hdiff output

r25495/param19_perm.inp 2017-01-21 10:33:37.054250000 +0000 r25494/param19_perm.inp 2017-01-21 10:33:37.882250000 +0000
  1: * - parameter file PARAM19 -  1: svn: E195012: Unable to find repository location for 'svn+ssh://svn.ch.private.cam.ac.uk/groups/wales/trunk/CHARMM35/toppar/param19_perm.inp' in revision 25494
  2: * S Trygubenko: several dihedrals and impropers were symmetrized to 
  3: * ensure that rotamers of ASN, GLN, TYR, PHE, ASP, GLU and CTER residues  
  4: * have the same energies. Visit http://www.trygub.com/charmm/rotamers/  
  5: * for more information. Unsupported. Use this file at your own risk.  
  6: * Modifications are marked with SAT. 
  7: * - 
  8: * PEPTIDE GEOMETRY FROM RAMACHANDRAN ET AL BBA 359:298 (1974) 
  9: * TORSIONS FROM HAGLER ET AL JACS 98:4600 (1976) 
 10: * JORGENSEN NONBOND PARAMETERS JACS 103:3976-3985 WITH 1-4 RC=1.80/0.1 
 11: * 
 12:   
 13: !* - PEPTIDE GEOMETRY TO GIVE RAMACHANDRAN ET AL BBA 359:298 (1974) 
 14: !* - PEPTIDE TORSIONS FROM HAGLER ET AL JACS 98:4600 (1976) 
 15: !* - NONBONDED TERMS JORGENSEN JACS 103:3976 W/ RC1-4 = 1.80 EC1-4 = 0.1 
 16: !*  The default h-bond exponents are now 6-repul 4-attr 
 17: !* ++++++++ ATOMTYPE OS (IN METHYL ESTER) ADDED FOR CHARMM COURSE /LN ++++ 
 18: !* SOLVENT PARAMETERS: SUPPORTING ST2 AND MODIFIED TIP3P MODEL 
 19: !* Switched from Slater-Kirkwood to simple mixing rules - AB 
 20: !* Hbond parameters based on comparisons of dimer results with 
 21: !*   ab initio calculations. - WER  12/19/84 
 22: !* Grouping of atom types for VDW parameters - BRB 1/3/85 
 23: !* 
 24:  
 25: !references 
 26: !Reiher, III., W.E. Theoretical Studies of Hydrogen Bonding, Ph.D. 
 27: !Thesis, Department of Chemistry, Harvard University, Cambridge, MA, 
 28: !USA, 1985 
 29: ! 
 30: !and 
 31: ! 
 32: !Neria, E., Fischer, S., and Karplus, M.  Simulation of Activation Free 
 33: !Energies in Molecular Systems, Journal of Chemical Physics, 1996, 105: 
 34: !1902-21. 
 35:  
 36: BOND 
 37: C    C      450.0       1.38!  FROM B. R. GELIN THESIS AMIDE AND DIPEPTIDES 
 38: C    CH1E   405.0       1.52!  EXCEPT WHERE NOTED.  CH1E,CH2E,CH3E, AND CT 
 39: C    CH2E   405.0       1.52!  ALL TREATED THE SAME. UREY BRADLEY TERMS ADDED 
 40: C    CH3E   405.0       1.52 
 41: C    CR1E   450.0       1.38 
 42: C    CT     405.0       1.53 
 43: C    N      471.0       1.33 
 44: C    NC2    400.0       1.33!  BOND LENGTH FROM PARMFIX9 FORCE K APROXIMATE 
 45: C    NH1    471.0       1.33 
 46: C    NH2    471.0       1.33 
 47: C    NP     471.0       1.33 
 48: C    NR     471.0       1.33 
 49: C    O      580.0       1.23 
 50: C    OC     580.0       1.23!  FORCE DECREASE AND LENGTH INCREASE FROM C O 
 51: C    OH1    450.0       1.38!  FROM PARMFIX9 (NO VALUE IN GELIN THESIS) 
 52: C    OS     292.0       1.43!  FROM DEP NORMAL MODE FIT 
 53: CH1E CH1E   225.0       1.53 
 54: CH1E CH2E   225.0       1.52 
 55: CH1E CH3E   225.0       1.52 
 56: CH1E N      422.0       1.45 
 57: CH1E NH1    422.0       1.45 
 58: CH1E NH2    422.0       1.45 
 59: CH1E NH3    422.0       1.45 
 60: CH1E OH1    400.0       1.42!  FROM PARMFIX9 (NO VALUE IN GELIN THESIS) 
 61: CH2E CH2E   225.0       1.52 
 62: CH2E CH3E   225.0       1.54 
 63: CH2E CR1E   250.0       1.45!  FROM WARSHEL AND KARPLUS 1972 JACS 96:5612 
 64: CH2E N      422.0       1.45 
 65: CH2E NH1    422.0       1.45 
 66: CH2E NH2    422.0       1.45 
 67: CH2E NH3    422.0       1.45 
 68: CH2E OH1    400.0       1.42 
 69: CH2E S      450.0       1.81!  FROM PARMFIX9 
 70: CH2E SH1E   450.0       1.81 
 71: CH3E NH1    422.0       1.49 
 72: CH3E NR     422.0       1.49 ! FOR NETROPSIN 
 73: CH3E S      450.0       1.77!  FROM PARMFIX9 
 74: CH3E OS     292.0       1.38!  FROM DEP NORMAL MODE FIT 
 75: CM   OM    1115.0       1.128!  FROM CAUGHEY ET AL(1978),CARBON MONOXIDE 
 76: CR1E CR1E   450.0       1.38 
 77: CR1E NH1    450.0       1.305 
 78: CR1E NR     450.0       1.305 
 79: CT   CT     200.0       1.53 
 80: CT   N      422.0       1.45 
 81: CT   NC2    422.0       1.45 
 82: CT   NH1    422.0       1.45 
 83: CT   NH2    422.0       1.45 
 84: CT   NH3    422.0       1.45 
 85: CT   OH1    400.0       1.42 
 86: CT   S      450.0       1.81 
 87: FE   CM     258.0       1.79!   FROM KROEKER ET AL(JCP:72:4846) 
 88: FE   NP     500.0       2.09 
 89: FE   NR      65.0       1.98!   FROM NAGAI ET AL(1980) 
 90: FE   OM     250.0       1.8!    JUST A GUESS. 
 91: H    NH1    405.0       0.98!  GELIN AND IR STRETCH 3200 CM 1 
 92: H    NH2    405.0       0.98 
 93: H    OH1    450.0       0.96!  FROM IR STRETCH 3400 CM 1 
 94: H    OH2    450.0       1.00 ! from ST2 geometry 
 95: LP   OH2    450.0       0.80 ! ditto 
 96: H    H        0.0       1.6329931 ! from ST2 geometry (for SHAKE w/PARAM) 
 97: HT   OT     450.0       0.9572 ! from TIPS3P geometry 
 98: HT   HT       0.0       1.5139 ! from TIPS3P geometry (for SHAKE w/PARAM) 
 99: HA   C      350.0       1.08 
100: HA   CT     300.0       1.08 
101: HC   NC2    405.0       1.00 
102: HC   NH1    405.0       0.98 
103: HC   NH3    405.0       1.04 
104: OC   S      400.0       1.43 
105: OM   OM     600.0       1.23!   STRETCHING CONSTANT JUST A GUESS. 
106: S    S      500.0       2.02 
107: THETAS 
108: C    C    C       70.0     106.5!  FROM B. R. GELIN THESIS WITH HARMONIC 
109: C    C    CH2E    65.0     126.5!  PART OF F TERMS INCORPORATED. ATOMS 
110: C    C    CH3E    65.0     126.5!  WITH EXTENDED H COMPENSATED FOR LACK 
111: C    C    CR1E    70.0     122.5!  OF H ANGLES. 
112: C    C    CT      70.0     126.5 
113: C    C    HA      40.0     120.0!  AMIDE PARAMETERS FIT BY LEAST SQUARES 
114: C    C    NH1     65.0     109.0!  TO N-METHYL ACETAMIDE VIBRATIONS. 
115: C    C    NP      65.0     112.5!  MINIMIZATION OF N-METHYL ACETAMIDE. 
116: C    C    NR      65.0     112.5 
117: C    C    OH1     65.0     119.0 
118: C    C    O       65.0     119.0 ! FOR NETROPSIN 
119: CH1E C    N       20.0     117.5 
120: CH1E C    NH1     20.0     117.5 
121: CH1E C    O       85.0     121.5 
122: CH1E C    OC      85.0     117.5 
123: CH1E C    OH1     85.0     120.0 
124: CH2E C    CR1E    70.0     121.5 
125: CH2E C    N       20.0     117.5 
126: CH2E C    NH1     20.0     117.5 
127: CH2E C    NH2     20.0     117.5 
128: CH2E C    NC2     20.0     117.5 ! FOR NETROPSIN 
129: CH2E C    NR      60.0     116.0 
130: CH2E C    O       85.0     121.6 
131: CH2E C    OC      85.0     118.5 
132: CH2E C    OH1     85.0     120.0 
133: CH3E C    N       20.0     117.5 
134: CH3E C    NH1     20.0     117.5 
135: CH3E C    O       85.0     121.5 
136: CR1E C    CR1E    65.0     120.5 
137: CR1E C    NH1     65.0     110.5! USED ONLY IN HIS, NOT IT TRP 
138: CR1E C    NP      65.0     122.5 
139: CR1E C    NR      65.0     122.5 
140: CR1E C    OH1     65.0     119.0 
141: CT   C    N       20.0     117.5 
142: CT   C    NH1     20.0     117.5 
143: CT   C    NH2     20.0     117.5 
144: CT   C    O       85.0     121.5 
145: CT   C    OC      85.0     118.5 
146: CT   C    OH1     85.0     120.0 
147: HA   C    NH1     40.0     120.0 
148: HA   C    NH2     40.0     120.0 
149: HA   C    NR      40.0     120.0 
150: HA   C    O       85.0     121.5 
151: N    C    O       85.0     121.0 
152: NC2  C    NC2     70.0     120.0 
153: NC2  C    NH1     70.0     120.0 
154: NH1  C    NR      70.0     120.0 
155: NH1  C    O       65.0     121.0 
156: NH2  C    O       65.0     121.0 
157: O    C    OH1     85.0     120.0 
158: OC   C    OC      85.0     122.5 
159: OS   C    CH1E    70.0     125.3! FROM PARDNA10 
160: OS   C    CH2E    70.0     125.3!   - " - 
161: OS   C    O       70.0     120.0!   - " - 
162: C    CH1E CH1E    70.0     110.0 
163: C    CH1E CH2E    70.0     109.5 
164: C    CH1E CH3E    70.0     106.5 
165: C    CH1E N       45.0     111.6 
166: C    CH1E NH1     45.0     111.6 
167: C    CH1E NH2     45.0     111.6 
168: C    CH1E NH3     45.0     111.6 
169: CH1E CH1E CH2E    45.0     112.5 
170: CH1E CH1E CH3E    45.0     111.0 
171: CH1E CH1E NH1     50.0     110.0 
172: CH1E CH1E NH2     50.0     109.5 
173: CH1E CH1E NH3     50.0     107.5 
174: CH1E CH1E OH1     50.0     104.5 
175: CH2E CH1E CH3E    50.0     111.5 
176: CH2E CH1E N       65.0     104.0 
177: CH2E CH1E NH1     65.0     110.0 
178: CH2E CH1E NH2     65.0     110.0 
179: CH2E CH1E NH3     65.0     110.0 
180: CH3E CH1E CH3E    50.0     111.0 
181: CH3E CH1E NH1     65.0     108.5 
182: CH3E CH1E NH2     65.0     109.5 
183: CH3E CH1E NH3     65.0     109.5 
184: CH3E CH1E OH1     60.0     110.5 
185: C    CH2E CH1E    70.0     112.5 
186: C    CH2E CH2E    70.0     113.0 
187: C    CH2E NH1     70.0     111.6 
188: C    CH2E NH2     70.0     111.6 
189: C    CH2E NH3     70.0     111.6 
190: CH1E CH2E CH1E    45.0     117.0 
191: CH1E CH2E CH2E    45.0     112.5 
192: CH1E CH2E CH3E    45.0     113.0 
193: CH1E CH2E OH1     45.0     111.0 
194: CH3E CH2E OH1     45.0     111.0 
195: CH1E CH2E S       50.0     112.5 
196: CH1E CH2E SH1E    50.0     112.5 
197: CH2E CH2E CH2E    45.0     110.0 
198: CH2E CH2E CH3E    45.0     111.0 
199: CH2E CH2E N       65.0     105.0 
200: CH2E CH2E NH1     65.0     111.0 
201: CH2E CH2E NH2     65.0     109.5 
202: CH2E CH2E NH3     65.0     110.5 
203: CH2E CH2E S       50.0     112.5 
204: C    CR1E C       90.0     126.5 
205: C    CR1E CH2E    90.0     122.0 
206: C    CR1E CR1E    90.0     119.0 
207: C    CR1E NH1     90.0     109.5 
208: C    CR1E NR      90.0     106.5 
209: CR1E CR1E CR1E    90.0     120.5 
210: NH1  CR1E NH1     70.0     109.0 
211: NH1  CR1E NR      70.0     109.0 
212: C    CT   CT      70.0     109.5 
213: C    CT   HA      70.0     109.5 
214: C    CT   N       70.0     111.6 
215: C    CT   NH1     70.0     111.6 
216: C    CT   NH2     70.0     111.6 
217: C    CT   NH3     70.0     111.6 
218: CT   CT   CT      45.0     111.00 
219: CT   CT   HA      40.0     109.50 
220: CT   CT   N       65.0     105.00 
221: CT   CT   NC2     65.0     110.00 
222: CT   CT   NH1     65.0     110.00 
223: CT   CT   NH2     65.0     110.00 
224: CT   CT   NH3     65.0     110.00 
225: CT   CT   OH1     50.0     109.50 
226: CT   CT   S       50.0     112.50 
227: HA   CT   HA      40.0     109.5 
228: HA   CT   N       50.0     109.5 
229: HA   CT   NC2     50.0     109.5 
230: HA   CT   NH1     50.0     109.5 
231: HA   CT   NH3     50.0     109.5 
232: HA   CT   OH1     50.0     109.5 
233: HA   CT   S       40.0     109.5 
234: FE   CM   OM       5.0      90.0!       FROM KROEKER ET AL(1980) 
235: C    N    CH1E    80.0     120.0 
236: C    N    CH2E    80.0     120.0 
237: C    N    CT      80.0     120.0 
238: CH1E N    CH2E    60.0     110.0 
239: CH1E N    CH3E    60.0     110.0 
240: CH2E N    CH3E    60.0     109.5 
241: CT   N    CT      60.0     110.0 
242: C    NC2  CT      80.0     120.0 
243: C    NC2  HC      35.0     120.0 
244: CT   NC2  HC      35.0     120.0 
245: HC   NC2  HC      40.0     120.0 
246: C    NH1  C       60.0     102.5  ! UNUSED (AND PROBABLY WRONG) 
247: C    NH1  CH1E    77.5     120.0 
248: C    NH1  CH2E    77.5     120.0 
249: C    NH1  CH3E    77.5     120.0 
250: C    NH1  CR1E    60.0     108.0 
251: C    NH1  CT      80.0     120.0 
252: C    NH1  H       30.0     120.0 
253: CH1E NH1  CH3E    60.0     120.0 
254: CH1E NH1  H       35.0     120.0 
255: CH2E NH1  CH3E    60.0     120.0 
256: CH2E NH1  H       35.0     120.0 
257: CH3E NH1  H       35.0     120.0 
258: CR1E NH1  CR1E    65.0     110.0 
259: CR1E NH1  H       35.0     120.0 
260: CT   NH1  H       35.0     120.0 
261: C    NH2  H       30.0     120.0 
262: CH1E NH2  CH2E    60.0     120.0 
263: CH1E NH2  H       35.0     120.0 
264: CH2E NH2  H       35.0     120.0 
265: CT   NH2  H       35.0     120.0 
266: H    NH2  H       40.0     125.0 
267: C    NP   C       70.0     102.5 
268: C    NP   FE      50.0     128.0!  FORCE CONSTANT FROM PARMFIX9 
269: C    NR   C       70.0     102.5 
270: C    NR   CR1E    70.0     109.5 
271: CH3E NR   CR1E    70.0     109.5 ! FOR NETROPSIN 
272: CH3E NR   C       70.0     109.5 ! FOR NETROPSIN 
273: CR1E NR   CR1E    65.0     110.0 
274: CR1E NR   FE      30.0     124.8!  FORCE CONSTANT FROM PARMFIX9 
275: CH1E NH3  HC      35.0     109.5 
276: CH1E NH3  CH2E    35.0     109.5 
277: CH2E NH3  HC      35.0     109.5 
278: CT   NH3  HC      35.0     109.5 
279: HC   NH3  HC      40.0     109.5 
280: C    OH1  H       50.0     109.5 
281: CH1E OH1  H       35.0     109.5 
282: CH2E OH1  H       35.0     109.5 
283: CT   OH1  H       35.0     109.5 
284: H    OH2  H       55.0     109.47122 ! TETRAHEDRAL FOR ST2'S 
285: H    OH2  LP      55.0     109.47122 ! TETRAHEDRAL FOR ST2'S 
286: LP   OH2  LP      55.0     109.47122 ! TETRAHEDRAL FOR ST2'S 
287: FE   OM   OM       0.0     180.0!  DUMMY PARAMETER FOR PATCH AND ANALYSIS. 
288: C    OS   CH3E    46.5     120.5!   FROM PARDNA10 
289: HT   OT   HT      55.0     104.52    ! FROM TIPS3P GEOMETRY 
290: CH2E S    CH3E    50.0      99.5! FROM PARMFIX9, CHECK WITH IR 
291: CH2E S    S       50.0     104.2 
292: CT   S    CT      50.0      99.5!  FORCE CONSTANTS FROM PARMFIX9 
293: CT   S    S       50.0     104.2 
294: OC   S    OC      85.0     109.5! FORCE CONSTANT JST A GUESS. 
295: NP   FE   CM      5.0       90.0 
296: NP   FE   NP      50.0      90.0 
297: NP   FE   NR      5.0      115.0 
298: NP   FE   OM      5.0       90.0! JUST A GUESS FROM EXISTING FE CM DATA 
299: !NR   FE   CM      5.0      180.0 
300: !NR   FE   OM      5.0      180.0! JUST A GUESS FROM EXISTING FE CM DATA 
301: ! 
302: PHI 
303: ! 
304: CH1E C    N    CH1E    10.0       2     180.0! PRO ISOM. BARRIER 20 KCAL/MOL. 
305: CH2E C    N    CH1E    10.0       2     180.0 
306: CR1E C    C    CR1E     5.0       2     180.0! => TRP OOP. VIB 170CM 1 
307: CR1E C    C    C        2.5       2     180.0! SEE BEHLEN ET AL JCP 75:5685 81 
308: CR1E C    C    NH1      2.5       2     180.0 
309: CR1E C    CH2E CH1E     0.0       3       0.0 ! SAT for tyrosine and phenylalanine 
310: !X    C    CH2E OC       0.0       3       0.0 ! SAT for glutamic and aspartic acid 
311:                                                ! bs360: commented this line, produces warning message 
312:                                                ! and has no effect on energy 
313: X    C    CH1E X        0.0       3       0.0! FROM GELIN THESIS AMIDES 
314: X    C    CH2E X        0.0       3       0.0! USING A SINGLE 
315: X    C    CR1E X       10.0       2     180.0! DIHEDRAL PER BOND RATHER 
316: X    C    CT   X        0.0       3       0.0! THAN MULTIPLE TORSIONS. 
317: X    C    N    X        8.2       2     180.0! ALKANE TORSION REDUCED TO 
318: X    C    NC2  X        8.2       2     180.0! 1.6 FROM 1.8 TO COINCIDE WITH 
319: NH1  C    NC2  HC       4.1       2     180.0 ! SAT for arginine 
320: X    C    NH1  X        8.2       2     180.0! THE EXPERIMENTAL BARRIER. 
321: X    C    NH2  X        8.2       2     180.0 
322: CH2E C    NH2  H        4.1       2     180.0 ! SAT for asparagine and glutamine 
323: CH2E NH1  C    NC2      4.1       2     180.0 ! bs360: for ARG 
324: X    C    OH1  X        1.8       2     180.0 
325: CR1E C    OH1  H        0.9       2     180.0 ! SAT for tyrosine 
326: X    C    OS   X        1.8       2     180.0 ! INFERRED FROM C-OH1 
327: X    CH1E CH1E X        1.6       3       0.0 
328: X    CH1E CH2E X        1.6       3       0.0 
329: NH1  CH1E CH1E CH3E     0.8       3       0.0 ! SAT for valine 
330: CH1E CH2E CH1E CH3E     0.8       3       0.0 ! SAT for leucine 
331: X    CH1E N    X        0.3       3       0.0! FROM HAGLER ET AL TABULATION OF 
332: X    CH1E NH1  X        0.3       3       0.0! EXP. DATA AND 6 31G CALC. 
333: X    CH1E NH2  X        1.8       3       0.0! PROTONATED SECONDARY AMINE 
334: X    CH1E NH3  X        0.6       3       0.0! 1/PROTON SO 3 FOR THE BOND 
335: X    CH1E OH1  X        0.5       3       0.0! CHANGED TO ROUGHLY MEOH 
336: X    CH2E CH2E X        1.6       3       0.0 
337: X    CH2E N    X        0.3       3       0.0! SEE CH1E COMMENTS 
338: X    CH2E NH1  X        0.3       3       0.0 
339: X    CH2E NH2  X        0.6       3       0.0 
340: X    CH2E NH3  X        0.6       3       0.0 
341: X    CH2E OH1  X        0.5       3       0.0 
342: X    CH2E S    X        1.2       2       0.0 
343: X    CT   CT   X        1.6       3       0.0 
344: X    CT   N    X        0.3       3       0.0! SEE CH1E COMMENTS 
345: X    CT   NC2  X        0.3       3       0.0 
346: X    CT   NH1  X        0.3       3       0.0 
347: X    CT   NH2  X        0.6       3       0.0 
348: X    CT   NH3  X        0.6       3       0.0 
349: X    CT   OH1  X        0.5       3       0.0 
350: X    CT   S    X        1.2       2       0.0 
351: X    FE   NR   X        0.05      4       0.0 
352: X    FE   CM   X        0.05      4       0.0 
353: X    FE   OM   X        0.00      4       0.0 
354: X    S    S    X        4.0       2       0.0! FROM EXP. NMR BARRIER 
355: IMPHI 
356: C    C    CR1E CH2E    90.0    0     0.0! GIVE 220 CM 1 METHYL OOP FOR TOLUENE. 
357: C    CR1E C    CH2E    90.0    0     0.0! USED HERE FOR TRP CG OUT OF PLANE 
358: C    CR1E CR1E CH2E    90.0    0     0.0!               PHE, AND TYR CG OOP 
359: C    CR1E NH1  CH2E    90.0    0     0.0!               HIS CG RING OOP 
360: C    NH1  CR1E CH2E    90.0    0     0.0! 
361: C    CR1E CR1E OH1    150.0    0     0.0! GIVE 249 CM 1 PHENOL OH OOP. 
362: C    H    H    NH2     45.0    0     0.0! PRIMARY AMIDES (ASN AND GLN) OOP 
363: C    OC   OC   CH1E   100.0    0     0.0! CARBOXYL OUT OF PLANE. 
364: C    OC   OC   CH2E   100.0    0     0.0! 
365: C    X    X    C       25.0    0     0.0! FROM BENZENE NORMAL MODE ANALYSIS 
366: C    X    X    CH2E    90.0    0     0.0! FROM TOLUENE METHYL OOP. 217 CM 1 
367: C    X    X    CH3E    90.0    0     0.0 
368: C    X    X    CR1E    25.0    0     0.0 
369: C    X    X    H       75.0    0     0.0! FROM BENZENE NORMAL MODE ANALYSIS 
370: C    X    X    HA      75.0    0     0.0! 
371: C    X    X    NH1    100.0    0     0.0! AMIDES FIT TO N METHYL ACETAMIDE. 
372: C    X    X    O      100.0    0     0.0 
373: C    X    X    OC     100.0    0     0.0 
374: C    X    X    OH1    150.0    0     0.0! USED FOR TYR HYDROXYL OOP 
375: CH1E X    X    CH1E    55.0    0   35.26439! CALCULATED TO  BE THE SAME AS THE 3 
376: CH1E X    X    CH2E    55.0    0   35.26439! H CH1E X ANGLES WITH K=40 
377: CH1E X    X    CH3E    55.0    0   35.26439 
378: CR1E X    X    CR1E    25.0    0     0.0! EXTENDED ATOM VERSION OF BENZENE 
379: CR1E X    X    NH1     25.0    0     0.0! SAME AS ABOVE FOR LACK OF VALUES 
380: FE   X    X    NP      20.0    0     0.0! FROM PARMFIX9 
381: H    X    X    O       45.0    0     0.0 
382: N    CH1E CH2E C       45.0    0     0.0! PROLINE NITROGENS 
383: N    X    X    CH2E    45.0    0     0.0 
384: N    X    X    CT      45.0    0     0.0 
385: NC2  X    X    CT      45.0    0     0.0 
386: NC2  X    X    HC      45.0    0     0.0 
387: NH1  X    X    CH1E    45.0    0     0.0 
388: NH1  X    X    CH2E    45.0    0     0.0 
389: NH1  X    X    CH3E    45.0    0     0.0 
390: NH1  X    X    CT      45.0    0     0.0 
391: NH1  X    X    H       45.0    0     0.0! AMIDES PROTON OOP 
392: NH1  X    X    NH1     25.0    0     0.0!  
393: NH1  X    X    NR      25.0    0     0.0 
394: NH2  X    X    H       45.0    0     0.0 
395: NR   X    X    C       25.0    0     0.0 
396: NR   X    X    CR1E    25.0    0     0.0 
397: NR   X    X    CT      25.0    0     0.0 
398: NR   X    X    CH3E    25.0    0     0.0 ! FOR NETROPSIN 
399: ! 
400: NONBONDED  NBXMOD 5  ATOM CDIEL SHIFT VATOM VDISTANCE VSHIFT - 
401:      CUTNB 8.0  CTOFNB 7.5  CTONNB 6.5  EPS 1.0  E14FAC 0.4  WMIN 1.5 
402: ! 
403: !                  Emin       Rmin 
404: !                  (kcal/mol) (A) 
405: H        0.0440    -0.0498    0.8000  
406: HC       0.0440    -0.0498    0.6000 ! charged group. Reduced vdw radius 
407: HA       0.1000    -0.0450    1.4680 
408: HT       0.0440    -0.0498    0.8000 !TIP3P water hydrogen, see NBFIX below 
409: ! 
410: C        1.65    -0.1200       2.100 1.65 -0.1 1.9 ! carbonyl carbon 
411: CH1E     1.35    -0.0486       2.365 1.35 -0.1 1.9 ! \ 
412: CH2E     1.77    -0.1142       2.235 1.77 -0.1 1.9 !  extended carbons 
413: CH3E     2.17    -0.1811       2.165 1.77 -0.1 1.9 ! / 
414: CR1E     1.35    -0.1200       2.100 1.35 -0.1 1.9 !  ring carbons 
415: C%       1.65    -0.0262       2.490 1.65 -0.1 1.9 ! includes CT and CM 
416: ! 
417: N*       1.1000    -0.2384    1.6000   ! includes N,NC2,NH1,NH2,NH3,NP,and NR 
418: ! 
419: O*       0.8400    -0.1591    1.6000   ! includes O, OH1, OM, and OS 
420: OC       2.1400    -0.6469    1.6000   
421: OT       0.8400    -0.1591    1.6000 !TIP3P water oxygen,   see NBFIX below 
422: OH2      0.0000    -0.0758    1.7398 !ST2   water oxygen 
423: ! 
424: LP       0.0000    -0.04598   0.2245 !ST2   lone pair 
425: FE       0.0100    0.000    0.6500 
426: S*       0.3400    -0.0430       1.890 ! includes S and SH1E 
427: ! 
428: !CM     0.000000  -0.0262     2.150  ! CO 3-point model. 
429: !OM     0.000000  -0.1591     1.750  ! CO 3-point model. 
430:  
431: NBFIX 
432: !                  Emin       Rmin 
433: !                  (kcal/mol) (A) 
434: ! 
435: !        We're gonna NBFIX the TIP3P water-water interactions 
436: !        here to make them more like Jorgensen's.  The vdW parameters 
437: !        specified above will be in effect, therefore, for ONLY 
438: !        protein (read, protein OR nucleic acid)-water interactions. 
439: !        OT-OT is exactly Jorgensen's; HT interactions are added 
440: !        here. 
441: ! 
442: OT   OT      -0.152073  3.5365  ! TIPS3P VDW INTERACTION 
443: HT   HT      -0.04598   0.4490 
444: HT   OT      -0.08363   1.9927 
445: ! 
446: !        All protein-protein NBFIXes removed 
447:  
448: ! 
449: HBOND AEXP 4 REXP 6 HAEX 0 AAEX 0   NOACCEPTORS  HBNOEXCLUSIONS  ALL  - 
450:    CUTHB 0.5 CTOFHB 5.0 CTONHB 4.0  CUTHA 90.0  CTOFHA 90.0  CTONHA 90.0 
451: ! 
452: N*+* N%      -0.0 3.0   ! dummy parameters 
453: N*+* O*      -0.00 2.9  !   
454: OH*  N%      -0.00 2.85 
455: OH*  O*      -0.00 2.75 
456: END 


r25495/top_all22_prot_perm.inp 2017-01-21 10:33:37.306250000 +0000 r25494/top_all22_prot_perm.inp 2017-01-21 10:33:38.158250000 +0000
  1: *>>>>>>>>CHARMM22 All-Hydrogen Topology File for Proteins <<<<<<  1: svn: E195012: Unable to find repository location for 'svn+ssh://svn.ch.private.cam.ac.uk/groups/wales/trunk/CHARMM35/toppar/top_all22_prot_perm.inp' in revision 25494
  2: *>>>>> Includes phi, psi cross term map (CMAP) correction <<<<<<< 
  3: *>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> December, 2003 <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< 
  4: * All comments to ADM jr. via the CHARMM web site: www.charmm.org 
  5: *               parameter set discussion forum 
  6: * 
  7: 31  1 
  8:  
  9: ! references 
 10: ! 
 11: !PROTEINS 
 12: ! 
 13: !MacKerell, A.D., Jr,. Feig, M., Brooks, C.L., III, Extending the 
 14: !treatment of backbone energetics in protein force fields: limitations 
 15: !of gas-phase quantum mechanics in reproducing protein conformational 
 16: !distributions in molecular dynamics simulations, Journal of 
 17: !Computational Chemistry, 25: 1400-1415, 2004. 
 18: ! 
 19: !MacKerell, Jr., A. D.; Bashford, D.; Bellott, M.; Dunbrack Jr., R.L.; 
 20: !Evanseck, J.D.; Field, M.J.; Fischer, S.; Gao, J.; Guo, H.; Ha, S.; 
 21: !Joseph-McCarthy, D.; Kuchnir, L.; Kuczera, K.; Lau, F.T.K.; Mattos, 
 22: !C.; Michnick, S.; Ngo, T.; Nguyen, D.T.; Prodhom, B.; Reiher, III, 
 23: !W.E.; Roux, B.; Schlenkrich, M.; Smith, J.C.; Stote, R.; Straub, J.; 
 24: !Watanabe, M.; Wiorkiewicz-Kuczera, J.; Yin, D.; Karplus, M.  All-atom 
 25: !empirical potential for molecular modeling and dynamics Studies of 
 26: !proteins.  Journal of Physical Chemistry B, 1998, 102, 3586-3616. 
 27: ! 
 28: !IONS (see lipid and nucleic acid topology and parameter files for 
 29: !additional ions 
 30: ! 
 31: !ZINC 
 32: ! 
 33: !Roland H. Stote and Martin Karplus, Zinc Binding in Proteins and 
 34: !Solution: A Simple but Accurate Nonbonded Representation, PROTEINS: 
 35: !Structure, Function, and Genetics 23:12-31 (1995) 
 36: ! 
 37:  
 38: MASS     1 H      1.00800 H ! polar H 
 39: MASS     2 HC     1.00800 H ! N-ter H 
 40: MASS     3 HA     1.00800 H ! nonpolar H 
 41: MASS     4 HT     1.00800 H ! TIPS3P WATER HYDROGEN 
 42: MASS     5 HP     1.00800 H ! aromatic H 
 43: MASS     6 HB     1.00800 H ! backbone H 
 44: MASS     7 HR1    1.00800 H ! his he1, (+) his HG,HD2 
 45: MASS     8 HR2    1.00800 H ! (+) his HE1 
 46: MASS     9 HR3    1.00800 H ! neutral his HG, HD2 
 47: MASS    10 HS     1.00800 H ! thiol hydrogen 
 48: MASS    11 HE1    1.00800 H ! for alkene; RHC=CR 
 49: MASS    12 HE2    1.00800 H ! for alkene; H2C=CR 
 50: MASS    13 HA1    1.00800 H ! alkane, CH, new LJ params (see toppar_all22_prot_aliphatic_c27.str) 
 51: MASS    14 HA2    1.00800 H ! alkane, CH2, new LJ params (see toppar_all22_prot_aliphatic_c27.str) 
 52: MASS    15 HA3    1.00800 H ! alkane, CH3, new LJ params (see toppar_all22_prot_aliphatic_c27.str) 
 53: MASS    16 HF1    1.00800 H ! Aliphatic H on fluorinated C (see toppar_all22_prot_fluoro_alkanes.str) 
 54: MASS    17 HF2    1.00800 H ! Aliphatic H on fluorinated C (see toppar_all22_prot_fluoro_alkanes.str) 
 55: MASS    20 C     12.01100 C ! carbonyl C, peptide backbone 
 56: MASS    21 CA    12.01100 C ! aromatic C 
 57: MASS    22 CT1   12.01100 C ! aliphatic sp3 C for CH 
 58: MASS    23 CT2   12.01100 C ! aliphatic sp3 C for CH2 
 59: MASS    24 CT3   12.01100 C ! aliphatic sp3 C for CH3 
 60: MASS    25 CPH1  12.01100 C ! his CG and CD2 carbons 
 61: MASS    26 CPH2  12.01100 C ! his CE1 carbon 
 62: MASS    27 CPT   12.01100 C ! trp C between rings 
 63: MASS    28 CY    12.01100 C ! TRP C in pyrrole ring 
 64: MASS    29 CP1   12.01100 C ! tetrahedral C (proline CA) 
 65: MASS    30 CP2   12.01100 C ! tetrahedral C (proline CB/CG) 
 66: MASS    31 CP3   12.01100 C ! tetrahedral C (proline CD) 
 67: MASS    32 CC    12.01100 C ! carbonyl C, asn,asp,gln,glu,cter,ct2 
 68: MASS    33 CD    12.01100 C ! carbonyl C, pres aspp,glup,ct1 
 69: MASS    34 CPA   12.01100 C ! heme alpha-C 
 70: MASS    35 CPB   12.01100 C ! heme beta-C 
 71: MASS    36 CPM   12.01100 C ! heme meso-C 
 72: MASS    37 CM    12.01100 C ! heme CO carbon 
 73: MASS    38 CS    12.01100 C ! thiolate carbon 
 74: MASS    39 CE1   12.01100 C ! for alkene; RHC=CR 
 75: MASS    40 CE2   12.01100 C ! for alkene; H2C=CR 
 76: MASS    41 CST   12.01100 C ! CO2 carbon  
 77: MASS    42 CT    12.01100 C ! aliphatic sp3 C, new LJ params, no hydrogens (see toppar_all22_prot_aliphatic_c27.str) 
 78: MASS    43 CT1x  12.01100 C ! aliphatic sp3 C for CH, new LJ params (see toppar_all22_prot_aliphatic_c27.str) 
 79: MASS    44 CT2x  12.01100 C ! aliphatic sp3 C for CH2, new LJ params (see toppar_all22_prot_aliphatic_c27.str) 
 80: MASS    45 CT3x  12.01100 C ! aliphatic sp3 C for CH3, new LJ params (see toppar_all22_prot_aliphatic_c27.str) 
 81: MASS    46 CN    12.01100 C ! C for cyano group (see toppar_all22_prot_pyridines.str) 
 82: MASS    47 CAP   12.01100 C ! aromatic C for pyrimidines (see toppar_all22_prot_pyridines.str) 
 83: MASS    48 COA   12.01100 C ! carbonyl C for pyrimidines (see toppar_all22_prot_pyridines.str) 
 84: MASS    49 C3    12.01100 C ! cyclopropyl carbon 
 85: MASS    50 N     14.00700 N ! proline N 
 86: MASS    51 NR1   14.00700 N ! neutral his protonated ring nitrogen 
 87: MASS    52 NR2   14.00700 N ! neutral his unprotonated ring nitrogen 
 88: MASS    53 NR3   14.00700 N ! charged his ring nitrogen 
 89: MASS    54 NH1   14.00700 N ! peptide nitrogen 
 90: MASS    55 NH2   14.00700 N ! amide nitrogen 
 91: MASS    56 NH3   14.00700 N ! ammonium nitrogen 
 92: MASS    57 NC2   14.00700 N ! guanidinium nitroogen 
 93: MASS    58 NY    14.00700 N ! TRP N in pyrrole ring 
 94: MASS    59 NP    14.00700 N ! Proline ring NH2+ (N-terminal) 
 95: MASS    60 NPH   14.00700 N ! heme pyrrole N 
 96: MASS    61 NC    14.00700 N ! N for cyano group (see toppar_all22_prot_pyridines.str) 
 97: MASS    70 O     15.99900 O ! carbonyl oxygen 
 98: MASS    71 OB    15.99900 O ! carbonyl oxygen in acetic acid 
 99: MASS    72 OC    15.99900 O ! carboxylate oxygen 
100: MASS    73 OH1   15.99900 O ! hydroxyl oxygen 
101: MASS    74 OS    15.99940 O ! ester oxygen 
102: MASS    75 OT    15.99940 O ! TIPS3P WATER OXYGEN 
103: MASS    76 OM    15.99900 O ! heme CO/O2 oxygen 
104: MASS    77 OST   15.99900 O ! CO2 oxygen 
105: MASS    78 OCA   15.99900 O ! carbonyl O for pyrimidines (see toppar_all22_prot_pyridines.str) 
106: MASS    81 S     32.06000 S ! sulphur 
107: MASS    82 SM    32.06000 S ! sulfur C-S-S-C type 
108: MASS    83 SS    32.06000 S ! thiolate sulfur 
109: MASS    85 HE     4.00260 HE ! helium 
110: MASS    86 NE    20.17970 NE ! neon 
111: MASS    87 CF1   12.01100 C ! monofluoromethyl (see toppar_all22_prot_fluoro_alkanes.str) 
112: MASS    88 CF2   12.01100 C ! difluoromethyl (see toppar_all22_prot_fluoro_alkanes.str) 
113: MASS    89 CF3   12.01100 C ! trifluoromethyl (see toppar_all22_prot_fluoro_alkanes.str) 
114: MASS    90 FE    55.84700 Fe ! heme iron 56 
115: MASS    91 CLAL  35.45300 CL ! Chlorine Atom (see toppar_all22_prot_aldehydes.str) 
116: MASS    92 FA    18.99800 F ! aromatic flourine (see toppar_all22_prot_pyridines.str) 
117: MASS    93 F1    18.99800 F ! Fluorine, monofluoro (see toppar_all22_prot_fluoro_alkanes.str) 
118: MASS    94 F2    18.99800 F ! Fluorine, difluoro (see toppar_all22_prot_fluoro_alkanes.str) 
119: MASS    95 F3    18.99800 F ! Fluorine, trifluoro (see toppar_all22_prot_fluoro_alkanes.str) 
120: MASS    99 DUM    0.00000 H ! dummy atom 
121: MASS   100 SOD  22.989770 NA ! Sodium Ion 
122: MASS   101 MG   24.305000 MG ! Magnesium Ion 
123: MASS   102 POT  39.102000 K  ! Potassium Ion! check masses 
124: MASS   103 CES 132.900000 CS ! Cesium Ion 
125: MASS   104 CAL  40.080000 CA ! Calcium Ion 
126: MASS   105 CLA  35.450000 CL ! Chloride Ion 
127: MASS   106 ZN   65.370000 ZN ! zinc (II) cation 
128: !the following masses must be added to the parent RTF for retinol/al 
129: MASS   112 CC1A  12.01100 C ! alkene conjugation 
130: MASS   113 CC1B  12.01100 C ! alkene conjugation 
131: MASS   114 CC2   12.01100 C ! alkene conjugation 
132: MASS   120 NS1   14.00700 N ! N for deprotonated Schiff's base 
133: MASS   121 NS2   14.00700 N ! N for protonated Schiff's base 
134:  
135: DECL -CA   
136: DECL -C   
137: DECL -O   
138: DECL +N   
139: DECL +HN   
140: DECL +CA   
141: DEFA FIRS NTER LAST CTER    
142: AUTO ANGLES DIHE    
143:  
144: RESI ALA          0.00 
145: GROUP    
146: ATOM N    NH1    -0.47  !     | 
147: ATOM HN   H       0.31  !  HN-N 
148: ATOM CA   CT1     0.07  !     |     HB1 
149: ATOM HA   HB      0.09  !     |    / 
150: GROUP                   !  HA-CA--CB-HB2 
151: ATOM CB   CT3    -0.27  !     |    \ 
152: ATOM HB1  HA      0.09  !     |     HB3 
153: ATOM HB2  HA      0.09  !   O=C 
154: ATOM HB3  HA      0.09  !     | 
155: GROUP                   ! 
156: ATOM C    C       0.51 
157: ATOM O    O      -0.51 
158: BOND CB CA  N  HN  N  CA   
159: BOND C  CA  C  +N  CA HA  CB HB1  CB HB2  CB HB3  
160: DOUBLE O  C  
161: IMPR N -C CA HN  C CA +N O    
162: CMAP -C  N  CA  C   N  CA  C  +N 
163: DONOR HN N    
164: ACCEPTOR O C    
165: IC -C   CA   *N   HN    1.3551 126.4900  180.0000 115.4200  0.9996 
166: IC -C   N    CA   C     1.3551 126.4900  180.0000 114.4400  1.5390 
167: IC N    CA   C    +N    1.4592 114.4400  180.0000 116.8400  1.3558 
168: IC +N   CA   *C   O     1.3558 116.8400  180.0000 122.5200  1.2297 
169: IC CA   C    +N   +CA   1.5390 116.8400  180.0000 126.7700  1.4613 
170: IC N    C    *CA  CB    1.4592 114.4400  123.2300 111.0900  1.5461 
171: IC N    C    *CA  HA    1.4592 114.4400 -120.4500 106.3900  1.0840 
172: IC C    CA   CB   HB1   1.5390 111.0900  177.2500 109.6000  1.1109 
173: IC HB1  CA   *CB  HB2   1.1109 109.6000  119.1300 111.0500  1.1119 
174: IC HB1  CA   *CB  HB3   1.1109 109.6000 -119.5800 111.6100  1.1114 
175:  
176: RESI ARG          1.00 
177: GROUP    
178: ATOM N    NH1    -0.47  !     |                      HH11 
179: ATOM HN   H       0.31  !  HN-N                       | 
180: ATOM CA   CT1     0.07  !     |   HB1 HG1 HD1 HE     NH1-HH12 
181: ATOM HA   HB      0.09  !     |   |   |   |   |    //(+)   
182: GROUP                   !  HA-CA--CB--CG--CD--NE--CZ 
183: ATOM CB   CT2    -0.18  !     |   |   |   |         \ 
184: ATOM HB1  HA      0.09  !     |   HB2 HG2 HD2        NH2-HH22 
185: ATOM HB2  HA      0.09  !   O=C                       | 
186: GROUP                   !     |                      HH21 
187: ATOM CG   CT2    -0.18 
188: ATOM HG1  HA      0.09 
189: ATOM HG2  HA      0.09 
190: GROUP    
191: ATOM CD   CT2     0.20 
192: ATOM HD1  HA      0.09 
193: ATOM HD2  HA      0.09 
194: ATOM NE   NC2    -0.70 
195: ATOM HE   HC      0.44 
196: ATOM CZ   C       0.64 
197: ATOM NH1  NC2    -0.80 
198: ATOM HH11 HC      0.46 
199: ATOM HH12 HC      0.46 
200: ATOM NH2  NC2    -0.80 
201: ATOM HH21 HC      0.46 
202: ATOM HH22 HC      0.46 
203: GROUP    
204: ATOM C    C       0.51 
205: ATOM O    O      -0.51 
206: BOND CB  CA  CG  CB  CD CG  NE CD  CZ NE    
207: BOND NH2 CZ  N  HN  N  CA    
208: BOND C   CA  C  +N  CA HA  CB HB1    
209: BOND CB  HB2 CG  HG1 CG HG2 CD HD1 CD HD2    
210: BOND NE  HE  NH1 HH11  NH1 HH12  NH2 HH21  NH2 HH22  
211: DOUBLE O  C    CZ  NH1   
212: IMPR N  -C  CA  HN   C CA +N O    
213: CMAP -C  N  CA  C   N  CA  C  +N 
214: IMPR CZ NH1 NH2 NE 
215: DONOR HN N    
216: DONOR HE NE    
217: DONOR HH11 NH1    
218: DONOR HH12 NH1    
219: DONOR HH21 NH2    
220: DONOR HH22 NH2    
221: ACCEPTOR O C    
222: IC -C   CA   *N   HN    1.3496 122.4500  180.0000 116.6700  0.9973 
223: IC -C   N    CA   C     1.3496 122.4500  180.0000 109.8600  1.5227 
224: IC N    CA   C    +N    1.4544 109.8600  180.0000 117.1200  1.3511 
225: IC +N   CA   *C   O     1.3511 117.1200  180.0000 121.4000  1.2271 
226: IC CA   C    +N   +CA   1.5227 117.1200  180.0000 124.6700  1.4565 
227: IC N    C    *CA  CB    1.4544 109.8600  123.6400 112.2600  1.5552 
228: IC N    C    *CA  HA    1.4544 109.8600 -117.9300 106.6100  1.0836 
229: IC N    CA   CB   CG    1.4544 110.7000  180.0000 115.9500  1.5475 
230: IC CG   CA   *CB  HB1   1.5475 115.9500  120.0500 106.4000  1.1163 
231: IC CG   CA   *CB  HB2   1.5475 115.9500 -125.8100 109.5500  1.1124 
232: IC CA   CB   CG   CD    1.5552 115.9500  180.0000 114.0100  1.5384 
233: IC CD   CB   *CG  HG1   1.5384 114.0100  125.2000 108.5500  1.1121 
234: IC CD   CB   *CG  HG2   1.5384 114.0100 -120.3000 108.9600  1.1143 
235: IC CB   CG   CD   NE    1.5475 114.0100  180.0000 107.0900  1.5034 
236: IC NE   CG   *CD  HD1   1.5034 107.0900  120.6900 109.4100  1.1143 
237: IC NE   CG   *CD  HD2   1.5034 107.0900 -119.0400 111.5200  1.1150 
238: IC CG   CD   NE   CZ    1.5384 107.0900  180.0000 123.0500  1.3401 
239: IC CZ   CD   *NE  HE    1.3401 123.0500  180.0000 113.1400  1.0065 
240: IC CD   NE   CZ   NH1   1.5034 123.0500  180.0000 118.0600  1.3311 
241: IC NE   CZ   NH1  HH11  1.3401 118.0600 -178.2800 120.6100  0.9903 
242: IC HH11 CZ   *NH1 HH12  0.9903 120.6100  171.1900 116.2900  1.0023 
243: IC NH1  NE   *CZ  NH2   1.3311 118.0600  178.6400 122.1400  1.3292 
244: IC NE   CZ   NH2  HH21  1.3401 122.1400 -174.1400 119.9100  0.9899 
245: IC HH21 CZ   *NH2 HH22  0.9899 119.9100  166.1600 116.8800  0.9914  
246:  
247: RESI ASN          0.00 
248: GROUP    
249: ATOM N    NH1    -0.47  !     |        
250: ATOM HN   H       0.31  !  HN-N        
251: ATOM CA   CT1     0.07  !     |   HB1 OD1    HD21 (cis to OD1) 
252: ATOM HA   HB      0.09  !     |   |   ||    / 
253: GROUP                   !  HA-CA--CB--CG--ND2 
254: ATOM CB   CT2    -0.18  !     |   |         \ 
255: ATOM HB1  HA      0.09  !     |   HB2        HD22 (trans to OD1) 
256: ATOM HB2  HA      0.09  !   O=C            
257: GROUP                   !     |            
258: ATOM CG   CC      0.55 
259: ATOM OD1  O      -0.55 
260: GROUP    
261: ATOM ND2  NH2    -0.62 
262: ATOM HD21 H       0.32 
263: ATOM HD22 H       0.30 
264: GROUP    
265: ATOM C    C       0.51 
266: ATOM O    O      -0.51 
267: BOND CB CA  CG CB   ND2 CG    
268: BOND N  HN  N  CA   C   CA    C +N    
269: BOND CA HA  CB HB1  CB  HB2  ND2 HD21  ND2 HD22  
270: DOUBLE C  O   CG  OD1   
271: IMPR N   -C  CA   HN    C   CA +N   O    
272: IMPR CG  ND2 CB   OD1   CG  CB ND2  OD1    
273: IMPR ND2 CG  HD21 HD22  ND2 CG HD22 HD21    
274: CMAP -C  N  CA  C   N  CA  C  +N 
275: DONOR HN N    
276: DONOR HD21 ND2    
277: DONOR HD22 ND2    
278: ACCEPTOR OD1 CG    
279: ACCEPTOR O C    
280: IC -C   CA   *N   HN    1.3480 124.0500  180.0000 114.4900  0.9992 
281: IC -C   N    CA   C     1.3480 124.0500  180.0000 105.2300  1.5245 
282: IC N    CA   C    +N    1.4510 105.2300  180.0000 117.3800  1.3467 
283: IC +N   CA   *C   O     1.3467 117.3800  180.0000 120.3200  1.2282 
284: IC CA   C    +N   +CA   1.5245 117.3800  180.0000 124.8800  1.4528 
285: IC N    C    *CA  CB    1.4510 105.2300  121.1800 113.0400  1.5627 
286: IC N    C    *CA  HA    1.4510 105.2300 -115.5200 107.6300  1.0848 
287: IC N    CA   CB   CG    1.4510 110.9100  180.0000 114.3000  1.5319 
288: IC CG   CA   *CB  HB1   1.5319 114.3000  119.1700 107.8200  1.1120 
289: IC CG   CA   *CB  HB2   1.5319 114.3000 -123.7400 110.3400  1.1091 
290: IC CA   CB   CG   OD1   1.5627 114.3000  180.0000 122.5600  1.2323 
291: IC OD1  CB   *CG  ND2   1.2323 122.5600 -179.1900 116.1500  1.3521 
292: IC CB   CG   ND2  HD21  1.5319 116.1500 -179.2600 117.3500  0.9963 
293: IC HD21 CG   *ND2 HD22  0.9963 117.3500  178.0200 120.0500  0.9951 
294:  
295: RESI ASP         -1.00 
296: GROUP    
297: ATOM N    NH1    -0.47  !     |        
298: ATOM HN   H       0.31  !  HN-N        
299: ATOM CA   CT1     0.07  !     |   HB1   OD1 
300: ATOM HA   HB      0.09  !     |   |    // 
301: GROUP                   !  HA-CA--CB--CG 
302: ATOM CB   CT2    -0.28  !     |   |    \ 
303: ATOM HB1  HA      0.09  !     |   HB2   OD2(-) 
304: ATOM HB2  HA      0.09  !   O=C            
305: ATOM CG   CC      0.62  !     |            
306: ATOM OD1  OC     -0.76 
307: ATOM OD2  OC     -0.76 
308: GROUP    
309: ATOM C    C       0.51 
310: ATOM O    O      -0.51 
311: BOND CB CA  CG CB  OD2 CG    
312: BOND N  HN  N  CA   C   CA  C +N    
313: BOND CA HA  CB HB1  CB HB2    
314: DOUBLE  O   C   CG  OD1 
315: IMPR N   -C CA  HN  C CA +N O    
316: !IMPR OD1 CB OD2 CG 
317: ! JMC IMPR CG  CB OD2 OD1 
318: IMPR CG  OD1 OD2 CB 
319: CMAP -C  N  CA  C   N  CA  C  +N 
320: DONOR HN N    
321: ACCEPTOR OD1 CG    
322: ACCEPTOR OD2 CG    
323: ACCEPTOR O C    
324: IC -C   CA   *N   HN    1.3465 125.3100  180.0000 112.9400  0.9966 
325: IC -C   N    CA   C     1.3465 125.3100  180.0000 105.6300  1.5315 
326: IC N    CA   C    +N    1.4490 105.6300  180.0000 117.0600  1.3478 
327: IC +N   CA   *C   O     1.3478 117.0600  180.0000 120.7100  1.2330 
328: IC CA   C    +N   +CA   1.5315 117.0600  180.0000 125.3900  1.4484 
329: IC N    C    *CA  CB    1.4490 105.6300  122.3300 114.1000  1.5619 
330: IC N    C    *CA  HA    1.4490 105.6300 -116.4000 106.7700  1.0841 
331: IC N    CA   CB   CG    1.4490 111.1000  180.0000 112.6000  1.5218 
332: IC CG   CA   *CB  HB1   1.5218 112.6000  119.2200 109.2300  1.1086 
333: IC CG   CA   *CB  HB2   1.5218 112.6000 -121.6100 110.6400  1.1080 
334: IC CA   CB   CG   OD1   1.5619 112.6000  180.0000 117.9900  1.2565 
335: IC OD1  CB   *CG  OD2   1.2565 117.9900 -170.2300 117.7000  1.2541 
336:  
337: RESI CYS          0.00 
338: GROUP    
339: ATOM N    NH1    -0.47  !     |        
340: ATOM HN   H       0.31  !  HN-N        
341: ATOM CA   CT1     0.07  !     |   HB1 
342: ATOM HA   HB      0.09  !     |   |   
343: GROUP                   !  HA-CA--CB--SG 
344: ATOM CB   CT2    -0.11  !     |   |     \ 
345: ATOM HB1  HA      0.09  !     |   HB2    HG1 
346: ATOM HB2  HA      0.09  !   O=C            
347: ATOM SG   S      -0.23  !     |            
348: ATOM HG1  HS      0.16 
349: GROUP    
350: ATOM C    C       0.51 
351: ATOM O    O      -0.51 
352: BOND CB CA   SG CB   N HN  N  CA    
353: BOND C  CA   C +N  CA HA  CB HB1    
354: BOND CB HB2  SG HG1 
355: DOUBLE O  C    
356: IMPR N -C CA HN  C CA +N O    
357: CMAP -C  N  CA  C   N  CA  C  +N 
358: DONOR HN N    
359: DONOR HG1 SG    
360: ACCEPTOR O C    
361: IC -C   CA   *N   HN    1.3479 123.9300  180.0000 114.7700  0.9982 
362: IC -C   N    CA   C     1.3479 123.9300  180.0000 105.8900  1.5202 
363: IC N    CA   C    +N    1.4533 105.8900  180.0000 118.3000  1.3498 
364: IC +N   CA   *C   O     1.3498 118.3000  180.0000 120.5900  1.2306 
365: IC CA   C    +N   +CA   1.5202 118.3000  180.0000 124.5000  1.4548 
366: IC N    C    *CA  CB    1.4533 105.8900  121.7900 111.9800  1.5584 
367: IC N    C    *CA  HA    1.4533 105.8900 -116.3400 107.7100  1.0837 
368: IC N    CA   CB   SG    1.4533 111.5600  180.0000 113.8700  1.8359 
369: IC SG   CA   *CB  HB1   1.8359 113.8700  119.9100 107.2400  1.1134 
370: IC SG   CA   *CB  HB2   1.8359 113.8700 -125.3200 109.8200  1.1124 
371: IC CA   CB   SG   HG1   1.5584 113.8700  176.9600  97.1500  1.3341 
372:  
373: RESI GLN          0.00 
374: GROUP    
375: ATOM N    NH1    -0.47  !     |           
376: ATOM HN   H       0.31  !  HN-N           
377: ATOM CA   CT1     0.07  !     |   HB1 HG1 OE1   HE21 (cis to OE1) 
378: ATOM HA   HB      0.09  !     |   |   |   ||    / 
379: GROUP                   !  HA-CA--CB--CG--CD--NE2 
380: ATOM CB   CT2    -0.18  !     |   |   |         \ 
381: ATOM HB1  HA      0.09  !     |   HB2 HG2       HE22 (trans to OE1) 
382: ATOM HB2  HA      0.09  !   O=C           
383: GROUP                   !     |           
384: ATOM CG   CT2    -0.18 
385: ATOM HG1  HA      0.09 
386: ATOM HG2  HA      0.09 
387: GROUP    
388: ATOM CD   CC      0.55 
389: ATOM OE1  O      -0.55 
390: GROUP    
391: ATOM NE2  NH2    -0.62 
392: ATOM HE21 H       0.32 
393: ATOM HE22 H       0.30 
394: GROUP    
395: ATOM C    C       0.51 
396: ATOM O    O      -0.51 
397: BOND CB CA  CG  CB   CD  CG   NE2 CD    
398: BOND N  HN  N   CA   C   CA    
399: BOND C  +N  CA  HA   CB  HB1  CB  HB2  CG HG1    
400: BOND CG HG2 NE2 HE21 NE2 HE22    
401: DOUBLE O  C    CD  OE1   
402: IMPR N   -C  CA   HN    C   CA +N   O    
403: IMPR CD  NE2 CG   OE1   CD  CG NE2  OE1    
404: IMPR NE2 CD  HE21 HE22  NE2 CD HE22 HE21    
405: CMAP -C  N  CA  C   N  CA  C  +N 
406: DONOR HN N    
407: DONOR HE21 NE2    
408: DONOR HE22 NE2    
409: ACCEPTOR OE1 CD    
410: ACCEPTOR O C    
411: IC -C   CA   *N   HN    1.3477 123.9300  180.0000 114.4500  0.9984 
412: IC -C   N    CA   C     1.3477 123.9300  180.0000 106.5700  1.5180 
413: IC N    CA   C    +N    1.4506 106.5700  180.0000 117.7200  1.3463 
414: IC +N   CA   *C   O     1.3463 117.7200  180.0000 120.5900  1.2291 
415: IC CA   C    +N   +CA   1.5180 117.7200  180.0000 124.3500  1.4461 
416: IC N    C    *CA  CB    1.4506 106.5700  121.9100 111.6800  1.5538 
417: IC N    C    *CA  HA    1.4506 106.5700 -116.8200 107.5300  1.0832 
418: IC N    CA   CB   CG    1.4506 111.4400  180.0000 115.5200  1.5534 
419: IC CG   CA   *CB  HB1   1.5534 115.5200  120.9300 106.8000  1.1147 
420: IC CG   CA   *CB  HB2   1.5534 115.5200 -124.5800 109.3400  1.1140 
421: IC CA   CB   CG   CD    1.5538 115.5200  180.0000 112.5000  1.5320 
422: IC CD   CB   *CG  HG1   1.5320 112.5000  118.6900 110.4100  1.1112 
423: IC CD   CB   *CG  HG2   1.5320 112.5000 -121.9100 110.7400  1.1094 
424: IC CB   CG   CD   OE1   1.5534 112.5000  180.0000 121.5200  1.2294 
425: IC OE1  CG   *CD  NE2   1.2294 121.5200  179.5700 116.8400  1.3530 
426: IC CG   CD   NE2  HE21  1.5320 116.8400 -179.7200 116.8600  0.9959 
427: IC HE21 CD   *NE2 HE22  0.9959 116.8600 -178.9100 119.8300  0.9943 
428:  
429: RESI GLU         -1.00 
430: GROUP    
431: ATOM N    NH1    -0.47  !     |           
432: ATOM HN   H       0.31  !  HN-N           
433: ATOM CA   CT1     0.07  !     |   HB1 HG1   OE1 
434: ATOM HA   HB      0.09  !     |   |   |    // 
435: GROUP                   !  HA-CA--CB--CG--CD 
436: ATOM CB   CT2    -0.18  !     |   |   |    \ 
437: ATOM HB1  HA      0.09  !     |   HB2 HG2   OE2(-) 
438: ATOM HB2  HA      0.09  !   O=C           
439: GROUP                   !     |           
440: ATOM CG   CT2    -0.28 
441: ATOM HG1  HA      0.09 
442: ATOM HG2  HA      0.09 
443: ATOM CD   CC      0.62 
444: ATOM OE1  OC     -0.76 
445: ATOM OE2  OC     -0.76 
446: GROUP    
447: ATOM C    C       0.51 
448: ATOM O    O      -0.51 
449: BOND CB CA  CG CB  CD CG  OE2 CD    
450: BOND N  HN  N  CA C   CA    
451: BOND C  +N  CA HA  CB HB1 CB  HB2 CG  HG1    
452: BOND CG HG2   
453: DOUBLE O  C   CD  OE1  
454: IMPR N   -C CA  HN  C CA +N O    
455: ! JMC IMPR CD CG OE2 OE1 
456: IMPR CD OE1 OE2 CG 
457: CMAP -C  N  CA  C   N  CA  C  +N 
458: DONOR HN N    
459: ACCEPTOR OE1 CD    
460: ACCEPTOR OE2 CD    
461: ACCEPTOR O C    
462: IC -C   CA   *N   HN    1.3471 124.4500  180.0000 113.9900  0.9961 
463: IC -C   N    CA   C     1.3471 124.4500  180.0000 107.2700  1.5216 
464: IC N    CA   C    +N    1.4512 107.2700  180.0000 117.2500  1.3501 
465: IC +N   CA   *C   O     1.3501 117.2500  180.0000 121.0700  1.2306 
466: IC CA   C    +N   +CA   1.5216 117.2500  180.0000 124.3000  1.4530 
467: IC N    C    *CA  CB    1.4512 107.2700  121.9000 111.7100  1.5516 
468: IC N    C    *CA  HA    1.4512 107.2700 -118.0600 107.2600  1.0828 
469: IC N    CA   CB   CG    1.4512 111.0400  180.0000 115.6900  1.5557 
470: IC CG   CA   *CB  HB1   1.5557 115.6900  121.2200 108.1600  1.1145 
471: IC CG   CA   *CB  HB2   1.5557 115.6900 -123.6500 109.8100  1.1131 
472: IC CA   CB   CG   CD    1.5516 115.6900  180.0000 115.7300  1.5307 
473: IC CD   CB   *CG  HG1   1.5307 115.7300  117.3800 109.5000  1.1053 
474: IC CD   CB   *CG  HG2   1.5307 115.7300 -121.9600 111.0000  1.1081 
475: IC CB   CG   CD   OE1   1.5557 115.7300  180.0000 114.9900  1.2590 
476: IC OE1  CG   *CD  OE2   1.2590 114.9900 -179.1000 120.0800  1.2532 
477:  
478: RESI GLY          0.00 
479: GROUP    
480: ATOM N    NH1    -0.47  !     | 
481: ATOM HN   H       0.31  !     N-H 
482: ATOM CA   CT2    -0.02  !     |   
483: ATOM HA1  HB      0.09  !     |   
484: ATOM HA2  HB      0.09  ! HA1-CA-HA2 
485: GROUP                   !     |   
486: ATOM C    C       0.51  !     |   
487: ATOM O    O      -0.51  !     C=O 
488:                         !     | 
489: BOND N HN  N  CA  C CA    
490: BOND C +N  CA HA1 CA HA2   
491: DOUBLE O  C  
492: IMPR N -C  CA HN  C CA   +N O    
493: CMAP -C  N  CA  C   N  CA  C  +N 
494: DONOR HN N    
495: ACCEPTOR O C    
496: IC -C   CA   *N   HN    1.3475 122.8200  180.0000 115.6200  0.9992 
497: IC -C   N    CA   C     1.3475 122.8200  180.0000 108.9400  1.4971 
498: IC N    CA   C    +N    1.4553 108.9400  180.0000 117.6000  1.3479 
499: IC +N   CA   *C   O     1.3479 117.6000  180.0000 120.8500  1.2289 
500: IC CA   C    +N   +CA   1.4971 117.6000  180.0000 124.0800  1.4560 
501: IC N    C    *CA  HA1   1.4553 108.9400  117.8600 108.0300  1.0814 
502: IC N    C    *CA  HA2   1.4553 108.9400 -118.1200 107.9500  1.0817 
503: PATCHING FIRS GLYP    
504:  
505: RESI HSD          0.00  ! neutral HIS, proton on ND1 
506: GROUP    
507: ATOM N    NH1    -0.47  !     |          HD1    HE1 
508: ATOM HN   H       0.31  !  HN-N           |     / 
509: ATOM CA   CT1     0.07  !     |   HB1    ND1--CE1 
510: ATOM HA   HB      0.09  !     |   |     /      || 
511: GROUP                   !  HA-CA--CB--CG       || 
512: ATOM CB   CT2    -0.09  !     |   |     \\     || 
513: ATOM HB1  HA      0.09  !     |   HB2    CD2--NE2 
514: ATOM HB2  HA      0.09  !   O=C           | 
515: ATOM ND1  NR1    -0.36  !     |          HD2 
516: ATOM HD1  H       0.32 
517: ATOM CG   CPH1   -0.05 
518: GROUP    
519: ATOM CE1  CPH2    0.25 
520: ATOM HE1  HR1     0.13 
521: ATOM NE2  NR2    -0.70 
522: ATOM CD2  CPH1    0.22 
523: ATOM HD2  HR3     0.10 
524: GROUP    
525: ATOM C    C       0.51 
526: ATOM O    O      -0.51 
527: BOND CB  CA   CG  CB   ND1 CG   CE1 ND1    
528: BOND NE2 CD2  N   HN   N   CA    
529: BOND C   CA   C   +N   CA  HA   CB  HB1    
530: BOND CB  HB2  ND1 HD1  CD2 HD2  CE1 HE1   
531: DOUBLE O  C   CG  CD2   CE1  NE2  
532: IMPR ND1 CG CE1 HD1  CD2 CG  NE2 HD2  CE1 ND1 NE2 HE1    
533: IMPR ND1 CE1 CG HD1  CD2 NE2 CG  HD2  CE1 NE2 ND1 HE1    
534: IMPR N   -C  CA HN   C   CA  +N  O    
535: CMAP -C  N  CA  C   N  CA  C  +N 
536: DONOR HN N    
537: DONOR HD1 ND1    
538: ACCEPTOR NE2    
539: ACCEPTOR O C    
540: IC -C   CA   *N   HN    1.3475 123.2700  180.0000 115.2100  0.9988 
541: IC -C   N    CA   C     1.3475 123.2700  180.0000 107.7000  1.5166 
542: IC N    CA   C    +N    1.4521 107.7000  180.0000 117.5700  1.3509 
543: IC +N   CA   *C   O     1.3509 117.5700  180.0000 120.2400  1.2273 
544: IC CA   C    +N   +CA   1.5166 117.5700  180.0000 123.7200  1.4545 
545: IC N    C    *CA  CB    1.4521 107.7000  122.4600 109.9900  1.5519 
546: IC N    C    *CA  HA    1.4521 107.7000 -117.4900 107.3700  1.0830 
547: IC N    CA   CB   CG    1.4521 112.1200  180.0000 114.0500  1.5041 
548: IC CG   CA   *CB  HB1   1.5041 114.0500  121.1700 109.0100  1.1118 
549: IC CG   CA   *CB  HB2   1.5041 114.0500 -122.3600 109.5300  1.1121 
550: IC CA   CB   CG   ND1   1.5519 114.0500   90.0000 124.1000  1.3783 
551: IC ND1  CB   *CG  CD2   1.3783 124.1000 -171.2900 129.6000  1.3597 
552: IC CB   CG   ND1  CE1   1.5041 124.1000 -173.2100 107.0300  1.3549 
553: IC CB   CG   CD2  NE2   1.5041 129.6000  171.9900 110.0300  1.3817 
554: IC NE2  ND1  *CE1 HE1   1.3166 111.6300 -179.6300 123.8900  1.0932 
555: IC CE1  CG   *ND1 HD1   1.3549 107.0300 -174.6500 126.2600  1.0005 
556: IC NE2  CG   *CD2 HD2   1.3817 110.0300 -177.8500 129.6300  1.0834 
557:  
558: RESI HSE          0.00  ! neutral His, proton on NE2 
559: GROUP    
560: ATOM N    NH1    -0.47  !     |                 HE1 
561: ATOM HN   H       0.31  !  HN-N             __  / 
562: ATOM CA   CT1     0.07  !     |   HB1    ND1--CE1 
563: ATOM HA   HB      0.09  !     |   |     /      | 
564: GROUP                   !  HA-CA--CB--CG       | 
565: ATOM CB   CT2    -0.08  !     |   |     \\     | 
566: ATOM HB1  HA      0.09  !     |   HB2    CD2--NE2 
567: ATOM HB2  HA      0.09  !   O=C           |     \ 
568: ATOM ND1  NR2    -0.70  !     |          HD2    HE2 
569: ATOM CG   CPH1    0.22 
570: ATOM CE1  CPH2    0.25 
571: ATOM HE1  HR1     0.13 
572: GROUP 
573: ATOM NE2  NR1    -0.36 
574: ATOM HE2  H       0.32 
575: ATOM CD2  CPH1   -0.05 
576: ATOM HD2  HR3     0.09 
577: GROUP    
578: ATOM C    C       0.51 
579: ATOM O    O      -0.51 
580: BOND CB  CA   CG  CB   ND1 CG      
581: BOND NE2 CD2  N   HN   N   CA       
582: BOND C   CA   C   +N   NE2 CE1  CA  HA   CB HB1    
583: BOND CB  HB2  NE2 HE2  CD2 HD2  CE1 HE1  
584: DOUBLE   O   C   CD2 CG   CE1 ND1 
585: IMPR NE2 CD2 CE1 HE2  CD2 CG  NE2 HD2  CE1 ND1 NE2 HE1    
586: IMPR NE2 CE1 CD2 HE2  CD2 NE2 CG  HD2  CE1 NE2 ND1 HE1    
587: IMPR N   -C  CA  HN   C   CA  +N  O    
588: CMAP -C  N  CA  C   N  CA  C  +N 
589: DONOR HN N    
590: DONOR HE2 NE2    
591: ACCEPTOR ND1    
592: ACCEPTOR O C    
593: IC -C   CA   *N   HN    1.3472 124.1600  180.0000 114.3600  0.9991 
594: IC -C   N    CA   C     1.3472 124.1600  180.0000 106.4300  1.5166 
595: IC N    CA   C    +N    1.4532 106.4300  180.0000 116.9700  1.3446 
596: IC +N   CA   *C   O     1.3446 116.9700  180.0000 120.6800  1.2290 
597: IC CA   C    +N   +CA   1.5166 116.9700  180.0000 124.9500  1.4505 
598: IC N    C    *CA  CB    1.4532 106.4300  123.5200 111.6700  1.5578 
599: IC N    C    *CA  HA    1.4532 106.4300 -116.4900 107.0800  1.0833 
600: IC N    CA   CB   CG    1.4532 112.8200  180.0000 116.9400  1.5109 
601: IC CG   CA   *CB  HB1   1.5109 116.9400  119.8000 107.9100  1.1114 
602: IC CG   CA   *CB  HB2   1.5109 116.9400 -124.0400 109.5000  1.1101 
603: IC CA   CB   CG   ND1   1.5578 116.9400   90.0000 120.1700  1.3859 
604: IC ND1  CB   *CG  CD2   1.3859 120.1700 -178.2600 129.7100  1.3596 
605: IC CB   CG   ND1  CE1   1.5109 120.1700 -179.2000 105.2000  1.3170 
606: IC CB   CG   CD2  NE2   1.5109 129.7100  178.6600 105.8000  1.3782 
607: IC NE2  ND1  *CE1 HE1   1.3539 111.7600  179.6900 124.5800  1.0929 
608: IC CE1  CD2  *NE2 HE2   1.3539 107.1500 -178.6900 125.8600  0.9996 
609: IC NE2  CG   *CD2 HD2   1.3782 105.8000 -179.3500 129.8900  1.0809 
610:  
611: RESI HSP          1.00  ! Protonated His 
612: GROUP    
613: ATOM N    NH1    -0.47  !     |          HD1    HE1 
614: ATOM HN   H       0.31  !  HN-N           |     / 
615: ATOM CA   CT1     0.07  !     |   HB1    ND1--CE1 
616: ATOM HA   HB      0.09  !     |   |     /      || 
617: GROUP                   !  HA-CA--CB--CG       || 
618: ATOM CB   CT2    -0.05  !     |   |     \\     || 
619: ATOM HB1  HA      0.09  !     |   HB2    CD2--NE2(+) 
620: ATOM HB2  HA      0.09  !   O=C           |     \ 
621: ATOM CD2  CPH1    0.19  !     |          HD2    HE2 
622: ATOM HD2  HR1     0.13 
623: ATOM CG   CPH1    0.19 
624: GROUP 
625: ATOM NE2  NR3    -0.51 
626: ATOM HE2  H       0.44 
627: ATOM ND1  NR3    -0.51 
628: ATOM HD1  H       0.44 
629: ATOM CE1  CPH2    0.32 
630: ATOM HE1  HR2     0.18 
631: GROUP    
632: ATOM C    C       0.51 
633: ATOM O    O      -0.51 
634: BOND CB  CA   CG  CB   ND1 CG   CE1 ND1    
635: BOND NE2 CD2  N   HN   N   CA    
636: BOND C   CA   C   +N  CA  HA  CB HB1    
637: BOND CB  HB2  ND1 HD1  NE2 HE2  CD2 HD2 CE1 HE1 
638: DOUBLE  O   C   CD2 CG     NE2 CE1 
639: IMPR ND1 CG  CE1 HD1  ND1 CE1 CG  HD1 
640: IMPR NE2 CD2 CE1 HE2  NE2 CE1 CD2 HE2    
641: IMPR N   -C  CA  HN   C   CA  +N  O    
642: CMAP -C  N  CA  C   N  CA  C  +N 
643: DONOR HN N    
644: DONOR HD1 ND1    
645: DONOR HE2 NE2    
646: ACCEPTOR O C    
647: IC -C   CA   *N   HN    1.3489 123.9300  180.0000 118.8000  1.0041 
648: IC -C   N    CA   C     1.3489 123.9300  180.0000 112.0300  1.5225 
649: IC N    CA   C    +N    1.4548 112.0300  180.0000 116.4900  1.3464 
650: IC +N   CA   *C   O     1.3464 116.4900  180.0000 121.2000  1.2284 
651: IC CA   C    +N   +CA   1.5225 116.4900  180.0000 124.2400  1.4521 
652: IC N    C    *CA  CB    1.4548 112.0300  125.1300 109.3800  1.5533 
653: IC N    C    *CA  HA    1.4548 112.0300 -119.2000 106.7200  1.0832 
654: IC N    CA   CB   CG    1.4548 112.2500  180.0000 114.1800  1.5168 
655: IC CG   CA   *CB  HB1   1.5168 114.1800  122.5000 108.9900  1.1116 
656: IC CG   CA   *CB  HB2   1.5168 114.1800 -121.5100 108.9700  1.1132 
657: IC CA   CB   CG   ND1   1.5533 114.1800   90.0000 122.9400  1.3718 
658: IC ND1  CB   *CG  CD2   1.3718 122.9400 -165.2600 128.9300  1.3549 
659: IC CB   CG   ND1  CE1   1.5168 122.9400 -167.6200 108.9000  1.3262 
660: IC CB   CG   CD2  NE2   1.5168 128.9300  167.1300 106.9300  1.3727 
661: IC NE2  ND1  *CE1 HE1   1.3256 108.5000  178.3900 125.7600  1.0799 
662: IC CE1  CD2  *NE2 HE2   1.3256 108.8200 -172.9400 125.5200  1.0020 
663: IC CE1  CG   *ND1 HD1   1.3262 108.9000  171.4900 126.0900  1.0018 
664: IC NE2  CG   *CD2 HD2   1.3727 106.9300 -174.4900 128.4100  1.0867 
665:  
666: RESI ILE          0.00 
667: GROUP    
668: ATOM N    NH1    -0.47  !     |    HG21 HG22 
669: ATOM HN   H       0.31  !  HN-N      | /  
670: ATOM CA   CT1     0.07  !     |     CG2--HG23 
671: ATOM HA   HB      0.09  !     |    / 
672: GROUP                   !  HA-CA--CB-HB    HD1 
673: ATOM CB   CT1    -0.09  !     |    \       / 
674: ATOM HB   HA      0.09  !     |     CG1--CD--HD2 
675: GROUP                   !   O=C    / \     \          
676: ATOM CG2  CT3    -0.27  !     | HG11 HG12  HD3 
677: ATOM HG21 HA      0.09 
678: ATOM HG22 HA      0.09 
679: ATOM HG23 HA      0.09 
680: GROUP    
681: ATOM CG1  CT2    -0.18 
682: ATOM HG11 HA      0.09 
683: ATOM HG12 HA      0.09 
684: GROUP    
685: ATOM CD   CT3    -0.27 
686: ATOM HD1  HA      0.09 
687: ATOM HD2  HA      0.09 
688: ATOM HD3  HA      0.09 
689: GROUP    
690: ATOM C    C       0.51 
691: ATOM O    O      -0.51 
692: BOND CB  CA   CG1 CB   CG2 CB   CD  CG1    
693: BOND N   HN   N   CA    C   CA   C   +N    
694: BOND CA  HA   CB  HB   CG1 HG11 CG1 HG12 CG2 HG21    
695: BOND CG2 HG22 CG2 HG23 CD  HD1  CD  HD2  CD  HD3  
696: DOUBLE  O   C 
697: IMPR N -C CA HN  C CA +N O    
698: CMAP -C  N  CA  C   N  CA  C  +N 
699: DONOR HN N    
700: ACCEPTOR O C    
701: IC -C   CA   *N   HN    1.3470 124.1600  180.0000 114.1900  0.9978 
702: IC -C   N    CA   C     1.3470 124.1600  180.0000 106.3500  1.5190 
703: IC N    CA   C    +N    1.4542 106.3500  180.0000 117.9700  1.3465 
704: IC +N   CA   *C   O     1.3465 117.9700  180.0000 120.5900  1.2300 
705: IC CA   C    +N   +CA   1.5190 117.9700  180.0000 124.2100  1.4467 
706: IC N    C    *CA  CB    1.4542 106.3500  124.2200 112.9300  1.5681 
707: IC N    C    *CA  HA    1.4542 106.3500 -115.6300 106.8100  1.0826 
708: IC N    CA   CB   CG1   1.4542 112.7900  180.0000 113.6300  1.5498 
709: IC CG1  CA   *CB  HB    1.5498 113.6300  114.5500 104.4800  1.1195 
710: IC CG1  CA   *CB  CG2   1.5498 113.6300 -130.0400 113.9300  1.5452 
711: IC CA   CB   CG2  HG21  1.5681 113.9300 -171.3000 110.6100  1.1100 
712: IC HG21 CB   *CG2 HG22  1.1100 110.6100  119.3500 110.9000  1.1102 
713: IC HG21 CB   *CG2 HG23  1.1100 110.6100 -120.0900 110.9700  1.1105 
714: IC CA   CB   CG1  CD    1.5681 113.6300  180.0000 114.0900  1.5381 
715: IC CD   CB   *CG1 HG11  1.5381 114.0900  122.3600 109.7800  1.1130 
716: IC CD   CB   *CG1 HG12  1.5381 114.0900 -120.5900 108.8900  1.1141 
717: IC CB   CG1  CD   HD1   1.5498 114.0900 -176.7800 110.3100  1.1115 
718: IC HD1  CG1  *CD  HD2   1.1115 110.3100  119.7500 110.6500  1.1113 
719: IC HD1  CG1  *CD  HD3   1.1115 110.3100 -119.7000 111.0200  1.1103 
720:  
721: RESI LEU          0.00 
722: GROUP    
723: ATOM N    NH1    -0.47  !     |        HD11 HD12 
724: ATOM HN   H       0.31  !  HN-N          | / 
725: ATOM CA   CT1     0.07  !     |   HB1   CD1--HD13 
726: ATOM HA   HB      0.09  !     |   |    / 
727: GROUP                   !  HA-CA--CB--CG-HG 
728: ATOM CB   CT2    -0.18  !     |   |    \  
729: ATOM HB1  HA      0.09  !     |   HB2   CD2--HD23 
730: ATOM HB2  HA      0.09  !   O=C          | \ 
731: GROUP                   !     |        HD21 HD22 
732: ATOM CG   CT1    -0.09 
733: ATOM HG   HA      0.09 
734: GROUP    
735: ATOM CD1  CT3    -0.27 
736: ATOM HD11 HA      0.09 
737: ATOM HD12 HA      0.09 
738: ATOM HD13 HA      0.09 
739: GROUP    
740: ATOM CD2  CT3    -0.27 
741: ATOM HD21 HA      0.09 
742: ATOM HD22 HA      0.09 
743: ATOM HD23 HA      0.09 
744: GROUP    
745: ATOM C    C       0.51 
746: ATOM O    O      -0.51 
747: BOND CB  CA   CG  CB   CD1 CG   CD2 CG    
748: BOND N   HN   N   CA    C   CA   C +N    
749: BOND CA  HA   CB  HB1  CB  HB2  CG  HG   CD1 HD11    
750: BOND CD1 HD12 CD1 HD13 CD2 HD21 CD2 HD22 CD2 HD23 
751: DOUBLE   O   C 
752: IMPR N -C CA HN  C CA +N O    
753: CMAP -C  N  CA  C   N  CA  C  +N 
754: DONOR HN N    
755: ACCEPTOR O C    
756: IC -C   CA   *N   HN    1.3474 124.3100  180.0000 114.2600  0.9979 
757: IC -C   N    CA   C     1.3474 124.3100  180.0000 106.0500  1.5184 
758: IC N    CA   C    +N    1.4508 106.0500  180.0000 117.9300  1.3463 
759: IC +N   CA   *C   O     1.3463 117.9300  180.0000 120.5600  1.2299 
760: IC CA   C    +N   +CA   1.5184 117.9300  180.0000 124.2600  1.4467 
761: IC N    C    *CA  CB    1.4508 106.0500  121.5200 112.1200  1.5543 
762: IC N    C    *CA  HA    1.4508 106.0500 -116.5000 107.5700  1.0824 
763: IC N    CA   CB   CG    1.4508 111.1900  180.0000 117.4600  1.5472 
764: IC CG   CA   *CB  HB1   1.5472 117.4600  120.9800 107.1700  1.1145 
765: IC CG   CA   *CB  HB2   1.5472 117.4600 -124.6700 108.9800  1.1126 
766: IC CA   CB   CG   CD1   1.5543 117.4600  180.0000 110.4800  1.5361 
767: IC CD1  CB   *CG  CD2   1.5361 110.4800  120.0000 112.5700  1.5360 
768: IC CD1  CD2  *CG  HG    1.5361 110.2600  120.0000 108.0200  1.1168 
769: IC CB   CG   CD1  HD11  1.5472 110.4800  177.3300 110.5400  1.1111 
770: IC HD11 CG   *CD1 HD12  1.1111 110.5400  119.9600 110.6200  1.1112 
771: IC HD11 CG   *CD1 HD13  1.1111 110.5400 -119.8500 110.6900  1.1108 
772: IC CB   CG   CD2  HD21  1.5472 112.5700  178.9600 110.3200  1.1116 
773: IC HD21 CG   *CD2 HD22  1.1116 110.3200  119.7100 111.6900  1.1086 
774: IC HD21 CG   *CD2 HD23  1.1116 110.3200 -119.6100 110.4900  1.1115 
775:  
776: RESI LYS          1.00 
777: GROUP    
778: ATOM N    NH1    -0.47  !     |                    
779: ATOM HN   H       0.31  !  HN-N                    
780: ATOM CA   CT1     0.07  !     |   HB1 HG1 HD1 HE1    HZ1 
781: ATOM HA   HB      0.09  !     |   |   |   |   |     /    
782: GROUP                   !  HA-CA--CB--CG--CD--CE--NZ--HZ2 
783: ATOM CB   CT2    -0.18  !     |   |   |   |   |     \ 
784: ATOM HB1  HA      0.09  !     |   HB2 HG2 HD2 HE2    HZ3 
785: ATOM HB2  HA      0.09  !   O=C                   
786: GROUP                   !     |                   
787: ATOM CG   CT2    -0.18 
788: ATOM HG1  HA      0.09 
789: ATOM HG2  HA      0.09 
790: GROUP    
791: ATOM CD   CT2    -0.18 
792: ATOM HD1  HA      0.09 
793: ATOM HD2  HA      0.09 
794: GROUP    
795: ATOM CE   CT2     0.21 
796: ATOM HE1  HA      0.05 
797: ATOM HE2  HA      0.05 
798: ATOM NZ   NH3    -0.30 
799: ATOM HZ1  HC      0.33 
800: ATOM HZ2  HC      0.33 
801: ATOM HZ3  HC      0.33 
802: GROUP    
803: ATOM C    C       0.51 
804: ATOM O    O      -0.51 
805: BOND CB CA   CG CB   CD CG   CE CD   NZ CE    
806: BOND N  HN   N  CA    C  CA    
807: BOND C  +N   CA HA   CB HB1  CB HB2  CG HG1    
808: BOND CG HG2  CD HD1  CD HD2  CE HE1  CE HE2  
809: DOUBLE   O  C    
810: BOND NZ HZ1  NZ HZ2  NZ HZ3    
811: IMPR N -C CA HN  C CA +N O    
812: CMAP -C  N  CA  C   N  CA  C  +N 
813: DONOR HN N    
814: DONOR HZ1 NZ    
815: DONOR HZ2 NZ    
816: DONOR HZ3 NZ    
817: ACCEPTOR O C    
818: IC -C   CA   *N   HN    1.3482 123.5700  180.0000 115.1100  0.9988 
819: IC -C   N    CA   C     1.3482 123.5700  180.0000 107.2900  1.5187 
820: IC N    CA   C    +N    1.4504 107.2900  180.0000 117.2700  1.3478 
821: IC +N   CA   *C   O     1.3478 117.2700  180.0000 120.7900  1.2277 
822: IC CA   C    +N   +CA   1.5187 117.2700  180.0000 124.9100  1.4487 
823: IC N    C    *CA  CB    1.4504 107.2900  122.2300 111.3600  1.5568 
824: IC N    C    *CA  HA    1.4504 107.2900 -116.8800 107.3600  1.0833 
825: IC N    CA   CB   CG    1.4504 111.4700  180.0000 115.7600  1.5435 
826: IC CG   CA   *CB  HB1   1.5435 115.7600  120.9000 107.1100  1.1146 
827: IC CG   CA   *CB  HB2   1.5435 115.7600 -124.4800 108.9900  1.1131 
828: IC CA   CB   CG   CD    1.5568 115.7600  180.0000 113.2800  1.5397 
829: IC CD   CB   *CG  HG1   1.5397 113.2800  120.7400 109.1000  1.1138 
830: IC CD   CB   *CG  HG2   1.5397 113.2800 -122.3400 108.9900  1.1143 
831: IC CB   CG   CD   CE    1.5435 113.2800  180.0000 112.3300  1.5350 
832: IC CE   CG   *CD  HD1   1.5350 112.3300  122.2500 108.4100  1.1141 
833: IC CE   CG   *CD  HD2   1.5350 112.3300 -121.5900 108.1300  1.1146 
834: IC CG   CD   CE   NZ    1.5397 112.3300  180.0000 110.4600  1.4604 
835: IC NZ   CD   *CE  HE1   1.4604 110.4600  119.9100 110.5100  1.1128 
836: IC NZ   CD   *CE  HE2   1.4604 110.4600 -120.0200 110.5700  1.1123 
837: IC CD   CE   NZ   HZ1   1.5350 110.4600  179.9200 110.0200  1.0404 
838: IC HZ1  CE   *NZ  HZ2   1.0404 110.0200  120.2700 109.5000  1.0402 
839: IC HZ1  CE   *NZ  HZ3   1.0404 110.0200 -120.1300 109.4000  1.0401 
840:  
841: RESI MET          0.00 
842: GROUP    
843: ATOM N    NH1    -0.47  !     |                    
844: ATOM HN   H       0.31  !  HN-N                    
845: ATOM CA   CT1     0.07  !     |   HB1 HG1     HE1  
846: ATOM HA   HB      0.09  !     |   |   |       |    
847: GROUP                   !  HA-CA--CB--CG--SD--CE--HE3 
848: ATOM CB   CT2    -0.18  !     |   |   |       |    
849: ATOM HB1  HA      0.09  !     |   HB2 HG2     HE2  
850: ATOM HB2  HA      0.09  !   O=C                   
851: GROUP                   !     |                   
852: ATOM CG   CT2    -0.14 
853: ATOM HG1  HA      0.09 
854: ATOM HG2  HA      0.09 
855: ATOM SD   S      -0.09 
856: ATOM CE   CT3    -0.22 
857: ATOM HE1  HA      0.09 
858: ATOM HE2  HA      0.09 
859: ATOM HE3  HA      0.09 
860: GROUP    
861: ATOM C    C       0.51 
862: ATOM O    O      -0.51 
863: BOND CB CA   CG CB   SD CG   CE SD    
864: BOND N  HN   N  CA    C  CA   C  +N    
865: BOND CA HA   CB HB1  CB HB2  CG HG1  CG HG2    
866: BOND CE HE1  CE HE2  CE HE3   
867: DOUBLE   O  C    
868: IMPR N -C CA HN  C CA +N O    
869: CMAP -C  N  CA  C   N  CA  C  +N 
870: DONOR HN N    
871: ACCEPTOR O C    
872: IC -C   CA   *N   HN    1.3478 124.2100  180.0000 114.3900  0.9978 
873: IC -C   N    CA   C     1.3478 124.2100  180.0000 106.3100  1.5195 
874: IC N    CA   C    +N    1.4510 106.3100  180.0000 117.7400  1.3471 
875: IC +N   CA   *C   O     1.3471 117.7400  180.0000 120.6400  1.2288 
876: IC CA   C    +N   +CA   1.5195 117.7400  180.0000 124.5200  1.4471 
877: IC N    C    *CA  CB    1.4510 106.3100  121.6200 111.8800  1.5546 
878: IC N    C    *CA  HA    1.4510 106.3100 -116.9800 107.5700  1.0832 
879: IC N    CA   CB   CG    1.4510 111.2500  180.0000 115.9200  1.5460 
880: IC CG   CA   *CB  HB1   1.5460 115.9200  120.5600 106.9000  1.1153 
881: IC CG   CA   *CB  HB2   1.5460 115.9200 -124.8000 109.3800  1.1129 
882: IC CA   CB   CG   SD    1.5546 115.9200  180.0000 110.2800  1.8219 
883: IC SD   CB   *CG  HG1   1.8219 110.2800  120.5000 110.3400  1.1106 
884: IC SD   CB   *CG  HG2   1.8219 110.2800 -121.1600 109.6400  1.1119 
885: IC CB   CG   SD   CE    1.5460 110.2800  180.0000  98.9400  1.8206 
886: IC CG   SD   CE   HE1   1.8219  98.9400 -179.4200 110.9100  1.1111 
887: IC HE1  SD   *CE  HE2   1.1111 110.9100  119.9500 111.0300  1.1115 
888: IC HE1  SD   *CE  HE3   1.1111 110.9100 -119.9500 111.0900  1.1112 
889:  
890: RESI PHE          0.00 
891: GROUP    
892: ATOM N    NH1    -0.47  !     |        HD1  HE1     
893: ATOM HN   H       0.31  !  HN-N         |    |    
894: ATOM CA   CT1     0.07  !     |   HB1  CD1--CE1 
895: ATOM HA   HB      0.09  !     |   |    //     \\ 
896: GROUP                   !  HA-CA--CB--CG      CZ--HZ 
897: ATOM CB   CT2    -0.18  !     |   |    \  __  / 
898: ATOM HB1  HA      0.09  !     |   HB2  CD2--CE2 
899: ATOM HB2  HA      0.09  !   O=C         |    |   
900: GROUP                   !     |        HD2  HE2    
901: ATOM CG   CA      0.00 
902: GROUP    
903: ATOM CD1  CA     -0.115 
904: ATOM HD1  HP      0.115 
905: GROUP    
906: ATOM CE1  CA     -0.115 
907: ATOM HE1  HP      0.115 
908: GROUP 
909: ATOM CZ   CA     -0.115 
910: ATOM HZ   HP      0.115 
911: GROUP 
912: ATOM CD2  CA     -0.115 
913: ATOM HD2  HP      0.115 
914: GROUP 
915: ATOM CE2  CA     -0.115 
916: ATOM HE2  HP      0.115 
917: GROUP    
918: ATOM C    C       0.51 
919: ATOM O    O      -0.51 
920: BOND CB  CA   CG CB   CD2 CG   CE1 CD1    
921: BOND CZ  CE2  N   HN    
922: BOND N   CA    C   CA   C   +N   CA  HA    
923: BOND CB  HB1  CB HB2  CD1 HD1  CD2 HD2  CE1 HE1   
924: DOUBLE   O  C    CD1 CG  CZ CE1   CE2 CD2 
925: BOND CE2 HE2  CZ HZ    
926: IMPR N -C CA HN  C CA +N O    
927: CMAP -C  N  CA  C   N  CA  C  +N 
928: DONOR HN N    
929: ACCEPTOR O C    
930: IC -C   CA   *N   HN    1.3476 123.8900  180.0000 114.4700  0.9987 
931: IC -C   N    CA   C     1.3476 123.8900  180.0000 106.3800  1.5229 
932: IC N    CA   C    +N    1.4504 106.3800  180.0000 117.6500  1.3483 
933: IC +N   CA   *C   O     1.3483 117.6500  180.0000 120.4900  1.2287 
934: IC CA   C    +N   +CA   1.5229 117.6500  180.0000 124.1000  1.4523 
935: IC N    C    *CA  CB    1.4504 106.3800  122.4900 112.4500  1.5594 
936: IC N    C    *CA  HA    1.4504 106.3800 -115.6300 107.0500  1.0832 
937: IC N    CA   CB   CG    1.4504 111.6300  180.0000 112.7600  1.5109 
938: IC CG   CA   *CB  HB1   1.5109 112.7600  118.2700 109.1000  1.1119 
939: IC CG   CA   *CB  HB2   1.5109 112.7600 -123.8300 111.1100  1.1113 
940: IC CA   CB   CG   CD1   1.5594 112.7600   90.0000 120.3200  1.4059 
941: IC CD1  CB   *CG  CD2   1.4059 120.3200 -177.9600 120.7600  1.4062 
942: IC CB   CG   CD1  CE1   1.5109 120.3200 -177.3700 120.6300  1.4006 
943: IC CE1  CG   *CD1 HD1   1.4006 120.6300  179.7000 119.6500  1.0814 
944: IC CB   CG   CD2  CE2   1.5109 120.7600  177.2000 120.6200  1.4002 
945: IC CE2  CG   *CD2 HD2   1.4002 120.6200 -178.6900 119.9900  1.0811 
946: IC CG   CD1  CE1  CZ    1.4059 120.6300   -0.1200 119.9300  1.4004 
947: IC CZ   CD1  *CE1 HE1   1.4004 119.9300 -179.6900 120.0100  1.0808 
948: IC CZ   CD2  *CE2 HE2   1.4000 119.9600 -179.9300 119.8700  1.0811 
949: IC CE1  CE2  *CZ  HZ    1.4004 119.9800  179.5100 119.9700  1.0807 
950:  
951: RESI PRO          0.00 
952: GROUP                   !       HD1 HD2 
953: ATOM N    N      -0.29  !     |   \ / 
954: ATOM CD   CP3     0.00  !     N---CD   HG1  ATOM CA   CP1     0.02 
955: ATOM HD1  HA      0.09  !     |     \  / 
956: ATOM HD2  HA      0.09  !     |      CG 
957: ATOM CA   CP1     0.02  !     |     /  \ 
958: ATOM HA   HB      0.09  !  HA-CA--CB   HG2 
959: GROUP                   !     |   / \ 
960: ATOM CB   CP2    -0.18  !     | HB1 HB2 
961: ATOM HB1  HA      0.09  !   O=C 
962: ATOM HB2  HA      0.09  !     | 
963: GROUP 
964: ATOM CG   CP2    -0.18 
965: ATOM HG1  HA      0.09 
966: ATOM HG2  HA      0.09 
967: GROUP    
968: ATOM C    C       0.51 
969: ATOM O    O      -0.51 
970: BOND C  CA  C   +N    
971: BOND N  CA  CA  CB  CB  CG  CG  CD  N   CD    
972: BOND HA CA  HG1 CG  HG2 CG  HD1 CD  HD2 CD  HB1 CB  HB2 CB 
973: DOUBLE   O  C        
974: IMPR N -C CA CD    
975: IMPR C CA +N O    
976: CMAP -C  N  CA  C   N  CA  C  +N 
977: ACCEPTOR O C    
978: IC -C   CA   *N   CD    1.3366 122.9400  178.5100 112.7500  1.4624 
979: IC -C   N    CA   C     1.3366 122.9400  -76.1200 110.8600  1.5399 
980: IC N    CA   C    +N    1.4585 110.8600  180.0000 114.7500  1.3569 
981: IC +N   CA   *C   O     1.3569 114.7500  177.1500 120.4600  1.2316 
982: IC CA   C    +N   +CA   1.5399 116.1200  180.0000 124.8900  1.4517 
983: IC N    C    *CA  CB    1.4585 110.8600  113.7400 111.7400  1.5399 
984: IC N    C    *CA  HA    1.4585 110.8600 -122.4000 109.0900  1.0837 
985: IC N    CA   CB   CG    1.4585 102.5600   31.6100 104.3900  1.5322 
986: IC CA   CB   CG   CD    1.5399 104.3900  -34.5900 103.2100  1.5317 
987: IC N    CA   CB   HB1   1.4585 102.5600  -84.9400 109.0200  1.1131 
988: IC N    CA   CB   HB2   1.4585 102.5600  153.9300 112.7400  1.1088 
989: IC CA   CB   CG   HG1   1.5399 104.3900 -156.7200 112.9500  1.1077 
990: IC CA   CB   CG   HG2   1.5399 104.3900   81.2600 109.2200  1.1143 
991: IC CB   CG   CD   HD1   1.5322 103.2100  -93.5500 110.0300  1.1137 
992: IC CB   CG   CD   HD2   1.5322 103.2100  144.5200 110.0000  1.1144 
993: PATCHING FIRS PROP    
994:  
995: RESI SER          0.00 
996: GROUP    
997: ATOM N    NH1    -0.47  !     |        
998: ATOM HN   H       0.31  !  HN-N        
999: ATOM CA   CT1     0.07  !     |   HB1 
1000: ATOM HA   HB      0.09  !     |   |   
1001: GROUP                   !  HA-CA--CB--OG 
1002: ATOM CB   CT2     0.05  !     |   |     \ 
1003: ATOM HB1  HA      0.09  !     |   HB2    HG1 
1004: ATOM HB2  HA      0.09  !   O=C            
1005: ATOM OG   OH1    -0.66  !     |            
1006: ATOM HG1  H       0.43 
1007: GROUP    
1008: ATOM C    C       0.51 
1009: ATOM O    O      -0.51 
1010: BOND CB CA   OG CB  N HN  N  CA    
1011: BOND C  CA  C +N  CA HA  CB HB1    
1012: BOND CB HB2  OG HG1   
1013: DOUBLE   O  C       
1014: IMPR N -C CA HN  C CA +N O    
1015: CMAP -C  N  CA  C   N  CA  C  +N 
1016: DONOR HN N    
1017: DONOR HG1 OG    
1018: ACCEPTOR OG    
1019: ACCEPTOR O C    
1020: IC -C   CA   *N   HN    1.3474 124.3700  180.0000 114.1800  0.9999 
1021: IC -C   N    CA   C     1.3474 124.3700  180.0000 105.8100  1.5166 
1022: IC N    CA   C    +N    1.4579 105.8100  180.0000 117.7200  1.3448 
1023: IC +N   CA   *C   O     1.3448 117.7200  180.0000 120.2500  1.2290 
1024: IC CA   C    +N   +CA   1.5166 117.7200  180.0000 124.6300  1.4529 
1025: IC N    C    *CA  CB    1.4579 105.8100  124.7500 111.4000  1.5585 
1026: IC N    C    *CA  HA    1.4579 105.8100 -115.5600 107.3000  1.0821 
1027: IC N    CA   CB   OG    1.4579 114.2800  180.0000 112.4500  1.4341 
1028: IC OG   CA   *CB  HB1   1.4341 112.4500  119.3200 108.1000  1.1140 
1029: IC OG   CA   *CB  HB2   1.4341 112.4500 -123.8600 110.3800  1.1136 
1030: IC CA   CB   OG   HG1   1.5585 112.4500  165.9600 107.0800  0.9655 
1031:  
1032: RESI THR          0.00 
1033: GROUP    
1034: ATOM N    NH1    -0.47  !     |   
1035: ATOM HN   H       0.31  !  HN-N   
1036: ATOM CA   CT1     0.07  !     |     OG1--HG1 
1037: ATOM HA   HB      0.09  !     |    / 
1038: GROUP                   !  HA-CA--CB-HB   
1039: ATOM CB   CT1     0.14  !     |    \      
1040: ATOM HB   HA      0.09  !     |     CG2--HG21 
1041: ATOM OG1  OH1    -0.66  !   O=C    / \     
1042: ATOM HG1  H       0.43  !     | HG21 HG22  
1043: GROUP                  
1044: ATOM CG2  CT3    -0.27 
1045: ATOM HG21 HA      0.09 
1046: ATOM HG22 HA      0.09 
1047: ATOM HG23 HA      0.09 
1048: GROUP    
1049: ATOM C    C       0.51 
1050: ATOM O    O      -0.51 
1051: BOND CB CA  OG1 CB   CG2 CB    N   HN    
1052: BOND N  CA    C   CA    C   +N    CA  HA    
1053: BOND CB HB  OG1 HG1  CG2 HG21  CG2 HG22  CG2 HG23 
1054: DOUBLE  O   C     
1055: IMPR N -C CA HN  C CA +N O    
1056: CMAP -C  N  CA  C   N  CA  C  +N 
1057: DONOR HN N    
1058: DONOR HG1 OG1    
1059: ACCEPTOR OG1    
1060: ACCEPTOR O C    
1061: IC -C   CA   *N   HN    1.3471 124.1200  180.0000 114.2600  0.9995 
1062: IC -C   N    CA   C     1.3471 124.1200  180.0000 106.0900  1.5162 
1063: IC N    CA   C    +N    1.4607 106.0900  180.0000 117.6900  1.3449 
1064: IC +N   CA   *C   O     1.3449 117.6900  180.0000 120.3000  1.2294 
1065: IC CA   C    +N   +CA   1.5162 117.6900  180.0000 124.6600  1.4525 
1066: IC N    C    *CA  CB    1.4607 106.0900  126.4600 112.7400  1.5693 
1067: IC N    C    *CA  HA    1.4607 106.0900 -114.9200 106.5300  1.0817 
1068: IC N    CA   CB   OG1   1.4607 114.8100  180.0000 112.1600  1.4252 
1069: IC OG1  CA   *CB  HB    1.4252 112.1600  116.3900 106.1100  1.1174 
1070: IC OG1  CA   *CB  CG2   1.4252 112.1600 -124.1300 115.9100  1.5324 
1071: IC CA   CB   OG1  HG1   1.5693 112.1600 -179.2800 105.4500  0.9633 
1072: IC CA   CB   CG2  HG21  1.5693 115.9100 -173.6500 110.8500  1.1104 
1073: IC HG21 CB   *CG2 HG22  1.1104 110.8500  119.5100 110.4100  1.1109 
1074: IC HG21 CB   *CG2 HG23  1.1104 110.8500 -120.3900 111.1100  1.1113 
1075:  
1076: RESI TRP          0.00 
1077: GROUP    
1078: ATOM N    NH1    -0.47  !     |                  HE3 
1079: ATOM HN   H       0.31  !  HN-N                   | 
1080: ATOM CA   CT1     0.07  !     |   HB1            CE3 
1081: ATOM HA   HB      0.09  !     |   |             /  \\ 
1082: GROUP                   !  HA-CA--CB---CG-----CD2   CZ3-HZ3 
1083: ATOM CB   CT2    -0.18  !     |   |    ||     ||     | 
1084: ATOM HB1  HA      0.09  !     |   HB2  CD1    CE2   CH2-HH2 
1085: ATOM HB2  HA      0.09  !   O=C       /   \   / \  // 
1086: GROUP                   !     |     HD1    NE1   CZ2 
1087: ATOM CG   CY     -0.03  !                   |     | 
1088: ATOM CD1  CA      0.035 !                  HE1   HZ2 
1089: ATOM HD1  HP      0.115 
1090: ATOM NE1  NY     -0.61 
1091: ATOM HE1  H       0.38 
1092: ATOM CE2  CPT     0.13 
1093: ATOM CD2  CPT    -0.02 
1094: GROUP 
1095: ATOM CE3  CA     -0.115 
1096: ATOM HE3  HP      0.115 
1097: GROUP 
1098: ATOM CZ3  CA     -0.115 
1099: ATOM HZ3  HP      0.115 
1100: GROUP 
1101: ATOM CZ2  CA     -0.115 
1102: ATOM HZ2  HP      0.115 
1103: GROUP 
1104: ATOM CH2  CA     -0.115 
1105: ATOM HH2  HP      0.115 
1106: GROUP    
1107: ATOM C    C       0.51 
1108: ATOM O    O      -0.51 
1109: BOND CB  CA   CG  CB   CD2 CG   NE1 CD1    
1110: BOND CZ2 CE2    
1111: BOND N   HN   N   CA     C   CA   C   +N    
1112: BOND CZ3 CH2  CD2 CE3  NE1 CE2  CA  HA   CB  HB1    
1113: BOND CB  HB2  CD1 HD1  NE1 HE1  CE3 HE3  CZ2 HZ2    
1114: BOND CZ3 HZ3  CH2 HH2 
1115: DOUBLE  O   C   CD1 CG   CE2 CD2  CZ3 CE3  CH2 CZ2      
1116: IMPR N -C CA HN  C CA +N O    
1117: CMAP -C  N  CA  C   N  CA  C  +N 
1118: DONOR HN N    
1119: DONOR HE1 NE1    
1120: ACCEPTOR O C    
1121: IC -C   CA   *N   HN    1.3482 123.5100  180.0000 115.0200  0.9972 
1122: IC -C   N    CA   C     1.3482 123.5100  180.0000 107.6900  1.5202 
1123: IC N    CA   C    +N    1.4507 107.6900  180.0000 117.5700  1.3505 
1124: IC +N   CA   *C   O     1.3505 117.5700  180.0000 121.0800  1.2304 
1125: IC CA   C    +N   +CA   1.5202 117.5700  180.0000 124.8800  1.4526 
1126: IC N    C    *CA  CB    1.4507 107.6900  122.6800 111.2300  1.5560 
1127: IC N    C    *CA  HA    1.4507 107.6900 -117.0200 106.9200  1.0835 
1128: IC N    CA   CB   CG    1.4507 111.6800  180.0000 115.1400  1.5233 
1129: IC CG   CA   *CB  HB1   1.5233 115.1400  119.1700 107.8400  1.1127 
1130: IC CG   CA   *CB  HB2   1.5233 115.1400 -124.7300 109.8700  1.1118 
1131: IC CA   CB   CG   CD2   1.5560 115.1400   90.0000 123.9500  1.4407 
1132: IC CD2  CB   *CG  CD1   1.4407 123.9500 -172.8100 129.1800  1.3679 
1133: IC CD1  CG   CD2  CE2   1.3679 106.5700   -0.0800 106.6500  1.4126 
1134: IC CG   CD2  CE2  NE1   1.4407 106.6500    0.1400 107.8700  1.3746 
1135: IC CE2  CG   *CD2 CE3   1.4126 106.6500  179.2100 132.5400  1.4011 
1136: IC CE2  CD2  CE3  CZ3   1.4126 120.8000   -0.2000 118.1600  1.4017 
1137: IC CD2  CE3  CZ3  CH2   1.4011 118.1600    0.1000 120.9700  1.4019 
1138: IC CE3  CZ3  CH2  CZ2   1.4017 120.9700    0.0100 120.8700  1.4030 
1139: IC CZ3  CD2  *CE3 HE3   1.4017 118.1600 -179.6200 121.8400  1.0815 
1140: IC CH2  CE3  *CZ3 HZ3   1.4019 120.9700 -179.8200 119.4500  1.0811 
1141: IC CZ2  CZ3  *CH2 HH2   1.4030 120.8700 -179.9200 119.5700  1.0811 
1142: IC CE2  CH2  *CZ2 HZ2   1.3939 118.4200  179.8700 120.0800  1.0790 
1143: IC CD1  CE2  *NE1 HE1   1.3752 108.8100  177.7800 124.6800  0.9767 
1144: IC CG   NE1  *CD1 HD1   1.3679 110.1000  178.1000 125.4300  1.0820 
1145:  
1146: RESI TYR          0.00 
1147: GROUP    
1148: ATOM N    NH1    -0.47  !     |        HD1  HE1     
1149: ATOM HN   H       0.31  !  HN-N         |    |    
1150: ATOM CA   CT1     0.07  !     |   HB1  CD1--CE1 
1151: ATOM HA   HB      0.09  !     |   |   //      \\ 
1152: GROUP                   !  HA-CA--CB--CG      CZ--OH 
1153: ATOM CB   CT2    -0.18  !     |   |    \  __  /     \ 
1154: ATOM HB1  HA      0.09  !     |   HB2  CD2--CE2     HH 
1155: ATOM HB2  HA      0.09  !   O=C         |    |   
1156: GROUP                   !     |        HD2  HE2    
1157: ATOM CG   CA      0.00 
1158: GROUP    
1159: ATOM CD1  CA     -0.115 
1160: ATOM HD1  HP      0.115 
1161: GROUP    
1162: ATOM CE1  CA     -0.115 
1163: ATOM HE1  HP      0.115 
1164: GROUP 
1165: ATOM CZ   CA      0.11 
1166: ATOM OH   OH1    -0.54 
1167: ATOM HH   H       0.43 
1168: GROUP 
1169: ATOM CD2  CA     -0.115 
1170: ATOM HD2  HP      0.115 
1171: GROUP 
1172: ATOM CE2  CA     -0.115 
1173: ATOM HE2  HP      0.115 
1174: GROUP    
1175: ATOM C    C       0.51 
1176: ATOM O    O      -0.51 
1177: BOND CB  CA   CG  CB   CD2 CG   CE1 CD1    
1178: BOND CZ  CE2  OH  CZ    
1179: BOND N   HN   N   CA    C   CA   C   +N    
1180: BOND CA  HA   CB  HB1  CB  HB2  CD1 HD1  CD2 HD2    
1181: BOND CE1 HE1  CE2 HE2  OH  HH 
1182: DOUBLE   O   C   CD1 CG  CE1  CZ  CE2 CD2       
1183: IMPR N -C CA HN  C CA +N O    
1184: CMAP -C  N  CA  C   N  CA  C  +N 
1185: DONOR HN N    
1186: DONOR HH OH    
1187: ACCEPTOR OH    
1188: ACCEPTOR O C    
1189: IC -C   CA   *N   HN    1.3476 123.8100  180.0000 114.5400  0.9986 
1190: IC -C   N    CA   C     1.3476 123.8100  180.0000 106.5200  1.5232 
1191: IC N    CA   C    +N    1.4501 106.5200  180.0000 117.3300  1.3484 
1192: IC +N   CA   *C   O     1.3484 117.3300  180.0000 120.6700  1.2287 
1193: IC CA   C    +N   +CA   1.5232 117.3300  180.0000 124.3100  1.4513 
1194: IC N    C    *CA  CB    1.4501 106.5200  122.2700 112.3400  1.5606 
1195: IC N    C    *CA  HA    1.4501 106.5200 -116.0400 107.1500  1.0833 
1196: IC N    CA   CB   CG    1.4501 111.4300  180.0000 112.9400  1.5113 
1197: IC CG   CA   *CB  HB1   1.5113 112.9400  118.8900 109.1200  1.1119 
1198: IC CG   CA   *CB  HB2   1.5113 112.9400 -123.3600 110.7000  1.1115 
1199: IC CA   CB   CG   CD1   1.5606 112.9400   90.0000 120.4900  1.4064 
1200: IC CD1  CB   *CG  CD2   1.4064 120.4900 -176.4600 120.4600  1.4068 
1201: IC CB   CG   CD1  CE1   1.5113 120.4900 -175.4900 120.4000  1.4026 
1202: IC CE1  CG   *CD1 HD1   1.4026 120.4000  178.9400 119.8000  1.0814 
1203: IC CB   CG   CD2  CE2   1.5113 120.4600  175.3200 120.5600  1.4022 
1204: IC CE2  CG   *CD2 HD2   1.4022 120.5600 -177.5700 119.9800  1.0813 
1205: IC CG   CD1  CE1  CZ    1.4064 120.4000   -0.1900 120.0900  1.3978 
1206: IC CZ   CD1  *CE1 HE1   1.3978 120.0900  179.6400 120.5800  1.0799 
1207: IC CZ   CD2  *CE2 HE2   1.3979 119.9200 -178.6900 119.7600  1.0798 
1208: IC CE1  CE2  *CZ  OH    1.3978 120.0500 -178.9800 120.2500  1.4063 
1209: IC CE1  CZ   OH   HH    1.3978 119.6800  175.4500 107.4700  0.9594 
1210:  
1211: RESI VAL          0.00 
1212: GROUP    
1213: ATOM N    NH1    -0.47  !     |    HG11 HG12 
1214: ATOM HN   H       0.31  !  HN-N      | /  
1215: ATOM CA   CT1     0.07  !     |     CG1--HG13 
1216: ATOM HA   HB      0.09  !     |    / 
1217: GROUP                   !  HA-CA--CB-HB   
1218: ATOM CB   CT1    -0.09  !     |    \      
1219: ATOM HB   HA      0.09  !     |     CG2--HG21 
1220: GROUP                   !   O=C    / \    
1221: ATOM CG1  CT3    -0.27  !     | HG21 HG22 
1222: ATOM HG11 HA      0.09 
1223: ATOM HG12 HA      0.09 
1224: ATOM HG13 HA      0.09 
1225: GROUP    
1226: ATOM CG2  CT3    -0.27 
1227: ATOM HG21 HA      0.09 
1228: ATOM HG22 HA      0.09 
1229: ATOM HG23 HA      0.09 
1230: GROUP    
1231: ATOM C    C       0.51 
1232: ATOM O    O      -0.51 
1233: BOND CB  CA    CG1 CB    CG2 CB    N   HN    
1234: BOND N   CA     C   CA    C   +N    CA HA    
1235: BOND CB  HB    CG1 HG11  CG1 HG12  CG1 HG13  CG2 HG21    
1236: BOND CG2 HG22  CG2 HG23 
1237: DOUBLE    O   C    
1238: IMPR N -C CA HN C CA +N O    
1239: CMAP -C  N  CA  C   N  CA  C  +N 
1240: DONOR HN N    
1241: ACCEPTOR O C    
1242: IC -C   CA   *N   HN    1.3482 124.5700  180.0000 114.4100  0.9966 
1243: IC -C   N    CA   C     1.3482 124.5700  180.0000 105.5400  1.5180 
1244: IC N    CA   C    +N    1.4570 105.5400  180.0000 117.8300  1.3471 
1245: IC +N   CA   *C   O     1.3471 117.8300  180.0000 120.7000  1.2297 
1246: IC CA   C    +N   +CA   1.5180 117.8300  180.0000 124.0800  1.4471 
1247: IC N    C    *CA  CB    1.4570 105.5400  122.9500 111.2300  1.5660 
1248: IC N    C    *CA  HA    1.4570 105.5400 -117.2400 107.4600  1.0828 
1249: IC N    CA   CB   CG1   1.4570 113.0500  180.0000 113.9700  1.5441 
1250: IC CG1  CA   *CB  CG2   1.5441 113.9700  123.9900 112.1700  1.5414 
1251: IC CG1  CA   *CB  HB    1.5441 113.9700 -119.1700 107.5700  1.1178 
1252: IC CA   CB   CG1  HG11  1.5660 113.9700  177.8300 110.3000  1.1114 
1253: IC HG11 CB   *CG1 HG12  1.1114 110.3000  119.2500 111.6700  1.1097 
1254: IC HG11 CB   *CG1 HG13  1.1114 110.3000 -119.4900 110.7000  1.1110 
1255: IC CA   CB   CG2  HG21  1.5660 112.1700 -177.7800 110.7100  1.1108 
1256: IC HG21 CB   *CG2 HG22  1.1108 110.7100  120.0800 110.5600  1.1115 
1257: IC HG21 CB   *CG2 HG23  1.1108 110.7100 -119.5500 111.2300  1.1098 
1258:  
1259: RESI ALAD        0.00 ! Alanine dipeptide, with CMAP term 
1260: GROUP 
1261: ATOM CL   CT3   -0.27 
1262: ATOM HL1  HA     0.09 
1263: ATOM HL2  HA     0.09 
1264: ATOM HL3  HA     0.09 
1265: GROUP 
1266: ATOM CLP  C      0.51 
1267: ATOM OL   O     -0.51 
1268: GROUP 
1269: ATOM NL   NH1   -0.47 
1270: ATOM HL   H      0.31 
1271: ATOM CA   CT1    0.07 
1272: ATOM HA   HB     0.09 
1273: GROUP 
1274: ATOM CB   CT3   -0.27  !     HL1     OL           OR           HR1 
1275: ATOM HB1  HA     0.09  !       \     ||   HL  HA  ||   HR      / 
1276: ATOM HB2  HA     0.09  !        \    ||   |   |   ||   |      / 
1277: ATOM HB3  HA     0.09  !   HL2---CL--CLP--NL--CA--CRP--NR---CR---HR2 
1278: GROUP                  !        /             |               \ 
1279: ATOM CRP  C      0.51  !       /         HB1--CB--HB3          \ 
1280: ATOM OR   O     -0.51  !     HL3              |                HR3 
1281: GROUP                  !                     HB2 
1282: ATOM NR   NH1   -0.47 
1283: ATOM HR   H      0.31 
1284: ATOM CR   CT3   -0.11 
1285: ATOM HR1  HA     0.09 
1286: ATOM HR2  HA     0.09 
1287: ATOM HR3  HA     0.09 
1288:  
1289: BOND CL  CLP   CLP NL    NL  CA 
1290: BOND CA  CRP   CRP NR    NR  CR 
1291: DOUBLE  CLP OL    CRP OR 
1292: BOND NL  HL    NR  HR 
1293: BOND CA  HA    CA  CB 
1294: BOND CL  HL1   CL  HL2   CL  HL3 
1295: BOND CB  HB1   CB  HB2   CB  HB3 
1296: BOND CR  HR1   CR  HR2   CR  HR3 
1297: IMPR CLP CL NL OL    NL CLP CA HL 
1298: IMPR CRP CA NR OR    NR CRP CR HR 
1299:  
1300: CMAP CLP NL CA CRP NL CA CRP NR 
1301:  
1302: ic clp nl  ca  crp  0.0 0.0  180.0  0.0 0.0 ! Phi 
1303: ic ca  clp *nl hl   0.0 0.0  180.0  0.0 0.0 
1304: ic hl  nl  ca  crp  0.0 0.0    0.0  0.0 0.0 
1305: ic nl  ca  crp nr   0.0 0.0  180.0  0.0 0.0 ! Psi 
1306: ic ca  nr  *crp or  0.0 0.0  180.0  0.0 0.0 
1307: ic nl  ca  crp or   0.0 0.0    0.0  0.0 0.0 
1308: ic cl  clp nl  ca   0.0 0.0  180.0  0.0 0.0 ! Omega Left 
1309: ic nl  cl  *clp ol  0.0 0.0  180.0  0.0 0.0 
1310: ic ol  clp nl  ca   0.0 0.0    0.0  0.0 0.0 
1311: ic ca  crp nr  cr   0.0 0.0  180.0  0.0 0.0 ! Omega Right 
1312: ic crp cr  *nr hr   0.0 0.0  180.0  0.0 0.0 
1313: ic ca  crp nr  hr   0.0 0.0  180.0  0.0 0.0 
1314: ic nl  crp *ca ha   0.0 0.0  240.0  0.0 0.0 
1315: ic nl  crp *ca cb   0.0 0.0  120.0  0.0 0.0 
1316: ic hl1 cl  clp nl   0.0 0.0  180.0  0.0 0.0 
1317: ic hl2 cl  clp nl   0.0 0.0   60.0  0.0 0.0 
1318: ic hl3 cl  clp ol   0.0 0.0  120.0  0.0 0.0 
1319: ic ha  ca  cb  hb1  0.0 0.0  180.0  0.0 0.0 
1320: ic nl  ca  cb  hb2  0.0 0.0  180.0  0.0 0.0 
1321: ic crp ca  cb  hb3  0.0 0.0  180.0  0.0 0.0 
1322: ic crp nr  cr  hr1  0.0 0.0  180.0  0.0 0.0 
1323: ic crp nr  cr  hr2  0.0 0.0   60.0  0.0 0.0 
1324: ic hr  nr  cr  hr3  0.0 0.0  120.0  0.0 0.0 
1325: ic ca  clp *nl hl   0.0 0.0  180.0  0.0 0.0 
1326: ic ca  nr  *crp or  0.0 0.0  180.0  0.0 0.0 
1327: ic hb1 hb2 *cb hb3  0.0 0.0  120.0  0.0 0.0 
1328: ic hl1 hl2 *cl hl3  0.0 0.0  240.0  0.0 0.0 
1329: ic hr1 hr2 *cr hr3  0.0 0.0  240.0  0.0 0.0 
1330: ic ha  ca  nl  hl   0.0 0.0  240.0  0.0 0.0 
1331: patch first none last none 
1332:  
1333: RESI TIP3         0.000 ! tip3p water model, generate using noangle nodihedral 
1334: GROUP    
1335: ATOM OH2  OT     -0.834 
1336: ATOM H1   HT      0.417 
1337: ATOM H2   HT      0.417 
1338: BOND OH2 H1 OH2 H2 H1 H2    ! the last bond is needed for shake 
1339: ANGLE H1 OH2 H2             ! required 
1340: ACCEPTOR OH2    
1341: PATCHING FIRS NONE LAST NONE  
1342:  
1343: RESI TP3M         0.000 ! "mmff" water model, as an analog of tip3p 
1344: GROUP    
1345: ATOM OH2  OT     -0.834  ! these charges are replaced by the mmff setup    
1346: ATOM H1   HT      0.417  ! these charges are replaced by the mmff setup 
1347: ATOM H2   HT      0.417  ! these charges are replaced by the mmff setup 
1348: BOND OH2 H1 OH2 H2          ! omits the H1-H2 bond, which is needed for shake with tip3p 
1349: ANGLE H1 OH2 H2             ! required 
1350: ACCEPTOR OH2    
1351: PATCHING FIRS NONE LAST NONE      
1352:  
1353: ! Ion parameters from Benoit Roux and Coworkers 
1354: ! As of 8/98 no NBFIX terms required 
1355: !  
1356: RESI SOD       1.00 ! Sodium Ion 
1357: GROUP    
1358: ATOM SOD  SOD  1.00 
1359: PATCHING FIRST NONE LAST NONE    
1360:  
1361: RESI MG        2.00 ! Magnesium Ion 
1362: GROUP    
1363: ATOM MG   MG   2.00 
1364: PATCHING FIRST NONE LAST NONE    
1365:  
1366: RESI POT       1.00 ! Potassium Ion 
1367: GROUP 
1368: ATOM POT   POT 1.00 
1369: PATCHING FIRST NONE LAST NONE 
1370:  
1371: RESI CES       1.00 ! Cesium Ion 
1372: GROUP 
1373: ATOM CES  CES  1.00 
1374: PATCHING FIRST NONE LAST NONE 
1375:  
1376: RESI CAL       2.00 ! Calcium Ion 
1377: GROUP 
1378: ATOM CAL  CAL  2.00 
1379: PATCHING FIRST NONE LAST NONE 
1380:  
1381: RESI CLA      -1.00 ! Chloride Ion 
1382: GROUP 
1383: ATOM CLA  CLA -1.00 
1384: PATCHING FIRST NONE LAST NONE 
1385:  
1386: RESI ZN2       2.00 ! Zinc ion, Roland Stote 
1387: GROUP 
1388: ATOM ZN   ZN   2.00 
1389: PATCHING FIRST NONE LAST NONE 
1390:  
1391: PRES NTER         1.00 ! standard N-terminus 
1392: GROUP                  ! use in generate statement 
1393: ATOM N    NH3    -0.30 ! 
1394: ATOM HT1  HC      0.33 !         HT1         
1395: ATOM HT2  HC      0.33 !     (+)/ 
1396: ATOM HT3  HC      0.33 ! --CA--N--HT2 
1397: ATOM CA   CT1     0.21 !   |    \ 
1398: ATOM HA   HB      0.10 !   HA    HT3 
1399: DELETE ATOM HN    
1400: BOND HT1 N HT2 N HT3 N    
1401: DONOR HT1 N    
1402: DONOR HT2 N    
1403: DONOR HT3 N    
1404: IC HT1  N    CA   C     0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000 
1405: IC HT2  CA   *N   HT1   0.0000  0.0000  120.0000  0.0000  0.0000 
1406: IC HT3  CA   *N   HT2   0.0000  0.0000  120.0000  0.0000  0.0000 
1407:  
1408: PRES GLYP         1.00 ! Glycine N-terminus 
1409: GROUP                  ! use in generate statement 
1410: ATOM N    NH3    -0.30 ! 
1411: ATOM HT1  HC      0.33 !   HA1   HT1 
1412: ATOM HT2  HC      0.33 !   | (+)/ 
1413: ATOM HT3  HC      0.33 ! --CA--N--HT2 
1414: ATOM CA   CT2     0.13 !   |    \ 
1415: ATOM HA1  HB      0.09 !   HA2   HT3 
1416: ATOM HA2  HB      0.09 ! 
1417: DELETE ATOM HN    
1418: BOND HT1 N HT2 N HT3 N    
1419: DONOR HT1 N    
1420: DONOR HT2 N    
1421: DONOR HT3 N    
1422: IC HT1  N    CA   C     0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000 
1423: IC HT2  CA   *N   HT1   0.0000  0.0000  120.0000  0.0000  0.0000 
1424: IC HT3  CA   *N   HT2   0.0000  0.0000  120.0000  0.0000  0.0000 
1425:  
1426: PRES PROP         1.00 ! Proline N-Terminal 
1427: GROUP                  ! use in generate statement 
1428: ATOM N    NP     -0.07 !   HA 
1429: ATOM HN1  HC      0.24 !   | 
1430: ATOM HN2  HC      0.24 !  -CA   HN1 
1431: ATOM CD   CP3     0.16 !  /  \ / 
1432: ATOM HD1  HA      0.09 !       N(+) 
1433: ATOM HD2  HA      0.09 !      / \ 
1434: ATOM CA   CP1     0.16 !  -CD    HN2 
1435: ATOM HA   HB      0.09 !   | \ 
1436: BOND HN1 N HN2 N       !  HD1 HD2 
1437: DONOR HN1 N    
1438: DONOR HN2 N    
1439: IC HN1  CA   *N   CD    0.0000  0.0000  120.0000  0.0000  0.0000 
1440: IC HN2  CA   *N   HN1   0.0000  0.0000  120.0000  0.0000  0.0000 
1441:  
1442: PRES ACE          0.00 ! acetylated N-terminus  
1443:                        ! do NOT use to create dipeptides, see ACED 
1444: GROUP                  ! use in generate statement 
1445: ATOM CAY  CT3    -0.27 ! 
1446: ATOM HY1  HA      0.09 ! HY1 HY2 HY3 
1447: ATOM HY2  HA      0.09 !    \ | / 
1448: ATOM HY3  HA      0.09 !     CAY 
1449: GROUP                  !      | 
1450: ATOM CY   C       0.51 !      CY=OY 
1451: ATOM OY   O      -0.51 !      | 
1452:                        ! 
1453: BOND CY CAY CY N CAY HY1 CAY HY2 CAY HY3 
1454: DOUBLE OY CY 
1455: IMPR CY CAY N OY 
1456: IMPR N CY CA HN 
1457: CMAP CY  N  CA  C   N  CA  C  +N 
1458: ACCEPTOR OY CY 
1459: IC CY   N    CA   C     0.0000  0.0000  -60.0000  0.0000  0.0000 
1460: IC CY   CA   *N   HN    0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000 
1461: IC CAY  CY   N    CA    0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000 
1462: IC N    CAY  *CY  OY    0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000 
1463: IC OY   CY   CAY  HY1   0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000 
1464: IC OY   CY   CAY  HY2   0.0000  0.0000   60.0000  0.0000  0.0000 
1465: IC OY   CY   CAY  HY3   0.0000  0.0000  -60.0000  0.0000  0.0000 
1466:  
1467: PRES ACED         0.00 ! acetylated N-terminus (to create dipeptide) 
1468: GROUP                  ! use in generate statement 
1469: ATOM CAY  CT3    -0.27 ! 
1470: ATOM HY1  HA      0.09 ! HY1 HY2 HY3 
1471: ATOM HY2  HA      0.09 !    \ | / 
1472: ATOM HY3  HA      0.09 !     CAY 
1473: GROUP                  !      | 
1474: ATOM CY   C       0.51 !      CY=OY 
1475: ATOM OY   O      -0.51 !      | 
1476:                        ! 
1477: BOND CY CAY CY N CAY HY1 CAY HY2 CAY HY3 
1478: DOUBLE OY CY 
1479: IMPR CY CAY N OY 
1480: IMPR N CY CA HN 
1481: CMAP CY  N  CA  C   N  CA  C  NT 
1482: ACCEPTOR OY CY 
1483: IC CY   N    CA   C     0.0000  0.0000  -60.0000  0.0000  0.0000 
1484: IC CY   CA   *N   HN    0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000 
1485: IC CAY  CY   N    CA    0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000 
1486: IC N    CAY  *CY  OY    0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000 
1487: IC OY   CY   CAY  HY1   0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000 
1488: IC OY   CY   CAY  HY2   0.0000  0.0000   60.0000  0.0000  0.0000 
1489: IC OY   CY   CAY  HY3   0.0000  0.0000  -60.0000  0.0000  0.0000 
1490:  
1491: PRES ACP          0.00 ! acetylated N-terminus 
1492:                        ! NOT for proline dipeptide, see ACPD 
1493: GROUP                  ! use in generate statement 
1494: ATOM CAY  CT3    -0.27 ! 
1495: ATOM HY1  HA      0.09 ! HY1 HY2 HY3 
1496: ATOM HY2  HA      0.09 !    \ | / 
1497: ATOM HY3  HA      0.09 !     CAY 
1498: GROUP                  !      | 
1499: ATOM CY   C       0.51 !      CY=OY 
1500: ATOM OY   O      -0.51 !      | 
1501:                        ! 
1502: BOND CY CAY CY N CAY HY1 CAY HY2 CAY HY3 
1503: DOUBLE OY CY 
1504: IMPR CY CAY N OY 
1505: IMPR N CY CA CD 
1506: CMAP CY  N  CA  C   N  CA  C  +N 
1507: ACCEPTOR OY CY 
1508: IC CY   N    CA   C     0.0000  0.0000  -60.0000  0.0000  0.0000 
1509: IC CY   CA   *N   CD    0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000 
1510: IC CAY  CY   N    CA    0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000 
1511: IC N    CAY  *CY  OY    0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000 
1512: IC OY   CY   CAY  HY1   0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000 
1513: IC OY   CY   CAY  HY2   0.0000  0.0000   60.0000  0.0000  0.0000 
1514: IC OY   CY   CAY  HY3   0.0000  0.0000  -60.0000  0.0000  0.0000 
1515:  
1516: PRES ACPD         0.00 ! acetylated N-terminus (for proline dipeptide) 
1517: GROUP                  ! use in generate statement 
1518: ATOM CAY  CT3    -0.27 ! 
1519: ATOM HY1  HA      0.09 ! HY1 HY2 HY3 
1520: ATOM HY2  HA      0.09 !    \ | / 
1521: ATOM HY3  HA      0.09 !     CAY 
1522: GROUP                  !      | 
1523: ATOM CY   C       0.51 !      CY=OY 
1524: ATOM OY   O      -0.51 !      | 
1525:                        ! 
1526: BOND CY CAY CY N CAY HY1 CAY HY2 CAY HY3 
1527: DOUBLE OY CY 
1528: IMPR CY CAY N OY 
1529: IMPR N CY CA CD 
1530: CMAP CY  N  CA  C   N  CA  C  NT 
1531: ACCEPTOR OY CY 
1532: IC CY   N    CA   C     0.0000  0.0000  -60.0000  0.0000  0.0000 
1533: IC CY   CA   *N   CD    0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000 
1534: IC CAY  CY   N    CA    0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000 
1535: IC N    CAY  *CY  OY    0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000 
1536: IC OY   CY   CAY  HY1   0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000 
1537: IC OY   CY   CAY  HY2   0.0000  0.0000   60.0000  0.0000  0.0000 
1538: IC OY   CY   CAY  HY3   0.0000  0.0000  -60.0000  0.0000  0.0000 
1539:  
1540: PRES NNEU         0.00 ! neutral N-terminus; charges from LSN  
1541: GROUP                  ! use in generate statement 
1542: ATOM N    NH2    -0.96 ! 
1543: ATOM HT1  H       0.34 !         HT1 
1544: ATOM HT2  H       0.34 !        / 
1545:                        ! --CA--N--HT2 
1546: ATOM CA   CT1     0.19 !   |    ! change to CT2 for neutral N terminal glycine 
1547: ATOM HA   HB      0.09 !  HA    ! change to HA1 and HB2 and add HA2 atom for N terminal glycine 
1548: DELETE ATOM HN    
1549: BOND HT1 N HT2 N     
1550: DONOR HT1 N    
1551: DONOR HT2 N      
1552: IC HT1  N    CA   C     0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000 
1553: IC HT2  CA   *N   HT1   0.0000  0.0000  120.0000  0.0000  0.0000 
1554:  
1555: PRES CTER        -1.00 ! standard C-terminus 
1556: GROUP                  ! use in generate statement 
1557: ATOM C    CC      0.34 !   OT2(-) 
1558: ATOM OT1  OC     -0.67 !  / 
1559: ATOM OT2  OC     -0.67 ! -C 
1560: DELETE ATOM O          !  \\ 
1561: BOND C OT2             !   OT1 
1562: DOUBLE  C OT1 
1563: ! JMC IMPR C CA OT2 OT1 
1564: IMPR C OT1 OT2 CA 
1565: ACCEPTOR OT1 C    
1566: ACCEPTOR OT2 C    
1567: IC N    CA   C    OT2   0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000 
1568: IC OT2  CA   *C   OT1   0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000 
1569:  
1570: PRES CT1          0.00 ! methylated C-terminus from methyl acetate 
1571: GROUP                  ! use in generate statement 
1572: ATOM N    NH1    -0.47 ! 
1573: ATOM HN   H       0.31 !          OT1 
1574: ATOM CA   CT1     0.17 !     |   // 
1575: ATOM HA   HB      0.09 ! -N--CA--C       HT1 
1576: ATOM C    CD      0.63 !  |  |    \      / 
1577: ATOM OT1  OB     -0.52 ! HN  HA    OT2--CT--HT2 
1578: ATOM OT2  OS     -0.34 !                 \ 
1579: ATOM CT   CT3    -0.14 !                 HT3 
1580: ATOM HT1  HA      0.09 ! 
1581: ATOM HT2  HA      0.09 ! 
1582: ATOM HT3  HA      0.09 ! 
1583: DELETE ATOM O    
1584: BOND  C  OT2  OT2 CT    
1585: BOND CT HT1  CT HT2  CT  HT3 
1586: DOUBLE C  OT1     
1587: IMPR C CA OT2 OT1 
1588: ACCEPTOR OT1 C    
1589: ACCEPTOR OT2 C    
1590: IC N    CA   C    OT2   0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000 
1591: IC OT2  CA   *C   OT1   0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000 
1592: IC CA   C    OT2  CT    0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000 
1593: IC C    OT2  CT   HT1   0.0000  0.0000    0.0000  0.0000  0.0000 
1594: IC C    OT2  CT   HT2   0.0000  0.0000  120.0000  0.0000  0.0000 
1595: IC C    OT2  CT   HT3   0.0000  0.0000  240.0000  0.0000  0.0000 
1596:  
1597: PRES CT2          0.00 ! amidated C-terminus 
1598: GROUP                  ! use in generate statement 
1599: ATOM C    CC      0.55 !         
1600: ATOM O    O      -0.55 !     | 
1601: GROUP                  !   O=C 
1602: ATOM NT   NH2    -0.62 !     | 
1603: ATOM HT1  H       0.32 !     NT 
1604: ATOM HT2  H       0.30 !    / \ 
1605: BOND C NT              !  HT1 HT2 (HT1 is cis to O) 
1606: BOND NT HT1 NT HT2     ! 
1607: IMPR C NT CA O C CA NT O    
1608: IMPR NT C HT1 HT2 NT C HT2 HT1    
1609: DONOR HT1 NT    
1610: DONOR HT2 NT    
1611: IC N    CA   C    O     0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000 
1612: IC NT   CA   *C   O     0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000 
1613: IC CA   C    NT   HT1   0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000 
1614: IC HT1  C    *NT  HT2   0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000 
1615:  
1616: PRES CT3          0.00 ! N-Methylamide C-terminus 
1617: GROUP                  ! use in generate statement 
1618: ATOM C    C       0.51 ! 
1619: ATOM O    O      -0.51 !      | 
1620: GROUP                  !      C=O 
1621: ATOM NT   NH1    -0.47 !      |  
1622: ATOM HNT  H       0.31 !      NT-HNT 
1623: ATOM CAT  CT3    -0.11 !      | 
1624: ATOM HT1  HA      0.09 ! HT1-CAT-HT3 
1625: ATOM HT2  HA      0.09 !      |  
1626: ATOM HT3  HA      0.09 !     HT2 
1627:                        ! 
1628: BOND C NT  NT HNT  NT CAT  CAT HT1  CAT HT2  CAT HT3    
1629: IMPR NT C CAT HNT C CA NT O    
1630: CMAP -C  N  CA  C   N  CA  C  NT 
1631: DONOR HNT NT    
1632: IC N    CA   C    O     0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000 
1633: IC NT   CA   *C   O     0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000 
1634: IC C    CAT  *NT  HNT   0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000 
1635: IC CA   C    NT   CAT   0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000 
1636: IC C    NT   CAT  HT1   0.0000  0.0000   60.0000  0.0000  0.0000 
1637: IC C    NT   CAT  HT2   0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000 
1638: IC C    NT   CAT  HT3   0.0000  0.0000  -60.0000  0.0000  0.0000 
1639:  
1640:  
1641: PRES CNEU         0.00 ! neutral C-terminus; charges from ASPP  
1642: GROUP                  ! use in generate statement; C reduced to balance 
1643: ATOM C    CD      0.72 !    OT2-HT2 
1644: ATOM OT1  OB     -0.55 !   / 
1645: ATOM OT2  OH1    -0.61 ! -C 
1646: ATOM HT2  H       0.44 !   \\ 
1647: DELETE ATOM O          !    OT1 
1648: BOND C OT2             !   
1649: BOND OT2 HT2 
1650: DOUBLE  C OT1 
1651: IMPR C CA OT2 OT1 
1652: ACCEPTOR OT1 C    
1653: ACCEPTOR OT2 C    
1654: IC N    CA   C    OT2   0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000 
1655: IC OT2  CA   *C   OT1   0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000 
1656: IC CA   C    OT2  HT2   0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000 
1657:  
1658: PRES ASPP         0.00 ! patch for protonated aspartic acid, proton on od2 
1659: GROUP                  ! via acetic acid, use in a patch statementand 
1660:                        ! follow with AUTOgenerate ANGLes DIHEdrals command 
1661: ATOM CB   CT2    -0.21 ! 
1662: ATOM HB1  HA      0.09 ! HB1    OD1 
1663: ATOM HB2  HA      0.09 !  |    // 
1664: ATOM CG   CD      0.75 ! -CB--CG 
1665: ATOM OD1  OB     -0.55 !  |     \ 
1666: ATOM OD2  OH1    -0.61 ! HB2     OD2-HD2 
1667: ATOM HD2  H       0.44 ! 
1668: BOND OD2 HD2    
1669: DONOR HD2 OD2    
1670: IC HD2  OD2  CG   OD1   0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000 
1671:  
1672: PRES GLUP         0.00 ! patch for protonated glutamic acid, proton on oe2 
1673: GROUP                  ! via acetic acid, use in a patch statement and 
1674:                        ! follow with AUTOgenerate ANGLes DIHEdrals command 
1675: ATOM CG   CT2    -0.21 ! 
1676: ATOM HG1  HA      0.09 ! HG1    OE1 
1677: ATOM HG2  HA      0.09 !  |    // 
1678: ATOM CD   CD      0.75 ! -CG--CD 
1679: ATOM OE1  OB     -0.55 !  |     \ 
1680: ATOM OE2  OH1    -0.61 ! HG2     OE2-HE2 
1681: ATOM HE2  H       0.44 ! 
1682: BOND OE2 HE2    
1683: DONOR HE2 OE2    
1684: IC HE2  OE2  CD   OE1   0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000 
1685:  
1686: PRES LSN          0.00 ! patch for neutral lysine based on methylamine 
1687:                        ! use in a patch statement 
1688:                        ! follow with AUTOgenerate ANGLes DIHEdrals command 
1689: !delete atom and reassign charges 
1690: DELETE ATOM HZ3 
1691: GROUP 
1692: ATOM CE   CT2     0.13  
1693: ATOM HE1  HA      0.075 
1694: ATOM HE2  HA      0.075 
1695: ATOM NZ   NH2    -0.96 
1696: ATOM HZ1  HC      0.34 
1697: ATOM HZ2  HC      0.34 
1698:  
1699: PRES LINK         0.00 ! linkage for IMAGES or for joining segments 
1700:                        ! 1 refers to previous (N terminal) 
1701:                        ! 2 refers to next (C terminal) 
1702:                        ! use in a patch statement 
1703:                        ! follow with AUTOgenerate ANGLes DIHEdrals command 
1704: BOND 1C 2N    
1705: !the need for the explicit specification of angles and dihedrals in 
1706: !patches linking images has not been tested 
1707: !ANGLE 1C 2N 2CA  1CA 1C 2N    
1708: !ANGLE 1O 1C 2N   1C  2N 2HN    
1709: !DIHE 1C  2N  2CA 2C   1C  2N  2CA 2HA  1C  2N  2CA 2CB    
1710: !DIHE 1HA 1CA 1C  2N   1N  1CA 1C  2N   1CB 1CA 1C  2N    
1711: !DIHE 1CA 1C  2N  2HN  1CA 1C  2N  2CA    
1712: !DIHE 1O  1C  2N  2HN  1O  1C  2N  2CA    
1713: IMPR 2N 1C 2CA 2HN  1C 1CA 2N 1O    
1714: IC 1N   1CA  1C   2N    0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000 
1715: IC 2N   1CA  *1C  1O    0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000 
1716: IC 1CA  1C   2N   2CA   0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000 
1717: IC 1C   2N   2CA  2C    0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000 
1718: IC 1C   2CA  *2N  2HN   0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000 
1719:  
1720: PRES DISU        -0.36 ! patch for disulfides. Patch must be 1-CYS and 2-CYS. 
1721:                        ! use in a patch statement 
1722:                        ! follow with AUTOgenerate ANGLes DIHEdrals command 
1723: GROUP                   
1724: ATOM 1CB  CT2    -0.10 ! 
1725: ATOM 1SG  SM     -0.08 !           2SG--2CB-- 
1726: GROUP                  !          / 
1727: ATOM 2SG  SM     -0.08 ! -1CB--1SG 
1728: ATOM 2CB  CT2    -0.10 ! 
1729: DELETE ATOM 1HG1    
1730: DELETE ATOM 2HG1    
1731: BOND 1SG 2SG    
1732: IC 1CA  1CB  1SG  2SG   0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000 
1733: IC 1CB  1SG  2SG  2CB   0.0000  0.0000   90.0000  0.0000  0.0000 
1734: IC 1SG  2SG  2CB  2CA   0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000 
1735:  
1736: PRES HS2          0.00 ! Patch for neutral His, move proton from ND1 to NE2 
1737:                        ! use in a patch statement 
1738:                        ! follow with AUTOgenerate ANGLes DIHEdrals command 
1739: GROUP                   
1740: ATOM CE1  CPH2    0.25 !                 HE1 
1741: ATOM HE1  HR1     0.13 !                 / 
1742: ATOM ND1  NR2    -0.70 !   HB1    ND1--CE1 
1743: ATOM CG   CPH1    0.22 !   |     /      | 
1744: ATOM CB   CT2    -0.08 !  -CB--CG       | 
1745: ATOM HB1  HA      0.09 !   |     \      | 
1746: ATOM HB2  HA      0.09 !   HB2    CD2--NE2 
1747: GROUP                  !           |     \ 
1748: ATOM NE2  NR1    -0.36 !          HD2    HE2 
1749: ATOM HE2  H       0.32 
1750: ATOM CD2  CPH1   -0.05 
1751: ATOM HD2  HR3     0.09 
1752: DELETE ATOM HD1    
1753: DELETE ACCE NE2    
1754: BOND NE2 HE2    
1755: IMPR NE2 CD2 CE1 HE2  NE2 CE1 CD2 HE2    
1756: DONOR HE2 NE2    
1757: ACCEPTOR ND1    
1758: IC CE1  CD2  *NE2 HE2   0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000 
1759:  
1760: ! patches for cyclic peptides 
1761: PRES LIG1     0.00000 ! linkage for cyclic peptide 
1762:                 !       1 refers to the C terminus which is a glycine 
1763:                 !       2 refers to the N terminus  
1764:                 !       use in a patch statement, perform initial 
1765:                 !       generation using first NONE last NONE 
1766:                 ! follow with AUTOgenerate ANGLes DIHEdrals command 
1767: BOND 1C 2N 
1768: IMPR 2N 1C 2CA 2HN 1C 1CA 2N 1O 
1769: IC 1N   1CA  1C   2N    0.0000  0.0000 180.0000  0.0000  0.0000 
1770: IC 2N   1CA  *1C  1O    0.0000  0.0000 180.0000  0.0000  0.0000 
1771: IC 1CA  1C   2N   2CA   0.0000  0.0000 180.0000  0.0000  0.0000 
1772: IC 1C   2N   2CA  2C    0.0000  0.0000 180.0000  0.0000  0.0000 
1773: IC 1C   2CA  *2N  2HN   0.0000  0.0000 180.0000  0.0000  0.0000 
1774:  
1775: PRES LIG2     0.00000 ! linkage for cyclic peptide 
1776:                 !       1 refers to the C terminus 
1777:                 !       2 refers to the N terminus which is a glycine 
1778:                 !       use in a patch statement, perform initial 
1779:                 !       generation using first NONE last NONE 
1780:                 ! follow with AUTOgenerate ANGLes DIHEdrals command 
1781: BOND 1C 2N 
1782: IMPR 2N 1C 2CA 2HN 1C 1CA 2N 1O 
1783: IC 1N   1CA  1C   2N    0.0000  0.0000 180.0000  0.0000  0.0000 
1784: IC 2N   1CA  *1C  1O    0.0000  0.0000 180.0000  0.0000  0.0000 
1785: IC 1CA  1C   2N   2CA   0.0000  0.0000 180.0000  0.0000  0.0000 
1786: IC 1C   2N   2CA  2C    0.0000  0.0000 180.0000  0.0000  0.0000 
1787: IC 1C   2CA  *2N  2HN   0.0000  0.0000 180.0000  0.0000  0.0000 
1788:  
1789: PRES LIG3     0.00000 ! linkage for cyclic peptide 
1790:                 !       1 refers to the C terminus which is a glycine 
1791:                 !       2 refers to the N terminus which is a glycine 
1792:                 !       use in a patch statement, perform initial 
1793:                 !       generation using first NONE last NONE 
1794:                 ! follow with AUTOgenerate ANGLes DIHEdrals command 
1795: BOND 1C 2N 
1796: IMPR 2N 1C 2CA 2HN 1C 1CA 2N 1O 
1797: IC 1N   1CA  1C   2N    0.0000  0.0000 180.0000  0.0000  0.0000 
1798: IC 2N   1CA  *1C  1O    0.0000  0.0000 180.0000  0.0000  0.0000 
1799: IC 1CA  1C   2N   2CA   0.0000  0.0000 180.0000  0.0000  0.0000 
1800: IC 1C   2N   2CA  2C    0.0000  0.0000 180.0000  0.0000  0.0000 
1801: IC 1C   2CA  *2N  2HN   0.0000  0.0000 180.0000  0.0000  0.0000 
1802:  
1803: END 
1804:  


r25495/toph19_perm.inp 2017-01-21 10:33:37.534250000 +0000 r25494/toph19_perm.inp 2017-01-21 10:33:38.402250000 +0000
  1: * TOPOLOGY FILE FOR PROTEINS USING EXPLICIT HYDROGEN ATOMS: VERSION 19  1: svn: E195012: Unable to find repository location for 'svn+ssh://svn.ch.private.cam.ac.uk/groups/wales/trunk/CHARMM35/toppar/toph19_perm.inp' in revision 25494
  2: * S Trygubenko: several dihedrals and impropers were symmetrized to 
  3: * ensure that rotamers of ASN, GLN, TYR, PHE, ASP, GLU and CTER residues  
  4: * have the same energies. Visit http://www.trygub.com/charmm/rotamers/  
  5: * for more information. Unsupported. Use this file at your own risk.  
  6: * Modifications are marked with SAT. 
  7: * 
  8:    20    1                ! Version number 
  9:  
 10: !references 
 11: !Reiher, III., W.E. Theoretical Studies of Hydrogen Bonding, Ph.D. 
 12: !Thesis, Department of Chemistry, Harvard University, Cambridge, MA, 
 13: !USA, 1985 
 14: ! 
 15: !and 
 16: ! 
 17: !Neria, E., Fischer, S., and Karplus, M.  Simulation of Activation Free 
 18: !Energies in Molecular Systems, Journal of Chemical Physics, 1996, 105: 
 19: !1902-21. 
 20:  
 21: MASS     1 H      1.00800 ! hydrogen which can h-bond to neutral atom 
 22: MASS     2 HC     1.00800 !   -    "     -               charged atom 
 23: MASS     3 HA     1.00800 ! aliphatic hydrogen 
 24: MASS     4 HT     1.00800 ! TIPS3P WATER HYDROGEN 
 25: MASS     5 LP     0.0     ! ST2 LONE PAIR 
 26: MASS    10 CT    12.01100 ! aliphatic carbon 
 27: MASS    11 C     12.01100 ! carbonyl carbon 
 28: MASS    12 CH1E  13.01900 ! extended atom carbon w/ one hydrogen 
 29: MASS    13 CH2E  14.02700 !   -    "    -           two 
 30: MASS    14 CH3E  15.03500 !   -    "    -           three 
 31: MASS    15 CR1E  13.01900 !   -    "    -        in aromatic ring w/ one H 
 32: MASS    16 CM    12.01100 ! carbon in carbonmonoxide 
 33: MASS    31 N     14.00670 ! peptide nitrogen with no hydrogens attached 
 34: MASS    32 NR    14.00670 ! nitrogen in aromatic ring with no hydrogens 
 35: MASS    33 NP    14.00670 ! pyrole nitrogen 
 36: !MASS    34 NH1E  15.01470 ! extended atom peptide nitrogen with one hydrogen 
 37: !MASS    35 NH2E  16.02270 !  -       "        -                 two   -"- 
 38: !MASS    36 NH3E  17.03070 !  -       "        -                 three -"- 
 39: !MASS    37 NC2E  16.02270 ! extended atom charged guanidinium nitrogen w/ 2 H 
 40: MASS    38 NH1   14.00670 ! peptide nitrogen bound to one hydrogen 
 41: MASS    39 NH2   14.00670 !  -       "        -       two -"- 
 42: MASS    40 NH3   14.00670 ! nitrogen bound to three hydrogens 
 43: MASS    41 NC2   14.00670 ! charged guanidinuim nitrogen bound to two hydrogens 
 44: MASS    51 O     15.99940 ! carbonyl oxygen 
 45: MASS    52 OC    15.99940 ! carboxy oxygen 
 46: !MASS    53 OH1E  17.00740 ! extended atom hydroxy oxygen 
 47: !MASS    54 OH2E  18.01540 ! extended atom water 
 48: MASS    55 OH1   15.99940 ! hydroxy oxygen 
 49: MASS    56 OH2   15.99940 ! ST2 water oxygen 
 50: MASS    57 OM    15.99940 ! oxygen in carbonmonoxide 
 51: MASS    58 OT    15.99940 ! TIPS3P WATER OXYGEN 
 52: MASS    59 OS    15.99940 ! ester oxygen 
 53: MASS    81 S     32.06000 ! sulphur 
 54: MASS    82 SH1E  33.06800 ! extended atom sulphur with one hydrogen 
 55: MASS    91 FE    55.84700 ! iron 
 56:  
 57: DECL -C 
 58: DECL -O 
 59: DECL +N 
 60: DECL +H 
 61: DECL +CA 
 62:  
 63: AUTOGENERATE ANGLES 
 64: DEFA FIRS NTER LAST CTER 
 65:  
 66: RESI ALA     0.00000 
 67: GROU 
 68: ATOM N    NH1    -0.35 
 69: ATOM H    H       0.25 
 70: ATOM CA   CH1E    0.10 
 71: GROU 
 72: ATOM CB   CH3E    0.00 
 73: GROU 
 74: ATOM C    C       0.55 
 75: ATOM O    O      -0.55 
 76: BOND N    CA        CA   C         C    +N        C    O         N    H 
 77: BOND CA   CB 
 78: DIHE -C   N    CA   C         N    CA   C    +N        CA   C    +N   +CA 
 79: IMPH N    -C   CA   H         C    CA   +N   O         CA   N    C    CB 
 80: DONO  H  N 
 81: ACCE O  C 
 82: IC   -C   CA   *N   H      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
 83: IC   -C   N    CA   C      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
 84: IC   N    CA   C    +N     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
 85: IC   +N   CA   *C   O      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
 86: IC   CA   C    +N   +CA    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
 87: IC   N    C    *CA  CB     0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
 88:  
 89: RESI ARG     1.00000 
 90: GROU 
 91: ATOM N    NH1    -0.35 
 92: ATOM H    H       0.25 
 93: ATOM CA   CH1E    0.10 
 94: GROU 
 95: ATOM CB   CH2E    0.00 
 96: ATOM CG   CH2E    0.00 
 97: GROU 
 98: ATOM CD   CH2E    0.10 
 99: ATOM NE   NH1    -0.40 
100: ATOM HE   H       0.30 
101: ATOM CZ   C       0.50 
102: GROU 
103: ATOM NH1  NC2    -0.45 
104: ATOM HH11 HC      0.35 
105: ATOM HH12 HC      0.35 
106: GROU 
107: ATOM NH2  NC2    -0.45 
108: ATOM HH21 HC      0.35 
109: ATOM HH22 HC      0.35 
110: GROU 
111: ATOM C    C       0.55 
112: ATOM O    O      -0.55 
113: BOND N    CA        CA   C         C    +N        C    O         N    H 
114: BOND CA   CB        CB   CG        CG   CD        CD   NE        NE   HE 
115: BOND NE   CZ        CZ   NH1       CZ   NH2       NH1  HH11      NH1  HH12 
116: BOND NH2  HH21      NH2  HH22 
117: DIHE -C   N    CA   C         N    CA   C    +N        CA   C    +N   +CA 
118: DIHE N    CA   CB   CG        CA   CB   CG   CD        CB   CG   CD   NE 
119: DIHE CG   CD   NE   CZ        CD   NE   CZ   NH1       CD   NE   CZ   NH2 
120: DIHE NE   CZ   NH1  HH11      NE   CZ   NH1  HH12 
121: DIHE NE   CZ   NH2  HH21      NE   CZ   NH2  HH22 
122: IMPH N    -C   CA   H         C    CA   +N   O         CA   N    C    CB 
123: IMPH NE   CD   CZ   HE        CZ   NH1  NH2  NE 
124: DONO  H N 
125: DONO  HE NE 
126: DONO  HH11 NH1 
127: DONO  HH12 NH1 
128: DONO  HH21 NH2 
129: DONO  HH22 NH2 
130: ACCE O C 
131: IC   -C   CA   *N   H      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
132: IC   -C   N    CA   C      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
133: IC   N    CA   C    +N     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
134: IC   +N   CA   *C   O      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
135: IC   CA   C    +N   +CA    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
136: IC   N    C    *CA  CB     0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
137: IC   N    CA   CB   CG     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
138: IC   CA   CB   CG   CD     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
139: IC   CB   CG   CD   NE     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
140: IC   CG   CD   NE   CZ     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
141: IC   CD   NE   CZ   NH1    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
142: IC   NH1  NE   *CZ  NH2    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
143: IC   CD   CZ   *NE  HE     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
144: IC   NE   CZ   NH1  HH11   0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
145: IC   HH11 CZ   *NH1 HH12   0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
146: IC   NE   CZ   NH2  HH21   0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
147: IC   HH21 CZ   *NH2 HH22   0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
148:  
149: RESI ASN     0.00000 
150: GROU 
151: ATOM N    NH1    -0.35 
152: ATOM H    H       0.25 
153: ATOM CA   CH1E    0.10 
154: GROU 
155: ATOM CB   CH2E    0.00 
156: GROU 
157: ATOM CG   C       0.55 
158: ATOM OD1  O      -0.55 
159: GROU 
160: ATOM ND2  NH2    -0.60 
161: ATOM HD21 H       0.30 
162: ATOM HD22 H       0.30 
163: GROU 
164: ATOM C    C       0.55 
165: ATOM O    O      -0.55 
166: BOND N    CA        CA   C         C    +N        C    O         N    H 
167: BOND CA   CB        CB   CG        CG   OD1       CG   ND2       ND2  HD21 
168: BOND ND2  HD22 
169: DIHE -C   N    CA   C         N    CA   C    +N        CA   C    +N   +CA 
170: DIHE N    CA   CB   CG        CA   CB   CG   OD1 
171: DIHE CB   CG   ND2  HD21 ! SAT 
172: DIHE CB   CG   ND2  HD22 ! SAT 
173: IMPH N    -C   CA   H         C    CA   +N   O         CA   N    C    CB 
174: IMPH CG   OD1  ND2  CB        ND2  HD21 HD22 CG 
175: DONO  H N 
176: DONO  HD21 ND2 
177: DONO  HD22 ND2 
178: ACCE OD1 CG 
179: ACCE O C 
180: IC   -C   CA   *N   H      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
181: IC   -C   N    CA   C      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
182: IC   N    CA   C    +N     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
183: IC   +N   CA   *C   O      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
184: IC   CA   C    +N   +CA    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
185: IC   N    C    *CA  CB     0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
186: IC   N    CA   CB   CG     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
187: IC   CA   CB   CG   OD1    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
188: IC   OD1  CB   *CG  ND2    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
189: IC   OD1  CG   ND2  HD21   0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
190: IC   HD21 CG   *ND2 HD22   0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
191:  
192: RESI ASP    -1.00000 
193: GROU 
194: ATOM N    NH1    -0.35 
195: ATOM H    H       0.25 
196: ATOM CA   CH1E    0.10 
197: GROU 
198: ATOM CB   CH2E   -0.16 
199: ATOM CG   C       0.36 
200: ATOM OD1  OC     -0.60 
201: ATOM OD2  OC     -0.60 
202: GROU 
203: ATOM C    C       0.55 
204: ATOM O    O      -0.55 
205: BOND N    CA        CA   C         C    +N        C    O         N    H 
206: BOND CA   CB        CB   CG        CG   OD1       CG   OD2 
207: DIHE -C   N    CA   C         N    CA   C    +N        CA   C    +N   +CA 
208: DIHE N    CA   CB   CG 
209: DIHE CA   CB   CG   OD1 ! SAT 
210: DIHE CA   CB   CG   OD2 ! SAT 
211: IMPH N    -C   CA   H         C    CA   +N   O         CA   N    C    CB 
212: IMPH CG   OD1  OD2  CB 
213: DONO  H     N 
214: ACCE OD1  CG 
215: ACCE OD2  CG 
216: ACCE O  C 
217: IC   -C   CA   *N   H      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
218: IC   -C   N    CA   C      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
219: IC   N    CA   C    +N     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
220: IC   +N   CA   *C   O      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
221: IC   CA   C    +N   +CA    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
222: IC   N    C    *CA  CB     0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
223: IC   N    CA   CB   CG     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
224: IC   CA   CB   CG   OD1    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
225: IC   OD1  CB   *CG  OD2    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
226:  
227: RESI CYS     0.00000 
228: GROU 
229: ATOM N    NH1    -0.35 
230: ATOM H    H       0.25 
231: ATOM CA   CH1E    0.10 
232: GROU 
233: ATOM CB   CH2E    0.19 
234: ATOM SG   SH1E   -0.19 
235: GROU 
236: ATOM C    C       0.55 
237: ATOM O    O      -0.55 
238: BOND N    CA        CA   C         C    +N        C    O         N    H 
239: BOND CA   CB        CB   SG 
240: DIHE -C   N    CA   C         N    CA   C    +N        CA   C    +N   +CA 
241: DIHE N    CA   CB   SG 
242: IMPH N    -C   CA   H         C    CA   +N   O         CA   N    C    CB 
243: DONO  H     N 
244: ACCE O  C 
245: IC   -C   CA   *N   H      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
246: IC   -C   N    CA   C      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
247: IC   N    CA   C    +N     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
248: IC   +N   CA   *C   O      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
249: IC   CA   C    +N   +CA    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
250: IC   N    C    *CA  CB     0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
251: IC   N    CA   CB   SG     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
252:  
253: RESI GLN     0.00000 
254: GROU 
255: ATOM N    NH1    -0.35 
256: ATOM H    H       0.25 
257: ATOM CA   CH1E    0.10 
258: GROU 
259: ATOM CB   CH2E    0.00 
260: ATOM CG   CH2E    0.00 
261: GROU 
262: ATOM CD   C       0.55 
263: ATOM OE1  O      -0.55 
264: GROU 
265: ATOM NE2  NH2    -0.60 
266: ATOM HE21 H       0.30 
267: ATOM HE22 H       0.30 
268: GROU 
269: ATOM C    C       0.55 
270: ATOM O    O      -0.55 
271: BOND N    CA        CA   C         C    +N        C    O         N    H 
272: BOND CA   CB        CB   CG        CG   CD        CD   OE1       CD   NE2 
273: BOND NE2  HE21      NE2  HE22 
274: DIHE -C   N    CA   C         N    CA   C    +N        CA   C    +N   +CA 
275: DIHE N    CA   CB   CG        CA   CB   CG   CD        CB   CG   CD   OE1 
276: DIHE CG   CD   NE2  HE21 ! SAT 
277: DIHE CG   CD   NE2  HE22 ! SAT 
278: IMPH N    -C   CA   H         C    CA   +N   O         CA   N    C    CB 
279: IMPH CD   OE1  NE2  CG        NE2  HE21 HE22 CD 
280: DONO  H     N 
281: DONO  HE21  NE2 
282: DONO  HE22  NE2 
283: ACCE OE1  CD 
284: ACCE O  C 
285: IC   -C   CA   *N   H      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
286: IC   -C   N    CA   C      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
287: IC   N    CA   C    +N     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
288: IC   +N   CA   *C   O      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
289: IC   CA   C    +N   +CA    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
290: IC   N    C    *CA  CB     0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
291: IC   N    CA   CB   CG     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
292: IC   CA   CB   CG   CD     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
293: IC   CB   CG   CD   OE1    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
294: IC   OE1  CG   *CD  NE2    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
295: IC   OE1  CD   NE2  HE21   0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
296: IC   HE21 CD   *NE2 HE22   0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
297:  
298: RESI GLU    -1.00000 
299: GROU 
300: ATOM N    NH1    -0.35 
301: ATOM H    H       0.25 
302: ATOM CA   CH1E    0.10 
303: GROU 
304: ATOM CB   CH2E    0.00 
305: GROU 
306: ATOM CG   CH2E   -0.16 
307: ATOM CD   C       0.36 
308: ATOM OE1  OC     -0.60 
309: ATOM OE2  OC     -0.60 
310: GROU 
311: ATOM C    C       0.55 
312: ATOM O    O      -0.55 
313: BOND N    CA        CA   C         C    +N        C    O         N    H 
314: BOND CA   CB        CB   CG        CG   CD        CD   OE1       CD   OE2 
315: DIHE -C   N    CA   C         N    CA   C    +N        CA   C    +N   +CA 
316: DIHE N    CA   CB   CG        CA   CB   CG   CD 
317: DIHE CB   CG   CD   OE1 ! SAT 
318: DIHE CB   CG   CD   OE2 ! SAT 
319: IMPH N    -C   CA   H         C    CA   +N   O         CA   N    C    CB 
320: IMPH CD   OE1  OE2  CG 
321: DONO  H     N 
322: ACCE OE1  CD 
323: ACCE OE2  CD 
324: ACCE O  C 
325: IC   -C   CA   *N   H      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
326: IC   -C   N    CA   C      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
327: IC   N    CA   C    +N     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
328: IC   +N   CA   *C   O      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
329: IC   CA   C    +N   +CA    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
330: IC   N    C    *CA  CB     0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
331: IC   N    CA   CB   CG     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
332: IC   CA   CB   CG   CD     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
333: IC   CB   CG   CD   OE1    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
334: IC   OE1  CG   *CD  OE2    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
335:  
336: RESI GLY     0.00000 
337: GROU 
338: ATOM N    NH1    -0.35 
339: ATOM H    H       0.25 
340: ATOM CA   CH2E    0.10 
341: GROU 
342: ATOM C    C       0.55 
343: ATOM O    O      -0.55 
344: BOND N    CA        CA   C         C    +N        C    O         N    H 
345: DIHE -C   N    CA   C         N    CA   C    +N        CA   C    +N   +CA 
346: IMPH N    -C   CA   H         C    CA   +N   O 
347: DONO  H     N 
348: ACCE O  C 
349: IC   -C   CA   *N   H      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
350: IC   -C   N    CA   C      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
351: IC   N    CA   C    +N     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
352: IC   +N   CA   *C   O      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
353: IC   CA   C    +N   +CA    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
354: PATC FIRS GLYP 
355:  
356: RESI HIS     0.00000                ! Rings charges from Del Bene and Cohen 
357: GROU                                 ! JACS 100:5285 (1978) Imidazole sto-3g calc. 
358: ATOM N    NH1    -0.35                ! Note that this residue has non-neutral groups. 
359: ATOM H    H       0.25 
360: ATOM CA   CH1E    0.10 
361: GROU 
362: ATOM CB   CH2E    0.00 
363: GROUP 
364: ATOM CG   C       0.10 
365: ATOM ND1  NH1    -0.40 
366: ATOM HD1  H       0.30 
367: GROU 
368: ATOM CD2  CR1E    0.10 
369: ATOM NE2  NR     -0.40 
370: ATOM CE1  CR1E    0.30 
371: GROU 
372: ATOM C    C       0.55 
373: ATOM O    O      -0.55 
374: BOND N    CA        CA   C         C    +N        C    O         N    H 
375: BOND CA   CB        CB   CG        CG   ND1       CG   CD2       ND1  HD1 
376: BOND ND1  CE1       CD2  NE2       CE1  NE2 
377: DIHE -C   N    CA   C         N    CA   C    +N        CA   C    +N   +CA 
378: DIHE N    CA   CB   CG        CA   CB   CG   ND1 
379: IMPH N    -C   CA   H         C    CA   +N   O         CA   N    C    CB 
380: IMPH CG   ND1  CD2  CB        ND1  CG   CE1  HD1       CG   ND1  CE1  NE2 
381: IMPH ND1  CE1  NE2  CD2       CE1  NE2  CD2  CG        NE2  CD2  CG   ND1 
382: IMPH CD2  CG   ND1  CE1 
383: DONO  H     N 
384: DONO  HD1   ND1 
385: ACCE NE2 
386: ACCE O  C 
387: IC   -C   CA   *N   H      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
388: IC   -C   N    CA   C      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
389: IC   N    CA   C    +N     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
390: IC   +N   CA   *C   O      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
391: IC   CA   C    +N   +CA    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
392: IC   N    C    *CA  CB     0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
393: IC   N    CA   CB   CG     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
394: IC   CA   CB   CG   CD2    0.0000    0.00   90.00    0.00   0.0000 
395: IC   CD2  CB   *CG  ND1    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
396: IC   CD2  CG   ND1  CE1    0.0000    0.00    0.00    0.00   0.0000 
397: IC   ND1  CG   CD2  NE2    0.0000    0.00    0.00    0.00   0.0000 
398: IC   CE1  CG   *ND1 HD1    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
399:  
400: RESI HSD     0.00000                ! see HIS above. 
401: GROUP 
402: ATOM N    NH1    -0.35 
403: ATOM H    H       0.25 
404: ATOM CA   CH1E    0.10 
405: GROU 
406: ATOM CB   CH2E    0.00 
407: GROUP 
408: ATOM CG   C       0.10 
409: ATOM ND1  NR     -0.40 
410: ATOM CE1  CR1E    0.30 
411: GROU 
412: ATOM CD2  CR1E    0.10 
413: ATOM NE2  NH1    -0.40 
414: ATOM HE2  H       0.30 
415: GROU 
416: ATOM C    C       0.55 
417: ATOM O    O      -0.55 
418: BOND N    CA        CA   C         C    +N        C    O         N    H 
419: BOND CA   CB        CB   CG        CG   ND1       CG   CD2       ND1  CE1 
420: BOND CD2  NE2       CE1  NE2       NE2  HE2 
421: DIHE -C   N    CA   C         N    CA   C    +N        CA   C    +N   +CA 
422: DIHE N    CA   CB   CG        CA   CB   CG   ND1 
423: IMPH N    -C   CA   H         C    CA   +N   O         CA   N    C    CB 
424: IMPH CG   ND1  CD2  CB        NE2  CE1  CD2  HE2       CG   ND1  CE1  NE2 
425: IMPH ND1  CE1  NE2  CD2       CE1  NE2  CD2  CG        NE2  CD2  CG   ND1 
426: IMPH CD2  CG   ND1  CE1 
427: DONO  H     N 
428: DONO  HE2   NE2 
429: ACCE ND1 
430: ACCE O  C 
431: IC   -C   CA   *N   H      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
432: IC   -C   N    CA   C      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
433: IC   N    CA   C    +N     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
434: IC   +N   CA   *C   O      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
435: IC   CA   C    +N   +CA    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
436: IC   N    C    *CA  CB     0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
437: IC   N    CA   CB   CG     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
438: IC   CA   CB   CG   CD2    0.0000    0.00   90.00    0.00   0.0000 
439: IC   CD2  CB   *CG  ND1    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
440: IC   CD2  CG   ND1  CE1    0.0000    0.00    0.00    0.00   0.0000 
441: IC   ND1  CG   CD2  NE2    0.0000    0.00    0.00    0.00   0.0000 
442: IC   CE1  CD2  *NE2 HE2    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
443:  
444: RESI HSC     1.00000                ! Doubly protonated histidine.  Ring charges 
445: GROU 
446: ATOM N    NH1    -0.35                ! Hayes and Kollman jacs 98:3335 (1976). 
447: ATOM H    H       0.25 
448: ATOM CA   CH1E    0.10 
449: GROU 
450: ATOM CB   CH2E    0.10 
451: ATOM CG   C       0.15 
452: ATOM CD2  CR1E    0.20 
453: GROU 
454: ATOM ND1  NH1    -0.30 
455: ATOM HD1  H       0.35 
456: GROU 
457: ATOM CE1  CR1E    0.45 
458: GROU 
459: ATOM NE2  NH1    -0.30 
460: ATOM HE2  H       0.35 
461: GROU 
462: ATOM C    C       0.55 
463: ATOM O    O      -0.55 
464: BOND N    CA        CA   C         C    +N        C    O         N    H 
465: BOND CA   CB        CB   CG        CG   ND1       CG   CD2       ND1  HD1 
466: BOND ND1  CE1       CD2  NE2       CE1  NE2          NE2        HE2 
467: DIHE -C   N    CA   C         N    CA   C    +N        CA   C    +N   +CA 
468: DIHE N    CA   CB   CG        CA   CB   CG   ND1 
469: IMPH N    -C   CA   H         C    CA   +N   O         CA   N    C    CB 
470: IMPH CG   ND1  CD2  CB        ND1  CG   CE1  HD1       CG   ND1  CE1  NE2 
471: IMPH ND1  CE1  NE2  CD2       CE1  NE2  CD2  CG        NE2  CD2  CG   ND1 
472: IMPH CD2  CG   ND1  CE1       NE2  CD2  CE1  HE2 
473: DONO  H     N 
474: DONO  HD1   ND1 
475: DONO  HE2   NE2 
476: ACCE O  C 
477: IC   -C   CA   *N   H      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
478: IC   -C   N    CA   C      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
479: IC   N    CA   C    +N     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
480: IC   +N   CA   *C   O      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
481: IC   CA   C    +N   +CA    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
482: IC   N    C    *CA  CB     0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
483: IC   N    CA   CB   CG     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
484: IC   CA   CB   CG   CD2    0.0000    0.00   90.00    0.00   0.0000 
485: IC   CD2  CB   *CG  ND1    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
486: IC   CD2  CG   ND1  CE1    0.0000    0.00    0.00    0.00   0.0000 
487: IC   ND1  CG   CD2  NE2    0.0000    0.00    0.00    0.00   0.0000 
488: IC   CE1  CG   *ND1 HD1    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
489: IC   CE1  CD2  *NE2 HE2    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
490:  
491: RESI ILE     0.00000 
492: GROU 
493: ATOM N    NH1    -0.35 
494: ATOM H    H       0.25 
495: ATOM CA   CH1E    0.10 
496: GROU 
497: ATOM CB   CH1E    0.00 
498: ATOM CG2  CH3E    0.00 
499: GROU 
500: ATOM CG1  CH2E    0.00 
501: ATOM CD   CH3E    0.00 
502: GROU 
503: ATOM C    C       0.55 
504: ATOM O    O      -0.55 
505: BOND N    CA        CA   C         C    +N        C    O         N    H 
506: BOND CA   CB        CB   CG1       CB   CG2       CG1  CD 
507: DIHE -C   N    CA   C         N    CA   C    +N        CA   C    +N   +CA 
508: DIHE N    CA   CB   CG1       CA   CB   CG1  CD 
509: IMPH N    -C   CA   H         C    CA   +N   O         CA   N    C    CB 
510: IMPH CB   CG1  CG2  CA 
511: DONO  H     N 
512: ACCE O  C 
513: IC   -C   CA   *N   H      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
514: IC   -C   N    CA   C      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
515: IC   N    CA   C    +N     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
516: IC   +N   CA   *C   O      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
517: IC   CA   C    +N   +CA    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
518: IC   N    C    *CA  CB     0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
519: IC   N    CA   CB   CG1    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
520: IC   CA   CB   CG1  CD     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
521: IC   CG1  CA   *CB  CG2    0.0000    0.00 -120.00    0.00   0.0000 
522:  
523: RESI LEU     0.00000 
524: GROU 
525: ATOM N    NH1    -0.35 
526: ATOM H    H       0.25 
527: ATOM CA   CH1E    0.10 
528: GROU 
529: ATOM CB   CH2E    0.00 
530: ATOM CG   CH1E    0.00 
531: ATOM CD1  CH3E    0.00 
532: ATOM CD2  CH3E    0.00 
533: GROU 
534: ATOM C    C       0.55 
535: ATOM O    O      -0.55 
536: BOND N    CA        CA   C         C    +N        C    O         N    H 
537: BOND CA   CB        CB   CG        CG   CD1       CG   CD2 
538: DIHE -C   N    CA   C         N    CA   C    +N        CA   C    +N   +CA 
539: DIHE N    CA   CB   CG        CA   CB   CG   CD2   CA   CB   CG   CD1 
540: IMPH N    -C   CA   H         C    CA   +N   O         CA   N    C    CB 
541: IMPH CG   CD2  CD1  CB 
542: DONO  H     N 
543: ACCE O  C 
544: IC   -C   CA   *N   H      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
545: IC   -C   N    CA   C      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
546: IC   N    CA   C    +N     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
547: IC   +N   CA   *C   O      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
548: IC   CA   C    +N   +CA    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
549: IC   N    C    *CA  CB     0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
550: IC   N    CA   CB   CG     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
551: IC   CA   CB   CG   CD1    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
552: IC   CD1  CB   *CG  CD2    0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
553:  
554: RESI LYS     1.00000 
555: GROU 
556: ATOM N    NH1    -0.35 
557: ATOM H    H       0.25 
558: ATOM CA   CH1E    0.10 
559: GROU 
560: ATOM CB   CH2E    0.00 
561: ATOM CG   CH2E    0.00 
562: ATOM CD   CH2E    0.00 
563: GROU 
564: ATOM CE   CH2E    0.25 
565: ATOM NZ   NH3    -0.30 
566: ATOM HZ1  HC      0.35 
567: ATOM HZ2  HC      0.35 
568: ATOM HZ3  HC      0.35 
569: GROU 
570: ATOM C    C       0.55 
571: ATOM O    O      -0.55 
572: BOND N    CA        CA   C         C    +N        C    O         N    H 
573: BOND CA   CB        CB   CG        CG   CD        CD   CE        CE   NZ 
574: BOND NZ   HZ1       NZ   HZ2       NZ   HZ3 
575: DIHE -C   N    CA   C         N    CA   C    +N        CA   C    +N   +CA 
576: DIHE N    CA   CB   CG        CA   CB   CG   CD        CB   CG   CD   CE 
577: DIHE CG   CD   CE   NZ        CD   CE   NZ   HZ1       CD   CE   NZ   HZ2 
578: DIHE CD   CE   NZ   HZ3 
579: IMPH N    -C   CA   H         C    CA   +N   O         CA   N    C    CB 
580: DONO  H     N 
581: DONO  HZ1   NZ 
582: DONO  HZ2   NZ 
583: DONO  HZ3   NZ 
584: ACCE O  C 
585: IC   -C   CA   *N   H      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
586: IC   -C   N    CA   C      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
587: IC   N    CA   C    +N     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
588: IC   +N   CA   *C   O      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
589: IC   CA   C    +N   +CA    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
590: IC   N    C    *CA  CB     0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
591: IC   N    CA   CB   CG     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
592: IC   CA   CB   CG   CD     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
593: IC   CB   CG   CD   CE     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
594: IC   CG   CD   CE   NZ     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
595: IC   CD   CE   NZ   HZ1    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
596: IC   HZ1  CE   *NZ  HZ2    0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
597: IC   HZ2  CE   *NZ  HZ3    0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
598:  
599: RESI MET     0.00000 
600: GROU 
601: ATOM N    NH1    -0.35 
602: ATOM H    H       0.25 
603: ATOM CA   CH1E    0.10 
604: GROU 
605: ATOM CB   CH2E    0.00 
606: GROU 
607: ATOM CG   CH2E    0.06 
608: ATOM SD   S      -0.12 
609: ATOM CE   CH3E    0.06 
610: GROU 
611: ATOM C    C       0.55 
612: ATOM O    O      -0.55 
613: BOND N    CA        CA   C         C    +N        C    O         N    H 
614: BOND CA   CB        CB   CG        CG   SD        SD   CE 
615: DIHE -C   N    CA   C         N    CA   C    +N        CA   C    +N   +CA 
616: DIHE N    CA   CB   CG        CA   CB   CG   SD        CB   CG   SD   CE 
617: IMPH N    -C   CA   H         C    CA   +N   O         CA   N    C    CB 
618: DONO  H     N 
619: ACCE O  C 
620: IC   -C   CA   *N   H      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
621: IC   -C   N    CA   C      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
622: IC   N    CA   C    +N     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
623: IC   +N   CA   *C   O      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
624: IC   CA   C    +N   +CA    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
625: IC   N    C    *CA  CB     0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
626: IC   N    CA   CB   CG     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
627: IC   CA   CB   CG   SD     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
628: IC   CB   CG   SD   CE     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
629:  
630: ! Penicillamine 
631: RESI PEN     0.00000 
632: GROU 
633: ATOM N    NH1    -0.35 
634: ATOM H    H       0.25 
635: ATOM CA   CH1E    0.10 
636: GROU 
637: ATOM CB   CT      0.19 
638: ATOM CG1  CH3E    0.0 
639: ATOM CG2  CH3E    0.0 
640: ATOM SG   SH1E   -0.19 
641: GROU 
642: ATOM C    C       0.55 
643: ATOM O    O      -0.55 
644: BOND N    CA        CA   C         C    +N        C    O         N    H 
645: BOND CA   CB        CB   SG        CB   CG1       CB   CG2 
646: DIHE -C   N    CA   C         N    CA   C    +N        CA   C    +N   +CA 
647: DIHE N    CA   CB   SG 
648: IMPH N    -C   CA   H         C    CA   +N   O         CA   N    C    CB 
649: DONO  H     N 
650: ACCE O  C 
651: IC   -C   CA   *N   H      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
652: IC   -C   N    CA   C      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
653: IC   N    CA   C    +N     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
654: IC   +N   CA   *C   O      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
655: IC   CA   C    +N   +CA    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
656: IC   N    C    *CA  CB     0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
657: IC   N    CA   CB   SG     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
658: IC   SG   CA   *CB  CG1    0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
659: IC   SG   CA   *CB  CG2    0.0000    0.00 -120.00    0.00   0.0000 
660:  
661: RESI PHE     0.00000 
662: GROU 
663: ATOM N    NH1    -0.35 
664: ATOM H    H       0.25 
665: ATOM CA   CH1E    0.10 
666: GROU 
667: ATOM CB   CH2E    0.00 
668: ATOM CG   C       0.00    CZ 
669: ATOM CD1  CR1E    0.00    CE2 
670: ATOM CD2  CR1E    0.00    CE1 
671: GROU 
672: ATOM CE1  CR1E    0.00 
673: ATOM CE2  CR1E    0.00 
674: ATOM CZ   CR1E    0.00 
675: GROU 
676: ATOM C    C       0.55 
677: ATOM O    O      -0.55 
678: BOND N    CA        CA   C         C    +N        C    O         N    H 
679: BOND CA   CB        CB   CG        CG   CD1       CG   CD2       CD1  CE1 
680: BOND CD2  CE2       CE1  CZ        CE2  CZ 
681: DIHE -C   N    CA   C         N    CA   C    +N        CA   C    +N   +CA 
682: DIHE N    CA   CB   CG         
683: DIHE CA   CB   CG   CD1 ! SAT 
684: DIHE CA   CB   CG   CD2 ! SAT 
685: IMPH N    -C   CA   H         C    CA   +N   O         CA   N    C    CB 
686: IMPH CG   CD1  CE1  CZ        CD1  CE1  CZ   CE2       CE1  CZ   CE2  CD2 
687: IMPH CZ   CE2  CD2  CG        CE2  CD2  CG   CD1       CD2  CG   CD1  CE1 
688: IMPH CG   CD1  CD2  CB 
689: DONO  H     N 
690: ACCE O  C 
691: IC   -C   CA   *N   H      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
692: IC   -C   N    CA   C      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
693: IC   N    CA   C    +N     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
694: IC   +N   CA   *C   O      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
695: IC   CA   C    +N   +CA    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
696: IC   N    C    *CA  CB     0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
697: IC   N    CA   CB   CG     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
698: IC   CA   CB   CG   CD1    0.0000    0.00   90.00    0.00   0.0000 
699: IC   CD1  CB   *CG  CD2    0.0000  120.00  180.00  120.00   0.0000 
700: IC   CD1  CG   CD2  CE2    0.0000  120.00    0.00  120.00   0.0000 
701: IC   CD2  CG   CD1  CE1    0.0000  120.00    0.00  120.00   0.0000 
702: IC   CG   CD1  CE1  CZ     0.0000  120.00    0.00  120.00   0.0000 
703:  
704: RESI PRO     0.00000 
705: GROU 
706: ATOM N    N      -0.20 
707: ATOM CD   CH2E    0.10 
708: ATOM CA   CH1E    0.10 
709: GROU 
710: ATOM CB   CH2E    0.00 
711: ATOM CG   CH2E    0.00 
712: GROU 
713: ATOM C    C       0.55 
714: ATOM O    O      -0.55 
715: BOND N    CA        CA   C         C    +N        C    O         N    CD 
716: BOND CA   CB        CB   CG        CG   CD 
717: DIHE -C   N    CA   C         N    CA   C    +N        CA   C    +N   +CA 
718: DIHE N    CA   CB   CG        CA   CB   CG   CD        CB   CG   CD   N 
719: DIHE CG   CD   N    CA 
720: IMPH N    CA   CD   -C        C    CA   +N   O         CA   N    C    CB 
721: ACCE O  C 
722: IC   -C   CA   *N   CD     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
723: IC   -C   N    CA   C      0.0000    0.00  -60.00    0.00   0.0000 
724: IC   N    CA   C    +N     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
725: IC   +N   CA   *C   O      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
726: IC   CA   C    +N   +CA    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
727: IC   C    N    *CA  CB     0.0000    0.00 -120.00    0.00   0.0000 
728: IC   N    CA   CB   CG     0.0000    0.00    0.00  108.00   0.0000 
729: PATC FIRS PROP 
730:  
731: RESI SER     0.00000 
732: GROU 
733: ATOM N    NH1    -0.35 
734: ATOM H    H       0.25 
735: ATOM CA   CH1E    0.10 
736: GROU 
737: ATOM CB   CH2E    0.25 
738: ATOM OG   OH1    -0.65 
739: ATOM HG   H       0.40 
740: GROU 
741: ATOM C    C       0.55 
742: ATOM O    O      -0.55 
743: BOND N    CA        CA   C         C    +N        C    O         N    H 
744: BOND CA   CB        CB   OG        OG   HG 
745: DIHE -C   N    CA   C         N    CA   C    +N        CA   C    +N   +CA 
746: DIHE N    CA   CB   OG        CA   CB   OG   HG 
747: IMPH N    -C   CA   H         C    CA   +N   O         CA   N    C    CB 
748: DONO  H     N 
749: DONO  HG    OG 
750: ACCE OG 
751: ACCE O  C 
752: IC   -C   CA   *N   H      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
753: IC   -C   N    CA   C      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
754: IC   N    CA   C    +N     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
755: IC   +N   CA   *C   O      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
756: IC   CA   C    +N   +CA    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
757: IC   N    C    *CA  CB     0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
758: IC   N    CA   CB   OG     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
759: IC   CA   CB   OG   HG     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
760:  
761: RESI THR     0.00000 
762: GROU 
763: ATOM N    NH1    -0.35 
764: ATOM H    H       0.25 
765: ATOM CA   CH1E    0.10 
766: GROU 
767: ATOM CB   CH1E    0.25 
768: ATOM OG1  OH1    -0.65 
769: ATOM HG1  H       0.40 
770: GROU 
771: ATOM CG2  CH3E    0.00 
772: GROU 
773: ATOM C    C       0.55 
774: ATOM O    O      -0.55 
775: BOND N    CA        CA   C         C    +N        C    O         N    H 
776: BOND CA   CB        CB   OG1       CB   CG2       OG1  HG1 
777: DIHE -C   N    CA   C         N    CA   C    +N        CA   C    +N   +CA 
778: DIHE N    CA   CB   OG1       CA   CB   OG1  HG1 
779: IMPH N    -C   CA   H         C    CA   +N   O         CA   N    C    CB 
780: IMPH CB   OG1  CG2  CA 
781: DONO  H     N 
782: DONO  HG1  OG1 
783: ACCE OG1 
784: ACCE O  C 
785: IC   -C   CA   *N   H      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
786: IC   -C   N    CA   C      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
787: IC   N    CA   C    +N     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
788: IC   +N   CA   *C   O      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
789: IC   CA   C    +N   +CA    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
790: IC   N    C    *CA  CB     0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
791: IC   N    CA   CB   OG1    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
792: IC   OG1  CA   *CB  CG2    0.0000    0.00 -120.00    0.00   0.0000 
793: IC   CA   CB   OG1  HG1    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
794:  
795: RESI TRP     0.00000 
796: GROU 
797: ATOM N    NH1    -0.35 
798: ATOM H    H       0.25 
799: ATOM CA   CH1E    0.10 
800: GROU 
801: ATOM CB   CH2E    0.00 
802: GROU 
803: ATOM CG   C      -0.03     CD1  CD2  NE1  CE2  CE3  CZ2  CZ3  CH2 
804: ATOM CD2  C       0.10     NE1  CE2  CE3  CZ2  CZ3  CH2 
805: ATOM CE2  C      -0.04     CE3  CZ2  CZ3  CH2 
806: ATOM CE3  CR1E   -0.03     CZ2  CZ3  CH2 
807: GROU 
808: ATOM CD1  CR1E    0.06     CD2  NE1  CE2  CE3  CZ2  CZ3  CH2 
809: ATOM NE1  NH1    -0.36     CE2  CE3  CZ2  CZ3  CH2 
810: ATOM HE1  H       0.30 
811: GROU 
812: ATOM CZ2  CR1E    0.00     CZ3  CH2 
813: ATOM CZ3  CR1E    0.00     CH2 
814: ATOM CH2  CR1E    0.00 
815: GROU 
816: ATOM C    C       0.55 
817: ATOM O    O      -0.55 
818: BOND N    CA        CA   C         C    +N        C    O         N    H 
819: BOND CA   CB        CB   CG        CG   CD1       CG   CD2       CD1  NE1 
820: BOND CD2  CE2       NE1  HE1       NE1  CE2       CD2  CE3       CE2  CZ2 
821: BOND CE3  CZ3       CZ2  CH2       CZ3  CH2 
822: ! The ring angles are only assigned for the five and six member rings. 
823: ! The angles CG CD2 CE3  and NE1 CE2 CZ2 are left out to avoid conflicts 
824: ! with the histidine angle parameters and to preserve symmetry. 
825: DIHE -C   N    CA   C         N    CA   C    +N        CA   C    +N   +CA 
826: DIHE N    CA   CB   CG        CA   CB   CG   CD1 
827: ! The following dihedrals span the rings and keep them parallel. 
828: DIHE CD1  CE2  CD2  CZ3       CD1  CD2  CE2  CH2 
829: DIHE CZ2  CE2  CD2  CG        CE3  CD2  CE2  NE1 
830: IMPH N    -C   CA   H         C    CA   +N   O         CA   N    C    CB 
831: IMPH CG   CD1  CD2  CB        NE1  CD1  CE2  HE1       CD2  CE2  CZ2  CH2 
832: IMPH CE2  CZ2  CH2  CZ3       CZ2  CH2  CZ3  CE3       CH2  CZ3  CE3  CD2 
833: IMPH CZ3  CE3  CD2  CE2       CE3  CD2  CE2  CZ2       CG   CD1  NE1  CE2 
834: IMPH CD1  NE1  CE2  CD2       NE1  CE2  CD2  CG        CE2  CD2  CG   CD1 
835: IMPH CD2  CG   CD1  NE1 
836: ! These impropers are skipped IMPH CD2  CG   CE3  CE2       CE2  CZ2  NE1  CD2 
837: ! because the rings are kept flat by the proper dihedrals noted above. 
838: DONO  H     N 
839: DONO  HE1   NE1 
840: ACCE O  C 
841: IC   -C   CA   *N   H      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
842: IC   -C   N    CA   C      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
843: IC   N    CA   C    +N     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
844: IC   +N   CA   *C   O      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
845: IC   CA   C    +N   +CA    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
846: IC   N    C    *CA  CB     0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
847: IC   N    CA   CB   CG     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
848: IC   CA   CB   CG   CD2    0.0000    0.00   90.00  127.45   1.3673 
849: IC   CD2  CB   *CG  CD1    1.3673  127.45  180.00  121.78   1.3815 
850: IC   CD1  CG   CD2  CE2    1.3815  110.77    0.00  102.51   1.3551 
851: IC   CD2  CG   CD1  NE1    1.3673  110.77    0.00  106.30   1.3203 
852: IC   CE2  CD1  *NE1 HE1    1.3374  108.05  180.00  125.46   0.9802 
853: IC   CE2  CG   *CD2 CE3    1.3551  102.51  180.00  134.73   1.3728 
854: IC   CE2  CD2  CE3  CZ3    1.3551  122.76    0.00  115.22   1.3882 
855: IC   CE3  CD2  CE2  CZ2    1.3728  122.76    0.00  123.56   1.3712 
856: IC   CD2  CE2  CZ2  CH2    1.3551  123.56    0.00  114.96   1.3877 
857:  
858: RESI TYR     0.00000 
859: GROU 
860: ATOM N    NH1    -0.35 
861: ATOM H    H       0.25 
862: ATOM CA   CH1E    0.10 
863: GROU 
864: ATOM CB   CH2E    0.00 
865: ATOM CG   C       0.00    CZ 
866: GROU 
867: ATOM CD1  CR1E    0.00    CE2 
868: ATOM CE1  CR1E    0.00    CD2 
869: GROU 
870: ATOM CD2  CR1E    0.00 
871: ATOM CE2  CR1E    0.00 
872: GROU 
873: ATOM CZ   C       0.25 
874: ATOM OH   OH1    -0.65 
875: ATOM HH   H       0.40 
876: GROU 
877: ATOM C    C       0.55 
878: ATOM O    O      -0.55 
879: BOND N    CA        CA   C         C    +N        C    O         N    H 
880: BOND CA   CB        CB   CG        CG   CD1       CG   CD2       CD1  CE1 
881: BOND CD2  CE2       CE1  CZ        CE2  CZ        CZ   OH        OH   HH 
882: DIHE -C   N    CA   C         N    CA   C    +N        CA   C    +N   +CA 
883: DIHE N    CA   CB   CG 
884: DIHE CA   CB   CG   CD1       CE1  CZ   OH   HH ! SAT 
885: DIHE CA   CB   CG   CD2       CE2  CZ   OH   HH ! SAT 
886: IMPH N    -C   CA   H         C    CA   +N   O         CA   N    C    CB 
887: IMPH CG   CD1  CD2  CB        CZ   CE1  CE2  OH        CG   CD1  CE1  CZ 
888: IMPH CD1  CE1  CZ   CE2       CE1  CZ   CE2  CD2       CZ   CE2  CD2  CG 
889: IMPH CE2  CD2  CG   CD1       CD2  CG   CD1  CE1 
890: DONO  H     N 
891: DONO  HH    OH 
892: ACCE OH 
893: ACCE O  C 
894: IC   -C   CA   *N   H      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
895: IC   -C   N    CA   C      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
896: IC   N    CA   C    +N     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
897: IC   +N   CA   *C   O      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
898: IC   CA   C    +N   +CA    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
899: IC   N    C    *CA  CB     0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
900: IC   N    CA   CB   CG     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
901: IC   CA   CB   CG   CD1    0.0000    0.00   90.00    0.00   0.0000 
902: IC   CD1  CB   *CG  CD2    0.0000  120.00  180.00  120.00   0.0000 
903: IC   CD2  CG   CD1  CE1    0.0000  120.00    0.00  120.00   0.0000 
904: IC   CD1  CG   CD2  CE2    0.0000  120.00    0.00  120.00   0.0000 
905: IC   CG   CD1  CE1  CZ     0.0000  120.00    0.00  120.00   0.0000 
906: IC   CE2  CE1  *CZ  OH     0.0000  120.00  180.00  120.00   0.0000 
907: IC   CE1  CZ   OH   HH     0.0000  120.00  180.00    0.00   0.0000 
908:  
909: RESI VAL     0.00000 
910: GROU 
911: ATOM N    NH1    -0.35 
912: ATOM H    H       0.25 
913: ATOM CA   CH1E    0.10 
914: GROU 
915: ATOM CB   CH1E    0.00 
916: ATOM CG1  CH3E    0.00 
917: ATOM CG2  CH3E    0.00 
918: GROU 
919: ATOM C    C       0.55 
920: ATOM O    O      -0.55 
921: BOND N    CA        CA   C         C    +N        C    O         N    H 
922: BOND CA   CB        CB   CG1       CB   CG2 
923: DIHE -C   N    CA   C         N    CA   C    +N        CA   C    +N   +CA 
924: DIHE N    CA   CB   CG1       N    CA   CB   CG2 
925: IMPH N    -C   CA   H         C    CA   +N   O         CA   N    C    CB 
926: IMPH CB   CG2  CG1  CA 
927: DONO  H     N 
928: ACCE O C 
929: IC   -C   CA   *N   H      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
930: IC   -C   N    CA   C      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
931: IC   N    CA   C    +N     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
932: IC   +N   CA   *C   O      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
933: IC   CA   C    +N   +CA    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
934: IC   N    C    *CA  CB     0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
935: IC   N    CA   CB   CG1    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
936: IC   CG1  CA   *CB  CG2    0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
937:  
938:  
939: RESI HEME   -2.00000 
940: GROU 
941: ATOM FE   FE      0.24 
942: ATOM NA   NP     -0.18 
943: ATOM NB   NP     -0.18 
944: ATOM NC   NP     -0.18 
945: ATOM ND   NP     -0.18 
946: GROU 
947: ATOM C1A  C       0.03 
948: ATOM CHA  CR1E    0.04 
949: ATOM C4D  C       0.02 
950: GROU 
951: ATOM C1B  C       0.03 
952: ATOM CHB  CR1E    0.04 
953: ATOM C4A  C       0.02 
954: GROU 
955: ATOM C1C  C       0.03 
956: ATOM CHC  CR1E    0.04 
957: ATOM C4B  C       0.02 
958: GROU 
959: ATOM C1D  C       0.03 
960: ATOM CHD  CR1E    0.04 
961: ATOM C4C  C       0.02 
962: GROU 
963: ATOM C2A  C      -0.02 
964: ATOM CAA  CH2E    0.04 
965: GROU 
966: ATOM C3A  C       0.02 
967: ATOM CMA  CH3E   -0.04 
968: GROU 
969: ATOM CBA  CH2E   -0.10 
970: ATOM CGA  C       0.30 
971: ATOM O1A  OC     -0.50 
972: ATOM O2A  OC     -0.50 
973: GROU 
974: ATOM C2B  C       0.02 
975: ATOM CMB  CH3E   -0.04 
976: GROU 
977: ATOM C3B  C      -0.05 
978: ATOM CAB  CR1E    0.03 
979: ATOM CBB  CH2E   -0.10 
980: GROU 
981: ATOM C2C  C       0.02 
982: ATOM CMC  CH3E   -0.04 
983: GROU 
984: ATOM C3C  C      -0.05 
985: ATOM CAC  CR1E    0.03 
986: ATOM CBC  CH2E   -0.10 
987: GROU 
988: ATOM C2D  C       0.02 
989: ATOM CMD  CH3E   -0.04 
990: GROU 
991: ATOM C3D  C      -0.02 
992: ATOM CAD  CH2E    0.04 
993: GROU 
994: ATOM CBD  CH2E   -0.10 
995: ATOM CGD  C       0.30 
996: ATOM O1D  OC     -0.50 
997: ATOM O2D  OC     -0.50 
998: BOND FE   NA        FE   NB        FE   NC        FE   ND        NA   C1A 
999: BOND C1A  C2A       C2A  C3A       C3A  C4A       NA   C4A       C2A  CAA 
1000: BOND CAA  CBA       CBA  CGA       CGA  O1A       CGA  O2A       C3A  CMA 
1001: BOND CHB  C4A       CHB  C1B       NB   C1B       C1B  C2B       C2B  C3B 
1002: BOND C3B  C4B       NB   C4B       C2B  CMB       C3B  CAB       CAB  CBB 
1003: BOND CHC  C4B       CHC  C1C       NC   C1C       C1C  C2C       C2C  C3C 
1004: BOND C3C  C4C       NC   C4C       C2C  CMC       C3C  CAC       CAC  CBC 
1005: BOND CHD  C4C       CHD  C1D       ND   C1D       C1D  C2D       C2D  C3D 
1006: BOND C3D  C4D       ND   C4D       C2D  CMD       C3D  CAD       CAD  CBD 
1007: BOND CBD  CGD       CGD  O1D       CGD  O2D       CHA  C4D       CHA  C1A 
1008: DIHE NA   C4A  CHB  C1B       C4A  CHB  C1B  NB        NB   C4B  CHC  C1C 
1009: DIHE C4B  CHC  C1C  NC        NC   C4C  CHD  C1D       C4C  CHD  C1D  ND 
1010: DIHE ND   C4D  CHA  C1A       C4D  CHA  C1A  NA        C1A  C2A  CAA  CBA 
1011: DIHE C2A  CAA  CBA  CGA       CAA  CBA  CGA  O1A       C2B  C3B  CAB  CBB 
1012: DIHE C2C  C3C  CAC  CBC       C2D  C3D  CAD  CBD       C3D  CAD  CBD  CGD 
1013: DIHE CAD  CBD  CGD  O1D 
1014: IMPH FE   C1A  C4A  NA        FE   C1B  C4B  NB        FE   C1C  C4C  NC 
1015: IMPH FE   C1D  C4D  ND        CHA  NA   C2A  C1A       CHB  NA   C3A  C4A 
1016: IMPH CHB  NB   C2B  C1B       CHC  NB   C3B  C4B       CHC  NC   C2C  C1C 
1017: IMPH CHD  NC   C3C  C4C       CHD  ND   C2D  C1D       CHA  ND   C3D  C4D 
1018: IMPH C2A  C1A  C3A  CAA       C3A  C2A  C4A  CMA       C2B  C1B  C3B  CMB 
1019: IMPH C3B  C2B  C4B  CAB       C2C  C1C  C3C  CMC       C3C  C2C  C4C  CAC 
1020: IMPH C2D  C1D  C3D  CMD       C3D  C2D  C4D  CAD       CBA  O1A  O2A  CGA 
1021: IMPH CBD  O1D  O2D  CGD 
1022: ACCE NA 
1023: ACCE O1A CGA 
1024: ACCE O2A CGA 
1025: ACCE NB 
1026: ACCE NC 
1027: ACCE ND 
1028: ACCE O1D CGD 
1029: ACCE O2D CGD 
1030: PATC  FIRS NONE LAST NONE 
1031:  
1032: RESI ACE     0.00000 ! Acetyl blocking group with standard naming. 
1033: GROU 
1034: ATOM CH3  CH3E    0.00 
1035: GROU 
1036: ATOM C    C       0.55 
1037: ATOM O    O      -0.55 
1038: BOND CH3  C         C    +N        C    O 
1039: DIHE CH3  C    +N   +CA 
1040: IMPH C    CH3  +N   O 
1041: ACCE O C 
1042: IC   +N   CH3  *C   O      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
1043: IC   CH3  C    +N   +CA    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
1044: PATC  FIRS NONE LAST NONE 
1045:  
1046: ! 
1047: ! formamide. Charges according to Reiher (from States?) 
1048: RESI FORM    0.00000 
1049: GROU 
1050: ATOM HA   HA      0.00 
1051: GROU 
1052: ATOM C    C       0.55 
1053: ATOM O    O      -0.55 
1054: GROU 
1055: ATOM N    NH2    -0.60 
1056: ATOM H1   H       0.30 
1057: ATOM H2   H       0.30 
1058: BOND HA   C         C     N        C    O 
1059: BOND N    H2        N    H1 
1060: DIHE HA   C     N    H2 
1061: IMPH C    HA    N   O 
1062: IMPH N     C   H2   H1 
1063: ACCE O  C 
1064: DONO  H1   N 
1065: IC    N   HA   *C   O      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
1066: IC   HA   C     N    H2    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
1067: IC    C   H2   *N   H1     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
1068: PATC  FIRS NONE LAST NONE 
1069:  
1070: RESI AMN     0.00000 
1071: GROU 
1072: ATOM CL   CH3E    0.00 
1073: GROU 
1074: ATOM C    C       0.55 
1075: ATOM O    O      -0.55 
1076: BOND CL   C         C    +N        C    O 
1077: DIHE CL   C    +N   +CA 
1078: IMPH C    CL   +N   O 
1079: ACCE O C 
1080: IC   +N   CL   *C   O      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
1081: IC   CL   C    +N   +CA    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
1082: PATC  FIRS NONE LAST NONE 
1083:  
1084: RESI CBX     0.00000 
1085: GROU 
1086: ATOM N    NH1    -0.35 
1087: ATOM H    H       0.25 
1088: ATOM CA   CH3E    0.10 
1089: BOND N    CA        N    H 
1090: IMPH N    -C   CA   H 
1091: DONO  H    N 
1092: IC   -C   CA   *N   H      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
1093: PATC  FIRS NONE LAST NONE 
1094:  
1095: PRES NTER    1.00000 
1096: GROU 
1097: ATOM HT1  HC      0.35 
1098: ATOM HT2  HC      0.35 
1099: ATOM N    NH3    -0.30 
1100: ATOM HT3  HC      0.35 
1101: DELETE ATOM H 
1102: ATOM CA   CH1E    0.25 
1103: BOND HT1  N         HT2  N    HT3  N 
1104: DIHE HT2  N    CA   C         HT1  N    CA   C         HT3  N    CA   C 
1105: DONO  HT1   N 
1106: DONO  HT2   N 
1107: DONO  HT3   N 
1108: IC   HT1  N    CA   C      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
1109: IC   HT2  CA   *N   HT1    0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
1110: IC   HT3  CA   *N   HT2    0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
1111:  
1112: PRES GLYP    1.00000 
1113: GROUP 
1114: ATOM HT1  HC      0.35 
1115: ATOM HT2  HC      0.35 
1116: ATOM N    NH3    -0.30 
1117: ATOM HT3  HC      0.35 
1118: DELETE ATOM H 
1119: ATOM CA   CH2E    0.25 
1120: BOND HT1  N         HT2  N    HT3  N 
1121: DIHE HT2  N    CA   C         HT1  N    CA   C         HT3  N    CA   C 
1122: DONO  HT1   N 
1123: DONO  HT2   N 
1124: DONO  HT3   N 
1125: IC   HT1  N    CA   C      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
1126: IC   HT2  CA   *N   HT1    0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
1127: IC   HT3  CA   *N   HT2    0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
1128:  
1129: PRES PROP    1.00000 
1130: GROUP 
1131: ATOM HT1  HC      0.35 
1132: ATOM HT2  HC      0.35 
1133: ATOM N    NH3    -0.20 
1134: ATOM CD   CH2E    0.25 
1135: ATOM CA   CH1E    0.25 
1136: BOND HT1  N         HT2  N 
1137: DIHE HT2  N    CA   C         HT1  N    CA   C 
1138: DONO  HT1   N 
1139: DONO  HT2   N 
1140: IC   HT1  CA   *N   CD     0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
1141: IC   HT2  CA   *N   HT1    0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
1142:  
1143: PRES CTER   -1.00000 
1144: GROU 
1145: ATOM C    C       0.14 
1146: ATOM OT1  OC     -0.57 
1147: ATOM OT2  OC     -0.57 
1148: DELETE ATOM O 
1149: BOND C    OT1       C    OT2 
1150: DIHE N    CA    C    OT2 
1151: IMPH C    OT1   OT2  CA ! SAT 
1152: ACCE OT1 C 
1153: ACCE OT2 C 
1154: IC   N    CA    C    OT2    0.0  0.0  180.0  0.0  0.0 
1155: IC   OT2  CA    *C   OT1    0.0  0.0  180.0  0.0  0.0 
1156:  
1157: PRES LINK  0.0  ! linkage for IMAGES or for joining segments 
1158: !       1 refers to previous (N terminal), 2 refers to next (C terminal) 
1159: BOND 1C   2N 
1160: THET 1C   2N   2CA            1CA  1C   2N 
1161: THET 1O   1C   2N             1C   2N   2H 
1162: DIHE 1C   2N   2CA  2C        1N   1CA  1C   2N        1CA  1C   2N   2CA 
1163: IMPH 2N   1C   2CA  2H        1C   1CA  2N   1O 
1164: IC   1N   1CA  1C   2N     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
1165: IC   2N   1CA  *1C  1O     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
1166: IC   1CA  1C   2N   2CA    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
1167: IC   1C   2N   2CA  2C     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
1168: IC   1C   2CA  *2N  2H     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
1169:  
1170: RESI O2      0.00000 
1171: GROUP 
1172: ATOM O1    OM      0.021 
1173: ATOM O2    OM     -0.021 
1174: BOND O1    O2 
1175: PATC  FIRS NONE LAST NONE 
1176:  
1177: RESI CO2P    0.00000 
1178: GROUP 
1179: ATOM C    CM      0.021 
1180: ATOM O    OM     -0.021 
1181: BOND C    O 
1182: PATC  FIRS NONE LAST NONE 
1183:  
1184: RESI CO      0.00000 
1185: GROUP 
1186: ATOM C    CM      0.021 
1187: ATOM O    OM     -0.021 
1188: BOND C    O 
1189: PATC  FIRS NONE LAST NONE 
1190:  
1191: RESI ETH     0.00000 
1192: GROU 
1193: ATOM C2   CH3E    0.00 
1194: GROU 
1195: ATOM C1   CH2E    0.25 
1196: ATOM O    OH1    -0.65 
1197: ATOM H    H       0.40 
1198: BOND C2   C1        C1   O         O    H 
1199: DIHE C2   C1   O    H 
1200: DONO  H     O 
1201: ACCE O 
1202: IC   C2   C1   O    H      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
1203: IC   C1   O    H    BLNK   0.0000    0.00    0.00    0.00   0.0000 
1204: PATC  FIRS NONE LAST NONE 
1205:  
1206: RESI ST2     .000   ! NOW INCLUDES THE LONE PAIRS GIVING 5 ATOMS FOR ST2 
1207: GROUP 
1208: ATOM OX2  OH2     .00 
1209: ATOM HX1  H       .24 
1210: ATOM HX2  H       .24 
1211: ATOM LX1  LP     -.24 
1212: ATOM LX2  LP     -.24 
1213: BOND OX2  HX1       OX2  HX2 
1214: BOND OX2  LX1       OX2  LX2 
1215: !                          NOTE: NO DONORS OR ACCEPTORS FOR ST2 
1216: PATC  FIRS NONE LAST NONE 
1217:  
1218: RESI TIP3    .000   ! TIPS3P WATER MODEL 
1219: GROUP 
1220: ATOM OH2  OT     -0.834 
1221: ATOM H1   HT      0.417 
1222: ATOM H2   HT      0.417 
1223: BOND OH2  H1        OH2  H2        H1   H2  ! THE LAST BOND IS NEEDED FOR SHAKE 
1224: ANGLE  H1 OH2 H2 
1225: ACCE OH2 
1226: PATC  FIRS NONE LAST NONE 
1227:  
1228: RESI OH2    .000   ! TIPS3P WATER MODEL 
1229: GROUP 
1230: ATOM OH2  OT     -0.834 
1231: ATOM H1   HT      0.417 
1232: ATOM H2   HT      0.417 
1233: BOND OH2  H1        OH2  H2        H1   H2  ! THE LAST BOND IS NEEDED FOR SHAKE 
1234: ANGLE  H1 OH2 H2 
1235: ACCE OH2 
1236: PATC  FIRS NONE LAST NONE 
1237:  
1238: RESI SO4  -2.0 
1239: GROUP 
1240: ATOM S    S     0.0 
1241: ATOM O1   OC   -0.5 
1242: ATOM O2   OC   -0.5 
1243: ATOM O3   OC   -0.5 
1244: ATOM O4   OC   -0.5 
1245: BOND S O1    S O2    S O3    S O4 
1246: ACCE O1  S 
1247: ACCE O2  S 
1248: ACCE O3  S 
1249: ACCE O4  S 
1250: PATC FIRS NONE LAST NONE 
1251:  
1252: RESI COH     0.00000 
1253: GROU 
1254: ATOM C    CH3E    0.25 
1255: ATOM O    OH1    -0.65 
1256: ATOM H    H       0.40 
1257: BOND  C    O         O    H 
1258: DONO  H    O 
1259: ACCE O 
1260: IC   C    O    H    BLNK   0.0000    0.00    0.00    0.00   0.0000 
1261: PATC  FIRS NONE LAST NONE 
1262:  
1263: PRES DISU 0.000  ! PATCH FOR DISULFIDES. Patch must be 1-CYS and 2-CYS. 
1264: GROUP 
1265: ATOM 1CB  CH2E  0.19 
1266: ATOM 1SG  S    -0.19 
1267: GROUP 
1268: ATOM 2SG  S    -0.19 
1269: ATOM 2CB  CH2E  0.19 
1270: BOND 1SG 2SG 
1271: ANGLE  1CB 1SG 2SG      1SG 2SG 2CB 
1272: DIHE   1CA 1CB 1SG 2SG      1CB 1SG 2SG 2CB    1SG 2SG 2CB 2CA 
1273: IC     1CA 1CB 1SG 2SG    0.0  0.0  180.0  0.0  0.0 
1274: IC     1CB 1SG 2SG 2CB    0.0  0.0  180.0  0.0  0.0 
1275: IC     1SG 2SG 2CB 2CA    0.0  0.0  180.0  0.0  0.0 
1276:  
1277: PRES FHEM 0.0   ! FIX UP THE HEME BY DELETING UNWANTED ANGLES 
1278: DELETE ANGLE 2NA 2FE 2NC  2NB 2FE 2ND 
1279:  
1280: PRES PHEM  0.0  ! Patch for HEME. Patch residues must be 1-HIS, and 2-HEME. 
1281: BOND 1NE2 2FE 
1282: ANGL 1CD2  1NE2  2FE    1CE1  1NE2  2FE    1NE2  2FE  2NA    1NE2  2FE  2NB 
1283: ANGL 1NE2  2FE   2NC    1NE2  2FE   2ND 
1284: DELETE ANGLE 2NA 2FE 2NC  2NB 2FE 2ND 
1285: DIHE 1CD2  1NE2  2FE  2NA 
1286:  
1287: PRES PLO2 0.0 ! Patch residue for Heme ligand.  Residues must be 
1288: ! 1-O2 , 2-HEME , and 3-HIS 
1289: ! O1 of the oxygen is bonded to the iron. 
1290: BOND 1O1  2FE 
1291: !ANGL 1O1  2FE  3NE2 
1292: ANGL 1O2  1O1  2FE    1O1  2FE  2NA    1O1  2FE  2NB 
1293: ANGL 1O1  2FE  2NC     1O1  2FE 2ND 
1294: DIHE 1O2  1O1  2FE  2NA 
1295:  
1296: PRES PLIG 0.0 ! Patch residue for Heme ligand. Residues must be, 
1297: !                           1-CO , 2-HEME , and 3-HIS 
1298: BOND 1C  2FE 
1299: !ANGL 1C  2FE  3NE2 
1300: ANGL 1O  1C  2FE    1C  2FE  2NA    1C  2FE  2NB 
1301: ANGL 1C  2FE  2NC     1C  2FE 2ND 
1302: DIHE 1O  1C  2FE  2NA 
1303:  
1304: PRES LTOD 0.0 
1305: DELE IMPR 1CA 1N 1C 1CB 
1306: IMPR 1CA 1C 1N 1CB 
1307:  
1308: PRES HS2          0.00 ! Patch for neutral His, move proton from ND1 to NE2 
1309: !                 
1310: !                  
1311: !          ND1--CE1 
1312: !         /      | 
1313: !  -CB--CG       | 
1314: !         \      | 
1315: !          CD2--NE2 
1316: !                 \ 
1317: !                 HE2 
1318: GROUP 
1319: ATOM CG   C       0.10 
1320: ATOM ND1  NR     -0.40 
1321: ATOM CE1  CR1E    0.30 
1322: GROU 
1323: ATOM CD2  CR1E    0.10 
1324: ATOM NE2  NH1    -0.40 
1325: ATOM HE2  H       0.30 
1326: DELETE ATOM HD1 
1327: DELETE ACCE NE2 
1328: BOND NE2 HE2 
1329: ANGLE  CE1 NE2 HE2 CD2 NE2 HE2 
1330: IMPR NE2 CE1 CD2 HE2 
1331: DONOR HE2 NE2 
1332: ACCEPTOR ND1 
1333: IC CE1  CD2  *NE2 HE2   0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000 
1334:  
1335:  
1336: END 


legend
Lines Added 
Lines changed
 Lines Removed

hdiff - version: 2.1.0