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r28010/amberinterface.f 2017-03-30 13:31:26.025256848 +0100 r28009/amberinterface.f 2017-03-30 13:31:28.053283801 +0100
280: SELECT CASE(ncalls)280: SELECT CASE(ncalls)
281:         CASE(2)281:         CASE(2)
282:                 ! ncalls == 2 only once during a GMIN run282:                 ! ncalls == 2 only once during a GMIN run
283:                 ! remove mdcrd file left over from previous run283:                 ! remove mdcrd file left over from previous run
284: !284: !
285: !ss2029> 02062011: added MPIT check to fix a bug in PTMC runs with 285: !ss2029> 02062011: added MPIT check to fix a bug in PTMC runs with 
286: !        GMIN AMBER. MPI runs with non-MD moves were giving 'stale NTFS' error related to  286: !        GMIN AMBER. MPI runs with non-MD moves were giving 'stale NTFS' error related to  
287: !        IO to coord.mdcrd file. Now IO to coord.mdcrd done only for serial jobs.   287: !        IO to coord.mdcrd file. Now IO to coord.mdcrd done only for serial jobs.   
288: !288: !
289:           IF(.NOT.MPIT) THEN 289:           IF(.NOT.MPIT) THEN 
290:                 call system('rm -f ' // mdcrd )290:                 call system_subr('rm -f ' // mdcrd )
291:                 open(unit=mdcrd_unit,file=trim(adjustl(mdcrd)),status='UNKNOWN')291:                 open(unit=mdcrd_unit,file=trim(adjustl(mdcrd)),status='UNKNOWN')
292:                 write(mdcrd_unit,'(A)') 'mdcrd file' ! first line of mdcrd file, will use appending292:                 write(mdcrd_unit,'(A)') 'mdcrd file' ! first line of mdcrd file, will use appending
293:                                            ! (facc = 'A')293:                                            ! (facc = 'A')
294:                 close(mdcrd_unit)294:                 close(mdcrd_unit)
295:           ENDIF 295:           ENDIF 
296:         CASE(3)296:         CASE(3)
297:                 call open_dump_files297:                 call open_dump_files
298:         CASE DEFAULT298:         CASE DEFAULT
299:         299:         
300: END SELECT300: END SELECT
992:    WRITE(ROTMAXCHANGESTR,'(I10)') ROTMAXCHANGE992:    WRITE(ROTMAXCHANGESTR,'(I10)') ROTMAXCHANGE
993:    WRITE(ROTPSELECTSTR,'(F10.3)') ROTPSELECT993:    WRITE(ROTPSELECTSTR,'(F10.3)') ROTPSELECT
994:    WRITE(ROTCUTOFFSTR,'(F10.3)') ROTCUTOFF994:    WRITE(ROTCUTOFFSTR,'(F10.3)') ROTCUTOFF
995:    WRITE(ROTCENTRESTR,'(I10)') ROTCENTRE995:    WRITE(ROTCENTRESTR,'(I10)') ROTCENTRE
996:    WRITE(ROTOCCUWSTR,'(F10.3)') ROTOCCUW996:    WRITE(ROTOCCUWSTR,'(F10.3)') ROTOCCUW
997:  997:  
998: ! Dump the coordinates as a PDB (beforerotamer.pdb) for script to read998: ! Dump the coordinates as a PDB (beforerotamer.pdb) for script to read
999:    CALL A9DUMPPDB(y(:),'beforerotamer')999:    CALL A9DUMPPDB(y(:),'beforerotamer')
1000: 1000: 
1001: ! Call the rotamer move script (make sure the options are set correctly!)1001: ! Call the rotamer move script (make sure the options are set correctly!)
1002:    CALL SYSTEM('./rotamermove.csh '//TRIM(ADJUSTL(ROTMAXCHANGESTR))//' '//TRIM(ADJUSTL(ROTPSELECTSTR)) &1002:    CALL SYSTEM_SUBR('./rotamermove.csh '//TRIM(ADJUSTL(ROTMAXCHANGESTR))//' '//TRIM(ADJUSTL(ROTPSELECTSTR)) &
1003:      &         //' '//TRIM(ADJUSTL(ROTCUTOFFSTR))//' '//TRIM(ADJUSTL(ROTCENTRESTR))//' '//TRIM(ADJUSTL(ROTOCCUWSTR)) )1003:      &         //' '//TRIM(ADJUSTL(ROTCUTOFFSTR))//' '//TRIM(ADJUSTL(ROTCENTRESTR))//' '//TRIM(ADJUSTL(ROTOCCUWSTR)) )
1004: 1004: 
1005: ! Check which residues have changed (reschanged.dat file contains list)1005: ! Check which residues have changed (reschanged.dat file contains list)
1006:    RESCHANGEDT(:)=.FALSE.1006:    RESCHANGEDT(:)=.FALSE.
1007:    OPEN(UNIT=222,FILE='reschanged.dat',STATUS='OLD')1007:    OPEN(UNIT=222,FILE='reschanged.dat',STATUS='OLD')
1008:    DO1008:    DO
1009:       READ (UNIT=222,IOSTAT=iostatus,FMT='(I6)') restemp1009:       READ (UNIT=222,IOSTAT=iostatus,FMT='(I6)') restemp
1010:       IF (iostatus<0) THEN1010:       IF (iostatus<0) THEN
1011:          CLOSE(222)1011:          CLOSE(222)
1012:          EXIT1012:          EXIT


r28010/dl-find.f90 2017-03-30 13:31:26.885268285 +0100 r28009/dl-find.f90 2017-03-30 13:31:28.889294909 +0100
1084: !!1084: !!
1085: !! FUNCTION1085: !! FUNCTION
1086: !!1086: !!
1087: !! Shut down DL-FIND after a severe error. Calls dlf_error, which has1087: !! Shut down DL-FIND after a severe error. Calls dlf_error, which has
1088: !! to be provided by the calling code.1088: !! to be provided by the calling code.
1089: !!1089: !!
1090: !! SYNOPSIS1090: !! SYNOPSIS
1091: subroutine dlf_fail(msg)1091: subroutine dlf_fail(msg)
1092: !! SOURCE1092: !! SOURCE
1093:   use dlf_global, only: stdout, stderr1093:   use dlf_global, only: stdout, stderr
1094:   use porfuncs1094:   use porfuncs, only: flush
1095:   implicit none1095:   implicit none
1096:   character(*),intent(in) :: msg1096:   character(*),intent(in) :: msg
1097:   call flush(stdout)1097:   call flush(stdout)
1098:   call flush(stderr)1098:   call flush(stderr)
1099:   write(stderr,"(/,a,/,a,/)") "DL-FIND ERROR:",msg1099:   write(stderr,"(/,a,/,a,/)") "DL-FIND ERROR:",msg
1100:   write(stdout,"(/,a,/,a,/)") "DL-FIND ERROR:",msg1100:   write(stdout,"(/,a,/,a,/)") "DL-FIND ERROR:",msg
1101:   call flush(stdout)1101:   call flush(stdout)
1102:   call flush(stderr)1102:   call flush(stderr)
1103:   call dlf_error()1103:   call dlf_error()
1104:   ! this should not be reached, as dlf_error should not return1104:   ! this should not be reached, as dlf_error should not return
1112: !! FUNCTION1112: !! FUNCTION
1113: !!1113: !!
1114: !! Report information about the run to stdout. Called at the beginning 1114: !! Report information about the run to stdout. Called at the beginning 
1115: !! and at the end of a calculations.1115: !! and at the end of a calculations.
1116: !!1116: !!
1117: !! SYNOPSIS1117: !! SYNOPSIS
1118: subroutine dlf_report(trestarted)1118: subroutine dlf_report(trestarted)
1119: !! SOURCE1119: !! SOURCE
1120:   use dlf_global, only: glob,stdout,printl1120:   use dlf_global, only: glob,stdout,printl
1121:   use dlf_stat, only: stat1121:   use dlf_stat, only: stat
1122:   use porfuncs1122:   use porfuncs, only: flush
1123:   implicit none1123:   implicit none
1124:   logical ,intent(in) :: trestarted1124:   logical ,intent(in) :: trestarted
1125:   integer             :: ia3(3)1125:   integer             :: ia3(3)
1126:   integer             :: kk1126:   integer             :: kk
1127: 1127: 
1128: ! **********************************************************************1128: ! **********************************************************************
1129: 1129: 
1130: 1130: 
1131:   ! Can't return as dlf_mpi_counters requires communication1131:   ! Can't return as dlf_mpi_counters requires communication
1132:   ! if(printl<=0) return1132:   ! if(printl<=0) return
1503: !!****f* main/dlf_printheader1503: !!****f* main/dlf_printheader
1504: !!1504: !!
1505: !! FUNCTION1505: !! FUNCTION
1506: !!1506: !!
1507: !! Print header to stdout1507: !! Print header to stdout
1508: !!1508: !!
1509: !! SYNOPSIS1509: !! SYNOPSIS
1510: subroutine dlf_printheader1510: subroutine dlf_printheader
1511: !! SOURCE1511: !! SOURCE
1512:   use dlf_global, only: stdout1512:   use dlf_global, only: stdout
1513:   use porfuncs1513:   use porfuncs, only: flush
1514:   implicit none1514:   implicit none
1515:   character(50)   :: svn_v1515:   character(50)   :: svn_v
1516: 1516: 
1517:   if(svn_v=="") then1517:   if(svn_v=="") then
1518:     ! svn not available, use the revision number of this file1518:     ! svn not available, use the revision number of this file
1519:     svn_v="$Revision: 486 $"1519:     svn_v="$Revision: 486 $"
1520:     svn_v= svn_v(11:)1520:     svn_v= svn_v(11:)
1521:   end if1521:   end if
1522: 1522: 
1523:   write(stdout,'(/a)') &1523:   write(stdout,'(/a)') &


r28010/dlf_util.f90 2017-03-30 13:31:27.185272260 +0100 r28009/dlf_util.f90 2017-03-30 13:31:29.229299426 +0100
824:     str2 = get_atom_symbol(znuc(iat))824:     str2 = get_atom_symbol(znuc(iat))
825:     write(unit,'(a2,3f12.7)') str2,coords(:,iat)*ang_au825:     write(unit,'(a2,3f12.7)') str2,coords(:,iat)*ang_au
826:   end do826:   end do
827:   call flush(unit)827:   call flush(unit)
828: end subroutine write_xyz828: end subroutine write_xyz
829: 829: 
830: ! %%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%830: ! %%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
831: subroutine write_xyz_active(unit,nat,znuc,spec,coords)831: subroutine write_xyz_active(unit,nat,znuc,spec,coords)
832:   use dlf_parameter_module, only: rk832:   use dlf_parameter_module, only: rk
833:   use dlf_constants, only: dlf_constants_get833:   use dlf_constants, only: dlf_constants_get
834:   use porfuncs834:   use porfuncs, only: flush
835:   implicit none835:   implicit none
836:   integer,intent(in) :: unit836:   integer,intent(in) :: unit
837:   integer,intent(in) :: nat837:   integer,intent(in) :: nat
838:   integer,intent(in) :: znuc(nat)838:   integer,intent(in) :: znuc(nat)
839:   integer,intent(in) :: spec(nat)839:   integer,intent(in) :: spec(nat)
840:   real(rk),intent(in):: coords(3,nat)840:   real(rk),intent(in):: coords(3,nat)
841:   integer            :: iat,nact841:   integer            :: iat,nact
842:   character(2)       :: str2842:   character(2)       :: str2
843:   real(rk)           :: ang_au843:   real(rk)           :: ang_au
844:   character(2), external :: get_atom_symbol844:   character(2), external :: get_atom_symbol


r28010/interfacetoOPTIM.f90 2017-03-30 13:31:27.469276038 +0100 r28009/interfacetoOPTIM.f90 2017-03-30 13:31:29.505303094 +0100
874: end subroutine read_rand874: end subroutine read_rand
875: 875: 
876: ! %%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%876: ! %%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
877: !     read_xyz accepts877: !     read_xyz accepts
878: !     coords.xyz input files (cartesian angstrom)878: !     coords.xyz input files (cartesian angstrom)
879: !         header           : # of atoms879: !         header           : # of atoms
880: !         with atom records: tag x y z880: !         with atom records: tag x y z
881: 881: 
882: subroutine read_xyz(unit,nat,natoms,atomsymbol,coords)882: subroutine read_xyz(unit,nat,natoms,atomsymbol,coords)
883:   use dlf_parameter_module, only: rk883:   use dlf_parameter_module, only: rk
884:   use porfuncs884:   use porfuncs, only: flush
885: 885: 
886:   implicit none886:   implicit none
887:   integer,intent(in) :: unit887:   integer,intent(in) :: unit
888:   integer,intent(in) :: nat888:   integer,intent(in) :: nat
889:   integer,intent(out) :: natoms889:   integer,intent(out) :: natoms
890:   character(LEN=5),intent(out) :: atomsymbol(nat)890:   character(LEN=5),intent(out) :: atomsymbol(nat)
891:   real(rk),intent(out):: coords(3,nat)891:   real(rk),intent(out):: coords(3,nat)
892:   integer            :: iat892:   integer            :: iat
893: 893: 
894: ! **********************************************************************894: ! **********************************************************************


r28010/mexit.f 2017-03-30 13:31:26.297260466 +0100 r28009/mexit.f 2017-03-30 13:31:28.325287415 +0100
 35:       close(unit=output_unit) 35:       close(unit=output_unit)
 36:    end if 36:    end if
 37:  37: 
 38:  38: 
 39:  39: 
 40:  40: 
 41:  41: 
 42:  42: 
 43:  43: 
 44:  44: 
 45:    call exit(status) 45:    call exit_subr(status)
 46:  46: 
 47: end subroutine mexit  47: end subroutine mexit 


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