hdiff output

r25897/amberinterface.f 2017-03-30 13:30:47.924750516 +0100 r25896/amberinterface.f 2017-03-30 13:30:48.516758386 +0100
105: 105: 
106: ! determine memory sizes for allocating arrays106: ! determine memory sizes for allocating arrays
107:      call mdread1()107:      call mdread1()
108:      call amopen(8,parm,'O','F','R')108:      call amopen(8,parm,'O','F','R')
109:      call rdparm1(8)109:      call rdparm1(8)
110: 110: 
111:       !        --- now, we can allocate memory:111:       !        --- now, we can allocate memory:
112: ! to prevent memory leaks, we need to call locmem only when whe initialize the AMBER interface,112: ! to prevent memory leaks, we need to call locmem only when whe initialize the AMBER interface,
113: ! and not again during MD steptaking moves!113: ! and not again during MD steptaking moves!
114: 114: 
115: ! jdf43> the problem was twice allocated arrays for nonbonded stuff when igb=0.115: ! jdf43> we can't have AMBGMIN, AMBGMIN&PYTHON, and AMBOPTIM working at the same
116: ! Everything should be peachy now?116: ! jdf43> time. Which sucks.
117: IF(NCALLS <= 2)     CALL LOCMEM(.FALSE.)117: IF(NCALLS <= 2)     CALL LOCMEM(.FALSE.)
118: 118: 
119: if (master) then119: if (master) then
120: !   write(MYUNITNEW,*) 'lcrd', lcrd120: !   write(MYUNITNEW,*) 'lcrd', lcrd
121:       write(MYUNITNEW,'(/,a,5x,a)') '|','Memory Use     Allocated'121:       write(MYUNITNEW,'(/,a,5x,a)') '|','Memory Use     Allocated'
122:       write(MYUNITNEW,'(a,5x,a,i14)') '|', 'Real      ', lastr122:       write(MYUNITNEW,'(a,5x,a,i14)') '|', 'Real      ', lastr
123:       write(MYUNITNEW,'(a,5x,a,i14)') '|', 'Hollerith ', lasth123:       write(MYUNITNEW,'(a,5x,a,i14)') '|', 'Hollerith ', lasth
124:       write(MYUNITNEW,'(a,5x,a,i14)') '|', 'Integer   ', lasti124:       write(MYUNITNEW,'(a,5x,a,i14)') '|', 'Integer   ', lasti
125:       write(MYUNITNEW,'(a,5x,a,i14)') '|', 'Max Pairs ', lastpr125:       write(MYUNITNEW,'(a,5x,a,i14)') '|', 'Max Pairs ', lastpr
126: end if126: end if


r25897/ew_setup.f 2017-03-30 13:30:48.224754512 +0100 r25896/ew_setup.f 2017-03-30 13:30:53.824828933 +0100
787:    !       generate larger indices in imaged atoms, or in other words 16 bits787:    !       generate larger indices in imaged atoms, or in other words 16 bits
788:    !       may not suffice even if natom_local < 32K!!788:    !       may not suffice even if natom_local < 32K!!
789:    !     natom_local (INPUT) is the number of atoms in the system789:    !     natom_local (INPUT) is the number of atoms in the system
790:    !     startreal (INPUT) is the starting offset in X of the ewald specific790:    !     startreal (INPUT) is the starting offset in X of the ewald specific
791:    !       real memory  e.g. in amber many other things such as coords and791:    !       real memory  e.g. in amber many other things such as coords and
792:    !       forces are stored in X(1) thru X(startreal-1)792:    !       forces are stored in X(1) thru X(startreal-1)
793:    !     endreal (OUTPUT) is computed as the end of that memory793:    !     endreal (OUTPUT) is computed as the end of that memory
794:    use nblist, only: reclng,dirlng,cutoffnb, &794:    use nblist, only: reclng,dirlng,cutoffnb, &
795:                      nghb,maxnptrs, &795:                      nghb,maxnptrs, &
796:                      maximage, &796:                      maximage, &
797:                      maxnblst,nblist_allocate,nblist_deallocate797:                      maxnblst,nblist_allocate
798: 798: 
799:    implicit none799:    implicit none
800:    integer natom_local,numbad_nnb800:    integer natom_local,numbad_nnb
801:    logical, intent(in) :: qpsander801:    logical, intent(in) :: qpsander
802:    integer startreal,endreal,startint,endint,maxpr802:    integer startreal,endreal,startint,endint,maxpr
803: 803: 
804: 804: 
805: !+ Specification and control of Amber's working precision805: !+ Specification and control of Amber's working precision
806: 806: 
807: 807: 
1152:    1152:    
1153:    endint = starti1153:    endint = starti
1154:    call adj_mem_ptr(endint,imask1,mxadjmsk)1154:    call adj_mem_ptr(endint,imask1,mxadjmsk)
1155:    call adj_mem_ptr(endint,imask2,mxadjmsk)1155:    call adj_mem_ptr(endint,imask2,mxadjmsk)
1156: 1156: 
1157:    if (do_output) write(MYUNITNEW, '(a,6X,a,i10)') &1157:    if (do_output) write(MYUNITNEW, '(a,6X,a,i10)') &
1158:          '|','Integer memory needed by ADJ     = ', endint-starti1158:          '|','Integer memory needed by ADJ     = ', endint-starti
1159:    starti = endint1159:    starti = endint
1160:    1160:    
1161:    !     --- THE LOCAL NONBOND NEEDS TO BE MAPPED LAST DUE TO NB LIST1161:    !     --- THE LOCAL NONBOND NEEDS TO BE MAPPED LAST DUE TO NB LIST
1162:    ! jdf43> GMIN tries to call twice, have to deallocate 
1163:    call nblist_deallocate() 
1164:    call nblist_allocate(natom_local,ntypes,num_direct,numtasks)1162:    call nblist_allocate(natom_local,ntypes,num_direct,numtasks)
1165:    1163:    
1166:    call loc_nb_mem(natom_local, &1164:    call loc_nb_mem(natom_local, &
1167:          startr,starti,endreal,endint,cutoffnb, &1165:          startr,starti,endreal,endint,cutoffnb, &
1168:          ntypes,periodic )1166:          ntypes,periodic )
1169:    if (do_output) write(MYUNITNEW, '(a,6X,a,i10)') &1167:    if (do_output) write(MYUNITNEW, '(a,6X,a,i10)') &
1170:          '|','Integer memory used by local nonb= ', endint-starti1168:          '|','Integer memory used by local nonb= ', endint-starti
1171:    if (do_output) write(MYUNITNEW, '(a,6X,a,i10)') &1169:    if (do_output) write(MYUNITNEW, '(a,6X,a,i10)') &
1172:          '|','Real memory used by local nonb   = ', endreal-startr1170:          '|','Real memory used by local nonb   = ', endreal-startr
1173:    if (do_output) write(MYUNITNEW, '(/,a,4X,a,i10)') &1171:    if (do_output) write(MYUNITNEW, '(/,a,4X,a,i10)') &


legend
Lines Added 
Lines changed
 Lines Removed

hdiff - version: 2.1.0