hdiff output

r26560/charmm_main.src 2017-01-21 10:33:40.582250000 +0000 r26559/charmm_main.src 2017-01-21 10:33:41.854250000 +0000
  1: CHARMM Element source/main/charmm.src 1.1  1: CHARMM Element source/main/charmm.src 1.1
  2: ##IF OPTIM  2: ##IF OPTIM
  3:       SUBROUTINE CHSETUP(XO,YO,ZO,MASSO,NATOMO,TOPFILE,PARFILE,MYSTRM)  3:       SUBROUTINE CHSETUP(XO,YO,ZO,MASSO,NATOMO,TOPFILE,PARFILE)
  4: ##ELSE  4: ##ELSE
  5:       PROGRAM CHARMM  5:       PROGRAM CHARMM
  6: ##ENDIF  6: ##ENDIF
  7:       use new_timer                 !##NEWTIMER  7:       use new_timer                 !##NEWTIMER
  8: C  8: C
  9: C      Chemistry at HARvard Macromolecular Mechanics  9: C      Chemistry at HARvard Macromolecular Mechanics
 10: C      -            ---     -              - 10: C      -            ---     -              -
 11: C 11: C
 12: C      Version 36 - Developmental Version (c36a1) - August 15, 2008 12: C      Version 36 - Developmental Version (c36a1) - August 15, 2008
 13: C 13: C
146: ##INCLUDE '~/charmm_fcm/parallel.fcm'146: ##INCLUDE '~/charmm_fcm/parallel.fcm'
147: ##INCLUDE '~/charmm_fcm/repdstr.fcm'147: ##INCLUDE '~/charmm_fcm/repdstr.fcm'
148: ##IF QUANTA148: ##IF QUANTA
149: ##INCLUDE '~/charmm_fcm/quanta.fcm'149: ##INCLUDE '~/charmm_fcm/quanta.fcm'
150: ##ELSE150: ##ELSE
151:       LOGICAL QUANTAOK151:       LOGICAL QUANTAOK
152: ##ENDIF152: ##ENDIF
153: C153: C
154: ##IF OPTIM154: ##IF OPTIM
155: ##INCLUDE '~/charmm_fcm/coord.fcm'155: ##INCLUDE '~/charmm_fcm/coord.fcm'
156:       INTEGER NATOMO, IPAR, ILOOP, FLENGTH, MYSTRM156:       INTEGER NATOMO, IPAR, ILOOP, FLENGTH
157:       CHARACTER*100 TOPFILE, PARFILE157:       CHARACTER*100 TOPFILE, PARFILE
158:       REAL*8  XO(MAXAIM),YO(MAXAIM),ZO(MAXAIM), MASSO(MAXAIM)158:       REAL*8  XO(MAXAIM),YO(MAXAIM),ZO(MAXAIM), MASSO(MAXAIM)
159: ##ENDIF159: ##ENDIF
160: C160: C
161: C     The following are local variables.161: C     The following are local variables.
162: C162: C
163:       INTEGER   ISTART163:       INTEGER   ISTART
164: C164: C
165:       LOGICAL   EOF,ERROR165:       LOGICAL   EOF,ERROR
166:       LOGICAL   LUSED,OK166:       LOGICAL   LUSED,OK
277:       QUANTAOK=.FALSE.277:       QUANTAOK=.FALSE.
278: ##ENDIF278: ##ENDIF
279: C     Open the input file and read title for run279: C     Open the input file and read title for run
280: C     attention: 'call header' have already been done by now280: C     attention: 'call header' have already been done by now
281:       IF (QUANTAOK) THEN281:       IF (QUANTAOK) THEN
282:         NSTRM=0282:         NSTRM=0
283:         ISTRM=-1283:         ISTRM=-1
284:         EOF=.FALSE.284:         EOF=.FALSE.
285:       ELSE285:       ELSE
286:         NSTRM=1286:         NSTRM=1
287: ##IF OPTIM 
288:         ISTRM=MYSTRM 
289: ##ELSE 
290:         ISTRM=5287:         ISTRM=5
291: ##ENDIF 
292:         JSTRM(NSTRM)=ISTRM288:         JSTRM(NSTRM)=ISTRM
293:         EOF=.FALSE.289:         EOF=.FALSE.
294:         CALL TRYORO(ISTRM,'FORMATTED')290:         CALL TRYORO(ISTRM,'FORMATTED')
295:         NTITLA=0291:         NTITLA=0
296:         CALL RDTITL(TITLEA,NTITLA,ISTRM,0)292:         CALL RDTITL(TITLEA,NTITLA,ISTRM,0)
297:       ENDIF293:       ENDIF
298: C     <- mikem --294: C     <- mikem --
299: C295: C
300: C=======================================================================296: C=======================================================================
301: C     START OF MAIN COMMAND LOOP297: C     START OF MAIN COMMAND LOOP


r26560/keywords.f 2017-01-21 10:33:41.270250000 +0000 r26559/keywords.f 2017-01-21 10:33:42.418250000 +0000
129:          INTEGER IGBNAB     ! sf344129:          INTEGER IGBNAB     ! sf344
130:          ! LOCAL AMH VARIABLES130:          ! LOCAL AMH VARIABLES
131:          INTEGER NRES_AMH, I_RES, GLY_COUNT131:          INTEGER NRES_AMH, I_RES, GLY_COUNT
132:          ! CHARACTER(LEN=5) TARFL132:          ! CHARACTER(LEN=5) TARFL
133:          ! DOUBLE PRECISION X, Y, Z133:          ! DOUBLE PRECISION X, Y, Z
134:          INTEGER :: GROUPCENTRE134:          INTEGER :: GROUPCENTRE
135:          DOUBLE PRECISION :: GROUPRADIUS,DISTGROUPX2,DISTGROUPY2,DISTGROUPZ2,DISTGROUPCENTRE135:          DOUBLE PRECISION :: GROUPRADIUS,DISTGROUPX2,DISTGROUPY2,DISTGROUPZ2,DISTGROUPCENTRE
136:          CHARACTER (LEN=2) :: FREEZEGROUPTYPE136:          CHARACTER (LEN=2) :: FREEZEGROUPTYPE
137:          LOGICAL :: FREEZEGROUPT, TURNOFFCHECKCHIRALITY137:          LOGICAL :: FREEZEGROUPT, TURNOFFCHECKCHIRALITY
138:          DOUBLE PRECISION LPI138:          DOUBLE PRECISION LPI
139:          INTEGER DATA_UNIT 
140: 139: 
141:          LPI=3.14159265358979323846264338327950288419716939937510D0140:          LPI=3.14159265358979323846264338327950288419716939937510D0
142:          AAA=0141:          AAA=0
143:          AAB=0142:          AAB=0
144:          ABB=0143:          ABB=0
145:          PAA=0144:          PAA=0
146:          PAB=0145:          PAB=0
147:          PBB=0146:          PBB=0
148:          QAA=0147:          QAA=0
149:          QAB=0148:          QAB=0
834: 833: 
835:          CLSTRINGT=.FALSE.834:          CLSTRINGT=.FALSE.
836:          CLSTRINGTST=.FALSE.835:          CLSTRINGTST=.FALSE.
837:          IF (FILTH2.EQ.0) THEN836:          IF (FILTH2.EQ.0) THEN
838:             OPEN (5,FILE='odata',STATUS='OLD')837:             OPEN (5,FILE='odata',STATUS='OLD')
839:          ELSE838:          ELSE
840:             WRITE(OTEMP,*) FILTH2839:             WRITE(OTEMP,*) FILTH2
841:             WRITE(OSTRING,'(A)') 'odata.' // TRIM(ADJUSTL(OTEMP))840:             WRITE(OSTRING,'(A)') 'odata.' // TRIM(ADJUSTL(OTEMP))
842:             OPEN (5,FILE=OSTRING,STATUS='OLD')841:             OPEN (5,FILE=OSTRING,STATUS='OLD')
843:          ENDIF842:          ENDIF
844:          DATA_UNIT=5 
845: 843: 
846: 190      CALL INPUT(END)844: 190      CALL INPUT(END)
847:          IF (.NOT. END) THEN845:          IF (.NOT. END) THEN
848:             CALL READU(WORD)846:             CALL READU(WORD)
849:          ENDIF847:          ENDIF
850:          ! 848:          ! 
851:          ! POINTS - keyword at the end of the list of options after which849:          ! POINTS - keyword at the end of the list of options after which
852:          ! the Cartesian coordinates follow. Must be present unless VARIABLES or RINGPOLYMER850:          ! the Cartesian coordinates follow. Must be present unless VARIABLES or RINGPOLYMER
853:          ! is present instead. MACHINE keyword overrides POINTS. If MACHINE is851:          ! is present instead. MACHINE keyword overrides POINTS. If MACHINE is
854:          ! true coordinates that were read from odata file will be overwritten852:          ! true coordinates that were read from odata file will be overwritten
1649:                ! does not work. The compiler does not really want to reuse the1647:                ! does not work. The compiler does not really want to reuse the
1650:                ! code. Sigh...1648:                ! code. Sigh...
1651:                ! call ReadInpFile(Q)1649:                ! call ReadInpFile(Q)
1652: 1650: 
1653:                ! save them into CH. arrays and pass to CHARMM1651:                ! save them into CH. arrays and pass to CHARMM
1654:                DO J1=1,NATOMS1652:                DO J1=1,NATOMS
1655:                   CHX(J1)=Q(3*(J1-1)+1)1653:                   CHX(J1)=Q(3*(J1-1)+1)
1656:                   CHY(J1)=Q(3*(J1-1)+2)1654:                   CHY(J1)=Q(3*(J1-1)+2)
1657:                   CHZ(J1)=Q(3*(J1-1)+3)1655:                   CHZ(J1)=Q(3*(J1-1)+3)
1658:                ENDDO1656:                ENDDO
1659:                CALL CHSETUP(CHX,CHY,CHZ,CHMASS,NATOM,TOPFILE,PARFILE,DATA_UNIT)1657:                CALL CHSETUP(CHX,CHY,CHZ,CHMASS,NATOM,TOPFILE,PARFILE)
1660:                ! CALL FILLICT(CHX,CHY,CHZ,DUMMY1,.TRUE.)1658:                ! CALL FILLICT(CHX,CHY,CHZ,DUMMY1,.TRUE.)
1661:                CALL FILLICTABLE(Q)1659:                CALL FILLICTABLE(Q)
1662:             ELSE1660:             ELSE
1663:                ! charmm will read the coords and will return them to OPTIM via CH. vecs1661:                ! charmm will read the coords and will return them to OPTIM via CH. vecs
1664:                CHX(1)=13.13d13 ! this way we will tell CHARMM to save its coords into CH. arrays; otherwise it will1662:                CHX(1)=13.13d13 ! this way we will tell CHARMM to save its coords into CH. arrays; otherwise it will
1665:                CALL CHSETUP(CHX,CHY,CHZ,CHMASS,NATOM,TOPFILE,PARFILE,DATA_UNIT)1663:                CALL CHSETUP(CHX,CHY,CHZ,CHMASS,NATOM,TOPFILE,PARFILE)
1666:                ! 1664:                ! 
1667:             ENDIF ! SAT1665:             ENDIF ! SAT
1668:             CALL CHSETZSYMATMASS1666:             CALL CHSETZSYMATMASS
1669:             IF (FILTH.NE.0) THEN1667:             IF (FILTH.NE.0) THEN
1670:                OPEN(UNIT=20,FILE='coords.read',STATUS='REPLACE')1668:                OPEN(UNIT=20,FILE='coords.read',STATUS='REPLACE')
1671:                CLOSE(20)1669:                CLOSE(20)
1672:             ENDIF1670:             ENDIF
1673: ! NATOMS=NATOM  ! should already know NATOMS from getparams1671: ! NATOMS=NATOM  ! should already know NATOMS from getparams
1674:             IF (NATOM /= NATOMS) THEN1672:             IF (NATOM /= NATOMS) THEN
1675:                WRITE(*,'(A)') 'No. of atoms in "input.crd" and file specified in CHARMM part of odata conflict'1673:                WRITE(*,'(A)') 'No. of atoms in "input.crd" and file specified in CHARMM part of odata conflict'


legend
Lines Added 
Lines changed
 Lines Removed

hdiff - version: 2.1.0