hdiff output

r25490/top_all22_prot_perm.inp 2017-01-21 10:32:55.847188235 +0000 r25489/top_all22_prot_perm.inp 2017-01-21 10:32:56.135188235 +0000
  1: *>>>>>>>>CHARMM22 All-Hydrogen Topology File for Proteins <<<<<<  1: svn: E195012: Unable to find repository location for 'svn+ssh://svn.ch.private.cam.ac.uk/groups/wales/trunk/CHARMM31/toppar/top_all22_prot_perm.inp' in revision 25489
  2: *>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> December 2003 <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<< 
  3: * All comments to ADM jr. via the CHARMM web site: www.charmm.org 
  4: *               parameter set discussion forum 
  5: * 
  6: 22  1 
  7:  
  8: ! 
  9: ! 
 10: ! references 
 11: ! 
 12: !PROTEINS 
 13: ! 
 14: !MacKerell, Jr., A. D.; Bashford, D.; Bellott, M.; Dunbrack Jr., R.L.; 
 15: !Evanseck, J.D.; Field, M.J.; Fischer, S.; Gao, J.; Guo, H.; Ha, S.; 
 16: !Joseph-McCarthy, D.; Kuchnir, L.; Kuczera, K.; Lau, F.T.K.; Mattos, 
 17: !C.; Michnick, S.; Ngo, T.; Nguyen, D.T.; Prodhom, B.; Reiher, III, 
 18: !W.E.; Roux, B.; Schlenkrich, M.; Smith, J.C.; Stote, R.; Straub, J.; 
 19: !Watanabe, M.; Wiorkiewicz-Kuczera, J.; Yin, D.; Karplus, M.  All-atom 
 20: !empirical potential for molecular modeling and dynamics Studies of 
 21: !proteins.  Journal of Physical Chemistry B, 1998, 102, 3586-3616. 
 22: ! 
 23: !IONS (see lipid and nucleic acid topology and parameter files for 
 24: !additional ions 
 25: ! 
 26: !ZINC 
 27: ! 
 28: !Roland H. Stote and Martin Karplus, Zinc Binding in Proteins and 
 29: !Solution: A Simple but Accurate Nonbonded Representation, PROTEINS: 
 30: !Structure, Function, and Genetics 23:12-31 (1995) 
 31: ! 
 32:  
 33: MASS     1 H      1.00800 H ! polar H 
 34: MASS     2 HC     1.00800 H ! N-ter H 
 35: MASS     3 HA     1.00800 H ! nonpolar H 
 36: MASS     4 HT     1.00800 H ! TIPS3P WATER HYDROGEN 
 37: MASS     5 HP     1.00800 H ! aromatic H 
 38: MASS     6 HB     1.00800 H ! backbone H 
 39: MASS     7 HR1    1.00800 H ! his he1, (+) his HG,HD2 
 40: MASS     8 HR2    1.00800 H ! (+) his HE1 
 41: MASS     9 HR3    1.00800 H ! neutral his HG, HD2 
 42: MASS    10 HS     1.00800 H ! thiol hydrogen 
 43: MASS    11 HE1    1.00800 H ! for alkene; RHC=CR 
 44: MASS    12 HE2    1.00800 H ! for alkene; H2C=CR 
 45: MASS    13 HA1    1.00800 H ! alkane, CH, new LJ params (see toppar_all22_prot_aliphatic_c27.str) 
 46: MASS    14 HA2    1.00800 H ! alkane, CH2, new LJ params (see toppar_all22_prot_aliphatic_c27.str) 
 47: MASS    15 HA3    1.00800 H ! alkane, CH3, new LJ params (see toppar_all22_prot_aliphatic_c27.str) 
 48: MASS    16 HF1    1.00800 H ! Aliphatic H on fluorinated C (see toppar_all22_prot_fluoro_alkanes.str) 
 49: MASS    17 HF2    1.00800 H ! Aliphatic H on fluorinated C (see toppar_all22_prot_fluoro_alkanes.str) 
 50: MASS    20 C     12.01100 C ! carbonyl C, peptide backbone 
 51: MASS    21 CA    12.01100 C ! aromatic C 
 52: MASS    22 CT1   12.01100 C ! aliphatic sp3 C for CH 
 53: MASS    23 CT2   12.01100 C ! aliphatic sp3 C for CH2 
 54: MASS    24 CT3   12.01100 C ! aliphatic sp3 C for CH3 
 55: MASS    25 CPH1  12.01100 C ! his CG and CD2 carbons 
 56: MASS    26 CPH2  12.01100 C ! his CE1 carbon 
 57: MASS    27 CPT   12.01100 C ! trp C between rings 
 58: MASS    28 CY    12.01100 C ! TRP C in pyrrole ring 
 59: MASS    29 CP1   12.01100 C ! tetrahedral C (proline CA) 
 60: MASS    30 CP2   12.01100 C ! tetrahedral C (proline CB/CG) 
 61: MASS    31 CP3   12.01100 C ! tetrahedral C (proline CD) 
 62: MASS    32 CC    12.01100 C ! carbonyl C, asn,asp,gln,glu,cter,ct2 
 63: MASS    33 CD    12.01100 C ! carbonyl C, pres aspp,glup,ct1 
 64: MASS    34 CPA   12.01100 C ! heme alpha-C 
 65: MASS    35 CPB   12.01100 C ! heme beta-C 
 66: MASS    36 CPM   12.01100 C ! heme meso-C 
 67: MASS    37 CM    12.01100 C ! heme CO carbon 
 68: MASS    38 CS    12.01100 C ! thiolate carbon 
 69: MASS    39 CE1   12.01100 C ! for alkene; RHC=CR 
 70: MASS    40 CE2   12.01100 C ! for alkene; H2C=CR 
 71: MASS    41 CST   12.01100 C ! CO2 carbon  
 72: MASS    42 CT    12.01100 C ! aliphatic sp3 C, new LJ params, no hydrogens (see toppar_all22_prot_aliphatic_c27.str) 
 73: MASS    43 CT1x  12.01100 C ! aliphatic sp3 C for CH, new LJ params (see toppar_all22_prot_aliphatic_c27.str) 
 74: MASS    44 CT2x  12.01100 C ! aliphatic sp3 C for CH2, new LJ params (see toppar_all22_prot_aliphatic_c27.str) 
 75: MASS    45 CT3x  12.01100 C ! aliphatic sp3 C for CH3, new LJ params (see toppar_all22_prot_aliphatic_c27.str) 
 76: MASS    46 CN    12.01100 C ! C for cyano group (see toppar_all22_prot_pyridines.str) 
 77: MASS    47 CAP   12.01100 C ! aromatic C for pyrimidines (see toppar_all22_prot_pyridines.str) 
 78: MASS    48 COA   12.01100 C ! carbonyl C for pyrimidines (see toppar_all22_prot_pyridines.str) 
 79: MASS    50 N     14.00700 N ! proline N 
 80: MASS    51 NR1   14.00700 N ! neutral his protonated ring nitrogen 
 81: MASS    52 NR2   14.00700 N ! neutral his unprotonated ring nitrogen 
 82: MASS    53 NR3   14.00700 N ! charged his ring nitrogen 
 83: MASS    54 NH1   14.00700 N ! peptide nitrogen 
 84: MASS    55 NH2   14.00700 N ! amide nitrogen 
 85: MASS    56 NH3   14.00700 N ! ammonium nitrogen 
 86: MASS    57 NC2   14.00700 N ! guanidinium nitroogen 
 87: MASS    58 NY    14.00700 N ! TRP N in pyrrole ring 
 88: MASS    59 NP    14.00700 N ! Proline ring NH2+ (N-terminal) 
 89: MASS    60 NPH   14.00700 N ! heme pyrrole N 
 90: MASS    61 NC    14.00700 N ! N for cyano group (see toppar_all22_prot_pyridines.str) 
 91: MASS    70 O     15.99900 O ! carbonyl oxygen 
 92: MASS    71 OB    15.99900 O ! carbonyl oxygen in acetic acid 
 93: MASS    72 OC    15.99900 O ! carboxylate oxygen 
 94: MASS    73 OH1   15.99900 O ! hydroxyl oxygen 
 95: MASS    74 OS    15.99940 O ! ester oxygen 
 96: MASS    75 OT    15.99940 O ! TIPS3P WATER OXYGEN 
 97: MASS    76 OM    15.99900 O ! heme CO/O2 oxygen 
 98: MASS    77 OST   15.99900 O ! CO2 oxygen 
 99: MASS    78 OCA   15.99900 O ! carbonyl O for pyrimidines (see toppar_all22_prot_pyridines.str) 
100: MASS    81 S     32.06000 S ! sulphur 
101: MASS    82 SM    32.06000 S ! sulfur C-S-S-C type 
102: MASS    83 SS    32.06000 S ! thiolate sulfur 
103: MASS    85 HE     4.00260 HE ! helium 
104: MASS    86 NE    20.17970 NE ! neon 
105: MASS    87 CF1   12.01100 C ! monofluoromethyl (see toppar_all22_prot_fluoro_alkanes.str) 
106: MASS    88 CF2   12.01100 C ! difluoromethyl (see toppar_all22_prot_fluoro_alkanes.str) 
107: MASS    89 CF3   12.01100 C ! trifluoromethyl (see toppar_all22_prot_fluoro_alkanes.str) 
108: MASS    90 FE    55.84700 Fe ! heme iron 56 
109: MASS    91 CLAL  35.45300 CL ! Chlorine Atom (see toppar_all22_prot_aldehydes.str) 
110: MASS    92 FA    18.99800 F ! aromatic flourine (see toppar_all22_prot_pyridines.str) 
111: MASS    93 F1    18.99800 F ! Fluorine, monofluoro (see toppar_all22_prot_fluoro_alkanes.str) 
112: MASS    94 F2    18.99800 F ! Fluorine, difluoro (see toppar_all22_prot_fluoro_alkanes.str) 
113: MASS    95 F3    18.99800 F ! Fluorine, trifluoro (see toppar_all22_prot_fluoro_alkanes.str) 
114: MASS    99 DUM    0.00000 H ! dummy atom 
115: MASS   100 SOD  22.989770 NA ! Sodium Ion 
116: MASS   101 MG   24.305000 MG ! Magnesium Ion 
117: MASS   102 POT  39.102000 K  ! Potassium Ion! check masses 
118: MASS   103 CES 132.900000 CS ! Cesium Ion 
119: MASS   104 CAL  40.080000 CA ! Calcium Ion 
120: MASS   105 CLA  35.450000 CL ! Chloride Ion 
121: MASS   106 ZN   65.370000 ZN ! zinc (II) cation 
122:  
123: DECL -CA   
124: DECL -C   
125: DECL -O   
126: DECL +N   
127: DECL +HN   
128: DECL +CA   
129: DEFA FIRS NTER LAST CTER    
130: AUTO ANGLES DIHE    
131:  
132: RESI ALA          0.00 
133: GROUP    
134: ATOM N    NH1    -0.47  !     | 
135: ATOM HN   H       0.31  !  HN-N 
136: ATOM CA   CT1     0.07  !     |     HB1 
137: ATOM HA   HB      0.09  !     |    / 
138: GROUP                   !  HA-CA--CB-HB2 
139: ATOM CB   CT3    -0.27  !     |    \ 
140: ATOM HB1  HA      0.09  !     |     HB3 
141: ATOM HB2  HA      0.09  !   O=C 
142: ATOM HB3  HA      0.09  !     | 
143: GROUP                   ! 
144: ATOM C    C       0.51 
145: ATOM O    O      -0.51 
146: BOND CB CA  N  HN  N  CA   
147: BOND C  CA  C  +N  CA HA  CB HB1  CB HB2  CB HB3  
148: DOUBLE O  C  
149: IMPR N -C CA HN  C CA +N O    
150: DONOR HN N    
151: ACCEPTOR O C    
152: IC -C   CA   *N   HN    1.3551 126.4900  180.0000 115.4200  0.9996 
153: IC -C   N    CA   C     1.3551 126.4900  180.0000 114.4400  1.5390 
154: IC N    CA   C    +N    1.4592 114.4400  180.0000 116.8400  1.3558 
155: IC +N   CA   *C   O     1.3558 116.8400  180.0000 122.5200  1.2297 
156: IC CA   C    +N   +CA   1.5390 116.8400  180.0000 126.7700  1.4613 
157: IC N    C    *CA  CB    1.4592 114.4400  123.2300 111.0900  1.5461 
158: IC N    C    *CA  HA    1.4592 114.4400 -120.4500 106.3900  1.0840 
159: IC C    CA   CB   HB1   1.5390 111.0900  177.2500 109.6000  1.1109 
160: IC HB1  CA   *CB  HB2   1.1109 109.6000  119.1300 111.0500  1.1119 
161: IC HB1  CA   *CB  HB3   1.1109 109.6000 -119.5800 111.6100  1.1114 
162:  
163: RESI ARG          1.00 
164: GROUP    
165: ATOM N    NH1    -0.47  !     |                      HH11 
166: ATOM HN   H       0.31  !  HN-N                       | 
167: ATOM CA   CT1     0.07  !     |   HB1 HG1 HD1 HE     NH1-HH12 
168: ATOM HA   HB      0.09  !     |   |   |   |   |    //(+)   
169: GROUP                   !  HA-CA--CB--CG--CD--NE--CZ 
170: ATOM CB   CT2    -0.18  !     |   |   |   |         \ 
171: ATOM HB1  HA      0.09  !     |   HB2 HG2 HD2        NH2-HH22 
172: ATOM HB2  HA      0.09  !   O=C                       | 
173: GROUP                   !     |                      HH21 
174: ATOM CG   CT2    -0.18 
175: ATOM HG1  HA      0.09 
176: ATOM HG2  HA      0.09 
177: GROUP    
178: ATOM CD   CT2     0.20 
179: ATOM HD1  HA      0.09 
180: ATOM HD2  HA      0.09 
181: ATOM NE   NC2    -0.70 
182: ATOM HE   HC      0.44 
183: ATOM CZ   C       0.64 
184: ATOM NH1  NC2    -0.80 
185: ATOM HH11 HC      0.46 
186: ATOM HH12 HC      0.46 
187: ATOM NH2  NC2    -0.80 
188: ATOM HH21 HC      0.46 
189: ATOM HH22 HC      0.46 
190: GROUP    
191: ATOM C    C       0.51 
192: ATOM O    O      -0.51 
193: BOND CB  CA  CG  CB  CD CG  NE CD  CZ NE    
194: BOND NH2 CZ  N  HN  N  CA    
195: BOND C   CA  C  +N  CA HA  CB HB1    
196: BOND CB  HB2 CG  HG1 CG HG2 CD HD1 CD HD2    
197: BOND NE  HE  NH1 HH11  NH1 HH12  NH2 HH21  NH2 HH22  
198: DOUBLE O  C    CZ  NH1   
199: IMPR N  -C  CA  HN   C CA +N O    
200: IMPR CZ NH1 NH2 NE 
201: DONOR HN N    
202: DONOR HE NE    
203: DONOR HH11 NH1    
204: DONOR HH12 NH1    
205: DONOR HH21 NH2    
206: DONOR HH22 NH2    
207: ACCEPTOR O C    
208: IC -C   CA   *N   HN    1.3496 122.4500  180.0000 116.6700  0.9973 
209: IC -C   N    CA   C     1.3496 122.4500  180.0000 109.8600  1.5227 
210: IC N    CA   C    +N    1.4544 109.8600  180.0000 117.1200  1.3511 
211: IC +N   CA   *C   O     1.3511 117.1200  180.0000 121.4000  1.2271 
212: IC CA   C    +N   +CA   1.5227 117.1200  180.0000 124.6700  1.4565 
213: IC N    C    *CA  CB    1.4544 109.8600  123.6400 112.2600  1.5552 
214: IC N    C    *CA  HA    1.4544 109.8600 -117.9300 106.6100  1.0836 
215: IC N    CA   CB   CG    1.4544 110.7000  180.0000 115.9500  1.5475 
216: IC CG   CA   *CB  HB1   1.5475 115.9500  120.0500 106.4000  1.1163 
217: IC CG   CA   *CB  HB2   1.5475 115.9500 -125.8100 109.5500  1.1124 
218: IC CA   CB   CG   CD    1.5552 115.9500  180.0000 114.0100  1.5384 
219: IC CD   CB   *CG  HG1   1.5384 114.0100  125.2000 108.5500  1.1121 
220: IC CD   CB   *CG  HG2   1.5384 114.0100 -120.3000 108.9600  1.1143 
221: IC CB   CG   CD   NE    1.5475 114.0100  180.0000 107.0900  1.5034 
222: IC NE   CG   *CD  HD1   1.5034 107.0900  120.6900 109.4100  1.1143 
223: IC NE   CG   *CD  HD2   1.5034 107.0900 -119.0400 111.5200  1.1150 
224: IC CG   CD   NE   CZ    1.5384 107.0900  180.0000 123.0500  1.3401 
225: IC CZ   CD   *NE  HE    1.3401 123.0500  180.0000 113.1400  1.0065 
226: IC CD   NE   CZ   NH1   1.5034 123.0500  180.0000 118.0600  1.3311 
227: IC NE   CZ   NH1  HH11  1.3401 118.0600 -178.2800 120.6100  0.9903 
228: IC HH11 CZ   *NH1 HH12  0.9903 120.6100  171.1900 116.2900  1.0023 
229: IC NH1  NE   *CZ  NH2   1.3311 118.0600  178.6400 122.1400  1.3292 
230: IC NE   CZ   NH2  HH21  1.3401 122.1400 -174.1400 119.9100  0.9899 
231: IC HH21 CZ   *NH2 HH22  0.9899 119.9100  166.1600 116.8800  0.9914  
232:  
233: RESI ASN          0.00 
234: GROUP    
235: ATOM N    NH1    -0.47  !     |        
236: ATOM HN   H       0.31  !  HN-N        
237: ATOM CA   CT1     0.07  !     |   HB1 OD1    HD21 (cis to OD1) 
238: ATOM HA   HB      0.09  !     |   |   ||    / 
239: GROUP                   !  HA-CA--CB--CG--ND2 
240: ATOM CB   CT2    -0.18  !     |   |         \ 
241: ATOM HB1  HA      0.09  !     |   HB2        HD22 (trans to OD1) 
242: ATOM HB2  HA      0.09  !   O=C            
243: GROUP                   !     |            
244: ATOM CG   CC      0.55 
245: ATOM OD1  O      -0.55 
246: GROUP    
247: ATOM ND2  NH2    -0.62 
248: ATOM HD21 H       0.32 
249: ATOM HD22 H       0.30 
250: GROUP    
251: ATOM C    C       0.51 
252: ATOM O    O      -0.51 
253: BOND CB CA  CG CB   ND2 CG    
254: BOND N  HN  N  CA   C   CA    C +N    
255: BOND CA HA  CB HB1  CB  HB2  ND2 HD21  ND2 HD22  
256: DOUBLE C  O   CG  OD1   
257: IMPR N   -C  CA   HN    C   CA +N   O    
258: IMPR CG  ND2 CB   OD1   CG  CB ND2  OD1    
259: IMPR ND2 CG  HD21 HD22  ND2 CG HD22 HD21    
260: DONOR HN N    
261: DONOR HD21 ND2    
262: DONOR HD22 ND2    
263: ACCEPTOR OD1 CG    
264: ACCEPTOR O C    
265: IC -C   CA   *N   HN    1.3480 124.0500  180.0000 114.4900  0.9992 
266: IC -C   N    CA   C     1.3480 124.0500  180.0000 105.2300  1.5245 
267: IC N    CA   C    +N    1.4510 105.2300  180.0000 117.3800  1.3467 
268: IC +N   CA   *C   O     1.3467 117.3800  180.0000 120.3200  1.2282 
269: IC CA   C    +N   +CA   1.5245 117.3800  180.0000 124.8800  1.4528 
270: IC N    C    *CA  CB    1.4510 105.2300  121.1800 113.0400  1.5627 
271: IC N    C    *CA  HA    1.4510 105.2300 -115.5200 107.6300  1.0848 
272: IC N    CA   CB   CG    1.4510 110.9100  180.0000 114.3000  1.5319 
273: IC CG   CA   *CB  HB1   1.5319 114.3000  119.1700 107.8200  1.1120 
274: IC CG   CA   *CB  HB2   1.5319 114.3000 -123.7400 110.3400  1.1091 
275: IC CA   CB   CG   OD1   1.5627 114.3000  180.0000 122.5600  1.2323 
276: IC OD1  CB   *CG  ND2   1.2323 122.5600 -179.1900 116.1500  1.3521 
277: IC CB   CG   ND2  HD21  1.5319 116.1500 -179.2600 117.3500  0.9963 
278: IC HD21 CG   *ND2 HD22  0.9963 117.3500  178.0200 120.0500  0.9951 
279:  
280: RESI ASP         -1.00 
281: GROUP    
282: ATOM N    NH1    -0.47  !     |        
283: ATOM HN   H       0.31  !  HN-N        
284: ATOM CA   CT1     0.07  !     |   HB1   OD1 
285: ATOM HA   HB      0.09  !     |   |    // 
286: GROUP                   !  HA-CA--CB--CG 
287: ATOM CB   CT2    -0.28  !     |   |    \ 
288: ATOM HB1  HA      0.09  !     |   HB2   OD2(-) 
289: ATOM HB2  HA      0.09  !   O=C            
290: ATOM CG   CC      0.62  !     |            
291: ATOM OD1  OC     -0.76 
292: ATOM OD2  OC     -0.76 
293: GROUP    
294: ATOM C    C       0.51 
295: ATOM O    O      -0.51 
296: BOND CB CA  CG CB  OD2 CG    
297: BOND N  HN  N  CA   C   CA  C +N    
298: BOND CA HA  CB HB1  CB HB2    
299: DOUBLE  O   C   CG  OD1 
300: IMPR N   -C CA  HN  C CA +N O    
301: !IMPR OD1 CB OD2 CG 
302: ! JMC IMPR CG  CB OD2 OD1 
303: IMPR CG  OD1 OD2 CB 
304: DONOR HN N    
305: ACCEPTOR OD1 CG    
306: ACCEPTOR OD2 CG    
307: ACCEPTOR O C    
308: IC -C   CA   *N   HN    1.3465 125.3100  180.0000 112.9400  0.9966 
309: IC -C   N    CA   C     1.3465 125.3100  180.0000 105.6300  1.5315 
310: IC N    CA   C    +N    1.4490 105.6300  180.0000 117.0600  1.3478 
311: IC +N   CA   *C   O     1.3478 117.0600  180.0000 120.7100  1.2330 
312: IC CA   C    +N   +CA   1.5315 117.0600  180.0000 125.3900  1.4484 
313: IC N    C    *CA  CB    1.4490 105.6300  122.3300 114.1000  1.5619 
314: IC N    C    *CA  HA    1.4490 105.6300 -116.4000 106.7700  1.0841 
315: IC N    CA   CB   CG    1.4490 111.1000  180.0000 112.6000  1.5218 
316: IC CG   CA   *CB  HB1   1.5218 112.6000  119.2200 109.2300  1.1086 
317: IC CG   CA   *CB  HB2   1.5218 112.6000 -121.6100 110.6400  1.1080 
318: IC CA   CB   CG   OD1   1.5619 112.6000  180.0000 117.9900  1.2565 
319: IC OD1  CB   *CG  OD2   1.2565 117.9900 -170.2300 117.7000  1.2541 
320:  
321: RESI CYS          0.00 
322: GROUP    
323: ATOM N    NH1    -0.47  !     |        
324: ATOM HN   H       0.31  !  HN-N        
325: ATOM CA   CT1     0.07  !     |   HB1 
326: ATOM HA   HB      0.09  !     |   |   
327: GROUP                   !  HA-CA--CB--SG 
328: ATOM CB   CT2    -0.11  !     |   |     \ 
329: ATOM HB1  HA      0.09  !     |   HB2    HG1 
330: ATOM HB2  HA      0.09  !   O=C            
331: ATOM SG   S      -0.23  !     |            
332: ATOM HG1  HS      0.16 
333: GROUP    
334: ATOM C    C       0.51 
335: ATOM O    O      -0.51 
336: BOND CB CA   SG CB   N HN  N  CA    
337: BOND C  CA   C +N  CA HA  CB HB1    
338: BOND CB HB2  SG HG1 
339: DOUBLE O  C    
340: IMPR N -C CA HN  C CA +N O    
341: DONOR HN N    
342: DONOR HG1 SG    
343: ACCEPTOR O C    
344: IC -C   CA   *N   HN    1.3479 123.9300  180.0000 114.7700  0.9982 
345: IC -C   N    CA   C     1.3479 123.9300  180.0000 105.8900  1.5202 
346: IC N    CA   C    +N    1.4533 105.8900  180.0000 118.3000  1.3498 
347: IC +N   CA   *C   O     1.3498 118.3000  180.0000 120.5900  1.2306 
348: IC CA   C    +N   +CA   1.5202 118.3000  180.0000 124.5000  1.4548 
349: IC N    C    *CA  CB    1.4533 105.8900  121.7900 111.9800  1.5584 
350: IC N    C    *CA  HA    1.4533 105.8900 -116.3400 107.7100  1.0837 
351: IC N    CA   CB   SG    1.4533 111.5600  180.0000 113.8700  1.8359 
352: IC SG   CA   *CB  HB1   1.8359 113.8700  119.9100 107.2400  1.1134 
353: IC SG   CA   *CB  HB2   1.8359 113.8700 -125.3200 109.8200  1.1124 
354: IC CA   CB   SG   HG1   1.5584 113.8700  176.9600  97.1500  1.3341 
355:  
356: RESI GLN          0.00 
357: GROUP    
358: ATOM N    NH1    -0.47  !     |           
359: ATOM HN   H       0.31  !  HN-N           
360: ATOM CA   CT1     0.07  !     |   HB1 HG1 OE1   HE21 (cis to OE1) 
361: ATOM HA   HB      0.09  !     |   |   |   ||    / 
362: GROUP                   !  HA-CA--CB--CG--CD--NE2 
363: ATOM CB   CT2    -0.18  !     |   |   |         \ 
364: ATOM HB1  HA      0.09  !     |   HB2 HG2       HE22 (trans to OE1) 
365: ATOM HB2  HA      0.09  !   O=C           
366: GROUP                   !     |           
367: ATOM CG   CT2    -0.18 
368: ATOM HG1  HA      0.09 
369: ATOM HG2  HA      0.09 
370: GROUP    
371: ATOM CD   CC      0.55 
372: ATOM OE1  O      -0.55 
373: GROUP    
374: ATOM NE2  NH2    -0.62 
375: ATOM HE21 H       0.32 
376: ATOM HE22 H       0.30 
377: GROUP    
378: ATOM C    C       0.51 
379: ATOM O    O      -0.51 
380: BOND CB CA  CG  CB   CD  CG   NE2 CD    
381: BOND N  HN  N   CA   C   CA    
382: BOND C  +N  CA  HA   CB  HB1  CB  HB2  CG HG1    
383: BOND CG HG2 NE2 HE21 NE2 HE22    
384: DOUBLE O  C    CD  OE1   
385: IMPR N   -C  CA   HN    C   CA +N   O    
386: IMPR CD  NE2 CG   OE1   CD  CG NE2  OE1    
387: IMPR NE2 CD  HE21 HE22  NE2 CD HE22 HE21    
388: DONOR HN N    
389: DONOR HE21 NE2    
390: DONOR HE22 NE2    
391: ACCEPTOR OE1 CD    
392: ACCEPTOR O C    
393: IC -C   CA   *N   HN    1.3477 123.9300  180.0000 114.4500  0.9984 
394: IC -C   N    CA   C     1.3477 123.9300  180.0000 106.5700  1.5180 
395: IC N    CA   C    +N    1.4506 106.5700  180.0000 117.7200  1.3463 
396: IC +N   CA   *C   O     1.3463 117.7200  180.0000 120.5900  1.2291 
397: IC CA   C    +N   +CA   1.5180 117.7200  180.0000 124.3500  1.4461 
398: IC N    C    *CA  CB    1.4506 106.5700  121.9100 111.6800  1.5538 
399: IC N    C    *CA  HA    1.4506 106.5700 -116.8200 107.5300  1.0832 
400: IC N    CA   CB   CG    1.4506 111.4400  180.0000 115.5200  1.5534 
401: IC CG   CA   *CB  HB1   1.5534 115.5200  120.9300 106.8000  1.1147 
402: IC CG   CA   *CB  HB2   1.5534 115.5200 -124.5800 109.3400  1.1140 
403: IC CA   CB   CG   CD    1.5538 115.5200  180.0000 112.5000  1.5320 
404: IC CD   CB   *CG  HG1   1.5320 112.5000  118.6900 110.4100  1.1112 
405: IC CD   CB   *CG  HG2   1.5320 112.5000 -121.9100 110.7400  1.1094 
406: IC CB   CG   CD   OE1   1.5534 112.5000  180.0000 121.5200  1.2294 
407: IC OE1  CG   *CD  NE2   1.2294 121.5200  179.5700 116.8400  1.3530 
408: IC CG   CD   NE2  HE21  1.5320 116.8400 -179.7200 116.8600  0.9959 
409: IC HE21 CD   *NE2 HE22  0.9959 116.8600 -178.9100 119.8300  0.9943 
410:  
411: RESI GLU         -1.00 
412: GROUP    
413: ATOM N    NH1    -0.47  !     |           
414: ATOM HN   H       0.31  !  HN-N           
415: ATOM CA   CT1     0.07  !     |   HB1 HG1   OE1 
416: ATOM HA   HB      0.09  !     |   |   |    // 
417: GROUP                   !  HA-CA--CB--CG--CD 
418: ATOM CB   CT2    -0.18  !     |   |   |    \ 
419: ATOM HB1  HA      0.09  !     |   HB2 HG2   OE2(-) 
420: ATOM HB2  HA      0.09  !   O=C           
421: GROUP                   !     |           
422: ATOM CG   CT2    -0.28 
423: ATOM HG1  HA      0.09 
424: ATOM HG2  HA      0.09 
425: ATOM CD   CC      0.62 
426: ATOM OE1  OC     -0.76 
427: ATOM OE2  OC     -0.76 
428: GROUP    
429: ATOM C    C       0.51 
430: ATOM O    O      -0.51 
431: BOND CB CA  CG CB  CD CG  OE2 CD    
432: BOND N  HN  N  CA C   CA    
433: BOND C  +N  CA HA  CB HB1 CB  HB2 CG  HG1    
434: BOND CG HG2   
435: DOUBLE O  C   CD  OE1  
436: IMPR N   -C CA  HN  C CA +N O    
437: !IMPR OE1 CG OE2 CD 
438: ! JMC IMPR CD CG OE2 OE1 
439: IMPR CD OE1 OE2 CG 
440: DONOR HN N    
441: ACCEPTOR OE1 CD    
442: ACCEPTOR OE2 CD    
443: ACCEPTOR O C    
444: IC -C   CA   *N   HN    1.3471 124.4500  180.0000 113.9900  0.9961 
445: IC -C   N    CA   C     1.3471 124.4500  180.0000 107.2700  1.5216 
446: IC N    CA   C    +N    1.4512 107.2700  180.0000 117.2500  1.3501 
447: IC +N   CA   *C   O     1.3501 117.2500  180.0000 121.0700  1.2306 
448: IC CA   C    +N   +CA   1.5216 117.2500  180.0000 124.3000  1.4530 
449: IC N    C    *CA  CB    1.4512 107.2700  121.9000 111.7100  1.5516 
450: IC N    C    *CA  HA    1.4512 107.2700 -118.0600 107.2600  1.0828 
451: IC N    CA   CB   CG    1.4512 111.0400  180.0000 115.6900  1.5557 
452: IC CG   CA   *CB  HB1   1.5557 115.6900  121.2200 108.1600  1.1145 
453: IC CG   CA   *CB  HB2   1.5557 115.6900 -123.6500 109.8100  1.1131 
454: IC CA   CB   CG   CD    1.5516 115.6900  180.0000 115.7300  1.5307 
455: IC CD   CB   *CG  HG1   1.5307 115.7300  117.3800 109.5000  1.1053 
456: IC CD   CB   *CG  HG2   1.5307 115.7300 -121.9600 111.0000  1.1081 
457: IC CB   CG   CD   OE1   1.5557 115.7300  180.0000 114.9900  1.2590 
458: IC OE1  CG   *CD  OE2   1.2590 114.9900 -179.1000 120.0800  1.2532 
459:  
460: RESI GLY          0.00 
461: GROUP    
462: ATOM N    NH1    -0.47  !     | 
463: ATOM HN   H       0.31  !     N-H 
464: ATOM CA   CT2    -0.02  !     |   
465: ATOM HA1  HB      0.09  !     |   
466: ATOM HA2  HB      0.09  ! HA1-CA-HA2 
467: GROUP                   !     |   
468: ATOM C    C       0.51  !     |   
469: ATOM O    O      -0.51  !     C=O 
470:                         !     | 
471: BOND N HN  N  CA  C CA    
472: BOND C +N  CA HA1 CA HA2   
473: DOUBLE O  C  
474: IMPR N -C  CA HN  C CA   +N O    
475: DONOR HN N    
476: ACCEPTOR O C    
477: IC -C   CA   *N   HN    1.3475 122.8200  180.0000 115.6200  0.9992 
478: IC -C   N    CA   C     1.3475 122.8200  180.0000 108.9400  1.4971 
479: IC N    CA   C    +N    1.4553 108.9400  180.0000 117.6000  1.3479 
480: IC +N   CA   *C   O     1.3479 117.6000  180.0000 120.8500  1.2289 
481: IC CA   C    +N   +CA   1.4971 117.6000  180.0000 124.0800  1.4560 
482: IC N    C    *CA  HA1   1.4553 108.9400  117.8600 108.0300  1.0814 
483: IC N    C    *CA  HA2   1.4553 108.9400 -118.1200 107.9500  1.0817 
484: PATCHING FIRS GLYP    
485:  
486: RESI HSD          0.00  ! neutral HIS, proton on ND1 
487: GROUP    
488: ATOM N    NH1    -0.47  !     |          HD1    HE1 
489: ATOM HN   H       0.31  !  HN-N           |     / 
490: ATOM CA   CT1     0.07  !     |   HB1    ND1--CE1 
491: ATOM HA   HB      0.09  !     |   |     /      || 
492: GROUP                   !  HA-CA--CB--CG       || 
493: ATOM CB   CT2    -0.09  !     |   |     \\     || 
494: ATOM HB1  HA      0.09  !     |   HB2    CD2--NE2 
495: ATOM HB2  HA      0.09  !   O=C           | 
496: ATOM ND1  NR1    -0.36  !     |          HD2 
497: ATOM HD1  H       0.32 
498: ATOM CG   CPH1   -0.05 
499: GROUP    
500: ATOM CE1  CPH2    0.25 
501: ATOM HE1  HR1     0.13 
502: ATOM NE2  NR2    -0.70 
503: ATOM CD2  CPH1    0.22 
504: ATOM HD2  HR3     0.10 
505: GROUP    
506: ATOM C    C       0.51 
507: ATOM O    O      -0.51 
508: BOND CB  CA   CG  CB   ND1 CG   CE1 ND1    
509: BOND NE2 CD2  N   HN   N   CA    
510: BOND C   CA   C   +N   CA  HA   CB  HB1    
511: BOND CB  HB2  ND1 HD1  CD2 HD2  CE1 HE1   
512: DOUBLE O  C   CG  CD2   CE1  NE2  
513: IMPR ND1 CG CE1 HD1  CD2 CG  NE2 HD2  CE1 ND1 NE2 HE1    
514: IMPR ND1 CE1 CG HD1  CD2 NE2 CG  HD2  CE1 NE2 ND1 HE1    
515: IMPR N   -C  CA HN   C   CA  +N  O    
516: DONOR HN N    
517: DONOR HD1 ND1    
518: ACCEPTOR NE2    
519: ACCEPTOR O C    
520: IC -C   CA   *N   HN    1.3475 123.2700  180.0000 115.2100  0.9988 
521: IC -C   N    CA   C     1.3475 123.2700  180.0000 107.7000  1.5166 
522: IC N    CA   C    +N    1.4521 107.7000  180.0000 117.5700  1.3509 
523: IC +N   CA   *C   O     1.3509 117.5700  180.0000 120.2400  1.2273 
524: IC CA   C    +N   +CA   1.5166 117.5700  180.0000 123.7200  1.4545 
525: IC N    C    *CA  CB    1.4521 107.7000  122.4600 109.9900  1.5519 
526: IC N    C    *CA  HA    1.4521 107.7000 -117.4900 107.3700  1.0830 
527: IC N    CA   CB   CG    1.4521 112.1200  180.0000 114.0500  1.5041 
528: IC CG   CA   *CB  HB1   1.5041 114.0500  121.1700 109.0100  1.1118 
529: IC CG   CA   *CB  HB2   1.5041 114.0500 -122.3600 109.5300  1.1121 
530: IC CA   CB   CG   ND1   1.5519 114.0500   90.0000 124.1000  1.3783 
531: IC ND1  CB   *CG  CD2   1.3783 124.1000 -171.2900 129.6000  1.3597 
532: IC CB   CG   ND1  CE1   1.5041 124.1000 -173.2100 107.0300  1.3549 
533: IC CB   CG   CD2  NE2   1.5041 129.6000  171.9900 110.0300  1.3817 
534: IC NE2  ND1  *CE1 HE1   1.3166 111.6300 -179.6300 123.8900  1.0932 
535: IC CE1  CG   *ND1 HD1   1.3549 107.0300 -174.6500 126.2600  1.0005 
536: IC NE2  CG   *CD2 HD2   1.3817 110.0300 -177.8500 129.6300  1.0834 
537:  
538: RESI HSE          0.00  ! neutral His, proton on NE2 
539: GROUP    
540: ATOM N    NH1    -0.47  !     |                 HE1 
541: ATOM HN   H       0.31  !  HN-N             __  / 
542: ATOM CA   CT1     0.07  !     |   HB1    ND1--CE1 
543: ATOM HA   HB      0.09  !     |   |     /      | 
544: GROUP                   !  HA-CA--CB--CG       | 
545: ATOM CB   CT2    -0.08  !     |   |     \\     | 
546: ATOM HB1  HA      0.09  !     |   HB2    CD2--NE2 
547: ATOM HB2  HA      0.09  !   O=C           |     \ 
548: ATOM ND1  NR2    -0.70  !     |          HD2    HE2 
549: ATOM CG   CPH1    0.22 
550: ATOM CE1  CPH2    0.25 
551: ATOM HE1  HR1     0.13 
552: GROUP 
553: ATOM NE2  NR1    -0.36 
554: ATOM HE2  H       0.32 
555: ATOM CD2  CPH1   -0.05 
556: ATOM HD2  HR3     0.09 
557: GROUP    
558: ATOM C    C       0.51 
559: ATOM O    O      -0.51 
560: BOND CB  CA   CG  CB   ND1 CG      
561: BOND NE2 CD2  N   HN   N   CA       
562: BOND C   CA   C   +N   NE2 CE1  CA  HA   CB HB1    
563: BOND CB  HB2  NE2 HE2  CD2 HD2  CE1 HE1  
564: DOUBLE   O   C   CD2 CG   CE1 ND1 
565: IMPR NE2 CD2 CE1 HE2  CD2 CG  NE2 HD2  CE1 ND1 NE2 HE1    
566: IMPR NE2 CE1 CD2 HE2  CD2 NE2 CG  HD2  CE1 NE2 ND1 HE1    
567: IMPR N   -C  CA  HN   C   CA  +N  O    
568: DONOR HN N    
569: DONOR HE2 NE2    
570: ACCEPTOR ND1    
571: ACCEPTOR O C    
572: IC -C   CA   *N   HN    1.3472 124.1600  180.0000 114.3600  0.9991 
573: IC -C   N    CA   C     1.3472 124.1600  180.0000 106.4300  1.5166 
574: IC N    CA   C    +N    1.4532 106.4300  180.0000 116.9700  1.3446 
575: IC +N   CA   *C   O     1.3446 116.9700  180.0000 120.6800  1.2290 
576: IC CA   C    +N   +CA   1.5166 116.9700  180.0000 124.9500  1.4505 
577: IC N    C    *CA  CB    1.4532 106.4300  123.5200 111.6700  1.5578 
578: IC N    C    *CA  HA    1.4532 106.4300 -116.4900 107.0800  1.0833 
579: IC N    CA   CB   CG    1.4532 112.8200  180.0000 116.9400  1.5109 
580: IC CG   CA   *CB  HB1   1.5109 116.9400  119.8000 107.9100  1.1114 
581: IC CG   CA   *CB  HB2   1.5109 116.9400 -124.0400 109.5000  1.1101 
582: IC CA   CB   CG   ND1   1.5578 116.9400   90.0000 120.1700  1.3859 
583: IC ND1  CB   *CG  CD2   1.3859 120.1700 -178.2600 129.7100  1.3596 
584: IC CB   CG   ND1  CE1   1.5109 120.1700 -179.2000 105.2000  1.3170 
585: IC CB   CG   CD2  NE2   1.5109 129.7100  178.6600 105.8000  1.3782 
586: IC NE2  ND1  *CE1 HE1   1.3539 111.7600  179.6900 124.5800  1.0929 
587: IC CE1  CD2  *NE2 HE2   1.3539 107.1500 -178.6900 125.8600  0.9996 
588: IC NE2  CG   *CD2 HD2   1.3782 105.8000 -179.3500 129.8900  1.0809 
589:  
590: RESI HSP          1.00  ! Protonated His 
591: GROUP    
592: ATOM N    NH1    -0.47  !     |          HD1    HE1 
593: ATOM HN   H       0.31  !  HN-N           |     / 
594: ATOM CA   CT1     0.07  !     |   HB1    ND1--CE1 
595: ATOM HA   HB      0.09  !     |   |     /      || 
596: GROUP                   !  HA-CA--CB--CG       || 
597: ATOM CB   CT2    -0.05  !     |   |     \\     || 
598: ATOM HB1  HA      0.09  !     |   HB2    CD2--NE2(+) 
599: ATOM HB2  HA      0.09  !   O=C           |     \ 
600: ATOM CD2  CPH1    0.19  !     |          HD2    HE2 
601: ATOM HD2  HR1     0.13 
602: ATOM CG   CPH1    0.19 
603: GROUP 
604: ATOM NE2  NR3    -0.51 
605: ATOM HE2  H       0.44 
606: ATOM ND1  NR3    -0.51 
607: ATOM HD1  H       0.44 
608: ATOM CE1  CPH2    0.32 
609: ATOM HE1  HR2     0.18 
610: GROUP    
611: ATOM C    C       0.51 
612: ATOM O    O      -0.51 
613: BOND CB  CA   CG  CB   ND1 CG   CE1 ND1    
614: BOND NE2 CD2  N   HN   N   CA    
615: BOND C   CA   C   +N  CA  HA  CB HB1    
616: BOND CB  HB2  ND1 HD1  NE2 HE2  CD2 HD2 CE1 HE1 
617: DOUBLE  O   C   CD2 CG     NE2 CE1 
618: IMPR ND1 CG  CE1 HD1  ND1 CE1 CG  HD1 
619: IMPR NE2 CD2 CE1 HE2  NE2 CE1 CD2 HE2    
620: IMPR N   -C  CA  HN   C   CA  +N  O    
621: DONOR HN N    
622: DONOR HD1 ND1    
623: DONOR HE2 NE2    
624: ACCEPTOR O C    
625: IC -C   CA   *N   HN    1.3489 123.9300  180.0000 118.8000  1.0041 
626: IC -C   N    CA   C     1.3489 123.9300  180.0000 112.0300  1.5225 
627: IC N    CA   C    +N    1.4548 112.0300  180.0000 116.4900  1.3464 
628: IC +N   CA   *C   O     1.3464 116.4900  180.0000 121.2000  1.2284 
629: IC CA   C    +N   +CA   1.5225 116.4900  180.0000 124.2400  1.4521 
630: IC N    C    *CA  CB    1.4548 112.0300  125.1300 109.3800  1.5533 
631: IC N    C    *CA  HA    1.4548 112.0300 -119.2000 106.7200  1.0832 
632: IC N    CA   CB   CG    1.4548 112.2500  180.0000 114.1800  1.5168 
633: IC CG   CA   *CB  HB1   1.5168 114.1800  122.5000 108.9900  1.1116 
634: IC CG   CA   *CB  HB2   1.5168 114.1800 -121.5100 108.9700  1.1132 
635: IC CA   CB   CG   ND1   1.5533 114.1800   90.0000 122.9400  1.3718 
636: IC ND1  CB   *CG  CD2   1.3718 122.9400 -165.2600 128.9300  1.3549 
637: IC CB   CG   ND1  CE1   1.5168 122.9400 -167.6200 108.9000  1.3262 
638: IC CB   CG   CD2  NE2   1.5168 128.9300  167.1300 106.9300  1.3727 
639: IC NE2  ND1  *CE1 HE1   1.3256 108.5000  178.3900 125.7600  1.0799 
640: IC CE1  CD2  *NE2 HE2   1.3256 108.8200 -172.9400 125.5200  1.0020 
641: IC CE1  CG   *ND1 HD1   1.3262 108.9000  171.4900 126.0900  1.0018 
642: IC NE2  CG   *CD2 HD2   1.3727 106.9300 -174.4900 128.4100  1.0867 
643:  
644: RESI ILE          0.00 
645: GROUP    
646: ATOM N    NH1    -0.47  !     |    HG21 HG22 
647: ATOM HN   H       0.31  !  HN-N      | /  
648: ATOM CA   CT1     0.07  !     |     CG2--HG23 
649: ATOM HA   HB      0.09  !     |    / 
650: GROUP                   !  HA-CA--CB-HB    HD1 
651: ATOM CB   CT1    -0.09  !     |    \       / 
652: ATOM HB   HA      0.09  !     |     CG1--CD--HD2 
653: GROUP                   !   O=C    / \     \          
654: ATOM CG2  CT3    -0.27  !     | HG11 HG12  HD3 
655: ATOM HG21 HA      0.09 
656: ATOM HG22 HA      0.09 
657: ATOM HG23 HA      0.09 
658: GROUP    
659: ATOM CG1  CT2    -0.18 
660: ATOM HG11 HA      0.09 
661: ATOM HG12 HA      0.09 
662: GROUP    
663: ATOM CD   CT3    -0.27 
664: ATOM HD1  HA      0.09 
665: ATOM HD2  HA      0.09 
666: ATOM HD3  HA      0.09 
667: GROUP    
668: ATOM C    C       0.51 
669: ATOM O    O      -0.51 
670: BOND CB  CA   CG1 CB   CG2 CB   CD  CG1    
671: BOND N   HN   N   CA    C   CA   C   +N    
672: BOND CA  HA   CB  HB   CG1 HG11 CG1 HG12 CG2 HG21    
673: BOND CG2 HG22 CG2 HG23 CD  HD1  CD  HD2  CD  HD3  
674: DOUBLE  O   C 
675: IMPR N -C CA HN  C CA +N O    
676: DONOR HN N    
677: ACCEPTOR O C    
678: IC -C   CA   *N   HN    1.3470 124.1600  180.0000 114.1900  0.9978 
679: IC -C   N    CA   C     1.3470 124.1600  180.0000 106.3500  1.5190 
680: IC N    CA   C    +N    1.4542 106.3500  180.0000 117.9700  1.3465 
681: IC +N   CA   *C   O     1.3465 117.9700  180.0000 120.5900  1.2300 
682: IC CA   C    +N   +CA   1.5190 117.9700  180.0000 124.2100  1.4467 
683: IC N    C    *CA  CB    1.4542 106.3500  124.2200 112.9300  1.5681 
684: IC N    C    *CA  HA    1.4542 106.3500 -115.6300 106.8100  1.0826 
685: IC N    CA   CB   CG1   1.4542 112.7900  180.0000 113.6300  1.5498 
686: IC CG1  CA   *CB  HB    1.5498 113.6300  114.5500 104.4800  1.1195 
687: IC CG1  CA   *CB  CG2   1.5498 113.6300 -130.0400 113.9300  1.5452 
688: IC CA   CB   CG2  HG21  1.5681 113.9300 -171.3000 110.6100  1.1100 
689: IC HG21 CB   *CG2 HG22  1.1100 110.6100  119.3500 110.9000  1.1102 
690: IC HG21 CB   *CG2 HG23  1.1100 110.6100 -120.0900 110.9700  1.1105 
691: IC CA   CB   CG1  CD    1.5681 113.6300  180.0000 114.0900  1.5381 
692: IC CD   CB   *CG1 HG11  1.5381 114.0900  122.3600 109.7800  1.1130 
693: IC CD   CB   *CG1 HG12  1.5381 114.0900 -120.5900 108.8900  1.1141 
694: IC CB   CG1  CD   HD1   1.5498 114.0900 -176.7800 110.3100  1.1115 
695: IC HD1  CG1  *CD  HD2   1.1115 110.3100  119.7500 110.6500  1.1113 
696: IC HD1  CG1  *CD  HD3   1.1115 110.3100 -119.7000 111.0200  1.1103 
697:  
698: RESI LEU          0.00 
699: GROUP    
700: ATOM N    NH1    -0.47  !     |        HD11 HD12 
701: ATOM HN   H       0.31  !  HN-N          | / 
702: ATOM CA   CT1     0.07  !     |   HB1   CD1--HD13 
703: ATOM HA   HB      0.09  !     |   |    / 
704: GROUP                   !  HA-CA--CB--CG-HG 
705: ATOM CB   CT2    -0.18  !     |   |    \  
706: ATOM HB1  HA      0.09  !     |   HB2   CD2--HD23 
707: ATOM HB2  HA      0.09  !   O=C          | \ 
708: GROUP                   !     |        HD21 HD22 
709: ATOM CG   CT1    -0.09 
710: ATOM HG   HA      0.09 
711: GROUP    
712: ATOM CD1  CT3    -0.27 
713: ATOM HD11 HA      0.09 
714: ATOM HD12 HA      0.09 
715: ATOM HD13 HA      0.09 
716: GROUP    
717: ATOM CD2  CT3    -0.27 
718: ATOM HD21 HA      0.09 
719: ATOM HD22 HA      0.09 
720: ATOM HD23 HA      0.09 
721: GROUP    
722: ATOM C    C       0.51 
723: ATOM O    O      -0.51 
724: BOND CB  CA   CG  CB   CD1 CG   CD2 CG    
725: BOND N   HN   N   CA    C   CA   C +N    
726: BOND CA  HA   CB  HB1  CB  HB2  CG  HG   CD1 HD11    
727: BOND CD1 HD12 CD1 HD13 CD2 HD21 CD2 HD22 CD2 HD23 
728: DOUBLE   O   C 
729: IMPR N -C CA HN  C CA +N O    
730: DONOR HN N    
731: ACCEPTOR O C    
732: IC -C   CA   *N   HN    1.3474 124.3100  180.0000 114.2600  0.9979 
733: IC -C   N    CA   C     1.3474 124.3100  180.0000 106.0500  1.5184 
734: IC N    CA   C    +N    1.4508 106.0500  180.0000 117.9300  1.3463 
735: IC +N   CA   *C   O     1.3463 117.9300  180.0000 120.5600  1.2299 
736: IC CA   C    +N   +CA   1.5184 117.9300  180.0000 124.2600  1.4467 
737: IC N    C    *CA  CB    1.4508 106.0500  121.5200 112.1200  1.5543 
738: IC N    C    *CA  HA    1.4508 106.0500 -116.5000 107.5700  1.0824 
739: IC N    CA   CB   CG    1.4508 111.1900  180.0000 117.4600  1.5472 
740: IC CG   CA   *CB  HB1   1.5472 117.4600  120.9800 107.1700  1.1145 
741: IC CG   CA   *CB  HB2   1.5472 117.4600 -124.6700 108.9800  1.1126 
742: IC CA   CB   CG   CD1   1.5543 117.4600  180.0000 110.4800  1.5361 
743: IC CD1  CB   *CG  CD2   1.5361 110.4800  120.0000 112.5700  1.5360 
744: IC CD1  CD2  *CG  HG    1.5361 110.2600  120.0000 108.0200  1.1168 
745: IC CB   CG   CD1  HD11  1.5472 110.4800  177.3300 110.5400  1.1111 
746: IC HD11 CG   *CD1 HD12  1.1111 110.5400  119.9600 110.6200  1.1112 
747: IC HD11 CG   *CD1 HD13  1.1111 110.5400 -119.8500 110.6900  1.1108 
748: IC CB   CG   CD2  HD21  1.5472 112.5700  178.9600 110.3200  1.1116 
749: IC HD21 CG   *CD2 HD22  1.1116 110.3200  119.7100 111.6900  1.1086 
750: IC HD21 CG   *CD2 HD23  1.1116 110.3200 -119.6100 110.4900  1.1115 
751:  
752: RESI LYS          1.00 
753: GROUP    
754: ATOM N    NH1    -0.47  !     |                    
755: ATOM HN   H       0.31  !  HN-N                    
756: ATOM CA   CT1     0.07  !     |   HB1 HG1 HD1 HE1    HZ1 
757: ATOM HA   HB      0.09  !     |   |   |   |   |     /    
758: GROUP                   !  HA-CA--CB--CG--CD--CE--NZ--HZ2 
759: ATOM CB   CT2    -0.18  !     |   |   |   |   |     \ 
760: ATOM HB1  HA      0.09  !     |   HB2 HG2 HD2 HE2    HZ3 
761: ATOM HB2  HA      0.09  !   O=C                   
762: GROUP                   !     |                   
763: ATOM CG   CT2    -0.18 
764: ATOM HG1  HA      0.09 
765: ATOM HG2  HA      0.09 
766: GROUP    
767: ATOM CD   CT2    -0.18 
768: ATOM HD1  HA      0.09 
769: ATOM HD2  HA      0.09 
770: GROUP    
771: ATOM CE   CT2     0.21 
772: ATOM HE1  HA      0.05 
773: ATOM HE2  HA      0.05 
774: ATOM NZ   NH3    -0.30 
775: ATOM HZ1  HC      0.33 
776: ATOM HZ2  HC      0.33 
777: ATOM HZ3  HC      0.33 
778: GROUP    
779: ATOM C    C       0.51 
780: ATOM O    O      -0.51 
781: BOND CB CA   CG CB   CD CG   CE CD   NZ CE    
782: BOND N  HN   N  CA    C  CA    
783: BOND C  +N   CA HA   CB HB1  CB HB2  CG HG1    
784: BOND CG HG2  CD HD1  CD HD2  CE HE1  CE HE2  
785: DOUBLE   O  C    
786: BOND NZ HZ1  NZ HZ2  NZ HZ3    
787: IMPR N -C CA HN  C CA +N O    
788: DONOR HN N    
789: DONOR HZ1 NZ    
790: DONOR HZ2 NZ    
791: DONOR HZ3 NZ    
792: ACCEPTOR O C    
793: IC -C   CA   *N   HN    1.3482 123.5700  180.0000 115.1100  0.9988 
794: IC -C   N    CA   C     1.3482 123.5700  180.0000 107.2900  1.5187 
795: IC N    CA   C    +N    1.4504 107.2900  180.0000 117.2700  1.3478 
796: IC +N   CA   *C   O     1.3478 117.2700  180.0000 120.7900  1.2277 
797: IC CA   C    +N   +CA   1.5187 117.2700  180.0000 124.9100  1.4487 
798: IC N    C    *CA  CB    1.4504 107.2900  122.2300 111.3600  1.5568 
799: IC N    C    *CA  HA    1.4504 107.2900 -116.8800 107.3600  1.0833 
800: IC N    CA   CB   CG    1.4504 111.4700  180.0000 115.7600  1.5435 
801: IC CG   CA   *CB  HB1   1.5435 115.7600  120.9000 107.1100  1.1146 
802: IC CG   CA   *CB  HB2   1.5435 115.7600 -124.4800 108.9900  1.1131 
803: IC CA   CB   CG   CD    1.5568 115.7600  180.0000 113.2800  1.5397 
804: IC CD   CB   *CG  HG1   1.5397 113.2800  120.7400 109.1000  1.1138 
805: IC CD   CB   *CG  HG2   1.5397 113.2800 -122.3400 108.9900  1.1143 
806: IC CB   CG   CD   CE    1.5435 113.2800  180.0000 112.3300  1.5350 
807: IC CE   CG   *CD  HD1   1.5350 112.3300  122.2500 108.4100  1.1141 
808: IC CE   CG   *CD  HD2   1.5350 112.3300 -121.5900 108.1300  1.1146 
809: IC CG   CD   CE   NZ    1.5397 112.3300  180.0000 110.4600  1.4604 
810: IC NZ   CD   *CE  HE1   1.4604 110.4600  119.9100 110.5100  1.1128 
811: IC NZ   CD   *CE  HE2   1.4604 110.4600 -120.0200 110.5700  1.1123 
812: IC CD   CE   NZ   HZ1   1.5350 110.4600  179.9200 110.0200  1.0404 
813: IC HZ1  CE   *NZ  HZ2   1.0404 110.0200  120.2700 109.5000  1.0402 
814: IC HZ1  CE   *NZ  HZ3   1.0404 110.0200 -120.1300 109.4000  1.0401 
815:  
816: RESI MET          0.00 
817: GROUP    
818: ATOM N    NH1    -0.47  !     |                    
819: ATOM HN   H       0.31  !  HN-N                    
820: ATOM CA   CT1     0.07  !     |   HB1 HG1     HE1  
821: ATOM HA   HB      0.09  !     |   |   |       |    
822: GROUP                   !  HA-CA--CB--CG--SD--CE--HE3 
823: ATOM CB   CT2    -0.18  !     |   |   |       |    
824: ATOM HB1  HA      0.09  !     |   HB2 HG2     HE2  
825: ATOM HB2  HA      0.09  !   O=C                   
826: GROUP                   !     |                   
827: ATOM CG   CT2    -0.14 
828: ATOM HG1  HA      0.09 
829: ATOM HG2  HA      0.09 
830: ATOM SD   S      -0.09 
831: ATOM CE   CT3    -0.22 
832: ATOM HE1  HA      0.09 
833: ATOM HE2  HA      0.09 
834: ATOM HE3  HA      0.09 
835: GROUP    
836: ATOM C    C       0.51 
837: ATOM O    O      -0.51 
838: BOND CB CA   CG CB   SD CG   CE SD    
839: BOND N  HN   N  CA    C  CA   C  +N    
840: BOND CA HA   CB HB1  CB HB2  CG HG1  CG HG2    
841: BOND CE HE1  CE HE2  CE HE3   
842: DOUBLE   O  C    
843: IMPR N -C CA HN  C CA +N O    
844: DONOR HN N    
845: ACCEPTOR O C    
846: IC -C   CA   *N   HN    1.3478 124.2100  180.0000 114.3900  0.9978 
847: IC -C   N    CA   C     1.3478 124.2100  180.0000 106.3100  1.5195 
848: IC N    CA   C    +N    1.4510 106.3100  180.0000 117.7400  1.3471 
849: IC +N   CA   *C   O     1.3471 117.7400  180.0000 120.6400  1.2288 
850: IC CA   C    +N   +CA   1.5195 117.7400  180.0000 124.5200  1.4471 
851: IC N    C    *CA  CB    1.4510 106.3100  121.6200 111.8800  1.5546 
852: IC N    C    *CA  HA    1.4510 106.3100 -116.9800 107.5700  1.0832 
853: IC N    CA   CB   CG    1.4510 111.2500  180.0000 115.9200  1.5460 
854: IC CG   CA   *CB  HB1   1.5460 115.9200  120.5600 106.9000  1.1153 
855: IC CG   CA   *CB  HB2   1.5460 115.9200 -124.8000 109.3800  1.1129 
856: IC CA   CB   CG   SD    1.5546 115.9200  180.0000 110.2800  1.8219 
857: IC SD   CB   *CG  HG1   1.8219 110.2800  120.5000 110.3400  1.1106 
858: IC SD   CB   *CG  HG2   1.8219 110.2800 -121.1600 109.6400  1.1119 
859: IC CB   CG   SD   CE    1.5460 110.2800  180.0000  98.9400  1.8206 
860: IC CG   SD   CE   HE1   1.8219  98.9400 -179.4200 110.9100  1.1111 
861: IC HE1  SD   *CE  HE2   1.1111 110.9100  119.9500 111.0300  1.1115 
862: IC HE1  SD   *CE  HE3   1.1111 110.9100 -119.9500 111.0900  1.1112 
863:  
864: RESI PHE          0.00 
865: GROUP    
866: ATOM N    NH1    -0.47  !     |        HD1  HE1     
867: ATOM HN   H       0.31  !  HN-N         |    |    
868: ATOM CA   CT1     0.07  !     |   HB1  CD1--CE1 
869: ATOM HA   HB      0.09  !     |   |    //     \\ 
870: GROUP                   !  HA-CA--CB--CG      CZ--HZ 
871: ATOM CB   CT2    -0.18  !     |   |    \  __  / 
872: ATOM HB1  HA      0.09  !     |   HB2  CD2--CE2 
873: ATOM HB2  HA      0.09  !   O=C         |    |   
874: GROUP                   !     |        HD2  HE2    
875: ATOM CG   CA      0.00 
876: GROUP    
877: ATOM CD1  CA     -0.115 
878: ATOM HD1  HP      0.115 
879: GROUP    
880: ATOM CE1  CA     -0.115 
881: ATOM HE1  HP      0.115 
882: GROUP 
883: ATOM CZ   CA     -0.115 
884: ATOM HZ   HP      0.115 
885: GROUP 
886: ATOM CD2  CA     -0.115 
887: ATOM HD2  HP      0.115 
888: GROUP 
889: ATOM CE2  CA     -0.115 
890: ATOM HE2  HP      0.115 
891: GROUP    
892: ATOM C    C       0.51 
893: ATOM O    O      -0.51 
894: BOND CB  CA   CG CB   CD2 CG   CE1 CD1    
895: BOND CZ  CE2  N   HN    
896: BOND N   CA    C   CA   C   +N   CA  HA    
897: BOND CB  HB1  CB HB2  CD1 HD1  CD2 HD2  CE1 HE1   
898: DOUBLE   O  C    CD1 CG  CZ CE1   CE2 CD2 
899: BOND CE2 HE2  CZ HZ    
900: IMPR N -C CA HN  C CA +N O    
901: DONOR HN N    
902: ACCEPTOR O C    
903: IC -C   CA   *N   HN    1.3476 123.8900  180.0000 114.4700  0.9987 
904: IC -C   N    CA   C     1.3476 123.8900  180.0000 106.3800  1.5229 
905: IC N    CA   C    +N    1.4504 106.3800  180.0000 117.6500  1.3483 
906: IC +N   CA   *C   O     1.3483 117.6500  180.0000 120.4900  1.2287 
907: IC CA   C    +N   +CA   1.5229 117.6500  180.0000 124.1000  1.4523 
908: IC N    C    *CA  CB    1.4504 106.3800  122.4900 112.4500  1.5594 
909: IC N    C    *CA  HA    1.4504 106.3800 -115.6300 107.0500  1.0832 
910: IC N    CA   CB   CG    1.4504 111.6300  180.0000 112.7600  1.5109 
911: IC CG   CA   *CB  HB1   1.5109 112.7600  118.2700 109.1000  1.1119 
912: IC CG   CA   *CB  HB2   1.5109 112.7600 -123.8300 111.1100  1.1113 
913: IC CA   CB   CG   CD1   1.5594 112.7600   90.0000 120.3200  1.4059 
914: IC CD1  CB   *CG  CD2   1.4059 120.3200 -177.9600 120.7600  1.4062 
915: IC CB   CG   CD1  CE1   1.5109 120.3200 -177.3700 120.6300  1.4006 
916: IC CE1  CG   *CD1 HD1   1.4006 120.6300  179.7000 119.6500  1.0814 
917: IC CB   CG   CD2  CE2   1.5109 120.7600  177.2000 120.6200  1.4002 
918: IC CE2  CG   *CD2 HD2   1.4002 120.6200 -178.6900 119.9900  1.0811 
919: IC CG   CD1  CE1  CZ    1.4059 120.6300   -0.1200 119.9300  1.4004 
920: IC CZ   CD1  *CE1 HE1   1.4004 119.9300 -179.6900 120.0100  1.0808 
921: IC CZ   CD2  *CE2 HE2   1.4000 119.9600 -179.9300 119.8700  1.0811 
922: IC CE1  CE2  *CZ  HZ    1.4004 119.9800  179.5100 119.9700  1.0807 
923:  
924: RESI PRO          0.00 
925: GROUP                   !       HD1 HD2 
926: ATOM N    N      -0.29  !     |   \ / 
927: ATOM CD   CP3     0.00  !     N---CD   HG1  ATOM CA   CP1     0.02 
928: ATOM HD1  HA      0.09  !     |     \  / 
929: ATOM HD2  HA      0.09  !     |      CG 
930: ATOM CA   CP1     0.02  !     |     /  \ 
931: ATOM HA   HB      0.09  !  HA-CA--CB   HG2 
932: GROUP                   !     |   / \ 
933: ATOM CB   CP2    -0.18  !     | HB1 HB2 
934: ATOM HB1  HA      0.09  !   O=C 
935: ATOM HB2  HA      0.09  !     | 
936: GROUP 
937: ATOM CG   CP2    -0.18 
938: ATOM HG1  HA      0.09 
939: ATOM HG2  HA      0.09 
940: GROUP    
941: ATOM C    C       0.51 
942: ATOM O    O      -0.51 
943: BOND C  CA  C   +N    
944: BOND N  CA  CA  CB  CB  CG  CG  CD  N   CD    
945: BOND HA CA  HG1 CG  HG2 CG  HD1 CD  HD2 CD  HB1 CB  HB2 CB 
946: DOUBLE   O  C        
947: IMPR N -C CA CD    
948: IMPR C CA +N O    
949: ACCEPTOR O C    
950: IC -C   CA   *N   CD    1.3366 122.9400  178.5100 112.7500  1.4624 
951: IC -C   N    CA   C     1.3366 122.9400  -76.1200 110.8600  1.5399 
952: IC N    CA   C    +N    1.4585 110.8600  180.0000 114.7500  1.3569 
953: IC +N   CA   *C   O     1.3569 114.7500  177.1500 120.4600  1.2316 
954: IC CA   C    +N   +CA   1.5399 116.1200  180.0000 124.8900  1.4517 
955: IC N    C    *CA  CB    1.4585 110.8600  113.7400 111.7400  1.5399 
956: IC N    C    *CA  HA    1.4585 110.8600 -122.4000 109.0900  1.0837 
957: IC N    CA   CB   CG    1.4585 102.5600   31.6100 104.3900  1.5322 
958: IC CA   CB   CG   CD    1.5399 104.3900  -34.5900 103.2100  1.5317 
959: IC N    CA   CB   HB1   1.4585 102.5600  -84.9400 109.0200  1.1131 
960: IC N    CA   CB   HB2   1.4585 102.5600  153.9300 112.7400  1.1088 
961: IC CA   CB   CG   HG1   1.5399 104.3900 -156.7200 112.9500  1.1077 
962: IC CA   CB   CG   HG2   1.5399 104.3900   81.2600 109.2200  1.1143 
963: IC CB   CG   CD   HD1   1.5322 103.2100  -93.5500 110.0300  1.1137 
964: IC CB   CG   CD   HD2   1.5322 103.2100  144.5200 110.0000  1.1144 
965: PATCHING FIRS PROP    
966:  
967: RESI SER          0.00 
968: GROUP    
969: ATOM N    NH1    -0.47  !     |        
970: ATOM HN   H       0.31  !  HN-N        
971: ATOM CA   CT1     0.07  !     |   HB1 
972: ATOM HA   HB      0.09  !     |   |   
973: GROUP                   !  HA-CA--CB--OG 
974: ATOM CB   CT2     0.05  !     |   |     \ 
975: ATOM HB1  HA      0.09  !     |   HB2    HG1 
976: ATOM HB2  HA      0.09  !   O=C            
977: ATOM OG   OH1    -0.66  !     |            
978: ATOM HG1  H       0.43 
979: GROUP    
980: ATOM C    C       0.51 
981: ATOM O    O      -0.51 
982: BOND CB CA   OG CB  N HN  N  CA    
983: BOND C  CA  C +N  CA HA  CB HB1    
984: BOND CB HB2  OG HG1   
985: DOUBLE   O  C       
986: IMPR N -C CA HN  C CA +N O    
987: DONOR HN N    
988: DONOR HG1 OG    
989: ACCEPTOR OG    
990: ACCEPTOR O C    
991: IC -C   CA   *N   HN    1.3474 124.3700  180.0000 114.1800  0.9999 
992: IC -C   N    CA   C     1.3474 124.3700  180.0000 105.8100  1.5166 
993: IC N    CA   C    +N    1.4579 105.8100  180.0000 117.7200  1.3448 
994: IC +N   CA   *C   O     1.3448 117.7200  180.0000 120.2500  1.2290 
995: IC CA   C    +N   +CA   1.5166 117.7200  180.0000 124.6300  1.4529 
996: IC N    C    *CA  CB    1.4579 105.8100  124.7500 111.4000  1.5585 
997: IC N    C    *CA  HA    1.4579 105.8100 -115.5600 107.3000  1.0821 
998: IC N    CA   CB   OG    1.4579 114.2800  180.0000 112.4500  1.4341 
999: IC OG   CA   *CB  HB1   1.4341 112.4500  119.3200 108.1000  1.1140 
1000: IC OG   CA   *CB  HB2   1.4341 112.4500 -123.8600 110.3800  1.1136 
1001: IC CA   CB   OG   HG1   1.5585 112.4500  165.9600 107.0800  0.9655 
1002:  
1003: RESI THR          0.00 
1004: GROUP    
1005: ATOM N    NH1    -0.47  !     |   
1006: ATOM HN   H       0.31  !  HN-N   
1007: ATOM CA   CT1     0.07  !     |     OG1--HG1 
1008: ATOM HA   HB      0.09  !     |    / 
1009: GROUP                   !  HA-CA--CB-HB   
1010: ATOM CB   CT1     0.14  !     |    \      
1011: ATOM HB   HA      0.09  !     |     CG2--HG21 
1012: ATOM OG1  OH1    -0.66  !   O=C    / \     
1013: ATOM HG1  H       0.43  !     | HG21 HG22  
1014: GROUP                  
1015: ATOM CG2  CT3    -0.27 
1016: ATOM HG21 HA      0.09 
1017: ATOM HG22 HA      0.09 
1018: ATOM HG23 HA      0.09 
1019: GROUP    
1020: ATOM C    C       0.51 
1021: ATOM O    O      -0.51 
1022: BOND CB CA  OG1 CB   CG2 CB    N   HN    
1023: BOND N  CA    C   CA    C   +N    CA  HA    
1024: BOND CB HB  OG1 HG1  CG2 HG21  CG2 HG22  CG2 HG23 
1025: DOUBLE  O   C     
1026: IMPR N -C CA HN  C CA +N O    
1027: DONOR HN N    
1028: DONOR HG1 OG1    
1029: ACCEPTOR OG1    
1030: ACCEPTOR O C    
1031: IC -C   CA   *N   HN    1.3471 124.1200  180.0000 114.2600  0.9995 
1032: IC -C   N    CA   C     1.3471 124.1200  180.0000 106.0900  1.5162 
1033: IC N    CA   C    +N    1.4607 106.0900  180.0000 117.6900  1.3449 
1034: IC +N   CA   *C   O     1.3449 117.6900  180.0000 120.3000  1.2294 
1035: IC CA   C    +N   +CA   1.5162 117.6900  180.0000 124.6600  1.4525 
1036: IC N    C    *CA  CB    1.4607 106.0900  126.4600 112.7400  1.5693 
1037: IC N    C    *CA  HA    1.4607 106.0900 -114.9200 106.5300  1.0817 
1038: IC N    CA   CB   OG1   1.4607 114.8100  180.0000 112.1600  1.4252 
1039: IC OG1  CA   *CB  HB    1.4252 112.1600  116.3900 106.1100  1.1174 
1040: IC OG1  CA   *CB  CG2   1.4252 112.1600 -124.1300 115.9100  1.5324 
1041: IC CA   CB   OG1  HG1   1.5693 112.1600 -179.2800 105.4500  0.9633 
1042: IC CA   CB   CG2  HG21  1.5693 115.9100 -173.6500 110.8500  1.1104 
1043: IC HG21 CB   *CG2 HG22  1.1104 110.8500  119.5100 110.4100  1.1109 
1044: IC HG21 CB   *CG2 HG23  1.1104 110.8500 -120.3900 111.1100  1.1113 
1045:  
1046: RESI TRP          0.00 
1047: GROUP    
1048: ATOM N    NH1    -0.47  !     |                  HE3 
1049: ATOM HN   H       0.31  !  HN-N                   | 
1050: ATOM CA   CT1     0.07  !     |   HB1            CE3 
1051: ATOM HA   HB      0.09  !     |   |             /  \\ 
1052: GROUP                   !  HA-CA--CB---CG-----CD2   CZ3-HZ3 
1053: ATOM CB   CT2    -0.18  !     |   |    ||     ||     | 
1054: ATOM HB1  HA      0.09  !     |   HB2  CD1    CE2   CH2-HH2 
1055: ATOM HB2  HA      0.09  !   O=C       /   \   / \  // 
1056: GROUP                   !     |     HD1    NE1   CZ2 
1057: ATOM CG   CY     -0.03  !                   |     | 
1058: ATOM CD1  CA      0.035 !                  HE1   HZ2 
1059: ATOM HD1  HP      0.115 
1060: ATOM NE1  NY     -0.61 
1061: ATOM HE1  H       0.38 
1062: ATOM CE2  CPT     0.13 
1063: ATOM CD2  CPT    -0.02 
1064: GROUP 
1065: ATOM CE3  CA     -0.115 
1066: ATOM HE3  HP      0.115 
1067: GROUP 
1068: ATOM CZ3  CA     -0.115 
1069: ATOM HZ3  HP      0.115 
1070: GROUP 
1071: ATOM CZ2  CA     -0.115 
1072: ATOM HZ2  HP      0.115 
1073: GROUP 
1074: ATOM CH2  CA     -0.115 
1075: ATOM HH2  HP      0.115 
1076: GROUP    
1077: ATOM C    C       0.51 
1078: ATOM O    O      -0.51 
1079: BOND CB  CA   CG  CB   CD2 CG   NE1 CD1    
1080: BOND CZ2 CE2    
1081: BOND N   HN   N   CA     C   CA   C   +N    
1082: BOND CZ3 CH2  CD2 CE3  NE1 CE2  CA  HA   CB  HB1    
1083: BOND CB  HB2  CD1 HD1  NE1 HE1  CE3 HE3  CZ2 HZ2    
1084: BOND CZ3 HZ3  CH2 HH2 
1085: DOUBLE  O   C   CD1 CG   CE2 CD2  CZ3 CE3  CH2 CZ2      
1086: IMPR N -C CA HN  C CA +N O    
1087: DONOR HN N    
1088: DONOR HE1 NE1    
1089: ACCEPTOR O C    
1090: IC -C   CA   *N   HN    1.3482 123.5100  180.0000 115.0200  0.9972 
1091: IC -C   N    CA   C     1.3482 123.5100  180.0000 107.6900  1.5202 
1092: IC N    CA   C    +N    1.4507 107.6900  180.0000 117.5700  1.3505 
1093: IC +N   CA   *C   O     1.3505 117.5700  180.0000 121.0800  1.2304 
1094: IC CA   C    +N   +CA   1.5202 117.5700  180.0000 124.8800  1.4526 
1095: IC N    C    *CA  CB    1.4507 107.6900  122.6800 111.2300  1.5560 
1096: IC N    C    *CA  HA    1.4507 107.6900 -117.0200 106.9200  1.0835 
1097: IC N    CA   CB   CG    1.4507 111.6800  180.0000 115.1400  1.5233 
1098: IC CG   CA   *CB  HB1   1.5233 115.1400  119.1700 107.8400  1.1127 
1099: IC CG   CA   *CB  HB2   1.5233 115.1400 -124.7300 109.8700  1.1118 
1100: IC CA   CB   CG   CD2   1.5560 115.1400   90.0000 123.9500  1.4407 
1101: IC CD2  CB   *CG  CD1   1.4407 123.9500 -172.8100 129.1800  1.3679 
1102: IC CD1  CG   CD2  CE2   1.3679 106.5700   -0.0800 106.6500  1.4126 
1103: IC CG   CD2  CE2  NE1   1.4407 106.6500    0.1400 107.8700  1.3746 
1104: IC CE2  CG   *CD2 CE3   1.4126 106.6500  179.2100 132.5400  1.4011 
1105: IC CE2  CD2  CE3  CZ3   1.4126 120.8000   -0.2000 118.1600  1.4017 
1106: IC CD2  CE3  CZ3  CH2   1.4011 118.1600    0.1000 120.9700  1.4019 
1107: IC CE3  CZ3  CH2  CZ2   1.4017 120.9700    0.0100 120.8700  1.4030 
1108: IC CZ3  CD2  *CE3 HE3   1.4017 118.1600 -179.6200 121.8400  1.0815 
1109: IC CH2  CE3  *CZ3 HZ3   1.4019 120.9700 -179.8200 119.4500  1.0811 
1110: IC CZ2  CZ3  *CH2 HH2   1.4030 120.8700 -179.9200 119.5700  1.0811 
1111: IC CE2  CH2  *CZ2 HZ2   1.3939 118.4200  179.8700 120.0800  1.0790 
1112: IC CD1  CE2  *NE1 HE1   1.3752 108.8100  177.7800 124.6800  0.9767 
1113: IC CG   NE1  *CD1 HD1   1.3679 110.1000  178.1000 125.4300  1.0820 
1114:  
1115: RESI TYR          0.00 
1116: GROUP    
1117: ATOM N    NH1    -0.47  !     |        HD1  HE1     
1118: ATOM HN   H       0.31  !  HN-N         |    |    
1119: ATOM CA   CT1     0.07  !     |   HB1  CD1--CE1 
1120: ATOM HA   HB      0.09  !     |   |   //      \\ 
1121: GROUP                   !  HA-CA--CB--CG      CZ--OH 
1122: ATOM CB   CT2    -0.18  !     |   |    \  __  /     \ 
1123: ATOM HB1  HA      0.09  !     |   HB2  CD2--CE2     HH 
1124: ATOM HB2  HA      0.09  !   O=C         |    |   
1125: GROUP                   !     |        HD2  HE2    
1126: ATOM CG   CA      0.00 
1127: GROUP    
1128: ATOM CD1  CA     -0.115 
1129: ATOM HD1  HP      0.115 
1130: GROUP    
1131: ATOM CE1  CA     -0.115 
1132: ATOM HE1  HP      0.115 
1133: GROUP 
1134: ATOM CZ   CA      0.11 
1135: ATOM OH   OH1    -0.54 
1136: ATOM HH   H       0.43 
1137: GROUP 
1138: ATOM CD2  CA     -0.115 
1139: ATOM HD2  HP      0.115 
1140: GROUP 
1141: ATOM CE2  CA     -0.115 
1142: ATOM HE2  HP      0.115 
1143: GROUP    
1144: ATOM C    C       0.51 
1145: ATOM O    O      -0.51 
1146: BOND CB  CA   CG  CB   CD2 CG   CE1 CD1    
1147: BOND CZ  CE2  OH  CZ    
1148: BOND N   HN   N   CA    C   CA   C   +N    
1149: BOND CA  HA   CB  HB1  CB  HB2  CD1 HD1  CD2 HD2    
1150: BOND CE1 HE1  CE2 HE2  OH  HH 
1151: DOUBLE   O   C   CD1 CG  CE1  CZ  CE2 CD2       
1152: IMPR N -C CA HN  C CA +N O    
1153: DONOR HN N    
1154: DONOR HH OH    
1155: ACCEPTOR OH    
1156: ACCEPTOR O C    
1157: IC -C   CA   *N   HN    1.3476 123.8100  180.0000 114.5400  0.9986 
1158: IC -C   N    CA   C     1.3476 123.8100  180.0000 106.5200  1.5232 
1159: IC N    CA   C    +N    1.4501 106.5200  180.0000 117.3300  1.3484 
1160: IC +N   CA   *C   O     1.3484 117.3300  180.0000 120.6700  1.2287 
1161: IC CA   C    +N   +CA   1.5232 117.3300  180.0000 124.3100  1.4513 
1162: IC N    C    *CA  CB    1.4501 106.5200  122.2700 112.3400  1.5606 
1163: IC N    C    *CA  HA    1.4501 106.5200 -116.0400 107.1500  1.0833 
1164: IC N    CA   CB   CG    1.4501 111.4300  180.0000 112.9400  1.5113 
1165: IC CG   CA   *CB  HB1   1.5113 112.9400  118.8900 109.1200  1.1119 
1166: IC CG   CA   *CB  HB2   1.5113 112.9400 -123.3600 110.7000  1.1115 
1167: IC CA   CB   CG   CD1   1.5606 112.9400   90.0000 120.4900  1.4064 
1168: IC CD1  CB   *CG  CD2   1.4064 120.4900 -176.4600 120.4600  1.4068 
1169: IC CB   CG   CD1  CE1   1.5113 120.4900 -175.4900 120.4000  1.4026 
1170: IC CE1  CG   *CD1 HD1   1.4026 120.4000  178.9400 119.8000  1.0814 
1171: IC CB   CG   CD2  CE2   1.5113 120.4600  175.3200 120.5600  1.4022 
1172: IC CE2  CG   *CD2 HD2   1.4022 120.5600 -177.5700 119.9800  1.0813 
1173: IC CG   CD1  CE1  CZ    1.4064 120.4000   -0.1900 120.0900  1.3978 
1174: IC CZ   CD1  *CE1 HE1   1.3978 120.0900  179.6400 120.5800  1.0799 
1175: IC CZ   CD2  *CE2 HE2   1.3979 119.9200 -178.6900 119.7600  1.0798 
1176: IC CE1  CE2  *CZ  OH    1.3978 120.0500 -178.9800 120.2500  1.4063 
1177: IC CE1  CZ   OH   HH    1.3978 119.6800  175.4500 107.4700  0.9594 
1178:  
1179: RESI VAL          0.00 
1180: GROUP    
1181: ATOM N    NH1    -0.47  !     |    HG11 HG12 
1182: ATOM HN   H       0.31  !  HN-N      | /  
1183: ATOM CA   CT1     0.07  !     |     CG1--HG13 
1184: ATOM HA   HB      0.09  !     |    / 
1185: GROUP                   !  HA-CA--CB-HB   
1186: ATOM CB   CT1    -0.09  !     |    \      
1187: ATOM HB   HA      0.09  !     |     CG2--HG21 
1188: GROUP                   !   O=C    / \    
1189: ATOM CG1  CT3    -0.27  !     | HG21 HG22 
1190: ATOM HG11 HA      0.09 
1191: ATOM HG12 HA      0.09 
1192: ATOM HG13 HA      0.09 
1193: GROUP    
1194: ATOM CG2  CT3    -0.27 
1195: ATOM HG21 HA      0.09 
1196: ATOM HG22 HA      0.09 
1197: ATOM HG23 HA      0.09 
1198: GROUP    
1199: ATOM C    C       0.51 
1200: ATOM O    O      -0.51 
1201: BOND CB  CA    CG1 CB    CG2 CB    N   HN    
1202: BOND N   CA     C   CA    C   +N    CA HA    
1203: BOND CB  HB    CG1 HG11  CG1 HG12  CG1 HG13  CG2 HG21    
1204: BOND CG2 HG22  CG2 HG23 
1205: DOUBLE    O   C    
1206: IMPR N -C CA HN C CA +N O    
1207: DONOR HN N    
1208: ACCEPTOR O C    
1209: IC -C   CA   *N   HN    1.3482 124.5700  180.0000 114.4100  0.9966 
1210: IC -C   N    CA   C     1.3482 124.5700  180.0000 105.5400  1.5180 
1211: IC N    CA   C    +N    1.4570 105.5400  180.0000 117.8300  1.3471 
1212: IC +N   CA   *C   O     1.3471 117.8300  180.0000 120.7000  1.2297 
1213: IC CA   C    +N   +CA   1.5180 117.8300  180.0000 124.0800  1.4471 
1214: IC N    C    *CA  CB    1.4570 105.5400  122.9500 111.2300  1.5660 
1215: IC N    C    *CA  HA    1.4570 105.5400 -117.2400 107.4600  1.0828 
1216: IC N    CA   CB   CG1   1.4570 113.0500  180.0000 113.9700  1.5441 
1217: IC CG1  CA   *CB  CG2   1.5441 113.9700  123.9900 112.1700  1.5414 
1218: IC CG1  CA   *CB  HB    1.5441 113.9700 -119.1700 107.5700  1.1178 
1219: IC CA   CB   CG1  HG11  1.5660 113.9700  177.8300 110.3000  1.1114 
1220: IC HG11 CB   *CG1 HG12  1.1114 110.3000  119.2500 111.6700  1.1097 
1221: IC HG11 CB   *CG1 HG13  1.1114 110.3000 -119.4900 110.7000  1.1110 
1222: IC CA   CB   CG2  HG21  1.5660 112.1700 -177.7800 110.7100  1.1108 
1223: IC HG21 CB   *CG2 HG22  1.1108 110.7100  120.0800 110.5600  1.1115 
1224: IC HG21 CB   *CG2 HG23  1.1108 110.7100 -119.5500 111.2300  1.1098 
1225:  
1226: RESI TIP3         0.000 ! tip3p water model, generate using noangle nodihedral 
1227: GROUP    
1228: ATOM OH2  OT     -0.834 
1229: ATOM H1   HT      0.417 
1230: ATOM H2   HT      0.417 
1231: BOND OH2 H1 OH2 H2 H1 H2    ! the last bond is needed for shake 
1232: ANGLE H1 OH2 H2             ! required 
1233: ACCEPTOR OH2    
1234: PATCHING FIRS NONE LAST NONE  
1235:  
1236: RESI TP3M         0.000 ! "mmff" water model, as an analog of tip3p 
1237: GROUP    
1238: ATOM OH2  OT     -0.834  ! these charges are replaced by the mmff setup    
1239: ATOM H1   HT      0.417  ! these charges are replaced by the mmff setup 
1240: ATOM H2   HT      0.417  ! these charges are replaced by the mmff setup 
1241: BOND OH2 H1 OH2 H2          ! omits the H1-H2 bond, which is needed for shake with tip3p 
1242: ANGLE H1 OH2 H2             ! required 
1243: ACCEPTOR OH2    
1244: PATCHING FIRS NONE LAST NONE      
1245:  
1246: ! Ion parameters from Benoit Roux and Coworkers 
1247: ! As of 8/98 no NBFIX terms required 
1248: !  
1249: RESI SOD       1.00 ! Sodium Ion 
1250: GROUP    
1251: ATOM SOD  SOD  1.00 
1252: PATCHING FIRST NONE LAST NONE    
1253:  
1254: RESI MG        2.00 ! Magnesium Ion 
1255: GROUP    
1256: ATOM MG   MG   2.00 
1257: PATCHING FIRST NONE LAST NONE    
1258:  
1259: RESI POT       1.00 ! Potassium Ion 
1260: GROUP 
1261: ATOM POT   POT 1.00 
1262: PATCHING FIRST NONE LAST NONE 
1263:  
1264: RESI CES       1.00 ! Cesium Ion 
1265: GROUP 
1266: ATOM CES  CES  1.00 
1267: PATCHING FIRST NONE LAST NONE 
1268:  
1269: RESI CAL       2.00 ! Calcium Ion 
1270: GROUP 
1271: ATOM CAL  CAL  2.00 
1272: PATCHING FIRST NONE LAST NONE 
1273:  
1274: RESI CLA      -1.00 ! Chloride Ion 
1275: GROUP 
1276: ATOM CLA  CLA -1.00 
1277: PATCHING FIRST NONE LAST NONE 
1278:  
1279: RESI ZN2       2.00 ! Zinc ion, Roland Stote 
1280: GROUP 
1281: ATOM ZN   ZN   2.00 
1282: PATCHING FIRST NONE LAST NONE 
1283:  
1284: PRES NTER         1.00 ! standard N-terminus 
1285: GROUP                  ! use in generate statement 
1286: ATOM N    NH3    -0.30 ! 
1287: ATOM HT1  HC      0.33 !         HT1         
1288: ATOM HT2  HC      0.33 !     (+)/ 
1289: ATOM HT3  HC      0.33 ! --CA--N--HT2 
1290: ATOM CA   CT1     0.21 !   |    \ 
1291: ATOM HA   HB      0.10 !   HA    HT3 
1292: DELETE ATOM HN    
1293: BOND HT1 N HT2 N HT3 N    
1294: DONOR HT1 N    
1295: DONOR HT2 N    
1296: DONOR HT3 N    
1297: IC HT1  N    CA   C     0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000 
1298: IC HT2  CA   *N   HT1   0.0000  0.0000  120.0000  0.0000  0.0000 
1299: IC HT3  CA   *N   HT2   0.0000  0.0000  120.0000  0.0000  0.0000 
1300:  
1301: PRES GLYP         1.00 ! Glycine N-terminus 
1302: GROUP                  ! use in generate statement 
1303: ATOM N    NH3    -0.30 ! 
1304: ATOM HT1  HC      0.33 !   HA1   HT1 
1305: ATOM HT2  HC      0.33 !   | (+)/ 
1306: ATOM HT3  HC      0.33 ! --CA--N--HT2 
1307: ATOM CA   CT2     0.13 !   |    \ 
1308: ATOM HA1  HB      0.09 !   HA2   HT3 
1309: ATOM HA2  HB      0.09 ! 
1310: DELETE ATOM HN    
1311: BOND HT1 N HT2 N HT3 N    
1312: DONOR HT1 N    
1313: DONOR HT2 N    
1314: DONOR HT3 N    
1315: IC HT1  N    CA   C     0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000 
1316: IC HT2  CA   *N   HT1   0.0000  0.0000  120.0000  0.0000  0.0000 
1317: IC HT3  CA   *N   HT2   0.0000  0.0000  120.0000  0.0000  0.0000 
1318:  
1319: PRES PROP         1.00 ! Proline N-Terminal 
1320: GROUP                  ! use in generate statement 
1321: ATOM N    NP     -0.07 !   HA 
1322: ATOM HN1  HC      0.24 !   | 
1323: ATOM HN2  HC      0.24 !  -CA   HN1 
1324: ATOM CD   CP3     0.16 !  /  \ / 
1325: ATOM HD1  HA      0.09 !       N(+) 
1326: ATOM HD2  HA      0.09 !      / \ 
1327: ATOM CA   CP1     0.16 !  -CD    HN2 
1328: ATOM HA   HB      0.09 !   | \ 
1329: BOND HN1 N HN2 N       !  HD1 HD2 
1330: DONOR HN1 N    
1331: DONOR HN2 N    
1332: IC HN1  CA   *N   CD    0.0000  0.0000  120.0000  0.0000  0.0000 
1333: IC HN2  CA   *N   HN1   0.0000  0.0000  120.0000  0.0000  0.0000 
1334:  
1335: PRES ACE          0.00 ! acetylated N-terminus 
1336: GROUP                  ! use in generate statement 
1337: ATOM CAY  CT3    -0.27 ! 
1338: ATOM HY1  HA      0.09 ! HY1 HY2 HY3 
1339: ATOM HY2  HA      0.09 !    \ | / 
1340: ATOM HY3  HA      0.09 !     CAY 
1341: GROUP                  !      | 
1342: ATOM CY   C       0.51 !      CY=OY 
1343: ATOM OY   O      -0.51 !      | 
1344:                        ! 
1345: BOND CY CAY CY N CAY HY1 CAY HY2 CAY HY3 
1346: DOUBLE OY CY   
1347: IMPR CY CAY N OY     
1348: IMPR N CY CA HN     
1349: ACCEPTOR OY CY    
1350: IC CY   N    CA   C     0.0000  0.0000  -60.0000  0.0000  0.0000 
1351: IC CY   CA   *N   HN    0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000 
1352: IC CAY  CY   N    CA    0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000 
1353: IC N    CAY  *CY  OY    0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000 
1354: IC OY   CY   CAY  HY1   0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000 
1355: IC OY   CY   CAY  HY2   0.0000  0.0000   60.0000  0.0000  0.0000 
1356: IC OY   CY   CAY  HY3   0.0000  0.0000  -60.0000  0.0000  0.0000 
1357:  
1358: PRES ACP          0.00 ! acetylated N-terminus for proline 
1359: GROUP                  ! use in generate statement 
1360: ATOM CAY  CT3    -0.27 ! 
1361: ATOM HY1  HA      0.09 ! HY1 HY2 HY3 
1362: ATOM HY2  HA      0.09 !    \ | / 
1363: ATOM HY3  HA      0.09 !     CAY 
1364: GROUP                  !      | 
1365: ATOM CY   C       0.51 !      CY=OY 
1366: ATOM OY   O      -0.51 !      | 
1367:                        ! 
1368: BOND CY CAY CY N CAY HY1 CAY HY2 CAY HY3 
1369: DOUBLE OY CY 
1370: IMPR CY CAY N OY 
1371: IMPR N CY CA CD  
1372: ACCEPTOR OY CY   
1373: IC CY   N    CA   C     0.0000  0.0000  -60.0000  0.0000  0.0000 
1374: IC CY   CA   *N   CD    0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000 
1375: IC CAY  CY   N    CA    0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000 
1376: IC N    CAY  *CY  OY    0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000 
1377: IC OY   CY   CAY  HY1   0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000 
1378: IC OY   CY   CAY  HY2   0.0000  0.0000   60.0000  0.0000  0.0000  
1379: IC OY   CY   CAY  HY3   0.0000  0.0000  -60.0000  0.0000  0.0000 
1380:  
1381: PRES CTER        -1.00 ! standard C-terminus 
1382: GROUP                  ! use in generate statement 
1383: ATOM C    CC      0.34 !   OT2(-) 
1384: ATOM OT1  OC     -0.67 !  / 
1385: ATOM OT2  OC     -0.67 ! -C 
1386: DELETE ATOM O          !  \\ 
1387: BOND C OT2             !   OT1 
1388: DOUBLE  C OT1 
1389: !IMPR OT1 CA OT2 C 
1390: ! JMC IMPR C CA OT2 OT1 
1391: IMPR C OT1 OT2 CA 
1392: ACCEPTOR OT1 C    
1393: ACCEPTOR OT2 C    
1394: IC N    CA   C    OT2   0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000 
1395: IC OT2  CA   *C   OT1   0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000 
1396:  
1397: PRES CT1          0.00 ! methylated C-terminus from methyl acetate 
1398: GROUP                  ! use in generate statement 
1399: ATOM N    NH1    -0.47 ! 
1400: ATOM HN   H       0.31 !          OT1 
1401: ATOM CA   CT1     0.17 !     |   // 
1402: ATOM HA   HB      0.09 ! -N--CA--C       HT1 
1403: ATOM C    CD      0.63 !  |  |    \      / 
1404: ATOM OT1  OB     -0.52 ! HN  HA    OT2--CT--HT2 
1405: ATOM OT2  OS     -0.34 !                 \ 
1406: ATOM CT   CT3    -0.14 !                 HT3 
1407: ATOM HT1  HA      0.09 ! 
1408: ATOM HT2  HA      0.09 ! 
1409: ATOM HT3  HA      0.09 ! 
1410: DELETE ATOM O    
1411: BOND  C  OT2  OT2 CT    
1412: BOND CT HT1  CT HT2  CT  HT3 
1413: DOUBLE C  OT1     
1414: IMPR C CA OT2 OT1 
1415: ACCEPTOR OT1 C    
1416: ACCEPTOR OT2 C    
1417: IC N    CA   C    OT2   0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000 
1418: IC OT2  CA   *C   OT1   0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000 
1419: IC CA   C    OT2  CT    0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000 
1420: IC C    OT2  CT   HT1   0.0000  0.0000    0.0000  0.0000  0.0000 
1421: IC C    OT2  CT   HT2   0.0000  0.0000  120.0000  0.0000  0.0000 
1422: IC C    OT2  CT   HT3   0.0000  0.0000  240.0000  0.0000  0.0000 
1423:  
1424: PRES CT2          0.00 ! amidated C-terminus 
1425: GROUP                  ! use in generate statement 
1426: ATOM C    CC      0.55 !         
1427: ATOM O    O      -0.55 !     | 
1428: GROUP                  !   O=C 
1429: ATOM NT   NH2    -0.62 !     | 
1430: ATOM HT1  H       0.32 !     NT 
1431: ATOM HT2  H       0.30 !    / \ 
1432: BOND C NT              !  HT1 HT2 
1433: BOND NT HT1 NT HT2     ! 
1434: DIHE CA C NT HT2       !  (HT1 is cis to O) 
1435: IMPR C NT CA O C CA NT O    
1436: IMPR NT C HT1 HT2 NT C HT2 HT1    
1437: DONOR HT1 NT    
1438: DONOR HT2 NT    
1439: IC N    CA   C    O     0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000 
1440: IC NT   CA   *C   O     0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000 
1441: IC CA   C    NT   HT1   0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000 
1442: IC HT1  C    *NT  HT2   0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000 
1443:  
1444: PRES CT3          0.00 ! N-Methylamide C-terminus 
1445: GROUP                  ! use in generate statement 
1446: ATOM C    C       0.51 ! 
1447: ATOM O    O      -0.51 !      | 
1448: GROUP                  !      C=O 
1449: ATOM NT   NH1    -0.47 !      |  
1450: ATOM HNT  H       0.31 !      NT-HNT 
1451: ATOM CAT  CT3    -0.11 !      | 
1452: ATOM HT1  HA      0.09 ! HT1-CAT-HT3 
1453: ATOM HT2  HA      0.09 !      |  
1454: ATOM HT3  HA      0.09 !     HT2 
1455:                        ! 
1456: BOND C NT  NT HNT  NT CAT  CAT HT1  CAT HT2  CAT HT3    
1457: DIHE CA C NT CAT    
1458: IMPR NT C CAT HNT C CA NT O    
1459: DONOR HNT NT    
1460: IC N    CA   C    O     0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000 
1461: IC NT   CA   *C   O     0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000 
1462: IC C    CAT  *NT  HNT   0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000 
1463: IC CA   C    NT   CAT   0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000 
1464: IC C    NT   CAT  HT1   0.0000  0.0000   60.0000  0.0000  0.0000 
1465: IC C    NT   CAT  HT2   0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000 
1466: IC C    NT   CAT  HT3   0.0000  0.0000  -60.0000  0.0000  0.0000 
1467:  
1468: PRES ASPP         0.00 ! patch for protonated aspartic acid, proton on od2 
1469: GROUP                  ! via acetic acid, use in a patch statementand 
1470:                        ! follow with AUTOgenerate ANGLes DIHEdrals command 
1471: ATOM CB   CT2    -0.21 ! 
1472: ATOM HB1  HA      0.09 ! HB1    OD1 
1473: ATOM HB2  HA      0.09 !  |    // 
1474: ATOM CG   CD      0.75 ! -CB--CG 
1475: ATOM OD1  OB     -0.55 !  |     \ 
1476: ATOM OD2  OH1    -0.61 ! HB2     OD2-HD2 
1477: ATOM HD2  H       0.44 ! 
1478: BOND OD2 HD2    
1479: DONOR HD2 OD2    
1480: IC HD2  OD2  CG   OD1   0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000 
1481:  
1482: PRES GLUP         0.00 ! patch for protonated glutamic acid, proton on oe2 
1483: GROUP                  ! via acetic acid, use in a patch statement and 
1484:                        ! follow with AUTOgenerate ANGLes DIHEdrals command 
1485: ATOM CG   CT2    -0.21 ! 
1486: ATOM HG1  HA      0.09 ! HG1    OE1 
1487: ATOM HG2  HA      0.09 !  |    // 
1488: ATOM CD   CD      0.75 ! -CG--CD 
1489: ATOM OE1  OB     -0.55 !  |     \ 
1490: ATOM OE2  OH1    -0.61 ! HG2     OE2-HE2 
1491: ATOM HE2  H       0.44 ! 
1492: BOND OE2 HE2    
1493: DONOR HE2 OE2    
1494: IC HE2  OE2  CD   OE1   0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000 
1495:  
1496: PRES LSN          0.00 ! patch for neutral lysine based on methylamine 
1497:                        ! use in a patch statement 
1498: !delete atom and reassign charges 
1499: DELETE ATOM HZ3 
1500: GROUP 
1501: ATOM CE   CT2     0.13  
1502: ATOM HE1  HA      0.075 
1503: ATOM HE2  HA      0.075 
1504: ATOM NZ   NH2    -0.96 
1505: ATOM HZ1  HC      0.34 
1506: ATOM HZ2  HC      0.34 
1507:  
1508: PRES LINK         0.00 ! linkage for IMAGES or for joining segments 
1509:                        ! 1 refers to previous (N terminal) 
1510:                        ! 2 refers to next (C terminal) 
1511:                        ! use in a patch statement 
1512: BOND 1C 2N    
1513: ANGLE 1C 2N 2CA  1CA 1C 2N    
1514: ANGLE 1O 1C 2N   1C  2N 2HN    
1515: DIHE 1C  2N  2CA 2C   1C  2N  2CA 2HA  1C  2N  2CA 2CB    
1516: DIHE 1HA 1CA 1C  2N   1N  1CA 1C  2N   1CB 1CA 1C  2N    
1517: DIHE 1CA 1C  2N  2HN  1CA 1C  2N  2CA    
1518: DIHE 1O  1C  2N  2HN  1O  1C  2N  2CA    
1519: IMPR 2N 1C 2CA 2HN  1C 1CA 2N 1O    
1520: IC 1N   1CA  1C   2N    0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000 
1521: IC 2N   1CA  *1C  1O    0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000 
1522: IC 1CA  1C   2N   2CA   0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000 
1523: IC 1C   2N   2CA  2C    0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000 
1524: IC 1C   2CA  *2N  2HN   0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000 
1525:  
1526: PRES DISU        -0.36 ! patch for disulfides. Patch must be 1-CYS and 2-CYS. 
1527: GROUP                  ! use in a patch statement 
1528: ATOM 1CB  CT2    -0.10 ! 
1529: ATOM 1SG  SM     -0.08 !           2SG--2CB-- 
1530: GROUP                  !          / 
1531: ATOM 2SG  SM     -0.08 ! -1CB--1SG 
1532: ATOM 2CB  CT2    -0.10 ! 
1533: DELETE ATOM 1HG1    
1534: DELETE ATOM 2HG1    
1535: BOND 1SG 2SG    
1536: ANGLE 1CB 1SG 2SG 1SG 2SG 2CB    
1537: DIHE 1HB1 1CB 1SG 2SG 1HB2 1CB 1SG 2SG    
1538: DIHE 2HB1 2CB 2SG 1SG 2HB2 2CB 2SG 1SG    
1539: DIHE 1CA 1CB 1SG 2SG 1SG 2SG 2CB 2CA    
1540: DIHE 1CB 1SG 2SG 2CB    
1541: !DIHE 1CB 1SG 2SG 2CB    
1542: IC 1CA  1CB  1SG  2SG   0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000 
1543: IC 1CB  1SG  2SG  2CB   0.0000  0.0000   90.0000  0.0000  0.0000 
1544: IC 1SG  2SG  2CB  2CA   0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000 
1545:  
1546: PRES HS2          0.00 ! Patch for neutral His, move proton from ND1 to NE2 
1547: GROUP                  ! use in a patch statement 
1548: ATOM CE1  CPH2    0.25 !                 HE1 
1549: ATOM HE1  HR1     0.13 !                 / 
1550: ATOM ND1  NR2    -0.70 !   HB1    ND1--CE1 
1551: ATOM CG   CPH1    0.22 !   |     /      | 
1552: ATOM CB   CT2    -0.08 !  -CB--CG       | 
1553: ATOM HB1  HA      0.09 !   |     \      | 
1554: ATOM HB2  HA      0.09 !   HB2    CD2--NE2 
1555: GROUP                  !           |     \ 
1556: ATOM NE2  NR1    -0.36 !          HD2    HE2 
1557: ATOM HE2  H       0.32 
1558: ATOM CD2  CPH1   -0.05 
1559: ATOM HD2  HR3     0.09 
1560: DELETE ATOM HD1    
1561: DELETE ACCE NE2    
1562: BOND NE2 HE2    
1563: ANGLE CD2 NE2 HE2  CE1 NE2 HE2    
1564: DIHE HE2 NE2 CE1 HE1  HE2 NE2 CE1 ND1  HE2 NE2 CD2 HD2    
1565: DIHE HE2 NE2 CD2 CG    
1566: IMPR NE2 CD2 CE1 HE2  NE2 CE1 CD2 HE2    
1567: DONOR HE2 NE2    
1568: ACCEPTOR ND1    
1569: IC CE1  CD2  *NE2 HE2   0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000 
1570:  
1571: ! patches for cyclic peptides 
1572: PRES LIG1     0.00000 ! linkage for cyclic peptide 
1573:                 !       1 refers to the C terminus which is a glycine 
1574:                 !       2 refers to the N terminus  
1575:                 !       use in a patch statement, perform initial 
1576:                 !       generation using first NONE last NONE 
1577: BOND 1C 2N 
1578: ANGLE 1C 2N 2CA 1CA 1C 2N 
1579: ANGLE 1O 1C 2N 1C 2N 2HN 
1580: DIHE 1C 2N 2CA 2C 1C 2N 2CA 2HA 1C 2N 2CA 2CB 
1581: DIHE 1HA1 1CA 1C 2N 1N 1CA 1C 2N 1HA2 1CA 1C 2N 
1582: DIHE 1CA 1C 2N 2HN 1CA 1C 2N 2CA 
1583: DIHE 1O 1C 2N 2HN 1O 1C 2N 2CA 
1584: DIHE 1CA 1C 2N 2CA 
1585: IMPR 2N 1C 2CA 2HN 1C 1CA 2N 1O 
1586: IC 1N   1CA  1C   2N    0.0000  0.0000 180.0000  0.0000  0.0000 
1587: IC 2N   1CA  *1C  1O    0.0000  0.0000 180.0000  0.0000  0.0000 
1588: IC 1CA  1C   2N   2CA   0.0000  0.0000 180.0000  0.0000  0.0000 
1589: IC 1C   2N   2CA  2C    0.0000  0.0000 180.0000  0.0000  0.0000 
1590: IC 1C   2CA  *2N  2HN   0.0000  0.0000 180.0000  0.0000  0.0000 
1591:  
1592: PRES LIG2     0.00000 ! linkage for cyclic peptide 
1593:                 !       1 refers to the C terminus 
1594:                 !       2 refers to the N terminus which is a glycine 
1595:                 !       use in a patch statement, perform initial 
1596:                 !       generation using first NONE last NONE 
1597: BOND 1C 2N 
1598: ANGLE 1C 2N 2CA 1CA 1C 2N 
1599: ANGLE 1O 1C 2N 1C 2N 2HN 
1600: DIHE 1C 2N 2CA 2C 1C 2N 2CA 2HA1 1C 2N 2CA 2HA2 
1601: DIHE 1HA 1CA 1C 2N 1N 1CA 1C 2N 1CB 1CA 1C 2N 
1602: DIHE 1CA 1C 2N 2HN 1CA 1C 2N 2CA 
1603: DIHE 1O 1C 2N 2HN 1O 1C 2N 2CA 
1604: DIHE 1CA 1C 2N 2CA 
1605: IMPR 2N 1C 2CA 2HN 1C 1CA 2N 1O 
1606: IC 1N   1CA  1C   2N    0.0000  0.0000 180.0000  0.0000  0.0000 
1607: IC 2N   1CA  *1C  1O    0.0000  0.0000 180.0000  0.0000  0.0000 
1608: IC 1CA  1C   2N   2CA   0.0000  0.0000 180.0000  0.0000  0.0000 
1609: IC 1C   2N   2CA  2C    0.0000  0.0000 180.0000  0.0000  0.0000 
1610: IC 1C   2CA  *2N  2HN   0.0000  0.0000 180.0000  0.0000  0.0000 
1611:  
1612: PRES LIG3     0.00000 ! linkage for cyclic peptide 
1613:                 !       1 refers to the C terminus which is a glycine 
1614:                 !       2 refers to the N terminus which is a glycine 
1615:                 !       use in a patch statement, perform initial 
1616:                 !       generation using first NONE last NONE 
1617: BOND 1C 2N 
1618: ANGLE 1C 2N 2CA 1CA 1C 2N 
1619: ANGLE 1O 1C 2N 1C 2N 2HN 
1620: DIHE 1C 2N 2CA 2C 1C 2N 2CA 2HA1 1C 2N 2CA 2HA2 
1621: DIHE 1HA1 1CA 1C 2N 1N 1CA 1C 2N 1HA2 1CA 1C 2N 
1622: DIHE 1CA 1C 2N 2HN 1CA 1C 2N 2CA 
1623: DIHE 1O 1C 2N 2HN 1O 1C 2N 2CA 
1624: DIHE 1CA 1C 2N 2CA 
1625: IMPR 2N 1C 2CA 2HN 1C 1CA 2N 1O 
1626: IC 1N   1CA  1C   2N    0.0000  0.0000 180.0000  0.0000  0.0000 
1627: IC 2N   1CA  *1C  1O    0.0000  0.0000 180.0000  0.0000  0.0000 
1628: IC 1CA  1C   2N   2CA   0.0000  0.0000 180.0000  0.0000  0.0000 
1629: IC 1C   2N   2CA  2C    0.0000  0.0000 180.0000  0.0000  0.0000 
1630: IC 1C   2CA  *2N  2HN   0.0000  0.0000 180.0000  0.0000  0.0000 
1631:  
1632: END 
1633:  
1634:  
1635:  


legend
Lines Added 
Lines changed
 Lines Removed

hdiff - version: 2.1.0