hdiff output

r16910/param19_eef1.1.inp 2017-01-21 10:32:56.631188235 +0000 r16909/param19_eef1.1.inp 2017-01-21 10:32:59.399188235 +0000
  1: * - parameter file PARAM19 -  1: svn: E195012: Unable to find repository location for 'svn+ssh://svn.ch.private.cam.ac.uk/groups/wales/trunk/CHARMM31/toppar/param19_eef1.1.inp' in revision 16909
  2: * PEPTIDE GEOMETRY FROM RAMACHANDRAN ET AL BBA 359:298 (1974) 
  3: * TORSIONS FROM HAGLER ET AL JACS 98:4600 (1976) 
  4: * JORGENSEN NONBOND PARAMETERS JACS 103:3976-3985 WITH 1-4 RC=1.80/0.1 
  5: * 
  6:  
  7: !* - PEPTIDE GEOMETRY TO GIVE RAMACHANDRAN ET AL BBA 359:298 (1974) 
  8: !* - PEPTIDE TORSIONS FROM HAGLER ET AL JACS 98:4600 (1976) 
  9: !* - NONBONDED TERMS JORGENSEN JACS 103:3976 W/ RC1-4 = 1.80 EC1-4 = 0.1 
 10: !*  The default h-bond exponents are now 6-repul 4-attr 
 11: !* ++++++++ ATOMTYPE OS (IN METHYL ESTER) ADDED FOR CHARMM COURSE /LN ++++ 
 12: !* SOLVENT PARAMETERS: SUPPORTING ST2 AND MODIFIED TIP3P MODEL 
 13: !* Switched from Slater-Kirkwood to simple mixing rules - AB 
 14: !* Hbond parameters based on comparisons of dimer results with 
 15: !*   ab initio calculations. - WER  12/19/84 
 16: !* Grouping of atom types for VDW parameters - BRB 1/3/85 
 17: !* 
 18: ! T.Lazaridis: added CR type (same as C for all purposes other than solvation) 
 19: ! Jun00: adding various parameters 
 20: ! Sep02: adding for change C->CR in Tyr 
 21:  
 22:  
 23: BOND 
 24: C    C      450.0       1.38!  FROM B. R. GELIN THESIS AMIDE AND DIPEPTIDES 
 25: C    CH1E   405.0       1.52!  EXCEPT WHERE NOTED.  CH1E,CH2E,CH3E, AND CT 
 26: C    CH2E   405.0       1.52!  ALL TREATED THE SAME. UREY BRADLEY TERMS ADDED 
 27: C    CH3E   405.0       1.52 
 28: C    CR1E   450.0       1.38 
 29: C    CT     405.0       1.53 
 30: C    N      471.0       1.33 
 31: C    NC2    400.0       1.33!  BOND LENGTH FROM PARMFIX9 FORCE K APROXIMATE 
 32: C    NH1    471.0       1.33 
 33: C    NH2    471.0       1.33 
 34: C    NP     471.0       1.33 
 35: C    NR     471.0       1.33 
 36: C    O      580.0       1.23 
 37: C    OC     580.0       1.23!  FORCE DECREASE AND LENGTH INCREASE FROM C O 
 38: C    OH1    450.0       1.38!  FROM PARMFIX9 (NO VALUE IN GELIN THESIS) 
 39: C    OS     292.0       1.43!  FROM DEP NORMAL MODE FIT 
 40: CR   CR     450.0       1.38!  FROM B. R. GELIN THESIS AMIDE AND DIPEPTIDES 
 41: CR   C      450.0       1.38!  FROM B. R. GELIN THESIS AMIDE AND DIPEPTIDES 
 42: CR   CH1E   405.0       1.52!  EXCEPT WHERE NOTED.  CH1E,CH2E,CH3E, AND CT 
 43: CR   CH2E   405.0       1.52!  ALL TREATED THE SAME. UREY BRADLEY TERMS ADDED 
 44: CR   CH3E   405.0       1.52 
 45: CR   CR1E   450.0       1.38 
 46: CR   CT     405.0       1.53 
 47: CR   N      471.0       1.33 
 48: CR   NC2    400.0       1.33!  BOND LENGTH FROM PARMFIX9 FORCE K APROXIMATE 
 49: CR   NH1    471.0       1.33 
 50: CR   NH2    471.0       1.33 
 51: CR   NP     471.0       1.33 
 52: CR   NR     471.0       1.33 
 53: CR   O      580.0       1.23 
 54: CR   OC     580.0       1.23!  FORCE DECREASE AND LENGTH INCREASE FROM C O 
 55: CR   OH1    450.0       1.38!  FROM PARMFIX9 (NO VALUE IN GELIN THESIS) 
 56: CR   OS     292.0       1.43!  FROM DEP NORMAL MODE FIT 
 57: CH1E CH1E   225.0       1.53 
 58: CH1E CH2E   225.0       1.52 
 59: CH1E CH3E   225.0       1.52 
 60: CT   CH3E   225.0       1.52! for AIB TL 
 61: CH1E N      422.0       1.45 
 62: CH1E NH1    422.0       1.45 
 63: CH1E NH2    422.0       1.45 
 64: CH1E NH3    422.0       1.45 
 65: CH1E OH1    400.0       1.42!  FROM PARMFIX9 (NO VALUE IN GELIN THESIS) 
 66: CH2E CH2E   225.0       1.52 
 67: CH2E CH3E   225.0       1.54 
 68: CH2E CR1E   250.0       1.45!  FROM WARSHEL AND KARPLUS 1972 JACS 96:5612 
 69: CH2E N      422.0       1.45 
 70: CH2E NH1    422.0       1.45 
 71: CH2E NH2    422.0       1.45 
 72: CH2E NH3    422.0       1.45 
 73: CH2E OH1    400.0       1.42 
 74: CH2E S      450.0       1.81!  FROM PARMFIX9 
 75: CH2E SH1E   450.0       1.81 
 76: CH3E NH1    422.0       1.49 
 77: CH3E NR     422.0       1.49 ! FOR NETROPSIN 
 78: CH3E S      450.0       1.77!  FROM PARMFIX9 
 79: CH3E OS     292.0       1.38!  FROM DEP NORMAL MODE FIT 
 80: CH2E OS     292.0       1.43!  TL 
 81: CM   OM    1115.0       1.128!  FROM CAUGHEY ET AL(1978),CARBON MONOXIDE 
 82: CR1E CR1E   450.0       1.38 
 83: CR1E NH1    450.0       1.305 
 84: CR1E NR     450.0       1.305 
 85: CT   CT     200.0       1.53 
 86: CT   N      422.0       1.45 
 87: CT   NC2    422.0       1.45 
 88: CT   NH1    422.0       1.45 
 89: CT   NH2    422.0       1.45 
 90: CT   NH3    422.0       1.45 
 91: CT   OH1    400.0       1.42 
 92: CT   S      450.0       1.81 
 93: FE   CM     258.0       1.79!   FROM KROEKER ET AL(JCP:72:4846) 
 94: FE   NP     500.0       2.09 
 95: FE   NR      65.0       1.98!   FROM NAGAI ET AL(1980) 
 96: FE   OM     250.0       1.8!    JUST A GUESS. 
 97: H    NH1    405.0       0.98!  GELIN AND IR STRETCH 3200 CM 1 
 98: H    NH2    405.0       0.98 
 99: H    OH1    450.0       0.96!  FROM IR STRETCH 3400 CM 1 
100: H    OH2    450.0       1.00 ! from ST2 geometry 
101: LP   OH2    450.0       0.80 ! ditto 
102: H    H        0.0       1.6329931 ! from ST2 geometry (for SHAKE w/PARAM) 
103: HT   OT     450.0       0.9572 ! from TIPS3P geometry 
104: HT   HT       0.0       1.5139 ! from TIPS3P geometry (for SHAKE w/PARAM) 
105: HA   C      350.0       1.08 
106: HA   CT     300.0       1.08 
107: HC   NC2    405.0       1.00 
108: HC   NH1    405.0       0.98 
109: HC   NH3    405.0       1.04 
110: OC   S      400.0       1.43 
111: OM   OM     600.0       1.23!   STRETCHING CONSTANT JUST A GUESS. 
112: S    S      500.0       2.02 
113: THETAS 
114: C    C    C       70.0     106.5!  FROM B. R. GELIN THESIS WITH HARMONIC 
115: CR   CR   CR      70.0     106.5!  FROM B. R. GELIN THESIS WITH HARMONIC 
116: C    C    CH2E    65.0     126.5!  PART OF F TERMS INCORPORATED. ATOMS 
117: CR   CR   CH2E    65.0     126.5!  PART OF F TERMS INCORPORATED. ATOMS 
118: C    C    CH3E    65.0     126.5!  WITH EXTENDED H COMPENSATED FOR LACK 
119: C    C    CR1E    70.0     122.5!  OF H ANGLES. 
120: CR   CR   CR1E    70.0     122.5!  OF H ANGLES. 
121: C    C    CT      70.0     126.5 
122: C    C    HA      40.0     120.0!  AMIDE PARAMETERS FIT BY LEAST SQUARES 
123: C    C    NH1     65.0     109.0!  TO N-METHYL ACETAMIDE VIBRATIONS. 
124: CR   CR   NH1     65.0     109.0!  TO N-METHYL ACETAMIDE VIBRATIONS. 
125: C    C    NP      65.0     112.5!  MINIMIZATION OF N-METHYL ACETAMIDE. 
126: C    C    NR      65.0     112.5 
127: C    C    OH1     65.0     119.0 
128: C    C    O       65.0     119.0 ! FOR NETROPSIN 
129: CH1E C    N       20.0     117.5 
130: CH1E C    NH1     20.0     117.5 
131: CH1E C    O       85.0     121.5 
132: CH1E C    OC      85.0     117.5 
133: CH1E C    OH1     85.0     120.0 
134: CH2E C    CR1E    70.0     121.5 
135: CH2E CR   CR1E    70.0     121.5 
136: CH2E C    N       20.0     117.5 
137: CH2E C    NH1     20.0     117.5 
138: CH2E CR   NH1     20.0     117.5 
139: CH2E C    NH2     20.0     117.5 
140: CH1E C    NH2     20.0     117.5 !      for resi NH2 
141: CH2E C    NC2     20.0     117.5 ! FOR NETROPSIN 
142: CH2E C    NR      60.0     116.0 
143: CH2E CR   NR      60.0     116.0 
144: CH2E C    O       85.0     121.6 
145: CH2E C    OC      85.0     118.5 
146: CH2E C    OH1     85.0     120.0 
147: CH3E C    N       20.0     117.5 
148: CH3E C    NH1     20.0     117.5 
149: CH3E C    O       85.0     121.5 
150: CR1E C    CR1E    65.0     120.5 
151: CR1E CR   CR1E    65.0     120.5 
152: CR1E C    NH1     65.0     110.5! USED ONLY IN HIS, NOT IT TRP 
153: CR1E CR   NH1     65.0     110.5! USED ONLY IN HIS, NOT IT TRP 
154: CR1E C    NP      65.0     122.5 
155: CR1E C    NR      65.0     122.5 
156: CR1E CR   NR      65.0     122.5 
157: CR1E C    OH1     65.0     119.0 
158: CR1E CR   OH1     65.0     119.0 
159: CT   C    N       20.0     117.5 
160: CT   C    NH1     20.0     117.5 
161: CT   C    NH2     20.0     117.5 
162: CT   C    O       85.0     121.5 
163: CT   C    OC      85.0     118.5 
164: CT   C    OH1     85.0     120.0 
165: HA   C    NH1     40.0     120.0 
166: HA   C    NH2     40.0     120.0 
167: HA   C    NR      40.0     120.0 
168: HA   C    O       85.0     121.5 
169: N    C    O       85.0     121.0 
170: NC2  C    NC2     70.0     120.0 
171: NC2  CR   NC2     70.0     120.0 
172: NC2  C    NH1     70.0     120.0 
173: NC2  CR   NH1     70.0     120.0 
174: NH1  C    NR      70.0     120.0 
175: NH1  C    O       65.0     121.0 
176: NH2  C    O       65.0     121.0 
177: O    C    OH1     85.0     120.0 
178: OC   C    OC      85.0     122.5 
179: OS   CH2E CH1E    70.0     125.3! TL 
180: OS   C    CH1E    70.0     125.3! FROM PARDNA10 
181: OS   C    CH2E    70.0     125.3!   - " - 
182: OS   C    O       70.0     120.0!   - " - 
183: C    CH1E CH1E    70.0     110.0 
184: C    CH1E CH2E    70.0     109.5 
185: CH2E CH1E CH2E    70.0     109.5 !for PHL, TL 
186: C    CH1E CH3E    70.0     106.5 
187: C    CT   CH3E    70.0     106.5  !for AIB  TL 
188: C    CH1E N       45.0     111.6 
189: C    CH1E NH1     45.0     111.6 
190: C    CH1E NH2     45.0     111.6 
191: C    CH1E NH3     45.0     111.6 
192: CH1E CH1E CH2E    45.0     112.5 
193: CH1E CH1E CH3E    45.0     111.0 
194: CH1E CH1E NH1     50.0     110.0 
195: CH1E CH1E NH2     50.0     109.5 
196: CH1E CH1E NH3     50.0     107.5 
197: CH1E CH1E OH1     50.0     104.5 
198: CH2E CH1E CH3E    50.0     111.5 
199: CH2E CH1E N       65.0     104.0 
200: CH2E CH1E NH1     65.0     110.0 
201: CH2E CH1E NH2     65.0     110.0 
202: CH2E CH1E NH3     65.0     110.0 
203: CH3E CH1E CH3E    50.0     111.0 
204: CH3E CT   CH3E    50.0     111.0 !for AIB TL 
205: CH3E CH1E NH1     65.0     108.5 
206: CH3E CT   NH1     65.0     108.5 !for AIB  TL 
207: CH3E CH1E NH2     65.0     109.5 
208: CH3E CH1E NH3     65.0     109.5 
209: CH3E CH1E OH1     60.0     110.5 
210: C    CH2E CH1E    70.0     112.5 
211: CR   CH2E CH1E    70.0     112.5 
212: C    CH2E CH2E    70.0     113.0 
213: C    CH2E NH1     70.0     111.6 
214: C    CH2E NH2     70.0     111.6 
215: C    CH2E NH3     70.0     111.6 
216: CH1E CH2E CH1E    45.0     117.0 
217: CH1E CH2E CH2E    45.0     112.5 
218: CH1E CH2E CH3E    45.0     113.0 
219: CH1E CH2E OH1     45.0     111.0 
220: CH3E CH2E OH1     45.0     111.0 
221: CH1E CH2E S       50.0     112.5 
222: CH1E CH2E SH1E    50.0     112.5 
223: CH2E CH2E CH2E    45.0     110.0 
224: CH2E CH2E CH3E    45.0     111.0 
225: CH2E CH2E N       65.0     105.0 
226: CH2E CH2E NH1     65.0     111.0 
227: CH2E CH2E NH2     65.0     109.5 
228: CH2E CH2E NH3     65.0     110.5 
229: CH2E CH2E S       50.0     112.5 
230: C    CR1E C       90.0     126.5 
231: C    CR1E CH2E    90.0     122.0 
232: C    CR1E CR1E    90.0     119.0 
233: CR   CR1E CR1E    90.0     119.0 
234: C    CR1E NH1     90.0     109.5 
235: CR   CR1E NH1     90.0     109.5 
236: C    CR1E NR      90.0     106.5 
237: CR   CR1E NR      90.0     106.5 
238: CR1E CR1E CR1E    90.0     120.5 
239: NH1  CR1E NH1     70.0     109.0 
240: NH1  CR1E NR      70.0     109.0 
241: C    CT   CT      70.0     109.5 
242: C    CT   HA      70.0     109.5 
243: C    CT   N       70.0     111.6 
244: C    CT   NH1     70.0     111.6 
245: C    CT   NH2     70.0     111.6 
246: C    CT   NH3     70.0     111.6 
247: CT   CT   CT      45.0     111.00 
248: CT   CT   HA      40.0     109.50 
249: CT   CT   N       65.0     105.00 
250: CT   CT   NC2     65.0     110.00 
251: CT   CT   NH1     65.0     110.00 
252: CT   CT   NH2     65.0     110.00 
253: CT   CT   NH3     65.0     110.00 
254: CT   CT   OH1     50.0     109.50 
255: CT   CT   S       50.0     112.50 
256: HA   CT   HA      40.0     109.5 
257: HA   CT   N       50.0     109.5 
258: HA   CT   NC2     50.0     109.5 
259: HA   CT   NH1     50.0     109.5 
260: HA   CT   NH3     50.0     109.5 
261: HA   CT   OH1     50.0     109.5 
262: HA   CT   S       40.0     109.5 
263: FE   CM   OM       5.0      90.0!       FROM KROEKER ET AL(1980) 
264: C    N    CH1E    80.0     120.0 
265: C    N    CH2E    80.0     120.0 
266: C    N    CT      80.0     120.0 
267: CH1E N    CH2E    60.0     110.0 
268: CH1E N    CH3E    60.0     110.0 
269: CH2E N    CH3E    60.0     109.5 
270: CT   N    CT      60.0     110.0 
271: C    NC2  CT      80.0     120.0 
272: C    NC2  HC      35.0     120.0 
273: CR   NC2  HC      35.0     120.0 
274: CT   NC2  HC      35.0     120.0 
275: HC   NC2  HC      40.0     120.0 
276: C    NH1  C       60.0     102.5  ! UNUSED (AND PROBABLY WRONG) 
277: C    NH1  CH1E    77.5     120.0 
278: C    NH1  CH2E    77.5     120.0 
279: CR   NH1  CH2E    77.5     120.0 
280: C    NH1  CH3E    77.5     120.0 
281: C    NH1  CR1E    60.0     108.0 
282: CR   NH1  CR1E    60.0     108.0 
283: C    NH1  CT      80.0     120.0 
284: C    NH1  H       30.0     120.0 
285: CR   NH1  H       30.0     120.0 
286: CH1E NH1  CH3E    60.0     120.0 
287: CH1E NH1  H       35.0     120.0 
288: CH2E NH1  CH3E    60.0     120.0 
289: CH2E NH1  H       35.0     120.0 
290: CH3E NH1  H       35.0     120.0 
291: CR1E NH1  CR1E    65.0     110.0 
292: CR1E NH1  H       35.0     120.0 
293: CT   NH1  H       35.0     120.0 
294: C    NH2  H       30.0     120.0 
295: CH1E NH2  CH2E    60.0     120.0 
296: CH1E NH2  H       35.0     120.0 
297: CH2E NH2  H       35.0     120.0 
298: CT   NH2  H       35.0     120.0 
299: H    NH2  H       40.0     125.0 
300: C    NP   C       70.0     102.5 
301: C    NP   FE      50.0     128.0!  FORCE CONSTANT FROM PARMFIX9 
302: C    NR   C       70.0     102.5 
303: C    NR   CR1E    70.0     109.5 
304: CR   NR   CR1E    70.0     109.5 
305: CH3E NR   CR1E    70.0     109.5 ! FOR NETROPSIN 
306: CH3E NR   C       70.0     109.5 ! FOR NETROPSIN 
307: CR1E NR   CR1E    65.0     110.0 
308: CR1E NR   FE      30.0     124.8!  FORCE CONSTANT FROM PARMFIX9 
309: CH1E NH3  HC      35.0     109.5 
310: CH1E NH3  CH2E    35.0     109.5 
311: CH2E NH3  HC      35.0     109.5 
312: CT   NH3  HC      35.0     109.5 
313: HC   NH3  HC      40.0     109.5 
314: C    OH1  H       50.0     109.5 
315: CR   OH1  H       50.0     109.5 
316: CH1E OH1  H       35.0     109.5 
317: CH2E OH1  H       35.0     109.5 
318: CT   OH1  H       35.0     109.5 
319: H    OH2  H       55.0     109.47122 ! TETRAHEDRAL FOR ST2'S 
320: H    OH2  LP      55.0     109.47122 ! TETRAHEDRAL FOR ST2'S 
321: LP   OH2  LP      55.0     109.47122 ! TETRAHEDRAL FOR ST2'S 
322: FE   OM   OM       0.0     180.0!  DUMMY PARAMETER FOR PATCH AND ANALYSIS. 
323: C    OS   CH3E    46.5     120.5!   FROM PARDNA10 
324: C    OS   CH2E    46.5     120.5!   TL 
325: HT   OT   HT      55.0     104.52    ! FROM TIPS3P GEOMETRY 
326: CH2E S    CH3E    50.0      99.5! FROM PARMFIX9, CHECK WITH IR 
327: CH2E S    S       50.0     104.2 
328: CT   S    CT      50.0      99.5!  FORCE CONSTANTS FROM PARMFIX9 
329: CT   S    S       50.0     104.2 
330: OC   S    OC      85.0     109.5! FORCE CONSTANT JST A GUESS. 
331: NP   FE   CM      5.0       90.0 
332: NP   FE   NP      50.0      90.0 
333: NP   FE   NR      5.0      115.0 
334: NP   FE   OM      5.0       90.0! JUST A GUESS FROM EXISTING FE CM DATA 
335: !NR   FE   CM      5.0      180.0 
336: !NR   FE   OM      5.0      180.0! JUST A GUESS FROM EXISTING FE CM DATA 
337: PHI 
338: CH1E C    N    CH1E    10.0       2     180.0! PRO ISOM. BARRIER 20 KCAL/MOL. 
339: CH2E C    N    CH1E    10.0       2     180.0 
340: CR1E C    C    CR1E     5.0       2     180.0! => TRP OOP. VIB 170CM 1 
341: CR1E CR   CR   CR1E     5.0       2     180.0! => TRP OOP. VIB 170CM 1 
342: CR1E C    C    C        2.5       2     180.0! SEE BEHLEN ET AL JCP 75:5685 81 
343: CR1E CR   CR   CR       2.5       2     180.0! SEE BEHLEN ET AL JCP 75:5685 81 
344: CR1E C    C    NH1      2.5       2     180.0 
345: CR1E CR   CR   NH1      2.5       2     180.0 
346: X    C    CH1E X        0.0       3       0.0! FROM GELIN THESIS AMIDES 
347: X    C    CH2E X        0.0       3       0.0! USING A SINGLE 
348: X    CR   CH2E X        0.0       3       0.0! USING A SINGLE 
349: X    C    CR1E X       10.0       2     180.0! DIHEDRAL PER BOND RATHER 
350: X    C    CT   X        0.0       3       0.0! THAN MULTIPLE TORSIONS. 
351: X    C    N    X        8.2       2     180.0! ALKANE TORSION REDUCED TO 
352: X    C    NC2  X        8.2       2     180.0! 1.6 FROM 1.8 TO COINCIDE WITH 
353: X    CR   NC2  X        8.2       2     180.0! 1.6 FROM 1.8 TO COINCIDE WITH 
354: X    C    NH1  X        8.2       2     180.0! THE EXPERIMENTAL BARRIER. 
355: X    CR   NH1  X        8.2       2     180.0! THE EXPERIMENTAL BARRIER. 
356: X    C    NH2  X        8.2       2     180.0 
357: X    C    OH1  X        1.8       2     180.0 
358: X    CR   OH1  X        1.8       2     180.0 
359: X    C    OS   X        1.8       2     180.0 ! INFERRED FROM C-OH1 
360: X    CH2E OS   X       -0.1       3       0.0 ! from p22 
361: X    CH1E CH1E X        1.6       3       0.0 
362: X    CH1E CH2E X        1.6       3       0.0 
363: X    CH1E N    X        0.3       3       0.0! FROM HAGLER ET AL TABULATION OF 
364: X    CH1E NH1  X        0.3       3       0.0! EXP. DATA AND 6 31G CALC. 
365: X    CH1E NH2  X        1.8       3       0.0! PROTONATED SECONDARY AMINE 
366: X    CH1E NH3  X        0.6       3       0.0! 1/PROTON SO 3 FOR THE BOND 
367: X    CH1E OH1  X        0.5       3       0.0! CHANGED TO ROUGHLY MEOH 
368: X    CH2E CH2E X        1.6       3       0.0 
369: X    CH2E N    X        0.3       3       0.0! SEE CH1E COMMENTS 
370: X    CH2E NH1  X        0.3       3       0.0 
371: X    CH2E NH2  X        0.6       3       0.0 
372: X    CH2E NH3  X        0.6       3       0.0 
373: X    CH2E OH1  X        0.5       3       0.0 
374: X    CH2E S    X        1.2       2       0.0 
375: X    CT   CT   X        1.6       3       0.0 
376: X    CT   N    X        0.3       3       0.0! SEE CH1E COMMENTS 
377: X    CT   NC2  X        0.3       3       0.0 
378: X    CT   NH1  X        0.3       3       0.0 
379: X    CT   NH2  X        0.6       3       0.0 
380: X    CT   NH3  X        0.6       3       0.0 
381: X    CT   OH1  X        0.5       3       0.0 
382: X    CT   S    X        1.2       2       0.0 
383: X    FE   NR   X        0.05      4       0.0 
384: X    FE   CM   X        0.05      4       0.0 
385: X    FE   OM   X        0.00      4       0.0 
386: X    S    S    X        4.0       2       0.0! FROM EXP. NMR BARRIER 
387: IMPHI 
388: C    C    CR1E CH2E    90.0    0     0.0! GIVE 220 CM 1 METHYL OOP FOR TOLUENE. 
389: C    CR1E C    CH2E    90.0    0     0.0! USED HERE FOR TRP CG OUT OF PLANE 
390: CR   CR1E CR   CH2E    90.0    0     0.0! USED HERE FOR TRP CG OUT OF PLANE 
391: C    CR1E CR1E CH2E    90.0    0     0.0!               PHE, AND TYR CG OOP 
392: C    CR1E NH1  CH2E    90.0    0     0.0!               HIS CG RING OOP 
393: C    NH1  CR1E CH2E    90.0    0     0.0! 
394: C    CR1E CR1E OH1    150.0    0     0.0! GIVE 249 CM 1 PHENOL OH OOP. 
395: CR   CR1E CR1E OH1    150.0    0     0.0! GIVE 249 CM 1 PHENOL OH OOP. 
396: C    H    H    NH2     45.0    0     0.0! PRIMARY AMIDES (ASN AND GLN) OOP 
397: C    OC   OC   CH1E   100.0    0     0.0! CARBOXYL OUT OF PLANE. 
398: C    OC   OC   CH2E   100.0    0     0.0! 
399: C    X    X    C       25.0    0     0.0! FROM BENZENE NORMAL MODE ANALYSIS 
400: CR   X    X    CR      25.0    0     0.0! FROM BENZENE NORMAL MODE ANALYSIS 
401: CR   X    X    C       25.0    0     0.0! FROM BENZENE NORMAL MODE ANALYSIS 
402: C    X    X    CH2E    90.0    0     0.0! FROM TOLUENE METHYL OOP. 217 CM 1 
403: CR   X    X    CH2E    90.0    0     0.0! FROM TOLUENE METHYL OOP. 217 CM 1 
404: C    X    X    CH3E    90.0    0     0.0 
405: C    X    X    CR1E    25.0    0     0.0 
406: CR   X    X    CR1E    25.0    0     0.0 
407: C    X    X    H       75.0    0     0.0! FROM BENZENE NORMAL MODE ANALYSIS 
408: C    X    X    HA      75.0    0     0.0! 
409: C    X    X    NH1    100.0    0     0.0! AMIDES FIT TO N METHYL ACETAMIDE. 
410: CR   X    X    NH1    100.0    0     0.0! AMIDES FIT TO N METHYL ACETAMIDE. 
411: C    X    X    O      100.0    0     0.0 
412: C    X    X    OC     100.0    0     0.0 
413: C    X    X    OH1    150.0    0     0.0! USED FOR TYR HYDROXYL OOP 
414: CH1E X    X    CH1E    55.0    0   35.26439! CALCULATED TO  BE THE SAME AS THE 3 
415: CH1E X    X    CH2E    55.0    0   35.26439! H CH1E X ANGLES WITH K=40 
416: CH1E X    X    CH3E    55.0    0   35.26439 
417: CR1E X    X    CR1E    25.0    0     0.0! EXTENDED ATOM VERSION OF BENZENE 
418: CR1E X    X    NH1     25.0    0     0.0! SAME AS ABOVE FOR LACK OF VALUES 
419: FE   X    X    NP      20.0    0     0.0! FROM PARMFIX9 
420: H    X    X    O       45.0    0     0.0 
421: N    CH1E CH2E C       45.0    0     0.0! PROLINE NITROGENS 
422: N    X    X    CH2E    45.0    0     0.0 
423: N    X    X    CT      45.0    0     0.0 
424: NC2  X    X    CT      45.0    0     0.0 
425: NC2  X    X    HC      45.0    0     0.0 
426: NH1  X    X    CH1E    45.0    0     0.0 
427: NH1  X    X    CH2E    45.0    0     0.0 
428: NH1  X    X    CH3E    45.0    0     0.0 
429: NH1  X    X    CT      45.0    0     0.0 
430: NH1  X    X    H       45.0    0     0.0! AMIDES PROTON OOP 
431: NH1  X    X    NH1     25.0    0     0.0!  
432: NH1  X    X    NR      25.0    0     0.0 
433: NH2  X    X    H       45.0    0     0.0 
434: NR   X    X    C       25.0    0     0.0 
435: NR   X    X    CR      25.0    0     0.0 
436: NR   X    X    CR1E    25.0    0     0.0 
437: NR   X    X    CT      25.0    0     0.0 
438: NR   X    X    CH3E    25.0    0     0.0 ! FOR NETROPSIN 
439: ! 
440: NONBONDED  NBXMOD 5  ATOM CDIEL SWITCH VATOM VDISTANCE VSWITCH - 
441:      CUTNB 16.0  CTOFNB 15.0  CTONNB 11.  EPS 1.0  E14FAC 0.4  WMIN 1.5 
442: ! 
443: !                  Emin       Rmin 
444: !                  (kcal/mol) (A) 
445: H        0.0440    -0.0498    0.8000  
446: HC       0.0440    -0.0498    0.6000 ! charged group. Reduced vdw radius 
447: HA       0.1000    -0.0450    1.4680 
448: HT       0.0440    -0.0498    0.8000 !TIP3P water hydrogen, see NBFIX below 
449: ! 
450: C        1.65    -0.1200       2.100 1.65 -0.1 1.9 ! carbonyl carbon 
451: CH1E     1.35    -0.0486       2.365 1.35 -0.1 1.9 ! \ 
452: CH2E     1.77    -0.1142       2.235 1.77 -0.1 1.9 !  extended carbons 
453: CH3E     2.17    -0.1811       2.165 1.77 -0.1 1.9 ! / 
454: CR1E     1.35    -0.1200       2.100 1.35 -0.1 1.9 !  ring carbons 
455: C%       1.65    -0.0262       2.490 1.65 -0.1 1.9 ! includes CT and CM 
456: CR       1.65    -0.1200       2.100 1.65 -0.1 1.9 ! aromatic carbon,no Hs 
457: ! 
458: N*       1.1000    -0.2384    1.6000   ! includes N,NC2,NH1,NH2,NH3,NP,and NR 
459: ! 
460: O*       0.8400    -0.1591    1.6000   ! includes O, OH1, OM, and OS 
461: OC       2.1400    -0.6469    1.6000   
462: OT       0.8400    -0.1591    1.6000 !TIP3P water oxygen,   see NBFIX below 
463: OH2      0.0000    -0.0758    1.7398 !ST2   water oxygen 
464: ! 
465: LP       0.0000    -0.04598   0.2245 !ST2   lone pair 
466: FE       0.0100    0.000    0.6500 
467: S*       0.3400    -0.0430       1.890 ! includes S and SH1E 
468: ! 
469: !CM     0.000000  -0.0262     2.150  ! CO 3-point model. 
470: !OM     0.000000  -0.1591     1.750  ! CO 3-point model. 
471:  
472: NBFIX 
473: !                  Emin       Rmin 
474: !                  (kcal/mol) (A) 
475: ! 
476: !        We're gonna NBFIX the TIP3P water-water interactions 
477: !        here to make them more like Jorgensen's.  The vdW parameters 
478: !        specified above will be in effect, therefore, for ONLY 
479: !        protein (read, protein OR nucleic acid)-water interactions. 
480: !        OT-OT is exactly Jorgensen's; HT interactions are added 
481: !        here. 
482: ! 
483: OT   OT      -0.152073  3.5365  ! TIPS3P VDW INTERACTION 
484: HT   HT      -0.04598   0.4490 
485: HT   OT      -0.08363   1.9927 
486: ! 
487: !        All protein-protein NBFIXes removed 
488:  
489: ! 
490: HBOND AEXP 4 REXP 6 HAEX 0 AAEX 0   NOACCEPTORS  HBNOEXCLUSIONS  ALL  - 
491:    CUTHB 0.5 CTOFHB 5.0 CTONHB 4.0  CUTHA 90.0  CTOFHA 90.0  CTONHA 90.0 
492: ! 
493: N*+* N%      -0.0 3.0   ! dummy parameters 
494: N*+* O*      -0.00 2.9  !   
495: OH*  N%      -0.00 2.85 
496: OH*  O*      -0.00 2.75 
497: END 


r16910/param19_eef1_perm.inp 2017-01-21 10:32:56.907188235 +0000 r16909/param19_eef1_perm.inp 2017-01-21 10:32:59.699188235 +0000
363: X    CR   NH1  X        8.2       2     180.0! THE EXPERIMENTAL BARRIER.363: X    CR   NH1  X        8.2       2     180.0! THE EXPERIMENTAL BARRIER.
364: X    CRN  NH1  X        8.2       2     180.0! THE EXPERIMENTAL BARRIER.364: X    CRN  NH1  X        8.2       2     180.0! THE EXPERIMENTAL BARRIER.
365: X    C    NH2  X        8.2       2     180.0365: X    C    NH2  X        8.2       2     180.0
366: CH2E C    NH2  H        4.1       2     180.0 ! SAT for asparagine and glutamine366: CH2E C    NH2  H        4.1       2     180.0 ! SAT for asparagine and glutamine
367: CH2E NH1  CR   NC2      4.1       2     180.0 ! bs360: for ARG367: CH2E NH1  CR   NC2      4.1       2     180.0 ! bs360: for ARG
368: X    C    OH1  X        1.8       2     180.0368: X    C    OH1  X        1.8       2     180.0
369: CR1E C    OH1  H        0.9       2     180.0! DAE FOR TYR369: CR1E C    OH1  H        0.9       2     180.0! DAE FOR TYR
370: X    C    OS   X        1.8       2     180.0 ! INFERRED FROM C-OH1370: X    C    OS   X        1.8       2     180.0 ! INFERRED FROM C-OH1
371: X    CH1E CH1E X        1.6       3       0.0371: X    CH1E CH1E X        1.6       3       0.0
372: X    CH1E CH2E X        1.6       3       0.0372: X    CH1E CH2E X        1.6       3       0.0
373: NH1  CH1E CH1E CH3E     0.8       3       0.0 ! SAT for valine 
374: CH1E CH2E CH1E CH3E     0.8       3       0.0 ! SAT for leucine 
375: X    CH1E N    X        0.3       3       0.0! FROM HAGLER ET AL TABULATION OF373: X    CH1E N    X        0.3       3       0.0! FROM HAGLER ET AL TABULATION OF
376: X    CH1E NH1  X        0.3       3       0.0! EXP. DATA AND 6 31G CALC.374: X    CH1E NH1  X        0.3       3       0.0! EXP. DATA AND 6 31G CALC.
377: X    CH1E NH2  X        1.8       3       0.0! PROTONATED SECONDARY AMINE375: X    CH1E NH2  X        1.8       3       0.0! PROTONATED SECONDARY AMINE
378: X    CH1E NH3  X        0.6       3       0.0! 1/PROTON SO 3 FOR THE BOND376: X    CH1E NH3  X        0.6       3       0.0! 1/PROTON SO 3 FOR THE BOND
379: X    CH1E OH1  X        0.5       3       0.0! CHANGED TO ROUGHLY MEOH377: X    CH1E OH1  X        0.5       3       0.0! CHANGED TO ROUGHLY MEOH
380: X    CH2E CH2E X        1.6       3       0.0378: X    CH2E CH2E X        1.6       3       0.0
381: X    CH2E N    X        0.3       3       0.0! SEE CH1E COMMENTS379: X    CH2E N    X        0.3       3       0.0! SEE CH1E COMMENTS
382: X    CH2E NH1  X        0.3       3       0.0380: X    CH2E NH1  X        0.3       3       0.0
383: X    CH2E NH2  X        0.6       3       0.0381: X    CH2E NH2  X        0.6       3       0.0
384: X    CH2E NH3  X        0.6       3       0.0382: X    CH2E NH3  X        0.6       3       0.0


r16910/param19_perm.inp 2017-01-21 10:32:57.299188235 +0000 r16909/param19_perm.inp 2017-01-21 10:32:59.983188235 +0000
291: CH2E S    S       50.0     104.2291: CH2E S    S       50.0     104.2
292: CT   S    CT      50.0      99.5!  FORCE CONSTANTS FROM PARMFIX9292: CT   S    CT      50.0      99.5!  FORCE CONSTANTS FROM PARMFIX9
293: CT   S    S       50.0     104.2293: CT   S    S       50.0     104.2
294: OC   S    OC      85.0     109.5! FORCE CONSTANT JST A GUESS.294: OC   S    OC      85.0     109.5! FORCE CONSTANT JST A GUESS.
295: NP   FE   CM      5.0       90.0295: NP   FE   CM      5.0       90.0
296: NP   FE   NP      50.0      90.0296: NP   FE   NP      50.0      90.0
297: NP   FE   NR      5.0      115.0297: NP   FE   NR      5.0      115.0
298: NP   FE   OM      5.0       90.0! JUST A GUESS FROM EXISTING FE CM DATA298: NP   FE   OM      5.0       90.0! JUST A GUESS FROM EXISTING FE CM DATA
299: !NR   FE   CM      5.0      180.0299: !NR   FE   CM      5.0      180.0
300: !NR   FE   OM      5.0      180.0! JUST A GUESS FROM EXISTING FE CM DATA300: !NR   FE   OM      5.0      180.0! JUST A GUESS FROM EXISTING FE CM DATA
301: ! 
302: PHI301: PHI
303: ! 
304: CH1E C    N    CH1E    10.0       2     180.0! PRO ISOM. BARRIER 20 KCAL/MOL.302: CH1E C    N    CH1E    10.0       2     180.0! PRO ISOM. BARRIER 20 KCAL/MOL.
305: CH2E C    N    CH1E    10.0       2     180.0303: CH2E C    N    CH1E    10.0       2     180.0
306: CR1E C    C    CR1E     5.0       2     180.0! => TRP OOP. VIB 170CM 1304: CR1E C    C    CR1E     5.0       2     180.0! => TRP OOP. VIB 170CM 1
307: CR1E C    C    C        2.5       2     180.0! SEE BEHLEN ET AL JCP 75:5685 81305: CR1E C    C    C        2.5       2     180.0! SEE BEHLEN ET AL JCP 75:5685 81
308: CR1E C    C    NH1      2.5       2     180.0306: CR1E C    C    NH1      2.5       2     180.0
309: CR1E C    CH2E CH1E     0.0       3       0.0 ! SAT for tyrosine and phenylalanine307: CR1E C    CH2E CH1E     0.0       3       0.0 ! SAT for tyrosine and phenylalanine
310: !X    C    CH2E OC       0.0       3       0.0 ! SAT for glutamic and aspartic acid308: !X    C    CH2E OC       0.0       3       0.0 ! SAT for glutamic and aspartic acid
311:                                                ! bs360: commented this line, produces warning message309:                                                ! BS: commented this line, produces warning message
312:                                                ! and has no effect on energy310:                                                ! and has no effect on energy
313: X    C    CH1E X        0.0       3       0.0! FROM GELIN THESIS AMIDES311: X    C    CH1E X        0.0       3       0.0! FROM GELIN THESIS AMIDES
314: X    C    CH2E X        0.0       3       0.0! USING A SINGLE312: X    C    CH2E X        0.0       3       0.0! USING A SINGLE
315: X    C    CR1E X       10.0       2     180.0! DIHEDRAL PER BOND RATHER313: X    C    CR1E X       10.0       2     180.0! DIHEDRAL PER BOND RATHER
316: X    C    CT   X        0.0       3       0.0! THAN MULTIPLE TORSIONS.314: X    C    CT   X        0.0       3       0.0! THAN MULTIPLE TORSIONS.
317: X    C    N    X        8.2       2     180.0! ALKANE TORSION REDUCED TO315: X    C    N    X        8.2       2     180.0! ALKANE TORSION REDUCED TO
318: X    C    NC2  X        8.2       2     180.0! 1.6 FROM 1.8 TO COINCIDE WITH316: X    C    NC2  X        8.2       2     180.0! 1.6 FROM 1.8 TO COINCIDE WITH
319: NH1  C    NC2  HC       4.1       2     180.0 ! SAT for arginine317: NH1  C    NC2  HC       4.1       2     180.0 ! SAT for arginine
320: X    C    NH1  X        8.2       2     180.0! THE EXPERIMENTAL BARRIER.318: X    C    NH1  X        8.2       2     180.0! THE EXPERIMENTAL BARRIER.
321: X    C    NH2  X        8.2       2     180.0319: X    C    NH2  X        8.2       2     180.0
322: CH2E C    NH2  H        4.1       2     180.0 ! SAT for asparagine and glutamine320: CH2E C    NH2  H        4.1       2     180.0 ! SAT for asparagine and glutamine
323: CH2E NH1  C    NC2      4.1       2     180.0 ! bs360: for ARG321: CH2E NH1  C    NC2      4.1       2     180.0 ! BS for ARG
324: X    C    OH1  X        1.8       2     180.0322: X    C    OH1  X        1.8       2     180.0
325: CR1E C    OH1  H        0.9       2     180.0 ! SAT for tyrosine323: CR1E C    OH1  H        0.9       2     180.0 ! SAT for tyrosine
326: X    C    OS   X        1.8       2     180.0 ! INFERRED FROM C-OH1324: X    C    OS   X        1.8       2     180.0 ! INFERRED FROM C-OH1
 325: NH1  CH1E CH1E CH3E     0.8       3       0.0 ! SAT for valine   
 326: CH1E CH2E CH1E CH3E     0.8       3       0.0 ! SAT for leucine
327: X    CH1E CH1E X        1.6       3       0.0327: X    CH1E CH1E X        1.6       3       0.0
328: X    CH1E CH2E X        1.6       3       0.0328: X    CH1E CH2E X        1.6       3       0.0
329: NH1  CH1E CH1E CH3E     0.8       3       0.0 ! SAT for valine 
330: CH1E CH2E CH1E CH3E     0.8       3       0.0 ! SAT for leucine 
331: X    CH1E N    X        0.3       3       0.0! FROM HAGLER ET AL TABULATION OF329: X    CH1E N    X        0.3       3       0.0! FROM HAGLER ET AL TABULATION OF
332: X    CH1E NH1  X        0.3       3       0.0! EXP. DATA AND 6 31G CALC.330: X    CH1E NH1  X        0.3       3       0.0! EXP. DATA AND 6 31G CALC.
333: X    CH1E NH2  X        1.8       3       0.0! PROTONATED SECONDARY AMINE331: X    CH1E NH2  X        1.8       3       0.0! PROTONATED SECONDARY AMINE
334: X    CH1E NH3  X        0.6       3       0.0! 1/PROTON SO 3 FOR THE BOND332: X    CH1E NH3  X        0.6       3       0.0! 1/PROTON SO 3 FOR THE BOND
335: X    CH1E OH1  X        0.5       3       0.0! CHANGED TO ROUGHLY MEOH333: X    CH1E OH1  X        0.5       3       0.0! CHANGED TO ROUGHLY MEOH
336: X    CH2E CH2E X        1.6       3       0.0334: X    CH2E CH2E X        1.6       3       0.0
337: X    CH2E N    X        0.3       3       0.0! SEE CH1E COMMENTS335: X    CH2E N    X        0.3       3       0.0! SEE CH1E COMMENTS
338: X    CH2E NH1  X        0.3       3       0.0336: X    CH2E NH1  X        0.3       3       0.0
339: X    CH2E NH2  X        0.6       3       0.0337: X    CH2E NH2  X        0.6       3       0.0
340: X    CH2E NH3  X        0.6       3       0.0338: X    CH2E NH3  X        0.6       3       0.0


r16910/solvpar.1.inp 2017-01-21 10:32:57.619188235 +0000 r16909/solvpar.1.inp 2017-01-21 10:33:00.275188235 +0000
  1: ! Parameters for solvation free energy calculation in EEF1  1: svn: E195012: Unable to find repository location for 'svn+ssh://svn.ch.private.cam.ac.uk/groups/wales/trunk/CHARMM31/toppar/solvpar.1.inp' in revision 16909
  2: ! Volume in A^3, energies in Kcal/mol, cp in cal/molK 
  3: ! Sigw (A) is the distance within which 84% of Gsolv arises 
  4: !      Volume     Gref    Gfree      Href   CPref        Sigw 
  5: ! Cyclohexane, based on Wolfenden's data. Enthalpies: CH2E from ben-naim 
  6: !                                                others same ratio 
  7: CHEX 
  8: H        0.0     0.000     0.00            0.000   0.00         3.5 
  9: HC       0.0     0.000     0.00            0.000   0.00         3.5 
 10: HA       0.0     0.000     0.00            0.000   0.00         3.5 
 11: HT       0.0     0.000     0.00            0.000   0.00         3.5 
 12: ! 
 13: C       14.7     0.000     0.00            0.000   0.00         3.5 
 14: CR       8.3    -1.350    -2.13           -2.173   0.00         3.5 
 15: CH1E    23.7    -0.645    -0.86           -1.038   0.00         3.5 
 16: CH2E    22.4    -0.720    -1.01           -1.160   0.00         3.5 
 17: CH3E    30.0    -0.665    -0.92           -1.071   0.00         3.5 
 18: CR1E    18.4    -0.410    -0.57    -0.660   0.00         3.5 
 19: CT      14.7     0.000     0.00     0.000   0.00          3.5 
 20: CM      14.7     0.000     0.00     0.000   0.00          3.5   
 21: ! 
 22: NH1      4.4    -1.145    -1.72    -1.843   0.00         3.5 
 23: NR       4.4    -1.630    -1.71    -2.624   0.00         3.5 
 24: NP       4.4     0.000     0.00     0.000   0.00         3.5   
 25: NH2     11.2    -1.145    -1.64    -1.843   0.00        3.5 
 26: NH3     11.2    -1.145    -1.15    -1.843   0.00        6.0 
 27: NC2     11.2    -0.200    -0.20    -0.322   0.00        6.0 
 28: N         0.0    -1.145    -1.72    -1.843   0.00         3.5  !Proline,guess 
 29: ! 
 30: OM      10.8     0.000     0.00     0.000   0.00          3.5 
 31: OS         10.8    -0.960    -1.09    -1.546   0.00         3.5  !Like OH1 
 32: OH1        10.8    -0.960    -1.09    -1.546   0.00         3.5 
 33: O       10.8    -1.270    -1.39    -2.045   0.00         3.5 
 34: OC      10.8    -0.900    -0.90    -1.449   0.00          6.0 !COO/2,  
 35: OT      14.0    -0.040    -0.04    -1.400   0.00        3.5 !Wolfenden 
 36: OH2      0.0     0.000     0.00     0.000   0.00         3.5 
 37: ! 
 38: LP       0.0     0.000     0.00     0.000   0.00         3.5 
 39: FE      15.0     0.000     0.00     0.000   0.00          3.5  
 40: S       14.7    -1.780    -2.25    -2.866   0.00         3.5 
 41: SH1E    21.4    -1.855    -2.44    -2.987   0.00         3.5 
 42: END 
 43: WATER 
 44: H        0.0     0.000     0.00            0.000   0.00         3.5 
 45: HC       0.0     0.000     0.00            0.000   0.00         3.5 
 46: HA       0.0     0.000     0.00            0.000   0.00         3.5 
 47: HT       0.0     0.000     0.00            0.000   0.00         3.5 
 48: ! 
 49: C       14.7     0.000     0.00            0.000   0.00         3.5 
 50: CR       8.3    -0.890    -1.40            2.220   6.90         3.5 
 51: CH1E    23.7    -0.187    -0.25            0.876   0.00         3.5 
 52: CH2E    22.4     0.372     0.52           -0.610  18.60         3.5 
 53: CH3E    30.0     1.089     1.50           -1.779  35.60         3.5 
 54: CR1E    18.4     0.057     0.08    -0.973   6.90         3.5 
 55: CT      14.7     0.000     0.00     0.000   0.00          3.5 
 56: CM      14.7     0.000     0.00     0.000   0.00          3.5   
 57: ! 
 58: NH1      4.4    -5.950    -8.90    -9.059  -8.80         3.5 
 59: NR       4.4    -3.820    -4.00    -4.654  -8.80         3.5 
 60: NP       4.4    -3.820    -4.00    -4.654  -8.80         3.5   
 61: NH2     11.2    -5.450    -7.80    -9.028  -7.00        3.5 
 62: NH3     11.2   -20.000   -20.00   -25.000 -18.00        6.0 
 63: NC2     11.2   -10.000   -10.00   -12.000  -7.00        6.0 
 64: N         0.0    -1.000    -1.55    -1.250   8.80         3.5  !Proline 
 65: ! 
 66: OM      10.8     0.000     0.00     0.000   0.00          3.5 
 67: OS       0.0    -2.900    -3.20    -3.150  -4.80          3.5  !about half of O 
 68: OH1        10.8    -5.920    -6.70    -9.264 -11.20         3.5 
 69: O       10.8    -5.330    -5.85    -5.787  -8.80         3.5 
 70: OC      10.8   -10.000   -10.00   -12.000  -9.40          6.0 !COO/2,  
 71: OT      14.0    -6.320    -6.32    -9.974  12.00        3.5 
 72: OH2      0.0     0.000     0.00     0.000   0.00         3.5 
 73: ! 
 74: LP       0.0     0.000     0.00     0.000   0.00         3.5 
 75: FE      15.0     0.000     0.00     0.000   0.00          3.5  
 76: S       14.7    -3.240    -4.10    -4.475 -39.90         3.5 
 77: SH1E    21.4    -2.050    -2.70    -4.475 -39.90         3.5 
 78: END 


r16910/toph19_eef1.1.inp 2017-01-21 10:32:58.219188235 +0000 r16909/toph19_eef1.1.inp 2017-01-21 10:33:00.895188235 +0000
  1: * TOPOLOGY FILE FOR PROTEINS USING EXPLICIT HYDROGEN ATOMS: VERSION 19  1: svn: E195012: Unable to find repository location for 'svn+ssh://svn.ch.private.cam.ac.uk/groups/wales/trunk/CHARMM31/toppar/toph19_eef1.1.inp' in revision 16909
  2: * T. Lazaridis: here the ionic sidechains and termini are neutralized 
  3: * Also, a new atom type has been added, CR, for 4-bonded carbon in  
  4: * aromatics and Arginine. Modifications are marked by TL 
  5: * This differs from toph19_eef1.inp in:  
  6: *        Scaled down partial charge distributions of pseudo-ionic and 
  7: *          polar sidechains, CTER, NTER 
  8: *        Includes (de-)protonated ionic sidechains, pseudo-ionic HIS and AIB 
  9: *        In Tyr CZ is now type CR 
 10: * This is work in progress. No extensive tests have been made. 
 11: * 
 12:    20    1                ! Version number 
 13: MASS     1 H      1.00800 ! hydrogen which can h-bond to neutral atom 
 14: MASS     2 HC     1.00800 !   -    "     -               charged atom 
 15: MASS     3 HA     1.00800 ! aliphatic hydrogen 
 16: MASS     4 HT     1.00800 ! TIPS3P WATER HYDROGEN 
 17: MASS     5 LP     0.0     ! ST2 LONE PAIR 
 18: MASS    10 CT    12.01100 ! aliphatic carbon 
 19: MASS    11 C     12.01100 ! carbonyl carbon 
 20: MASS    12 CH1E  13.01900 ! extended atom carbon w/ one hydrogen 
 21: MASS    13 CH2E  14.02700 !   -    "    -           two 
 22: MASS    14 CH3E  15.03500 !   -    "    -           three 
 23: MASS    15 CR1E  13.01900 !   -    "    -        in aromatic ring w/ one H 
 24: MASS    16 CM    12.01100 ! carbon in carbonmonoxide 
 25: MASS    31 N     14.00670 ! peptide nitrogen with no hydrogens attached 
 26: MASS    32 NR    14.00670 ! nitrogen in aromatic ring with no hydrogens 
 27: MASS    33 NP    14.00670 ! pyrole nitrogen 
 28: !MASS    34 NH1E  15.01470 ! extended atom peptide nitrogen with one hydrogen 
 29: !MASS    35 NH2E  16.02270 !  -       "        -                 two   -"- 
 30: !MASS    36 NH3E  17.03070 !  -       "        -                 three -"- 
 31: !MASS    37 NC2E  16.02270 ! extended atom charged guanidinium nitrogen w/ 2 H 
 32: MASS    38 NH1   14.00670 ! peptide nitrogen bound to one hydrogen 
 33: MASS    39 NH2   14.00670 !  -       "        -       two -"- 
 34: MASS    40 NH3   14.00670 ! nitrogen bound to three hydrogens 
 35: MASS    41 NC2   14.00670 ! charged guanidinuim nitrogen bound to two hydrogens 
 36: MASS    51 O     15.99940 ! carbonyl oxygen 
 37: MASS    52 OC    15.99940 ! carboxy oxygen 
 38: !MASS    53 OH1E  17.00740 ! extended atom hydroxy oxygen 
 39: !MASS    54 OH2E  18.01540 ! extended atom water 
 40: MASS    55 OH1   15.99940 ! hydroxy oxygen 
 41: MASS    56 OH2   15.99940 ! ST2 water oxygen 
 42: MASS    57 OM    15.99940 ! oxygen in carbonmonoxide 
 43: MASS    58 OT    15.99940 ! TIPS3P WATER OXYGEN 
 44: MASS    59 OS    15.99940 ! ester oxygen 
 45: MASS    81 S     32.06000 ! sulphur 
 46: MASS    82 SH1E  33.06800 ! extended atom sulphur with one hydrogen 
 47: MASS    91 FE    55.84700 ! iron 
 48: MASS    92 CR    12.01100 ! 4-bonded carbon in aromatics and Arginine 
 49:  
 50: DECL -C 
 51: DECL -O 
 52: DECL +N 
 53: DECL +H 
 54: DECL +CA 
 55:  
 56: AUTOGENERATE ANGLES 
 57: DEFA FIRS NTER LAST CTER 
 58:  
 59: RESI ALA     0.00000 
 60: GROU 
 61: ATOM N    NH1    -0.35 
 62: ATOM H    H       0.25 
 63: ATOM CA   CH1E    0.10 
 64: GROU 
 65: ATOM CB   CH3E    0.00 
 66: GROU 
 67: ATOM C    C       0.55 
 68: ATOM O    O      -0.55 
 69: BOND N    CA        CA   C         C    +N        C    O         N    H 
 70: BOND CA   CB 
 71: DIHE -C   N    CA   C         N    CA   C    +N        CA   C    +N   +CA 
 72: IMPH N    -C   CA   H         C    CA   +N   O         CA   N    C    CB 
 73: DONO  H  N 
 74: ACCE O  C 
 75: IC   -C   CA   *N   H      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
 76: IC   -C   N    CA   C      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
 77: IC   N    CA   C    +N     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
 78: IC   +N   CA   *C   O      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
 79: IC   CA   C    +N   +CA    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
 80: IC   N    C    *CA  CB     0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
 81:  
 82: RESI AIB     0.00000      !TL   alpha-amino-isobutyric acid 
 83: GROU 
 84: ATOM N    NH1    -0.35 
 85: ATOM H    H       0.25 
 86: ATOM CA   CT      0.10 
 87: GROU 
 88: ATOM CB1  CH3E    0.00 
 89: GROU 
 90: ATOM CB2  CH3E    0.00 
 91: GROU 
 92: ATOM C    C       0.55 
 93: ATOM O    O      -0.55 
 94: BOND N    CA        CA   C         C    +N        C    O         N    H 
 95: BOND CA   CB1       CA   CB2 
 96: DIHE -C   N    CA   C         N    CA   C    +N        CA   C    +N   +CA 
 97: IMPH N    -C   CA   H         C    CA   +N   O          
 98: DONO  H  N 
 99: ACCE O  C 
100: IC   -C   CA   *N   H      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
101: IC   -C   N    CA   C      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
102: IC   N    CA   C    +N     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
103: IC   +N   CA   *C   O      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
104: IC   CA   C    +N   +CA    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
105: IC   N    C    *CA  CB1    0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
106: IC   N    C    *CA  CB2    0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
107:  
108: RESI ARG     0.00000        !TL      small change in NC2 charge 
109: GROU 
110: ATOM N    NH1    -0.35 
111: ATOM H    H       0.25 
112: ATOM CA   CH1E    0.10 
113: GROU 
114: ATOM CB   CH2E   -0.04 
115: ATOM CG   CH2E   -0.04 
116: GROU 
117: ATOM CD   CH2E   -0.20 
118: ATOM NE   NH1    -0.20 
119: ATOM HE   H       0.12 
120: ATOM CZ   CR     -0.20 
121: GROU 
122: ATOM NH1  NC2    -0.121 
123: ATOM HH11 HC      0.2005 
124: ATOM HH12 HC      0.2005 
125: GROU 
126: ATOM NH2  NC2    -0.121 
127: ATOM HH21 HC      0.2005 
128: ATOM HH22 HC      0.2005 
129: GROU 
130: ATOM C    C       0.55 
131: ATOM O    O      -0.55 
132: BOND N    CA        CA   C         C    +N        C    O         N    H 
133: BOND CA   CB        CB   CG        CG   CD        CD   NE        NE   HE 
134: BOND NE   CZ        CZ   NH1       CZ   NH2       NH1  HH11      NH1  HH12 
135: BOND NH2  HH21      NH2  HH22 
136: DIHE -C   N    CA   C         N    CA   C    +N        CA   C    +N   +CA 
137: DIHE N    CA   CB   CG        CA   CB   CG   CD        CB   CG   CD   NE 
138: DIHE CG   CD   NE   CZ        CD   NE   CZ   NH1       NE   CZ   NH1  HH11 
139: DIHE NE   CZ   NH2  HH21      NE   CZ   NH1  HH12      NE   CZ   NH2  HH22 
140: IMPH N    -C   CA   H         C    CA   +N   O         CA   N    C    CB 
141: IMPH NE   CD   CZ   HE        CZ   NH1  NH2  NE 
142: DONO  H N 
143: DONO  HE NE 
144: DONO  HH11 NH1 
145: DONO  HH12 NH1 
146: DONO  HH21 NH2 
147: DONO  HH22 NH2 
148: ACCE O C 
149: IC   -C   CA   *N   H      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
150: IC   -C   N    CA   C      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
151: IC   N    CA   C    +N     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
152: IC   +N   CA   *C   O      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
153: IC   CA   C    +N   +CA    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
154: IC   N    C    *CA  CB     0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
155: IC   N    CA   CB   CG     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
156: IC   CA   CB   CG   CD     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
157: IC   CB   CG   CD   NE     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
158: IC   CG   CD   NE   CZ     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
159: IC   CD   NE   CZ   NH1    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
160: IC   NH1  NE   *CZ  NH2    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
161: IC   CD   CZ   *NE  HE     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
162: IC   NE   CZ   NH1  HH11   0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
163: IC   HH11 CZ   *NH1 HH12   0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
164: IC   NE   CZ   NH2  HH21   0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
165: IC   HH21 CZ   *NH2 HH22   0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
166:  
167: RESI ARH     0.00000        !TL, deprotonated ARG 
168: GROU 
169: ATOM N    NH1    -0.35 
170: ATOM H    H       0.25 
171: ATOM CA   CH1E    0.10 
172: GROU 
173: ATOM CB   CH2E    0.00 
174: ATOM CG   CH2E    0.00 
175: GROU 
176: ATOM CD   CH2E    0.00 
177: ATOM NE   NH1    -0.35 
178: ATOM HE   H       0.25 
179: ATOM CZ   CR      0.20 
180: GROU 
181: ATOM NH1  NH2    -0.60 
182: ATOM HH11 H       0.30 
183: ATOM HH12 H       0.30 
184: GROU 
185: ATOM NH2  NH1    -0.35 
186: ATOM HH21 H       0.25 
187: GROU 
188: ATOM C    C       0.55 
189: ATOM O    O      -0.55 
190: BOND N    CA        CA   C         C    +N        C    O         N    H 
191: BOND CA   CB        CB   CG        CG   CD        CD   NE        NE   HE 
192: BOND NE   CZ        CZ   NH1       CZ   NH2       NH1  HH11      NH1  HH12 
193: BOND NH2  HH21       
194: DIHE -C   N    CA   C         N    CA   C    +N        CA   C    +N   +CA 
195: DIHE N    CA   CB   CG        CA   CB   CG   CD        CB   CG   CD   NE 
196: DIHE CG   CD   NE   CZ        CD   NE   CZ   NH1       NE   CZ   NH1  HH11 
197: DIHE NE   CZ   NH2  HH21      NE   CZ   NH1  HH12       
198: IMPH N    -C   CA   H         C    CA   +N   O         CA   N    C    CB 
199: IMPH NE   CD   CZ   HE        CZ   NH1  NH2  NE 
200: DONO  H N 
201: DONO  HE NE 
202: DONO  HH11 NH1 
203: DONO  HH12 NH1 
204: DONO  HH21 NH2 
205: ACCE O C 
206: IC   -C   CA   *N   H      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
207: IC   -C   N    CA   C      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
208: IC   N    CA   C    +N     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
209: IC   +N   CA   *C   O      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
210: IC   CA   C    +N   +CA    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
211: IC   N    C    *CA  CB     0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
212: IC   N    CA   CB   CG     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
213: IC   CA   CB   CG   CD     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
214: IC   CB   CG   CD   NE     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
215: IC   CG   CD   NE   CZ     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
216: IC   CD   NE   CZ   NH1    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
217: IC   NH1  NE   *CZ  NH2    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
218: IC   CD   CZ   *NE  HE     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
219: IC   NE   CZ   NH1  HH11   0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
220: IC   HH11 CZ   *NH1 HH12   0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
221: IC   NE   CZ   NH2  HH21   0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
222:  
223: RESI ASN     0.00000 
224: GROU 
225: ATOM N    NH1    -0.35 
226: ATOM H    H       0.25 
227: ATOM CA   CH1E    0.10 
228: GROU 
229: ATOM CB   CH2E    0.00 
230: GROU 
231: ATOM CG   C       0.55 
232: ATOM OD1  O      -0.55 
233: GROU 
234: ATOM ND2  NH2    -0.50 
235: ATOM HD21 H       0.25 
236: ATOM HD22 H       0.25 
237: GROU 
238: ATOM C    C       0.55 
239: ATOM O    O      -0.55 
240: BOND N    CA        CA   C         C    +N        C    O         N    H 
241: BOND CA   CB        CB   CG        CG   OD1       CG   ND2       ND2  HD21 
242: BOND ND2  HD22 
243: DIHE -C   N    CA   C         N    CA   C    +N        CA   C    +N   +CA 
244: DIHE N    CA   CB   CG        CA   CB   CG   OD1       CB   CG   ND2  HD21 
245: IMPH N    -C   CA   H         C    CA   +N   O         CA   N    C    CB 
246: IMPH CG   OD1  ND2  CB        ND2  HD21 HD22 CG 
247: DONO  H N 
248: DONO  HD21 ND2 
249: DONO  HD22 ND2 
250: ACCE OD1 CG 
251: ACCE O C 
252: IC   -C   CA   *N   H      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
253: IC   -C   N    CA   C      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
254: IC   N    CA   C    +N     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
255: IC   +N   CA   *C   O      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
256: IC   CA   C    +N   +CA    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
257: IC   N    C    *CA  CB     0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
258: IC   N    CA   CB   CG     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
259: IC   CA   CB   CG   OD1    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
260: IC   OD1  CB   *CG  ND2    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
261: IC   OD1  CG   ND2  HD21   0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
262: IC   HD21 CG   *ND2 HD22   0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
263:  
264: RESI ASP     0.00000   ! TL 
265: GROU 
266: ATOM N    NH1    -0.35 
267: ATOM H    H       0.25 
268: ATOM CA   CH1E    0.10 
269: GROU 
270: ATOM CB   CH2E    0.00 
271: ATOM CG   C       1.00 
272: ATOM OD1  OC     -0.50 
273: ATOM OD2  OC     -0.50 
274: GROU 
275: ATOM C    C       0.55 
276: ATOM O    O      -0.55 
277: BOND N    CA        CA   C         C    +N        C    O         N    H 
278: BOND CA   CB        CB   CG        CG   OD1       CG   OD2 
279: DIHE -C   N    CA   C         N    CA   C    +N        CA   C    +N   +CA 
280: DIHE N    CA   CB   CG        CA   CB   CG   OD1 
281: IMPH N    -C   CA   H         C    CA   +N   O         CA   N    C    CB 
282: IMPH CG   OD1  OD2  CB 
283: DONO  H     N 
284: ACCE OD1  CG 
285: ACCE OD2  CG 
286: ACCE O  C 
287: IC   -C   CA   *N   H      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
288: IC   -C   N    CA   C      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
289: IC   N    CA   C    +N     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
290: IC   +N   CA   *C   O      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
291: IC   CA   C    +N   +CA    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
292: IC   N    C    *CA  CB     0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
293: IC   N    CA   CB   CG     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
294: IC   CA   CB   CG   OD1    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
295: IC   OD1  CB   *CG  OD2    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
296:  
297: RESI ASH     0.00000   ! TL , this is protonated ASP 
298: GROU 
299: ATOM N    NH1    -0.35 
300: ATOM H    H       0.25 
301: ATOM CA   CH1E    0.10 
302: GROU 
303: ATOM CB   CH2E    0.25 
304: ATOM CG   C       0.55 
305: ATOM OD1  O      -0.55 
306: ATOM OD2  OH1    -0.50 
307: ATOM HD2  H       0.25 
308: GROU 
309: ATOM C    C       0.55 
310: ATOM O    O      -0.55 
311: BOND N    CA        CA   C         C    +N        C    O         N    H 
312: BOND CA   CB        CB   CG        CG   OD1       CG   OD2       OD2  HD2 
313: DIHE -C   N    CA   C         N    CA   C    +N        CA   C    +N   +CA 
314: DIHE N    CA   CB   CG        CA   CB   CG   OD1       CB   CG   OD2  HD2 
315: IMPH N    -C   CA   H         C    CA   +N   O         CA   N    C    CB 
316: IMPH CG   OD1  OD2  CB 
317: DONO  H     N 
318: DONO HD2  OD2 
319: ACCE OD1  CG 
320: ACCE O  C 
321: IC   -C   CA   *N   H      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
322: IC   -C   N    CA   C      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
323: IC   N    CA   C    +N     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
324: IC   +N   CA   *C   O      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
325: IC   CA   C    +N   +CA    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
326: IC   N    C    *CA  CB     0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
327: IC   N    CA   CB   CG     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
328: IC   CA   CB   CG   OD1    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
329: IC   OD1  CB   *CG  OD2    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
330: IC   CB   CG   OD2  HD2    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
331:  
332: RESI CYS     0.00000 
333: GROU 
334: ATOM N    NH1    -0.35 
335: ATOM H    H       0.25 
336: ATOM CA   CH1E    0.10 
337: GROU 
338: ATOM CB   CH2E    0.19 
339: ATOM SG   SH1E   -0.19 
340: GROU 
341: ATOM C    C       0.55 
342: ATOM O    O      -0.55 
343: BOND N    CA        CA   C         C    +N        C    O         N    H 
344: BOND CA   CB        CB   SG 
345: DIHE -C   N    CA   C         N    CA   C    +N        CA   C    +N   +CA 
346: DIHE N    CA   CB   SG 
347: IMPH N    -C   CA   H         C    CA   +N   O         CA   N    C    CB 
348: DONO  H     N 
349: ACCE O  C 
350: IC   -C   CA   *N   H      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
351: IC   -C   N    CA   C      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
352: IC   N    CA   C    +N     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
353: IC   +N   CA   *C   O      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
354: IC   CA   C    +N   +CA    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
355: IC   N    C    *CA  CB     0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
356: IC   N    CA   CB   SG     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
357:  
358: RESI GLN     0.00000 
359: GROU 
360: ATOM N    NH1    -0.35 
361: ATOM H    H       0.25 
362: ATOM CA   CH1E    0.10 
363: GROU 
364: ATOM CB   CH2E    0.00 
365: ATOM CG   CH2E    0.00 
366: GROU 
367: ATOM CD   C       0.55 
368: ATOM OE1  O      -0.55 
369: GROU 
370: ATOM NE2  NH2    -0.50 
371: ATOM HE21 H       0.25 
372: ATOM HE22 H       0.25 
373: GROU 
374: ATOM C    C       0.55 
375: ATOM O    O      -0.55 
376: BOND N    CA        CA   C         C    +N        C    O         N    H 
377: BOND CA   CB        CB   CG        CG   CD        CD   OE1       CD   NE2 
378: BOND NE2  HE21      NE2  HE22 
379: DIHE -C   N    CA   C         N    CA   C    +N        CA   C    +N   +CA 
380: DIHE N    CA   CB   CG        CA   CB   CG   CD        CB   CG   CD   OE1 
381: DIHE CG   CD   NE2  HE21 
382: IMPH N    -C   CA   H         C    CA   +N   O         CA   N    C    CB 
383: IMPH CD   OE1  NE2  CG        NE2  HE21 HE22 CD 
384: DONO  H     N 
385: DONO  HE21  NE2 
386: DONO  HE22  NE2 
387: ACCE OE1  CD 
388: ACCE O  C 
389: IC   -C   CA   *N   H      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
390: IC   -C   N    CA   C      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
391: IC   N    CA   C    +N     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
392: IC   +N   CA   *C   O      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
393: IC   CA   C    +N   +CA    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
394: IC   N    C    *CA  CB     0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
395: IC   N    CA   CB   CG     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
396: IC   CA   CB   CG   CD     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
397: IC   CB   CG   CD   OE1    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
398: IC   OE1  CG   *CD  NE2    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
399: IC   OE1  CD   NE2  HE21   0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
400: IC   HE21 CD   *NE2 HE22   0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
401:  
402: RESI GLU     0.00000 ! TL: as ASP 
403: GROU 
404: ATOM N    NH1    -0.35 
405: ATOM H    H       0.25 
406: ATOM CA   CH1E    0.10 
407: GROU 
408: ATOM CB   CH2E    0.00 
409: GROU 
410: ATOM CG   CH2E    0.00 
411: ATOM CD   C       1.00 
412: ATOM OE1  OC     -0.50 
413: ATOM OE2  OC     -0.50 
414: GROU 
415: ATOM C    C       0.55 
416: ATOM O    O      -0.55 
417: BOND N    CA        CA   C         C    +N        C    O         N    H 
418: BOND CA   CB        CB   CG        CG   CD        CD   OE1       CD   OE2 
419: DIHE -C   N    CA   C         N    CA   C    +N        CA   C    +N   +CA 
420: DIHE N    CA   CB   CG        CA   CB   CG   CD        CB   CG   CD   OE1 
421: IMPH N    -C   CA   H         C    CA   +N   O         CA   N    C    CB 
422: IMPH CD   OE1  OE2  CG 
423: DONO  H     N 
424: ACCE OE1  CD 
425: ACCE OE2  CD 
426: ACCE O  C 
427: IC   -C   CA   *N   H      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
428: IC   -C   N    CA   C      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
429: IC   N    CA   C    +N     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
430: IC   +N   CA   *C   O      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
431: IC   CA   C    +N   +CA    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
432: IC   N    C    *CA  CB     0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
433: IC   N    CA   CB   CG     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
434: IC   CA   CB   CG   CD     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
435: IC   CB   CG   CD   OE1    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
436: IC   OE1  CG   *CD  OE2    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
437:  
438: RESI GLH     0.00000 ! TL: as ASH, protonated glu 
439: GROU 
440: ATOM N    NH1    -0.35 
441: ATOM H    H       0.25 
442: ATOM CA   CH1E    0.10 
443: GROU 
444: ATOM CB   CH2E    0.00 
445: GROU 
446: ATOM CG   CH2E    0.25 
447: ATOM CD   C       0.55 
448: ATOM OE1  O      -0.55 
449: ATOM OE2  OH1    -0.50 
450: ATOM HE2  H       0.25 
451: GROU 
452: ATOM C    C       0.55 
453: ATOM O    O      -0.55 
454: BOND N    CA        CA   C         C    +N        C    O         N    H 
455: BOND CA   CB        CB   CG        CG   CD        CD   OE1       CD   OE2 
456: BOND OE2  HE2 
457: DIHE -C   N    CA   C         N    CA   C    +N        CA   C    +N   +CA 
458: DIHE N    CA   CB   CG        CA   CB   CG   CD        CB   CG   CD   OE1 
459: DIHE CG   CD   OE2  HE2 
460: IMPH N    -C   CA   H         C    CA   +N   O         CA   N    C    CB 
461: IMPH CD   OE1  OE2  CG 
462: DONO  H     N 
463: DONO HE2  OE2 
464: ACCE OE1  CD 
465: ACCE O  C 
466: IC   -C   CA   *N   H      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
467: IC   -C   N    CA   C      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
468: IC   N    CA   C    +N     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
469: IC   +N   CA   *C   O      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
470: IC   CA   C    +N   +CA    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
471: IC   N    C    *CA  CB     0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
472: IC   N    CA   CB   CG     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
473: IC   CA   CB   CG   CD     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
474: IC   CB   CG   CD   OE1    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
475: IC   OE1  CG   *CD  OE2    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
476: IC   CG   CD   OE2  HE2    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
477:  
478: RESI GLY     0.00000 
479: GROU 
480: ATOM N    NH1    -0.35 
481: ATOM H    H       0.25 
482: ATOM CA   CH2E    0.10 
483: GROU 
484: ATOM C    C       0.55 
485: ATOM O    O      -0.55 
486: BOND N    CA        CA   C         C    +N        C    O         N    H 
487: DIHE -C   N    CA   C         N    CA   C    +N        CA   C    +N   +CA 
488: IMPH N    -C   CA   H         C    CA   +N   O 
489: DONO  H     N 
490: ACCE O  C 
491: IC   -C   CA   *N   H      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
492: IC   -C   N    CA   C      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
493: IC   N    CA   C    +N     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
494: IC   +N   CA   *C   O      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
495: IC   CA   C    +N   +CA    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
496: PATC FIRS GLYP 
497:  
498: RESI HIS     0.00000                ! Rings charges from Del Bene and Cohen 
499: GROU                                 ! JACS 100:5285 (1978) Imidazole sto-3g calc. 
500: ATOM N    NH1    -0.35                ! Note that this residue has non-neutral groups. 
501: ATOM H    H       0.25 
502: ATOM CA   CH1E    0.10 
503: GROU 
504: ATOM CB   CH2E    0.00 
505: GROUP 
506: ATOM CG   CR      0.10 
507: ATOM ND1  NH1    -0.40 
508: ATOM HD1  H       0.30 
509: GROU 
510: ATOM CD2  CR1E    0.10 
511: ATOM NE2  NR     -0.30 
512: ATOM CE1  CR1E    0.20 
513: GROU 
514: ATOM C    C       0.55 
515: ATOM O    O      -0.55 
516: BOND N    CA        CA   C         C    +N        C    O         N    H 
517: BOND CA   CB        CB   CG        CG   ND1       CG   CD2       ND1  HD1 
518: BOND ND1  CE1       CD2  NE2       CE1  NE2 
519: DIHE -C   N    CA   C         N    CA   C    +N        CA   C    +N   +CA 
520: DIHE N    CA   CB   CG        CA   CB   CG   ND1 
521: IMPH N    -C   CA   H         C    CA   +N   O         CA   N    C    CB 
522: IMPH CG   ND1  CD2  CB        ND1  CG   CE1  HD1       CG   ND1  CE1  NE2 
523: IMPH ND1  CE1  NE2  CD2       CE1  NE2  CD2  CG        NE2  CD2  CG   ND1 
524: IMPH CD2  CG   ND1  CE1 
525: DONO  H     N 
526: DONO  HD1   ND1 
527: ACCE NE2 
528: ACCE O  C 
529: IC   -C   CA   *N   H      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
530: IC   -C   N    CA   C      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
531: IC   N    CA   C    +N     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
532: IC   +N   CA   *C   O      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
533: IC   CA   C    +N   +CA    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
534: IC   N    C    *CA  CB     0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
535: IC   N    CA   CB   CG     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
536: IC   CA   CB   CG   CD2    0.0000    0.00   90.00    0.00   0.0000 
537: IC   CD2  CB   *CG  ND1    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
538: IC   CD2  CG   ND1  CE1    0.0000    0.00    0.00    0.00   0.0000 
539: IC   ND1  CG   CD2  NE2    0.0000    0.00    0.00    0.00   0.0000 
540: IC   CE1  CG   *ND1 HD1    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
541:  
542: RESI HSD     0.00000                ! see HIS above. 
543: GROUP 
544: ATOM N    NH1    -0.35 
545: ATOM H    H       0.25 
546: ATOM CA   CH1E    0.10 
547: GROU 
548: ATOM CB   CH2E    0.00 
549: GROUP 
550: ATOM CG   CR      0.10 
551: ATOM ND1  NR     -0.10 
552: ATOM CE1  CR1E    0.00 
553: GROU 
554: ATOM CD2  CR1E    0.10 
555: ATOM NE2  NH1    -0.30 
556: ATOM HE2  H       0.20 
557: GROU 
558: ATOM C    C       0.55 
559: ATOM O    O      -0.55 
560: BOND N    CA        CA   C         C    +N        C    O         N    H 
561: BOND CA   CB        CB   CG        CG   ND1       CG   CD2       ND1  CE1 
562: BOND CD2  NE2       CE1  NE2       NE2  HE2 
563: DIHE -C   N    CA   C         N    CA   C    +N        CA   C    +N   +CA 
564: DIHE N    CA   CB   CG        CA   CB   CG   ND1 
565: IMPH N    -C   CA   H         C    CA   +N   O         CA   N    C    CB 
566: IMPH CG   ND1  CD2  CB        NE2  CE1  CD2  HE2       CG   ND1  CE1  NE2 
567: IMPH ND1  CE1  NE2  CD2       CE1  NE2  CD2  CG        NE2  CD2  CG   ND1 
568: IMPH CD2  CG   ND1  CE1 
569: DONO  H     N 
570: DONO  HE2   NE2 
571: ACCE ND1 
572: ACCE O  C 
573: IC   -C   CA   *N   H      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
574: IC   -C   N    CA   C      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
575: IC   N    CA   C    +N     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
576: IC   +N   CA   *C   O      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
577: IC   CA   C    +N   +CA    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
578: IC   N    C    *CA  CB     0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
579: IC   N    CA   CB   CG     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
580: IC   CA   CB   CG   CD2    0.0000    0.00   90.00    0.00   0.0000 
581: IC   CD2  CB   *CG  ND1    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
582: IC   CD2  CG   ND1  CE1    0.0000    0.00    0.00    0.00   0.0000 
583: IC   ND1  CG   CD2  NE2    0.0000    0.00    0.00    0.00   0.0000 
584: IC   CE1  CD2  *NE2 HE2    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
585:  
586: RESI HSC     0.00000                ! Doubly protonated histidine.  Ring charges 
587: GROU                                 
588: ATOM N    NH1    -0.35                ! Hayes and Kollman jacs 98:3335 (1976). 
589: ATOM H    H       0.25                !  TL modif: neutralize 
590: ATOM CA   CH1E    0.10 
591: GROU 
592: ATOM CB   CH2E    0.00 
593: ATOM CG   CR      0.05 
594: ATOM CD2  CR1E    0.05 
595: GROU 
596: ATOM ND1  NC2    -0.55 
597: ATOM HD1  H       0.45 
598: GROU 
599: ATOM CE1  CR1E    0.10 
600: GROU 
601: ATOM NE2  NC2    -0.55 
602: ATOM HE2  H       0.45 
603: GROU 
604: ATOM C    C       0.55 
605: ATOM O    O      -0.55 
606: BOND N    CA        CA   C         C    +N        C    O         N    H 
607: BOND CA   CB        CB   CG        CG   ND1       CG   CD2       ND1  HD1 
608: BOND ND1  CE1       CD2  NE2       CE1  NE2          NE2        HE2 
609: DIHE -C   N    CA   C         N    CA   C    +N        CA   C    +N   +CA 
610: DIHE N    CA   CB   CG        CA   CB   CG   ND1 
611: IMPH N    -C   CA   H         C    CA   +N   O         CA   N    C    CB 
612: IMPH CG   ND1  CD2  CB        ND1  CG   CE1  HD1       CG   ND1  CE1  NE2 
613: IMPH ND1  CE1  NE2  CD2       CE1  NE2  CD2  CG        NE2  CD2  CG   ND1 
614: IMPH CD2  CG   ND1  CE1       NE2  CD2  CE1  HE2 
615: DONO  H     N 
616: DONO  HD1   ND1 
617: DONO  HE2   NE2 
618: ACCE O  C 
619: IC   -C   CA   *N   H      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
620: IC   -C   N    CA   C      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
621: IC   N    CA   C    +N     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
622: IC   +N   CA   *C   O      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
623: IC   CA   C    +N   +CA    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
624: IC   N    C    *CA  CB     0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
625: IC   N    CA   CB   CG     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
626: IC   CA   CB   CG   CD2    0.0000    0.00   90.00    0.00   0.0000 
627: IC   CD2  CB   *CG  ND1    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
628: IC   CD2  CG   ND1  CE1    0.0000    0.00    0.00    0.00   0.0000 
629: IC   ND1  CG   CD2  NE2    0.0000    0.00    0.00    0.00   0.0000 
630: IC   CE1  CG   *ND1 HD1    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
631: IC   CE1  CD2  *NE2 HE2    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
632:  
633: RESI ILE     0.00000 
634: GROU 
635: ATOM N    NH1    -0.35 
636: ATOM H    H       0.25 
637: ATOM CA   CH1E    0.10 
638: GROU 
639: ATOM CB   CH1E    0.00 
640: ATOM CG2  CH3E    0.00 
641: GROU 
642: ATOM CG1  CH2E    0.00 
643: ATOM CD   CH3E    0.00 
644: GROU 
645: ATOM C    C       0.55 
646: ATOM O    O      -0.55 
647: BOND N    CA        CA   C         C    +N        C    O         N    H 
648: BOND CA   CB        CB   CG1       CB   CG2       CG1  CD 
649: DIHE -C   N    CA   C         N    CA   C    +N        CA   C    +N   +CA 
650: DIHE N    CA   CB   CG1       CA   CB   CG1  CD 
651: IMPH N    -C   CA   H         C    CA   +N   O         CA   N    C    CB 
652: IMPH CB   CG1  CG2  CA 
653: DONO  H     N 
654: ACCE O  C 
655: IC   -C   CA   *N   H      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
656: IC   -C   N    CA   C      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
657: IC   N    CA   C    +N     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
658: IC   +N   CA   *C   O      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
659: IC   CA   C    +N   +CA    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
660: IC   N    C    *CA  CB     0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
661: IC   N    CA   CB   CG1    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
662: IC   CA   CB   CG1  CD     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
663: IC   CG1  CA   *CB  CG2    0.0000    0.00 -120.00    0.00   0.0000 
664:  
665: RESI LEU     0.00000 
666: GROU 
667: ATOM N    NH1    -0.35 
668: ATOM H    H       0.25 
669: ATOM CA   CH1E    0.10 
670: GROU 
671: ATOM CB   CH2E    0.00 
672: ATOM CG   CH1E    0.00 
673: ATOM CD1  CH3E    0.00 
674: ATOM CD2  CH3E    0.00 
675: GROU 
676: ATOM C    C       0.55 
677: ATOM O    O      -0.55 
678: BOND N    CA        CA   C         C    +N        C    O         N    H 
679: BOND CA   CB        CB   CG        CG   CD1       CG   CD2 
680: DIHE -C   N    CA   C         N    CA   C    +N        CA   C    +N   +CA 
681: DIHE N    CA   CB   CG        CA   CB   CG   CD2 
682: IMPH N    -C   CA   H         C    CA   +N   O         CA   N    C    CB 
683: IMPH CG   CD2  CD1  CB 
684: DONO  H     N 
685: ACCE O  C 
686: IC   -C   CA   *N   H      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
687: IC   -C   N    CA   C      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
688: IC   N    CA   C    +N     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
689: IC   +N   CA   *C   O      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
690: IC   CA   C    +N   +CA    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
691: IC   N    C    *CA  CB     0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
692: IC   N    CA   CB   CG     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
693: IC   CA   CB   CG   CD1    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
694: IC   CD1  CB   *CG  CD2    0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
695:  
696: RESI LYS     0.00000   !TL 
697: GROU 
698: ATOM N    NH1    -0.35 
699: ATOM H    H       0.25 
700: ATOM CA   CH1E    0.10 
701: GROU 
702: ATOM CB   CH2E    0.00 
703: ATOM CG   CH2E    0.00 
704: ATOM CD   CH2E    0.00 
705: GROU 
706: ATOM CE   CH2E    0.00 
707: ATOM NZ   NH3    -0.90 
708: ATOM HZ1  HC      0.30 
709: ATOM HZ2  HC      0.30 
710: ATOM HZ3  HC      0.30 
711: GROU 
712: ATOM C    C       0.55 
713: ATOM O    O      -0.55 
714: BOND N    CA        CA   C         C    +N        C    O         N    H 
715: BOND CA   CB        CB   CG        CG   CD        CD   CE        CE   NZ 
716: BOND NZ   HZ1       NZ   HZ2       NZ   HZ3 
717: DIHE -C   N    CA   C         N    CA   C    +N        CA   C    +N   +CA 
718: DIHE N    CA   CB   CG        CA   CB   CG   CD        CB   CG   CD   CE 
719: DIHE CG   CD   CE   NZ        CD   CE   NZ   HZ1       CD   CE   NZ   HZ2 
720: DIHE CD   CE   NZ   HZ3 
721: IMPH N    -C   CA   H         C    CA   +N   O         CA   N    C    CB 
722: DONO  H     N 
723: DONO  HZ1   NZ 
724: DONO  HZ2   NZ 
725: DONO  HZ3   NZ 
726: ACCE O  C 
727: IC   -C   CA   *N   H      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
728: IC   -C   N    CA   C      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
729: IC   N    CA   C    +N     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
730: IC   +N   CA   *C   O      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
731: IC   CA   C    +N   +CA    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
732: IC   N    C    *CA  CB     0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
733: IC   N    CA   CB   CG     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
734: IC   CA   CB   CG   CD     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
735: IC   CB   CG   CD   CE     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
736: IC   CG   CD   CE   NZ     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
737: IC   CD   CE   NZ   HZ1    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
738: IC   HZ1  CE   *NZ  HZ2    0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
739: IC   HZ2  CE   *NZ  HZ3    0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
740:  
741: RESI LYH     0.00000   !TL, deprotonated Lys 
742: GROU 
743: ATOM N    NH1    -0.35 
744: ATOM H    H       0.25 
745: ATOM CA   CH1E    0.10 
746: GROU 
747: ATOM CB   CH2E    0.00 
748: ATOM CG   CH2E    0.00 
749: ATOM CD   CH2E    0.00 
750: GROU 
751: ATOM CE   CH2E    0.00 
752: ATOM NZ   NH2    -0.60 
753: ATOM HZ1  H       0.30 
754: ATOM HZ2  H       0.30 
755: GROU 
756: ATOM C    C       0.55 
757: ATOM O    O      -0.55 
758: BOND N    CA        CA   C         C    +N        C    O         N    H 
759: BOND CA   CB        CB   CG        CG   CD        CD   CE        CE   NZ 
760: BOND NZ   HZ1       NZ   HZ2        
761: DIHE -C   N    CA   C         N    CA   C    +N        CA   C    +N   +CA 
762: DIHE N    CA   CB   CG        CA   CB   CG   CD        CB   CG   CD   CE 
763: DIHE CG   CD   CE   NZ        CD   CE   NZ   HZ1       CD   CE   NZ   HZ2 
764: IMPH N    -C   CA   H         C    CA   +N   O         CA   N    C    CB 
765: DONO  H     N 
766: DONO  HZ1   NZ 
767: DONO  HZ2   NZ 
768: ACCE O  C 
769: IC   -C   CA   *N   H      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
770: IC   -C   N    CA   C      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
771: IC   N    CA   C    +N     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
772: IC   +N   CA   *C   O      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
773: IC   CA   C    +N   +CA    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
774: IC   N    C    *CA  CB     0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
775: IC   N    CA   CB   CG     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
776: IC   CA   CB   CG   CD     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
777: IC   CB   CG   CD   CE     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
778: IC   CG   CD   CE   NZ     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
779: IC   CD   CE   NZ   HZ1    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
780: IC   HZ1  CE   *NZ  HZ2    0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
781:  
782: RESI MET     0.00000 
783: GROU 
784: ATOM N    NH1    -0.35 
785: ATOM H    H       0.25 
786: ATOM CA   CH1E    0.10 
787: GROU 
788: ATOM CB   CH2E    0.00 
789: GROU 
790: ATOM CG   CH2E    0.06 
791: ATOM SD   S      -0.12 
792: ATOM CE   CH3E    0.06 
793: GROU 
794: ATOM C    C       0.55 
795: ATOM O    O      -0.55 
796: BOND N    CA        CA   C         C    +N        C    O         N    H 
797: BOND CA   CB        CB   CG        CG   SD        SD   CE 
798: DIHE -C   N    CA   C         N    CA   C    +N        CA   C    +N   +CA 
799: DIHE N    CA   CB   CG        CA   CB   CG   SD        CB   CG   SD   CE 
800: IMPH N    -C   CA   H         C    CA   +N   O         CA   N    C    CB 
801: DONO  H     N 
802: ACCE O  C 
803: IC   -C   CA   *N   H      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
804: IC   -C   N    CA   C      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
805: IC   N    CA   C    +N     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
806: IC   +N   CA   *C   O      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
807: IC   CA   C    +N   +CA    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
808: IC   N    C    *CA  CB     0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
809: IC   N    CA   CB   CG     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
810: IC   CA   CB   CG   SD     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
811: IC   CB   CG   SD   CE     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
812:  
813: ! Penicillamine 
814: RESI PEN     0.00000 
815: GROU 
816: ATOM N    NH1    -0.35 
817: ATOM H    H       0.25 
818: ATOM CA   CH1E    0.10 
819: GROU 
820: ATOM CB   CT      0.19 
821: ATOM CG1  CH3E    0.0 
822: ATOM CG2  CH3E    0.0 
823: ATOM SG   SH1E   -0.19 
824: GROU 
825: ATOM C    C       0.55 
826: ATOM O    O      -0.55 
827: BOND N    CA        CA   C         C    +N        C    O         N    H 
828: BOND CA   CB        CB   SG        CB   CG1       CB   CG2 
829: DIHE -C   N    CA   C         N    CA   C    +N        CA   C    +N   +CA 
830: DIHE N    CA   CB   SG 
831: IMPH N    -C   CA   H         C    CA   +N   O         CA   N    C    CB 
832: DONO  H     N 
833: ACCE O  C 
834: IC   -C   CA   *N   H      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
835: IC   -C   N    CA   C      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
836: IC   N    CA   C    +N     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
837: IC   +N   CA   *C   O      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
838: IC   CA   C    +N   +CA    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
839: IC   N    C    *CA  CB     0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
840: IC   N    CA   CB   SG     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
841: IC   SG   CA   *CB  CG1    0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
842: IC   SG   CA   *CB  CG2    0.0000    0.00 -120.00    0.00   0.0000 
843:  
844: RESI PHE     0.00000 
845: GROU 
846: ATOM N    NH1    -0.35 
847: ATOM H    H       0.25 
848: ATOM CA   CH1E    0.10 
849: GROU 
850: ATOM CB   CH2E    0.00 
851: ATOM CG   CR      0.00    CZ 
852: ATOM CD1  CR1E    0.00    CE2 
853: ATOM CD2  CR1E    0.00    CE1 
854: GROU 
855: ATOM CE1  CR1E    0.00 
856: ATOM CE2  CR1E    0.00 
857: ATOM CZ   CR1E    0.00 
858: GROU 
859: ATOM C    C       0.55 
860: ATOM O    O      -0.55 
861: BOND N    CA        CA   C         C    +N        C    O         N    H 
862: BOND CA   CB        CB   CG        CG   CD1       CG   CD2       CD1  CE1 
863: BOND CD2  CE2       CE1  CZ        CE2  CZ 
864: DIHE -C   N    CA   C         N    CA   C    +N        CA   C    +N   +CA 
865: DIHE N    CA   CB   CG        CA   CB   CG   CD1 
866: IMPH N    -C   CA   H         C    CA   +N   O         CA   N    C    CB 
867: IMPH CG   CD1  CE1  CZ        CD1  CE1  CZ   CE2       CE1  CZ   CE2  CD2 
868: IMPH CZ   CE2  CD2  CG        CE2  CD2  CG   CD1       CD2  CG   CD1  CE1 
869: IMPH CG   CD1  CD2  CB 
870: DONO  H     N 
871: ACCE O  C 
872: IC   -C   CA   *N   H      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
873: IC   -C   N    CA   C      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
874: IC   N    CA   C    +N     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
875: IC   +N   CA   *C   O      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
876: IC   CA   C    +N   +CA    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
877: IC   N    C    *CA  CB     0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
878: IC   N    CA   CB   CG     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
879: IC   CA   CB   CG   CD1    0.0000    0.00   90.00    0.00   0.0000 
880: IC   CD1  CB   *CG  CD2    0.0000  120.00  180.00  120.00   0.0000 
881: IC   CD1  CG   CD2  CE2    0.0000  120.00    0.00  120.00   0.0000 
882: IC   CD2  CG   CD1  CE1    0.0000  120.00    0.00  120.00   0.0000 
883: IC   CG   CD1  CE1  CZ     0.0000  120.00    0.00  120.00   0.0000 
884:  
885: RESI PHL     0.00000        !TL phenylalaninol 
886: GROU 
887: ATOM N    NH1    -0.35 
888: ATOM H    H       0.25 
889: ATOM CA   CH1E    0.10 
890: GROU 
891: ATOM CB   CH2E    0.00 
892: ATOM CG   CR      0.00    CZ 
893: ATOM CD1  CR1E    0.00    CE2 
894: ATOM CD2  CR1E    0.00    CE1 
895: GROU 
896: ATOM CE1  CR1E    0.00 
897: ATOM CE2  CR1E    0.00 
898: ATOM CZ   CR1E    0.00 
899: GROU 
900: ATOM C    CH2E    0.25          !like serine 
901: ATOM O    OH1    -0.55 
902: ATOM HH   H       0.30 
903: BOND N    CA        CA   C         C    O         N    H 
904: BOND CA   CB        CB   CG        CG   CD1       CG   CD2       CD1  CE1 
905: BOND CD2  CE2       CE1  CZ        CE2  CZ        O    HH 
906: DIHE -C   N    CA   C         CA   C    O    HH 
907: DIHE N    CA   CB   CG        CA   CB   CG   CD1 
908: IMPH N    -C   CA   H         CA   N    C    CB 
909: IMPH CG   CD1  CE1  CZ        CD1  CE1  CZ   CE2       CE1  CZ   CE2  CD2 
910: IMPH CZ   CE2  CD2  CG        CE2  CD2  CG   CD1       CD2  CG   CD1  CE1 
911: IMPH CG   CD1  CD2  CB 
912: DONO  H     N 
913: DONO  HH    O 
914: ACCE  O     C 
915: IC   -C   CA   *N   H      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
916: IC   -C   N    CA   C      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
917: IC   N    C    *CA  CB     0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
918: IC   N    CA   CB   CG     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
919: IC   CA   CB   CG   CD1    0.0000    0.00   90.00    0.00   0.0000 
920: IC   CD1  CB   *CG  CD2    0.0000  120.00  180.00  120.00   0.0000 
921: IC   CD1  CG   CD2  CE2    0.0000  120.00    0.00  120.00   0.0000 
922: IC   CD2  CG   CD1  CE1    0.0000  120.00    0.00  120.00   0.0000 
923: IC   CG   CD1  CE1  CZ     0.0000  120.00    0.00  120.00   0.0000 
924: IC   N    CA   C    O      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
925: IC   CA   C    O    HH     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
926: PATC  LAST NONE 
927:  
928: RESI PRO     0.00000 
929: GROU 
930: ATOM N    N      -0.20 
931: ATOM CD   CH2E    0.10 
932: ATOM CA   CH1E    0.10 
933: GROU 
934: ATOM CB   CH2E    0.00 
935: ATOM CG   CH2E    0.00 
936: GROU 
937: ATOM C    C       0.55 
938: ATOM O    O      -0.55 
939: BOND N    CA        CA   C         C    +N        C    O         N    CD 
940: BOND CA   CB        CB   CG        CG   CD 
941: DIHE -C   N    CA   C         N    CA   C    +N        CA   C    +N   +CA 
942: DIHE N    CA   CB   CG        CA   CB   CG   CD        CB   CG   CD   N 
943: DIHE CG   CD   N    CA 
944: IMPH N    CA   CD   -C        C    CA   +N   O         CA   N    C    CB 
945: ACCE O  C 
946: IC   -C   CA   *N   CD     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
947: IC   -C   N    CA   C      0.0000    0.00  -60.00    0.00   0.0000 
948: IC   N    CA   C    +N     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
949: IC   +N   CA   *C   O      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
950: IC   CA   C    +N   +CA    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
951: IC   C    N    *CA  CB     0.0000    0.00 -120.00    0.00   0.0000 
952: IC   N    CA   CB   CG     0.0000    0.00    0.00  108.00   0.0000 
953: PATC FIRS PROP 
954:  
955: RESI SER     0.00000 
956: GROU 
957: ATOM N    NH1    -0.35 
958: ATOM H    H       0.25 
959: ATOM CA   CH1E    0.10 
960: GROU 
961: ATOM CB   CH2E    0.25 
962: ATOM OG   OH1    -0.55 
963: ATOM HG   H       0.30 
964: GROU 
965: ATOM C    C       0.55 
966: ATOM O    O      -0.55 
967: BOND N    CA        CA   C         C    +N        C    O         N    H 
968: BOND CA   CB        CB   OG        OG   HG 
969: DIHE -C   N    CA   C         N    CA   C    +N        CA   C    +N   +CA 
970: DIHE N    CA   CB   OG        CA   CB   OG   HG 
971: IMPH N    -C   CA   H         C    CA   +N   O         CA   N    C    CB 
972: DONO  H     N 
973: DONO  HG    OG 
974: ACCE OG 
975: ACCE O  C 
976: IC   -C   CA   *N   H      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
977: IC   -C   N    CA   C      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
978: IC   N    CA   C    +N     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
979: IC   +N   CA   *C   O      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
980: IC   CA   C    +N   +CA    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
981: IC   N    C    *CA  CB     0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
982: IC   N    CA   CB   OG     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
983: IC   CA   CB   OG   HG     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
984:  
985: RESI THR     0.00000 
986: GROU 
987: ATOM N    NH1    -0.35 
988: ATOM H    H       0.25 
989: ATOM CA   CH1E    0.10 
990: GROU 
991: ATOM CB   CH1E    0.25 
992: ATOM OG1  OH1    -0.55 
993: ATOM HG1  H       0.30 
994: GROU 
995: ATOM CG2  CH3E    0.00 
996: GROU 
997: ATOM C    C       0.55 
998: ATOM O    O      -0.55 
999: BOND N    CA        CA   C         C    +N        C    O         N    H 
1000: BOND CA   CB        CB   OG1       CB   CG2       OG1  HG1 
1001: DIHE -C   N    CA   C         N    CA   C    +N        CA   C    +N   +CA 
1002: DIHE N    CA   CB   OG1       CA   CB   OG1  HG1 
1003: IMPH N    -C   CA   H         C    CA   +N   O         CA   N    C    CB 
1004: IMPH CB   OG1  CG2  CA 
1005: DONO  H     N 
1006: DONO  HG1  OG1 
1007: ACCE OG1 
1008: ACCE O  C 
1009: IC   -C   CA   *N   H      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
1010: IC   -C   N    CA   C      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
1011: IC   N    CA   C    +N     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
1012: IC   +N   CA   *C   O      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
1013: IC   CA   C    +N   +CA    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
1014: IC   N    C    *CA  CB     0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
1015: IC   N    CA   CB   OG1    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
1016: IC   OG1  CA   *CB  CG2    0.0000    0.00 -120.00    0.00   0.0000 
1017: IC   CA   CB   OG1  HG1    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
1018:  
1019: RESI TRP     0.00000 
1020: GROU 
1021: ATOM N    NH1    -0.35 
1022: ATOM H    H       0.25 
1023: ATOM CA   CH1E    0.10 
1024: GROU 
1025: ATOM CB   CH2E    0.00 
1026: GROU 
1027: ATOM CG   CR     -0.03     CD1  CD2  NE1  CE2  CE3  CZ2  CZ3  CH2 
1028: ATOM CD2  CR      0.10     NE1  CE2  CE3  CZ2  CZ3  CH2 
1029: ATOM CE2  CR     -0.04     CE3  CZ2  CZ3  CH2 
1030: ATOM CE3  CR1E   -0.03     CZ2  CZ3  CH2 
1031: GROU 
1032: ATOM CD1  CR1E    0.06     CD2  NE1  CE2  CE3  CZ2  CZ3  CH2 
1033: ATOM NE1  NH1    -0.36     CE2  CE3  CZ2  CZ3  CH2 
1034: ATOM HE1  H       0.30 
1035: GROU 
1036: ATOM CZ2  CR1E    0.00     CZ3  CH2 
1037: ATOM CZ3  CR1E    0.00     CH2 
1038: ATOM CH2  CR1E    0.00 
1039: GROU 
1040: ATOM C    C       0.55 
1041: ATOM O    O      -0.55 
1042: BOND N    CA        CA   C         C    +N        C    O         N    H 
1043: BOND CA   CB        CB   CG        CG   CD1       CG   CD2       CD1  NE1 
1044: BOND CD2  CE2       NE1  HE1       NE1  CE2       CD2  CE3       CE2  CZ2 
1045: BOND CE3  CZ3       CZ2  CH2       CZ3  CH2 
1046: ! The ring angles are only assigned for the five and six member rings. 
1047: ! The angles CG CD2 CE3  and NE1 CE2 CZ2 are left out to avoid conflicts 
1048: ! with the histidine angle parameters and to preserve symmetry. 
1049: DIHE -C   N    CA   C         N    CA   C    +N        CA   C    +N   +CA 
1050: DIHE N    CA   CB   CG        CA   CB   CG   CD1 
1051: ! The following dihedrals span the rings and keep them parallel. 
1052: DIHE CD1  CE2  CD2  CZ3       CD1  CD2  CE2  CH2 
1053: DIHE CZ2  CE2  CD2  CG        CE3  CD2  CE2  NE1 
1054: IMPH N    -C   CA   H         C    CA   +N   O         CA   N    C    CB 
1055: IMPH CG   CD1  CD2  CB        NE1  CD1  CE2  HE1       CD2  CE2  CZ2  CH2 
1056: IMPH CE2  CZ2  CH2  CZ3       CZ2  CH2  CZ3  CE3       CH2  CZ3  CE3  CD2 
1057: IMPH CZ3  CE3  CD2  CE2       CE3  CD2  CE2  CZ2       CG   CD1  NE1  CE2 
1058: IMPH CD1  NE1  CE2  CD2       NE1  CE2  CD2  CG        CE2  CD2  CG   CD1 
1059: IMPH CD2  CG   CD1  NE1 
1060: ! These impropers are skipped IMPH CD2  CG   CE3  CE2       CE2  CZ2  NE1  CD2 
1061: ! because the rings are kept flat by the proper dihedrals noted above. 
1062: DONO  H     N 
1063: DONO  HE1   NE1 
1064: ACCE O  C 
1065: IC   -C   CA   *N   H      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
1066: IC   -C   N    CA   C      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
1067: IC   N    CA   C    +N     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
1068: IC   +N   CA   *C   O      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
1069: IC   CA   C    +N   +CA    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
1070: IC   N    C    *CA  CB     0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
1071: IC   N    CA   CB   CG     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
1072: IC   CA   CB   CG   CD2    0.0000    0.00   90.00  127.45   1.3673 
1073: IC   CD2  CB   *CG  CD1    1.3673  127.45  180.00  121.78   1.3815 
1074: IC   CD1  CG   CD2  CE2    1.3815  110.77    0.00  102.51   1.3551 
1075: IC   CD2  CG   CD1  NE1    1.3673  110.77    0.00  106.30   1.3203 
1076: IC   CE2  CD1  *NE1 HE1    1.3374  108.05  180.00  125.46   0.9802 
1077: IC   CE2  CG   *CD2 CE3    1.3551  102.51  180.00  134.73   1.3728 
1078: IC   CE2  CD2  CE3  CZ3    1.3551  122.76    0.00  115.22   1.3882 
1079: IC   CE3  CD2  CE2  CZ2    1.3728  122.76    0.00  123.56   1.3712 
1080: IC   CD2  CE2  CZ2  CH2    1.3551  123.56    0.00  114.96   1.3877 
1081:  
1082: RESI TYR     0.00000 
1083: GROU 
1084: ATOM N    NH1    -0.35 
1085: ATOM H    H       0.25 
1086: ATOM CA   CH1E    0.10 
1087: GROU 
1088: ATOM CB   CH2E    0.00 
1089: ATOM CG   CR      0.00    CZ 
1090: GROU 
1091: ATOM CD1  CR1E    0.00    CE2 
1092: ATOM CE1  CR1E    0.00    CD2 
1093: GROU 
1094: ATOM CD2  CR1E    0.00 
1095: ATOM CE2  CR1E    0.00 
1096: GROU 
1097: ATOM CZ   CR      0.25 
1098: ATOM OH   OH1    -0.55 
1099: ATOM HH   H       0.30 
1100: GROU 
1101: ATOM C    C       0.55 
1102: ATOM O    O      -0.55 
1103: BOND N    CA        CA   C         C    +N        C    O         N    H 
1104: BOND CA   CB        CB   CG        CG   CD1       CG   CD2       CD1  CE1 
1105: BOND CD2  CE2       CE1  CZ        CE2  CZ        CZ   OH        OH   HH 
1106: DIHE -C   N    CA   C         N    CA   C    +N        CA   C    +N   +CA 
1107: DIHE N    CA   CB   CG        CA   CB   CG   CD1       CE2  CZ   OH   HH 
1108: IMPH N    -C   CA   H         C    CA   +N   O         CA   N    C    CB 
1109: IMPH CG   CD1  CD2  CB        CZ   CE1  CE2  OH        CG   CD1  CE1  CZ 
1110: IMPH CD1  CE1  CZ   CE2       CE1  CZ   CE2  CD2       CZ   CE2  CD2  CG 
1111: IMPH CE2  CD2  CG   CD1       CD2  CG   CD1  CE1 
1112: DONO  H     N 
1113: DONO  HH    OH 
1114: ACCE OH 
1115: ACCE O  C 
1116: IC   -C   CA   *N   H      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
1117: IC   -C   N    CA   C      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
1118: IC   N    CA   C    +N     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
1119: IC   +N   CA   *C   O      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
1120: IC   CA   C    +N   +CA    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
1121: IC   N    C    *CA  CB     0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
1122: IC   N    CA   CB   CG     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
1123: IC   CA   CB   CG   CD1    0.0000    0.00   90.00    0.00   0.0000 
1124: IC   CD1  CB   *CG  CD2    0.0000  120.00  180.00  120.00   0.0000 
1125: IC   CD2  CG   CD1  CE1    0.0000  120.00    0.00  120.00   0.0000 
1126: IC   CD1  CG   CD2  CE2    0.0000  120.00    0.00  120.00   0.0000 
1127: IC   CG   CD1  CE1  CZ     0.0000  120.00    0.00  120.00   0.0000 
1128: IC   CE2  CE1  *CZ  OH     0.0000  120.00  180.00  120.00   0.0000 
1129: IC   CE1  CZ   OH   HH     0.0000  120.00  180.00    0.00   0.0000 
1130:  
1131: RESI VAL     0.00000 
1132: GROU 
1133: ATOM N    NH1    -0.35 
1134: ATOM H    H       0.25 
1135: ATOM CA   CH1E    0.10 
1136: GROU 
1137: ATOM CB   CH1E    0.00 
1138: ATOM CG1  CH3E    0.00 
1139: ATOM CG2  CH3E    0.00 
1140: GROU 
1141: ATOM C    C       0.55 
1142: ATOM O    O      -0.55 
1143: BOND N    CA        CA   C         C    +N        C    O         N    H 
1144: BOND CA   CB        CB   CG1       CB   CG2 
1145: DIHE -C   N    CA   C         N    CA   C    +N        CA   C    +N   +CA 
1146: DIHE N    CA   CB   CG1 
1147: IMPH N    -C   CA   H         C    CA   +N   O         CA   N    C    CB 
1148: IMPH CB   CG2  CG1  CA 
1149: DONO  H     N 
1150: ACCE O C 
1151: IC   -C   CA   *N   H      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
1152: IC   -C   N    CA   C      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
1153: IC   N    CA   C    +N     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
1154: IC   +N   CA   *C   O      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
1155: IC   CA   C    +N   +CA    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
1156: IC   N    C    *CA  CB     0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
1157: IC   N    CA   CB   CG1    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
1158: IC   CG1  CA   *CB  CG2    0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
1159:  
1160:  
1161: RESI HEME   -2.00000 
1162: GROU 
1163: ATOM FE   FE      0.24 
1164: ATOM NA   NP     -0.18 
1165: ATOM NB   NP     -0.18 
1166: ATOM NC   NP     -0.18 
1167: ATOM ND   NP     -0.18 
1168: GROU 
1169: ATOM C1A  C       0.03 
1170: ATOM CHA  CR1E    0.04 
1171: ATOM C4D  C       0.02 
1172: GROU 
1173: ATOM C1B  C       0.03 
1174: ATOM CHB  CR1E    0.04 
1175: ATOM C4A  C       0.02 
1176: GROU 
1177: ATOM C1C  C       0.03 
1178: ATOM CHC  CR1E    0.04 
1179: ATOM C4B  C       0.02 
1180: GROU 
1181: ATOM C1D  C       0.03 
1182: ATOM CHD  CR1E    0.04 
1183: ATOM C4C  C       0.02 
1184: GROU 
1185: ATOM C2A  C      -0.02 
1186: ATOM CAA  CH2E    0.04 
1187: GROU 
1188: ATOM C3A  C       0.02 
1189: ATOM CMA  CH3E   -0.04 
1190: GROU 
1191: ATOM CBA  CH2E   -0.10 
1192: ATOM CGA  C       0.30 
1193: ATOM O1A  OC     -0.50 
1194: ATOM O2A  OC     -0.50 
1195: GROU 
1196: ATOM C2B  C       0.02 
1197: ATOM CMB  CH3E   -0.04 
1198: GROU 
1199: ATOM C3B  C      -0.05 
1200: ATOM CAB  CR1E    0.03 
1201: ATOM CBB  CH2E   -0.10 
1202: GROU 
1203: ATOM C2C  C       0.02 
1204: ATOM CMC  CH3E   -0.04 
1205: GROU 
1206: ATOM C3C  C      -0.05 
1207: ATOM CAC  CR1E    0.03 
1208: ATOM CBC  CH2E   -0.10 
1209: GROU 
1210: ATOM C2D  C       0.02 
1211: ATOM CMD  CH3E   -0.04 
1212: GROU 
1213: ATOM C3D  C      -0.02 
1214: ATOM CAD  CH2E    0.04 
1215: GROU 
1216: ATOM CBD  CH2E   -0.10 
1217: ATOM CGD  C       0.30 
1218: ATOM O1D  OC     -0.50 
1219: ATOM O2D  OC     -0.50 
1220: BOND FE   NA        FE   NB        FE   NC        FE   ND        NA   C1A 
1221: BOND C1A  C2A       C2A  C3A       C3A  C4A       NA   C4A       C2A  CAA 
1222: BOND CAA  CBA       CBA  CGA       CGA  O1A       CGA  O2A       C3A  CMA 
1223: BOND CHB  C4A       CHB  C1B       NB   C1B       C1B  C2B       C2B  C3B 
1224: BOND C3B  C4B       NB   C4B       C2B  CMB       C3B  CAB       CAB  CBB 
1225: BOND CHC  C4B       CHC  C1C       NC   C1C       C1C  C2C       C2C  C3C 
1226: BOND C3C  C4C       NC   C4C       C2C  CMC       C3C  CAC       CAC  CBC 
1227: BOND CHD  C4C       CHD  C1D       ND   C1D       C1D  C2D       C2D  C3D 
1228: BOND C3D  C4D       ND   C4D       C2D  CMD       C3D  CAD       CAD  CBD 
1229: BOND CBD  CGD       CGD  O1D       CGD  O2D       CHA  C4D       CHA  C1A 
1230: DIHE NA   C4A  CHB  C1B       C4A  CHB  C1B  NB        NB   C4B  CHC  C1C 
1231: DIHE C4B  CHC  C1C  NC        NC   C4C  CHD  C1D       C4C  CHD  C1D  ND 
1232: DIHE ND   C4D  CHA  C1A       C4D  CHA  C1A  NA        C1A  C2A  CAA  CBA 
1233: DIHE C2A  CAA  CBA  CGA       CAA  CBA  CGA  O1A       C2B  C3B  CAB  CBB 
1234: DIHE C2C  C3C  CAC  CBC       C2D  C3D  CAD  CBD       C3D  CAD  CBD  CGD 
1235: DIHE CAD  CBD  CGD  O1D 
1236: IMPH FE   C1A  C4A  NA        FE   C1B  C4B  NB        FE   C1C  C4C  NC 
1237: IMPH FE   C1D  C4D  ND        CHA  NA   C2A  C1A       CHB  NA   C3A  C4A 
1238: IMPH CHB  NB   C2B  C1B       CHC  NB   C3B  C4B       CHC  NC   C2C  C1C 
1239: IMPH CHD  NC   C3C  C4C       CHD  ND   C2D  C1D       CHA  ND   C3D  C4D 
1240: IMPH C2A  C1A  C3A  CAA       C3A  C2A  C4A  CMA       C2B  C1B  C3B  CMB 
1241: IMPH C3B  C2B  C4B  CAB       C2C  C1C  C3C  CMC       C3C  C2C  C4C  CAC 
1242: IMPH C2D  C1D  C3D  CMD       C3D  C2D  C4D  CAD       CBA  O1A  O2A  CGA 
1243: IMPH CBD  O1D  O2D  CGD 
1244: ACCE NA 
1245: ACCE O1A CGA 
1246: ACCE O2A CGA 
1247: ACCE NB 
1248: ACCE NC 
1249: ACCE ND 
1250: ACCE O1D CGD 
1251: ACCE O2D CGD 
1252: PATC  FIRS NONE LAST NONE 
1253:  
1254: RESI ACE     0.00000 ! Acetyl blocking group with standard naming. 
1255: GROU 
1256: ATOM CH3  CH3E    0.00 
1257: GROU 
1258: ATOM C    C       0.55 
1259: ATOM O    O      -0.55 
1260: BOND CH3  C         C    +N        C    O 
1261: DIHE CH3  C    +N   +CA 
1262: IMPH C    CH3  +N   O 
1263: ACCE O C 
1264: IC   +N   CH3  *C   O      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
1265: IC   CH3  C    +N   +CA    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
1266: PATC  FIRS NONE LAST NONE 
1267:  
1268: ! 
1269: ! formamide. Charges according to Reiher (from States?) 
1270: RESI FORM    0.00000 
1271: GROU 
1272: ATOM HA   HA      0.00 
1273: GROU 
1274: ATOM C    C       0.55 
1275: ATOM O    O      -0.55 
1276: GROU 
1277: ATOM N    NH2    -0.60 
1278: ATOM H1   H       0.30 
1279: ATOM H2   H       0.30 
1280: BOND HA   C         C     N        C    O 
1281: BOND N    H2        N    H1 
1282: DIHE HA   C     N    H2 
1283: IMPH C    HA    N   O 
1284: IMPH N     C   H2   H1 
1285: ACCE O  C 
1286: DONO  H1   N 
1287: IC    N   HA   *C   O      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
1288: IC   HA   C     N    H2    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
1289: IC    C   H2   *N   H1     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
1290: PATC  FIRS NONE LAST NONE 
1291:  
1292: RESI AMN     0.00000 
1293: GROU 
1294: ATOM CL   CH3E    0.00 
1295: GROU 
1296: ATOM C    C       0.55 
1297: ATOM O    O      -0.55 
1298: BOND CL   C         C    +N        C    O 
1299: DIHE CL   C    +N   +CA 
1300: IMPH C    CL   +N   O 
1301: ACCE O C 
1302: IC   +N   CL   *C   O      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
1303: IC   CL   C    +N   +CA    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
1304: PATC  FIRS NONE LAST NONE 
1305:  
1306: RESI CBX     0.00000 
1307: GROU 
1308: ATOM N    NH1    -0.35 
1309: ATOM H    H       0.25 
1310: ATOM CA   CH3E    0.10 
1311: BOND N    CA        N    H 
1312: IMPH N    -C   CA   H 
1313: DONO  H    N 
1314: IC   -C   CA   *N   H      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
1315: PATC  FIRS NONE LAST NONE 
1316:  
1317: RESI NH2     0.00000 
1318: GROU 
1319: ATOM N    NH2    -0.60 
1320: ATOM H1   H       0.30 
1321: ATOM H2   H       0.30 
1322: BOND N    H1        N    H2 
1323: DONO  H1    N  
1324: DONO  H2    N   
1325: IC   -O  -C   N   H1      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
1326: IC   H1  -C  *N   H2      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
1327: PATC  FIRS NONE LAST NONE 
1328:  
1329: PRES NTER    0.00000          !TL  
1330: GROU 
1331: ATOM HT1  HC      0.30 
1332: ATOM HT2  HC      0.30 
1333: ATOM N    NH3    -0.90 
1334: ATOM HT3  HC      0.30 
1335: DELETE ATOM H 
1336: ATOM CA   CH1E    0.00 
1337: BOND HT1  N         HT2  N    HT3  N 
1338: DIHE HT2  N    CA   C         HT1  N    CA   C         HT3  N    CA   C 
1339: DONO  HT1   N 
1340: DONO  HT2   N 
1341: DONO  HT3   N 
1342: IC   HT1  N    CA   C      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
1343: IC   HT2  CA   *N   HT1    0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
1344: IC   HT3  CA   *N   HT2    0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
1345:  
1346: PRES NTEH    0.00000          !TL  , deprotonated 
1347: GROU 
1348: ATOM HT1  H       0.30 
1349: ATOM HT2  H       0.30 
1350: ATOM N    NH2    -0.60 
1351: DELETE ATOM H 
1352: ATOM CA   CH1E    0.00 
1353: BOND HT1  N         HT2  N     
1354: DIHE HT2  N    CA   C         HT1  N    CA   C          
1355: DONO  HT1   N 
1356: DONO  HT2   N 
1357: IC   HT1  N    CA   C      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
1358: IC   HT2  CA   *N   HT1    0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
1359:  
1360: PRES GLYP    0.00000          !TL  
1361: GROUP 
1362: ATOM HT1  HC      0.45 
1363: ATOM HT2  HC      0.45 
1364: ATOM N    NH3    -1.34 
1365: ATOM HT3  HC      0.44 
1366: DELETE ATOM H 
1367: ATOM CA   CH2E    0.00 
1368: BOND HT1  N         HT2  N    HT3  N 
1369: DIHE HT2  N    CA   C         HT1  N    CA   C         HT3  N    CA   C 
1370: DONO  HT1   N 
1371: DONO  HT2   N 
1372: DONO  HT3   N 
1373: IC   HT1  N    CA   C      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
1374: IC   HT2  CA   *N   HT1    0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
1375: IC   HT3  CA   *N   HT2    0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
1376:  
1377: PRES PROP    0.00000          !TL  
1378: GROUP 
1379: ATOM HT1  HC      0.45 
1380: ATOM HT2  HC      0.45 
1381: ATOM N    NH3    -1.40 
1382: ATOM CD   CH2E    0.25 
1383: ATOM CA   CH1E    0.25 
1384: BOND HT1  N         HT2  N 
1385: DIHE HT2  N    CA   C         HT1  N    CA   C 
1386: DONO  HT1   N 
1387: DONO  HT2   N 
1388: IC   HT1  CA   *N   CD     0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
1389: IC   HT2  CA   *N   HT1    0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000 
1390:  
1391: PRES CTER   0.00000           !TL  
1392: GROU 
1393: ATOM C    C       1.00 
1394: ATOM OT1  OC     -0.50 
1395: ATOM OT2  OC     -0.50 
1396: DELETE ATOM O 
1397: BOND C    OT1       C    OT2 
1398: DIHE N    CA    C    OT2 
1399: IMPH C    CA    OT2  OT1 
1400: ACCE OT1 C 
1401: ACCE OT2 C 
1402: IC   N    CA    C    OT2    0.0  0.0  180.0  0.0  0.0 
1403: IC   OT2  CA    *C   OT1    0.0  0.0  180.0  0.0  0.0 
1404:  
1405: PRES CTEH   0.00000           !TL, protonated 
1406: GROU 
1407: ATOM C    C       0.80 
1408: ATOM OT1  O      -0.55 
1409: ATOM OT2  OH1    -0.45 
1410: ATOM HH   H       0.20 
1411: DELETE ATOM O 
1412: BOND C    OT1       C    OT2    OT2   HH 
1413: DIHE N    CA    C    OT2    CA C OT2 HH 
1414: IMPH C    CA    OT2  OT1 
1415: ACCE OT1 C 
1416: DONO HH  OT2 
1417: IC   N    CA    C    OT2    0.0  0.0  180.0  0.0  0.0 
1418: IC   OT2  CA    *C   OT1    0.0  0.0  180.0  0.0  0.0 
1419: IC   CA    C    OT2   HH    0.0  0.0  180.0  0.0  0.0 
1420:  
1421: PRES TBUT   0.00000           !TL  tert-butyl, after CT1 of top22 
1422: GROU 
1423: ATOM C    C       0.70 
1424: ATOM OT1  O      -0.55 
1425: ATOM OT2  OS     -0.30 
1426: ATOM CT1  CH2E    0.15 
1427: GROU 
1428: ATOM CT2  CH1E    0.00 
1429: ATOM CT3  CH3E    0.00 
1430: ATOM CT4  CH3E    0.00 
1431: DELETE ATOM O 
1432: BOND C    OT1   C    OT2      OT2   CT1      CT1  CT2      CT2  CT3    CT2  CT4 
1433: DIHE N    CA    C    OT2        CA    C    OT2   CT1       C    OT2   CT1  CT2 
1434: DIHE OT2   CT1  CT2   CT3 
1435: IMPH C    CA    OT2  OT1     CT2   CT1  CT3  CT4 
1436: ACCE OT1 C 
1437: ACCE OT2 C 
1438: IC   N    CA    C    OT2    0.0  0.0  180.0  0.0  0.0 
1439: IC   OT2  CA    *C   OT1    0.0  0.0  180.0  0.0  0.0 
1440: IC   CA    C    OT2  CT1    0.0  0.0  180.0  0.0  0.0 
1441: IC   C    OT2   CT1  CT2    0.0  0.0  180.0  0.0  0.0 
1442: IC   OT2  CT1   CT2  CT3    0.0  0.0  180.0  0.0  0.0 
1443: IC   CT1  CT3   *CT2 CT4    0.0  0.0  120.0  0.0  0.0 
1444:  
1445: PRES LINK  0.0  ! linkage for IMAGES or for joining segments 
1446: !       1 refers to previous (N terminal), 2 refers to next (C terminal) 
1447: BOND 1C   2N 
1448: THET 1C   2N   2CA            1CA  1C   2N 
1449: THET 1O   1C   2N             1C   2N   2H 
1450: DIHE 1C   2N   2CA  2C        1N   1CA  1C   2N        1CA  1C   2N   2CA 
1451: IMPH 2N   1C   2CA  2H        1C   1CA  2N   1O 
1452: IC   1N   1CA  1C   2N     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
1453: IC   2N   1CA  *1C  1O     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
1454: IC   1CA  1C   2N   2CA    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
1455: IC   1C   2N   2CA  2C     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
1456: IC   1C   2CA  *2N  2H     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
1457:  
1458: RESI O2      0.00000 
1459: GROUP 
1460: ATOM O1    OM      0.021 
1461: ATOM O2    OM     -0.021 
1462: BOND O1    O2 
1463: PATC  FIRS NONE LAST NONE 
1464:  
1465: RESI CO2P    0.00000 
1466: GROUP 
1467: ATOM C    CM      0.021 
1468: ATOM O    OM     -0.021 
1469: BOND C    O 
1470: PATC  FIRS NONE LAST NONE 
1471:  
1472: RESI CO      0.00000 
1473: GROUP 
1474: ATOM C    CM      0.021 
1475: ATOM O    OM     -0.021 
1476: BOND C    O 
1477: PATC  FIRS NONE LAST NONE 
1478:  
1479: RESI ETH     0.00000 
1480: GROU 
1481: ATOM C2   CH3E    0.00 
1482: GROU 
1483: ATOM C1   CH2E    0.25 
1484: ATOM O    OH1    -0.65 
1485: ATOM H    H       0.40 
1486: BOND C2   C1        C1   O         O    H 
1487: DIHE C2   C1   O    H 
1488: DONO  H     O 
1489: ACCE O 
1490: IC   C2   C1   O    H      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
1491: IC   C1   O    H    BLNK   0.0000    0.00    0.00    0.00   0.0000 
1492: PATC  FIRS NONE LAST NONE 
1493:  
1494: RESI ST2     .000   ! NOW INCLUDES THE LONE PAIRS GIVING 5 ATOMS FOR ST2 
1495: GROUP 
1496: ATOM OX2  OH2     .00 
1497: ATOM HX1  H       .24 
1498: ATOM HX2  H       .24 
1499: ATOM LX1  LP     -.24 
1500: ATOM LX2  LP     -.24 
1501: BOND OX2  HX1       OX2  HX2 
1502: BOND OX2  LX1       OX2  LX2 
1503: !                          NOTE: NO DONORS OR ACCEPTORS FOR ST2 
1504: PATC  FIRS NONE LAST NONE 
1505:  
1506: RESI TIP3    .000   ! TIPS3P WATER MODEL 
1507: GROUP 
1508: ATOM OH2  OT     -0.834 
1509: ATOM H1   HT      0.417 
1510: ATOM H2   HT      0.417 
1511: BOND OH2  H1        OH2  H2        H1   H2  ! THE LAST BOND IS NEEDED FOR SHAKE 
1512: ANGLE  H1 OH2 H2 
1513: ACCE OH2 
1514: PATC  FIRS NONE LAST NONE 
1515:  
1516: RESI OH2    .000   ! TIPS3P WATER MODEL 
1517: GROUP 
1518: ATOM OH2  OT     -0.834 
1519: ATOM H1   HT      0.417 
1520: ATOM H2   HT      0.417 
1521: BOND OH2  H1        OH2  H2        H1   H2  ! THE LAST BOND IS NEEDED FOR SHAKE 
1522: ANGLE  H1 OH2 H2 
1523: ACCE OH2 
1524: PATC  FIRS NONE LAST NONE 
1525:  
1526: RESI SO4  -2.0 
1527: GROUP 
1528: ATOM S    S     0.0 
1529: ATOM O1   OC   -0.5 
1530: ATOM O2   OC   -0.5 
1531: ATOM O3   OC   -0.5 
1532: ATOM O4   OC   -0.5 
1533: BOND S O1    S O2    S O3    S O4 
1534: ACCE O1  S 
1535: ACCE O2  S 
1536: ACCE O3  S 
1537: ACCE O4  S 
1538: PATC FIRS NONE LAST NONE 
1539:  
1540: RESI COH     0.00000 
1541: GROU 
1542: ATOM C    CH3E    0.25 
1543: ATOM O    OH1    -0.65 
1544: ATOM H    H       0.40 
1545: BOND  C    O         O    H 
1546: DONO  H    O 
1547: ACCE O 
1548: IC   C    O    H    BLNK   0.0000    0.00    0.00    0.00   0.0000 
1549: PATC  FIRS NONE LAST NONE 
1550:  
1551: PRES DISU 0.000  ! PATCH FOR DISULFIDES. Patch must be 1-CYS and 2-CYS. 
1552: GROUP 
1553: ATOM 1CB  CH2E  0.19 
1554: ATOM 1SG  S    -0.19 
1555: GROUP 
1556: ATOM 2SG  S    -0.19 
1557: ATOM 2CB  CH2E  0.19 
1558: BOND 1SG 2SG 
1559: ANGLE  1CB 1SG 2SG      1SG 2SG 2CB 
1560: DIHE   1CA 1CB 1SG 2SG      1CB 1SG 2SG 2CB    1SG 2SG 2CB 2CA 
1561: IC     1CA 1CB 1SG 2SG    0.0  0.0  180.0  0.0  0.0 
1562: IC     1CB 1SG 2SG 2CB    0.0  0.0  180.0  0.0  0.0 
1563: IC     1SG 2SG 2CB 2CA    0.0  0.0  180.0  0.0  0.0 
1564:  
1565: PRES FHEM 0.0   ! FIX UP THE HEME BY DELETING UNWANTED ANGLES 
1566: DELETE ANGLE 2NA 2FE 2NC  2NB 2FE 2ND 
1567:  
1568: PRES PHEM  0.0  ! Patch for HEME. Patch residues must be 1-HIS, and 2-HEME. 
1569: BOND 1NE2 2FE 
1570: ANGL 1CD2  1NE2  2FE    1CE1  1NE2  2FE    1NE2  2FE  2NA    1NE2  2FE  2NB 
1571: ANGL 1NE2  2FE   2NC    1NE2  2FE   2ND 
1572: DELETE ANGLE 2NA 2FE 2NC  2NB 2FE 2ND 
1573: DIHE 1CD2  1NE2  2FE  2NA 
1574:  
1575: PRES PLO2 0.0 ! Patch residue for Heme ligand.  Residues must be 
1576: ! 1-O2 , 2-HEME , and 3-HIS 
1577: ! O1 of the oxygen is bonded to the iron. 
1578: BOND 1O1  2FE 
1579: !ANGL 1O1  2FE  3NE2 
1580: ANGL 1O2  1O1  2FE    1O1  2FE  2NA    1O1  2FE  2NB 
1581: ANGL 1O1  2FE  2NC     1O1  2FE 2ND 
1582: DIHE 1O2  1O1  2FE  2NA 
1583:  
1584: PRES PLIG 0.0 ! Patch residue for Heme ligand. Residues must be, 
1585: !                           1-CO , 2-HEME , and 3-HIS 
1586: BOND 1C  2FE 
1587: !ANGL 1C  2FE  3NE2 
1588: ANGL 1O  1C  2FE    1C  2FE  2NA    1C  2FE  2NB 
1589: ANGL 1C  2FE  2NC     1C  2FE 2ND 
1590: DIHE 1O  1C  2FE  2NA 
1591:  
1592: PRES LTOD 0.0 
1593: DELE IMPR 1CA 1N 1C 1CB 
1594: IMPR 1CA 1C 1N 1CB 
1595:  
1596: PRES HS2          0.00 ! Patch for neutral His, move proton from ND1 to NE2 
1597: !                 
1598: !                  
1599: !          ND1--CE1 
1600: !         /      | 
1601: !  -CB--CG       | 
1602: !         \      | 
1603: !          CD2--NE2 
1604: !                 \ 
1605: !                 HE2 
1606: GROUP 
1607: ATOM CG   C       0.10 
1608: ATOM ND1  NR     -0.40 
1609: ATOM CE1  CR1E    0.30 
1610: GROU 
1611: ATOM CD2  CR1E    0.10 
1612: ATOM NE2  NH1    -0.40 
1613: ATOM HE2  H       0.30 
1614: DELETE ATOM HD1 
1615: DELETE ACCE NE2 
1616: BOND NE2 HE2 
1617: ANGLE  CE1 NE2 HE2 CD2 NE2 HE2 
1618: IMPR NE2 CE1 CD2 HE2 
1619: DONOR HE2 NE2 
1620: ACCEPTOR ND1 
1621: IC CE1  CD2  *NE2 HE2   0.0000  0.0000  180.0000  0.0000  0.0000 
1622:  
1623:  
1624: END 


r16910/toph19_eef1.inp 2017-01-21 10:32:58.503188235 +0000 r16909/toph19_eef1.inp 2017-01-21 10:33:01.251188235 +0000
651: ATOM CE1  CR1E    0.00651: ATOM CE1  CR1E    0.00
652: ATOM CE2  CR1E    0.00652: ATOM CE2  CR1E    0.00
653: ATOM CZ   CR1E    0.00653: ATOM CZ   CR1E    0.00
654: GROU654: GROU
655: ATOM C    C       0.55655: ATOM C    C       0.55
656: ATOM O    O      -0.55656: ATOM O    O      -0.55
657: BOND N    CA        CA   C         C    +N        C    O         N    H657: BOND N    CA        CA   C         C    +N        C    O         N    H
658: BOND CA   CB        CB   CG        CG   CD1       CG   CD2       CD1  CE1658: BOND CA   CB        CB   CG        CG   CD1       CG   CD2       CD1  CE1
659: BOND CD2  CE2       CE1  CZ        CE2  CZ659: BOND CD2  CE2       CE1  CZ        CE2  CZ
660: DIHE -C   N    CA   C         N    CA   C    +N        CA   C    +N   +CA660: DIHE -C   N    CA   C         N    CA   C    +N        CA   C    +N   +CA
661: DIHE N    CA   CB   CG     CA   CB   CG   CD1661: DIHE N    CA   CB   CG        CA   CB   CG   CD1
662: IMPH N    -C   CA   H         C    CA   +N   O         CA   N    C    CB662: IMPH N    -C   CA   H         C    CA   +N   O         CA   N    C    CB
663: IMPH CG   CD1  CE1  CZ        CD1  CE1  CZ   CE2       CE1  CZ   CE2  CD2663: IMPH CG   CD1  CE1  CZ        CD1  CE1  CZ   CE2       CE1  CZ   CE2  CD2
664: IMPH CZ   CE2  CD2  CG        CE2  CD2  CG   CD1       CD2  CG   CD1  CE1664: IMPH CZ   CE2  CD2  CG        CE2  CD2  CG   CD1       CD2  CG   CD1  CE1
665: IMPH CG   CD1  CD2  CB665: IMPH CG   CD1  CD2  CB
666: DONO  H     N666: DONO  H     N
667: ACCE O  C667: ACCE O  C
668: IC   -C   CA   *N   H      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000668: IC   -C   CA   *N   H      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000
669: IC   -C   N    CA   C      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000669: IC   -C   N    CA   C      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000
670: IC   N    CA   C    +N     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000670: IC   N    CA   C    +N     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000
671: IC   +N   CA   *C   O      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000671: IC   +N   CA   *C   O      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000


r16910/toph19_eef1_perm.inp 2017-01-21 10:32:58.811188235 +0000 r16909/toph19_eef1_perm.inp 2017-01-21 10:33:01.575188235 +0000
522: ATOM CB   CH2E    0.00522: ATOM CB   CH2E    0.00
523: ATOM CG   CH1E    0.00523: ATOM CG   CH1E    0.00
524: ATOM CD1  CH3E    0.00524: ATOM CD1  CH3E    0.00
525: ATOM CD2  CH3E    0.00525: ATOM CD2  CH3E    0.00
526: GROU526: GROU
527: ATOM C    C       0.55527: ATOM C    C       0.55
528: ATOM O    O      -0.55528: ATOM O    O      -0.55
529: BOND N    CA        CA   C         C    +N        C    O         N    H529: BOND N    CA        CA   C         C    +N        C    O         N    H
530: BOND CA   CB        CB   CG        CG   CD1       CG   CD2530: BOND CA   CB        CB   CG        CG   CD1       CG   CD2
531: DIHE -C   N    CA   C         N    CA   C    +N        CA   C    +N   +CA531: DIHE -C   N    CA   C         N    CA   C    +N        CA   C    +N   +CA
532: DIHE N    CA   CB   CG        CA   CB   CG   CD1     CA   CB   CG   CD2532: DIHE N    CA   CB   CG        CA   CB   CG   CD2
533: IMPH N    -C   CA   H         C    CA   +N   O         CA   N    C    CB533: IMPH N    -C   CA   H         C    CA   +N   O         CA   N    C    CB
534: IMPH CG   CD2  CD1  CB534: IMPH CG   CD2  CD1  CB
535: DONO  H     N535: DONO  H     N
536: ACCE O  C536: ACCE O  C
537: IC   -C   CA   *N   H      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000537: IC   -C   CA   *N   H      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000
538: IC   -C   N    CA   C      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000538: IC   -C   N    CA   C      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000
539: IC   N    CA   C    +N     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000539: IC   N    CA   C    +N     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000
540: IC   +N   CA   *C   O      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000540: IC   +N   CA   *C   O      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000
541: IC   CA   C    +N   +CA    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000541: IC   CA   C    +N   +CA    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000
542: IC   N    C    *CA  CB     0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000542: IC   N    C    *CA  CB     0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000


r16910/toph19.inp 2017-01-21 10:32:57.919188235 +0000 r16909/toph19.inp 2017-01-21 10:33:00.575188235 +0000
518: ATOM CD1  CH3E    0.00518: ATOM CD1  CH3E    0.00
519: ATOM CD2  CH3E    0.00519: ATOM CD2  CH3E    0.00
520: GROU520: GROU
521: ATOM C    C       0.55521: ATOM C    C       0.55
522: ATOM O    O      -0.55522: ATOM O    O      -0.55
523: BOND N    CA        CA   C         C    +N        C    O         N    H523: BOND N    CA        CA   C         C    +N        C    O         N    H
524: BOND CA   CB        CB   CG        CG   CD1       CG   CD2524: BOND CA   CB        CB   CG        CG   CD1       CG   CD2
525: DIHE -C   N    CA   C         N    CA   C    +N        CA   C    +N   +CA525: DIHE -C   N    CA   C         N    CA   C    +N        CA   C    +N   +CA
526: DIHE N    CA   CB   CG        CA   CB   CG   CD2526: DIHE N    CA   CB   CG        CA   CB   CG   CD2
527: IMPH N    -C   CA   H         C    CA   +N   O         CA   N    C    CB527: IMPH N    -C   CA   H         C    CA   +N   O         CA   N    C    CB
528: !IMPH CG   CD2  CD1  CB528: IMPH CG   CD2  CD1  CB
529: DONO  H     N529: DONO  H     N
530: ACCE O  C530: ACCE O  C
531: IC   -C   CA   *N   H      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000531: IC   -C   CA   *N   H      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000
532: IC   -C   N    CA   C      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000532: IC   -C   N    CA   C      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000
533: IC   N    CA   C    +N     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000533: IC   N    CA   C    +N     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000
534: IC   +N   CA   *C   O      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000534: IC   +N   CA   *C   O      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000
535: IC   CA   C    +N   +CA    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000535: IC   CA   C    +N   +CA    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000
536: IC   N    C    *CA  CB     0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000536: IC   N    C    *CA  CB     0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000
537: IC   N    CA   CB   CG     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000537: IC   N    CA   CB   CG     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000
538: IC   CA   CB   CG   CD1    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000538: IC   CA   CB   CG   CD1    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000


r16910/toph19_perm.inp 2017-01-21 10:32:59.111188235 +0000 r16909/toph19_perm.inp 2017-01-21 10:33:01.891188235 +0000
529: ATOM CB   CH2E    0.00529: ATOM CB   CH2E    0.00
530: ATOM CG   CH1E    0.00530: ATOM CG   CH1E    0.00
531: ATOM CD1  CH3E    0.00531: ATOM CD1  CH3E    0.00
532: ATOM CD2  CH3E    0.00532: ATOM CD2  CH3E    0.00
533: GROU533: GROU
534: ATOM C    C       0.55534: ATOM C    C       0.55
535: ATOM O    O      -0.55535: ATOM O    O      -0.55
536: BOND N    CA        CA   C         C    +N        C    O         N    H536: BOND N    CA        CA   C         C    +N        C    O         N    H
537: BOND CA   CB        CB   CG        CG   CD1       CG   CD2537: BOND CA   CB        CB   CG        CG   CD1       CG   CD2
538: DIHE -C   N    CA   C         N    CA   C    +N        CA   C    +N   +CA538: DIHE -C   N    CA   C         N    CA   C    +N        CA   C    +N   +CA
539: DIHE N    CA   CB   CG        CA   CB   CG   CD2   CA   CB   CG   CD1539: DIHE N    CA   CB   CG
 540: DIHE CA   CB   CG   CD1 ! SAT
 541: DIHE CA   CB   CG   CD2 ! SAT
540: IMPH N    -C   CA   H         C    CA   +N   O         CA   N    C    CB542: IMPH N    -C   CA   H         C    CA   +N   O         CA   N    C    CB
541: IMPH CG   CD2  CD1  CB543: IMPH CG   CD2  CD1  CB
542: DONO  H     N544: DONO  H     N
543: ACCE O  C545: ACCE O  C
544: IC   -C   CA   *N   H      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000546: IC   -C   CA   *N   H      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000
545: IC   -C   N    CA   C      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000547: IC   -C   N    CA   C      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000
546: IC   N    CA   C    +N     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000548: IC   N    CA   C    +N     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000
547: IC   +N   CA   *C   O      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000549: IC   +N   CA   *C   O      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000
548: IC   CA   C    +N   +CA    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000550: IC   CA   C    +N   +CA    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000
549: IC   N    C    *CA  CB     0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000551: IC   N    C    *CA  CB     0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000
914: GROU916: GROU
915: ATOM CB   CH1E    0.00917: ATOM CB   CH1E    0.00
916: ATOM CG1  CH3E    0.00918: ATOM CG1  CH3E    0.00
917: ATOM CG2  CH3E    0.00919: ATOM CG2  CH3E    0.00
918: GROU920: GROU
919: ATOM C    C       0.55921: ATOM C    C       0.55
920: ATOM O    O      -0.55922: ATOM O    O      -0.55
921: BOND N    CA        CA   C         C    +N        C    O         N    H923: BOND N    CA        CA   C         C    +N        C    O         N    H
922: BOND CA   CB        CB   CG1       CB   CG2924: BOND CA   CB        CB   CG1       CB   CG2
923: DIHE -C   N    CA   C         N    CA   C    +N        CA   C    +N   +CA925: DIHE -C   N    CA   C         N    CA   C    +N        CA   C    +N   +CA
924: DIHE N    CA   CB   CG1       N    CA   CB   CG2926: DIHE N    CA   CB   CG1 ! SAT
 927: DIHE N    CA   CB   CG2 ! SAT
925: IMPH N    -C   CA   H         C    CA   +N   O         CA   N    C    CB928: IMPH N    -C   CA   H         C    CA   +N   O         CA   N    C    CB
926: IMPH CB   CG2  CG1  CA929: IMPH CB   CG2  CG1  CA
927: DONO  H     N930: DONO  H     N
928: ACCE O C931: ACCE O C
929: IC   -C   CA   *N   H      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000932: IC   -C   CA   *N   H      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000
930: IC   -C   N    CA   C      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000933: IC   -C   N    CA   C      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000
931: IC   N    CA   C    +N     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000934: IC   N    CA   C    +N     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000
932: IC   +N   CA   *C   O      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000935: IC   +N   CA   *C   O      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000
933: IC   CA   C    +N   +CA    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000936: IC   CA   C    +N   +CA    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000
934: IC   N    C    *CA  CB     0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000937: IC   N    C    *CA  CB     0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000


legend
Lines Added 
Lines changed
 Lines Removed

hdiff - version: 2.1.0