hdiff output

r27347/ene.f 2017-03-30 13:31:07.941016525 +0100 r27346/ene.f 2017-03-30 13:31:08.541024504 +0100
697: integer do_bond,do_angle,do_ephi,doxconst,do_cap, &697: integer do_bond,do_angle,do_ephi,doxconst,do_cap, &
698:       do_14,do_tgt698:       do_14,do_tgt
699: common/flocntrl/do_dir,do_rec,do_adj,do_self,do_bond, &699: common/flocntrl/do_dir,do_rec,do_adj,do_self,do_bond, &
700:       do_angle,do_ephi,doxconst,do_cap,do_14,do_tgt700:       do_angle,do_ephi,doxconst,do_cap,do_14,do_tgt
701: 701: 
702: 702: 
703: 703: 
704: 704: 
705: 705: 
706: 706: 
 707: 
707:    integer max190708:    integer max190
708:    parameter (max190=190)709:    parameter (max190=190)
709:    double precision dt1,dt2,dt3,dt4,dt5,dt6,dt7,dt8,dt9710:    double precision dt1,dt2,dt3,dt4,dt5,dt6,dt7,dt8,dt9
710:    double precision sth,cik,cii,ckk,da,df,ant0,ct0,ct1,ct2,st711:    double precision sth,cik,cii,ckk,da,df,ant0,ct0,ct1,ct2,st
711:    double precision rij0,rik0,rkj0,ebal,ecnl,eub,ecn712:    double precision rij0,rik0,rkj0,ebal,ecnl,eub,ecn
712:    integer nba,maxlen,lenc,ksum,i3,j3,k3,ic,istc,jn,ist713:    integer nba,maxlen,lenc,ksum,i3,j3,k3,ic,istc,jn,ist
713:    double precision xij(190),yij(190),zij(190),xkj(190),ykj(190), &714:    double precision xij(190),yij(190),zij(190),xkj(190),ykj(190), &
714:          zkj(190),cst(190),eaw(190),rij(190),rkj(190),rik(190), &715:          zkj(190),cst(190),eaw(190),rij(190),rkj(190),rik(190), &
715:          dfw(190),ant(190)716:          dfw(190),ant(190)
716: 717: 
720:    integer ii,jj,kk721:    integer ii,jj,kk
721:    double precision pt999722:    double precision pt999
722:    data pt999 /0.9990d0/723:    data pt999 /0.9990d0/
723: 724: 
724: !! ''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''725: !! ''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''
725: !! ;  EVB variables                                                   ;726: !! ;  EVB variables                                                   ;
726: !! ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,727: !! ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
727: 728: 
728:    integer :: ndx729:    integer :: ndx
729: 730: 
730:    integer::accu_pt999 
731:    common/extraangle/accu_pt999 
732:  
733:    if ( do_angle == 0 .or. nbain == 0 )return731:    if ( do_angle == 0 .or. nbain == 0 )return
734:    if (accu_pt999==1) pt999=0.999999999990d0732: 
735:    nba=nbain733:    nba=nbain
736:    ! FLOW CONTROL FLAG (debug)734:    ! FLOW CONTROL FLAG (debug)
737:    ist = 0735:    ist = 0
738: 736: 
739: 737: 
740:    ebal = 0.0d0738:    ebal = 0.0d0
741:    ecnl = 0.0d0739:    ecnl = 0.0d0
742:    eub  = 0.0d0740:    eub  = 0.0d0
743: 741: 
744: 742: 


r27347/mdread.f 2017-03-30 13:31:08.233020409 +0100 r27346/mdread.f 2017-03-30 13:31:08.821028213 +0100
661: 661: 
662: ! sf344> additions to switch on/off the continuous switching function for the non-bonded terms662: ! sf344> additions to switch on/off the continuous switching function for the non-bonded terms
663: !       (that is: force-switching for the electrostatics, Stoddard-Ford quadratic cutoff for vdW)663: !       (that is: force-switching for the electrostatics, Stoddard-Ford quadratic cutoff for vdW)
664:    integer ifswitch, irespa2, nrespa2664:    integer ifswitch, irespa2, nrespa2
665:    double precision fswitchbeta ! used to control the steepness of the switch665:    double precision fswitchbeta ! used to control the steepness of the switch
666:                                ! if beta==HUGE, the switch resembles a step function at the cutoff666:                                ! if beta==HUGE, the switch resembles a step function at the cutoff
667:                                ! if beta==0, the switch is applied for the whole range667:                                ! if beta==0, the switch is applied for the whole range
668:    common/extrasamberint/ifswitch,irespa2,nrespa2668:    common/extrasamberint/ifswitch,irespa2,nrespa2
669:    common/extrasamberdp/fswitchbeta669:    common/extrasamberdp/fswitchbeta
670:    670:    
671: !  cs778> change the precision of parameter "pt999" in subroutine "angl" to make the PES smooth 
672:    integer accu_pt999 
673:    common/extraangle/accu_pt999 
674:    namelist /cntrl/ irest,ibelly, &671:    namelist /cntrl/ irest,ibelly, &
675:          ntx,ntxo,ntcx,ig,tempi, &672:          ntx,ntxo,ntcx,ig,tempi, &
676:          ntb,ntt,temp0,tautp, &673:          ntb,ntt,temp0,tautp, &
677:          ntp,pres0,comp,taup, &674:          ntp,pres0,comp,taup, &
678:          nscm,nstlim,t,dt, &675:          nscm,nstlim,t,dt, &
679:          ntc,ntcc,nconp,tol,ntf,ntn,nsnb, &676:          ntc,ntcc,nconp,tol,ntf,ntn,nsnb, &
680:          cut,scnb,scee,dielc, &677:          cut,scnb,scee,dielc, &
681:          ntpr,ntwx,ntwv,ntwe,ntave,ntpp,ioutfm, &678:          ntpr,ntwx,ntwv,ntwe,ntave,ntpp,ioutfm, &
682:          ntr,nrc,ntrx,taur,nmropt, &679:          ntr,nrc,ntrx,taur,nmropt, &
683:          ivcap,fcap,imin,drms,dele,dx0, &680:          ivcap,fcap,imin,drms,dele,dx0, &
693:          igb,alpb,Arad,rgbmax,saltcon,offset,gbsa,vrand, &690:          igb,alpb,Arad,rgbmax,saltcon,offset,gbsa,vrand, &
694:          surften,iwrap,nrespa,nrespai,gamma_ln,extdiel,intdiel, &691:          surften,iwrap,nrespa,nrespai,gamma_ln,extdiel,intdiel, &
695:          cut_inner,icfe,clambda,klambda, rbornstat,lastrst,lastist,  &692:          cut_inner,icfe,clambda,klambda, rbornstat,lastrst,lastist,  &
696:          itgtmd,tgtrmsd,tgtmdfrc,tgtfitmask,tgtrmsmask, &693:          itgtmd,tgtrmsd,tgtmdfrc,tgtfitmask,tgtrmsmask, &
697:          idecomp,temp0les,restraintmask,restraint_wt,bellymask, &694:          idecomp,temp0les,restraintmask,restraint_wt,bellymask, &
698:          noshakemask, &695:          noshakemask, &
699:          mmtsb_switch, mmtsb_iterations,rdt,icnstph,solvph,ntcnstph, &696:          mmtsb_switch, mmtsb_iterations,rdt,icnstph,solvph,ntcnstph, &
700:          ifqnt,ievb, &697:          ifqnt,ievb, &
701:          ifswitch,fswitchbeta, &   ! sf344> additions for smooth nonbonded cutoff698:          ifswitch,fswitchbeta, &   ! sf344> additions for smooth nonbonded cutoff
702:          nrespa2, &        ! sf344> to control after how many steps GB radii are calculated699:          nrespa2, &        ! sf344> to control after how many steps GB radii are calculated
703:          accu_pt999, &     ! cs778> to smooth angle term in the energy function 
704: 700: 
705:          dtemp, dxm, heat, timlim  !all retired 701:          dtemp, dxm, heat, timlim  !all retired 
706: 702: 
707:    ! Define default water residue name and the names of water oxygen & hydrogens703:    ! Define default water residue name and the names of water oxygen & hydrogens
708:    704:    
709:    data watdef/'WAT ','O   ','H1  ','H2  '/705:    data watdef/'WAT ','O   ','H1  ','H2  '/
710:    706:    
711:    !     ----- READ THE CONTROL DATA AND OPEN DIFFERENT FILES -----707:    !     ----- READ THE CONTROL DATA AND OPEN DIFFERENT FILES -----
712: 708: 
713: ! sf344> commented out, although not necessary later on709: ! sf344> commented out, although not necessary later on
894:    mdin_pb=.false.890:    mdin_pb=.false.
895:    mdin_lmod=.false.891:    mdin_lmod=.false.
896:    mdin_amoeba=.false.892:    mdin_amoeba=.false.
897:    iamoeba = 0893:    iamoeba = 0
898: 894: 
899: ! sf344> additions for a smooth non-bonded cutoff895: ! sf344> additions for a smooth non-bonded cutoff
900:    ifswitch=0896:    ifswitch=0
901:    fswitchbeta=10897:    fswitchbeta=10
902:    nrespa2=1898:    nrespa2=1
903: 899: 
904: ! cs778> additions for a smooth angle term 
905:    accu_pt999=0 
906:  
907:    rewind 550900:    rewind 550
908: 901: 
909:    call nmlsrc('cntrl',550,ifind)902:    call nmlsrc('cntrl',550,ifind)
910:    if (ifind /= 0) mdin_cntrl=.true.903:    if (ifind /= 0) mdin_cntrl=.true.
911:    904:    
912:    if ( mdin_cntrl ) then905:    if ( mdin_cntrl ) then
913:       read(550,nml=cntrl)906:       read(550,nml=cntrl)
914:    else907:    else
915:       write(MYUNITNEW, '(1x,a,/)') 'Could not find cntrl namelist'908:       write(MYUNITNEW, '(1x,a,/)') 'Could not find cntrl namelist'
916:       call mexit(MYUNITNEW,1)909:       call mexit(MYUNITNEW,1)
1983: 1976: 
1984: ! sf344> additions to switch on/off the continuous switching function for the non-bonded terms1977: ! sf344> additions to switch on/off the continuous switching function for the non-bonded terms
1985: !       (that is: force-switching for the electrostatics, Stoddard-Ford quadratic cutoff for vdW)1978: !       (that is: force-switching for the electrostatics, Stoddard-Ford quadratic cutoff for vdW)
1986:    integer ifswitch,irespa2,nrespa21979:    integer ifswitch,irespa2,nrespa2
1987:    double precision fswitchbeta ! used to control the steepness of the switch1980:    double precision fswitchbeta ! used to control the steepness of the switch
1988:                                ! if beta==HUGE, the switch resembles a step function at the cutoff1981:                                ! if beta==HUGE, the switch resembles a step function at the cutoff
1989:                                ! if beta==0, the switch is applied for the whole range1982:                                ! if beta==0, the switch is applied for the whole range
1990:    common/extrasamberint/ifswitch,irespa2,nrespa21983:    common/extrasamberint/ifswitch,irespa2,nrespa2
1991:    common/extrasamberdp/fswitchbeta1984:    common/extrasamberdp/fswitchbeta
1992: 1985: 
1993: ! cs778> 
1994:   integer accu_pt999 
1995:   common/extraangle/accu_pt999 
1996:    1986:    
1997:    ! -------------------------------------------------------------------1987:    ! -------------------------------------------------------------------
1998:    !      --- set up resat array, containing string identifying1988:    !      --- set up resat array, containing string identifying
1999:    !          residue for each atom1989:    !          residue for each atom
2000:    ! -------------------------------------------------------------------1990:    ! -------------------------------------------------------------------
2001:    1991:    
2002:    mxresat = min( natom, matom )1992:    mxresat = min( natom, matom )
2003:    ir = 01993:    ir = 0
2004:    do 5 i=1,mxresat1994:    do 5 i=1,mxresat
2005:       if (i >= ix(ir+i02)) ir=ir+11995:       if (i >= ix(ir+i02)) ir=ir+1
2061:        if(master) write(MYUNITNEW,'(a)') ' mread> ERROR, ifswitch has to be 0, 1 or 2'2051:        if(master) write(MYUNITNEW,'(a)') ' mread> ERROR, ifswitch has to be 0, 1 or 2'
2062:         STOP2052:         STOP
2063:    else if (ifswitch == 0) then2053:    else if (ifswitch == 0) then
2064:        if(master) write(MYUNITNEW,'(a)') ' mdread> no continuous cutoff will be used for non-bonded terms'2054:        if(master) write(MYUNITNEW,'(a)') ' mdread> no continuous cutoff will be used for non-bonded terms'
2065:    else2055:    else
2066:        if(master) write(MYUNITNEW,'(a,F8.3)') &2056:        if(master) write(MYUNITNEW,'(a,F8.3)') &
2067:                 ' mdread> force-shifting cutoff will be used for electrostatics, fswitchbeta=',fswitchbeta2057:                 ' mdread> force-shifting cutoff will be used for electrostatics, fswitchbeta=',fswitchbeta
2068:        if(master) write(MYUNITNEW,'(a)') &2058:        if(master) write(MYUNITNEW,'(a)') &
2069:                 ' mdread> Stoddard-Ford cutoff will be used for van der Waals interactions' 2059:                 ' mdread> Stoddard-Ford cutoff will be used for van der Waals interactions' 
2070:    end if2060:    end if
2071:    if (master.and.accu_pt999==1) write(MYUNITNEW,*) " mdread> use accurate pt999 in anglar energy calculation" 
2072:    if (numexchg > 0) then2061:    if (numexchg > 0) then
2073:       write(MYUNITNEW,'(/a)') 'Replica exchange'2062:       write(MYUNITNEW,'(/a)') 'Replica exchange'
2074:       write(MYUNITNEW,'(5x,4(a,i8))') 'numexchg=',numexchg2063:       write(MYUNITNEW,'(5x,4(a,i8))') 'numexchg=',numexchg
2075:  2064:  
2076: ! make sure user set rem=1 if they want exchanges2065: ! make sure user set rem=1 if they want exchanges
2077:       if (rem.eq.0) then2066:       if (rem.eq.0) then
2078:          write(MYUNITNEW,'(a)') "rem must be > 0 for numexchg > 0"2067:          write(MYUNITNEW,'(a)') "rem must be > 0 for numexchg > 0"
2079:          call mexit( 6,1 )2068:          call mexit( 6,1 )
2080:       endif2069:       endif
2081:    endif2070:    endif


legend
Lines Added 
Lines changed
 Lines Removed

hdiff - version: 2.1.0