quantum.a;${LIBDIR35}/gamint.a;${LIBDIR35}/nbonds.a;${LIBDIR35}/zerom.a;${LIBDIR35}/mscale.a;${LIBDIR35}/prate.a;${LIBDIR35}/adumb.a;${LIBDIR35}/rxncor.a;${LIBDIR35}/image.a;${LIBDIR35}/mndint.a;${LIBDIR35}/mc.a;${LIBDIR35}/sccdftb.a;${LIBDIR35}/sccdftbint.a;${LIBDIR35}/misc.a;${LIBDIR35}/gukint.a;${LIBDIR35}/mbond.a;${LIBDIR35}/cff.a;${LIBDIR35}/squantm.a;${LIBDIR35}/io.a;${LIBDIR35}/cheq.a;${LIBDIR35}/moldyn.a;${LIBDIR35}/emap.a;${LIBDIR35}/solvation.a;${LIBDIR35}/dimb.a;${LIBDIR35}/graphics.a;${LIBDIR35}/pipf.a;${LIBDIR35}/correl.a;${LIBDIR35}/pert.a;${LIBDIR35}/mmff.a;${LIBDIR35}/machdep.a;${LIBDIR35}/shapes.a;${LIBDIR35}/energy.a;${LIBDIR35}/dynamc.a;${LIBDIR35}/util.a;${LIBDIR35}/gener.a;${LIBDIR35}/flucq.a;${LIBDIR35}/molvib.a;${LIBDIR35}/vibran.a;${LIBDIR35}/cadint.a;${LIBDIR35}/manip.a;${LIBDIR35}/minmiz.a;${LIBDIR35}/quantum.a;${LIBDIR35}/gamint.a;${LIBDIR35}/nbonds.a;${LIBDIR35}/zerom.a;${LIBDIR35}/mscale.a;${LIBDIR35}/prate.a;${LIBDIR35}/adumb.a;${LIBDIR35}/rxncor.a;${LIBDIR35}/image.a;${LIBDIR35}/mndint.a;${LIBDIR35}/mc.a;${LIBDIR35}/sccdftb.a;${LIBDIR35}/sccdftbint.a;${LIBDIR35}/misc.a;${LIBDIR35}/gukint.a;${LIBDIR35}/mbond.a;${LIBDIR35}/cff.a" CACHE TYPE STRING)
 24: endif(WITH_DFTB) 23: endif(WITH_DFTB)
 25:  24: 
 26: #if(DEFINED CHARMM_COMPILE_ARGS) 25: #if(DEFINED CHARMM_COMPILE_ARGS)
 27:   if(COMPILER_SWITCH MATCHES "pgi") 26:   if(COMPILER_SWITCH MATCHES "pgi")
 33: message("${SVN_ROOT}/CMakeModules/FindCHARMM35.cmake: compiling CHARMM35 with arguments = ${CHARMM_COMPILE_ARGS}")                       32: message("${SVN_ROOT}/CMakeModules/FindCHARMM35.cmake: compiling CHARMM35 with arguments = ${CHARMM_COMPILE_ARGS}")                      
 34: message("charmm libs = ${CHARMM_LIBS}") 33: message("charmm libs = ${CHARMM_LIBS}")
 35:  34: 
 36: # Define the command that builds the CHARMM libraries.  If the build is 35: # Define the command that builds the CHARMM libraries.  If the build is
 37: # successful then file CHARM_WAS_BUILT_FILE is created.  This file is 36: # successful then file CHARM_WAS_BUILT_FILE is created.  This file is
 38: # persistant, so CHARMM need not be rebuild every time the makefile is called. 37: # persistant, so CHARMM need not be rebuild every time the makefile is called.
 39: # Do not make this file a dependency, use CHARMM_WAS_BUILT as defined below. 38: # Do not make this file a dependency, use CHARMM_WAS_BUILT as defined below.
 40: add_custom_command( 39: add_custom_command(
 41:    OUTPUT CHARMM_WAS_BUILT_FILE 40:    OUTPUT CHARMM_WAS_BUILT_FILE
 42:    COMMAND ./clean.csh 41:    COMMAND ./clean.csh
 43:    COMMAND CHARMM_BUILD_ROOT=${CHARMM_BUILD_ROOT} ./install.com ${CHARMM_COMPILE_ARGS} > ${CHARMM_BUILD_ROOT}/build.log && touch ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/CHARMM_WAS_BUILT_FILE 42:    COMMAND ./install.com ${CHARMM_COMPILE_ARGS} > build.log && touch ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/CHARMM_WAS_BUILT_FILE
 44:    WORKING_DIRECTORY ${SVN_ROOT}/CHARMM35 43:    WORKING_DIRECTORY ${SVN_ROOT}/CHARMM35
 45: ) 44: )
 46:  45: 
 47: # Create target CHARMM_WAS_BUILT that depends on CHARMM_WAS_BUILT_FILE.  Any 46: # Create target CHARMM_WAS_BUILT that depends on CHARMM_WAS_BUILT_FILE.  Any
 48: # target that depends on CHARMM can list CHARMM_WAS_BUILT as a dependency. 47: # target that depends on CHARMM can list CHARMM_WAS_BUILT as a dependency.
 49: # This is to avoid problems with parallel compilation. 48: # This is to avoid problems with parallel compilation.
 50: add_custom_target(CHARMM_WAS_BUILT DEPENDS CHARMM_WAS_BUILT_FILE) 49: add_custom_target(CHARMM_WAS_BUILT DEPENDS CHARMM_WAS_BUILT_FILE)


r26745/install.com 2017-01-21 10:34:22.594250000 +0000 r26744/install.com 2017-01-21 10:34:23.374250000 +0000
395: #=============================================================================395: #=============================================================================
396: #                        ENVIRONMENT SETUP396: #                        ENVIRONMENT SETUP
397: # set the host machine type environment variable chmhost397: # set the host machine type environment variable chmhost
398: #398: #
399: setenv chmhost $chm_host399: setenv chmhost $chm_host
400: #400: #
401: # set chmroot to point the current directory (~/charmm) and401: # set chmroot to point the current directory (~/charmm) and
402: # set up the CHARMM installation environments.402: # set up the CHARMM installation environments.
403: #403: #
404: setenv chmroot  `pwd`404: setenv chmroot  `pwd`
405:  
406: if ( $?CHARMM_BUILD_ROOT ) then 
407:   if ( ! -e $CHARMM_BUILD_ROOT ) then 
408:      echo "Error: can't find directory CHARMM_BUILD_ROOT = "$CHARMM_BUILD_ROOT 
409:      exit -1 
410:   endif 
411:   set pwd = `pwd` 
412:   setenv chmroot  $CHARMM_BUILD_ROOT 
413:   cp -r $pwd/tool $chmroot/tool 
414:   if (! -e $chmroot/build ) mkdir $chmroot/build 
415:   cp -r $pwd/build/UNX $chmroot/build/UNX 
416:   cp -r $pwd/source $chmroot/source 
417: endif 
418:  
419: setenv chmbuild $chmroot/build/$chm_host405: setenv chmbuild $chmroot/build/$chm_host
420: setenv chmexec  $chmroot/exec/$chm_host406: setenv chmexec  $chmroot/exec/$chm_host
421: setenv chmlib   $chmroot/lib/$chm_host407: setenv chmlib   $chmroot/lib/$chm_host
422: setenv chmsrc   $chmroot/source408: setenv chmsrc   $chmroot/source
423: setenv chmtool  $chmroot/tool409: setenv chmtool  $chmroot/tool
424: setenv chmpar   serial410: setenv chmpar   serial
425: set path = ( $path $chmtool )411: set path = ( $path $chmtool )
426: #412: #
427: if (! -e $chmroot/exec ) mkdir $chmroot/exec413: if (! -e $chmroot/exec ) mkdir $chmroot/exec
428: if (! -e $chmexec      ) mkdir $chmexec414: if (! -e $chmexec      ) mkdir $chmexec


legend
Lines Added 
Lines changed
 Lines Removed

hdiff - version: 2.1.0