hdiff output

r13308/param19_eef1_perm.inp 2017-01-21 10:33:21.606250000 +0000 r13307/param19_eef1_perm.inp 2017-01-21 10:33:24.614250000 +0000
 40: C    O      580.0       1.23 40: C    O      580.0       1.23
 41: C    OC     580.0       1.23!  FORCE DECREASE AND LENGTH INCREASE FROM C O 41: C    OC     580.0       1.23!  FORCE DECREASE AND LENGTH INCREASE FROM C O
 42: C    OH1    450.0       1.38!  FROM PARMFIX9 (NO VALUE IN GELIN THESIS) 42: C    OH1    450.0       1.38!  FROM PARMFIX9 (NO VALUE IN GELIN THESIS)
 43: C    OS     292.0       1.43!  FROM DEP NORMAL MODE FIT 43: C    OS     292.0       1.43!  FROM DEP NORMAL MODE FIT
 44: CR   CR     450.0       1.38!  FROM B. R. GELIN THESIS AMIDE AND DIPEPTIDES 44: CR   CR     450.0       1.38!  FROM B. R. GELIN THESIS AMIDE AND DIPEPTIDES
 45: CR   C      450.0       1.38!  FROM B. R. GELIN THESIS AMIDE AND DIPEPTIDES 45: CR   C      450.0       1.38!  FROM B. R. GELIN THESIS AMIDE AND DIPEPTIDES
 46: CR   CH1E   405.0       1.52!  EXCEPT WHERE NOTED.  CH1E,CH2E,CH3E, AND CT 46: CR   CH1E   405.0       1.52!  EXCEPT WHERE NOTED.  CH1E,CH2E,CH3E, AND CT
 47: CR   CH2E   405.0       1.52!  ALL TREATED THE SAME. UREY BRADLEY TERMS ADDED 47: CR   CH2E   405.0       1.52!  ALL TREATED THE SAME. UREY BRADLEY TERMS ADDED
 48: CR   CH3E   405.0       1.52 48: CR   CH3E   405.0       1.52
 49: CR   CR1E   450.0       1.38 49: CR   CR1E   450.0       1.38
 50: CRN  CR1E   450.0       1.38! CRN=ring C-atom bound to amine-N 
 51: CR   CT     405.0       1.53 50: CR   CT     405.0       1.53
 52: CR   N      471.0       1.33 51: CR   N      471.0       1.33
 53: CR   NC2    400.0       1.33!  BOND LENGTH FROM PARMFIX9 FORCE K APROXIMATE 52: CR   NC2    400.0       1.33!  BOND LENGTH FROM PARMFIX9 FORCE K APROXIMATE
 54: CR   NH1    471.0       1.33 53: CR   NH1    471.0       1.33
 55: CRN  NH1    400.0       1.36! bs360: added for NIT, parameters estimated 
 56: CR   NH2    471.0       1.33 54: CR   NH2    471.0       1.33
 57: CR   NP     471.0       1.33 55: CR   NP     471.0       1.33
 58: CR   NR     471.0       1.33 56: CR   NR     471.0       1.33
 59: CR   O      580.0       1.23 57: CR   O      580.0       1.23
 60: CR   OC     580.0       1.23!  FORCE DECREASE AND LENGTH INCREASE FROM C O 58: CR   OC     580.0       1.23!  FORCE DECREASE AND LENGTH INCREASE FROM C O
 61: CR   OH1    450.0       1.38!  FROM PARMFIX9 (NO VALUE IN GELIN THESIS) 59: CR   OH1    450.0       1.38!  FROM PARMFIX9 (NO VALUE IN GELIN THESIS)
 62: CR   OS     292.0       1.43!  FROM DEP NORMAL MODE FIT 60: CR   OS     292.0       1.43!  FROM DEP NORMAL MODE FIT
 63: CH1E CH1E   225.0       1.53 61: CH1E CH1E   225.0       1.53
 64: CH1E CH2E   225.0       1.52 62: CH1E CH2E   225.0       1.52
 65: CH1E CH3E   225.0       1.52 63: CH1E CH3E   225.0       1.52
107: HT   OT     450.0       0.9572 ! from TIPS3P geometry105: HT   OT     450.0       0.9572 ! from TIPS3P geometry
108: HT   HT       0.0       1.5139 ! from TIPS3P geometry (for SHAKE w/PARAM)106: HT   HT       0.0       1.5139 ! from TIPS3P geometry (for SHAKE w/PARAM)
109: HA   C      350.0       1.08107: HA   C      350.0       1.08
110: HA   CT     300.0       1.08108: HA   CT     300.0       1.08
111: HC   NC2    405.0       1.00109: HC   NC2    405.0       1.00
112: HC   NH1    405.0       0.98110: HC   NH1    405.0       0.98
113: HC   NH3    405.0       1.04111: HC   NH3    405.0       1.04
114: OC   S      400.0       1.43112: OC   S      400.0       1.43
115: OM   OM     600.0       1.23!   STRETCHING CONSTANT JUST A GUESS.113: OM   OM     600.0       1.23!   STRETCHING CONSTANT JUST A GUESS.
116: S    S      500.0       2.02114: S    S      500.0       2.02
117: CR   NO2    400.0       1.460! bs360: added for NIT (J.Comp.Chem.22,1340(2001)) 
118: NO2  OC     550.0       1.225! bs360: added for NIT (J.Comp.Chem.22,1340(2001)) 
119:  
120: THETAS115: THETAS
121: C    C    C       70.0     106.5!  FROM B. R. GELIN THESIS WITH HARMONIC116: C    C    C       70.0     106.5!  FROM B. R. GELIN THESIS WITH HARMONIC
122: CR   CR   CR      70.0     106.5!  FROM B. R. GELIN THESIS WITH HARMONIC117: CR   CR   CR      70.0     106.5!  FROM B. R. GELIN THESIS WITH HARMONIC
123: C    C    CH2E    65.0     126.5!  PART OF F TERMS INCORPORATED. ATOMS118: C    C    CH2E    65.0     126.5!  PART OF F TERMS INCORPORATED. ATOMS
124: CR   CR   CH2E    65.0     126.5!  PART OF F TERMS INCORPORATED. ATOMS119: CR   CR   CH2E    65.0     126.5!  PART OF F TERMS INCORPORATED. ATOMS
125: C    C    CH3E    65.0     126.5!  WITH EXTENDED H COMPENSATED FOR LACK120: C    C    CH3E    65.0     126.5!  WITH EXTENDED H COMPENSATED FOR LACK
126: C    C    CR1E    70.0     122.5!  OF H ANGLES.121: C    C    CR1E    70.0     122.5!  OF H ANGLES.
127: CR   CR   CR1E    70.0     122.5!  OF H ANGLES.122: CR   CR   CR1E    70.0     122.5!  OF H ANGLES.
128: C    C    CT      70.0     126.5123: C    C    CT      70.0     126.5
129: C    C    HA      40.0     120.0!  AMIDE PARAMETERS FIT BY LEAST SQUARES124: C    C    HA      40.0     120.0!  AMIDE PARAMETERS FIT BY LEAST SQUARES
133: C    C    NR      65.0     112.5128: C    C    NR      65.0     112.5
134: C    C    OH1     65.0     119.0129: C    C    OH1     65.0     119.0
135: C    C    O       65.0     119.0 ! FOR NETROPSIN130: C    C    O       65.0     119.0 ! FOR NETROPSIN
136: CH1E C    N       20.0     117.5131: CH1E C    N       20.0     117.5
137: CH1E C    NH1     20.0     117.5132: CH1E C    NH1     20.0     117.5
138: CH1E C    O       85.0     121.5133: CH1E C    O       85.0     121.5
139: CH1E C    OC      85.0     117.5134: CH1E C    OC      85.0     117.5
140: CH1E C    OH1     85.0     120.0135: CH1E C    OH1     85.0     120.0
141: CH2E C    CR1E    70.0     121.5136: CH2E C    CR1E    70.0     121.5
142: CH2E CR   CR1E    70.0     121.5137: CH2E CR   CR1E    70.0     121.5
143: NH1  CRN  CR1E    70.0     121.5! bs360: added for NIT 
144: CH2E C    N       20.0     117.5138: CH2E C    N       20.0     117.5
145: CH2E C    NH1     20.0     117.5139: CH2E C    NH1     20.0     117.5
146: CH2E CR   NH1     20.0     117.5140: CH2E CR   NH1     20.0     117.5
147: CH2E C    NH2     20.0     117.5141: CH2E C    NH2     20.0     117.5
148: CH2E C    NC2     20.0     117.5 ! FOR NETROPSIN142: CH2E C    NC2     20.0     117.5 ! FOR NETROPSIN
149: CH2E C    NR      60.0     116.0143: CH2E C    NR      60.0     116.0
150: CH2E CR   NR      60.0     116.0144: CH2E CR   NR      60.0     116.0
151: CH2E C    O       85.0     121.6145: CH2E C    O       85.0     121.6
152: CH2E C    OC      85.0     118.5146: CH2E C    OC      85.0     118.5
153: CH2E C    OH1     85.0     120.0147: CH2E C    OH1     85.0     120.0
154: CH3E C    N       20.0     117.5148: CH3E C    N       20.0     117.5
155: CH3E C    NH1     20.0     117.5149: CH3E C    NH1     20.0     117.5
156: CH3E C    O       85.0     121.5150: CH3E C    O       85.0     121.5
157: CR1E C    CR1E    65.0     120.5151: CR1E C    CR1E    65.0     120.5
158: CR1E CR   CR1E    65.0     120.5152: CR1E CR   CR1E    65.0     120.5
159: CR1E CRN  CR1E    65.0     120.5153: CR1E C    NH1     65.0     110.5! USED ONLY IN HIS, NOT IT TRP
160: CR1E C    NH1     65.0     110.5! USED ONLY IN HIS, NOT IN TRP154: CR1E CR   NH1     65.0     110.5! USED ONLY IN HIS, NOT IT TRP
161: CR1E CR   NH1     65.0     110.5! USED ONLY IN HIS, NOT IN TRP 
162: CR1E C    NP      65.0     122.5155: CR1E C    NP      65.0     122.5
163: CR1E C    NR      65.0     122.5156: CR1E C    NR      65.0     122.5
164: CR1E CR   NR      65.0     122.5157: CR1E CR   NR      65.0     122.5
165: CR1E C    OH1     65.0     119.0158: CR1E C    OH1     65.0     119.0
166: CT   C    N       20.0     117.5159: CT   C    N       20.0     117.5
167: CT   C    NH1     20.0     117.5160: CT   C    NH1     20.0     117.5
168: CT   C    NH2     20.0     117.5161: CT   C    NH2     20.0     117.5
169: CT   C    O       85.0     121.5162: CT   C    O       85.0     121.5
170: CT   C    OC      85.0     118.5163: CT   C    OC      85.0     118.5
171: CT   C    OH1     85.0     120.0164: CT   C    OH1     85.0     120.0
226: CH2E CH2E CH3E    45.0     111.0219: CH2E CH2E CH3E    45.0     111.0
227: CH2E CH2E N       65.0     105.0220: CH2E CH2E N       65.0     105.0
228: CH2E CH2E NH1     65.0     111.0221: CH2E CH2E NH1     65.0     111.0
229: CH2E CH2E NH2     65.0     109.5222: CH2E CH2E NH2     65.0     109.5
230: CH2E CH2E NH3     65.0     110.5223: CH2E CH2E NH3     65.0     110.5
231: CH2E CH2E S       50.0     112.5224: CH2E CH2E S       50.0     112.5
232: C    CR1E C       90.0     126.5225: C    CR1E C       90.0     126.5
233: C    CR1E CH2E    90.0     122.0226: C    CR1E CH2E    90.0     122.0
234: C    CR1E CR1E    90.0     119.0227: C    CR1E CR1E    90.0     119.0
235: CR   CR1E CR1E    90.0     119.0228: CR   CR1E CR1E    90.0     119.0
236: CRN  CR1E CR1E    90.0     119.0 
237: C    CR1E NH1     90.0     109.5229: C    CR1E NH1     90.0     109.5
238: CR   CR1E NH1     90.0     109.5230: CR   CR1E NH1     90.0     109.5
239: C    CR1E NR      90.0     106.5231: C    CR1E NR      90.0     106.5
240: CR   CR1E NR      90.0     106.5232: CR   CR1E NR      90.0     106.5
241: CR1E CR1E CR1E    90.0     120.5233: CR1E CR1E CR1E    90.0     120.5
242: NH1  CR1E NH1     70.0     109.0234: NH1  CR1E NH1     70.0     109.0
243: NH1  CR1E NR      70.0     109.0235: NH1  CR1E NR      70.0     109.0
244: C    CT   CT      70.0     109.5236: C    CT   CT      70.0     109.5
245: C    CT   HA      70.0     109.5237: C    CT   HA      70.0     109.5
246: C    CT   N       70.0     111.6238: C    CT   N       70.0     111.6
271: CH1E N    CH3E    60.0     110.0263: CH1E N    CH3E    60.0     110.0
272: CH2E N    CH3E    60.0     109.5264: CH2E N    CH3E    60.0     109.5
273: CT   N    CT      60.0     110.0265: CT   N    CT      60.0     110.0
274: C    NC2  CT      80.0     120.0266: C    NC2  CT      80.0     120.0
275: C    NC2  HC      35.0     120.0267: C    NC2  HC      35.0     120.0
276: CR   NC2  HC      35.0     120.0268: CR   NC2  HC      35.0     120.0
277: CT   NC2  HC      35.0     120.0269: CT   NC2  HC      35.0     120.0
278: HC   NC2  HC      40.0     120.0270: HC   NC2  HC      40.0     120.0
279: C    NH1  C       60.0     102.5  ! UNUSED (AND PROBABLY WRONG)271: C    NH1  C       60.0     102.5  ! UNUSED (AND PROBABLY WRONG)
280: C    NH1  CH1E    77.5     120.0272: C    NH1  CH1E    77.5     120.0
281: C    NH1  CRN     77.5     120.0 ! bs360: added for NIT 
282: C    NH1  CH2E    77.5     120.0273: C    NH1  CH2E    77.5     120.0
283: CR   NH1  CH2E    77.5     120.0274: CR   NH1  CH2E    77.5     120.0
284: C    NH1  CH3E    77.5     120.0275: C    NH1  CH3E    77.5     120.0
285: C    NH1  CR1E    60.0     108.0276: C    NH1  CR1E    60.0     108.0
286: CR   NH1  CR1E    60.0     108.0277: CR   NH1  CR1E    60.0     108.0
287: C    NH1  CT      80.0     120.0278: C    NH1  CT      80.0     120.0
288: C    NH1  H       30.0     120.0279: C    NH1  H       30.0     120.0
289: CR   NH1  H       30.0     120.0280: CR   NH1  H       30.0     120.0
290: CH1E NH1  CH3E    60.0     120.0281: CH1E NH1  CH3E    60.0     120.0
291: CH1E NH1  H       35.0     120.0282: CH1E NH1  H       35.0     120.0
292: CRN  NH1  H       35.0     120.0 ! bs360: added for NIT 
293: CH2E NH1  CH3E    60.0     120.0283: CH2E NH1  CH3E    60.0     120.0
294: CH2E NH1  H       35.0     120.0284: CH2E NH1  H       35.0     120.0
295: CH3E NH1  H       35.0     120.0285: CH3E NH1  H       35.0     120.0
296: CR1E NH1  CR1E    65.0     110.0286: CR1E NH1  CR1E    65.0     110.0
297: CR1E NH1  H       35.0     120.0287: CR1E NH1  H       35.0     120.0
298: CT   NH1  H       35.0     120.0288: CT   NH1  H       35.0     120.0
299: C    NH2  H       30.0     120.0289: C    NH2  H       30.0     120.0
300: CH1E NH2  CH2E    60.0     120.0290: CH1E NH2  CH2E    60.0     120.0
301: CH1E NH2  H       35.0     120.0291: CH1E NH2  H       35.0     120.0
302: CH2E NH2  H       35.0     120.0292: CH2E NH2  H       35.0     120.0
330: CH2E S    S       50.0     104.2320: CH2E S    S       50.0     104.2
331: CT   S    CT      50.0      99.5!  FORCE CONSTANTS FROM PARMFIX9321: CT   S    CT      50.0      99.5!  FORCE CONSTANTS FROM PARMFIX9
332: CT   S    S       50.0     104.2322: CT   S    S       50.0     104.2
333: OC   S    OC      85.0     109.5! FORCE CONSTANT JST A GUESS.323: OC   S    OC      85.0     109.5! FORCE CONSTANT JST A GUESS.
334: NP   FE   CM      5.0       90.0324: NP   FE   CM      5.0       90.0
335: NP   FE   NP      50.0      90.0325: NP   FE   NP      50.0      90.0
336: NP   FE   NR      5.0      115.0326: NP   FE   NR      5.0      115.0
337: NP   FE   OM      5.0       90.0! JUST A GUESS FROM EXISTING FE CM DATA327: NP   FE   OM      5.0       90.0! JUST A GUESS FROM EXISTING FE CM DATA
338: !NR   FE   CM      5.0      180.0328: !NR   FE   CM      5.0      180.0
339: !NR   FE   OM      5.0      180.0! JUST A GUESS FROM EXISTING FE CM DATA329: !NR   FE   OM      5.0      180.0! JUST A GUESS FROM EXISTING FE CM DATA
340: CR   NO2  OC      80.0     117.5! bs360: added for NIT (J.Comp.Chem.22,1340(2001)) 
341: OC   NO2  OC      80.0     125.0! bs360: added for NIT (J.Comp.Chem.22,1340(2001)) 
342: CR1E CR   NO2     85.0     120.0! bs360: added for NIT (J.Comp.Chem.22,1340(2001)) 
343: ! 
344: PHI330: PHI
345: CH1E C    N    CH1E    10.0       2     180.0! PRO ISOM. BARRIER 20 KCAL/MOL.331: CH1E C    N    CH1E    10.0       2     180.0! PRO ISOM. BARRIER 20 KCAL/MOL.
346: CH2E C    N    CH1E    10.0       2     180.0332: CH2E C    N    CH1E    10.0       2     180.0
347: CR1E C    C    CR1E     5.0       2     180.0! => TRP OOP. VIB 170CM 1333: CR1E C    C    CR1E     5.0       2     180.0! => TRP OOP. VIB 170CM 1
348: CR1E CR   CR   CR1E     5.0       2     180.0! => TRP OOP. VIB 170CM 1334: CR1E CR   CR   CR1E     5.0       2     180.0! => TRP OOP. VIB 170CM 1
349: CR1E C    C    C        2.5       2     180.0! SEE BEHLEN ET AL JCP 75:5685 81335: CR1E C    C    C        2.5       2     180.0! SEE BEHLEN ET AL JCP 75:5685 81
350: CR1E CR   CR   CR       2.5       2     180.0! SEE BEHLEN ET AL JCP 75:5685 81336: CR1E CR   CR   CR       2.5       2     180.0! SEE BEHLEN ET AL JCP 75:5685 81
351: CR1E C    C    NH1      2.5       2     180.0337: CR1E C    C    NH1      2.5       2     180.0
352: CR1E CR   CR   NH1      2.5       2     180.0338: CR1E CR   CR   NH1      2.5       2     180.0
353: X    C    CH1E X        0.0       3       0.0! FROM GELIN THESIS AMIDES339: X    C    CH1E X        0.0       3       0.0! FROM GELIN THESIS AMIDES
354: X    C    CH2E X        0.0       3       0.0! USING A SINGLE340: X    C    CH2E X        0.0       3       0.0! USING A SINGLE
355: X    CR   CH2E X        0.0       3       0.0! USING A SINGLE341: X    CR   CH2E X        0.0       3       0.0! USING A SINGLE
356: X    C    CR1E X       10.0       2     180.0! DIHEDRAL PER BOND RATHER342: X    C    CR1E X       10.0       2     180.0! DIHEDRAL PER BOND RATHER
357: X    C    CT   X        0.0       3       0.0! THAN MULTIPLE TORSIONS.343: X    C    CT   X        0.0       3       0.0! THAN MULTIPLE TORSIONS.
358: X    C    N    X        8.2       2     180.0! ALKANE TORSION REDUCED TO344: X    C    N    X        8.2       2     180.0! ALKANE TORSION REDUCED TO
359: X    C    NC2  X        8.2       2     180.0! 1.6 FROM 1.8 TO COINCIDE WITH345: X    C    NC2  X        8.2       2     180.0! 1.6 FROM 1.8 TO COINCIDE WITH
360: X    CR   NC2  X        8.2       2     180.0! 1.6 FROM 1.8 TO COINCIDE WITH346: X    CR   NC2  X        8.2       2     180.0! 1.6 FROM 1.8 TO COINCIDE WITH
361: NH1  CR   NC2  HC       4.1       2     180.0 ! SAT for arginine347: NH1  CR   NC2  HC       4.1       2     180.0 ! SAT for arginine
362: X    C    NH1  X        8.2       2     180.0! THE EXPERIMENTAL BARRIER.348: X    C    NH1  X        8.2       2     180.0! THE EXPERIMENTAL BARRIER.
363: X    CR   NH1  X        8.2       2     180.0! THE EXPERIMENTAL BARRIER.349: X    CR   NH1  X        8.2       2     180.0! THE EXPERIMENTAL BARRIER.
364: X    CRN  NH1  X        8.2       2     180.0! THE EXPERIMENTAL BARRIER. 
365: X    C    NH2  X        8.2       2     180.0350: X    C    NH2  X        8.2       2     180.0
366: CH2E C    NH2  H        4.1       2     180.0 ! SAT for asparagine and glutamine351: CH2E C    NH2  H        4.1       2     180.0 ! SAT for asparagine and glutamine
367: CH2E NH1  CR   NC2      4.1       2     180.0 ! bs360: for ARG 
368: X    C    OH1  X        1.8       2     180.0352: X    C    OH1  X        1.8       2     180.0
369: CR1E C    OH1  H        0.9       2     180.0! DAE FOR TYR353: CR1E C    OH1  H        0.9       2     180.0! DAE FOR TYR
370: X    C    OS   X        1.8       2     180.0 ! INFERRED FROM C-OH1354: X    C    OS   X        1.8       2     180.0 ! INFERRED FROM C-OH1
371: X    CH1E CH1E X        1.6       3       0.0355: X    CH1E CH1E X        1.6       3       0.0
372: X    CH1E CH2E X        1.6       3       0.0356: X    CH1E CH2E X        1.6       3       0.0
373: X    CH1E N    X        0.3       3       0.0! FROM HAGLER ET AL TABULATION OF357: X    CH1E N    X        0.3       3       0.0! FROM HAGLER ET AL TABULATION OF
374: X    CH1E NH1  X        0.3       3       0.0! EXP. DATA AND 6 31G CALC.358: X    CH1E NH1  X        0.3       3       0.0! EXP. DATA AND 6 31G CALC.
375: X    CH1E NH2  X        1.8       3       0.0! PROTONATED SECONDARY AMINE359: X    CH1E NH2  X        1.8       3       0.0! PROTONATED SECONDARY AMINE
376: X    CH1E NH3  X        0.6       3       0.0! 1/PROTON SO 3 FOR THE BOND360: X    CH1E NH3  X        0.6       3       0.0! 1/PROTON SO 3 FOR THE BOND
377: X    CH1E OH1  X        0.5       3       0.0! CHANGED TO ROUGHLY MEOH361: X    CH1E OH1  X        0.5       3       0.0! CHANGED TO ROUGHLY MEOH
387: X    CT   NC2  X        0.3       3       0.0371: X    CT   NC2  X        0.3       3       0.0
388: X    CT   NH1  X        0.3       3       0.0372: X    CT   NH1  X        0.3       3       0.0
389: X    CT   NH2  X        0.6       3       0.0373: X    CT   NH2  X        0.6       3       0.0
390: X    CT   NH3  X        0.6       3       0.0374: X    CT   NH3  X        0.6       3       0.0
391: X    CT   OH1  X        0.5       3       0.0375: X    CT   OH1  X        0.5       3       0.0
392: X    CT   S    X        1.2       2       0.0376: X    CT   S    X        1.2       2       0.0
393: X    FE   NR   X        0.05      4       0.0377: X    FE   NR   X        0.05      4       0.0
394: X    FE   CM   X        0.05      4       0.0378: X    FE   CM   X        0.05      4       0.0
395: X    FE   OM   X        0.00      4       0.0379: X    FE   OM   X        0.00      4       0.0
396: X    S    S    X        4.0       2       0.0! FROM EXP. NMR BARRIER380: X    S    S    X        4.0       2       0.0! FROM EXP. NMR BARRIER
397: X    CR   NO2  X        1.1       2     180.0! bs360: added for NIT (JCTC 4,107 (2008)) 
398: ! 
399: IMPHI381: IMPHI
400: C    C    CR1E CH2E    90.0    0     0.0! GIVE 220 CM 1 METHYL OOP FOR TOLUENE.382: C    C    CR1E CH2E    90.0    0     0.0! GIVE 220 CM 1 METHYL OOP FOR TOLUENE.
401: C    CR1E C    CH2E    90.0    0     0.0! USED HERE FOR TRP CG OUT OF PLANE383: C    CR1E C    CH2E    90.0    0     0.0! USED HERE FOR TRP CG OUT OF PLANE
402: CR   CR1E CR   CH2E    90.0    0     0.0! USED HERE FOR TRP CG OUT OF PLANE384: CR   CR1E CR   CH2E    90.0    0     0.0! USED HERE FOR TRP CG OUT OF PLANE
403: C    CR1E CR1E CH2E    90.0    0     0.0!               PHE, AND TYR CG OOP385: C    CR1E CR1E CH2E    90.0    0     0.0!               PHE, AND TYR CG OOP
404: C    CR1E NH1  CH2E    90.0    0     0.0!               HIS CG RING OOP386: C    CR1E NH1  CH2E    90.0    0     0.0!               HIS CG RING OOP
405: C    NH1  CR1E CH2E    90.0    0     0.0!387: C    NH1  CR1E CH2E    90.0    0     0.0!
406: C    CR1E CR1E OH1    150.0    0     0.0! GIVE 249 CM 1 PHENOL OH OOP.388: C    CR1E CR1E OH1    150.0    0     0.0! GIVE 249 CM 1 PHENOL OH OOP.
407: C    H    H    NH2     45.0    0     0.0! PRIMARY AMIDES (ASN AND GLN) OOP389: C    H    H    NH2     45.0    0     0.0! PRIMARY AMIDES (ASN AND GLN) OOP
408: C    OC   OC   CH1E   100.0    0     0.0! CARBOXYL OUT OF PLANE.390: C    OC   OC   CH1E   100.0    0     0.0! CARBOXYL OUT OF PLANE.
409: C    OC   OC   CH2E   100.0    0     0.0!391: C    OC   OC   CH2E   100.0    0     0.0!
410: C    X    X    C       25.0    0     0.0! FROM BENZENE NORMAL MODE ANALYSIS392: C    X    X    C       25.0    0     0.0! FROM BENZENE NORMAL MODE ANALYSIS
411: CR   X    X    CR      25.0    0     0.0! FROM BENZENE NORMAL MODE ANALYSIS393: CR   X    X    CR      25.0    0     0.0! FROM BENZENE NORMAL MODE ANALYSIS
412: CRN  CR1E CR1E CR      25.0    0     0.0! FROM BENZENE NORMAL MODE ANALYSIS 
413: CR   X    X    C       25.0    0     0.0! FROM BENZENE NORMAL MODE ANALYSIS394: CR   X    X    C       25.0    0     0.0! FROM BENZENE NORMAL MODE ANALYSIS
414: C    X    X    CH2E    90.0    0     0.0! FROM TOLUENE METHYL OOP. 217 CM 1395: C    X    X    CH2E    90.0    0     0.0! FROM TOLUENE METHYL OOP. 217 CM 1
415: CR   X    X    CH2E    90.0    0     0.0! FROM TOLUENE METHYL OOP. 217 CM 1396: CR   X    X    CH2E    90.0    0     0.0! FROM TOLUENE METHYL OOP. 217 CM 1
416: CRN  CR1E CR1E NH1     90.0    0     0.0! bs360: added for NIT 
417: C    X    X    CH3E    90.0    0     0.0397: C    X    X    CH3E    90.0    0     0.0
418: C    X    X    CR1E    25.0    0     0.0398: C    X    X    CR1E    25.0    0     0.0
419: CR   X    X    CR1E    25.0    0     0.0399: CR   X    X    CR1E    25.0    0     0.0
420: C    X    X    H       75.0    0     0.0! FROM BENZENE NORMAL MODE ANALYSIS400: C    X    X    H       75.0    0     0.0! FROM BENZENE NORMAL MODE ANALYSIS
421: C    X    X    HA      75.0    0     0.0!401: C    X    X    HA      75.0    0     0.0!
422: C    X    X    NH1    100.0    0     0.0! AMIDES FIT TO N METHYL ACETAMIDE.402: C    X    X    NH1    100.0    0     0.0! AMIDES FIT TO N METHYL ACETAMIDE.
423: CR   X    X    NH1    100.0    0     0.0! AMIDES FIT TO N METHYL ACETAMIDE.403: CR   X    X    NH1    100.0    0     0.0! AMIDES FIT TO N METHYL ACETAMIDE.
424: C    X    X    O      100.0    0     0.0404: C    X    X    O      100.0    0     0.0
425: C    X    X    OC     100.0    0     0.0405: C    X    X    OC     100.0    0     0.0
426: C    X    X    OH1    150.0    0     0.0! USED FOR TYR HYDROXYL OOP406: C    X    X    OH1    150.0    0     0.0! USED FOR TYR HYDROXYL OOP
442: NH1  X    X    CT      45.0    0     0.0422: NH1  X    X    CT      45.0    0     0.0
443: NH1  X    X    H       45.0    0     0.0! AMIDES PROTON OOP423: NH1  X    X    H       45.0    0     0.0! AMIDES PROTON OOP
444: NH1  X    X    NH1     25.0    0     0.0! 424: NH1  X    X    NH1     25.0    0     0.0! 
445: NH1  X    X    NR      25.0    0     0.0425: NH1  X    X    NR      25.0    0     0.0
446: NH2  X    X    H       45.0    0     0.0426: NH2  X    X    H       45.0    0     0.0
447: NR   X    X    C       25.0    0     0.0427: NR   X    X    C       25.0    0     0.0
448: NR   X    X    CR      25.0    0     0.0428: NR   X    X    CR      25.0    0     0.0
449: NR   X    X    CR1E    25.0    0     0.0429: NR   X    X    CR1E    25.0    0     0.0
450: NR   X    X    CT      25.0    0     0.0430: NR   X    X    CT      25.0    0     0.0
451: NR   X    X    CH3E    25.0    0     0.0 ! FOR NETROPSIN431: NR   X    X    CH3E    25.0    0     0.0 ! FOR NETROPSIN
452: NO2  X    X    CR      90.0    0     0.0! bs360: added for NIT (nitro out of plane; 
453:                                         ! includes NO2 OC OC CR and CR CR1E CR1E NH1) 
454: !432: !
455: NONBONDED  NBXMOD 5  ATOM CDIEL SWITCH VATOM VDISTANCE VSWITCH -433: NONBONDED  NBXMOD 5  ATOM CDIEL SWITCH VATOM VDISTANCE VSWITCH -
456:      CUTNB 16.0  CTOFNB 15.0  CTONNB 11.  EPS 1.0  E14FAC 0.4  WMIN 1.5434:      CUTNB 16.0  CTOFNB 15.0  CTONNB 11.  EPS 1.0  E14FAC 0.4  WMIN 1.5
457: !435: !
458: !                  Emin       Rmin436: !                  Emin       Rmin
459: !                  (kcal/mol) (A)437: !                  (kcal/mol) (A)
460: H        0.0440    -0.0498    0.8000 438: H        0.0440    -0.0498    0.8000 
461: HC       0.0440    -0.0498    0.6000 ! charged group. Reduced vdw radius439: HC       0.0440    -0.0498    0.6000 ! charged group. Reduced vdw radius
462: HA       0.1000    -0.0450    1.4680440: HA       0.1000    -0.0450    1.4680
463: HT       0.0440    -0.0498    0.8000 !TIP3P water hydrogen, see NBFIX below441: HT       0.0440    -0.0498    0.8000 !TIP3P water hydrogen, see NBFIX below
464: !442: !
465: C        1.65    -0.1200       2.100 1.65 -0.1 1.9 ! carbonyl carbon443: C        1.65    -0.1200       2.100 1.65 -0.1 1.9 ! carbonyl carbon
466: CH1E     1.35    -0.0486       2.365 1.35 -0.1 1.9 ! \444: CH1E     1.35    -0.0486       2.365 1.35 -0.1 1.9 ! \
467: CH2E     1.77    -0.1142       2.235 1.77 -0.1 1.9 !  extended carbons445: CH2E     1.77    -0.1142       2.235 1.77 -0.1 1.9 !  extended carbons
468: CH3E     2.17    -0.1811       2.165 1.77 -0.1 1.9 ! /446: CH3E     2.17    -0.1811       2.165 1.77 -0.1 1.9 ! /
469: CR1E     1.35    -0.1200       2.100 1.35 -0.1 1.9 !  ring carbons447: CR1E     1.35    -0.1200       2.100 1.35 -0.1 1.9 !  ring carbons
470: C%       1.65    -0.0262       2.490 1.65 -0.1 1.9 ! includes CT and CM448: C%       1.65    -0.0262       2.490 1.65 -0.1 1.9 ! includes CT and CM
471: CR       1.65    -0.1200       2.100 1.65 -0.1 1.9 ! aromatic carbon,no Hs449: CR       1.65    -0.1200       2.100 1.65 -0.1 1.9 ! aromatic carbon,no Hs
472: CRN      1.65    -0.1200       2.100 1.65 -0.1 1.9 ! aromatic carbon in NIT 
473: !450: !
474: N*       1.1000    -0.2384    1.6000   ! includes N,NC2,NH1,NH2,NH3,NP,and NR451: N*       1.1000    -0.2384    1.6000   ! includes N,NC2,NH1,NH2,NH3,NP,and NR
475: !452: !
476: O*       0.8400    -0.1591    1.6000   ! includes O, OH1, OM, and OS453: O*       0.8400    -0.1591    1.6000   ! includes O, OH1, OM, and OS
477: OC       2.1400    -0.6469    1.6000  454: OC       2.1400    -0.6469    1.6000  
478: OT       0.8400    -0.1591    1.6000 !TIP3P water oxygen,   see NBFIX below455: OT       0.8400    -0.1591    1.6000 !TIP3P water oxygen,   see NBFIX below
479: OH2      0.0000    -0.0758    1.7398 !ST2   water oxygen456: OH2      0.0000    -0.0758    1.7398 !ST2   water oxygen
480: !457: !
481: LP       0.0000    -0.04598   0.2245 !ST2   lone pair458: LP       0.0000    -0.04598   0.2245 !ST2   lone pair
482: FE       0.0100    0.000    0.6500459: FE       0.0100    0.000    0.6500


r13308/param19_perm.inp 2017-01-21 10:33:22.314250000 +0000 r13307/param19_perm.inp 2017-01-21 10:33:25.466250000 +0000
298: NP   FE   OM      5.0       90.0! JUST A GUESS FROM EXISTING FE CM DATA298: NP   FE   OM      5.0       90.0! JUST A GUESS FROM EXISTING FE CM DATA
299: !NR   FE   CM      5.0      180.0299: !NR   FE   CM      5.0      180.0
300: !NR   FE   OM      5.0      180.0! JUST A GUESS FROM EXISTING FE CM DATA300: !NR   FE   OM      5.0      180.0! JUST A GUESS FROM EXISTING FE CM DATA
301: PHI301: PHI
302: CH1E C    N    CH1E    10.0       2     180.0! PRO ISOM. BARRIER 20 KCAL/MOL.302: CH1E C    N    CH1E    10.0       2     180.0! PRO ISOM. BARRIER 20 KCAL/MOL.
303: CH2E C    N    CH1E    10.0       2     180.0303: CH2E C    N    CH1E    10.0       2     180.0
304: CR1E C    C    CR1E     5.0       2     180.0! => TRP OOP. VIB 170CM 1304: CR1E C    C    CR1E     5.0       2     180.0! => TRP OOP. VIB 170CM 1
305: CR1E C    C    C        2.5       2     180.0! SEE BEHLEN ET AL JCP 75:5685 81305: CR1E C    C    C        2.5       2     180.0! SEE BEHLEN ET AL JCP 75:5685 81
306: CR1E C    C    NH1      2.5       2     180.0306: CR1E C    C    NH1      2.5       2     180.0
307: CR1E C    CH2E CH1E     0.0       3       0.0 ! SAT for tyrosine and phenylalanine307: CR1E C    CH2E CH1E     0.0       3       0.0 ! SAT for tyrosine and phenylalanine
308: !X    C    CH2E OC       0.0       3       0.0 ! SAT for glutamic and aspartic acid308: X    C    CH2E OC       0.0       3       0.0 ! SAT for glutamic and aspartic acid
309:                                                ! BS: commented this line, produces warning message 
310:                                                ! and has no effect on energy 
311: X    C    CH1E X        0.0       3       0.0! FROM GELIN THESIS AMIDES309: X    C    CH1E X        0.0       3       0.0! FROM GELIN THESIS AMIDES
312: X    C    CH2E X        0.0       3       0.0! USING A SINGLE310: X    C    CH2E X        0.0       3       0.0! USING A SINGLE
313: X    C    CR1E X       10.0       2     180.0! DIHEDRAL PER BOND RATHER311: X    C    CR1E X       10.0       2     180.0! DIHEDRAL PER BOND RATHER
314: X    C    CT   X        0.0       3       0.0! THAN MULTIPLE TORSIONS.312: X    C    CT   X        0.0       3       0.0! THAN MULTIPLE TORSIONS.
315: X    C    N    X        8.2       2     180.0! ALKANE TORSION REDUCED TO313: X    C    N    X        8.2       2     180.0! ALKANE TORSION REDUCED TO
316: X    C    NC2  X        8.2       2     180.0! 1.6 FROM 1.8 TO COINCIDE WITH314: X    C    NC2  X        8.2       2     180.0! 1.6 FROM 1.8 TO COINCIDE WITH
317: NH1  C    NC2  HC       4.1       2     180.0 ! SAT for arginine315: NH1  C    NC2  HC       4.1       2     180.0 ! SAT for arginine
318: X    C    NH1  X        8.2       2     180.0! THE EXPERIMENTAL BARRIER.316: X    C    NH1  X        8.2       2     180.0! THE EXPERIMENTAL BARRIER.
319: X    C    NH2  X        8.2       2     180.0317: X    C    NH2  X        8.2       2     180.0
320: CH2E C    NH2  H        4.1       2     180.0 ! SAT for asparagine and glutamine318: CH2E C    NH2  H        4.1       2     180.0 ! SAT for asparagine and glutamine
321: CH2E NH1  C    NC2      4.1       2     180.0 ! BS for ARG 
322: X    C    OH1  X        1.8       2     180.0319: X    C    OH1  X        1.8       2     180.0
323: CR1E C    OH1  H        0.9       2     180.0 ! SAT for tyrosine320: CR1E C    OH1  H        0.9       2     180.0 ! SAT for tyrosine
324: X    C    OS   X        1.8       2     180.0 ! INFERRED FROM C-OH1321: X    C    OS   X        1.8       2     180.0 ! INFERRED FROM C-OH1
325: NH1  CH1E CH1E CH3E     0.8       3       0.0 ! SAT for valine   322: NH1  CH1E CH1E CH3E     0.8       3       0.0 ! SAT for valine   
326: CH1E CH2E CH1E CH3E     0.8       3       0.0 ! SAT for leucine323: CH1E CH2E CH1E CH3E     0.8       3       0.0 ! SAT for leucine
327: X    CH1E CH1E X        1.6       3       0.0324: X    CH1E CH1E X        1.6       3       0.0
328: X    CH1E CH2E X        1.6       3       0.0325: X    CH1E CH2E X        1.6       3       0.0
329: X    CH1E N    X        0.3       3       0.0! FROM HAGLER ET AL TABULATION OF326: X    CH1E N    X        0.3       3       0.0! FROM HAGLER ET AL TABULATION OF
330: X    CH1E NH1  X        0.3       3       0.0! EXP. DATA AND 6 31G CALC.327: X    CH1E NH1  X        0.3       3       0.0! EXP. DATA AND 6 31G CALC.
331: X    CH1E NH2  X        1.8       3       0.0! PROTONATED SECONDARY AMINE328: X    CH1E NH2  X        1.8       3       0.0! PROTONATED SECONDARY AMINE


r13308/toph19_eef1_perm.inp 2017-01-21 10:33:22.850250000 +0000 r13307/toph19_eef1_perm.inp 2017-01-21 10:33:26.150250000 +0000
 27: MASS    32 NR    14.00670 ! nitrogen in aromatic ring with no hydrogens 27: MASS    32 NR    14.00670 ! nitrogen in aromatic ring with no hydrogens
 28: MASS    33 NP    14.00670 ! pyrole nitrogen 28: MASS    33 NP    14.00670 ! pyrole nitrogen
 29: !MASS    34 NH1E  15.01470 ! extended atom peptide nitrogen with one hydrogen 29: !MASS    34 NH1E  15.01470 ! extended atom peptide nitrogen with one hydrogen
 30: !MASS    35 NH2E  16.02270 !  -       "        -                 two   -"- 30: !MASS    35 NH2E  16.02270 !  -       "        -                 two   -"-
 31: !MASS    36 NH3E  17.03070 !  -       "        -                 three -"- 31: !MASS    36 NH3E  17.03070 !  -       "        -                 three -"-
 32: !MASS    37 NC2E  16.02270 ! extended atom charged guanidinium nitrogen w/ 2 H 32: !MASS    37 NC2E  16.02270 ! extended atom charged guanidinium nitrogen w/ 2 H
 33: MASS    38 NH1   14.00670 ! peptide nitrogen bound to one hydrogen 33: MASS    38 NH1   14.00670 ! peptide nitrogen bound to one hydrogen
 34: MASS    39 NH2   14.00670 !  -       "        -       two -"- 34: MASS    39 NH2   14.00670 !  -       "        -       two -"-
 35: MASS    40 NH3   14.00670 ! nitrogen bound to three hydrogens 35: MASS    40 NH3   14.00670 ! nitrogen bound to three hydrogens
 36: MASS    41 NC2   14.00670 ! charged guanidinuim nitrogen bound to two hydrogens 36: MASS    41 NC2   14.00670 ! charged guanidinuim nitrogen bound to two hydrogens
 37: MASS    42 NO2   14.00670 ! nitro group nitrogen bound to two oxygens (added by bs360) 
 38: MASS    51 O     15.99940 ! carbonyl oxygen 37: MASS    51 O     15.99940 ! carbonyl oxygen
 39: MASS    52 OC    15.99940 ! carboxy oxygen 38: MASS    52 OC    15.99940 ! carboxy oxygen
 40: !MASS    53 OH1E  17.00740 ! extended atom hydroxy oxygen 39: !MASS    53 OH1E  17.00740 ! extended atom hydroxy oxygen
 41: !MASS    54 OH2E  18.01540 ! extended atom water 40: !MASS    54 OH2E  18.01540 ! extended atom water
 42: MASS    55 OH1   15.99940 ! hydroxy oxygen 41: MASS    55 OH1   15.99940 ! hydroxy oxygen
 43: MASS    56 OH2   15.99940 ! ST2 water oxygen 42: MASS    56 OH2   15.99940 ! ST2 water oxygen
 44: MASS    57 OM    15.99940 ! oxygen in carbonmonoxide 43: MASS    57 OM    15.99940 ! oxygen in carbonmonoxide
 45: MASS    58 OT    15.99940 ! TIPS3P WATER OXYGEN 44: MASS    58 OT    15.99940 ! TIPS3P WATER OXYGEN
 46: MASS    59 OS    15.99940 ! ester oxygen 45: MASS    59 OS    15.99940 ! ester oxygen
 47: MASS    81 S     32.06000 ! sulphur 46: MASS    81 S     32.06000 ! sulphur
 48: MASS    82 SH1E  33.06800 ! extended atom sulphur with one hydrogen 47: MASS    82 SH1E  33.06800 ! extended atom sulphur with one hydrogen
 49: MASS    91 FE    55.84700 ! iron 48: MASS    91 FE    55.84700 ! iron
 50: MASS    92 CR    12.01100 ! 4-bonded carbon in aromatics and Arginine 49: MASS    92 CR    12.01100 ! 4-bonded carbon in aromatics and Arginine
 51: MASS    93 CRN   12.01100 ! carbon in NIT bound to NH2 
 52:  50: 
 53: DECL -C 51: DECL -C
 54: DECL -O 52: DECL -O
 55: DECL +N 53: DECL +N
 56: DECL +H 54: DECL +H
 57: DECL +CA 55: DECL +CA
 58: DECL -CA 
 59:  56: 
 60: AUTOGENERATE ANGLES 57: AUTOGENERATE ANGLES
 61: DEFA FIRS NTER LAST CTER 58: DEFA FIRS NTER LAST CTER
 62:  59: 
 63: RESI ALA     0.00000 60: RESI ALA     0.00000
 64: GROU 61: GROU
 65: ATOM N    NH1    -0.35 62: ATOM N    NH1    -0.35
 66: ATOM H    H       0.25 63: ATOM H    H       0.25
 67: ATOM CA   CH1E    0.10 64: ATOM CA   CH1E    0.10
 68: GROU 65: GROU
106: ATOM HH22 HC      0.40103: ATOM HH22 HC      0.40
107: GROU104: GROU
108: ATOM C    C       0.55105: ATOM C    C       0.55
109: ATOM O    O      -0.55106: ATOM O    O      -0.55
110: BOND N    CA        CA   C         C    +N        C    O         N    H107: BOND N    CA        CA   C         C    +N        C    O         N    H
111: BOND CA   CB        CB   CG        CG   CD        CD   NE        NE   HE108: BOND CA   CB        CB   CG        CG   CD        CD   NE        NE   HE
112: BOND NE   CZ        CZ   NH1       CZ   NH2       NH1  HH11      NH1  HH12109: BOND NE   CZ        CZ   NH1       CZ   NH2       NH1  HH11      NH1  HH12
113: BOND NH2  HH21      NH2  HH22110: BOND NH2  HH21      NH2  HH22
114: DIHE -C   N    CA   C         N    CA   C    +N        CA   C    +N   +CA111: DIHE -C   N    CA   C         N    CA   C    +N        CA   C    +N   +CA
115: DIHE N    CA   CB   CG        CA   CB   CG   CD        CB   CG   CD   NE112: DIHE N    CA   CB   CG        CA   CB   CG   CD        CB   CG   CD   NE
116: DIHE CG   CD   NE   CZ        CD   NE   CZ   NH1       CD   NE   CZ   NH2113: DIHE CG   CD   NE   CZ        CD   NE   CZ   NH1       NE   CZ   NH1  HH11
117: DIHE NE   CZ   NH1  HH11      NE   CZ   NH2  HH21114: DIHE NE   CZ   NH2  HH21      NE   CZ   NH1  HH12      NE   CZ   NH2  HH22
118: DIHE NE   CZ   NH1  HH12      NE   CZ   NH2  HH22 
119: IMPH N    -C   CA   H         C    CA   +N   O         CA   N    C    CB115: IMPH N    -C   CA   H         C    CA   +N   O         CA   N    C    CB
120: IMPH NE   CD   CZ   HE        CZ   NH1  NH2  NE116: IMPH NE   CD   CZ   HE        CZ   NH1  NH2  NE
121: DONO  H N117: DONO  H N
122: DONO  HE NE118: DONO  HE NE
123: DONO  HH11 NH1119: DONO  HH11 NH1
124: DONO  HH12 NH1120: DONO  HH12 NH1
125: DONO  HH21 NH2121: DONO  HH21 NH2
126: DONO  HH22 NH2122: DONO  HH22 NH2
127: ACCE O C123: ACCE O C
128: IC   -C   CA   *N   H      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000124: IC   -C   CA   *N   H      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000
945: ACCE O C941: ACCE O C
946: IC   -C   CA   *N   H      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000942: IC   -C   CA   *N   H      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000
947: IC   -C   N    CA   C      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000943: IC   -C   N    CA   C      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000
948: IC   N    CA   C    +N     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000944: IC   N    CA   C    +N     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000
949: IC   +N   CA   *C   O      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000945: IC   +N   CA   *C   O      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000
950: IC   CA   C    +N   +CA    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000946: IC   CA   C    +N   +CA    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000
951: IC   N    C    *CA  CB     0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000947: IC   N    C    *CA  CB     0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000
952: IC   N    CA   CB   CG1    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000948: IC   N    CA   CB   CG1    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000
953: IC   CG1  CA   *CB  CG2    0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000949: IC   CG1  CA   *CB  CG2    0.0000    0.00  120.00    0.00   0.0000
954: 950: 
955: RESI SIN     0.00000   ! bs360 
956: GROU 
957: ATOM CA   CH2E    0.10 
958: GROU 
959: ATOM CB   CH2E   -0.15 
960: ATOM CG   C       1.35 
961: ATOM OT1  OC     -0.65 
962: ATOM OT2  OC     -0.65 
963: GROU 
964: ATOM C    C       0.55 
965: ATOM O    O      -0.55 
966: BOND +N   C          C   O         C    CA        CA   CB        CB   CG 
967: BOND CG   OT1        CG  OT2  
968: DIHE CA   C    +N   +CA 
969: DIHE +N   C    CA   CB        C    CA   CB   CG     CA   CB   CG   OT1 
970: IMPH C    CA   +N   O       
971: IMPH CG   OT1  OT2 CB 
972: ACCE OT1  CG 
973: ACCE OT2  CG 
974: ACCE O  C 
975: IC   +N   CA   *C   O      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
976: IC   CA   C    +N   +CA    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
977: IC   +N   C    CA   CB     0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000   
978: IC    C    CA   CB   CG    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000     
979: IC   CA   CB   CG   OT1    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
980: IC   OT1  CB   *CG  OT2    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
981: PATC FIRS NONE LAST NONE 
982:  
983:  
984: RESI NIT   0.00000  ! bs360 (charges from J.Comp.Chem.22,1340(2001)) 
985: GROU 
986: ATOM N    NH1    -0.35 
987: ATOM H    H       0.25 
988: GROU 
989: ATOM CG   CRN     0.1 
990: GROU 
991: ATOM CD1  CR1E    0.0 
992: ATOM CE1  CR1E    0.0 
993: GROU 
994: ATOM CD2  CR1E    0.0 
995: ATOM CE2  CR1E    0.0 
996: GROU 
997: ATOM CZ   CR      0.09 
998: ATOM NZ   NO2     0.65 
999: ATOM OZ1  OC     -0.37 
1000: ATOM OZ2  OC     -0.37 
1001: GROU 
1002: BOND N    CG        N    H 
1003: BOND CG   CD1       CG   CD2       CD1  CE1 
1004: BOND CD2  CE2       CE1  CZ        CE2  CZ     CZ   NZ   NZ   OZ1    NZ   OZ2  
1005: DIHE -CA  -C   N    CG        -C   N    CG   CD1    -C   N    CG   CD2   
1006: DIHE CE2  CZ   NZ   OZ1        CE2  CZ   NZ   OZ2 
1007: DIHE CE1  CZ   NZ   OZ1        CE1  CZ  NZ  OZ2 
1008: IMPH N    -C   CG   H 
1009: IMPH CG   CD1  CD2  N         CZ   CE1  CE2  NZ        CG   CD1  CE1  CZ 
1010: IMPH CD1  CE1  CZ   CE2       CE1  CZ   CE2  CD2       CZ   CE2  CD2  CG 
1011: IMPH CE2  CD2  CG   CD1       CD2  CG   CD1  CE1       NZ   OZ1  OZ2  CZ 
1012: DONO  H     N 
1013: ACCE  OZ1   NZ 
1014: ACCE  OZ2   NZ 
1015: IC   -C    CG  *N   H      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000  
1016: IC   -CA   -C   N   CG     0.0000  120.00  180.00  120.00   0.0000 
1017: IC   -C    N   CG   CD1    0.0000    0.00   90.00    0.00   0.0000 
1018: !IC   -C    N   CG   CD2    0.0000    0.00   90.00    0.00   0.0000 
1019: IC   CD1   N   *CG  CD2    0.0000  120.00  180.00  120.00   0.0000 
1020: IC   CD2  CG   CD1  CE1    0.0000  120.00    0.00  120.00   0.0000 
1021: IC   CD1  CG   CD2  CE2    0.0000  120.00    0.00  120.00   0.0000 
1022: IC   CG   CD1  CE1  CZ     0.0000  120.00    0.00  120.00   0.0000 
1023: IC   CE2  CE1  *CZ  NZ     0.0000  120.00  180.00  120.00   0.0000 
1024: IC   CE1  CZ   NZ   OZ1    0.0000  120.00  180.00  120.00   0.0000 
1025: IC   OZ1  CZ   *NZ  OZ2    0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000 
1026: PATC  FIRS NONE LAST NONE 
1027:  
1028: 951: 
1029: RESI HEME   -2.00000952: RESI HEME   -2.00000
1030: GROU953: GROU
1031: ATOM FE   FE      0.24954: ATOM FE   FE      0.24
1032: ATOM NA   NP     -0.18955: ATOM NA   NP     -0.18
1033: ATOM NB   NP     -0.18956: ATOM NB   NP     -0.18
1034: ATOM NC   NP     -0.18957: ATOM NC   NP     -0.18
1035: ATOM ND   NP     -0.18958: ATOM ND   NP     -0.18
1036: GROU959: GROU
1037: ATOM C1A  C       0.03960: ATOM C1A  C       0.03


r13308/toph19_perm.inp 2017-01-21 10:33:24.074250000 +0000 r13307/toph19_perm.inp 2017-01-21 10:33:27.154250000 +0000
109: ATOM HH22 HC      0.35109: ATOM HH22 HC      0.35
110: GROU110: GROU
111: ATOM C    C       0.55111: ATOM C    C       0.55
112: ATOM O    O      -0.55112: ATOM O    O      -0.55
113: BOND N    CA        CA   C         C    +N        C    O         N    H113: BOND N    CA        CA   C         C    +N        C    O         N    H
114: BOND CA   CB        CB   CG        CG   CD        CD   NE        NE   HE114: BOND CA   CB        CB   CG        CG   CD        CD   NE        NE   HE
115: BOND NE   CZ        CZ   NH1       CZ   NH2       NH1  HH11      NH1  HH12115: BOND NE   CZ        CZ   NH1       CZ   NH2       NH1  HH11      NH1  HH12
116: BOND NH2  HH21      NH2  HH22116: BOND NH2  HH21      NH2  HH22
117: DIHE -C   N    CA   C         N    CA   C    +N        CA   C    +N   +CA117: DIHE -C   N    CA   C         N    CA   C    +N        CA   C    +N   +CA
118: DIHE N    CA   CB   CG        CA   CB   CG   CD        CB   CG   CD   NE118: DIHE N    CA   CB   CG        CA   CB   CG   CD        CB   CG   CD   NE
119: DIHE CG   CD   NE   CZ        CD   NE   CZ   NH1       CD   NE   CZ   NH2119: DIHE CG   CD   NE   CZ        CD   NE   CZ   NH1       NE   CZ   NH1  HH11
120: DIHE NE   CZ   NH1  HH11      NE   CZ   NH1  HH12120: DIHE NE   CZ   NH2  HH21      NE   CZ   NH1  HH12      NE   CZ   NH2  HH22
121: DIHE NE   CZ   NH2  HH21      NE   CZ   NH2  HH22 
122: IMPH N    -C   CA   H         C    CA   +N   O         CA   N    C    CB121: IMPH N    -C   CA   H         C    CA   +N   O         CA   N    C    CB
123: IMPH NE   CD   CZ   HE        CZ   NH1  NH2  NE122: IMPH NE   CD   CZ   HE        CZ   NH1  NH2  NE
124: DONO  H N123: DONO  H N
125: DONO  HE NE124: DONO  HE NE
126: DONO  HH11 NH1125: DONO  HH11 NH1
127: DONO  HH12 NH1126: DONO  HH12 NH1
128: DONO  HH21 NH2127: DONO  HH21 NH2
129: DONO  HH22 NH2128: DONO  HH22 NH2
130: ACCE O C129: ACCE O C
131: IC   -C   CA   *N   H      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000130: IC   -C   CA   *N   H      0.0000    0.00  180.00    0.00   0.0000


legend
Lines Added 
Lines changed
 Lines Removed

hdiff - version: 2.1.0