hdiff output

r22768/broyden.f 2017-01-21 10:34:13.530250000 +0000 r22767/broyden.f 2017-01-21 10:34:16.794250000 +0000
 15: C*  FINALLY,VECTOR DUMVI(MAXSIZ) IS THE PREDICTED VECTOR.   * 15: C*  FINALLY,VECTOR DUMVI(MAXSIZ) IS THE PREDICTED VECTOR.   *
 16: C*  ON RETURN, VECIN CONTAINS THE NEW TRIAL VECTOR.         * 16: C*  ON RETURN, VECIN CONTAINS THE NEW TRIAL VECTOR.         *
 17: C************************************************************ 17: C************************************************************
 18: C*  FOR THE CRAY2-CIVIC ENVIRONMENT , FILES 32 AND 31       * 18: C*  FOR THE CRAY2-CIVIC ENVIRONMENT , FILES 32 AND 31       *
 19: C*  SHOULD BE INTRODUCED IN THE LINK STATEMENT.             * 19: C*  SHOULD BE INTRODUCED IN THE LINK STATEMENT.             *
 20: C++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++ 20: C++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
 21:       PARAMETER (ZERO=0.0D0,ONE=1.0D0,IMATSZ=200) 21:       PARAMETER (ZERO=0.0D0,ONE=1.0D0,IMATSZ=200)
 22: C 22: C
 23: C ADDED PARAMETER MAXITER. POREZAG, MAY 1995 23: C ADDED PARAMETER MAXITER. POREZAG, MAY 1995
 24: C 24: C
 25:       PARAMETER(MAXITER=50) 25:       PARAMETER(MAXITER=25)
 26: C 26: C
 27: c replaced writing to disk by storing values in 27: c replaced writing to disk by storing values in
 28: c arrays UNIT31, UNIT32  hajnal@scientist.com 2000-10-4 28: c arrays UNIT31, UNIT32  hajnal@scientist.com 2000-10-4
 29: C++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++ 29: C++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
 30: C 30: C
 31: C      CHARACTER*7 NAMES 31: C      CHARACTER*7 NAMES
 32: C 32: C
 33: C SCRATCH COMMON BLOCK FOR LOCAL VARIABLES 33: C SCRATCH COMMON BLOCK FOR LOCAL VARIABLES
 34: C 34: C
 35:       DIMENSION VECIN(*),VECOUT(*) 35:       DIMENSION VECIN(*),VECOUT(*)


r22768/compile.csh 2017-01-21 10:34:13.262250000 +0000 r22767/compile.csh 2017-01-21 10:34:16.506250000 +0000
  1: #!/bin/tcsh  1: #!/bin/tcsh
  2:   2: 
  3: # Default (ifort) 
  4: # tested on 'clust' with 'ifort/64/11.1/038' module  3: # tested on 'clust' with 'ifort/64/11.1/038' module
  5: #./install.com gnu large ifort keepo keepf > build.log  4: #./install.com gnu large ifort keepo keepf > build.log
  6:   5: 
  7: # Default (pgi) 
  8: # tested on 'clust' with 'pgi/64/7.2/5' module  6: # tested on 'clust' with 'pgi/64/7.2/5' module
  9: ./install.com gnu large PGF90 keepo keepf AMD OPT > build.log  7: ./install.com gnu large PGF90 keepo keepf AMD OPT > build.log
 10:  
 11: # DFTB 
 12: #./install.com gnu large PGF90 T keepo keepf AMD OPT > build.log 


r22768/fetchz.f 2017-01-21 10:34:15.334250000 +0000 r22767/fetchz.f 2017-01-21 10:34:18.430250000 +0000
 54: C     DOUBLE PRECISION REPELTS(3*NATOMS,100), REPELPUSH 54: C     DOUBLE PRECISION REPELTS(3*NATOMS,100), REPELPUSH
 55: C     INTEGER NREPELTS, REPELFROM 55: C     INTEGER NREPELTS, REPELFROM
 56: C     LOGICAL REPELTST, REPEL 56: C     LOGICAL REPELTST, REPEL
 57: C     COMMON /OTS/ NREPELTS, REPELTST, REPELPUSH, REPEL, REPELFROM 57: C     COMMON /OTS/ NREPELTS, REPELTST, REPELPUSH, REPEL, REPELFROM
 58:       LOGICAL CUBIC 58:       LOGICAL CUBIC
 59:       COMMON /CUB/ CUBIC 59:       COMMON /CUB/ CUBIC
 60:       DOUBLE PRECISION CAPSRHO, EPS2, RAD, HEIGHT 60:       DOUBLE PRECISION CAPSRHO, EPS2, RAD, HEIGHT
 61:       COMMON /CAPS/ CAPSRHO, EPS2, RAD, HEIGHT 61:       COMMON /CAPS/ CAPSRHO, EPS2, RAD, HEIGHT
 62:       character(len=20) :: str,str2,FTEMP,FINSTRING 62:       character(len=20) :: str,str2,FTEMP,FINSTRING
 63:       CHARACTER(LEN=21) :: WW 63:       CHARACTER(LEN=21) :: WW
 64:       CHARACTER(LEN=80) :: MYLINE 
 65:       INTEGER ITEM, NITEMS, LOC, LINE, NCR, NERROR, IR, LAST 64:       INTEGER ITEM, NITEMS, LOC, LINE, NCR, NERROR, IR, LAST
 66:       LOGICAL END, SKIPBL, CLEAR, ECHO, CAT 65:       LOGICAL END, SKIPBL, CLEAR, ECHO, CAT
 67:       COMMON /BUFINF/ ITEM, NITEMS, LOC(132), LINE, SKIPBL, CLEAR, NCR, NERROR, IR, ECHO, LAST, CAT 66:       COMMON /BUFINF/ ITEM, NITEMS, LOC(132), LINE, SKIPBL, CLEAR, NCR, NERROR, IR, ECHO, LAST, CAT
 68:  67: 
 69: C    LOCAL AMH VARIABLES 68: C    LOCAL AMH VARIABLES
 70:       INTEGER GLY_COUNT, III 69:       INTEGER GLY_COUNT, III
 71:       DOUBLE PRECISION X, Y, Z 70:       DOUBLE PRECISION X, Y, Z
 72:  71: 
 73: C 72: C
 74: C  Thomson problem: 73: C  Thomson problem:
393:             WRITE(*,'(A,I4,A,I4,A)') ' fetchz> internal coordinates will be optimised for ',NATOMS,' CHARMM atoms'392:             WRITE(*,'(A,I4,A,I4,A)') ' fetchz> internal coordinates will be optimised for ',NATOMS,' CHARMM atoms'
394:          ENDIF393:          ENDIF
395:          IF (TWOENDS.OR.CONNECTT.OR.NEBT.OR.NEWNEBT.OR.DRAGT.OR.GUESSPATHT394:          IF (TWOENDS.OR.CONNECTT.OR.NEBT.OR.NEWNEBT.OR.DRAGT.OR.GUESSPATHT
396:      $     .OR.MECCANOT.OR.MORPHT.OR.GREATCIRCLET.OR.GROWSTRINGT.OR.BHINTERPT.OR.BISECTT) THEN395:      $     .OR.MECCANOT.OR.MORPHT.OR.GREATCIRCLET.OR.GROWSTRINGT.OR.BHINTERPT.OR.BISECTT) THEN
397:             IF (MACHINE) then396:             IF (MACHINE) then
398:                  OPEN(7,FILE=FINSTRING,access='direct',form='unformatted',status='old',recl=3*8*Natoms)397:                  OPEN(7,FILE=FINSTRING,access='direct',form='unformatted',status='old',recl=3*8*Natoms)
399:                  read(7,rec=1) (FIN(j1),j1=1,3*Natoms)398:                  read(7,rec=1) (FIN(j1),j1=1,3*Natoms)
400:                  CLOSE(7)399:                  CLOSE(7)
401:             else400:             else
402:                  OPEN (UNIT=7,FILE=FINSTRING,STATUS='OLD')401:                  OPEN (UNIT=7,FILE=FINSTRING,STATUS='OLD')
403: C csw34> OPTIM can now cope with CHARMM comment lines (*) in the finish file402:                  READ (7,*)
404:             DO 
405:                READ(7,*) MYLINE 
406:                IF (MYLINE(1:1)=='*') THEN 
407:                   CYCLE 
408:                ELSE 
409:                   EXIT 
410:                ENDIF 
411:             ENDDO 
412:  
413:                  DO J1=1,NATOMS403:                  DO J1=1,NATOMS
414: !                   READ (7,*) IDUM1,IDUM2,CD1,CD2,FIN(3*(J1-1)+1),FIN(3*(J1-1)+2),FIN(3*(J1-1)+3),IDUM1,IDUM2404: !                   READ (7,*) IDUM1,IDUM2,CD1,CD2,FIN(3*(J1-1)+1),FIN(3*(J1-1)+2),FIN(3*(J1-1)+3),IDUM1,IDUM2
415:                     READ (7,*) IDUM1,IDUM2,CD1,CD2,FIN(3*(J1-1)+1),FIN(3*(J1-1)+2),FIN(3*(J1-1)+3)405:                     READ (7,*) IDUM1,IDUM2,CD1,CD2,FIN(3*(J1-1)+1),FIN(3*(J1-1)+2),FIN(3*(J1-1)+3)
416:                  ENDDO406:                  ENDDO
417:             endif407:             endif
418:          ENDIF408:          ENDIF
419:       ELSE IF (UNRST) THEN409:       ELSE IF (UNRST) THEN
420:          NOPT=3*NATOMS410:          NOPT=3*NATOMS
421: C jmc now set in keywords.f         NINTS=2*nres-5+2*nside411: C jmc now set in keywords.f         NINTS=2*nres-5+2*nside
422:          IF (.NOT.INTMINT) THEN412:          IF (.NOT.INTMINT) THEN


r22768/key.f90 2017-01-21 10:34:15.634250000 +0000 r22767/key.f90 2017-01-21 10:34:18.766250000 +0000
 30:      &        DOUBLET, REOPT, PARALLEL, LINEMIN, FIXD, KEEPINDEX, BSMIN, PRINTPTS, RKMIN, REPELTST,& 30:      &        DOUBLET, REOPT, PARALLEL, LINEMIN, FIXD, KEEPINDEX, BSMIN, PRINTPTS, RKMIN, REPELTST,&
 31:      &        REPEL,UNRST, NATBT, ANGLEAXIS, DUMPALLPATHS, GOT, REOPTIMISEENDPOINTS, DUMPDATAT, MORPHT, PERMDIST, & 31:      &        REPEL,UNRST, NATBT, ANGLEAXIS, DUMPALLPATHS, GOT, REOPTIMISEENDPOINTS, DUMPDATAT, MORPHT, PERMDIST, &
 32:      &        GREATCIRCLET, DESMDEBUG, GROWSTRINGT, FREEZENODEST, STOCKT, BHINTERPT, BHDEBUG, CHRIGIDT, PERMDISTINIT, & 32:      &        GREATCIRCLET, DESMDEBUG, GROWSTRINGT, FREEZENODEST, STOCKT, BHINTERPT, BHDEBUG, CHRIGIDT, PERMDISTINIT, &
 33:      &        BBRSDMT, AMBERT, NABT, DUMPSTRUCTURES, ORDERPARAMT, BHINTERPUSELOWEST, STOCKSPIN, LOWESTFRQT, & 33:      &        BBRSDMT, AMBERT, NABT, DUMPSTRUCTURES, ORDERPARAMT, BHINTERPUSELOWEST, STOCKSPIN, LOWESTFRQT, &
 34:      &        RBAAT, DBPT, DBPTDT, LWOTPT, GBT, GBDT, MSSTOCKT, NCAPT, NTIPT, PAHAT, PATCHYDT, PYGT, RADIFT, UNIAXT, STOCKAAT, & 34:      &        RBAAT, DBPT, DBPTDT, LWOTPT, GBT, GBDT, MSSTOCKT, NCAPT, NTIPT, PAHAT, PATCHYDT, PYGT, RADIFT, UNIAXT, STOCKAAT, &
 35:      &        EFIELDT, BHCHECKENERGYT, REDUCEDBONDLENGTHT, CBT, CLOSESTALIGNMENT, NEBRESEEDT, ADDREPT, INTCONSTRAINTT, & 35:      &        EFIELDT, BHCHECKENERGYT, REDUCEDBONDLENGTHT, CBT, CLOSESTALIGNMENT, NEBRESEEDT, ADDREPT, INTCONSTRAINTT, &
 36:      &        LOCALPERMDIST, DOCROSSCHECK, REDOKADD, REDOPATH1, REDOPATH2, ANGLEAXIS2, ATOMMATCHDIST, ATOMMATCHINIT, & 36:      &        LOCALPERMDIST, DOCROSSCHECK, REDOKADD, REDOPATH1, REDOPATH2, ANGLEAXIS2, ATOMMATCHDIST, ATOMMATCHINIT, &
 37:      &        RINGPOLYMERT, SDT, BOWMANT, PULLT, RBSYMT, CONPOTT, GRAD4T, RPCYCLICT, RPFIXT, CHECKCONINT, ATOMMATCHFULL, & 37:      &        RINGPOLYMERT, SDT, BOWMANT, PULLT, RBSYMT, CONPOTT, GRAD4T, RPCYCLICT, RPFIXT, CHECKCONINT, ATOMMATCHFULL, &
 38:      &        QSPCFWT, QTIP4PFT, CFUSIONT, DUMPINTXYZ, DUMPINTEOS, INTLJT, INTTST, EYTRAPT, OHCELLT, & 38:      &        QSPCFWT, QTIP4PFT, CFUSIONT, DUMPINTXYZ, DUMPINTEOS, INTLJT, INTTST, EYTRAPT, OHCELLT, &
 39:      &        INTFREEZET, LPERMDIST, CHECKNEGATIVET, CHECKOVERLAPT, ACK1, ACK2, CONDATT, USERPOTT, & 39:      &        INTFREEZET, LPERMDIST, CHECKNEGATIVET, CHECKOVERLAPT, ACK1, ACK2, CONDATT, USERPOTT, &
 40:      &        CONCUTFRACT, CONCUTABST, ENDNUMHESS2, CHARMMDFTBT 40:      &        CONCUTFRACT, CONCUTABST, ENDNUMHESS2
 41:  41: 
 42:      LOGICAL :: MACHINE=.FALSE., NEBMIND=.TRUE. 42:      LOGICAL :: MACHINE=.FALSE., NEBMIND=.TRUE.
 43:  43: 
 44:       DOUBLE PRECISION :: TRAD, RESIZE, JZ, PUSHOFF, TOLD, TOLE, PCUT, DAMP, RADIUS, TWOEVAL, PVCONV, PVTOL, & 44:       DOUBLE PRECISION :: TRAD, RESIZE, JZ, PUSHOFF, TOLD, TOLE, PCUT, DAMP, RADIUS, TWOEVAL, PVCONV, PVTOL, &
 45:      &        OMEGA, GALPHA, MALPHA1, FOH, FIH, FTD, FD5H, T12FAC, PRESS, MAXERISE, RK_R, RK_THETA, & 45:      &        OMEGA, GALPHA, MALPHA1, FOH, FIH, FTD, FD5H, T12FAC, PRESS, MAXERISE, RK_R, RK_THETA, &
 46:      &        CONVU, CONVR, SYMCUT, MXSTP, GFRACTION, CEIG, REPELPUSH, XMAXERISE, GCCONV, NEBK, & 46:      &        CONVU, CONVR, SYMCUT, MXSTP, GFRACTION, CEIG, REPELPUSH, XMAXERISE, GCCONV, NEBK, &
 47:      &        MFRACTION1, MFRACTION2, MALPHA2, ACCLAN, SHIFTLAN, CUTLAN, GMAX, EVCUT, NEBDGUESS, INTDGUESS,  & 47:      &        MFRACTION1, MFRACTION2, MALPHA2, ACCLAN, SHIFTLAN, CUTLAN, GMAX, EVCUT, NEBDGUESS, INTDGUESS,  &
 48:      &        MINMAX, MAXMAX, C6PP, C6MM, C6PM, PUSHCUT, MAXBFGS, MAXXBFGS, MAXMBFGS, MAXNEBBFGS, MAXINTBFGS, & 48:      &        MINMAX, MAXMAX, C6PP, C6MM, C6PM, PUSHCUT, MAXBFGS, MAXXBFGS, MAXMBFGS, MAXNEBBFGS, MAXINTBFGS, &
 49:      &        APP, AMM, APM, XQP,XQM, ALPHAP, ALPHAM, PHIG, SHIFTV, SHIFTL(6), DGUESS, XDGUESS, TIMELIMIT, TSTART, & 49:      &        APP, AMM, APM, XQP,XQM, ALPHAP, ALPHAM, PHIG, SHIFTV, SHIFTL(6), DGUESS, XDGUESS, TIMELIMIT, TSTART, &
 50:      &        INTEPSILON, FRAMEEDIFF, MORPHERISE, MORPHEMAX, MORPHMXSTP, MAXTSENERGY, MAXBARRIER, GCMXSTP, GCSCALE, & 50:      &        INTEPSILON, FRAMEEDIFF, MORPHERISE, MORPHEMAX, MORPHMXSTP, MAXTSENERGY, MAXBARRIER, GCMXSTP, GCSCALE, &


r22768/keywords.f 2017-01-21 10:34:15.910250000 +0000 r22767/keywords.f 2017-01-21 10:34:19.122250000 +0000
362:       REDUCEDBONDLENGTHT=.FALSE.362:       REDUCEDBONDLENGTHT=.FALSE.
363:       BLFACTOR=1.D0363:       BLFACTOR=1.D0
364:       ACESOLV=.FALSE.364:       ACESOLV=.FALSE.
365:       ACEUPSTEP=50365:       ACEUPSTEP=50
366:       TWISTDIHET=.FALSE.366:       TWISTDIHET=.FALSE.
367:       PERTDIHET=.FALSE.367:       PERTDIHET=.FALSE.
368:       CHPMAX=0.5d0368:       CHPMAX=0.5d0
369:       CHPMIN=0.25d0369:       CHPMIN=0.25d0
370:       CHNMAX=1.0d0370:       CHNMAX=1.0d0
371:       CHNMIN=0.d0371:       CHNMIN=0.d0
372:       CHARMMDFTBT=.FALSE. 
373:       ISEED=0372:       ISEED=0
374:       TOMEGAC=.FALSE.373:       TOMEGAC=.FALSE.
375:       TSIDECHAIN=.FALSE.374:       TSIDECHAIN=.FALSE.
376:       INTMINT=.FALSE.375:       INTMINT=.FALSE.
377:       IMINCUT=0.0D0376:       IMINCUT=0.0D0
378:       GUESSTST=.False.377:       GUESSTST=.False.
379:       CALCDIHE=.False.378:       CALCDIHE=.False.
380:       TRYNEB=.FALSE.379:       TRYNEB=.FALSE.
381:       NOCISTRANS=.FALSE.380:       NOCISTRANS=.FALSE.
382:       CISTRANS=.FALSE.381:       CISTRANS=.FALSE.
1515: C getting DMODE=0, and ensures uniform sampling.1514: C getting DMODE=0, and ensures uniform sampling.
1516:             DMODE=DIHETOTWIST(CEILING(PSRANDOM*NTWISTABLE))    1515:             DMODE=DIHETOTWIST(CEILING(PSRANDOM*NTWISTABLE))    
1517:             WRITE(*,*) 'keywords> Twisting dihedral IICD=',DMODE1516:             WRITE(*,*) 'keywords> Twisting dihedral IICD=',DMODE
1518:             CALL TWISTDIHE(Q,DMODE,DPERT)1517:             CALL TWISTDIHE(Q,DMODE,DPERT)
1519:          ENDIF1518:          ENDIF
1520:          IF (PERTDIHET) THEN1519:          IF (PERTDIHET) THEN
1521:             CALL PERTDIHE(Q,CHPMIN,CHPMAX,CHNMIN,CHNMAX,ISEED)1520:             CALL PERTDIHE(Q,CHPMIN,CHPMAX,CHNMIN,CHNMAX,ISEED)
1522:          ENDIF1521:          ENDIF
1523:          IF (INTMINT) CALL GETNINT(NINTS)  ! DJW - this is OK because CHARMM is the last keyword!1522:          IF (INTMINT) CALL GETNINT(NINTS)  ! DJW - this is OK because CHARMM is the last keyword!
1524: C1523: C
1525: C csw34> If using the CHARMM SCC-DFTB potential, we assume that all 
1526: C atoms are QM. If you are using a mixed QM/MM system, you should either 
1527: C not use the CHARMMDFTB keyword, or re-code it to check for fully QM 
1528: C systems. This keyword essentially prevents unnessesary printing! 
1529: C 
1530:       ELSE IF (WORD.EQ.'CHARMMDFTB') THEN 
1531:          CHARMMDFTBT=.TRUE. 
1532:          WRITE(*,'(A)') 'keywords> WARNING - All atoms assumed to be QM, NBONDS calls disabled' 
1533:       ELSE IF (WORD.EQ.'CHARMMTYPE') THEN1524:       ELSE IF (WORD.EQ.'CHARMMTYPE') THEN
1534:          IF (NITEMS.GT.1) THEN1525:          IF (NITEMS.GT.1) THEN
1535:             CALL READA(TOPFILE)1526:             CALL READA(TOPFILE)
1536:             TOPFILE=TRIM(ADJUSTL(TOPFILE))1527:             TOPFILE=TRIM(ADJUSTL(TOPFILE))
1537:          ENDIF   1528:          ENDIF   
1538:          IF (NITEMS.GT.2) THEN1529:          IF (NITEMS.GT.2) THEN
1539:             CALL READA(PARFILE)1530:             CALL READA(PARFILE)
1540:             PARFILE=TRIM(ADJUSTL(PARFILE))1531:             PARFILE=TRIM(ADJUSTL(PARFILE))
1541:          ELSE1532:          ELSE
1542:             WRITE(*,*) 'keywords> TOPFILE and PARFILE have to be defined for CHARMMTYPE'1533:             WRITE(*,*) 'keywords> TOPFILE and PARFILE have to be defined for CHARMMTYPE'
1543:             STOP1534:             STOP
1544:          ENDIF 1535:          ENDIF 
1545:          IF (TOPFILE(1:6).EQ."toph19") THEN1536:          IF (TOPFILE(1:6).EQ."toph19") THEN
1546:             CHARMMTYPE=21537:             CHARMMTYPE=2
1547:          ELSEIF (TOPFILE(1:7).EQ."top_all") THEN 1538:          ELSEIF (TOPFILE(1:9).EQ."top_all22") THEN 
1548:             CHARMMTYPE = 11539:             CHARMMTYPE = 1
1549:          ELSE1540:          ELSE
1550:              WRITE(*,*) 'keywords> TOPFILE ', TRIM(ADJUSTL(TOPFILE)),' is not recognised by OPTIM'1541:              WRITE(*,*) 'keywords> TOPFILE ', TRIM(ADJUSTL(TOPFILE)),' is not recognised by OPTIM'
1551:              STOP1542:              STOP
1552:          ENDIF1543:          ENDIF
1553:          WRITE(*,'(A,I2)') 'CHARMMTYPE set to ',CHARMMTYPE1544:          WRITE(*,'(A,I2)') 'CHARMMTYPE set to ',CHARMMTYPE
1554: C1545: C
1555: C If CHDEBUG is on, CHARMM related debug messages are printed1546: C If CHDEBUG is on, CHARMM related debug messages are printed
1556: C1547: C
1557:       ELSE IF (WORD.EQ.'CHDEBUG') THEN1548:       ELSE IF (WORD.EQ.'CHDEBUG') THEN


r22768/Makefile 2017-01-21 10:34:14.810250000 +0000 r22767/Makefile 2017-01-21 10:34:17.806250000 +0000
 85: $(LIBDIR31)/mc.a $(LIBDIR31)/minmiz.a $(LIBDIR31)/misc.a $(LIBDIR31)/mmff.a $(LIBDIR31)/molvib.a $(LIBDIR31)/nbonds.a \ 85: $(LIBDIR31)/mc.a $(LIBDIR31)/minmiz.a $(LIBDIR31)/misc.a $(LIBDIR31)/mmff.a $(LIBDIR31)/molvib.a $(LIBDIR31)/nbonds.a \
 86: $(LIBDIR31)/pert.a $(LIBDIR31)/quantum.a $(LIBDIR31)/rxncor.a $(LIBDIR31)/shapes.a $(LIBDIR31)/solvation.a \ 86: $(LIBDIR31)/pert.a $(LIBDIR31)/quantum.a $(LIBDIR31)/rxncor.a $(LIBDIR31)/shapes.a $(LIBDIR31)/solvation.a \
 87: $(LIBDIR31)/util.a $(LIBDIR31)/vibran.a libcharmm.a  87: $(LIBDIR31)/util.a $(LIBDIR31)/vibran.a libcharmm.a 
 88: ##### end CHARMM 31 88: ##### end CHARMM 31
 89:  89: 
 90: else 90: else
 91:  91: 
 92: ##### CHARMM 35 92: ##### CHARMM 35
 93: EXTRAS = myblas.o mylapack.o 93: EXTRAS = myblas.o mylapack.o
 94: CHOBJS35 = $(LIBDIR35)/help.o $(LIBDIR35)/iniall.o $(LIBDIR35)/miscom.o $(LIBDIR35)/usersb.o 94: CHOBJS35 = $(LIBDIR35)/help.o $(LIBDIR35)/iniall.o $(LIBDIR35)/miscom.o $(LIBDIR35)/usersb.o
 95: endif 
 96:  
 97: ifeq (${QMTYPE},DFTB) 
 98: # CHARMM 35 SCC-DFTB  
 99: CHLIBS35 = $(LIBDIR35)/adumb.a \ 
100: $(LIBDIR35)/flucq.a $(LIBDIR35)/cadint.a $(LIBDIR35)/cheq.a $(LIBDIR35)/cff.a $(LIBDIR35)/correl.a $(LIBDIR35)/dimb.a \ 
101: $(LIBDIR35)/emap.a $(LIBDIR35)/dynamc.a $(LIBDIR35)/energy.a $(LIBDIR35)/gamint.a $(LIBDIR35)/gukint.a \ 
102: $(LIBDIR35)/gener.a $(LIBDIR35)/image.a $(LIBDIR35)/io.a $(LIBDIR35)/machdep.a $(LIBDIR35)/manip.a $(LIBDIR35)/mbond.a \ 
103: $(LIBDIR35)/mc.a $(LIBDIR35)/minmiz.a $(LIBDIR35)/misc.a $(LIBDIR35)/mmff.a $(LIBDIR35)/molvib.a $(LIBDIR35)/nbonds.a \ 
104: $(LIBDIR35)/pert.a $(LIBDIR35)/quantum.a $(LIBDIR35)/rxncor.a $(LIBDIR35)/shapes.a $(LIBDIR35)/solvation.a \ 
105: $(LIBDIR35)/util.a $(LIBDIR35)/vibran.a ${LIBDIR35}/sccdftb.a $(LIBDIR35)/sccdftbint.a libcharmm.a 
106: else 
107: CHLIBS35 = $(LIBDIR35)/adumb.a \ 95: CHLIBS35 = $(LIBDIR35)/adumb.a \
108: $(LIBDIR35)/flucq.a $(LIBDIR35)/cadint.a $(LIBDIR35)/cheq.a $(LIBDIR35)/cff.a $(LIBDIR35)/correl.a $(LIBDIR35)/dimb.a \ 96: $(LIBDIR35)/flucq.a $(LIBDIR35)/cadint.a $(LIBDIR35)/cheq.a $(LIBDIR35)/cff.a $(LIBDIR35)/correl.a $(LIBDIR35)/dimb.a \
109: $(LIBDIR35)/emap.a $(LIBDIR35)/dynamc.a $(LIBDIR35)/energy.a $(LIBDIR35)/gamint.a $(LIBDIR35)/gukint.a \ 97: $(LIBDIR35)/emap.a $(LIBDIR35)/dynamc.a $(LIBDIR35)/energy.a $(LIBDIR35)/gamint.a $(LIBDIR35)/gukint.a \
110: $(LIBDIR35)/gener.a $(LIBDIR35)/image.a $(LIBDIR35)/io.a $(LIBDIR35)/machdep.a $(LIBDIR35)/manip.a $(LIBDIR35)/mbond.a \ 98: $(LIBDIR35)/gener.a $(LIBDIR35)/image.a $(LIBDIR35)/io.a $(LIBDIR35)/machdep.a $(LIBDIR35)/manip.a $(LIBDIR35)/mbond.a \
111: $(LIBDIR35)/mc.a $(LIBDIR35)/minmiz.a $(LIBDIR35)/misc.a $(LIBDIR35)/mmff.a $(LIBDIR35)/molvib.a $(LIBDIR35)/nbonds.a \ 99: $(LIBDIR35)/mc.a $(LIBDIR35)/minmiz.a $(LIBDIR35)/misc.a $(LIBDIR35)/mmff.a $(LIBDIR35)/molvib.a $(LIBDIR35)/nbonds.a \
112: $(LIBDIR35)/pert.a $(LIBDIR35)/quantum.a $(LIBDIR35)/rxncor.a $(LIBDIR35)/shapes.a $(LIBDIR35)/solvation.a \100: $(LIBDIR35)/pert.a $(LIBDIR35)/quantum.a $(LIBDIR35)/rxncor.a $(LIBDIR35)/shapes.a $(LIBDIR35)/solvation.a \
113: $(LIBDIR35)/util.a $(LIBDIR35)/vibran.a libcharmm.a101: $(LIBDIR35)/util.a $(LIBDIR35)/vibran.a libcharmm.a
114: endif 
115: ##### end CHARMM 35102: ##### end CHARMM 35
 103: endif
 104: 
116: 105: 
117: #106: #
118: ##### UNRES107: ##### UNRES
119: SRC = /export/home/wales/unres/src108: SRC = /export/home/wales/unres/src
120: EXTRASUNRES=$(SRC)/unres_subroutine.o $(SRC)/arcos.o $(SRC)/cartprint.o $(SRC)/chainbuild.o \109: EXTRASUNRES=$(SRC)/unres_subroutine.o $(SRC)/arcos.o $(SRC)/cartprint.o $(SRC)/chainbuild.o \
121: $(SRC)/convert.o $(SRC)/initialize_p.o $(SRC)/matmult.o $(SRC)/readrtns_p.o \110: $(SRC)/convert.o $(SRC)/initialize_p.o $(SRC)/matmult.o $(SRC)/readrtns_p.o \
122: $(SRC)/parmread.o $(SRC)/gen_rand_conf.o $(SRC)/printmat.o $(SRC)/map.o \111: $(SRC)/parmread.o $(SRC)/gen_rand_conf.o $(SRC)/printmat.o $(SRC)/map.o \
123: $(SRC)/pinorm.o $(SRC)/randgens.o $(SRC)/rescode.o $(SRC)/intcor.o $(SRC)/timing.o \112: $(SRC)/pinorm.o $(SRC)/randgens.o $(SRC)/rescode.o $(SRC)/intcor.o $(SRC)/timing.o \
124: $(SRC)/misc.o $(SRC)/cartder.o $(SRC)/checkder_p.o $(SRC)/energy_p.o $(SRC)/gradient_p.o \113: $(SRC)/misc.o $(SRC)/cartder.o $(SRC)/checkder_p.o $(SRC)/energy_p.o $(SRC)/gradient_p.o \
125: $(SRC)/minimize_p.o $(SRC)/sumsld.o $(SRC)/cored.o $(SRC)/rmdd.o $(SRC)/geomout.o \114: $(SRC)/minimize_p.o $(SRC)/sumsld.o $(SRC)/cored.o $(SRC)/rmdd.o $(SRC)/geomout.o \


r22768/mindist.f 2017-01-21 10:34:16.198250000 +0000 r22767/mindist.f 2017-01-21 10:34:19.558250000 +0000
259: 259: 
260:       IF (PRESERVET) RB(1:3*NATOMS)=RBSAVE(1:3*NATOMS)260:       IF (PRESERVET) RB(1:3*NATOMS)=RBSAVE(1:3*NATOMS)
261: 261: 
262:       DEALLOCATE(R, R0, R1, R1SAVE, RBSAVE)262:       DEALLOCATE(R, R0, R1, R1SAVE, RBSAVE)
263: 263: 
264:       RETURN264:       RETURN
265:       END265:       END
266: 266: 
267: c__________________________________________________________________________267: c__________________________________________________________________________
268: 268: 
269:         subroutine myinverse(A,B)269:         subroutine inverse(A,B)
270:         IMPLICIT NONE270:         IMPLICIT NONE
271:         DOUBLE PRECISION A(3,3),B(3,3),C(2,2),D(3,3),DET271:         DOUBLE PRECISION A(3,3),B(3,3),C(2,2),D(3,3),DET
272:         INTEGER I, J, JJ, II272:         INTEGER I, J, JJ, II
273: 273: 
274:         do i=1,3274:         do i=1,3
275:            do j=1,3275:            do j=1,3
276:               do jj=1,j-1276:               do jj=1,j-1
277:                  do ii=1,i-1277:                  do ii=1,i-1
278:                     C(ii,jj)=A(ii,jj)278:                     C(ii,jj)=A(ii,jj)
279:                  enddo279:                  enddo


r22768/OPTIM.tex 2017-01-21 10:34:13.882250000 +0000 r22767/OPTIM.tex 2017-01-21 10:34:17.070250000 +0000
515: as printed in the {\tt vector.dump} file. Hence, to put kinetic energy of515: as printed in the {\tt vector.dump} file. Hence, to put kinetic energy of
516: magnitude $k_\gamma$ into motion corresponding to normal mode $\gamma$ requires516: magnitude $k_\gamma$ into motion corresponding to normal mode $\gamma$ requires
517: Cartesian velocities $\dot{X}_\alpha = \pm A_{\alpha\gamma} \sqrt{2k_\gamma/m_\alpha}$,517: Cartesian velocities $\dot{X}_\alpha = \pm A_{\alpha\gamma} \sqrt{2k_\gamma/m_\alpha}$,
518: choosing either the plus or minus sign consistently for  a given mode $\gamma$.518: choosing either the plus or minus sign consistently for  a given mode $\gamma$.
519: 519: 
520: \item {\it CHARMM\/}: specifies that the CHARMM potential is used. An auxiliary file 520: \item {\it CHARMM\/}: specifies that the CHARMM potential is used. An auxiliary file 
521: {\tt input.crd} is required. {\it CHARMM} must be the last OPTIM directive in the 521: {\tt input.crd} is required. {\it CHARMM} must be the last OPTIM directive in the 
522: {\tt odata} file. The remaining content of {\tt odata} consists of CHARMM keywords and522: {\tt odata} file. The remaining content of {\tt odata} consists of CHARMM keywords and
523: setup information.523: setup information.
524: 524: 
525: \item {\it CHARMMDFTB\/}: specifies that the CHARMM SCC-DFTB potential is to be used, and  
526: disables updates of the nonbonded list. This assumes you are using a fully QM system. If you 
527: are using a QM/MM setup, you should not use this keyword! Note that SCC-DFTB can only be used  
528: with CHARMM35.   
529:  
530: \item {\it CHARMMTYPE topfile paramfile\/}:  {\it topfile} and {\it paramfile} are the 525: \item {\it CHARMMTYPE topfile paramfile\/}:  {\it topfile} and {\it paramfile} are the 
531: common CHARMM top and param files , e.g., `toph19\_eef1\_perm.inp' and `param19\_eef1\_perm.inp'.526: common CHARMM top and param files , e.g., `toph19\_eef1\_perm.inp' and `param19\_eef1\_perm.inp'.
532: 527: 
533: \item {\it CHDEBUG EDEBUG\/}: produces more CHARMM related printing. Turned off by default.528: \item {\it CHDEBUG EDEBUG\/}: produces more CHARMM related printing. Turned off by default.
534: If EDEBUG is given as argument, after each CHARMM energy call the energy is decomposed529: If EDEBUG is given as argument, after each CHARMM energy call the energy is decomposed
535: and the components printed. Produces a lot of output!530: and the components printed. Produces a lot of output!
536: 531: 
537: \item {\it CHECKINDEX nevs ceig nevl\/}: instructs the program to check the Hessian532: \item {\it CHECKINDEX nevs ceig nevl\/}: instructs the program to check the Hessian
538: index after a BFGS minimisation or BFGS hybrid transition533: index after a BFGS minimisation or BFGS hybrid transition
539: state search. This keyword also works with {\it NOHESS\/}.534: state search. This keyword also works with {\it NOHESS\/}.


legend
Lines Added 
Lines changed
 Lines Removed

hdiff - version: 2.1.0