hdiff output

r25487/top_all22_prot_cmap_perm.inp 2017-01-21 10:34:05.786250000 +0000 r25486/top_all22_prot_cmap_perm.inp 2017-01-21 10:34:06.086250000 +0000
  1: *>>>>>>>>CHARMM22 All-Hydrogen Topology File for Proteins <<<<<<  1: svn: E195012: Unable to find repository location for 'svn+ssh://svn.ch.private.cam.ac.uk/groups/wales/trunk/CHARMM35/toppar/top_all22_prot_cmap_perm.inp' in revision 25486
  2: *>>>>> Includes phi, psi cross term map (CMAP) correction <<<<<<< 
  3: *>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> December, 2003 <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< 
  4: * All comments to ADM jr. via the CHARMM web site: www.charmm.org 
  5: *               parameter set discussion forum 
  6: * 
  7: 31  1 
  8:  
  9: ! references 
 10: ! 
 11: !PROTEINS 
 12: ! 
 13: !MacKerell, A.D., Jr,. Feig, M., Brooks, C.L., III, Extending the 
 14: !treatment of backbone energetics in protein force fields: limitations 
 15: !of gas-phase quantum mechanics in reproducing protein conformational 
 16: !distributions in molecular dynamics simulations, Journal of 
 17: !Computational Chemistry, 25: 1400-1415, 2004. 
 18: ! 
 19: !MacKerell, Jr., A. D.; Bashford, D.; Bellott, M.; Dunbrack Jr., R.L.; 
 20: !Evanseck, J.D.; Field, M.J.; Fischer, S.; Gao, J.; Guo, H.; Ha, S.; 
 21: !Joseph-McCarthy, D.; Kuchnir, L.; Kuczera, K.; Lau, F.T.K.; Mattos, 
 22: !C.; Michnick, S.; Ngo, T.; Nguyen, D.T.; Prodhom, B.; Reiher, III, 
 23: !W.E.; Roux, B.; Schlenkrich, M.; Smith, J.C.; Stote, R.; Straub, J.; 
 24: !Watanabe, M.; Wiorkiewicz-Kuczera, J.; Yin, D.; Karplus, M.  All-atom 
 25: !empirical potential for molecular modeling and dynamics Studies of 
 26: !proteins.  Journal of Physical Chemistry B, 1998, 102, 3586-3616. 
 27: ! 
 28: !IONS (see lipid and nucleic acid topology and parameter files for 
 29: !additional ions 
 30: ! 
 31: !ZINC 
 32: ! 
 33: !Roland H. Stote and Martin Karplus, Zinc Binding in Proteins and 
 34: !Solution: A Simple but Accurate Nonbonded Representation, PROTEINS: 
 35: !Structure, Function, and Genetics 23:12-31 (1995) 
 36: ! 
 37:  
 38: MASS     1 H      1.00800 H ! polar H 
 39: MASS     2 HC     1.00800 H ! N-ter H 
 40: MASS     3 HA     1.00800 H ! nonpolar H 
 41: MASS     4 HT     1.00800 H ! TIPS3P WATER HYDROGEN 
 42: MASS     5 HP     1.00800 H ! aromatic H 
 43: MASS     6 HB     1.00800 H ! backbone H 
 44: MASS     7 HR1    1.00800 H ! his he1, (+) his HG,HD2 
 45: MASS     8 HR2    1.00800 H ! (+) his HE1 
 46: MASS     9 HR3    1.00800 H ! neutral his HG, HD2 
 47: MASS    10 HS     1.00800 H ! thiol hydrogen 
 48: MASS    11 HE1    1.00800 H ! for alkene; RHC=CR 
 49: MASS    12 HE2    1.00800 H ! for alkene; H2C=CR 
 50: MASS    13 HA1    1.00800 H ! alkane, CH, new LJ params (see toppar_all22_prot_aliphatic_c27.str) 
 51: MASS    14 HA2    1.00800 H ! alkane, CH2, new LJ params (see toppar_all22_prot_aliphatic_c27.str) 
 52: MASS    15 HA3    1.00800 H ! alkane, CH3, new LJ params (see toppar_all22_prot_aliphatic_c27.str) 
 53: MASS    16 HF1    1.00800 H ! Aliphatic H on fluorinated C (see toppar_all22_prot_fluoro_alkanes.str) 
 54: MASS    17 HF2    1.00800 H ! Aliphatic H on fluorinated C (see toppar_all22_prot_fluoro_alkanes.str) 
 55: MASS    20 C     12.01100 C ! carbonyl C, peptide backbone 
 56: MASS    21 CA    12.01100 C ! aromatic C 
 57: MASS    22 CT1   12.01100 C ! aliphatic sp3 C for CH 
 58: MASS    23 CT2   12.01100 C ! aliphatic sp3 C for CH2 
 59: MASS    24 CT3   12.01100 C ! aliphatic sp3 C for CH3 
 60: MASS    25 CPH1  12.01100 C ! his CG and CD2 carbons 
 61: MASS    26 CPH2  12.01100 C ! his CE1 carbon 
 62: MASS    27 CPT   12.01100 C ! trp C between rings 
 63: MASS    28 CY    12.01100 C ! TRP C in pyrrole ring 
 64: MASS    29 CP1   12.01100 C ! tetrahedral C (proline CA) 
 65: MASS    30 CP2   12.01100 C ! tetrahedral C (proline CB/CG) 
 66: MASS    31 CP3   12.01100 C ! tetrahedral C (proline CD) 
 67: MASS    32 CC    12.01100 C ! carbonyl C, asn,asp,gln,glu,cter,ct2 
 68: MASS    33 CD    12.01100 C ! carbonyl C, pres aspp,glup,ct1 
 69: MASS    34 CPA   12.01100 C ! heme alpha-C 
 70: MASS    35 CPB   12.01100 C ! heme beta-C 
 71: MASS    36 CPM   12.01100 C ! heme meso-C 
 72: MASS    37 CM    12.01100 C ! heme CO carbon 
 73: MASS    38 CS    12.01100 C ! thiolate carbon 
 74: MASS    39 CE1   12.01100 C ! for alkene; RHC=CR 
 75: MASS    40 CE2   12.01100 C ! for alkene; H2C=CR 
 76: MASS    41 CST   12.01100 C ! CO2 carbon  
 77: MASS    42 CT    12.01100 C ! aliphatic sp3 C, new LJ params, no hydrogens (see toppar_all22_prot_aliphatic_c27.str) 
 78: MASS    43 CT1x  12.01100 C ! aliphatic sp3 C for CH, new LJ params (see toppar_all22_prot_aliphatic_c27.str) 
 79: MASS    44 CT2x  12.01100 C ! aliphatic sp3 C for CH2, new LJ params (see toppar_all22_prot_aliphatic_c27.str) 
 80: MASS    45 CT3x  12.01100 C ! aliphatic sp3 C for CH3, new LJ params (see toppar_all22_prot_aliphatic_c27.str) 
 81: MASS    46 CN    12.01100 C ! C for cyano group (see toppar_all22_prot_pyridines.str) 
 82: MASS    47 CAP   12.01100 C ! aromatic C for pyrimidines (see toppar_all22_prot_pyridines.str) 
 83: MASS    48 COA   12.01100 C ! carbonyl C for pyrimidines (see toppar_all22_prot_pyridines.str) 
 84: MASS    49 C3    12.01100 C ! cyclopropyl carbon 
 85: MASS    50 N     14.00700 N ! proline N 
 86: MASS    51 NR1   14.00700 N ! neutral his protonated ring nitrogen 
 87: MASS    52 NR2   14.00700 N ! neutral his unprotonated ring nitrogen 
 88: MASS    53 NR3   14.00700 N ! charged his ring nitrogen 
 89: MASS    54 NH1   14.00700 N ! peptide nitrogen 
 90: MASS    55 NH2   14.00700 N ! amide nitrogen 
 91: MASS    56 NH3   14.00700 N ! ammonium nitrogen 
 92: MASS    57 NC2   14.00700 N ! guanidinium nitroogen 
 93: MASS    58 NY    14.00700 N ! TRP N in pyrrole ring 
 94: MASS    59 NP    14.00700 N ! Proline ring NH2+ (N-terminal) 
 95: MASS    60 NPH   14.00700 N ! heme pyrrole N 
 96: MASS    61 NC    14.00700 N ! N for cyano group (see toppar_all22_prot_pyridines.str) 
 97: MASS    70 O     15.99900 O ! carbonyl oxygen 
 98: MASS    71 OB    15.99900 O ! carbonyl oxygen in acetic acid 
 99: MASS    72 OC    15.99900 O ! carboxylate oxygen 
100: MASS    73 OH1   15.99900 O ! hydroxyl oxygen 
101: MASS    74 OS    15.99940 O ! ester oxygen 
102: MASS    75 OT    15.99940 O ! TIPS3P WATER OXYGEN 
103: MASS    76 OM    15.99900 O ! heme CO/O2 oxygen 
104: MASS    77 OST   15.99900 O ! CO2 oxygen 
105: MASS    78 OCA   15.99900 O ! carbonyl O for pyrimidines (see toppar_all22_prot_pyridines.str) 
106: MASS    81 S     32.06000 S ! sulphur 
107: MASS    82 SM    32.06000 S ! sulfur C-S-S-C type 
108: MASS    83 SS    32.06000 S ! thiolate sulfur 
109: MASS    85 HE     4.00260 HE ! helium 
110: MASS    86 NE    20.17970 NE ! neon 
111: MASS    87 CF1   12.01100 C ! monofluoromethyl (see toppar_all22_prot_fluoro_alkanes.str) 
112: MASS    88 CF2   12.01100 C ! difluoromethyl (see toppar_all22_prot_fluoro_alkanes.str) 
113: MASS    89 CF3   12.01100 C ! trifluoromethyl (see toppar_all22_prot_fluoro_alkanes.str) 
114: MASS    90 FE    55.84700 Fe ! heme iron 56 
115: MASS    91 CLAL  35.45300 CL ! Chlorine Atom (see toppar_all22_prot_aldehydes.str) 
116: MASS    92 FA    18.99800 F ! aromatic flourine (see toppar_all22_prot_pyridines.str) 
117: MASS    93 F1    18.99800 F ! Fluorine, monofluoro (see toppar_all22_prot_fluoro_alkanes.str) 
118: MASS    94 F2    18.99800 F ! Fluorine, difluoro (see toppar_all22_prot_fluoro_alkanes.str) 
119: MASS    95 F3    18.99800 F ! Fluorine, trifluoro (see toppar_all22_prot_fluoro_alkanes.str) 
120: MASS    99 DUM    0.00000 H ! dummy atom 
121: MASS   100 SOD  22.989770 NA ! Sodium Ion 
122: MASS   101 MG   24.305000 MG ! Magnesium Ion 
123: MASS   102 POT  39.102000 K  ! Potassium Ion! check masses 
124: MASS   103 CES 132.900000 CS ! Cesium Ion 
125: MASS   104 CAL  40.080000 CA ! Calcium Ion 
126: MASS   105 CLA  35.450000 CL ! Chloride Ion 
127: MASS   106 ZN   65.370000 ZN ! zinc (II) cation 
128: !the following masses must be added to the parent RTF for retinol/al 
129: MASS   112 CC1A  12.01100 C ! alkene conjugation 
130: MASS   113 CC1B  12.01100 C ! alkene conjugation 
131: MASS   114 CC2   12.01100 C ! alkene conjugation 
132: MASS   120 NS1   14.00700 N ! N for deprotonated Schiff's base 
133: MASS   121 NS2   14.00700 N ! N for protonated Schiff's base 
134:  
135: DECL -CA   
136: DECL -C   
137: DECL -O   
138: DECL +N   
139: DECL +HN   
140: DECL +CA   
141: DEFA FIRS NTER LAST CTER    
142: AUTO ANGLES DIHE    
143:  
144: RESI ALA          0.00 
145: GROUP    
146: ATOM N    NH1    -0.47  !     | 
147: ATOM HN   H       0.31  !  HN-N 
148: ATOM CA   CT1     0.07  !     |     HB1 
149: ATOM HA   HB      0.09  !     |    / 
150: GROUP                   !  HA-CA--CB-HB2 
151: ATOM CB   CT3    -0.27  !     |    \ 
152: ATOM HB1  HA      0.09  !     |     HB3 
153: ATOM HB2  HA      0.09  !   O=C 
154: ATOM HB3  HA      0.09  !     | 
155: GROUP                   ! 
156: ATOM C    C       0.51 
157: ATOM O    O      -0.51 
158: BOND CB CA  N  HN  N  CA   
159: BOND C  CA  C  +N  CA HA  CB HB1  CB HB2  CB HB3  
160: DOUBLE O  C  
161: IMPR N -C CA HN  C CA +N O    
162: CMAP -C  N  CA  C   N  CA  C  +N 
163: DONOR HN N    
164: ACCEPTOR O C    
165: IC -C   CA   *N   HN    1.3551 126.4900  180.0000 115.4200  0.9996 
166: IC -C   N    CA   C     1.3551 126.4900  180.0000 114.4400  1.5390 
167: IC N    CA   C    +N    1.4592 114.4400  180.0000 116.8400  1.3558 
168: IC +N   CA   *C   O     1.3558 116.8400  180.0000 122.5200  1.2297 
169: IC CA   C    +N   +CA   1.5390 116.8400  180.0000 126.7700  1.4613 
170: IC N    C    *CA  CB    1.4592 114.4400  123.2300 111.0900  1.5461 
171: IC N    C    *CA  HA    1.4592 114.4400 -120.4500 106.3900  1.0840 
172: IC C    CA   CB   HB1   1.5390 111.0900  177.2500 109.6000  1.1109 
173: IC HB1  CA   *CB  HB2   1.1109 109.6000  119.1300 111.0500  1.1119 
174: IC HB1  CA   *CB  HB3   1.1109 109.6000 -119.5800 111.6100  1.1114 
175:  
176: RESI ARG          1.00 
177: GROUP    
178: ATOM N    NH1    -0.47  !     |                      HH11 
179: ATOM HN   H       0.31  !  HN-N                       | 
180: ATOM CA   CT1     0.07  !     |   HB1 HG1 HD1 HE     NH1-HH12 
181: ATOM HA   HB      0.09  !     |   |   |   |   |    //(+)   
182: GROUP                   !  HA-CA--CB--CG--CD--NE--CZ 
183: ATOM CB   CT2    -0.18  !     |   |   |   |         \ 
184: ATOM HB1  HA      0.09  !     |   HB2 HG2 HD2        NH2-HH22 
185: ATOM HB2  HA      0.09  !   O=C                       | 
186: GROUP                   !     |                      HH21 
187: ATOM CG   CT2    -0.18 
188: ATOM HG1  HA      0.09 
189: ATOM HG2  HA      0.09 
190: GROUP    
191: ATOM CD   CT2     0.20 
192: ATOM HD1  HA      0.09 
193: ATOM HD2  HA      0.09 
194: ATOM NE   NC2    -0.70 
195: ATOM HE   HC      0.44 
196: ATOM CZ   C       0.64 
197: ATOM NH1  NC2    -0.80 
198: ATOM HH11 HC      0.46 
199: ATOM HH12 HC      0.46 
200: ATOM NH2  NC2    -0.80 
201: ATOM HH21 HC      0.46 
202: ATOM HH22 HC      0.46 
203: GROUP    
204: ATOM C    C       0.51 
205: ATOM O    O      -0.51 
206: BOND CB  CA  CG  CB  CD CG  NE CD  CZ NE    
207: BOND NH2 CZ  N  HN  N  CA    
208: BOND C   CA  C  +N  CA HA  CB HB1    
209: BOND CB  HB2 CG  HG1 CG HG2 CD HD1 CD HD2    
210: BOND NE  HE  NH1 HH11  NH1 HH12  NH2 HH21  NH2 HH22  
211: DOUBLE O  C    CZ  NH1   
212: IMPR N  -C  CA  HN   C CA +N O    
213: CMAP -C  N  CA  C   N  CA  C  +N 
214: IMPR CZ NH1 NH2 NE 
215: DONOR HN N    
216: DONOR HE NE    
217: DONOR HH11 NH1    
218: DONOR HH12 NH1    
219: DONOR HH21 NH2    
220: DONOR HH22 NH2    
221: ACCEPTOR O C    
222: IC -C   CA   *N   HN    1.3496 122.4500  180.0000 116.6700  0.9973 
223: IC -C   N    CA   C     1.3496 122.4500  180.0000 109.8600  1.5227 
224: IC N    CA   C    +N    1.4544 109.8600  180.0000 117.1200  1.3511 
225: IC +N   CA   *C   O     1.3511 117.1200  180.0000 121.4000  1.2271 
226: IC CA   C    +N   +CA   1.5227 117.1200  180.0000 124.6700  1.4565 
227: IC N    C    *CA  CB    1.4544 109.8600  123.6400 112.2600  1.5552 
228: IC N    C    *CA  HA    1.4544 109.8600 -117.9300 106.6100  1.0836 
229: IC N    CA   CB   CG    1.4544 110.7000  180.0000 115.9500  1.5475 
230: IC CG   CA   *CB  HB1   1.5475 115.9500  120.0500 106.4000  1.1163 
231: IC CG   CA   *CB  HB2   1.5475 115.9500 -125.8100 109.5500  1.1124 
232: IC CA   CB   CG   CD    1.5552 115.9500  180.0000 114.0100  1.5384 
233: IC CD   CB   *CG  HG1   1.5384 114.0100  125.2000 108.5500  1.1121 
234: IC CD   CB   *CG  HG2   1.5384 114.0100 -120.3000 108.9600  1.1143 
235: IC CB   CG   CD   NE    1.5475 114.0100  180.0000 107.0900  1.5034 
236: IC NE   CG   *CD  HD1   1.5034 107.0900  120.6900 109.4100  1.1143 
237: IC NE   CG   *CD  HD2   1.5034 107.0900 -119.0400 111.5200  1.1150 
238: IC CG   CD   NE   CZ    1.5384 107.0900  180.0000 123.0500  1.3401 
239: IC CZ   CD   *NE  HE    1.3401 123.0500  180.0000 113.1400  1.0065 
240: IC CD   NE   CZ   NH1   1.5034 123.0500  180.0000 118.0600  1.3311 
241: IC NE   CZ   NH1  HH11  1.3401 118.0600 -178.2800 120.6100  0.9903 
242: IC HH11 CZ   *NH1 HH12  0.9903 120.6100  171.1900 116.2900  1.0023 
243: IC NH1  NE   *CZ  NH2   1.3311 118.0600  178.6400 122.1400  1.3292 
244: IC NE   CZ   NH2  HH21  1.3401 122.1400 -174.1400 119.9100  0.9899 
245: IC HH21 CZ   *NH2 HH22  0.9899 119.9100  166.1600 116.8800  0.9914  
246:  
247: RESI ASN          0.00 
248: GROUP    
249: ATOM N    NH1    -0.47  !     |        
250: ATOM HN   H       0.31  !  HN-N        
251: ATOM CA   CT1     0.07  !     |   HB1 OD1    HD21 (cis to OD1) 
252: ATOM HA   HB      0.09  !     |   |   ||    / 
253: GROUP                   !  HA-CA--CB--CG--ND2 
254: ATOM CB   CT2    -0.18  !     |   |         \ 
255: ATOM HB1  HA      0.09  !     |   HB2        HD22 (trans to OD1) 
256: ATOM HB2  HA      0.09  !   O=C            
257: GROUP                   !     |            
258: ATOM CG   CC      0.55 
259: ATOM OD1  O      -0.55 
260: GROUP    
261: ATOM ND2  NH2    -0.62 
262: ATOM HD21 H       0.32 
263: ATOM HD22 H       0.30 
264: GROUP    
265: ATOM C    C       0.51 
266: ATOM O    O      -0.51 
267: BOND CB CA  CG CB   ND2 CG    
268: BOND N  HN  N  CA   C   CA    C +N    
269: BOND CA HA  CB HB1  CB  HB2  ND2 HD21  ND2 HD22  
270: DOUBLE C  O   CG  OD1   
271: IMPR N   -C  CA   HN    C   CA +N   O    
272: IMPR CG  ND2 CB   OD1   CG  CB ND2  OD1    
273: IMPR ND2 CG  HD21 HD22  ND2 CG HD22 HD21    
274: CMAP -C  N  CA  C   N  CA  C  +N 
275: DONOR HN N    
276: DONOR HD21 ND2    
277: DONOR HD22 ND2    
278: ACCEPTOR OD1 CG    
279: ACCEPTOR O C    
280: IC -C   CA   *N   HN    1.3480 124.0500  180.0000 114.4900  0.9992 
281: IC -C   N    CA   C     1.3480 124.0500  180.0000 105.2300  1.5245 
282: IC N    CA   C    +N    1.4510 105.2300  180.0000 117.3800  1.3467 
283: IC +N   CA   *C   O     1.3467 117.3800  180.0000 120.3200  1.2282 
284: IC CA   C    +N   +CA   1.5245 117.3800  180.0000 124.8800  1.4528 
285: IC N    C    *CA  CB    1.4510 105.2300  121.1800 113.0400  1.5627 
286: IC N    C    *CA  HA    1.4510 105.2300 -115.5200 107.6300  1.0848 
287: IC N    CA   CB   CG    1.4510 110.9100  180.0000 114.3000  1.5319 
288: IC CG   CA   *CB  HB1   1.5319 114.3000  119.1700 107.8200  1.1120 
289: IC CG   CA   *CB  HB2   1.5319 114.3000 -123.7400 110.3400  1.1091 
290: IC CA   CB   CG   OD1   1.5627 114.3000  180.0000 122.5600  1.2323 
291: IC OD1  CB   *CG  ND2   1.2323 122.5600 -179.1900 116.1500  1.3521 
292: IC CB   CG   ND2  HD21  1.5319 116.1500 -179.2600 117.3500  0.9963 
293: IC HD21 CG   *ND2 HD22  0.9963 117.3500  178.0200 120.0500  0.9951 
294:  
295: RESI ASP         -1.00 
296: GROUP    
297: ATOM N    NH1    -0.47  !     |        
298: ATOM HN   H       0.31  !  HN-N        
299: ATOM CA   CT1     0.07  !     |   HB1   OD1 
300: ATOM HA   HB      0.09  !     |   |    // 
301: GROUP                   !  HA-CA--CB--CG 
302: ATOM CB   CT2    -0.28  !     |   |    \ 
303: ATOM HB1  HA      0.09  !     |   HB2   OD2(-) 
304: ATOM HB2  HA      0.09  !   O=C            
305: ATOM CG   CC      0.62  !     |            
306: ATOM OD1  OC     -0.76 
307: ATOM OD2  OC     -0.76 
308: GROUP    
309: ATOM C    C       0.51 
310: ATOM O    O      -0.51 
311: BOND CB CA  CG CB  OD2 CG    
312: BOND N  HN  N  CA   C   CA  C +N    
313: BOND CA HA  CB HB1  CB HB2    
314: DOUBLE  O   C   CG  OD1 
315: IMPR N   -C CA  HN  C CA +N O    
316: !IMPR OD1 CB OD2 CG 
317: !bs360: following improper reordered 
318: !IMPR CG  CB OD2 OD1 
319: IMPR CG OD1 OD2 CB 
320: CMAP -C  N  CA  C   N  CA  C  +N 
321: DONOR HN N    
322: ACCEPTOR OD1 CG    
323: ACCEPTOR OD2 CG    
324: ACCEPTOR O C    
325: IC -C   CA   *N   HN    1.3465 125.3100  180.0000 112.9400  0.9966 
326: IC -C   N    CA   C     1.3465 125.3100  180.0000 105.6300  1.5315 
327: IC N    CA   C    +N    1.4490 105.6300  180.0000 117.0600  1.3478 
328: IC +N   CA   *C   O     1.3478 117.0600  180.0000 120.7100  1.2330 
329: IC CA   C    +N   +CA   1.5315 117.0600  180.0000 125.3900  1.4484 
330: IC N    C    *CA  CB    1.4490 105.6300  122.3300 114.1000  1.5619 
331: IC N    C    *CA  HA    1.4490 105.6300 -116.4000 106.7700  1.0841 
332: IC N    CA   CB   CG    1.4490 111.1000  180.0000 112.6000  1.5218 
333: IC CG   CA   *CB  HB1   1.5218 112.6000  119.2200 109.2300  1.1086 
334: IC CG   CA   *CB  HB2   1.5218 112.6000 -121.6100 110.6400  1.1080 
335: IC CA   CB   CG   OD1   1.5619 112.6000  180.0000 117.9900  1.2565 
336: IC OD1  CB   *CG  OD2   1.2565 117.9900 -170.2300 117.7000  1.2541 
337:  
338: RESI CYS          0.00 
339: GROUP    
340: ATOM N    NH1    -0.47  !     |        
341: ATOM HN   H       0.31  !  HN-N        
342: ATOM CA   CT1     0.07  !     |   HB1 
343: ATOM HA   HB      0.09  !     |   |   
344: GROUP                   !  HA-CA--CB--SG 
345: ATOM CB   CT2    -0.11  !     |   |     \ 
346: ATOM HB1  HA      0.09  !     |   HB2    HG1 
347: ATOM HB2  HA      0.09  !   O=C            
348: ATOM SG   S      -0.23  !     |            
349: ATOM HG1  HS      0.16 
350: GROUP    
351: ATOM C    C       0.51 
352: ATOM O    O      -0.51 
353: BOND CB CA   SG CB   N HN  N  CA    
354: BOND C  CA   C +N  CA HA  CB HB1    
355: BOND CB HB2  SG HG1 
356: DOUBLE O  C    
357: IMPR N -C CA HN  C CA +N O    
358: CMAP -C  N  CA  C   N  CA  C  +N 
359: DONOR HN N    
360: DONOR HG1 SG    
361: ACCEPTOR O C    
362: IC -C   CA   *N   HN    1.3479 123.9300  180.0000 114.7700  0.9982 
363: IC -C   N    CA   C     1.3479 123.9300  180.0000 105.8900  1.5202 
364: IC N    CA   C    +N    1.4533 105.8900  180.0000 118.3000  1.3498 
365: IC +N   CA   *C   O     1.3498 118.3000  180.0000 120.5900  1.2306 
366: IC CA   C    +N   +CA   1.5202 118.3000  180.0000 124.5000  1.4548 
367: IC N    C    *CA  CB    1.4533 105.8900  121.7900 111.9800  1.5584 
368: IC N    C    *CA  HA    1.4533 105.8900 -116.3400 107.7100  1.0837 
369: IC N    CA   CB   SG    1.4533 111.5600  180.0000 113.8700  1.8359 
370: IC SG   CA   *CB  HB1   1.8359 113.8700  119.9100 107.2400  1.1134 
371: IC SG   CA   *CB  HB2   1.8359 113.8700 -125.3200 109.8200  1.1124 
372: IC CA   CB   SG   HG1   1.5584 113.8700  176.9600  97.1500  1.3341 
373:  
374: RESI GLN          0.00 
375: GROUP    
376: ATOM N    NH1    -0.47  !     |           
377: ATOM HN   H       0.31  !  HN-N           
378: ATOM CA   CT1     0.07  !     |   HB1 HG1 OE1   HE21 (cis to OE1) 
379: ATOM HA   HB      0.09  !     |   |   |   ||    / 
380: GROUP                   !  HA-CA--CB--CG--CD--NE2 
381: ATOM CB   CT2    -0.18  !     |   |   |         \ 
382: ATOM HB1  HA      0.09  !     |   HB2 HG2       HE22 (trans to OE1) 
383: ATOM HB2  HA      0.09  !   O=C           
384: GROUP                   !     |           
385: ATOM CG   CT2    -0.18 
386: ATOM HG1  HA      0.09 
387: ATOM HG2  HA      0.09 
388: GROUP    
389: ATOM CD   CC      0.55 
390: ATOM OE1  O      -0.55 
391: GROUP    
392: ATOM NE2  NH2    -0.62 
393: ATOM HE21 H       0.32 
394: ATOM HE22 H       0.30 
395: GROUP    
396: ATOM C    C       0.51 
397: ATOM O    O      -0.51 
398: BOND CB CA  CG  CB   CD  CG   NE2 CD    
399: BOND N  HN  N   CA   C   CA    
400: BOND C  +N  CA  HA   CB  HB1  CB  HB2  CG HG1    
401: BOND CG HG2 NE2 HE21 NE2 HE22    
402: DOUBLE O  C    CD  OE1   
403: IMPR N   -C  CA   HN    C   CA +N   O    
404: IMPR CD  NE2 CG   OE1   CD  CG NE2  OE1    
405: IMPR NE2 CD  HE21 HE22  NE2 CD HE22 HE21    
406: CMAP -C  N  CA  C   N  CA  C  +N 
407: DONOR HN N    
408: DONOR HE21 NE2    
409: DONOR HE22 NE2    
410: ACCEPTOR OE1 CD    
411: ACCEPTOR O C    
412: IC -C   CA   *N   HN    1.3477 123.9300  180.0000 114.4500  0.9984 
413: IC -C   N    CA   C     1.3477 123.9300  180.0000 106.5700  1.5180 
414: IC N    CA   C    +N    1.4506 106.5700  180.0000 117.7200  1.3463 
415: IC +N   CA   *C   O     1.3463 117.7200  180.0000 120.5900  1.2291 
416: IC CA   C    +N   +CA   1.5180 117.7200  180.0000 124.3500  1.4461 
417: IC N    C    *CA  CB    1.4506 106.5700  121.9100 111.6800  1.5538 
418: IC N    C    *CA  HA    1.4506 106.5700 -116.8200 107.5300  1.0832 
419: IC N    CA   CB   CG    1.4506 111.4400  180.0000 115.5200  1.5534 
420: IC CG   CA   *CB  HB1   1.5534 115.5200  120.9300 106.8000  1.1147 
421: IC CG   CA   *CB  HB2   1.5534 115.5200 -124.5800 109.3400  1.1140 
422: IC CA   CB   CG   CD    1.5538 115.5200  180.0000 112.5000  1.5320 
423: IC CD   CB   *CG  HG1   1.5320 112.5000  118.6900 110.4100  1.1112 
424: IC CD   CB   *CG  HG2   1.5320 112.5000 -121.9100 110.7400  1.1094 
425: IC CB   CG   CD   OE1   1.5534 112.5000  180.0000 121.5200  1.2294 
426: IC OE1  CG   *CD  NE2   1.2294 121.5200  179.5700 116.8400  1.3530 
427: IC CG   CD   NE2  HE21  1.5320 116.8400 -179.7200 116.8600  0.9959 
428: IC HE21 CD   *NE2 HE22  0.9959 116.8600 -178.9100 119.8300  0.9943 
429:  
430: RESI GLU         -1.00 
431: GROUP    
432: ATOM N    NH1    -0.47  !     |           
433: ATOM HN   H       0.31  !  HN-N           
434: ATOM CA   CT1     0.07  !     |   HB1 HG1   OE1 
435: ATOM HA   HB      0.09  !     |   |   |    // 
436: GROUP                   !  HA-CA--CB--CG--CD 
437: ATOM CB   CT2    -0.18  !     |   |   |    \ 
438: ATOM HB1  HA      0.09  !     |   HB2 HG2   OE2(-) 
439: ATOM HB2  HA      0.09  !   O=C           
440: GROUP                   !     |           
441: ATOM CG   CT2    -0.28 
442: ATOM HG1  HA      0.09 
443: ATOM HG2  HA      0.09 
444: ATOM CD   CC      0.62 
445: ATOM OE1  OC     -0.76 
446: ATOM OE2  OC     -0.76 
447: GROUP    
448: ATOM C    C       0.51 
449: ATOM O    O      -0.51 
450: BOND CB CA  CG CB  CD CG  OE2 CD    
451: BOND N  HN  N  CA C   CA    
452: BOND C  +N  CA HA  CB HB1 CB  HB2 CG  HG1    
453: BOND CG HG2   
454: DOUBLE O  C   CD  OE1  
455: IMPR N   -C CA  HN  C CA +N O    
456: !bs360: following improper reordered 
457: !IMPR CD CG OE2 OE1 
458: IMPR CD OE1 OE2 CG 
459: CMAP -C  N  CA  C   N  CA  C  +N 
460: DONOR HN N    
461: ACCEPTOR OE1 CD    
462: ACCEPTOR OE2 CD    
463: ACCEPTOR O C    
464: IC -C   CA   *N   HN    1.3471 124.4500  180.0000 113.9900  0.9961 
465: IC -C   N    CA   C     1.3471 124.4500  180.0000 107.2700  1.5216 
466: IC N    CA   C    +N    1.4512 107.2700  180.0000 117.2500  1.3501 
467: IC +N   CA   *C   O     1.3501 117.2500  180.0000 121.0700  1.2306 
468: IC CA   C    +N   +CA   1.5216 117.2500  180.0000 124.3000  1.4530 
469: IC N    C    *CA  CB    1.4512 107.2700  121.9000 111.7100  1.5516 
470: IC N    C    *CA  HA    1.4512 107.2700 -118.0600 107.2600  1.0828 
471: IC N    CA   CB   CG    1.4512 111.0400  180.0000 115.6900  1.5557 
472: IC CG   CA   *CB  HB1   1.5557 115.6900  121.2200 108.1600  1.1145 
473: IC CG   CA   *CB  HB2   1.5557 115.6900 -123.6500 109.8100  1.1131 
474: IC CA   CB   CG   CD    1.5516 115.6900  180.0000 115.7300  1.5307 
475: IC CD   CB   *CG  HG1   1.5307 115.7300  117.3800 109.5000  1.1053 
476: IC CD   CB   *CG  HG2   1.5307 115.7300 -121.9600 111.0000  1.1081 
477: IC CB   CG   CD   OE1   1.5557 115.7300  180.0000 114.9900  1.2590 
478: IC OE1  CG   *CD  OE2   1.2590 114.9900 -179.1000 120.0800  1.2532 
479:  
480: RESI GLY          0.00 
481: GROUP    
482: ATOM N    NH1    -0.47  !     | 
483: ATOM HN   H       0.31  !     N-H 
484: ATOM CA   CT2    -0.02  !     |   
485: ATOM HA1  HB      0.09  !     |   
486: ATOM HA2  HB      0.09  ! HA1-CA-HA2 
487: GROUP                   !     |   
488: ATOM C    C       0.51  !     |   
489: ATOM O    O      -0.51  !     C=O 
490:                         !     | 
491: BOND N HN  N  CA  C CA    
492: BOND C +N  CA HA1 CA HA2   
493: DOUBLE O  C  
494: IMPR N -C  CA HN  C CA   +N O    
495: CMAP -C  N  CA  C   N  CA  C  +N 
496: DONOR HN N    
497: ACCEPTOR O C    
498: IC -C   CA   *N   HN    1.3475 122.8200  180.0000 115.6200  0.9992 
499: IC -C   N    CA   C     1.3475 122.8200  180.0000 108.9400  1.4971 
500: IC N    CA   C    +N    1.4553 108.9400  180.0000 117.6000  1.3479 
501: IC +N   CA   *C   O     1.3479 117.6000  180.0000 120.8500  1.2289 
502: IC CA   C    +N   +CA   1.4971 117.6000  180.0000 124.0800  1.4560 
503: IC N    C    *CA  HA1   1.4553 108.9400  117.8600 108.0300  1.0814 
504: IC N    C    *CA  HA2   1.4553 108.9400 -118.1200 107.9500  1.0817 
505: PATCHING FIRS GLYP    
506:  
507: RESI HSD          0.00  ! neutral HIS, proton on ND1 
508: GROUP    
509: ATOM N    NH1    -0.47  !     |          HD1    HE1 
510: ATOM HN   H       0.31  !  HN-N           |     / 
511: ATOM CA   CT1     0.07  !     |   HB1    ND1--CE1 
512: ATOM HA   HB      0.09  !     |   |     /      || 
513: GROUP                   !  HA-CA--CB--CG       || 
514: ATOM CB   CT2    -0.09  !     |   |     \\     || 
515: ATOM HB1  HA      0.09  !     |   HB2    CD2--NE2 
516: ATOM HB2  HA      0.09  !   O=C           | 
517: ATOM ND1  NR1    -0.36  !     |          HD2 
518: ATOM HD1  H       0.32 
519: ATOM CG   CPH1   -0.05 
520: GROUP    
521: ATOM CE1  CPH2    0.25 
522: ATOM HE1  HR1     0.13 
523: ATOM NE2  NR2    -0.70 
524: ATOM CD2  CPH1    0.22 
525: ATOM HD2  HR3     0.10 
526: GROUP    
527: ATOM C    C       0.51 
528: ATOM O    O      -0.51 
529: BOND CB  CA   CG  CB   ND1 CG   CE1 ND1    
530: BOND NE2 CD2  N   HN   N   CA    
531: BOND C   CA   C   +N   CA  HA   CB  HB1    
532: BOND CB  HB2  ND1 HD1  CD2 HD2  CE1 HE1   
533: DOUBLE O  C   CG  CD2   CE1  NE2  
534: IMPR ND1 CG CE1 HD1  CD2 CG  NE2 HD2  CE1 ND1 NE2 HE1    
535: IMPR ND1 CE1 CG HD1  CD2 NE2 CG  HD2  CE1 NE2 ND1 HE1    
536: IMPR N   -C  CA HN   C   CA  +N  O    
537: CMAP -C  N  CA  C   N  CA  C  +N 
538: DONOR HN N    
539: DONOR HD1 ND1    
540: ACCEPTOR NE2    
541: ACCEPTOR O C    
542: IC -C   CA   *N   HN    1.3475 123.2700  180.0000 115.2100  0.9988 
543: IC -C   N    CA   C     1.3475 123.2700  180.0000 107.7000  1.5166 
544: IC N    CA   C    +N    1.4521 107.7000  180.0000 117.5700  1.3509 
545: IC +N   CA   *C   O     1.3509 117.5700  180.0000 120.2400  1.2273 
546: IC CA   C    +N   +CA   1.5166 117.5700  180.0000 123.7200  1.4545 
547: IC N    C    *CA  CB    1.4521 107.7000  122.4600 109.9900  1.5519 
548: IC N    C    *CA  HA    1.4521 107.7000 -117.4900 107.3700  1.0830 
549: IC N    CA   CB   CG    1.4521 112.1200  180.0000 114.0500  1.5041 
550: IC CG   CA   *CB  HB1   1.5041 114.0500  121.1700 109.0100  1.1118 
551: IC CG   CA   *CB  HB2   1.5041 114.0500 -122.3600 109.5300  1.1121 
552: IC CA   CB   CG   ND1   1.5519 114.0500   90.0000 124.1000  1.3783 
553: IC ND1  CB   *CG  CD2   1.3783 124.1000 -171.2900 129.6000  1.3597 
554: IC CB   CG   ND1  CE1   1.5041 124.1000 -173.2100 107.0300  1.3549 
555: IC CB   CG   CD2  NE2   1.5041 129.6000  171.9900 110.0300  1.3817 
556: IC NE2  ND1  *CE1 HE1   1.3166 111.6300 -179.6300 123.8900  1.0932 
557: IC CE1  CG   *ND1 HD1   1.3549 107.0300 -174.6500 126.2600  1.0005 
558: IC NE2  CG   *CD2 HD2   1.3817 110.0300 -177.8500 129.6300  1.0834 
559:  
560: RESI HSE          0.00  ! neutral His, proton on NE2 
561: GROUP    
562: ATOM N    NH1    -0.47  !     |                 HE1 
563: ATOM HN   H       0.31  !  HN-N             __  / 
564: ATOM CA   CT1     0.07  !     |   HB1    ND1--CE1 
565: ATOM HA   HB      0.09  !     |   |     /      | 
566: GROUP                   !  HA-CA--CB--CG       | 
567: ATOM CB   CT2    -0.08  !     |   |     \\     | 
568: ATOM HB1  HA      0.09  !     |   HB2    CD2--NE2 
569: ATOM HB2  HA      0.09  !   O=C           |     \ 
570: ATOM ND1  NR2    -0.70  !     |          HD2    HE2 
571: ATOM CG   CPH1    0.22 
572: ATOM CE1  CPH2    0.25 
573: ATOM HE1  HR1     0.13 
574: GROUP 
575: ATOM NE2  NR1    -0.36 
576: ATOM HE2  H       0.32 
577: ATOM CD2  CPH1   -0.05 
578: ATOM HD2  HR3     0.09 
579: GROUP    
580: ATOM C    C       0.51 
581: ATOM O    O      -0.51 
582: BOND CB  CA   CG  CB   ND1 CG      
583: BOND NE2 CD2  N   HN   N   CA       
584: BOND C   CA   C   +N   NE2 CE1  CA  HA   CB HB1    
585: BOND CB  HB2  NE2 HE2  CD2 HD2  CE1 HE1  
586: DOUBLE   O   C   CD2 CG   CE1 ND1 
587: IMPR NE2 CD2 CE1 HE2  CD2 CG  NE2 HD2  CE1 ND1 NE2 HE1    
588: IMPR NE2 CE1 CD2 HE2  CD2 NE2 CG  HD2  CE1 NE2 ND1 HE1    
589: IMPR N   -C  CA  HN   C   CA  +N  O    
590: CMAP -C  N  CA  C   N  CA  C  +N 
591: DONOR HN N    
592: DONOR HE2 NE2    
593: ACCEPTOR ND1    
594: ACCEPTOR O C    
595: IC -C   CA   *N   HN    1.3472 124.1600  180.0000 114.3600  0.9991 
596: IC -C   N    CA   C     1.3472 124.1600  180.0000 106.4300  1.5166 
597: IC N    CA   C    +N    1.4532 106.4300  180.0000 116.9700  1.3446 
598: IC +N   CA   *C   O     1.3446 116.9700  180.0000 120.6800  1.2290 
599: IC CA   C    +N   +CA   1.5166 116.9700  180.0000 124.9500  1.4505 
600: IC N    C    *CA  CB    1.4532 106.4300  123.5200 111.6700  1.5578 
601: IC N    C    *CA  HA    1.4532 106.4300 -116.4900 107.0800  1.0833 
602: IC N    CA   CB   CG    1.4532 112.8200  180.0000 116.9400  1.5109 
603: IC CG   CA   *CB  HB1   1.5109 116.9400  119.8000 107.9100  1.1114 
604: IC CG   CA   *CB  HB2   1.5109 116.9400 -124.0400 109.5000  1.1101 
605: IC CA   CB   CG   ND1   1.5578 116.9400   90.0000 120.1700  1.3859 
606: IC ND1  CB   *CG  CD2   1.3859 120.1700 -178.2600 129.7100  1.3596 
607: IC CB   CG   ND1  CE1   1.5109 120.1700 -179.2000 105.2000  1.3170 
608: IC CB   CG   CD2  NE2   1.5109 129.7100  178.6600 105.8000  1.3782 
609: IC NE2  ND1  *CE1 HE1   1.3539 111.7600  179.6900 124.5800  1.0929 
610: IC CE1  CD2  *NE2 HE2   1.3539 107.1500 -178.6900 125.8600  0.9996 
611: IC NE2  CG   *CD2 HD2   1.3782 105.8000 -179.3500 129.8900  1.0809 
612:  
613: RESI HSP          1.00  ! Protonated His 
614: GROUP    
615: ATOM N    NH1    -0.47  !     |          HD1    HE1 
616: ATOM HN   H       0.31  !  HN-N           |     / 
617: ATOM CA   CT1     0.07  !     |   HB1    ND1--CE1 
618: ATOM HA   HB      0.09  !     |   |     /      || 
619: GROUP                   !  HA-CA--CB--CG       || 
620: ATOM CB   CT2    -0.05  !     |   |     \\     || 
621: ATOM HB1  HA      0.09  !     |   HB2    CD2--NE2(+) 
622: ATOM HB2  HA      0.09  !   O=C           |     \ 
623: ATOM CD2  CPH1    0.19  !     |          HD2    HE2 
624: ATOM HD2  HR1     0.13 
625: ATOM CG   CPH1    0.19 
626: GROUP 
627: ATOM NE2  NR3    -0.51 
628: ATOM HE2  H       0.44 
629: ATOM ND1  NR3    -0.51 
630: ATOM HD1  H       0.44 
631: ATOM CE1  CPH2    0.32 
632: ATOM HE1  HR2     0.18 
633: GROUP    
634: ATOM C    C       0.51 
635: ATOM O    O      -0.51 
636: BOND CB  CA   CG  CB   ND1 CG   CE1 ND1    
637: BOND NE2 CD2  N   HN   N   CA    
638: BOND C   CA   C   +N  CA  HA  CB HB1    
639: BOND CB  HB2  ND1 HD1  NE2 HE2  CD2 HD2 CE1 HE1 
640: DOUBLE  O   C   CD2 CG     NE2 CE1 
641: IMPR ND1 CG  CE1 HD1  ND1 CE1 CG  HD1 
642: IMPR NE2 CD2 CE1 HE2  NE2 CE1 CD2 HE2    
643: IMPR N   -C  CA  HN   C   CA  +N  O    
644: DONOR HN N    
645: DONOR HD1 ND1    
646: DONOR HE2 NE2    
647: ACCEPTOR O C    
648: IC -C   CA   *N   HN    1.3489 123.9300  180.0000 118.8000  1.0041 
649: IC -C   N    CA   C     1.3489 123.9300  180.0000 112.0300  1.5225 
650: IC N    CA   C    +N    1.4548 112.0300  180.0000 116.4900  1.3464 
651: IC +N   CA   *C   O     1.3464 116.4900  180.0000 121.2000  1.2284 
652: IC CA   C    +N   +CA   1.5225 116.4900  180.0000 124.2400  1.4521 
653: IC N    C    *CA  CB    1.4548 112.0300  125.1300 109.3800  1.5533 
654: IC N    C    *CA  HA    1.4548 112.0300 -119.2000 106.7200  1.0832 
655: IC N    CA   CB   CG    1.4548 112.2500  180.0000 114.1800  1.5168 
656: IC CG   CA   *CB  HB1   1.5168 114.1800  122.5000 108.9900  1.1116 
657: IC CG   CA   *CB  HB2   1.5168 114.1800 -121.5100 108.9700  1.1132 
658: IC CA   CB   CG   ND1   1.5533 114.1800   90.0000 122.9400  1.3718 
659: IC ND1  CB   *CG  CD2   1.3718 122.9400 -165.2600 128.9300  1.3549 
660: IC CB   CG   ND1  CE1   1.5168 122.9400 -167.6200 108.9000  1.3262 
661: IC CB   CG   CD2  NE2   1.5168 128.9300  167.1300 106.9300  1.3727 
662: IC NE2  ND1  *CE1 HE1   1.3256 108.5000  178.3900 125.7600  1.0799 
663: IC CE1  CD2  *NE2 HE2   1.3256 108.8200 -172.9400 125.5200  1.0020 
664: IC CE1  CG   *ND1 HD1   1.3262 108.9000  171.4900 126.0900  1.0018 
665: IC NE2  CG   *CD2 HD2   1.3727 106.9300 -174.4900 128.4100  1.0867 
666:  
667: RESI ILE          0.00 
668: GROUP    
669: ATOM N    NH1    -0.47  !     |    HG21 HG22 
670: ATOM HN   H       0.31  !  HN-N      | /  
671: ATOM CA   CT1     0.07  !     |     CG2--HG23 
672: ATOM HA   HB      0.09  !     |    / 
673: GROUP                   !  HA-CA--CB-HB    HD1 
674: ATOM CB   CT1    -0.09  !     |    \       / 
675: ATOM HB   HA      0.09  !     |     CG1--CD--HD2 
676: GROUP                   !   O=C    / \     \          
677: ATOM CG2  CT3    -0.27  !     | HG11 HG12  HD3 
678: ATOM HG21 HA      0.09 
679: ATOM HG22 HA      0.09 
680: ATOM HG23 HA      0.09 
681: GROUP    
682: ATOM CG1  CT2    -0.18 
683: ATOM HG11 HA      0.09 
684: ATOM HG12 HA      0.09 
685: GROUP    
686: ATOM CD   CT3    -0.27 
687: ATOM HD1  HA      0.09 
688: ATOM HD2  HA      0.09 
689: ATOM HD3  HA      0.09 
690: GROUP    
691: ATOM C    C       0.51 
692: ATOM O    O      -0.51 
693: BOND CB  CA   CG1 CB   CG2 CB   CD  CG1    
694: BOND N   HN   N   CA    C   CA   C   +N    
695: BOND CA  HA   CB  HB   CG1 HG11 CG1 HG12 CG2 HG21    
696: BOND CG2 HG22 CG2 HG23 CD  HD1  CD  HD2  CD  HD3  
697: DOUBLE  O   C 
698: IMPR N -C CA HN  C CA +N O    
699: CMAP -C  N  CA  C   N  CA  C  +N 
700: DONOR HN N    
701: ACCEPTOR O C    
702: IC -C   CA   *N   HN    1.3470 124.1600  180.0000 114.1900  0.9978 
703: IC -C   N    CA   C     1.3470 124.1600  180.0000 106.3500  1.5190 
704: IC N    CA   C    +N    1.4542 106.3500  180.0000 117.9700  1.3465 
705: IC +N   CA   *C   O     1.3465 117.9700  180.0000 120.5900  1.2300 
706: IC CA   C    +N   +CA   1.5190 117.9700  180.0000 124.2100  1.4467 
707: IC N    C    *CA  CB    1.4542 106.3500  124.2200 112.9300  1.5681 
708: IC N    C    *CA  HA    1.4542 106.3500 -115.6300 106.8100  1.0826 
709: IC N    CA   CB   CG1   1.4542 112.7900  180.0000 113.6300  1.5498 
710: IC CG1  CA   *CB  HB    1.5498 113.6300  114.5500 104.4800  1.1195 
711: IC CG1  CA   *CB  CG2   1.5498 113.6300 -130.0400 113.9300  1.5452 
712: IC CA   CB   CG2  HG21  1.5681 113.9300 -171.3000 110.6100  1.1100 
713: IC HG21 CB   *CG2 HG22  1.1100 110.6100  119.3500 110.9000  1.1102 
714: IC HG21 CB   *CG2 HG23  1.1100 110.6100 -120.0900 110.9700  1.1105 
715: IC CA   CB   CG1  CD    1.5681 113.6300  180.0000 114.0900  1.5381 
716: IC CD   CB   *CG1 HG11  1.5381 114.0900  122.3600 109.7800  1.1130 
717: IC CD   CB   *CG1 HG12  1.5381 114.0900 -120.5900 108.8900  1.1141 
718: IC CB   CG1  CD   HD1   1.5498 114.0900 -176.7800 110.3100  1.1115 
719: IC HD1  CG1  *CD  HD2   1.1115 110.3100  119.7500 110.6500  1.1113 
720: IC HD1  CG1  *CD  HD3   1.1115 110.3100 -119.7000 111.0200  1.1103 
721:  
722: RESI LEU          0.00 
723: GROUP    
724: ATOM N    NH1    -0.47  !     |        HD11 HD12 
725: ATOM HN   H       0.31  !  HN-N          | / 
726: ATOM CA   CT1     0.07  !     |   HB1   CD1--HD13 
727: ATOM HA   HB      0.09  !     |   |    / 
728: GROUP                   !  HA-CA--CB--CG-HG 
729: ATOM CB   CT2    -0.18  !     |   |    \  
730: ATOM HB1  HA      0.09  !     |   HB2   CD2--HD23 
731: ATOM HB2  HA      0.09  !   O=C          | \ 
732: GROUP                   !     |        HD21 HD22 
733: ATOM CG   CT1    -0.09 
734: ATOM HG   HA      0.09 
735: GROUP    
736: ATOM CD1  CT3    -0.27 
737: ATOM HD11 HA      0.09 
738: ATOM HD12 HA      0.09 
739: ATOM HD13 HA      0.09 
740: GROUP    
741: ATOM CD2  CT3    -0.27 
742: ATOM HD21 HA      0.09 
743: ATOM HD22 HA      0.09 
744: ATOM HD23 HA      0.09 
745: GROUP    
746: ATOM C    C       0.51 
747: ATOM O    O      -0.51 
748: BOND CB  CA   CG  CB   CD1 CG   CD2 CG    
749: BOND N   HN   N   CA    C   CA   C +N    
750: BOND CA  HA   CB  HB1  CB  HB2  CG  HG   CD1 HD11    
751: BOND CD1 HD12 CD1 HD13 CD2 HD21 CD2 HD22 CD2 HD23 
752: DOUBLE   O   C 
753: IMPR N -C CA HN  C CA +N O    
754: CMAP -C  N  CA  C   N  CA  C  +N 
755: DONOR HN N    
756: ACCEPTOR O C    
757: IC -C   CA   *N   HN    1.3474 124.3100  180.0000 114.2600  0.9979 
758: IC -C   N    CA   C     1.3474 124.3100  180.0000 106.0500  1.5184 
759: IC N    CA   C    +N    1.4508 106.0500  180.0000 117.9300  1.3463 
760: IC +N   CA   *C   O     1.3463 117.9300  180.0000 120.5600  1.2299 
761: IC CA   C    +N   +CA   1.5184 117.9300  180.0000 124.2600  1.4467 
762: IC N    C    *CA  CB    1.4508 106.0500  121.5200 112.1200  1.5543 
763: IC N    C    *CA  HA    1.4508 106.0500 -116.5000 107.5700  1.0824 
764: IC N    CA   CB   CG    1.4508 111.1900  180.0000 117.4600  1.5472 
765: IC CG   CA   *CB  HB1   1.5472 117.4600  120.9800 107.1700  1.1145 
766: IC CG   CA   *CB  HB2   1.5472 117.4600 -124.6700 108.9800  1.1126 
767: IC CA   CB   CG   CD1   1.5543 117.4600  180.0000 110.4800  1.5361 
768: IC CD1  CB   *CG  CD2   1.5361 110.4800  120.0000 112.5700  1.5360 
769: IC CD1  CD2  *CG  HG    1.5361 110.2600  120.0000 108.0200  1.1168 
770: IC CB   CG   CD1  HD11  1.5472 110.4800  177.3300 110.5400  1.1111 
771: IC HD11 CG   *CD1 HD12  1.1111 110.5400  119.9600 110.6200  1.1112 
772: IC HD11 CG   *CD1 HD13  1.1111 110.5400 -119.8500 110.6900  1.1108 
773: IC CB   CG   CD2  HD21  1.5472 112.5700  178.9600 110.3200  1.1116 
774: IC HD21 CG   *CD2 HD22  1.1116 110.3200  119.7100 111.6900  1.1086 
775: IC HD21 CG   *CD2 HD23  1.1116 110.3200 -119.6100 110.4900  1.1115 
776:  
777: RESI LYS          1.00 
778: GROUP    
779: ATOM N    NH1    -0.47  !     |                    
780: ATOM HN   H       0.31  !  HN-N                    
781: ATOM CA   CT1     0.07  !     |   HB1 HG1 HD1 HE1    HZ1 
782: ATOM HA   HB      0.09  !     |   |   |   |   |     /    
783: GROUP                   !  HA-CA--CB--CG--CD--CE--NZ--HZ2 
784: ATOM CB   CT2    -0.18  !     |   |   |   |   |     \ 
785: ATOM HB1  HA      0.09  !     |   HB2 HG2 HD2 HE2    HZ3 
786: ATOM HB2  HA      0.09  !   O=C                   
787: GROUP                   !     |                   
788: ATOM CG   CT2    -0.18 
789: ATOM HG1  HA      0.09 
790: ATOM HG2  HA      0.09 
791: GROUP    
792: ATOM CD   CT2    -0.18 
793: ATOM HD1  HA      0.09 
794: ATOM HD2  HA      0.09 
795: GROUP    
796: ATOM CE   CT2     0.21 
797: ATOM HE1  HA      0.05 
798: ATOM HE2  HA      0.05 
799: ATOM NZ   NH3    -0.30 
800: ATOM HZ1  HC      0.33 
801: ATOM HZ2  HC      0.33 
802: ATOM HZ3  HC      0.33 
803: GROUP    
804: ATOM C    C       0.51 
805: ATOM O    O      -0.51 
806: BOND CB CA   CG CB   CD CG   CE CD   NZ CE    
807: BOND N  HN   N  CA    C  CA    
808: BOND C  +N   CA HA   CB HB1  CB HB2  CG HG1    
809: BOND CG HG2  CD HD1  CD HD2  CE HE1  CE HE2  
810: DOUBLE   O  C    
811: BOND NZ HZ1  NZ HZ2  NZ HZ3    
812: IMPR N -C CA HN  C CA +N O    
813: CMAP -C  N  CA  C   N  CA  C  +N 
814: DONOR HN N    
815: DONOR HZ1 NZ    
816: DONOR HZ2 NZ    
817: DONOR HZ3 NZ    
818: ACCEPTOR O C    
819: IC -C   CA   *N   HN    1.3482 123.5700  180.0000 115.1100  0.9988 
820: IC -C   N    CA   C     1.3482 123.5700  180.0000 107.2900  1.5187 
821: IC N    CA   C    +N    1.4504 107.2900  180.0000 117.2700  1.3478 
822: IC +N   CA   *C   O     1.3478 117.2700  180.0000 120.7900  1.2277 
823: IC CA   C    +N   +CA   1.5187 117.2700  180.0000 124.9100  1.4487 
824: IC N    C    *CA  CB    1.4504 107.2900  122.2300 111.3600  1.5568 
825: IC N    C    *CA  HA    1.4504 107.2900 -116.8800 107.3600  1.0833 
826: IC N    CA   CB   CG    1.4504 111.4700  180.0000 115.7600  1.5435 
827: IC CG   CA   *CB  HB1   1.5435 115.7600  120.9000 107.1100  1.1146 
828: IC CG   CA   *CB  HB2   1.5435 115.7600 -124.4800 108.9900  1.1131 
829: IC CA   CB   CG   CD    1.5568 115.7600  180.0000 113.2800  1.5397 
830: IC CD   CB   *CG  HG1   1.5397 113.2800  120.7400 109.1000  1.1138 
831: IC CD   CB   *CG  HG2   1.5397 113.2800 -122.3400 108.9900  1.1143 
832: IC CB   CG   CD   CE    1.5435 113.2800  180.0000 112.3300  1.5350 
833: IC CE   CG   *CD  HD1   1.5350 112.3300  122.2500 108.4100  1.1141 
834: IC CE   CG   *CD  HD2   1.5350 112.3300 -121.5900 108.1300  1.1146 
835: IC CG   CD   CE   NZ    1.5397 112.3300  180.0000 110.4600  1.4604 
836: IC NZ   CD   *CE  HE1   1.4604 110.4600  119.9100 110.5100  1.1128 
837: IC NZ   CD   *CE  HE2   1.4604 110.4600 -120.0200 110.5700  1.1123 
838: IC CD   CE   NZ   HZ1   1.5350 110.4600  179.9200 110.0200  1.0404 
839: IC HZ1  CE   *NZ  HZ2   1.0404 110.0200  120.2700 109.5000  1.0402 
840: IC HZ1  CE   *NZ  HZ3   1.0404 110.0200 -120.1300 109.4000  1.0401 
841:  
842: RESI MET          0.00 
843: GROUP    
844: ATOM N    NH1    -0.47  !     |                    
845: ATOM HN   H       0.31  !  HN-N                    
846: ATOM CA   CT1     0.07  !     |   HB1 HG1     HE1  
847: ATOM HA   HB      0.09  !     |   |   |       |    
848: GROUP                   !  HA-CA--CB--CG--SD--CE--HE3 
849: ATOM CB   CT2    -0.18  !     |   |   |       |    
850: ATOM HB1  HA      0.09  !     |   HB2 HG2     HE2  
851: ATOM HB2  HA      0.09  !   O=C                   
852: GROUP                   !     |                   
853: ATOM CG   CT2    -0.14 
854: ATOM HG1  HA      0.09 
855: ATOM HG2  HA      0.09 
856: ATOM SD   S      -0.09 
857: ATOM CE   CT3    -0.22 
858: ATOM HE1  HA      0.09 
859: ATOM HE2  HA      0.09 
860: ATOM HE3  HA      0.09 
861: GROUP    
862: ATOM C    C       0.51 
863: ATOM O    O      -0.51 
864: BOND CB CA   CG CB   SD CG   CE SD    
865: BOND N  HN   N  CA    C  CA   C  +N    
866: BOND CA HA   CB HB1  CB HB2  CG HG1  CG HG2    
867: BOND CE HE1  CE HE2  CE HE3   
868: DOUBLE   O  C    
869: IMPR N -C CA HN  C CA +N O    
870: CMAP -C  N  CA  C   N  CA  C  +N 
871: DONOR HN N    
872: ACCEPTOR O C    
873: IC -C   CA   *N   HN    1.3478 124.2100  180.0000 114.3900  0.9978 
874: IC -C   N    CA   C     1.3478 124.2100  180.0000 106.3100  1.5195 
875: IC N    CA   C    +N    1.4510 106.3100  180.0000 117.7400  1.3471 
876: IC +N   CA   *C   O     1.3471 117.7400  180.0000 120.6400  1.2288 
877: IC CA   C    +N   +CA   1.5195 117.7400  180.0000 124.5200  1.4471 
878: IC N    C    *CA  CB    1.4510 106.3100  121.6200 111.8800  1.5546 
879: IC N    C    *CA  HA    1.4510 106.3100 -116.9800 107.5700  1.0832 
880: IC N    CA   CB   CG    1.4510 111.2500  180.0000 115.9200  1.5460 
881: IC CG   CA   *CB  HB1   1.5460 115.9200  120.5600 106.9000  1.1153 
882: IC CG   CA   *CB  HB2   1.5460 115.9200 -124.8000 109.3800  1.1129 
883: IC CA   CB   CG   SD    1.5546 115.9200  180.0000 110.2800  1.8219 
884: IC SD   CB   *CG  HG1   1.8219 110.2800  120.5000 110.3400  1.1106 
885: IC SD   CB   *CG  HG2   1.8219 110.2800 -121.1600 109.6400  1.1119 
886: IC CB   CG   SD   CE    1.5460 110.2800  180.0000  98.9400  1.8206 
887: IC CG   SD   CE   HE1   1.8219  98.9400 -179.4200 110.9100  1.1111 
888: IC HE1  SD   *CE  HE2   1.1111 110.9100  119.9500 111.0300  1.1115 
889: IC HE1  SD   *CE  HE3   1.1111 110.9100 -119.9500 111.0900  1.1112 
890:  
891: RESI PHE          0.00 
892: GROUP    
893: ATOM N    NH1    -0.47  !     |        HD1  HE1     
894: ATOM HN   H       0.31  !  HN-N         |    |    
895: ATOM CA   CT1     0.07  !     |   HB1  CD1--CE1 
896: ATOM HA   HB      0.09  !     |   |    //     \\ 
897: GROUP                   !  HA-CA--CB--CG      CZ--HZ 
898: ATOM CB   CT2    -0.18  !     |   |    \  __  / 
899: ATOM HB1  HA      0.09  !     |   HB2  CD2--CE2 
900: ATOM HB2  HA      0.09  !   O=C         |    |   
901: GROUP                   !     |        HD2  HE2    
902: ATOM CG   CA      0.00 
903: GROUP    
904: ATOM CD1  CA     -0.115 
905: ATOM HD1  HP      0.115 
906: GROUP    
907: ATOM CE1  CA     -0.115 
908: ATOM HE1  HP      0.115 
909: GROUP 
910: ATOM CZ   CA     -0.115 
911: ATOM HZ   HP      0.115 
912: GROUP 
913: ATOM CD2  CA     -0.115 
914: ATOM HD2  HP      0.115 
915: GROUP 
916: ATOM CE2  CA     -0.115 
917: ATOM HE2  HP      0.115 
918: GROUP    
919: ATOM C    C       0.51 
920: ATOM O    O      -0.51 
921: BOND CB  CA   CG CB   CD2 CG   CE1 CD1    
922: BOND CZ  CE2  N   HN    
923: BOND N   CA    C   CA   C   +N   CA  HA    
924: BOND CB  HB1  CB HB2  CD1 HD1  CD2 HD2  CE1 HE1   
925: DOUBLE   O  C    CD1 CG  CZ CE1   CE2 CD2 
926: BOND CE2 HE2  CZ HZ    
927: IMPR N -C CA HN  C CA +N O    
928: CMAP -C  N  CA  C   N  CA  C  +N 
929: DONOR HN N    
930: ACCEPTOR O C    
931: IC -C   CA   *N   HN    1.3476 123.8900  180.0000 114.4700  0.9987 
932: IC -C   N    CA   C     1.3476 123.8900  180.0000 106.3800  1.5229 
933: IC N    CA   C    +N    1.4504 106.3800  180.0000 117.6500  1.3483 
934: IC +N   CA   *C   O     1.3483 117.6500  180.0000 120.4900  1.2287 
935: IC CA   C    +N   +CA   1.5229 117.6500  180.0000 124.1000  1.4523 
936: IC N    C    *CA  CB    1.4504 106.3800  122.4900 112.4500  1.5594 
937: IC N    C    *CA  HA    1.4504 106.3800 -115.6300 107.0500  1.0832 
938: IC N    CA   CB   CG    1.4504 111.6300  180.0000 112.7600  1.5109 
939: IC CG   CA   *CB  HB1   1.5109 112.7600  118.2700 109.1000  1.1119 
940: IC CG   CA   *CB  HB2   1.5109 112.7600 -123.8300 111.1100  1.1113 
941: IC CA   CB   CG   CD1   1.5594 112.7600   90.0000 120.3200  1.4059 
942: IC CD1  CB   *CG  CD2   1.4059 120.3200 -177.9600 120.7600  1.4062 
943: IC CB   CG   CD1  CE1   1.5109 120.3200 -177.3700 120.6300  1.4006 
944: IC CE1  CG   *CD1 HD1   1.4006 120.6300  179.7000 119.6500  1.0814 
945: IC CB   CG   CD2  CE2   1.5109 120.7600  177.2000 120.6200  1.4002 
946: IC CE2  CG   *CD2 HD2   1.4002 120.6200 -178.6900 119.9900  1.0811 
947: IC CG   CD1  CE1  CZ    1.4059 120.6300   -0.1200 119.9300  1.4004 
948: IC CZ   CD1  *CE1 HE1   1.4004 119.9300 -179.6900 120.0100  1.0808 
949: IC CZ   CD2  *CE2 HE2   1.4000 119.9600 -179.9300 119.8700  1.0811 
950: IC CE1  CE2  *CZ  HZ    1.4004 119.9800  179.5100 119.9700  1.0807 
951:  
952: RESI PRO          0.00 
953: GROUP                   !       HD1 HD2 
954: ATOM N    N      -0.29  !     |   \ / 
955: ATOM CD   CP3     0.00  !     N---CD   HG1  ATOM CA   CP1     0.02 
956: ATOM HD1  HA      0.09  !     |     \  / 
957: ATOM HD2  HA      0.09  !     |      CG 
958: ATOM CA   CP1     0.02  !     |     /  \ 
959: ATOM HA   HB      0.09  !  HA-CA--CB   HG2 
960: GROUP                   !     |   / \ 
961: ATOM CB   CP2    -0.18  !     | HB1 HB2 
962: ATOM HB1  HA      0.09  !   O=C 
963: ATOM HB2  HA      0.09  !     | 
964: GROUP 
965: ATOM CG   CP2    -0.18 
966: ATOM HG1  HA      0.09 
967: ATOM HG2  HA      0.09 
968: GROUP    
969: ATOM C    C       0.51 
970: ATOM O    O      -0.51 
971: BOND C  CA  C   +N    
972: BOND N  CA  CA  CB  CB  CG  CG  CD  N   CD    
973: BOND HA CA  HG1 CG  HG2 CG  HD1 CD  HD2 CD  HB1 CB  HB2 CB 
974: DOUBLE   O  C        
975: IMPR N -C CA CD    
976: IMPR C CA +N O    
977: CMAP -C  N  CA  C   N  CA  C  +N 
978: ACCEPTOR O C    
979: IC -C   CA   *N   CD    1.3366 122.9400  178.5100 112.7500  1.4624 
980: IC -C   N    CA   C     1.3366 122.9400  -76.1200 110.8600  1.5399 
981: IC N    CA   C    +N    1.4585 110.8600  180.0000 114.7500  1.3569 
982: IC +N   CA   *C   O     1.3569 114.7500  177.1500 120.4600  1.2316 
983: IC CA   C    +N   +CA   1.5399 116.1200  180.0000 124.8900  1.4517 
984: IC N    C    *CA  CB    1.4585 110.8600  113.7400 111.7400  1.5399 
985: IC N    C    *CA  HA    1.4585 110.8600 -122.4000 109.0900  1.0837 
986: IC N    CA   CB   CG    1.4585 102.5600   31.6100 104.3900  1.5322 
987: IC CA   CB   CG   CD    1.5399 104.3900  -34.5900 103.2100  1.5317 
988: IC N    CA   CB   HB1   1.4585 102.5600  -84.9400 109.0200  1.1131 
989: IC N    CA   CB   HB2   1.4585 102.5600  153.9300 112.7400  1.1088 
990: IC CA   CB   CG   HG1   1.5399 104.3900 -156.7200 112.9500  1.1077 
991: IC CA   CB   CG   HG2   1.5399 104.3900   81.2600 109.2200  1.1143 
992: IC CB   CG   CD   HD1   1.5322 103.2100  -93.5500 110.0300  1.1137 
993: IC CB   CG   CD   HD2   1.5322 103.2100  144.5200 110.0000  1.1144 
994: PATCHING FIRS PROP    
995:  
996: RESI SER          0.00 
997: GROUP    
998: ATOM N    NH1    -0.47  !     |        
999: ATOM HN   H       0.31  !  HN-N        
1000: ATOM CA   CT1     0.07  !     |   HB1 
1001: ATOM HA   HB      0.09  !     |   |   
1002: GROUP                   !  HA-CA--CB--OG 
1003: ATOM CB   CT2     0.05  !     |   |     \ 
1004: ATOM HB1  HA      0.09  !     |   HB2    HG1 
1005: ATOM HB2  HA      0.09  !   O=C            
1006: ATOM OG   OH1    -0.66  !     |            
1007: ATOM HG1  H       0.43 
1008: GROUP    
1009: ATOM C    C       0.51 
1010: ATOM O    O      -0.51 
1011: BOND CB CA   OG CB  N HN  N  CA    
1012: BOND C  CA  C +N  CA HA  CB HB1    
1013: BOND CB HB2  OG HG1   
1014: DOUBLE   O  C       
1015: IMPR N -C CA HN  C CA +N O    
1016: CMAP -C  N  CA  C   N  CA  C  +N 
1017: DONOR HN N    
1018: DONOR HG1 OG    
1019: ACCEPTOR OG    
1020: ACCEPTOR O C    
1021: IC -C   CA   *N   HN    1.3474 124.3700  180.0000 114.1800  0.9999 
1022: IC -C   N    CA   C     1.3474 124.3700  180.0000 105.8100  1.5166 
1023: IC N    CA   C    +N    1.4579 105.8100  180.0000 117.7200  1.3448 
1024: IC +N   CA   *C   O     1.3448 117.7200  180.0000 120.2500  1.2290 
1025: IC CA   C    +N   +CA   1.5166 117.7200  180.0000 124.6300  1.4529 
1026: IC N    C    *CA  CB    1.4579 105.8100  124.7500 111.4000  1.5585 
1027: IC N    C    *CA  HA    1.4579 105.8100 -115.5600 107.3000  1.0821 
1028: IC N    CA   CB   OG    1.4579 114.2800  180.0000 112.4500  1.4341 
1029: IC OG   CA   *CB  HB1   1.4341 112.4500  119.3200 108.1000  1.1140 
1030: IC OG   CA   *CB  HB2   1.4341 112.4500 -123.8600 110.3800  1.1136 
1031: IC CA   CB   OG   HG1   1.5585 112.4500  165.9600 107.0800  0.9655 
1032:  
1033: RESI THR          0.00 
1034: GROUP    
1035: ATOM N    NH1    -0.47  !     |   
1036: ATOM HN   H       0.31  !  HN-N   
1037: ATOM CA   CT1     0.07  !     |     OG1--HG1 
1038: ATOM HA   HB      0.09  !     |    / 
1039: GROUP                   !  HA-CA--CB-HB   
1040: ATOM CB   CT1     0.14  !     |    \      
1041: ATOM HB   HA      0.09  !     |     CG2--HG21 
1042: ATOM OG1  OH1    -0.66  !   O=C    / \     
1043: ATOM HG1  H       0.43  !     | HG21 HG22  
1044: GROUP                  
1045: ATOM CG2  CT3    -0.27 
1046: ATOM HG21 HA      0.09 
1047: ATOM HG22 HA      0.09 
1048: ATOM HG23 HA      0.09 
1049: GROUP    
1050: ATOM C    C       0.51 
1051: ATOM O    O      -0.51 
1052: BOND CB CA  OG1 CB   CG2 CB    N   HN    
1053: BOND N  CA    C   CA    C   +N    CA  HA    
1054: BOND CB HB  OG1 HG1  CG2 HG21  CG2 HG22  CG2 HG23 
1055: DOUBLE  O   C     
1056: IMPR N -C CA HN  C CA +N O    
1057: CMAP -C  N  CA  C   N  CA  C  +N 
1058: DONOR HN N    
1059: DONOR HG1 OG1    
1060: ACCEPTOR OG1    
1061: ACCEPTOR O C    
1062: IC -C   CA   *N   HN    1.3471 124.1200  180.0000 114.2600  0.9995 
1063: IC -C   N    CA   C     1.3471 124.1200  180.0000 106.0900  1.5162 
1064: IC N    CA   C    +N    1.4607 106.0900  180.0000 117.6900  1.3449 
1065: IC +N   CA   *C   O     1.3449 117.6900  180.0000 120.3000  1.2294 
1066: IC CA   C    +N   +CA   1.5162 117.6900  180.0000 124.6600  1.4525 
1067: IC N    C    *CA  CB    1.4607 106.0900  126.4600 112.7400  1.5693 
1068: IC N    C    *CA  HA    1.4607 106.0900 -114.9200 106.5300  1.0817 
1069: IC N    CA   CB   OG1   1.4607 114.8100  180.0000 112.1600  1.4252 
1070: IC OG1  CA   *CB  HB    1.4252 112.1600  116.3900 106.1100  1.1174 
1071: IC OG1  CA   *CB  CG2   1.4252 112.1600 -124.1300 115.9100  1.5324 
1072: IC CA   CB   OG1  HG1   1.5693 112.1600 -179.2800 105.4500  0.9633 
1073: IC CA   CB   CG2  HG21  1.5693 115.9100 -173.6500 110.8500  1.1104 
1074: IC HG21 CB   *CG2 HG22  1.1104 110.8500  119.5100 110.4100  1.1109 
1075: IC HG21 CB   *CG2 HG23  1.1104 110.8500 -120.3900 111.1100  1.1113 
1076:  
1077: RESI TRP          0.00 
1078: GROUP    
1079: ATOM N    NH1    -0.47  !     |                  HE3 
1080: ATOM HN   H       0.31  !  HN-N                   | 
1081: ATOM CA   CT1     0.07  !     |   HB1            CE3 
1082: ATOM HA   HB      0.09  !     |   |             /  \\ 
1083: GROUP                   !  HA-CA--CB---CG-----CD2   CZ3-HZ3 
1084: ATOM CB   CT2    -0.18  !     |   |    ||     ||     | 
1085: ATOM HB1  HA      0.09  !     |   HB2  CD1    CE2   CH2-HH2 
1086: ATOM HB2  HA      0.09  !   O=C       /   \   / \  // 
1087: GROUP                   !     |     HD1    NE1   CZ2 
1088: ATOM CG   CY     -0.03  !                   |     | 
1089: ATOM CD1  CA      0.035 !                  HE1   HZ2 
1090: ATOM HD1  HP      0.115 
1091: ATOM NE1  NY     -0.61 
1092: ATOM HE1  H       0.38 
1093: ATOM CE2  CPT     0.13 
1094: ATOM CD2  CPT    -0.02 
1095: GROUP 
1096: ATOM CE3  CA     -0.115 
1097: ATOM HE3  HP      0.115 
1098: GROUP 
1099: ATOM CZ3  CA     -0.115 
1100: ATOM HZ3  HP      0.115 
1101: GROUP 
1102: ATOM CZ2  CA     -0.115 
1103: ATOM HZ2  HP      0.115 
1104: GROUP 
1105: ATOM CH2  CA     -0.115 
1106: ATOM HH2  HP      0.115 
1107: GROUP    
1108: ATOM C    C       0.51 
1109: ATOM O    O      -0.51 
1110: BOND CB  CA   CG  CB   CD2 CG   NE1 CD1    
1111: BOND CZ2 CE2    
1112: BOND N   HN   N   CA     C   CA   C   +N    
1113: BOND CZ3 CH2  CD2 CE3  NE1 CE2  CA  HA   CB  HB1    
1114: BOND CB  HB2  CD1 HD1  NE1 HE1  CE3 HE3  CZ2 HZ2    
1115: BOND CZ3 HZ3  CH2 HH2 
1116: DOUBLE  O   C   CD1 CG   CE2 CD2  CZ3 CE3  CH2 CZ2      
1117: IMPR N -C CA HN  C CA +N O    
1118: CMAP -C  N  CA  C   N  CA  C  +N 
1119: DONOR HN N    
1120: DONOR HE1 NE1    
1121: ACCEPTOR O C    
1122: IC -C   CA   *N   HN    1.3482 123.5100  180.0000 115.0200  0.9972 
1123: IC -C   N    CA   C     1.3482 123.5100  180.0000 107.6900  1.5202 
1124: IC N    CA   C    +N    1.4507 107.6900  180.0000 117.5700  1.3505 
1125: IC +N   CA   *C   O     1.3505 117.5700  180.0000 121.0800  1.2304 
1126: IC CA   C    +N   +CA   1.5202 117.5700  180.0000 124.8800  1.4526 
1127: IC N    C    *CA  CB    1.4507 107.6900  122.6800 111.2300  1.5560 
1128: IC N    C    *CA  HA    1.4507 107.6900 -117.0200 106.9200  1.0835 
1129: IC N    CA   CB   CG    1.4507 111.6800  180.0000 115.1400  1.5233 
1130: IC CG   CA   *CB  HB1   1.5233 115.1400  119.1700 107.8400  1.1127 
1131: IC CG   CA   *CB  HB2   1.5233 115.1400 -124.7300 109.8700  1.1118 
1132: IC CA   CB   CG   CD2   1.5560 115.1400   90.0000 123.9500  1.4407 
1133: IC CD2  CB   *CG  CD1   1.4407 123.9500 -172.8100 129.1800  1.3679 
1134: IC CD1  CG   CD2  CE2   1.3679 106.5700   -0.0800 106.6500  1.4126 
1135: IC CG   CD2  CE2  NE1   1.4407 106.6500    0.1400 107.8700  1.3746 
1136: IC CE2  CG   *CD2 CE3   1.4126 106.6500  179.2100 132.5400  1.4011 
1137: IC CE2  CD2  CE3  CZ3   1.4126 120.8000   -0.2000 118.1600  1.4017 
1138: IC CD2  CE3  CZ3  CH2   1.4011 118.1600    0.1000 120.9700  1.4019 
1139: IC CE3  CZ3  CH2  CZ2   1.4017 120.9700    0.0100 120.8700  1.4030 
1140: IC CZ3  CD2  *CE3 HE3   1.4017 118.1600 -179.6200 121.8400  1.0815 
1141: IC CH2  CE3  *CZ3 HZ3   1.4019 120.9700 -179.8200 119.4500  1.0811 
1142: IC CZ2  CZ3  *CH2 HH2   1.4030 120.8700 -179.9200 119.5700  1.0811 
1143: IC CE2  CH2  *CZ2 HZ2   1.3939 118.4200  179.8700 120.0800  1.0790 
1144: IC CD1  CE2  *NE1 HE1   1.3752 108.8100  177.7800 124.6800  0.9767 
1145: IC CG   NE1  *CD1 HD1   1.3679 110.1000  178.1000 125.4300  1.0820 
1146:  
1147: RESI TYR          0.00 
1148: GROUP    
1149: ATOM N    NH1    -0.47  !     |        HD1  HE1     
1150: ATOM HN   H       0.31  !  HN-N         |    |    
1151: ATOM CA   CT1     0.07  !     |   HB1  CD1--CE1 
1152: ATOM HA   HB      0.09  !     |   |   //      \\ 
1153: GROUP                   !  HA-CA--CB--CG      CZ--OH 
1154: ATOM CB   CT2    -0.18  !     |   |    \  __  /     \ 
1155: ATOM HB1  HA      0.09  !     |   HB2  CD2--CE2     HH 
1156: ATOM HB2  HA      0.09  !   O=C         |    |   
1157: GROUP                   !     |        HD2  HE2    
1158: ATOM CG   CA      0.00 
1159: GROUP    
1160: ATOM CD1  CA     -0.115 
1161: ATOM HD1  HP      0.115 
1162: GROUP    
1163: ATOM CE1  CA     -0.115 
1164: ATOM HE1  HP      0.115 
1165: GROUP 
1166: ATOM CZ   CA      0.11 
1167: ATOM OH   OH1    -0.54 
1168: ATOM HH   H       0.43 
1169: GROUP 
1170: ATOM CD2  CA     -0.115 
1171: ATOM HD2  HP      0.115 
1172: GROUP 
1173: ATOM CE2  CA     -0.115 
1174: ATOM HE2  HP      0.115 
1175: GROUP    
1176: ATOM C    C       0.51 
1177: ATOM O    O      -0.51 
1178: BOND CB  CA   CG  CB   CD2 CG   CE1 CD1    
1179: BOND CZ  CE2  OH  CZ    
1180: BOND N   HN   N   CA    C   CA   C   +N    
1181: BOND CA  HA   CB  HB1  CB  HB2  CD1 HD1  CD2 HD2    
1182: BOND CE1 HE1  CE2 HE2  OH  HH 
1183: DOUBLE   O   C   CD1 CG  CE1  CZ  CE2 CD2       
1184: IMPR N -C CA HN  C CA +N O    
1185: CMAP -C  N  CA  C   N  CA  C  +N 
1186: DONOR HN N    
1187: DONOR HH OH    
1188: ACCEPTOR OH    
1189: ACCEPTOR O C    
1190: IC -C   CA   *N   HN    1.3476 123.8100  180.0000 114.5400  0.9986 
1191: IC -C   N    CA   C     1.3476 123.8100  180.0000 106.5200  1.5232 
1192: IC N    CA   C    +N    1.4501 106.5200  180.0000 117.3300  1.3484 
1193: IC +N   CA   *C   O     1.3484 117.3300  180.0000 120.6700  1.2287 
1194: IC CA   C    +N   +CA   1.5232 117.3300  180.0000 124.3100  1.4513 
1195: IC N    C    *CA  CB    1.4501 106.5200  122.2700 112.3400  1.5606 
1196: IC N    C    *CA  HA    1.4501 106.5200 -116.0400 107.1500  1.0833 
1197: IC N    CA   CB   CG    1.4501 111.4300  180.0000 112.9400  1.5113 
1198: IC CG   CA   *CB  HB1   1.5113 112.9400  118.8900 109.1200  1.1119 
1199: IC CG   CA   *CB  HB2   1.5113 112.9400 -123.3600 110.7000  1.1115 
1200: IC CA   CB   CG   CD1   1.5606 112.9400   90.0000 120.4900  1.4064 
1201: IC CD1  CB   *CG  CD2   1.4064 120.4900 -176.4600 120.4600  1.4068 
1202: IC CB   CG   CD1  CE1   1.5113 120.4900 -175.4900 120.4000  1.4026 
1203: IC CE1  CG   *CD1 HD1   1.4026 120.4000  178.9400 119.8000  1.0814 
1204: IC CB   CG   CD2  CE2   1.5113 120.4600  175.3200 120.5600  1.4022 
1205: IC CE2  CG   *CD2 HD2   1.4022 120.5600 -177.5700 119.9800  1.0813 
1206: IC CG   CD1  CE1  CZ    1.4064 120.4000   -0.1900 120.0900  1.3978 
1207: IC CZ   CD1  *CE1 HE1   1.3978 120.0900  179.6400 120.5800  1.0799 
1208: IC CZ   CD2  *CE2 HE2   1.3979 119.9200 -178.6900 119.7600  1.0798 
1209: IC CE1  CE2  *CZ  OH    1.3978 120.0500 -178.9800 120.2500  1.4063 
1210: IC CE1  CZ   OH   HH    1.3978 119.6800  175.4500 107.4700  0.9594 
1211:  
1212: RESI VAL          0.00 
1213: GROUP    
1214: ATOM N    NH1    -0.47  !     |    HG11 HG12 
1215: ATOM HN   H       0.31  !  HN-N      | /  
1216: ATOM CA   CT1     0.07  !     |     CG1--HG13 
1217: ATOM HA   HB      0.09  !     |    / 
1218: GROUP                   !  HA-CA--CB-HB   
1219: ATOM CB   CT1    -0.09  !     |    \      
1220: ATOM HB   HA      0.09  !     |     CG2--HG21 
1221: GROUP                   !   O=C    / \    
1222: ATOM CG1  CT3    -0.27  !     | HG21 HG22 
1223: ATOM HG11 HA      0.09 
1224: ATOM HG12 HA      0.09 
1225: ATOM HG13 HA      0.09 
1226: GROUP    
1227: ATOM CG2  CT3    -0.27 
1228: ATOM HG21 HA      0.09 
1229: ATOM HG22 HA      0.09 
1230: ATOM HG23 HA      0.09 
1231: GROUP    
1232: ATOM C    C       0.51 
1233: ATOM O    O      -0.51 
1234: BOND CB  CA    CG1 CB    CG2 CB    N   HN    
1235: BOND N   CA     C   CA    C   +N    CA HA    
1236: BOND CB  HB    CG1 HG11  CG1 HG12  CG1 HG13  CG2 HG21    
1237: BOND CG2 HG22  CG2 HG23 
1238: DOUBLE    O   C    
1239: IMPR N -C CA HN C CA +N O    
1240: CMAP -C  N  CA  C   N  CA  C  +N 
1241: DONOR HN N    
1242: ACCEPTOR O C    
1243: IC -C   CA   *N   HN    1.3482 124.5700  180.0000 114.4100  0.9966 
1244: IC -C   N    CA   C     1.3482 124.5700  180.0000 105.5400  1.5180 
1245: IC N    CA   C    +N    1.4570 105.5400  180.0000 117.8300  1.3471 
1246: IC +N   CA   *C   O     1.3471 117.8300  180.0000 120.7000  1.2297 
1247: IC CA   C    +N   +CA   1.5180 117.8300  180.0000 124.0800  1.4471 
1248: IC N    C    *CA  CB    1.4570 105.5400  122.9500 111.2300  1.5660 
1249: IC N    C    *CA  HA    1.4570 105.5400 -117.2400 107.4600  1.0828 
1250: IC N    CA   CB   CG1   1.4570 113.0500  180.0000 113.9700  1.5441 
1251: IC CG1  CA   *CB  CG2   1.5441 113.9700  123.9900 112.1700  1.5414 
1252: IC CG1  CA   *CB  HB    1.5441 113.9700 -119.1700 107.5700  1.1178 
1253: IC CA   CB   CG1  HG11  1.5660 113.9700  177.8300 110.3000  1.1114 
1254: IC HG11 CB   *CG1 HG12  1.1114 110.3000  119.2500 111.6700  1.1097 
1255: IC HG11 CB   *CG1 HG13  1.1114 110.3000 -119.4900 110.7000  1.1110 
1256: IC CA   CB   CG2  HG21  1.5660 112.1700 -177.7800 110.7100  1.1108 
1257: IC HG21 CB   *CG2 HG22  1.1108 110.7100  120.0800 110.5600  1.1115 
1258: IC HG21 CB   *CG2 HG23  1.1108 110.7100 -119.5500 111.2300  1.1098 
1259:  
1260: RESI ALAD        0.00 ! Alanine dipeptide, with CMAP term 
1261: GROUP 
1262: ATOM CL   CT3   -0.27 
1263: ATOM HL1  HA     0.09 
1264: ATOM HL2  HA     0.09 
1265: ATOM HL3  HA     0.09 
1266: GROUP 
1267: ATOM CLP  C      0.51 
1268: ATOM OL   O     -0.51 
1269: GROUP 
1270: ATOM NL   NH1   -0.47 
1271: ATOM HL   H      0.31 
1272: ATOM CA   CT1    0.07 
1273: ATOM HA   HB     0.09 
1274: GROUP 
1275: ATOM CB   CT3   -0.27  !     HL1     OL           OR           HR1 
1276: ATOM HB1  HA     0.09  !       \     ||   HL  HA  ||   HR      / 
1277: ATOM HB2  HA     0.09  !        \    ||   |   |   ||   |      / 
1278: ATOM HB3  HA     0.09  !   HL2---CL--CLP--NL--CA--CRP--NR---CR---HR2 
1279: GROUP                  !        /             |               \ 
1280: ATOM CRP  C      0.51  !       /         HB1--CB--HB3          \ 
1281: ATOM OR   O     -0.51  !     HL3              |                HR3 
1282: GROUP                  !                     HB2 
1283: ATOM NR   NH1   -0.47 
1284: ATOM HR   H      0.31 
1285: ATOM CR   CT3   -0.11 
1286: ATOM HR1  HA     0.09 
1287: ATOM HR2  HA     0.09 
1288: ATOM HR3  HA     0.09 
1289:  
1290: BOND CL  CLP   CLP NL    NL  CA 
1291: BOND CA  CRP   CRP NR    NR  CR 
1292: DOUBLE  CLP OL    CRP OR 
1293: BOND NL  HL    NR  HR 
1294: BOND CA  HA    CA  CB 
1295: BOND CL  HL1   CL  HL2   CL  HL3 
1296: BOND CB  HB1   CB  HB2   CB  HB3 
1297: BOND CR  HR1   CR  HR2   CR  HR3 
1298: IMPR CLP CL NL OL    NL CLP CA HL 
1299: IMPR CRP CA NR OR    NR CRP CR HR 
1300:  
1301: CMAP CLP NL CA CRP NL CA CRP NR 
1302:  
1303: ic clp nl  ca  crp  0.0 0.0  180.0  0.0 0.0 ! Phi 
1304: ic ca  clp *nl hl   0.0 0.0  180.0  0.0 0.0 
1305: ic hl  nl  ca  crp  0.0 0.0    0.0  0.0 0.0 
1306: ic nl  ca  crp nr   0.0 0.0  180.0  0.0 0.0 ! Psi 
1307: ic ca  nr  *crp or  0.0 0.0  180.0  0.0 0.0 
1308: ic nl  ca  crp or   0.0 0.0    0.0  0.0 0.0 
1309: ic cl  clp nl  ca   0.0 0.0  180.0  0.0 0.0 ! Omega Left 
1310: ic nl  cl  *clp ol  0.0 0.0  180.0  0.0 0.0 
1311: ic ol  clp nl  ca   0.0 0.0    0.0  0.0 0.0 
1312: ic ca  crp nr  cr   0.0 0.0  180.0  0.0 0.0 ! Omega Right 
1313: ic crp cr  *nr hr   0.0 0.0  180.0  0.0 0.0 
1314: ic ca  crp nr  hr   0.0 0.0  180.0  0.0 0.0 
1315: ic nl  crp *ca ha   0.0 0.0  240.0  0.0 0.0 
1316: ic nl  crp *ca cb   0.0 0.0  120.0  0.0 0.0 
1317: ic hl1 cl  clp nl   0.0 0.0  180.0  0.0 0.0 
1318: ic hl2 cl  clp nl   0.0 0.0   60.0  0.0 0.0 
1319: ic hl3 cl  clp ol   0.0 0.0  120.0  0.0 0.0 
1320: ic ha  ca  cb  hb1  0.0 0.0  180.0  0.0 0.0 
1321: ic nl  ca  cb  hb2  0.0 0.0  180.0  0.0 0.0 
1322: ic crp ca  cb  hb3  0.0 0.0  180.0  0.0 0.0 
1323: ic crp nr  cr  hr1  0.0 0.0  180.0  0.0 0.0 
1324: ic crp nr  cr  hr2  0.0 0.0   60.0  0.0 0.0 
1325: ic hr  nr  cr  hr3  0.0 0.0  120.0  0.0 0.0 
1326: ic ca  clp *nl hl   0.0 0.0  180.0  0.0 0.0 
1327: ic ca  nr  *crp or  0.0 0.0  180.0  0.0 0.0 
1328: ic hb1 hb2 *cb hb3  0.0 0.0  120.0  0.0 0.0 
1329: ic hl1 hl2 *cl hl3  0.0 0.0  240.0  0.0 0.0 
1330: ic hr1 hr2 *cr hr3  0.0 0.0  240.0  0.0 0.0 
1331: ic ha  ca  nl  hl   0.0 0.0  240.0  0.0 0.0 
1332: patch first none last none 
1333:  
1334: RESI TIP3         0.000 ! tip3p water model, generate using noangle nodihedral 
1335: GROUP    
1336: ATOM OH2  OT     -0.834 
1337: ATOM H1   HT      0.417 
1338: ATOM H2   HT      0.417 
1339: BOND OH2 H1 OH2 H2 H1 H2    ! the last bond is needed for shake 
1340: ANGLE H1 OH2 H2             ! required 
1341: ACCEPTOR OH2    
1342: PATCHING FIRS NONE LAST NONE  
1343:  
1344: RESI TP3M         0.000 ! "mmff" water model, as an analog of tip3p 
1345: GROUP    
1346: ATOM OH2  OT     -0.834  ! these charges are replaced by the mmff setup    
1347: ATOM H1   HT      0.417  ! these charges are replaced by the mmff setup 
1348: ATOM H2   HT      0.417  ! these charges are replaced by the mmff setup 
1349: BOND OH2 H1 OH2 H2          ! omits the H1-H2 bond, which is needed for shake with tip3p 
1350: ANGLE H1 OH2 H2             ! required 
1351: ACCEPTOR OH2    
1352: PATCHING FIRS NONE LAST NONE      
1353:  
1354: ! Ion parameters from Benoit Roux and Coworkers 
1355: ! As of 8/98 no NBFIX terms required 
1356: !  
1357: RESI SOD       1.00 ! Sodium Ion 
1358: GROUP    
1359: ATOM SOD  SOD  1.00 
1360: PATCHING FIRST NONE LAST NONE    
1361:  
1362: RESI MG        2.00 ! Magnesium Ion 
1363: GROUP    
1364: ATOM MG   MG   2.00 
1365: PATCHING FIRST NONE LAST NONE    
1366:  
1367: RESI POT       1.00 ! Potassium Ion 
1368: GROUP 
1369: ATOM POT   POT 1.00 
1370: PATCHING FIRST NONE LAST NONE 
1371:  
1372: RESI CES       1.00 ! Cesium Ion 
1373: GROUP 
1374: ATOM CES  CES  1.00 
1375: PATCHING FIRST NONE LAST NONE 
1376:  
1377: RESI CAL       2.00 ! Calcium Ion 
1378: GROUP 
1379: ATOM CAL  CAL  2.00 
1380: PATCHING FIRST NONE LAST NONE 
1381:  
1382: RESI CLA      -1.00 ! Chloride Ion 
1383: GROUP 
1384: ATOM CLA  CLA -1.00 
1385: PATCHING FIRST NONE LAST NONE 
1386:  
1387: RESI ZN2       2.00 ! Zinc ion, Roland Stote 
1388: GROUP 
1389: ATOM ZN   ZN   2.00 
1390: PATCHING FIRST NONE LAST NONE 
1391:  
1392: PRES NTER         1.00 ! standard N-terminus 
1393: GROUP                  ! use in generate statement 
1394: ATOM N    NH3    -0.30 ! 
1395: ATOM HT1  HC      0.33 !         HT1         
1396: ATOM HT2  HC      0.33 !     (+)/ 
1397: ATOM HT3  HC      0.33 ! --CA--N--HT2 
1398: ATOM CA   CT1     0.21 !   |    \ 
1399: ATOM HA   HB      0.10 !   HA    HT3 
1400: DELETE ATOM HN    
1401: BOND HT1 N HT2 N HT3 N    
1402: DONOR HT1 N    
1403: DONOR HT2 N    
1404: DONOR HT3 N    
1405: IC HT1  N    CA   C     0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000 
1406: IC HT2  CA   *N   HT1   0.0000  0.0000  120.0000  0.0000  0.0000 
1407: IC HT3  CA   *N   HT2   0.0000  0.0000  120.0000  0.0000  0.0000 
1408:  
1409: PRES GLYP         1.00 ! Glycine N-terminus 
1410: GROUP                  ! use in generate statement 
1411: ATOM N    NH3    -0.30 ! 
1412: ATOM HT1  HC      0.33 !   HA1   HT1 
1413: ATOM HT2  HC      0.33 !   | (+)/ 
1414: ATOM HT3  HC      0.33 ! --CA--N--HT2 
1415: ATOM CA   CT2     0.13 !   |    \ 
1416: ATOM HA1  HB      0.09 !   HA2   HT3 
1417: ATOM HA2  HB      0.09 ! 
1418: DELETE ATOM HN    
1419: BOND HT1 N HT2 N HT3 N    
1420: DONOR HT1 N    
1421: DONOR HT2 N    
1422: DONOR HT3 N    
1423: IC HT1  N    CA   C     0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000 
1424: IC HT2  CA   *N   HT1   0.0000  0.0000  120.0000  0.0000  0.0000 
1425: IC HT3  CA   *N   HT2   0.0000  0.0000  120.0000  0.0000  0.0000 
1426:  
1427: PRES PROP         1.00 ! Proline N-Terminal 
1428: GROUP                  ! use in generate statement 
1429: ATOM N    NP     -0.07 !   HA 
1430: ATOM HN1  HC      0.24 !   | 
1431: ATOM HN2  HC      0.24 !  -CA   HN1 
1432: ATOM CD   CP3     0.16 !  /  \ / 
1433: ATOM HD1  HA      0.09 !       N(+) 
1434: ATOM HD2  HA      0.09 !      / \ 
1435: ATOM CA   CP1     0.16 !  -CD    HN2 
1436: ATOM HA   HB      0.09 !   | \ 
1437: BOND HN1 N HN2 N       !  HD1 HD2 
1438: DONOR HN1 N    
1439: DONOR HN2 N    
1440: IC HN1  CA   *N   CD    0.0000  0.0000  120.0000  0.0000  0.0000 
1441: IC HN2  CA   *N   HN1   0.0000  0.0000  120.0000  0.0000  0.0000 
1442:  
1443: PRES ACE          0.00 ! acetylated N-terminus  
1444:                        ! do NOT use to create dipeptides, see ACED 
1445: GROUP                  ! use in generate statement 
1446: ATOM CAY  CT3    -0.27 ! 
1447: ATOM HY1  HA      0.09 ! HY1 HY2 HY3 
1448: ATOM HY2  HA      0.09 !    \ | / 
1449: ATOM HY3  HA      0.09 !     CAY 
1450: GROUP                  !      | 
1451: ATOM CY   C       0.51 !      CY=OY 
1452: ATOM OY   O      -0.51 !      | 
1453:                        ! 
1454: BOND CY CAY CY N CAY HY1 CAY HY2 CAY HY3 
1455: DOUBLE OY CY 
1456: IMPR CY CAY N OY 
1457: IMPR N CY CA HN 
1458: CMAP CY  N  CA  C   N  CA  C  +N 
1459: ACCEPTOR OY CY 
1460: IC CY   N    CA   C     0.0000  0.0000  -60.0000  0.0000  0.0000 
1461: IC CY   CA   *N   HN    0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000 
1462: IC CAY  CY   N    CA    0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000 
1463: IC N    CAY  *CY  OY    0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000 
1464: IC OY   CY   CAY  HY1   0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000 
1465: IC OY   CY   CAY  HY2   0.0000  0.0000   60.0000  0.0000  0.0000 
1466: IC OY   CY   CAY  HY3   0.0000  0.0000  -60.0000  0.0000  0.0000 
1467:  
1468: PRES ACED         0.00 ! acetylated N-terminus (to create dipeptide) 
1469: GROUP                  ! use in generate statement 
1470: ATOM CAY  CT3    -0.27 ! 
1471: ATOM HY1  HA      0.09 ! HY1 HY2 HY3 
1472: ATOM HY2  HA      0.09 !    \ | / 
1473: ATOM HY3  HA      0.09 !     CAY 
1474: GROUP                  !      | 
1475: ATOM CY   C       0.51 !      CY=OY 
1476: ATOM OY   O      -0.51 !      | 
1477:                        ! 
1478: BOND CY CAY CY N CAY HY1 CAY HY2 CAY HY3 
1479: DOUBLE OY CY 
1480: IMPR CY CAY N OY 
1481: IMPR N CY CA HN 
1482: CMAP CY  N  CA  C   N  CA  C  NT 
1483: ACCEPTOR OY CY 
1484: IC CY   N    CA   C     0.0000  0.0000  -60.0000  0.0000  0.0000 
1485: IC CY   CA   *N   HN    0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000 
1486: IC CAY  CY   N    CA    0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000 
1487: IC N    CAY  *CY  OY    0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000 
1488: IC OY   CY   CAY  HY1   0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000 
1489: IC OY   CY   CAY  HY2   0.0000  0.0000   60.0000  0.0000  0.0000 
1490: IC OY   CY   CAY  HY3   0.0000  0.0000  -60.0000  0.0000  0.0000 
1491:  
1492: PRES ACP          0.00 ! acetylated N-terminus 
1493:                        ! NOT for proline dipeptide, see ACPD 
1494: GROUP                  ! use in generate statement 
1495: ATOM CAY  CT3    -0.27 ! 
1496: ATOM HY1  HA      0.09 ! HY1 HY2 HY3 
1497: ATOM HY2  HA      0.09 !    \ | / 
1498: ATOM HY3  HA      0.09 !     CAY 
1499: GROUP                  !      | 
1500: ATOM CY   C       0.51 !      CY=OY 
1501: ATOM OY   O      -0.51 !      | 
1502:                        ! 
1503: BOND CY CAY CY N CAY HY1 CAY HY2 CAY HY3 
1504: DOUBLE OY CY 
1505: IMPR CY CAY N OY 
1506: IMPR N CY CA CD 
1507: CMAP CY  N  CA  C   N  CA  C  +N 
1508: ACCEPTOR OY CY 
1509: IC CY   N    CA   C     0.0000  0.0000  -60.0000  0.0000  0.0000 
1510: IC CY   CA   *N   CD    0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000 
1511: IC CAY  CY   N    CA    0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000 
1512: IC N    CAY  *CY  OY    0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000 
1513: IC OY   CY   CAY  HY1   0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000 
1514: IC OY   CY   CAY  HY2   0.0000  0.0000   60.0000  0.0000  0.0000 
1515: IC OY   CY   CAY  HY3   0.0000  0.0000  -60.0000  0.0000  0.0000 
1516:  
1517: PRES ACPD         0.00 ! acetylated N-terminus (for proline dipeptide) 
1518: GROUP                  ! use in generate statement 
1519: ATOM CAY  CT3    -0.27 ! 
1520: ATOM HY1  HA      0.09 ! HY1 HY2 HY3 
1521: ATOM HY2  HA      0.09 !    \ | / 
1522: ATOM HY3  HA      0.09 !     CAY 
1523: GROUP                  !      | 
1524: ATOM CY   C       0.51 !      CY=OY 
1525: ATOM OY   O      -0.51 !      | 
1526:                        ! 
1527: BOND CY CAY CY N CAY HY1 CAY HY2 CAY HY3 
1528: DOUBLE OY CY 
1529: IMPR CY CAY N OY 
1530: IMPR N CY CA CD 
1531: CMAP CY  N  CA  C   N  CA  C  NT 
1532: ACCEPTOR OY CY 
1533: IC CY   N    CA   C     0.0000  0.0000  -60.0000  0.0000  0.0000 
1534: IC CY   CA   *N   CD    0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000 
1535: IC CAY  CY   N    CA    0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000 
1536: IC N    CAY  *CY  OY    0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000 
1537: IC OY   CY   CAY  HY1   0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000 
1538: IC OY   CY   CAY  HY2   0.0000  0.0000   60.0000  0.0000  0.0000 
1539: IC OY   CY   CAY  HY3   0.0000  0.0000  -60.0000  0.0000  0.0000 
1540:  
1541: PRES CTER        -1.00 ! standard C-terminus 
1542: GROUP                  ! use in generate statement 
1543: ATOM C    CC      0.34 !   OT2(-) 
1544: ATOM OT1  OC     -0.67 !  / 
1545: ATOM OT2  OC     -0.67 ! -C 
1546: DELETE ATOM O          !  \\ 
1547: BOND C OT2             !   OT1 
1548: DOUBLE  C OT1 
1549: !bs360: following improper reordered 
1550: !IMPR C CA OT2 OT1 
1551: IMPR C OT1 OT2 CA 
1552: ACCEPTOR OT1 C    
1553: ACCEPTOR OT2 C    
1554: IC N    CA   C    OT2   0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000 
1555: IC OT2  CA   *C   OT1   0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000 
1556:  
1557: PRES CT1          0.00 ! methylated C-terminus from methyl acetate 
1558: GROUP                  ! use in generate statement 
1559: ATOM N    NH1    -0.47 ! 
1560: ATOM HN   H       0.31 !          OT1 
1561: ATOM CA   CT1     0.17 !     |   // 
1562: ATOM HA   HB      0.09 ! -N--CA--C       HT1 
1563: ATOM C    CD      0.63 !  |  |    \      / 
1564: ATOM OT1  OB     -0.52 ! HN  HA    OT2--CT--HT2 
1565: ATOM OT2  OS     -0.34 !                 \ 
1566: ATOM CT   CT3    -0.14 !                 HT3 
1567: ATOM HT1  HA      0.09 ! 
1568: ATOM HT2  HA      0.09 ! 
1569: ATOM HT3  HA      0.09 ! 
1570: DELETE ATOM O    
1571: BOND  C  OT2  OT2 CT    
1572: BOND CT HT1  CT HT2  CT  HT3 
1573: DOUBLE C  OT1     
1574: IMPR C CA OT2 OT1 
1575: ACCEPTOR OT1 C    
1576: ACCEPTOR OT2 C    
1577: IC N    CA   C    OT2   0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000 
1578: IC OT2  CA   *C   OT1   0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000 
1579: IC CA   C    OT2  CT    0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000 
1580: IC C    OT2  CT   HT1   0.0000  0.0000    0.0000  0.0000  0.0000 
1581: IC C    OT2  CT   HT2   0.0000  0.0000  120.0000  0.0000  0.0000 
1582: IC C    OT2  CT   HT3   0.0000  0.0000  240.0000  0.0000  0.0000 
1583:  
1584: PRES CT2          0.00 ! amidated C-terminus 
1585: GROUP                  ! use in generate statement 
1586: ATOM C    CC      0.55 !         
1587: ATOM O    O      -0.55 !     | 
1588: GROUP                  !   O=C 
1589: ATOM NT   NH2    -0.62 !     | 
1590: ATOM HT1  H       0.32 !     NT 
1591: ATOM HT2  H       0.30 !    / \ 
1592: BOND C NT              !  HT1 HT2 (HT1 is cis to O) 
1593: BOND NT HT1 NT HT2     ! 
1594: IMPR C NT CA O C CA NT O    
1595: IMPR NT C HT1 HT2 NT C HT2 HT1    
1596: DONOR HT1 NT    
1597: DONOR HT2 NT    
1598: IC N    CA   C    O     0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000 
1599: IC NT   CA   *C   O     0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000 
1600: IC CA   C    NT   HT1   0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000 
1601: IC HT1  C    *NT  HT2   0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000 
1602:  
1603: PRES CT3          0.00 ! N-Methylamide C-terminus 
1604: GROUP                  ! use in generate statement 
1605: ATOM C    C       0.51 ! 
1606: ATOM O    O      -0.51 !      | 
1607: GROUP                  !      C=O 
1608: ATOM NT   NH1    -0.47 !      |  
1609: ATOM HNT  H       0.31 !      NT-HNT 
1610: ATOM CAT  CT3    -0.11 !      | 
1611: ATOM HT1  HA      0.09 ! HT1-CAT-HT3 
1612: ATOM HT2  HA      0.09 !      |  
1613: ATOM HT3  HA      0.09 !     HT2 
1614:                        ! 
1615: BOND C NT  NT HNT  NT CAT  CAT HT1  CAT HT2  CAT HT3    
1616: IMPR NT C CAT HNT C CA NT O    
1617: CMAP -C  N  CA  C   N  CA  C  NT 
1618: DONOR HNT NT    
1619: IC N    CA   C    O     0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000 
1620: IC NT   CA   *C   O     0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000 
1621: IC C    CAT  *NT  HNT   0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000 
1622: IC CA   C    NT   CAT   0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000 
1623: IC C    NT   CAT  HT1   0.0000  0.0000   60.0000  0.0000  0.0000 
1624: IC C    NT   CAT  HT2   0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000 
1625: IC C    NT   CAT  HT3   0.0000  0.0000  -60.0000  0.0000  0.0000 
1626:  
1627: PRES ASPP         0.00 ! patch for protonated aspartic acid, proton on od2 
1628: GROUP                  ! via acetic acid, use in a patch statementand 
1629:                        ! follow with AUTOgenerate ANGLes DIHEdrals command 
1630: ATOM CB   CT2    -0.21 ! 
1631: ATOM HB1  HA      0.09 ! HB1    OD1 
1632: ATOM HB2  HA      0.09 !  |    // 
1633: ATOM CG   CD      0.75 ! -CB--CG 
1634: ATOM OD1  OB     -0.55 !  |     \ 
1635: ATOM OD2  OH1    -0.61 ! HB2     OD2-HD2 
1636: ATOM HD2  H       0.44 ! 
1637: BOND OD2 HD2    
1638: DONOR HD2 OD2    
1639: IC HD2  OD2  CG   OD1   0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000 
1640:  
1641: PRES GLUP         0.00 ! patch for protonated glutamic acid, proton on oe2 
1642: GROUP                  ! via acetic acid, use in a patch statement and 
1643:                        ! follow with AUTOgenerate ANGLes DIHEdrals command 
1644: ATOM CG   CT2    -0.21 ! 
1645: ATOM HG1  HA      0.09 ! HG1    OE1 
1646: ATOM HG2  HA      0.09 !  |    // 
1647: ATOM CD   CD      0.75 ! -CG--CD 
1648: ATOM OE1  OB     -0.55 !  |     \ 
1649: ATOM OE2  OH1    -0.61 ! HG2     OE2-HE2 
1650: ATOM HE2  H       0.44 ! 
1651: BOND OE2 HE2    
1652: DONOR HE2 OE2    
1653: IC HE2  OE2  CD   OE1   0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000 
1654:  
1655: PRES LSN          0.00 ! patch for neutral lysine based on methylamine 
1656:                        ! use in a patch statement 
1657:                        ! follow with AUTOgenerate ANGLes DIHEdrals command 
1658: !delete atom and reassign charges 
1659: DELETE ATOM HZ3 
1660: GROUP 
1661: ATOM CE   CT2     0.13  
1662: ATOM HE1  HA      0.075 
1663: ATOM HE2  HA      0.075 
1664: ATOM NZ   NH2    -0.96 
1665: ATOM HZ1  HC      0.34 
1666: ATOM HZ2  HC      0.34 
1667:  
1668: PRES LINK         0.00 ! linkage for IMAGES or for joining segments 
1669:                        ! 1 refers to previous (N terminal) 
1670:                        ! 2 refers to next (C terminal) 
1671:                        ! use in a patch statement 
1672:                        ! follow with AUTOgenerate ANGLes DIHEdrals command 
1673: BOND 1C 2N    
1674: !the need for the explicit specification of angles and dihedrals in 
1675: !patches linking images has not been tested 
1676: !ANGLE 1C 2N 2CA  1CA 1C 2N    
1677: !ANGLE 1O 1C 2N   1C  2N 2HN    
1678: !DIHE 1C  2N  2CA 2C   1C  2N  2CA 2HA  1C  2N  2CA 2CB    
1679: !DIHE 1HA 1CA 1C  2N   1N  1CA 1C  2N   1CB 1CA 1C  2N    
1680: !DIHE 1CA 1C  2N  2HN  1CA 1C  2N  2CA    
1681: !DIHE 1O  1C  2N  2HN  1O  1C  2N  2CA    
1682: IMPR 2N 1C 2CA 2HN  1C 1CA 2N 1O    
1683: IC 1N   1CA  1C   2N    0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000 
1684: IC 2N   1CA  *1C  1O    0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000 
1685: IC 1CA  1C   2N   2CA   0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000 
1686: IC 1C   2N   2CA  2C    0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000 
1687: IC 1C   2CA  *2N  2HN   0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000 
1688:  
1689: PRES DISU        -0.36 ! patch for disulfides. Patch must be 1-CYS and 2-CYS. 
1690:                        ! use in a patch statement 
1691:                        ! follow with AUTOgenerate ANGLes DIHEdrals command 
1692: GROUP                   
1693: ATOM 1CB  CT2    -0.10 ! 
1694: ATOM 1SG  SM     -0.08 !           2SG--2CB-- 
1695: GROUP                  !          / 
1696: ATOM 2SG  SM     -0.08 ! -1CB--1SG 
1697: ATOM 2CB  CT2    -0.10 ! 
1698: DELETE ATOM 1HG1    
1699: DELETE ATOM 2HG1    
1700: BOND 1SG 2SG    
1701: IC 1CA  1CB  1SG  2SG   0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000 
1702: IC 1CB  1SG  2SG  2CB   0.0000  0.0000   90.0000  0.0000  0.0000 
1703: IC 1SG  2SG  2CB  2CA   0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000 
1704:  
1705: PRES HS2          0.00 ! Patch for neutral His, move proton from ND1 to NE2 
1706:                        ! use in a patch statement 
1707:                        ! follow with AUTOgenerate ANGLes DIHEdrals command 
1708: GROUP                   
1709: ATOM CE1  CPH2    0.25 !                 HE1 
1710: ATOM HE1  HR1     0.13 !                 / 
1711: ATOM ND1  NR2    -0.70 !   HB1    ND1--CE1 
1712: ATOM CG   CPH1    0.22 !   |     /      | 
1713: ATOM CB   CT2    -0.08 !  -CB--CG       | 
1714: ATOM HB1  HA      0.09 !   |     \      | 
1715: ATOM HB2  HA      0.09 !   HB2    CD2--NE2 
1716: GROUP                  !           |     \ 
1717: ATOM NE2  NR1    -0.36 !          HD2    HE2 
1718: ATOM HE2  H       0.32 
1719: ATOM CD2  CPH1   -0.05 
1720: ATOM HD2  HR3     0.09 
1721: DELETE ATOM HD1    
1722: DELETE ACCE NE2    
1723: BOND NE2 HE2    
1724: IMPR NE2 CD2 CE1 HE2  NE2 CE1 CD2 HE2    
1725: DONOR HE2 NE2    
1726: ACCEPTOR ND1    
1727: IC CE1  CD2  *NE2 HE2   0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000 
1728:  
1729: ! patches for cyclic peptides 
1730: PRES LIG1     0.00000 ! linkage for cyclic peptide 
1731:                 !       1 refers to the C terminus which is a glycine 
1732:                 !       2 refers to the N terminus  
1733:                 !       use in a patch statement, perform initial 
1734:                 !       generation using first NONE last NONE 
1735:                 ! follow with AUTOgenerate ANGLes DIHEdrals command 
1736: BOND 1C 2N 
1737: IMPR 2N 1C 2CA 2HN 1C 1CA 2N 1O 
1738: IC 1N   1CA  1C   2N    0.0000  0.0000 180.0000  0.0000  0.0000 
1739: IC 2N   1CA  *1C  1O    0.0000  0.0000 180.0000  0.0000  0.0000 
1740: IC 1CA  1C   2N   2CA   0.0000  0.0000 180.0000  0.0000  0.0000 
1741: IC 1C   2N   2CA  2C    0.0000  0.0000 180.0000  0.0000  0.0000 
1742: IC 1C   2CA  *2N  2HN   0.0000  0.0000 180.0000  0.0000  0.0000 
1743:  
1744: PRES LIG2     0.00000 ! linkage for cyclic peptide 
1745:                 !       1 refers to the C terminus 
1746:                 !       2 refers to the N terminus which is a glycine 
1747:                 !       use in a patch statement, perform initial 
1748:                 !       generation using first NONE last NONE 
1749:                 ! follow with AUTOgenerate ANGLes DIHEdrals command 
1750: BOND 1C 2N 
1751: IMPR 2N 1C 2CA 2HN 1C 1CA 2N 1O 
1752: IC 1N   1CA  1C   2N    0.0000  0.0000 180.0000  0.0000  0.0000 
1753: IC 2N   1CA  *1C  1O    0.0000  0.0000 180.0000  0.0000  0.0000 
1754: IC 1CA  1C   2N   2CA   0.0000  0.0000 180.0000  0.0000  0.0000 
1755: IC 1C   2N   2CA  2C    0.0000  0.0000 180.0000  0.0000  0.0000 
1756: IC 1C   2CA  *2N  2HN   0.0000  0.0000 180.0000  0.0000  0.0000 
1757:  
1758: PRES LIG3     0.00000 ! linkage for cyclic peptide 
1759:                 !       1 refers to the C terminus which is a glycine 
1760:                 !       2 refers to the N terminus which is a glycine 
1761:                 !       use in a patch statement, perform initial 
1762:                 !       generation using first NONE last NONE 
1763:                 ! follow with AUTOgenerate ANGLes DIHEdrals command 
1764: BOND 1C 2N 
1765: IMPR 2N 1C 2CA 2HN 1C 1CA 2N 1O 
1766: IC 1N   1CA  1C   2N    0.0000  0.0000 180.0000  0.0000  0.0000 
1767: IC 2N   1CA  *1C  1O    0.0000  0.0000 180.0000  0.0000  0.0000 
1768: IC 1CA  1C   2N   2CA   0.0000  0.0000 180.0000  0.0000  0.0000 
1769: IC 1C   2N   2CA  2C    0.0000  0.0000 180.0000  0.0000  0.0000 
1770: IC 1C   2CA  *2N  2HN   0.0000  0.0000 180.0000  0.0000  0.0000 
1771:  
1772: END 
1773:  


legend
Lines Added 
Lines changed
 Lines Removed

hdiff - version: 2.1.0