hdiff output

r21773/AMBGMINintE.sh 2017-01-21 10:32:39.227188235 +0000 r21772/AMBGMINintE.sh 2017-01-21 10:32:44.619188235 +0000
  1: #!/bin/bash 
  2: # Script to calculate the interaction enthalpy between a ligand and protein during a GMIN run  1: # Script to calculate the interaction enthalpy between a ligand and protein during a GMIN run
  3: # by Chris Whittleston (8/12/09) - csw34@cam.ac.uk  2: # by Chris Whittleston (8/12/09) - csw34@cam.ac.uk
  4: # This script is intended for use with the A9INTE keyword in AMBGMIN  3: # This script is intended for use with the A9INTE keyword in AMBGMIN
  5: # You need to place a copy of this script in the directory where you are running GMIN   4: # You need to place a copy of this script in the directory where you are running GMIN 
  6: # There are only two changes you need to make below:  5: # There are only two changes you need to make below:
  7:   6: 
  8: # 1. Make sure you have 'sander' in your path. If not, see the comment below  7: # 1. Make sure you have 'sander' in your path. If not, see the comment below
  9: # 2. Change the residue specifying the ligand to match your system in the 'grep' line below  8: # 2. Change the residue specifying the ligand to match your system in the 'grep' line below
 10:   9: 
 11: # echo the SANDER input file  10: # echo the SANDER input file 


r21773/bu_compose_makefile.sh 2017-01-21 10:32:40.203188235 +0000 r21772/bu_compose_makefile.sh 2017-01-21 10:32:45.491188235 +0000
  1: #!/bin/bash  1: #!/bin/bash - 
  2:   2: 
  3: # syntax: bu_compose_makefile.sh Makefile_name bu_opts  3: # syntax: bu_compose_makefile.sh Makefile_name bu_opts
  4:   4: 
  5: # Commandline arguments to this script:  5: # Commandline arguments to this script:
  6: #         first argument - the name for the Makefile  6: #         first argument - the name for the Makefile
  7: #         other arguments => bu_opts , ie,  bu script options  7: #         other arguments => bu_opts , ie,  bu script options
  8: #                 (don't mix up with the original Makefile options! )  8: #                 (don't mix up with the original Makefile options! )
  9:   9: 
 10: m=$1 10: m=$1
 11: shift 11: shift


r21773/bu_get_mav.sh 2017-01-21 10:32:40.531188235 +0000 r21772/bu_get_mav.sh 2017-01-21 10:32:45.779188235 +0000
  1: #!/bin/bash  1: #!/bin/bash - 
  2: #===============================================================================  2: #===============================================================================
  3: #  3: #
  4: #          FILE:  bu_get_mav.sh  4: #          FILE:  bu_get_mav.sh
  5: #   5: # 
  6: #         USAGE:  ./bu_get_mav.sh   6: #         USAGE:  ./bu_get_mav.sh 
  7: #   7: # 
  8: #   DESCRIPTION:    8: #   DESCRIPTION:  
  9: #   9: # 
 10: #       OPTIONS:  --- 10: #       OPTIONS:  ---
 11: #  REQUIREMENTS:  --- 11: #  REQUIREMENTS:  ---


r21773/bu_load_compiler.sh 2017-01-21 10:32:40.835188235 +0000 r21772/bu_load_compiler.sh 2017-01-21 10:32:46.075188235 +0000
  1: #!/bin/bash  1: #!/bin/bash - 
  2: #===============================================================================  2: #===============================================================================
  3: #  3: #
  4: #          FILE:  bu_load_compiler.sh  4: #          FILE:  bu_load_compiler.sh
  5: #   5: # 
  6: #         USAGE:  ./bu_load_compiler.sh   6: #         USAGE:  ./bu_load_compiler.sh 
  7: #   7: # 
  8: #   DESCRIPTION:    8: #   DESCRIPTION:  
  9: #   9: # 
 10: #       OPTIONS:  --- 10: #       OPTIONS:  ---
 11: #  REQUIREMENTS:  --- 11: #  REQUIREMENTS:  ---


r21773/bu_set_mod_home.sh 2017-01-21 10:32:41.127188235 +0000 r21772/bu_set_mod_home.sh 2017-01-21 10:32:46.339188235 +0000
  1: #!/bin/bash  1: #!/bin/bash - 
  2: #===============================================================================  2: #===============================================================================
  3: #  3: #
  4: #          FILE:  bu_set_mod_home.sh  4: #          FILE:  bu_set_mod_home.sh
  5: #   5: # 
  6: #         USAGE:  ./bu_set_mod_home.sh   6: #         USAGE:  ./bu_set_mod_home.sh 
  7: #   7: # 
  8: #   DESCRIPTION:    8: #   DESCRIPTION:  
  9: #   9: # 
 10: #       OPTIONS:  --- 10: #       OPTIONS:  ---
 11: #  REQUIREMENTS:  --- 11: #  REQUIREMENTS:  ---


r21773/bu_split_compiler_name.sh 2017-01-21 10:32:41.399188235 +0000 r21772/bu_split_compiler_name.sh 2017-01-21 10:32:46.703188235 +0000
  1: #!/bin/bash  1: #!/bin/bash - 
  2: #===============================================================================  2: #===============================================================================
  3: #  3: #
  4: #          FILE:  bu_split_compiler_name.sh  4: #          FILE:  bu_split_compiler_name.sh
  5: #   5: # 
  6: #         USAGE:  ./bu_split_compiler_name.sh   6: #         USAGE:  ./bu_split_compiler_name.sh 
  7: #   7: # 
  8: #   DESCRIPTION:    8: #   DESCRIPTION:  
  9: #   9: # 
 10: #       OPTIONS:  --- 10: #       OPTIONS:  ---
 11: #  REQUIREMENTS:  --- 11: #  REQUIREMENTS:  ---


r21773/f.sh 2017-01-21 10:32:41.987188235 +0000 r21772/f.sh 2017-01-21 10:32:47.479188235 +0000
  1: #!/bin/bash  1: 
  2: # latex/pdf stuff {{{  2: # latex/pdf stuff {{{
  3: # variables and options {{{  3: # variables and options {{{
  4: export ps2pdf_opts="-dOptimize=true -dUseFlateCompression=true \  4: export ps2pdf_opts="-dOptimize=true -dUseFlateCompression=true \
  5:                -dMaxSubsetPct=100 -dCompatibilityLevel=1.2 \  5:                -dMaxSubsetPct=100 -dCompatibilityLevel=1.2 \
  6:                 -dSubsetFonts=true -dEmbedAllFonts=true \  6:                 -dSubsetFonts=true -dEmbedAllFonts=true \
  7:                 -dAutoFilterColorImages=false \  7:                 -dAutoFilterColorImages=false \
  8:                 -dAutoFilterGrayImages=false \  8:                 -dAutoFilterGrayImages=false \
  9:                 -dColorImageFilter=/FlateEncode \  9:                 -dColorImageFilter=/FlateEncode \
 10:                 -dGrayImageFilter=/FlateEncode \ 10:                 -dGrayImageFilter=/FlateEncode \
 11:                 -dModoImageFilter=/FlateEncode "         11:                 -dModoImageFilter=/FlateEncode "        


r21773/install.com 2017-01-21 10:32:38.119188235 +0000 r21772/install.com 2017-01-21 10:32:43.451188235 +0000
 86: # chm_size  = ( xxlarge, large, medium, small, xsmall, reduce ) = $argv[2] 86: # chm_size  = ( xxlarge, large, medium, small, xsmall, reduce ) = $argv[2]
 87: # 87: #
 88: #----------------------------------------------------------------------- 88: #-----------------------------------------------------------------------
 89: # 89: #
 90: date 90: date
 91: # 91: #
 92: phase1: 92: phase1:
 93: # install.com command line argument processing 93: # install.com command line argument processing
 94: # get host-mahchine-type and CHARMM size to be installed. 94: # get host-mahchine-type and CHARMM size to be installed.
 95: # 95: #
 96: set chm_size = small 96: set chm_size = medium
 97: set xreq = 0 97: set xreq = 0
 98: set nodsp = 0 98: set nodsp = 0
 99: set pvmset = 0 99: set pvmset = 0
100: set mpiset = 0100: set mpiset = 0
101: set mpich = 0101: set mpich = 0
102: set lammpi = 0102: set lammpi = 0
103: set mpispecial = 0103: set mpispecial = 0
104: set stopmark = 0104: set stopmark = 0
105: set sgi64 = 0105: set sgi64 = 0
106: set ibm64 = 0106: set ibm64 = 0


r21773/OPTIM.tex 2017-01-21 10:32:38.371188235 +0000 r21772/OPTIM.tex 2017-01-21 10:32:43.755188235 +0000
1246: a dihedral-angle order parameter using the reference structure supplied in {\tt ref.crd}.1246: a dihedral-angle order parameter using the reference structure supplied in {\tt ref.crd}.
1247: 1247: 
1248: \item {\it OH\/}: add an octahedral field of strength {\it x} to the potential.1248: \item {\it OH\/}: add an octahedral field of strength {\it x} to the potential.
1249: 1249: 
1250: \item {\it ONETEP job system\/}: tells the program to use a {\tt ONETEP} 1250: \item {\it ONETEP job system\/}: tells the program to use a {\tt ONETEP} 
1251: executable to calculate energies and1251: executable to calculate energies and
1252: forces with input files based on the system name {\it system\/}. Periodic boundary 1252: forces with input files based on the system name {\it system\/}. Periodic boundary 
1253: conditions are not assumed, so projection or shifting is performed to remove overall translation and rotation.1253: conditions are not assumed, so projection or shifting is performed to remove overall translation and rotation.
1254: {\it job} is a string in quotes that specifies the system call required to run 1254: {\it job} is a string in quotes that specifies the system call required to run 
1255: the {\tt ONETEP} executable. 1255: the {\tt ONETEP} executable. 
1256: The line `print\_qc : TRUE' is needed in the {\tt system.dat} file1256: The line `print_qc : TRUE' is needed in the {\tt system.dat} file
1257: so that the total energy is printed in a form that {\tt OPTIM} can grep for.1257: so that the total energy is printed in a form that {\tt OPTIM} can grep for.
1258: OPTIM will change the line with `read\_denskern' in the {\tt system.dat} file 1258: OPTIM will change the line with `read\_denskern' in the {\tt system.dat} file 
1259: to TRUE after the first call to obtain the ONETEP energy and gradient.1259: to TRUE after the first call to obtain the ONETEP energy and gradient.
1260: This saves a great deal of cpu time in subsequent CASTEP steps.1260: This saves a great deal of cpu time in subsequent CASTEP steps.
1261: However, it means that the final dat file is altered, and you will need1261: However, it means that the final dat file is altered, and you will need
1262: to change read\_denskern to FALSE to restart1262: to change read\_denskern to FALSE to restart
1263: the job if a valid {\tt system.dkn} file is not present in the working directory.1263: the job if a valid {\tt system.dkn} file is not present in the working directory.
1264: ONETEP will fail and stop if the wavefunction read fails.1264: ONETEP will fail and stop if the wavefunction read fails.
1265: Note that you may not be able to restart a job with a different number of nodes using1265: Note that you may not be able to restart a job with a different number of nodes using
1266: a saved density (not tested).1266: a saved density (not tested).


r21773/sh_header.sh 2017-01-21 10:32:42.275188235 +0000 r21772/sh_header.sh 2017-01-21 10:32:47.771188235 +0000
  1: #!/bin/bash  1: 
  2: vim_opts="-n -p"  2: vim_opts="-n -p"
  3: this_script=` basename $0 `  3: this_script=` basename $0 `
  4: me=$this_script  4: me=$this_script
  5: this_script_dir="$shd"  5: this_script_dir="$shd"
  6: root_dir="$shd/../"  6: root_dir="$shd/../"
  7: data_dir="$root_dir/data/"  7: data_dir="$root_dir/data/"
  8:   8: 
  9: base_output_dir="out"  9: base_output_dir="out"
 10: output_dir="$data_dir/$base_output_dir" 10: output_dir="$data_dir/$base_output_dir"
 11:  11: 


r21773/svn_revision.sh 2017-01-21 10:32:39.895188235 +0000 r21772/svn_revision.sh 2017-01-21 10:32:45.215188235 +0000
  1: #!/bin/bash 
  2: #  1: #
  3: # SVN REVISION SCRIPT  2: # SVN REVISION SCRIPT
  4: #  3: #
  5: # created by Chris Whittleston, csw34@cam.ac.uk  4: # created by Chris Whittleston, csw34@cam.ac.uk
  6: # modified by op226@cam.ac.uk  5: # modified by op226@cam.ac.uk
  7: #  6: #
  8: # To be run on compilation - returns the current version of the code.  7: # To be run on compilation - returns the current version of the code.
  9: # This script should be called from within the Makefile, and the results passed to the preprocessor  8: # This script should be called from within the Makefile, and the results passed to the preprocessor
 10: # For example:  9: # For example:
 11: # DEFS+=-DSVNVERSION="`./version.sh`" 10: # DEFS+=-DSVNVERSION="`./version.sh`"


r21773/version.sh 2017-01-21 10:32:38.883188235 +0000 r21772/version.sh 2017-01-21 10:32:44.303188235 +0000
  1: #!/bin/bash 
  2: # SVN VERSION SCRIPT  1: # SVN VERSION SCRIPT
  3: # To be run on compilation - returns the current version of the code.  2: # To be run on compilation - returns the current version of the code.
  4: # This script should be called from within the Makefile, and the results passed to the preprocessor  3: # This script should be called from within the Makefile, and the results passed to the preprocessor
  5: # For example:  4: # For example:
  6: # DEFS+=-DSVNVERSION="`./version.sh`"  5: # DEFS+=-DSVNVERSION="`./version.sh`"
  7:   6: 
  8: # First, we try to run svnversion to get the version number  7: # First, we try to run svnversion to get the version number
  9: svnversion . | sed 's/.*://' | sed 's/M//' > version.tmp  8: svnversion . | sed 's/.*://' | sed 's/M//' > version.tmp
 10: # svnversion returns 'exported' if you have it installed but run it in a non svn directory.  9: # svnversion returns 'exported' if you have it installed but run it in a non svn directory.
 11: # If svnversion is not installed at all, the file will be empty. In either case, we want to 10: # If svnversion is not installed at all, the file will be empty. In either case, we want to


r21773/vf_fill_files.sh 2017-01-21 10:32:42.619188235 +0000 r21772/vf_fill_files.sh 2017-01-21 10:32:48.051188235 +0000
  1: #!/bin/bash  1: #!/bin/bash - 
  2: #===============================================================================  2: #===============================================================================
  3: #  3: #
  4: #          FILE:  vf_fill_files.sh  4: #          FILE:  vf_fill_files.sh
  5: #   5: # 
  6: #         USAGE:  ./vf_fill_files.sh   6: #         USAGE:  ./vf_fill_files.sh 
  7: #   7: # 
  8: #   DESCRIPTION:    8: #   DESCRIPTION:  
  9: #   9: # 
 10: #       OPTIONS:  --- 10: #       OPTIONS:  ---
 11: #  REQUIREMENTS:  --- 11: #  REQUIREMENTS:  ---


r21773/xyz2pdb_amh.f90 2017-01-21 10:32:39.563188235 +0000 r21772/xyz2pdb_amh.f90 2017-01-21 10:32:44.915188235 +0000
 30:          IF (OPEN_STATUS.NE.0) THEN 30:          IF (OPEN_STATUS.NE.0) THEN
 31:            WRITE(6,*) 'FAILURE TO OPEN PRO.LIST FILE' 31:            WRITE(6,*) 'FAILURE TO OPEN PRO.LIST FILE'
 32:            WRITE(6,*) 'NEEDS TO BE IN LOCAL DIRECTORY' 32:            WRITE(6,*) 'NEEDS TO BE IN LOCAL DIRECTORY'
 33:            WRITE(6,*) 'ERROR NUMBER ',OPEN_STATUS 33:            WRITE(6,*) 'ERROR NUMBER ',OPEN_STATUS
 34:            STOP 34:            STOP
 35:          ENDIF 35:          ENDIF
 36:          READ(8,2002)MEMNAME 36:          READ(8,2002)MEMNAME
 37: 2002     FORMAT (A5) 37: 2002     FORMAT (A5)
 38:       CLOSE(8) 38:       CLOSE(8)
 39:  39: 
 40:       OPEN (UNIT=1,FILE='./proteins/'//memname,STATUS='OLD') 40:       OPEN (UNIT=1,FILE='/home/mp466/amh/proteins/'//memname,STATUS='OLD')
 41:         READ(1,*) 41:         READ(1,*)
 42:         READ(1,*)NRES 42:         READ(1,*)NRES
 43:            IF (NRES.GT.500) THEN 43:            IF (NRES.GT.500) THEN
 44:               WRITE(6,*) 'FAILURE NRES_AMH GR THAN 500 CONNECTODATA' 44:               WRITE(6,*) 'FAILURE NRES_AMH GR THAN 500 CONNECTODATA'
 45:               STOP 45:               STOP
 46:            ENDIF 46:            ENDIF
 47:         READ (1,25)(SEQ(I_RES),I_RES=1,NRES) 47:         READ (1,25)(SEQ(I_RES),I_RES=1,NRES)
 48: !        WRITE (6,25)(SEQ(I_RES),I_RES=1,NRES) 48: !        WRITE (6,25)(SEQ(I_RES),I_RES=1,NRES)
 49: 25      FORMAT(25(I2,1X)) 49: 25      FORMAT(25(I2,1X))
 50:       CLOSE(1) 50:       CLOSE(1)


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